5T26A

Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
293
structure length
292
Chain Sequence
HMFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
publication title Kinetic, Spectral and Structural Characterization of the Slow Binding Inhibitor Acetopyruvate with Dihydrodipicolinate Synthase from Escherichia coli.
rcsb
source organism Escherichia coli o8 (strain iai1)
total genus 108
structure length 292
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2016-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5t26A00
1YDOA 1FY6A 1GTHA 3TMLA 1ICSA 4EVZA 1GJPA 3PAJA 3L65A 5AFDA 3TMQA 1P0NA 3JR2A 1O95A 1G4TA 2OCZA 3LTPA 5F4SA 3C56A 4HNVA 1KLYA 5TQLA 1TQJA 4DPQA 1TSIA 1SZEA 3LCIA 2EF9A 1X8FA 1ADOA 3QQ1A 4R33A 2QCMA 5C2XA 3LXAA 3SSJA 4UTTA 5AB3A 3CWNA 3GNDA 2PRLA 2ISSA 5CPNA 3W7MA 3PSVA 2H6RA 3HGRA 4OV4A 2GVGA 4JIPA 3W2KA 1X1OA 3KVJA 3IIPA 3E49A 3W74A 4DELA 4N6EA 5K2ZA 5G1YA 3GYEA 1L6SA 1GVRA 4IWWA 5AHLA 1A5SA 4FX8A 5D32A 2FTPA 1GOXA 2X30A 1TTPA 1O5KA 3ELFA 1O94A 4I9AA 4K7VA 4UNLA 3CLMA 5I3HA 3W86A 3NAVA 4AAJA 4UTJA 4BWLA 1FWNA 5LHFA 1ALDA 2QCLA 4ORMA 1NSJA 5SWUA 3S1WA 3G1FA 1F2JA 1JRBA 3LHVA 4UTUA 1PHWA 3N14A 2JKPA 4CQ9A 1RD5A 3BK0A 5BOOA 2FFCA 2A85A 1LOQA 2BXVA 3NG3A 1R47A 1I2QA 3L9CA 1KFBA 1YPFA 1LRNA 5U4NA 3NR0A 3W7RA 3PG8A 4AHQA 3WFAA 2WNNA 3OG3A 5LKYA 1FDJA 4Z1CA 3EWYA 3QW4B 3BGJA 3W7HA 2C19A 3E0IA 3G1HA 3QPYA 1GZGA 3BG5A 1VCFA 1GEQA 3NA8A 2GQAA 4UR8A 1LROA 1S5WA 4JX4A 2GOUA 1TV8A 3KVLA 3TQ0A 3TE9A 4TX9A 3CPRA 1QR7A 3LBCA 4GFSA 1IGSA 1FUYA 1KFKA 2O7SA 1WDWA 2A2IA 3W1MA 4C1LA 2B0MA 2BSLA 3GNNA 1L9WA 3W85A 1I8JA 1S5TA 1F74A 1JULA 3MJYA 2CLKA 3TV8A 3LHZA 3S1UA 1SPQA 4H6KA 1K8YA 3VCRA 1AW5A 5BMXA 4LV4A 5AYZA 3TQVA 3BVJA 2R91A 1NAL1 5E1QA 4XQ6A 4L4LA 3IIOA 5LNVA 4LVGA 1I2PA 3JRKA 3FFSA 3S8HA 