5TAOA

Haloferax volcanii malate synthase lead(ii) complex
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
428
structure length
356
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDLTADELREELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEAAKWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Malate synthase
publication title X-ray analysis of Lead(II) binding to Haloferax volcanii Malate Synthase
rcsb
source organism Haloferax volcanii (strain atcc 29605 / dsm 3757 / jcm 8879 / nbrc 14742 / ncimb
total genus 140
structure length 356
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2016-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 5taoA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 5taoA01
3E0WA 4B5SA 1U5VA 3FA3A 3GQYA 3QV6A 3LG3A 3SRHA 1A5UA 1E0TA 3E5BA 1DXEA 4B5XA 3QLLA 1VBGA 2R82A 2KX9A 2VWTA 3OYXA 1F8MA 1AQFA 3M0JA 2HRWA 2XDFA 4B5TA 1OQFA 3QQWA 4WJ8A 1U5HA 1DXFA 1ZJHA 2QIWA 3R4IA 4QG6A 4L80A 3T05A 3KTXA 1F8IA 1A49A 3HQPA 4JPGA 3QV9A 1S2UA 4FXFA 4LSBA 3T0TA 4IQEA 1PKNA 2XZ9A 3FA4A 1VBHA 3SRFA 1XG4A 4KCUA 1S2VA 2VGGA 2ZE3A 3VAVA 4YNGA 1OY0A 4B5WA 2VWSA 1M3UA 1PKLA 1SGJA 3QV8A 2E28A 3OQ8A 2HWGA 3U2ZA 3GG8A 3HQNA 3M0KA 4IMAA 3PP7A 3BJTA 4L9YA 1S2WA 4L9ZA 1MUMA 1A3XA 4L7ZA 3QTGA 1UJQA 1KC7A 3PUGA 3KHDA 3H6OA 1Z6KA 2WQDA 2XZ7A 3SRDA 4KS0A 1S2TA 4TV5A 3SRKA 2VGBA 2V5JA 4IP7A 4QG9A 2L5HA 4ROQA 1T5AA 4TV6A 4QGCA 2DIKA 4HYVA 1F3XA 4YJ5A 1E0UA 4KCWA 3QV7A 2HROA 4RPPA 1GGOA 4B5VA 1IGWA 2BG5A 1KBLA 2X0SA 1M1BA 1A3WA 3HQOA 3EOEA 3P0XA 4MG4A 1O5QA 4G1NA 3E0VA 1DIKA 4QG8A 2VGIA 2HJPA 3G2GA 3QZ6A 3EOOA 1O66A 3IS4A 1O68A 3LYEA 4FXJA 2G50A 3OYZA 1DQUA 1F61A 3BJFA 1XG3A 1PYMA 3B8IA 3MA8A 1ZLPA 2OLSA 5TAOA 3GR4A 4KCTA 4B2DD 4B5UA 3EZ4A 3N25A 1F3WA 3I4EA 4KCVA 3T07A 