5MKGB

Pa3825-eal ca-cdg structure
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
254
structure length
249
Chain Sequence
SPSSELRRALEANEFIPYYQPLSPGQGGRWIGVEVLMRWRHPREGLIRPDLFIPFAERSGLIVPMTRALMRQVAEDLGGHAGKLEPGFHIGFNISATHCHELALVDDCRELLAAFPPGHITLVLELTERELIESSEVTDRLFDELHALGVKIAIDDFGTAYLRKFQVDCLKIDQSFVARIGIDTLSGHILDSIVELSAKLDLDIVAEGVETPEQRDYLAARGVDYLQGYLIGRPMPLESLLSSLTVQEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Diguanylate phosphodiesterase
publication title Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 84
structure length 249
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 5mkgB00
4Y9MA 4FOJA 3HV9A 3S83A 3PJXA 3HV8A 2R6OA 4LYKA 4FOKA 3KZPA 5MF5A 4F48A 5MKGB 4AFYA 4RNFA 3GG1A 4Y9PA 3GFYA 4KIEA 4Y9NA 4HU3A 4AG0A 4RNJA 4J40A 3GFZA 4HJFA 4RNIA 5M1TA 4Y8EA 3PJUA 3PJTA 4LJ3A 3PFMA 3TLQA 5MKGA 3SY8A 2W27A 4F3HA 3PJWA 3N3TA 3U2EA 4HU4A 4ES4A 3GG0A 4RNHA 4Q6JA 2BASA 4FOUA 4Y9OA 3GFXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CZKA 1T96A 5CQ1A 3B8TA 1ML1A 2CHNA 4PUNA 2PDXA 5CLWA 2WQDA 2DFAA 4HNNA 1TQJA 4YTQA 3T44A 2WWDA 3MW7A 1N8WA 3G6MA 3PBGA 1QOQA 3SRKA 3NO3A 4JY8A 4KFPA 1OCNA 4BFAA 3EWDA 3GH5A 1BXNA 2FTWA 3NZGA 3AHXA 3PZNA 3WLOA 2R1MA 6TIMA 4A6GA 1FWWA 3M07A 1VENA 2FVKA 4IIBA 2Z25A 2DH2A 5A95A 1E6NA 3GNRA 3PZMA 3LDVA 2GUBA 3R8GA 1XRTA 1QNQA 1PZ3A 2OZ8A 4CCEA 1C8VA 2R6OA 3RIKA 4LS2A 4R88A 4R7WA 2C1GA 3C2VA 5H8UA 4AHOA 4I9TA 1UC4A 2PWVA 3RRXA 1CXHA 2PDIA 4F8XA 3UWYA 2CLOA 1LWIA 3CQIA 1QNPA 1ZAIA 3DFHA 1BD0A 4QHRA 1UD3A 3FNDA 3GFYA 3GVQA 3QYQA 3LPGA 1I4NA 1EGMA 4R7OA 1ZAHA 3LTPA 4GX9A 1VF8A 3OBKA 1KV5A 3W1LA 3NZPA 3SGUA 3DYOA 1KCZA 1Q5MA 4J28A 1Y5VA 3ZYZA 3WLIA 1JCMP 1MW2A 4RNFA 2NX1A 1V3MA 3QSTA 1UG6A 2EPMX 4XBKA 4IXHA 4GXPA 4AZ5A 1JQVA 1PIIA 2YL5A 3SN4A 1ZRQA 1A5LC 3QY7A 3UJRA 3M46A 1B4EA 1EZ2A 3L9CA 3GKFA 1OG0A 1FCUA 4DUVA 1T8XA 4GVHA 3C0LA 4H01A 3VKKA 1XRSA 4Y9AA 2POTA 3KEHA 2J4GA 1LT7A 1VYSX 3VGEA 2VEFA 1PIGA 4AZCA 1CYGA 3STCA 5KEZA 4U33A 4WOZA 1PZ0A 5DT5A 3B8DA 1MSSA 4UNKA 4DWSD 1OM0A 3Q45A 1J10A 1SO4A 2BMBA 5JVLA 2Z7GA 1TUXA 4FPSA 