5MKGA

Pa3825-eal ca-cdg structure
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
256
structure length
248
Chain Sequence
ASPSSELRRALEANEFIPYYQPLSPGQGGRWIGVEVLMRWRHPREGLIRPDLFIPFAERSGLIVPMTRALMRQVAEDLGGHAGKLEPGFHIGFNISATHCHELALVDDCRELLAAFPPGHITLVLELTERELIESSEVTDRLFDELHALGVKIAIDDFGTRKFQVDCLKIDQSFVARIGIDTLSGHILDSIVELSAKLDLDIVAEGVETPEQRDYLAARGVDYLQGYLIGRPMPLESLLSSLTVQEGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Diguanylate phosphodiesterase
publication title Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 80
structure length 248
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 5mkgA00
4J40A 4Y9PA 3U2EA 4Y8EA 2R6OA 3KZPA 4HJFA 4Y9MA 3GFYA 3GFZA 3PFMA 4F48A 3N3TA 3PJTA 3HV8A 3GG1A 2BASA 4HU3A 3GFXA 4KIEA 4LJ3A 4LYKA 3GG0A 5MKGA 5MKGB 4RNIA 3S83A 4AFYA 4Q6JA 4RNJA 4Y9NA 4F3HA 3SY8A 4RNFA 3PJXA 5M1TA 4Y9OA 3TLQA 4AG0A 4FOKA 5MF5A 4FOJA 4RNHA 2W27A 3HV9A 3PJUA 3PJWA 4ES4A 4FOUA 4HU4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UASA 1RA0A 3S2CA 4QNWA 1W56A 1EIXA 4OKDA 3R79A 3E49A 2PI6A 4NSBA 1X39A 4YNGA 1H51A 1H7XA 5EPDA 3CT2A 3R6IA 3ARYA 3ATYA 2PZNA 3L9CA 4QR6A 2DT1A 1P0EA 2A4AA 1D9EA 1C7TA 1TMHA 1O95A 3PAJA 4QDWA 4CVWA 1KLYA 2XVPA 4MWAC 2CZDA 8RUCA 3WLMA 5DT7A 3MI6A 2PP0A 1DXIA 2JE8A 4L56A 3W1XA 4ATWA 2Y63A 1DIKA 1NSJA 2NX3A 4M1RA 1DTNA 1RQEA 2P53A 1UD6A 2PDXA 1IXQA 4DYJA 5K9DA 1M5WA 4PTMA 4Q6JA 3KL3A 3B40A 1OJXA 1QK0A 4QQUA 1AW5A 3VZYA 3VKDA 2I5QA 1DWFM 1DP0A 1R85A 4PZVA 3EWXA 2ZRXA 3W2MA 1AW2A 3H4XA 2VC6A 2Y88A 3O0FA 3ZYZA 3LRMA 3IANA 3GC5A 1K4HA 3G5EA 3XIMA 4W89A 4CNSA 4B9YA 2ZXDA 3ZO9A 1MUWA 3AYVA 4C7DA 2EKGA 4JBRA 1NTHA 2C14A 3B8IA 5AKQA 4TR9A 1U83A 1BXCA 4HYRA 1WKYA 5K7JA 2BXVA 3HPSA 4YL2A 1KRMA 4CCZA 4ACYA 1JDFA 1UKSA 5HMEA 3B0VC 1GCYA 2WSQA 4HQVA 5CJNA 3O6AA 3OLIA 3FYPA 3N18A 2DVXA 3Q67A 5FEXA 1JCXA 3V35A 3LG3A 4M6UA 2Y5EA 1AH4A 4YXGA 2QS8A 3S9IA 1FDZA 3PUEA 4BJHA 4PRRA 5LZLA 4CD6A 4YN5A 3V5FA 1E1EA 1IT7A 3UD6A 2FPYA 4REQB 3W1MA 5DN1A 1FWEC 1V6YA 1TTIA 4R33A 5HQLA 3GZAA 1KM5A 1OG6A 2BNJA 3L4ZA 3D6NA 4QDPA 1E6ZA 3A21A 3N19B 1VYRA 