4KRZA 4IQDA 4HYWA 1PKYA 2VGFA 4DRSA 1JDEA 3ME3A 2V5KA 1IZCA 1PKMA 5JVLA 3EOLA 4B2DA 4MF4A 2DUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CPNA 5E0FA 5JDHA 3GHUA 3VKAA 4EPDC 3L09A 2WY2A 4W7UA 1UIOA 1W3TA 3ZR5A 3L66A 3IIPA 1F8MA 3GXPA 3V5CA 1YTKA 3CH0A 3PWGA 4NJKA 1RD6A 2D0GA 3M43A 9RUBA 2ZRYA 3I3BA 1JCYA 4S3BA 1O12A 4QG6A 2Y8VA 5HOSA 3ECQA 5CEWA 4QE1A 4ZA0A 1X7FA 4O28A 1DPMA 3K1SA 4FOJA 4IUGA 4H9PC 4DO0A 5CCZA 4TVCA 2FPVA 2Y8DA 2J9XA 1U5PA 1SPQA 5BU9A 1LZOA 5DQVA 4ZVJA 5FF4A 3H70A 4EGWA 4Q6XA 2XQ7A 1WDWA 4L1XA 4EXAA 1M7JA 1XLMA 3A64A 4PB5A 3ENLA 5KZMA 4NJJA 1BF2A 1B90A 3QY6A 1JCTA 4LPCA 2ZRUA 3ZN0B 5I3HA 3GFYA 1Z9AA 1CXLA 3ZWTA 4DZIA 4YXGA 5L3BB 2H88A 1DU2A 1B3OA 1DTUA 1RD5A 2GVLA 3NQAA 4Z1DA 3WQFA 3IACA 9XIAA 2YW4A 4GYJA 4DVOA 3NQGA 1GWJA 5GJPA 1DHKA 5FD0A 4Q3MA 2IPFA 4YTUA 4FNRA 1ZSXA 3KV6A 4EWJA 3QHOA 1I2OA 1CECA 3B8IA 5AZ0A 2OX1A 2VX6A 4DIDB 2P3EA 4IP5A 5I3FA 2FTPA 5I5RA 3I7QA 3LZ5A 2Q9QD 3QKZA 4RW5A 3NDOA 1NWMX 1BQGA 1NSJA 5JRCB 4JCMA 3KRSA 3WBAA 3VO0A 4S23A 1TWWA 4PSRA 4EPBC 4GISA 4N9EA 4W87A 2ZICA 5FACA 1VRDA 4XAPA 1J11A 3NG3A 3KS5A 1LOSA 4O4HE 1XCWA 4B3KA 3F31A 5FAJA 5BR8T 3M3ZB 3WD0A 1W3LA 2X1UA 4INFA 4EPKA 3GNXA 4R88A 3VNZA 1R85A 4CQDA 1W9XA 3LRLA 1SSDA 2VM8A 3MKDA 1E15A 4L61A 5M3WA 4IISA 1YLVA 2Q09A 4IE0A 4LAKA 3N2BA 4AMAA 2PE4A 3O0KA 4IZGA 5HUOA 3W7LA 3R2GA 4UUIA 2FTWA 1BR0A 1ZBVA 4KWWA 1A5CA 4W7VA 4MWAC 2VFDA 3G06A 5CJMA 3ZS4A 3W1LA 4ALDA 4LFCT 1P4CA 1E1EA 1UR9A 3NVDA 2NV1A 4PBFA 4IG2A 1FKXA 4D6HA 2J1DG 3V5UA 1R3VA 3OIXA 1QPOA 4IXHA 1XLGA 4GQ0A 2J88A 1SSGA 2AE9A 3SDOA 1M01A 2FVLA 3ZJ1A 2QGYA 4TV9E 4IJBA 5JUVA 1HUVA 1NDZA 4ZBCA 2WW5A 4F79A 5HWNA 1MSSA 3K8KA 1I6NA 3KP0A 2PEVA 2VMFA 5LZLA 1HX8A 2CYGA 3KP1A 1JCMP 5C5YA 2LKGA 3P4PA 3UESA 4M19A 3V7PA 3MHFA 3VOGA 2TRSA 4JS3A 