The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
21
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5E79 Z; 5KAI Z; 5GTH Z; 3A0H Z; 4UB6 Z; 3A0B Z; 3WU2 Z; 3JCU Z; 4IL6 Z; 3KZI Z; 5H2F Z; 4UB8 Z; 4PJ0 Z; 5KAF Z; 2AXT Z; 1S5L Z; 5B5E Z; 5GTI Z; 5B66 Z; 5TIS Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XMO O; 2QE7 G; 1CEZ A; 3SDL A; 4O2B A; 5LMN B; 1Z5W A; 2M7W A; 2UUB O; 1NVP D; 1OCO C; 3H1L H; 1N0J A; 4BW9 A; 4DRX A; 3KKY A; 2O57 A; 3ML0 A; 4LWS B; 5ITZ A; 4CH4 A; 4DR7 B; 1SS3 A; 4FLU A; 1US6 A; 1THZ A; 2QJ1 A; 3RN4 A; 5B1O A; 4WFG A; 5EK0 A; 2R70 A; 2WLL B; 2YC0 A; 1Y4M A; 2GHY A; 3F5W C; 4IYI A; 3JAR A; 4JGS A; 1NS1 A; 1X59 A; 4BIU A; 3OGC C; 2A7W A; 2LFR A; 2QWP B; 4HNA B; 2HJD A; 4DR1 O; 1DK1 A; 2DMX A; 2YIB D; 3ZHS A; 4PHZ A; 2Y4U A; 2PY5 A; 4TV9 B; 1QNM A; 4WBN A; 3IJ4 A; 3I5D A; 4HBN A; 4FM0 A; 2P6J A; 3U10 A; 4JYY A; 2DYR C; 1MSW D; 3K5M A; 3BFR A; 2EJR A; 1VQO V; 4FZ1 A; 1HR0 B; 2YXH A; 4X20 B; 2YDE A; 3FYI B; 1EN4 A; 2WLN A; 2X6B A; 4NKG B; 4WFA V; 1GN2 A; 2UXB O; 1PP9 H; 2JS3 A; 4OXS A; 3SPH A; 1PNK A; 2ARH A; 4K0K O; 2MW2 B; 3CCV V; 1YJ9 V; 4K35 A; 4D6T H; 4EEQ A; 1TA8 A; 1BE3 H; 1H2L A; 2LO1 A; 4TUY B; 4H44 B; 1NJI W; 3ZMT A; 4ZOL A; 1SRY A; 2WLM A; 2QA4 V; 1UJW B; 2XAS A; 4L8J A; 2DYR B; 2YEV A; 3WB1 A; 2JGD A; 3JAW B; 4I55 A; 1SET A; 4CS3 A; 3ZCC A; 3M7M X; 2Y69 C; 2Z5U A; 2L6L A; 5L3G A; 1R3K C; 4MVU A; 2EBO A; 3ZHR A; 3OEE G; 1B3Q A; 1NI8 A; 1E1Q G; 4O2A A; 3UCS C; 3FKS G; 5IYD O; 4P9P A; 3LSS A; 3N2K B; 1H2N A; 2FYU H; 1N34 O; 2PYL A; 4JV5 O; 2Y0I A; 2ITD C; 1FXH A; 1YIT V; 1I0H A; 3DXR A; 4NTX A; 4NVP A; 3N2G A; 4AI8 A; 3Q4H A; 3CC4 V; 5KHI A; 1XL6 A; 1RSO A; 4JI5 O; 2Y69 B; 2CH7 A; 1H2M A; 1SQX H; 5IY5 C; 4AIL C; 1FJG B; 4JI7 B; 4TT3 G; 4MT8 A; 4FLW A; 4B3T O; 5KX5 B; 1I5X A; 5AG2 A; 4E2L A; 5K1P A; 4F4L A; 3CCE V; 1LNQ A; 2JJ1 G; 4EB6 B; 3JD0 A; 4DV6 O; 3RYF B; 4LF9 B; 5KUM A; 1GH6 A; 2OTJ V; 4UFZ A; 1HP8 A; 4ZKI A; 4EFB A; 4LF6 O; 1G8M A; 3E8F A; 3C90 A; 4B3R B; 4O4L B; 5CN0 A; 4UCU A; 2W0F C; 1KYO F; 2XAF A; 3BVO A; 3OR7 C; 5IY5 B; 2DW4 A; 2YIC A; 1UPG A; 3CPW U; 5KHK A; 3JYC A; 3B40 A; 4DV1 O; 5E79 Z; 2Z0A A; 4MVM A; 3IGA C; 1EFR G; 3T1C A; 1P4R A; 1K5S A; 4GX0 A; 3FB6 C; 4Z2W A; 4U7N A; 1EBO A; 2QM8 A; 5FPR A; 3STL C; 3WG7 C; 5CA0 B; 1HNX B; 4TWK A; 4DK1 A; 5B3S C; 1BQ0 A; 4HAM A; 4K8X A; 1VQ6 V; 4UVA A; 1A32 A; 2RJZ A; 2DWD C; 1MZE A; 1QQC A; 2V4D A; 4DV7 O; 2ZD9 A; 4JZ2 A; 2OCH A; 4O4J A; 3E89 A; 5LOV B; 4OX9 O; 2R72 A; 3F7V C; 4YIP A; 5B1N A; 1OCR