4IMFA 1RLDA 2X1SA 2FZNA 2WNNA 4YXGA 4GIYA 2ZXDA 1WZKA 2DUZA 2GJRA 3U8GA 5LXXA 2QVNA 3EX4A 3KLKA 1GVYA 1U5HA 7TIMA 3VOHA 1NFPA 4UXDA 3I4KA 1YKWA 4DO4A 3PNZA 1ZP3A 3NYZA 4V33A 3BMWA 2W5FA 5ABHA 2DP3A 2OR2A 4YIWA 5GVJA 1P1MA 4I9AA 4DXVA 2OWCA 3P0XA 4GXMA 4JNMA 3WD0A 2R91A 4IIDA 4KEUA 3WDPP 4FLSA 3NAVA 2PP0A 4Z2GA 2FDMA 4WZHA 1QPRA 4O13A 1KFLA 3CLMA 1A47A 2Y8KA 3Q2DA 3P61A 3SUSA 3DGRA 3WFAA 3TAKA 3AZSA 5AC5A 1E73M 3WF3A 1VFOA 2V5DA 1WDRA 2I57A 2J77A 2XH0A 4L1WA 3AOFA 4GBDA 3QMSA 3F7JA 2EQDA 1XIBA 3KRUA 4E8GA 4BWLA 4PSRA 4AU0A 4Q8PA 3TWBA 4IGNA 2IPGA 1Q6OA 3N11A 2DGAA 2GGHA 4IG2B 1JYVA 1HKIA 4OWGA 4NRSA 4DBSA 2PTZA 3T6CA 1Q6QA 3GDRA 3BARA 4QDMA 4QNWA 1ZP4A 3NDOA 1ISZA 1LG1A 4LWWA 3KZPA 2PP1A 5AHNA 2OU4A 3WMBA 3LENA 1TPC1 3V7PA 2WXDM 3B97A 4ATDA 5HBFA 2QJHA 1JFHA 1W5OA 1BFNA 1BWKA 1TSIA 1RPKA 1V77A 2WJDA 1BQGA 3B9DA 4QEEA 1XSKA 1JZ3A 1KBBA 3TYCA 2HSAA 4WSHA 3GM8A 4Z2LA 1UWSA 5CC6A 4WQ6A 1ZPTA 1JDEA 4JTKA 2CZFA 2XPKA 3QMRA 1AMYA 3HO8A 3ZT6A 2XISA 4YTTA 3WQGA 4DBDA 3RILA 2VR4A 3NSMA 3WKZA 2E6FA 3GYEA 4L61A 4NRRA 1X1ZA 3TSBA 3M0XA 4KMQA 4Q4RA 4TMCA 1UOKA 2FHCA 3VNJA 4JKKA 4ZEPA 1A5UA 4AX6A 2NX3A 4MWAD 4XO7A 4WGHA 3R4IA 1V5XA 1TR9A 2BXYA 2NV2A 4XZBA 1TPUA 3LSCA 3OLDA 1B9ZA 3LLFA 3GVRA 3K8LA 1XCXA 1HJVA 4QAWA 3CZGA 4B5XA 4UTKA 1XYMA 4IJBA 1FWNA 4LNYA 4F0KA 2HVOA 1X1NA 4ALDA 4JTLA 5FACA 4CU7A 4F2TA 2UY3A 1RD5A 1SJAA 4AZIA 1E6SM 4YVXA 1GOMA 3NUKA 1YQ2A 1FWBC 3L4TA 4IX2A 1RY8A 3KM8A 2HWGA 2V3FA 3WX7A 1RBAA 4W93A 1FH9A 4XUYA 3DI0A 4S3AA 3AYRA 1PX8A 3GNPA 3STPA 2E25A 2YL8A 4LCRA 4GYPA 1TELA 4YS1A 1FCQA 1IGSA 1XLHA 3N9RA 5D2TA 1CX9A 1KFJA 1TJ1A 2ACRA 3GFZA 2Z1VA 4H6KA 4HQVA 4CEXC 2QCCA 4JIHA 1HP5A 4ASTA 1V0LA 1KV8A 4GJJA 3WQVA 3K4AA 2JKAA 2VWSA 3WK2A 3B9EA 2HS6A 2ALRA 2A3BA 2E9LA 2DUXA 1JR1A 1D3HA 4QIUA 2X42A 5KTLA 3TOPA 4O16A 3L5LA 3L7RA 3MBDA 3NZ1A 4YYFA 4HTYA 4E5TA 3IRDA 3N6JA 4JTEA 2WZMA 3F4WA 3GIPA 1YIXA 4S23A 4D8AA 2WSRA 1XIDA 4LRSA 3QR0A 2CBVA 2R9RA 2NVCA 2VL4A 3RLVA 3PBUA 1G69A 3NQFA 3ZJ6A 4W8BA 3L0KA 4US5A 3DUGA 1XDMA 4N4QA 2XN2A 3WDJA 4JICA 1HT6A 4KT2A 1B4KA 1KLYA 4DJFD 