1TTJA 2VOMA 5CKSA 1ZALA 2A7NA 3HF3A 1QOQA 5T26A 5DN1A 3M5YA 1DOSA 4LVFA 5D03A 2RDUA 5J5RA 1DVJA 3NQ8A 3I7RA 3LXBA 3PUEA 2FB3A 1H7NA 4FHAA 3TXZA 3MP5A 4IPIA 3UY7A 3S9YA 1NEYA 1SUXA 3TXVA 3CM4A 2A21A 1GVSA 1KTNA 3FYPA 2YYTA 2QJGA 2WJZA 1LYXA 1O60A 4CCEA 2NX3A 2V2HA 2WQPA 4JY8A 4MZ8A 3TR2A 1KM1A 5F2IA 4IMCA 3RF9A 3IV3A 3PG9A 5BRBA 4K8EA 1GT8A 2V82A 4DO4A 1YXDA 1PS9A 1QMLA 1ZAIA 4MYXA 1AMKA 3OA3A 3NQGA 4RJEA 3N3MA 3B8DA 5HWMA 4TO8A 2Y7GA 2ZRWA 4Y96A 4QIUA 5KZEA 3IVSA 4WX2A 2H3DA 4H4IA 4OE7A 4Z0SA 1I2NA 3W71A 4A21A 3LLFA 1SW3A 3C2RA 1F76A 3LCXA 1FQ0A 4O16A 4N9CA 4W9TA 3DFPA 5TIMA 4XBSA 4LUJA 4XBKA 2V0TA 5K9XA 3WJZA 1BEUA 1KM6A 3S5ZA 2TRSA 1IXNA 1KFCA 2VEKA 3B0VC 3GDLA 1OF8A 4MJZA 4NX0A 1V7YA 3M0ZA 2ZYFA 2Z6IA 3THQA 4WXYA 4O13A 1TRDA 1PIIA 5I3FA 3LDVA 1HO4A 1JCXA 3CEUA 1QPOA 5FEPA 3T44A 3QMSA 1QPQA 4X22A 5H91A 1T96A 3ABOA 1G4SA 1TPDA 2XFWA 3LLDA 2DJXA 3TK7A 4IMDA 2PC4A 4RZ5A 1GYNA 3LRLA 3W88A 4U4MA 4UTTC 1H7OA 4HSOA 4Q33A 1SO3A 5BW6A 1S5VA 4UR7A 4KWVA 1NVMA 1FCUA 1RVGA 3MI3A 1YTKA 3HPZA 4QJ1A 1KM5A 1G7UA 3DFTA 3NQMA 3O1NA 2PE4A 3ZFHA 3WJWA 3V75A 2YZRA 4KWWA 4N4QA 3C61A 1WXJA 4EF8A 2V5BA 1EUNA 3FJ6A 3TKFA 1LBFA 4NQ1A 5LHEA 4I7WA 3EX6A 1UASA 4JIQA 5AYXA 1VC4A 5FF0A 3C2EA 5F2LA 4EF9A 1TMHA 3KRUA 4LC6A 4AHOA 3P81A 3QFEA 2WSRA 4JDBA 5FF2A 2C15A 2RDWA 1FX6A 2WOQA 3R12A 3NQEA 2NV1A 3R8RA 4FF7A 1H63A 5FEWA 3VNDA 4EWND 2TMDA 1PV8A 2J88A 3IRDA 3G1SA 2OT0A 2E77A 1PCKA 2YW4A 1SFLA 3QM3A 1OFPA 2D73A 3GXPA 5K3VA 2H3BA 3GX9A 4TIMA 2NX9A 2NV2A 4O53A 3GR7A 3PBUA 4PCFA 3HB9A 1HG3A 4WJEA 2ISVA 2W0UA 2Y7FA 4JTTA 2ISWA 1RQHA 3KRSA 2H8ZA 1DORA 5I3JA 3QRHA 4AEOA 5CGQA 2YW3A 2ZZ2A 4CCCA 3C2FA 3G18A 4Z08A 2IQTA 1W5QA 1ZAHA 4JS3A 4JTFA 4NVTA 1DV7A 3H55A 1K7EA 3DBPA 4YXGA 4JTGA 4BI7A 4HNNA 5G4EA 3LI0A 3L0NA 3C6CA 3CU2A 5F4XA 4JTEA 1EUAA 