3FZHB 3JC6D 2YW3A 3ZVIA 4R34A 2Z28A 3VC5A 4EF8A 5LG4A 5D9OA 3N73A 3HJEA 2CLYC 3E2VA 5KXJA 4LF7T 3CUXA 3HQNA 4O0KA 1OADA 3N2MA 1T8QA 3H2CA 5HWYA 3UUXB 2P9BA 5FF2A 3PUGA 1UUQA 4HA4A 5FF3A 4AC7C 3VXGA 3ARTA 2DUZA 1D1BA 4I0UA 2OZTA 4IFKA 1F3XA 1ZENA 4KCWA 4YFSA 2NQHA 2NVCA 1V3LA 1YNQA 1QBBA 1L8NA 4LW7A 5BROA 4MG4A 2BOFX 4CQ8A 5HWMA 3UUBA 4TO8A 4MUZA 1HJXA 5AQLB 4QISA 2J75A 1XLDA 3MMUA 1V51A 5DQPA 4WD0A 1JF6A 1QI3A 4GQGA 5E5CA 1KFKA 1A0EA 2D24A 4Q8NA 2VQTA 3PBGA 4ZTXA 1JXKA 4CNNA 4MWAB 4W86A 2XFWA 1TVPA 3SIMA 1O5XA 4O17A 4D2JA 5LMUT 1MW0A 4Q22A 2WMGA 3UU3A 4UTMA 2XIQA 3CUHA 4ZSTA 1YDYA 3GDBA 1XIMA 1FWAC 1QMLA 2WHMA 3IANA 1CI1A 3JRKA 4ATWA 4XKMA 2PGRA 3EEZA 1K8XA 3T0DA 3F2BA 2PGWA 5KZ6A 4X65T 3OB8A 5L3GB 1SO4A 3MK7C 1W1ZA 3L0GA 2MOZA 3LBCA 5A1AA 1ZBCA 5LGXA 3S6TA 3U3HA 4ZS3A 1WP6A 1LWIA 2YCKX 3QV8A 3TFXA 4YS1A 4V1Av 3RPDA 4EZ4A 2D2HA 2QUNA 2Z2UA 3DFQA 1XISA 3H8AA 4UQEA 3EX1A 1CCWB 4DQWA 4JTDA 4KP3C 1QI0A 3PWIA 2R1LA 1XLCA 2HDJA 2X0LB 2GSHA 1WUFA 2DVTA 2O92A 2Y63A 4JI3T 1B1YA 1WAUA 1RBOB 4GKLA 2QDHA 3P4QA 3CEPA 4HYVA 2CLYB 2PURA 1OEDC 3ZYKA 2YLAA 3VYLA 2X2GA 3ZT7A 2HE8A 4PTNA 2QCFA 1QU4A 3WLJA 5J5RA 4DBEA 4Q8OA 2E25A 3F4CA 1D7KA 2XYLA 1OFAA 5ABFB 1MQRA 2NXIA 4O4VA 2VKZG 3CASA 4CN6A 2PI6A 3FLUA 3WQVA 2QF7A 1GW1A 3GH4A 4NXMT 1TTQA 3WLNA 2QJIA 2J13A 1GVQA 2X30A 2QVHA 3FGCB 2BG9A 4IREA 3NSXA 1VCTA 4FAMA 3Q5DA 3BAIA 1N82A 4U3CA 2BHZA 1OF6A 4XZBA 2D73A 4V1XA 2DPEA 4RZ5A 1JFHA 2J79A 4H9TA 3KBNA 4RZ4A 3VGFA 3QF0A 2FZNA 3TOPA 3UYCA 3N6JA 2VHLA 2KMFA 2CZVA 4GYPC 2OEKA 2CLLA 4CNTA 3INPA 3W1MA 1ZJBA 1DHPA 1DXFA 5BMWA 4HNVA 2WOQA 1UP2A 4LSBA 1UKTA 4ZB5A 4DV2T 2ACRA 4JTQA 4J35A 1J2BA 4GPNA 2WWCA 4W85A 2HWGA 3GH5A 4IWWA 4PJNA 4KMQA 2QCEA 3FOKA 5ECUA 5FSDC 1JNZA 1XD1A 1J1JA 1HKKA 3BCFA 4L64A 3NJ3A 1UUMA 1P43A 