5DMYA 3BAJA 4LV4A 3ZR4A 2E09A 2X2GA 3W7QA 4EOUA 3SO7A 4LB3A 1VQTA 4GNVA 3T0TA 3QOKA 1IR1A 5ECUA 2ZZ4A 3WDRA 4KBXA 1Q3NA 3AFBA 5HULA 1JPKA 4WIWA 1NOFA 3SSJA 4EF9A 1GYMA 4OBSA 5GQBA 3C56A 3RJXA 7A3HA 4EWND 1WDWA 3MMDA 4FAMA 2W4XA 5FJUA 3HIJA 4L5ZA 4BI7A 3IJ8A 5KMYA 5C7VA 1PSCA 2DT3A 2XIOA 1L8NA 1R2TA 4HPHA 4FIQA 3IJIA 5G2WA 1ZL1A 1QDSA 4N9EA 1X8FA 2OVLA 1KM6A 3PWAA 2V3GA 4PTNA 3I7SA 4FO4A 1OCBA 3ES8A 2QCDB 1XLJA 1FWSA 3JZUA 2OQHA 2XHYA 4OUIA 1U1JA 1SGJA 5D8WA 2WCAA 6CGTA 5AYIA 1UR0A 1W2PA 3BANA 3ITXA 3NM1A 1CIUA 3G3MA 4UTTA 2PDMA 3ARVA 3N2CA 3SQMA 4ORMA 4ZFMA 1VLWA 5D2WA 2ZBTA 3WJWA 4PB3A 2QCDA 4LF1A 5H8MA 1P48A 1A80A 1YRRA 2V2CA 3RCNA 3H55A 4PZVA 1DHKA 4QS5A 2J7CA 3W2JA 4O12A 1MRAA 3AJ7A 3BZGA 3GC2A 4ZXOA 2CWXA 3O6YX 3T2OA 2A4AA 3EMQA 3L2MA 4GC4A 2YW3A 4S2CA 4MFEA 4OU1A 3V5CA 1T7LA 1RVKA 3RNDA 2PD5A 7REQA 4MKSA 4TIMA 4RZ6A 3F2DA 3M64A 3LMZA 1EDTA 1JI1A 1YDVA 2ZRWA 3TXZA 3PAOA 3P5YA 1LCOA 1QWKA 3MCMA 1RJQA 1XI3A 3JZEA 3QGAC 2PGWA 3AMLA 4HPJA 2GSJA 4RW5A 3NSNA 4AHPA 2VUYA 5BOFA 4I7UA 3KCLA 2ZX8A 1K8YA 1R38A 4PMRA 4C60A 3MMWA 3S4TA 4D6GA 3WK3A 4L80A 3URNA 4H9UA 4Y9PA 3AIUA 3TR2A 3VIIA 2QCHA 1W9BM 1RCQA 3R10A 2ZUTA 3K46A 3MSDA 5C71A 2OYLA 2GFTA 3CEUA 1C90A 1K3UA 1Y0EA 4XUGA 2QNEA 2G3IA 4ZZ9A 4HKPA 3WK0A 5CGTA 4PL2A 1XV8A 1ZFJA 2FIQA 4GY0A 5F2IA 1TCMA 4O10A 3HMCA 1J4EA 3HGOA 5M5DA 3PZTA 4R33A 1G01A 1EX1A 3FK4A 4NIRA 3W87A 4O17A 4G1KA 1BTMA 1R3SA 5GJNA 1H11A 1OYCA 5D2VA 3N17A 4B9YA 3SUUA 3ZIZA 3S9YA 1OYAA 4DUXA 2J8TA 3GTHA 1K7EA 4KWWA 4DLMA 3IJ7A 4H8VA 2XM2A 1J0YA 4R5EA 4MAVA 4HCDA 1ZJAA 2PCEA 3SUWA 1JGMA 1TIMA 3D0CA 4Q7NA 1E9YB 4GH1A 2AKMA 2VGIA 4U3AA 4XSLA 2E28A 2GGGA 3NVDA 4GO9A 4TTGA 3M5VA 2JEQA 1TMQA 1Q6RA 2PDNA 3XIMA 3W71A 4AEOA 1E5NA 4MJ2A 4O1EA 2E9MA 1KA9F 3CV2A 1K03A 4MADA 2L5HA 1FWFC 4GFSA 3WFZA 1US2A 7ENLA 4RV8A 2C3ZA 3RJYA 4O4WA 4NILA 2FB3A 5HWJA 1OFQA 3WUEA 1XQLA 4RXFA 5I06A 3GDTA 1RCXB 2Y61A 3HJEA 1LF1A 2NUXA 4EIVA 3PWGA 1EJSC 3WNNA 2QGHA 2C14A 5ABGA 5CZ0A 3WDQA 1K9EA 1YTKA 3E74A 4TX6A 7CGTA 3S2NA 4F4RA 1L8PA 3B06A 4HNLA 3QSRA 2DQWA 5F4XA 4N9DA 4PULA 3D3FA 