1FWWA 3VFLA 3SIZA 3FYOA 1UBSA 3NQDA 3HMJG 3SZ8A 2PCQA 3O07A 1JCYA 3T4CA 1WV2A 3GB6A 1EWDA 1J4EA 3W7KA 2VEPA 4WOQA 1TO3A 3PUOA 4O1BA 1ICPA 1TPB1 4Q4KA 1W56A 2QUUA 1VZWA 3TX9A 3NL5A 1XCFA 1YTEA 5MHBA 2A6NA 3LXCA 2Y6ZA 4FX7A 3TFXA 1DL3A 1JCJA 3PSWA 3QJAA 1X7FA 2G5WA 4ONVA 5FEZA 2YR1A 4EOUA 1AW2A 4GUJA 1QO2A 4LNYA 3V1PA 3C4UA 1OF6A 3L5MA 4DBEA 3PULA 5KSWA 3L2IA 2ZZ1A 1N55A 3EX3A 3MUXA 5DBTA 4E2DA 2J24A 3PS7A 2Z6JA 4AHPA 1FWSA 1FCBA 5BMWA 2ZRZA 4JX6A 1J2WA 1LOSA 1QNVA 3EXSA 1H7RA 3BLIA 4XKYA 3HIJA 3EX4A 4Z1BA 1XI3A 2NUWA 2PRMA 3BPWA 2QF7A 1W8SA 4XTDA 5F2MA 5A5WA 4BI5A 3T78A 4X9SA 2I1OA 1VCGA 1DQWA 4NNBA 4PODA 3R5EA 3G3DA 1LBLA 4BI6A 3C52A 2QAFA 2JGYA 3RLUA 2BTMA 4OBTA 4UMBA 1QWGA 4UNKA 3W7IA 5CPOA 3UWZA 3G1YA 2CLIA 2WV8A 3O8AA 3H53A 3QZEA 2VFGA 3NXFA 3UXDA 3P84A 3QYQA 4JGDA 1LRQA 4WY0A 1ZY9A 2TPSA 3N9RA 3CC1A 3DI0A 5E0KA 5AC8A 3INPA 1MEIA 2QJIA 3LHUA 5K4XA 5D38A 3QF0A 1LLWA 3BG3A 4LRTA 2JK2A 4A2RA 4PA8A 2F7FA 3S6DA 4LWWA 4Z1AA 2DZSA 4RZ4A 4XKYB 2VFHA 4UTIA 5FESA 2H8XA 1DKWA 4BFAA 1OVDA 2FB2A 4DF1A 1LCOA 3QW3A 2Y88A 3G1XA 1JUBA 1KFLA 2VKZG 2XN1A 3EKZA 3GDKA 3DHDA 1HL2A 3VI2A 1OYBA 4JX5A 3KFTA 3DI1A 4UXDA 5HWJA 3A5FA 1W54A 4JD4A 4HSNA 1VR6A 4Z1DA 2BZNA 3ANYA 1TREA 3UWQA 2ZRXA 1H1YA 4JN6A 1XM3A 3OVRA 6TIMA 2X1UA 1UB3A 3M6YA 4ALDA 3C2VA 3HOJA 4UMAA 3NOEA 4LRSA 2YDAA 1TPEA 3KVMA 3W23A 1H1ZA 4HHPA 2ABBA 4ZQPA 3GR8A 3TW7A 3YPIA 4M19A 1V5XA 5HR6A 1ME7A 1S3HA 5A8GA 3UD6A 1Z42A 3VE7A 3TW6A 3EXRA 5FI8A 5HQEA 3NQFA 3DAQA 5H2ZA 3A22A 1I2OA 3P60A 3G0SA 3M9YA 3W1PA 5CZSA 1B4EA 5IM51 1W5MA 1WBHA 2ZZ6A 5CSRA 2V5LA 2DU2A 1G6CA 3TNOA 1EIXA 4FIRA 3K30A 1TIMA 2Y61A 2HMCA 3LCHA 5AHNA 2FIQA 1EB3A 4TR9A 3W07A 1P5BA 4KFNA 4ZL1A 2A7PA 4MZYA 3GXTA 3FKKA 2GJLA 2QDHA 3HG4A 4JEQA 1PVNA 3UWYA 1GVFA 1TPVA 4HNTA 3STEA 5KZMA 5CZJA 2V2CA 4C1KA 