2OLHA 1GJWA 4D8LA 5C5YA 4HA4A 3EOUA 4Q7BA 4AC7C 1EB3A 1P0NA 5BZAA 1BKSA 3PZNA 4S3GA 3U2EA 1XYCA 3KLKA 4MSSA 2WSKA 1PZ3A 1XWYA 4Z1DA 3MV11 4JKLA 3O06A 5HMDA 1JD7A 2QR6A 4E8GA 4F79A 4GABA 1S3TC 1MEHA 4FLOA 1FX6A 4A3UA 1EIBA 1E9IA 4CQBA 2ZIDA 2IUZA 5LA1A 4CD5A 4KEZA 2V63A 1VFTA 3FNDA 3ZIZA 2J7HA 3NGJA 5CKSA 1L2UA 1HJVA 3AHYA 5KZ6A 2WPGA 1WB0A 3KVKA 1M7XA 3WLJA 1RSCA 4D8ZA 4H00A 2HE5A 1L6GA 1I4NA 2VP8A 4JTHA 4MJ2A 1QBAA 2NLIA 2TRSA 3SCRA 1LROA 3TROA 1VRDA 4ICNA 2G50A 3MMWA 1R8LA 2FVKA 2JGYA 4AISA 4Y9AA 1OF8A 2XGIA 4GE8A 3K13A 1R9XA 4OHQA 3KP1A 3KBSA 1XD0A 2F61A 2YXGA 2VFDA 4JQ1A 4GUIA 3EWBX 3BLDA 4EP8C 1KW1A 1VIWA 3UJEA 1TQJA 3IIVA 4OFCA 5J5RA 1OYAA 5CPOA 3NO1A 1TPC1 1W8GA 3LDVA 2F2HA 3UXAA 3E5PA 3GVGA 1H60A 2Z26A 3SUSA 2MNRA 3VA8A 4NAFA 2GJPA 3N13A 4ZQNA 3WJWA 4W93A 3BG9A 2HEJA 4A8NA 3CTTA 2WNZA 1TQXA 3DFPA 2QJHA 3KRUA 2OMAA 1A5SA 2DZTA 2OVLA 3W37A 4I9TA 4FHAA 3T2QA 1VRXA 3W86A 2V3EA 8XIMA 3S5YA 5FI8A 5EMMA 4US5D 2VC5A 4AX6A 4J40A 1CTNA 3UERA 3QRHA 3W6LA 1ICQA 2Z24A 4PCTA 5HWMA 3C0SA 4FO4A 5FSDC 1U22A 3MBFA 3WJZA 2INFA 4IJBA 3TK7A 3LBMA 2XGZA 4NHVA 3FN9A 3RFAA 3HPFA 1I75A 1S1PA 2E9BA 3CUXA 3UNDA 5XIMA 3VGDA 1TTQA 3CQKA 4Y96A 1HN1A 1FKXA 3BICA 4MY1A 5I3KA 5TQLA 3TNBA 2BGNE 4I7VA 3UZXA 3RO8A 3KOZA 1D2KA 4TV6A 5DMLA 4WY0F 1Z42A 5F1UA 4H9XA 4XKYA 1EXBA 5DBTA 1LM1A 1M1BA 3R4IA 2UY4A 1DQXA 2YW3A 2OZ8A 3GR8A 1EJSC 3TYAA 4R27A 4C6IA 1OFOA 4CNTA 1KXTA 2PU0A 3MWCA 1V3IA 2J9YA 3SURA 3OIXA 1XDJA 3SCQA 3EAUA 5C9XA 5HR7A 4U3CA 5BXTA 3M0JA 4AHOA 4XVDA 4XTIA 3USZA 1S2WA 1Q6CA 1JNDA 1LUCA 1GJPA 4Q8UA 1ZALA 3GXTA 1UBSA 3PPFA 1LQ0A 1MRAA 1JCJA 3D0CA 3B06A 4XZ9A 3S9ZA 3WDPP 2G97A 1E4NA 2DVTA 4IQEA 1D3CA 3LI0A 1RPXA 1BYAA 1TJRA 4E8DA 2QCNA 2P50A 4FOJA 5D30A 4LRSA 4C60A 1W1A1 2V30A 1D3GA 1O1HA 2X2YA 2HROA 1EXPA 2MANA 3AXIA 5M3WA 4P7LA 3NZ1A 8XIAA 4PMXA 3NSNA 3NL5A 5A3HA 2OTDA 3NXLA 4N9CA 4EOUA 4DUXA 2NQ5A 2QCCA 1VBRA 1JCMP 1MW1A 3KVJA 1T6MA 4KRTA 3TUUA 4C7FA 3LA4A 3MO4A 1EUAA 2OU4A 1UWTA 4UQEA 1D8CA 4PMZA 4J27A 4TX9A 4QJ5B 3CK5A 3S2NA 2YL8A 2WVSA 4LX4A 3PF3A 3K4DA 1UP0A 1LG1A 3H2OA 2J25A 