4INFA 3HG4A 2WB5A 1GEHA 2R1NA 1UKSA 1TPDA 1E4LA 3W02A 2QJNA 4UR8A 4HJFA 2FFCA 2YJQA 1J12A 1TJPA 5I79A 5F4SA 3R1ZA 4GCAA 3WO8A 3VK5A 3HF3A 3L4UA 3PVFA 4FNTA 1L0PA 1DIEA 1KKRA 2CERA 4DPPA 5I2UA 3W7KA 2BV9A 4H9ZA 3G1XA 3H70A 4C6IA 2PWGA 3U0HA 4U10A 2Q09A 3PJTA 4E0CA 4JKMA 2YPIA 4JTAA 3M4HA 5A8QA 1Z32X 2X1UA 4XVEA 1BSIA 3BCFA 3EB4A 4PGLA 1VR6A 4QJ1A 3TJIA 3OIHA 4XZNX 1EX5A 3O06A 1XICA 4QFUA 1Q4NX 3C0QA 3MB9A 1EO7A 3LRLA 1X7FA 3ZM8A 1P0BA 3WQOA 3NQ2A 3VAVA 1DWHM 1PBGA 2QLYA 4FI4A 4HZMA 1IWPA 1XD0A 5ABFA 5CPQA 3CUHA 2HRWA 1HQTA 3NDZA 1GKQA 3OGSA 5FOOA 4DWSB 4MLRA 2WVVA 3HB9A 1UR1A 5J8LA 3BW2A 4XZIA 1XBXA 1VYPX 2BTMA 2A6LA 3NSXA 4PL1A 2CLEA 3AHTA 1E40A 1KRCC 1KFBA 3T0CA 2J25A 4QS6A 2E68A 1JVNA 4X22A 1GCYA 3UZ5A 1I2NA 2OT0A 4AF0A 5DCEA 1EJVC 1N8IA 1XGDA 3V0SA 1S38A 1F3EA 4IMAA 4P61A 3CTLA 1XIHA 3FJ4A 1YXYA 5I3HA 2PUZA 3NPVA 3H4GA 1G4SA 5JUVA 4UQ9A 2FTYA 2NXHA 4MFDA 5K9DA 1TJ0A 3N2OA 3SBFA 1FWCC 1GZGA 4ENLA 4Q8TA 1JDCA 1F2JA 2I5IA 5E9XA 1L9WA 1E0XA 1BXCA 3O07A 4BQ3A 3EYPA 3GKAA 5HMSA 3BW4A 2YBTA 3TR9A 1ZJIA 1JG9A 2BFGA 2AQVA 2Y7FA 4K8GA 3WEMA 2GVYA 1OD8A 5FL0A 1TZZA 5F7UA 2W66A 3EOUA 2WVUA 4KCTA 4ZE5A 1ZBCA 1H7NA 1KM1A 3T40A 3UERA 3NVTA 3QTGA 3DC0A 3I3BA 2ZDSA 3AHVA 1QNRA 1WKFA 2VGFA 5FD0A 4QBXA 4PTWA 1VCGA 5DRCA 4HNUA 4DO5A 1WDSA 3P8JA 1EC9A 3ARUA 4Q3MA 5C9XA 1F74A 2P10A 2YXGA 1BKSA 1UQYA 1H60A 1XJBA 1OGBA 4D71A 3SIMA 2X2YA 2Y24A 3CZLA 2AMGA 1NTHA 5AKQA 4RZ5A 3ZSSA 5HWMA 3M9YA 1S2AA 4BHYA 1CXEA 3P7YA 3IVTA 2B7OA 4HOXA 3VABA 1VEOA 3NOYA 2PDUA 1AZ1A 2PWUA 3HMJG 6ENLA 1ZUAX 4UQCA 5E6YA 1Q7ZA 2HVNA 5SWUA 1XYFA 1J0JA 1S5TA 3LI1A 3NL3A 4D1IA 3A13A 4W8AA 1YYAA 2JBMA 1K70A 1JRBA 4LEQA 1J2WA 5I24A 4EPBC 1V3LA 1VEMA 3GB6A 4ADSA 1TTIA 4K68A 1DP0A 2ON3A 4J2PA 1GK8A 4DI9A 1JAEA 1E4IA 4OUEA 1QNVA 1RXOB 2UBPC 4TU1A 3ZVHA 3F5JA 1ONEA 3MY9A 1PEZA 1A5CA 3GG1A 4S38A 4YVVA 1JD9A 1QK2A 3ABZA 3GE7A 1U83A 3A9BA 4GYKA 3BG3A 4JFSA 4HN8A 2WSPA 5BNKA 1V6YA 2VRJA 1QI2A 1JZ2A 3C5QA 3BCDA 1O94A 3GHRA 3RO8A 1WAUA 1GVRA 4MJ4A 2YCIX 5A6JA 4ML9A 3CEPA 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