2C6QA 1QDSA 5LGZA 1Q6OA 1YYAA 2HS8A 1I45A 2E5CA 4YCOA 1GYLA 3TSDA 3BO9A 4UTMA 3O15A 3L5LA 1C29A 1QAPA 3P67A 1FDYA 1EEPA 4P61A 1MEHA 5CZ0A 4AWTA 1J5TA 1JQVA 5DCDA 1DHPA 3ATZA 4NZFA 5AHEA 3DHFA 4YWIA 1HO1A 3SECA 3NPXA 2ABAA 2EGZA 1VHNA 4JTUA 3W7DA 4RX0A 3NO5A 4NJHA 1SO6A 3S5OA 4DXVA 3EX1A 4UUIA 2FPVA 1KBJA 2C16A 3NGJA 2Z2UA 3O6CA 4ZZ9A 1W1ZA 1JUKA 1W5NA 4MY9A 2E5BA 3DENA 3OIXA 4XUGA 1EP1A 2OZ0A 3HG5A 5AOUA 2E1DA 1W3TA 4ZQOA 1LDCA 1SR9A 4AWUA 3NNTA 2XN2A 1I2RA 1WAUA 3JS3A 5K9DA 1KTBA 2DZUA 5D04C 3R2GA 3KOFA 5EA9A 3LHYA 1OX6A 2R14A 2JBMA 1R46A 1JVNA 4ADSA 1UUOA 4JTKA 5HMSA 2VEMA 5I3GA 5DXYA 1ME8A 3S1XA 3NZ1A 3E9AA 3W75A 2DP3A 2WKJA 3FIGA 5C54A 3U8GA 1A50A 4IXHA 4AF0A 2V2DA 1FDZA 3HO8A 3KVKA 3OBKA 4ZMGA 4JXCA 4IXXA 3P8JA 3UZ5A 1OFQA 1TYGA 3ZR4A 4N9DA 1K02A 2X16A 4E2BA 3W72A 1LOLA 3UY8A 4AWSA 4MPQA 1SSDA 2DZWA 4YLWA 3NM3A 4RXFA 3S42A 4LW7A 4K6AA 3LV6A 3WK2A 1HTIA 1IXQA 4DEFA 4D2JA 3W1LA 1Q6QA 4AVFA 3PBWA 3TJLA 4R34A 4L4MA 4NXKA 3IIVA 3O16A 2A6LA 3NQ2A 1FBAA 5D2WA 3NEVA 2ATMA 2ALDA 2YX0A 4OT7A 4LY8A 3G22A 4XZ9A 3Q37A 2DZPA 1TCDA 3W7QA 3B0PA 3KX6A 4AF0B 4RKAA 2ZRUA 1LRTA 2ZFAA 2W6RA 2CZ5A 4R53A 7TIMA 4LS2A 1OK4A 3W1UA 4N02A 3BW4A 2VC6A 2A1YA 1G4PA 3H54A 1YLVA 1RQBA 3N2XA 1VYPX 1DQXA 3BGGA 3BW2A 3E96A 2C3ZA 4BF9A 3W7EA 4OHQA 2PURA 1H60A 4HIBA 4RV8A 1SU5A 4QISA 4OWGA 3TDFA 1OK6A 4O11A 4MJMA 4QNEA 3TFCA 3QMTA 1XC4A 3E02A 1RPXA 3GLCA 3PUDA 3HBLA 4O17A 5DLCA 4MFDA 2CZDA 1K3UA 3LB0A 1KFJA 1CX9A 3AO0A 2CLMA 4CQAA 1OJXA 2CFFA 2KZHA 5HINA 3QPZA 3EX2A 3BLFA 4NJKA 4K8HA 3SW6A 2E6FA 4S2BA 1KM0A 4O0ZA 2VEIA 3EEGA 3HPXA 2B7QA 3OVQA 3TJXA 5K4ZA 1B4KA 4KFOA 4CCDA 5LNUA 3GIYA 3HQ1A 3NYZA 3OEXA 3PR2A 4GBUA 4GUFA 3FOKA 4RZ6A 1K7FA 4KKXA 4JY9A 2O7QA 3USBA 1AL7A 2FLIA 4K37A 3QEZA 4PL1A 3B0UX 2OT1A 2CWNA 3LTYA 1SSGA 4O54A 1T0OA 1OFDA 