6REQB 2A3LA 1YNYA 5DO8A 3W3OA 1C8VA 1T96A 4HHLA 7TAAA 5I3JA 4DLFA 1SO5A 2E9BA 2ZDSA 1VRXA 4I55E 1EUAA 2XSAA 3V4BA 3TW7A 3DFTA 5FJIA 3C0SA 1J5WA 2LM2A 4PUJA 3BICA 2INFA 2BMBA 4TR9A 3W7RA 3QC0A 1GZGA 2PLKA 2QUUA 4P7OA 3ZC0A 1ONRA 3N2CA 3W7PA 3H4WA 1W5MA 3L4ZA 2PCQA 4ERIA 3L65A 2K24A 1K9EA 3W83A 3PTDA 4GACA 2C0SA 4LVGA 1Q63A 2BKNA 2DZSA 3WELA 1TPC1 3AA0B 1C9DA 2EXOA 4GE8A 3IRSA 1OEDB 1DIEA 3KCOA 4Q4OA 3TXZA 2LSKA 3WUBA 1XNQT 4NZ3A 3URQA 4Z2HA 1EIXA 3IJ6A 1V0KA 3BAYA 3HOJA 1NDWA 3AHXA 1GQIA 2NP9A 4HD5A 3ETVA 2UXNB 5AQHB 1SZEA 3KAOA 3PR2A 1FY6A 4GWEA 3N9OA 2Z7KA 4E4FA 3AMKA 1M7OA 1AVAA 1XBXA 1WR0A 2AXDS 2Y5EA 3PUZF 5E0OA 1VBGA 2XFFA 3IIZA 1DV7A 2VWTA 3VILA 4BWLA 3TFCA 3LX9A 2XQYA 4MVAA 3HGSA 3HPFA 1BGAA 2XWDA 2GVEA 3ARYA 4JN6A 3WFAA 4KEZA 3GVQA 1J96A 4IF2A 3O0FA 3I0QA 4YTNA 3W7OA 3QMRA 1F76A 4TMCA 4ERAA 1LYXA 2FLIA 3L39A 4Z08A 4DM1A 2WV8A 3HMCA 4O4LE 4Z42C 2WDQA 1XJBA 4OHQA 4GYRA 4HFHA 3KRUA 4P7NA 2IC6A 4ZB0A 3VMNA 1RCQA 3VR8A 3T2QA 1QBAA 3IJ9A 3XINA 2O55A 4PCNA 1DJZA 1CLVA 4DF1A 2QAPA 2R1PA 2EPMX 4XSLA 3VGDA 3VCNA 2ATSA 2J77A 2QVAA 4BCEA 3RQWA 1A5LC 3G0XA 4O54A 3L3PA 5U4NA 3WLQA 4U7YA 1ZZMA 1JAKA 1EKOA 3WNNA 2HN1A 3S1XA 1G67A 2BY0A 3UEQA 3RO6A 5HPOA 3HGRA 4CVUA 2OSYA 2FJEA 4D6CA 3PJAA 4RNHA 2XH4A 4NHVA 5FXZA 4PUWA 4FI5A 1ITCA 4GO9A 3FZFB 3DYPA 3B05A 4UTIA 1UBPC 3WQDA 4JUYA 3N14A 4PUEA 1ZAHA 3S2JA 1EDQA 4JKMA 4ZOEA 5T26A 4IMEA 1UBSA 1EC9A 4M6UA 5CSYA 4WXZA 1TMHA 1XCXA 3KLLA 3KVJA 2BBJA 1EJ7L 5FJOA 3VMPA 2WKGA 4LNYA 1MNZA 3K3NA 3CPUA 5LYJE 1JIBA 3QV9A 2ZZ6A 2A7RA 1G9HA 3G6LA 1GOQA 3LNMA 4PB4A 2O4MA 1ONEA 1HZYA 5IBXA 4LFBT 4LVFA 5HMSA 1KFLA 4M6PA 4F0HA 3BURA 3HO8A 3LQGA 1ZHCA 3PPHA 5A5WA 4AVNA 1MNSA 4LYKA 2KXPB 1JUEA 4PTXA 1MMNA 4HK6A 1XC6A 4Y9OA 2A9UA 3EWWA 4IFRA 1VEOA 1A0DA 1VBRA 2BS2A 4M56A 