2ZUMA 2E9MA 3WMSA 4GRSA 2AMGA 1IQ8A 4US5A 1GQJA 3CZ8A 2HISA 4U31A 2J4GA 3URAA 3R8GA 3AIUA 4GJIA 1LYXA 3ZMRA 4YTUA 1VPQA 2ALRA 4QXIA 2GOKA 5AB3A 3NZPA 4FOKA 3W23A 3LTPA 4E2DA 2PDCA 5I0DA 4I8DA 3T9PA 4O1DA 4GY1A 3AYTA 2EPHA 3O7UA 2ZUSA 4GNKB 1MFVA 4HNOA 3VNZA 1FTXA 2R8WA 3D3FA 1SSDA 4K8HA 2J74A 5E0FA 2CWNA 5G2IA 3QV8A 1LLZA 2PAJA 4GBUA 3C2RA 2EEXA 5BOFA 1OM0A 1V3JA 2I1OA 4KKXA 5D02A 4HT3A 1XYBA 1SYTA 3HURA 3EX3A 4U5KA 4H19A 3B8TA 4L9YA 1VCGA 3VOJA 3W00A 3KOYA 3NL3A 2WW5A 2DH2A 3KFTA 3LLDA 4MB5A 4CD4A 4C6DA 2ZZ6A 2W5FA 3NQBA 1OC7A 1GVYA 1WV2A 5JH2A 1EJRC 1V93A 4O8RA 4W8BA 4PCPA 1MXSA 1W3IA 3H2NA 2Z4GA 4TQTA 2GL5A 2EAWA 3CAVA 2PDNA 2PDHA 4M24A 2DORA 1VS1A 1U1JA 4R9OA 1QI5A 3PULA 1UUOA 3BLKA 5F2GA 2V8ZA 3ELFA 1Q13A 1QPOA 2PWVA 1LOSA 3DGBA 4FI4A 1LF1A 1KKRA 1V4YA 1UR1A 2WVTA 2O56A 4N6FA 4AWSA 4FF5A 4DX3A 4LF2A 2BVYA 4M29A 3I4KA 3WSUA 1H7RA 3DX5A 1CGTA 1I0BA 5HJYA 4UTUA 3CPGA 3K8LA 4PTDA 3S6TA 4NAFB 4MZ8A 3UBPC 2WCSA 5CZ0A 2J8TA 1EDTA 4GC3A 4AZIA 4Q8OA 3AQUA 6CGTA 1V5XA 3UPWA 4IICA 2Q02A 5F2IA 4ZXOA 4ADUA 2DZPA 3CGTA 4AIEA 3F2BA 3ALFA 2D2GA 3OLGA 2HVOA 1E6SM 4G6CA 1NFBA 1TJ2A 1KWGA 1PYMA 3NM3A 3ITXA 2UY2A 3RM9A 3UCQA 1XRSA 3RCNA 1A5KC 1H5VA 1YE6A 3VOHA 1CXIA 3GIYA 4XBKA 1H7NA 2PWEA 3TWBA 3FYYA 4HNTA 3TYBA 4N42A 3W73A 1H3GA 3LY0A 1BYCA 2ZVRA 1JYWA 1TIWA 1ZS2A 1UB3A 2X0HA 4DPPA 2CWXA 3T2OA 1XLBA 4O18A 5G2WA 3SCOA 4MOZA 3M43A 1I9CB 2BHZA 2VZSA 9XIMA 4C6MA 1TZ7A 1ZJIA 4XKYB 3VD7A 4TUFA 5CG7A 1QI0A 4G1NA 3TMLA 1EEPA 2V3DA 2VX6A 1R5YA 2HS6A 1W3TA 3U2CA 4W8LA 4O15A 1H11A 1V6VA 3PK7A 3D46A 1OIMA 2J62A 1ZAIA 4POCA 4ZZ9A 4Q7NA 4PL2A 3P67A 3OO2A 3KWXA 4WVXA 4Q22A 4C1NA 1MFUA 3O16A 3KTXA 3M5YA 1YPXA 1TV2A 3DENA 3OBEA 1FY6A 1MW3A 1IYXA 1UZ4A 1CXHA 1TPFA 1LUCB 2X0YA 3TV8A 3FYOA 3UVAA 1XLEA 5GNZA 3ANUA 2QCHA 5A2AA 4J9JA 4Q4RA 2GOUA 4PBFA 3G8EA 3S2LA 3TSDA 4GYJA 3P62A 2GUYA 4K6AA 3CUJA 4M81A 3UFYA 2ZRUA 1G7UA 3O05A 3IVSA 1J6PA 1HQTA 4BF7A 2UBPC 1J0JA 1EPVA 1DXEA 1W5QA 3ID7A 1NH6A 2VCBA 1EJUC 3G77A 1E56A 3A4WA 2F9RA 1QMLA 1F7BA 2IKGA 4RW3A 1DJHA 2P76A 2YZ5A 3GDBA 1KTNA 3TIMA 2GJXA 4K36A 