4X3ZA 1K03A 5D2XA 4GNJA 1WX0A 5D05A 4E38A 3QC3A 3KXQA 5LSMA 3P5YA 4O1DA 4CNPA 4ORIA 4ZVJA 3R13A 4ZQCA 2DORA 3TQKA 4MY8A 1VJIA 1XBYA 2Y70A 4JYEA 1A5BA 2GUUA 5F1UA 3P62A 2ATSA 2ZQ0A 1SW0A 4LS0A 4YMZA 3M47A 2LLEA 3ZWTA 1RR2A 3NZRA 4AXKA 4MKNA 4EIVA 4M6PA 2E6DA 2ZZ4A 4LS1A 3PC0A 2G97A 4O8RA 5DY2A 3TU9A 2VFEA 4DBDA 3I6RA 4IMGA 3B05A 3M5XA 2NXIA 3DFQA 3P80A 5FF4A 5D02A 3NVTA 1UJPA 3CIXA 2QCHA 4O4VA 2JKAA 3W73A 1GQNA 4GE8A 3ABSA 3EB2A 1RQEA 4GUGA 1FXPA 1ML1A 1A5CA 1GWJA 4IPJA 5HWNA 1FWTA 3TIMA 1LTDA 1Z41A 2Q3OA 2ZDRA 3QSTA 5LNRA 2DJLA 1OX4A 3TSMA 2OX1A 1ZHAA 1VQTA 3N34A 2A5HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GTH A;  4CKQ A;  4GIY A;  3TML A;  2E3Z A;  2PWF A;  1JPH A;  3WQ5 A;  3B3D A;  3BGA A;  3GBE A;  3NGF A;  3ZJ6 A;  3TMQ A;  1P0N A;  2BOE X;  1EX1 A;  1Y7V A;  1KLY A;  1AA1 B;  1TQJ A;  3CZ8 A;  1SZE A;  1ADO A;  1FP8 A;  4R33 A;  1LL4 A;  3EMZ A;  3GHS A;  5C2X A;  3QN3 A;  3KWX A;  5AB3 A;  2PRL A;  2ISS A;  4J2P A;  5CJM A;  2BV9 A;  3PSV A;  2H6R A;  3HGR A;  3POH A;  3W2K A;  4G56 A;  5HMD A;  5D4Y A;  1GQJ A;  3GUW A;  5BXR A;  1X1O A;  4U3A A;  3IIP A;  3E49 A;  4DWS B;  3JZE A;  1L6S A;  5D32 A;  2FTP A;  1XCW A;  1E6R A;  2EQD A;  4GO8 A;  5D9P A;  4JIH A;  1V03 A;  3DC0 A;  3CLM A;  5B7Z A;  1FWG C;  1UP0 A;  5I3H A;  4OJY A;  3U5Y A;  1UA3 A;  2PI6 A;  4AAJ A;  4J3W A;  1QT1 A;  1WNO A;  2QCL A;  2J7G A;  4ORM A;  5SWU A;  5LIY X;  4Z1Y A;  2QPS A;  1SJD A;  3PNU A;  3N14 A;  4CQ9 A;  1RD5 A;  3NG3 A;  1OCN A;  1XSI A;  1I2Q A;  1LRN A;  2Q02 A;  4IMA A;  3RIT A;  5LKY A;  3ZVI A;  5JU6 A;  1V3K A;  2ACQ A;  3EWY A;  1GZG A;  3BG5 A;  1VCF A;  1GEQ A;  1ZQ5 A;  4CEU C;  2NSO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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