1IJ6A 4X22A 3SQLA 4DNMA 5BXSA 1IT7A 4AAJA 2X1RA 1R3QA 2D2OA 3CO4A 1EF2A 2XH0A 3UR2A 1P1XA 4ROQA 3EI0A 3RLVA 2QCCA 3GB6A 2YR1A 3FYPA 3QV7A 4GA8A 4FP1A 1IGWA 1RLDA 4M0XA 1KBLA 1FFQA 1HL8A 1PIFA 1V3IA 1TPWA 1DWFM 3NWIA 2BY1A 2X9WA 1KW1A 4E38A 5JH1A 2OSXA 4PK4A 3WF0A 2QUMA 1QOQA 3PG8A 3EXTA 5BOOA 2ONEA 4AEEA 4UOQA 3H26A 3C0JA 3P93A 4PCPA 3CX8B 4D6DA 3UJEA 3OLDA 3KFTA 2WZIA 1TPB1 1XDOA 3THUA 5KMYA 1X98A 4EXBA 5D2YA 2R1NA 2D1ZA 5LBQB 4K2SA 4JD4A 3BLFA 4WDXA 1GUVA 2VOTA 2FPYA 2QNEA 3EVYA 4ASTA 4CZZB 1UWAA 3PNUA 2J7BA 3PTMA 1Q6DA 4ZGYA 3NO5A 1GKRA 3G6MA 4XZWA 4RJEA 1WXYA 2ES0A 4FNUA 2E0PA 3EBVA 3P60A 1R9YA 2V3GA 2C1IA 2CBIA 1FRBA 2B0MA 1LKXA 3M41A 1PCWA 3LSCA 3UF9A 4WY0B 2A3BA 1GJUA 5B7ZA 2WMHA 4RKAA 1U33A 1DE6A 3PM6A 4JQ2A 4NJGA 1TIMA 3VU7H 1B31A 4ZQMA 3EKZA 2ZMAA 3PC0A 2KLQA 2WDVA 3PTQA 5G2IA 4KGJA 1ZS2A 3ES8A 2X9HA 1E4NA 1VCVA 1DIOA 3FIGA 1NQKA 5AQFB 3PWAA 2PDYA 4ZOLE 1A5SA 1NELA 3RYCE 4HN8A 2DJLA 5A6LA 5FMNA 4X20E 3SCPA 1TV4A 2E5VA 1H3GA 2VO5A 1PZ3A 3TLVA 1OXZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4AEF A;  1R46 A;  3I1A A;  1YPX A;  1ITQ A;  2ZBT A;  5C70 A;  3ZST A;  1YXC A;  1TWD A;  3KDO A;  1ISZ A;  5HXH A;  1TJR A;  2C71 A;  3GTF A;  5CSR A;  1XGZ A;  3LK6 A;  5I78 A;  3LI1 A;  5CZ0 A;  2DVX A;  4QLL A;  3M0L A;  1R86 A;  3KZS A;  1EGV A;  2QR6 A;  1EP3 A;  2ZAD A;  3GDM A;  4C1N B;  1VJS A;  1MMD A;  3IJ7 A;  4LY8 A;  1KV5 A;  3G1R A;  2WBK A;  2D3N A;  3DCP A;  2RJG A;  3ANW B;  4J5N A;  3E5P A;  1EJT C;  3W28 A;  5K7J A;  4IDN A;  3DYM A;  3C8N A;  2BG9 B;  1QRQ A;  2A6N A;  3MV1 1;  4OVX A;  3VIM A;  1Z48 A;  2GVG A;  5AQQ B;  4JN7 A;  5CPQ A;  4F48 A;  4JV5 T;  3MW7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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