2QJJA 3A6OA 5ABTA 3RLHA 3KDNA 2CLIA 1VBJA 3ZVHA 2QJGA 5CQ1A 3FJLA 4L4PA 2KAUC 1OG0A 5PTDA 1SM9A 3DEQA 2OZ3A 1Y65A 1VB9A 1ZJAA 4W84A 4I5RA 3D3AA 2XG9A 1PJ9A 3O9NA 2DU2A 3TONA 3NSMA 1W3HA 4X3ZA 2ZDSA 3HMJG 7REQA 1JFHA 1M6JA 4Y7EA 3GDMA 5I5RA 1BWVA 3LCLA 4O10A 4ASTA 3ZWSA 3FJ6A 4YYCA 4TMCA 3LZ5A 3QXBA 2NQZA 2V5KA 4O17A 3THDA 1B3OA 3SJ3A 2QCDA 4GPNA 3W7KA 1KWKA 4E4UA 2WM0A 5LXEA 4ZFMA 4Z0JA 4JIRA 1KQYA 2C16A 1YEYA 3QTGA 4N7QA 2UY5A 4S2CA 5AYYA 4O1CA 4LB4A 5EMKA 2G3IA 1GZ1A 4GVHA 3MB9A 4GXWA 4HNLA 5FJIA 5HUOA 3UF9A 4GVIA 4ZSUA 4BK9A 1GW1A 4QTGA 2BY2A 1GT8A 2BWGA 4DUOA 2G41A 2A1YA 1IV8A 1E6RA 1B3ZA 3CL8A 3V1PA 4H2HA 3H12A 4LVGA 2G3NA 2HK1A 4KRZA 4YPJA 4H83A 3W7GA 1EEXA 5ECUA 4Z1BA 3G24A 1NVMA 2O4MA 3AXKA 4IFRA 4J4KA 1TIMA 3M7WA 3VKJA 4LUTA 2PDYA 1PE1A 4B4FA 3G6MA 4RR4A 3TEVA 4FOUA 3BJFA 3HGJA 2WHJA 4IIBA 1HUVA 3R25A 1OCBA 2C0HA 3WL1A 3Q37A 3E2VA 4AMCA 4RX0A 1J0ZA 1JGIA 2VFFA 4TIMA 4DYEA 2IPWA 2CLFA 1O66A 3BH4A 2CC0A 4S23A 3S8HA 4J3TA 3W9ZA 5A6BD 5CPMA 2Y61A 3NZQA 2RJHA 3GTIA 4B5WA 2ZRYA 3BCDA 3ZQ9A 4W85A 3WQVA 5HA7A 3VKBA 3TQVA 1HX0A 4L1GA 3IAQA 5LIWX 2QMJA 3B0XA 4WSJA 4O19A 3WMLA 1NARA 4ZCWA 1QOQA 2X0SA 4A8LA 4HJFA 4XSMA 3OBKA 5LIKX 3HZ3A 1JD9A 4ORMA 1UUMA 3UWQA 3LHUA 3EX1A 1B4EA 1K9TA 3BGJA 5C9WA 3QR3A 2J13A 3GO2A 2Q8XA 3AIQA 3IARA 3IUIA 1JUBA 3OZOA 1G5AA 2CNCA 4IQLA 4HPXA 4L9XA 3DYMA 1DE5A 3CAQA 3UWEA 2VGIA 2XINA 4F4RA 1VF8A 3S6OA 1HP5A 4IOTA 4MNMA 4GISA 3MCNA 4BWLA 4GX9A 1VCFA 2FHFA 1T99A 4C7GA 3U4AA 4PSPA 3N3TA 3I10A 5I3IA 3FW6A 3H53A 4XAPA 2HZGA 3RNDA 1ISYA 3GNRA 3M7SA 1V03A 5K9XA 1EYEA 1Q4NX 1EC9A 4M7TA 2R94A 4HK6A 5I3JA 1XFBA 3G0XA 5DF0A 1YTEA 4ZO9A 4QEHA 1AQFA 1ZU8A 4IHCA 2EF9A 1KFCA 1SFSA 3UY7A 4QGCA 2H90A 1OFBA 3PSWA 2ZUWA 4KWVA 1H41A 1UWAA 1O7AA 4C1NB 1NDWA 5CCZA 3NQEA 3GC4A 4PUEA 4KWSA 1UR9A 5LNWA 1LL4A 3DYOA 2PRMA 1JAEA 2GUBA 3MY9A 5T9CE 2Q09A 5I24A 3MUCA 1X7IA 1JVNA 1B0IA 2DFAA 4NYUA 3TTYA 3AIEA 3PAOA 2A3LA 1QWKA 1TX0A 3J7HA 3T2PA 4H9ZA 4IIDA 3W2LA 1P0KA 3LUTA 1RVGA 4WY0A 3UXIA 3QSTA 4MNKA 1KM2A 1NOUA 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