C; 1TUB B; 1EZV H; 1Q86 W; 4MTG A; 1YI2 V; 4PI2 A; 2PZS A; 2XAQ A; 1XNQ B; 1V55 B; 1M57 C; 3JAS B; 1NR7 A; 1YTF B; 1MZF A; 1OCZ C; 2ADQ B; 3OR6 C; 3GB7 C; 2NR5 A; 3CJH A; 3WFV A; 2CK3 G; 4RUF A; 2ZE6 A; 5B3S B; 5IWA O; 1BHA A; 3ABU A; 4BWA A; 3L70 H; 2XHB A; 5JQG B; 1FXK B; 2ZE8 A; 1AI5 A; 3CXH F; 1OCR B; 3UT5 A; 4BIZ A; 4LFA O; 4LF4 B; 1S0V A; 4UB8 Z; 4MVR A; 2VWJ A; 1S5H C; 5LHH A; 2ILM A; 2BOB C; 3SYA A; 1M57 B; 2ZM6 O; 4KXR A; 1XBL A; 1OCZ B; 3FFQ A; 3GWO A; 2VQE O; 1KBH A; 3B4S A; 4AQY O; 2DQ3 A; 2V1D A; 4CH3 A; 2FB5 A; 3HKE A; 4LFC B; 1MOF A; 4X1I A; 1RP3 B; 4LFB O; 1M4U A; 1K4D C; 2DOS A; 3ZS8 C; 4X8A A; 1Q6U A; 4JTA B; 1LR1 A; 3K5L A; 5EBM C; 4JI2 B; 3ABM B; 4GX5 A; 5EBW C; 4DW0 A; 2JEU A; 2IM9 A; 4EFE A; 2GV9 A; 4BAY A; 1OJH A; 1XRE A; 1SER A; 2ZNI A; 2UXC B; 5KUK A; 5EC1 C; 1QCE A; 2ITC C; 3VBB A; 1NR1 A; 5H9C A; 2E76 B; 1K92 A; 5CB4 A; 1PPJ H; 2VWK A; 3G80 A; 4D7S A; 3ZHV A; 4MVQ A; 2PGG A; 1L1F A; 4KHP O; 5KMG B; 1VF6 C; 1W0K G; 1Y74 A; 3ASN C; 3K08 A; 4BR6 A; 3K9A A; 3AG4 C; 4EKW A; 1SQB H; 3APQ A; 4FVM A; 2BSK A; 1NU1 H; 2BTQ A; 1AJN A; 4Z1M G; 2CTW A; 1PNL A; 4X1K B; 1JJ2 U; 2VS0 A; 4PDM A; 3M99 B; 1NH2 B; 3OTO B; 4YHH O; 3ZMZ A; 4MTF A; 2QWQ B; 1GTO A; 3BRC A; 5IJ9 B; 3ASO C; 4LR3 A; 1XI1 A; 4I0X B; 2KKW A; 4O4I B; 3KZI Z; 3L74 H; 3ASN B; 1JOY A; 2F95 B; 2HG5 C; 4X65 B; 1IZ3 A; 3AG4 B; 3B8N A; 5C8Y A; 4DV2 O; 1W0J G; 4DR3 O; 2BE3 A; 4GKJ B; 2CE4 A; 3EXA A; 5GON B; 4X1Y B; 3SPC A; 2QSA A; 1BCC H; 4O4H B; 1NKD A; 4UV8 A; 4ZI7 A; 5A2Q N; 1PL4 A; 2EIN C; 5IYZ A; 1SQF A; 1R6N A; 3S3X A; 3CS5 A; 2RN9 A; 1NVP B; 3ASO B; 1HDJ A; 4DV0 B; 1KQS U; 2K9P A; 3HKC A; 1S5J A; 2E5L B; 3RYH A; 1Y6X A; 4JI0 O; 5KA6 A; 2GUZ A; 1OCC C; 4NYK A; 3D3Q A; 4F6R A; 3J80 N; 2AZ0 A; 2JJ2 G; 3THO A; 3CRM A; 4J9Y B; 5KLV H; 4UCV A; 2ETN A; 2EX3 A; 3WB2 A; 3RVY A; 2EIN B; 3DTU B; 2EJ7 A; 1Q82 W; 4NXM B; 4FFB A; 4JI3 O; 2GSM B; 3ZHT A; 4I50 A; 4FLZ A; 1QHT A; 5LMN O; 3RWR D; 1R73 A; 1YXB A; 4JAA A; 1N32 O; 3LUT B; 1HNZ O; 3JSL A; 1SF9 A; 1ZSP A; 1NTZ H; 5BY1 A; 4UV9 A; 1YVW A; 4JYA B; 1IBK B; 3JAK B; 3CC2 V; 4X62 B; 3MDS A; 1OCC B; 1HNW O; 2DJV A; 4DR7 O; 4XDJ A; 4ASU G; 3BEH A; 1KU9 A; 1GM9 A; 3D3I A; 5FNV A; 3FYE B; 4J41 A; 1P84 F; 4GKK B; 1R1B A; 5JJN B; 3OMA B; 1BQZ A; 5IE9 A; 1OHH G; 5JH7 B; 3T1H B; 1VF5 B; 2ZXW C; 4PDV A; 5J2T A; 3GVM A; 1F7Y A; 1NT2 B; 1IBM B; 4TV8 B; 2ZR3 A; 5EZY A; 2Y48 A; 2MK3 A; 3HPL C; 2P7T C; 5KHJ A; 3K0D A; 2QTO A; 2Q9L A; 2ZKO A; 1F4M A; 1D5N A; 2F4V B; 1GM8 A; 2LGQ A; 4I4T B; 4DR2 O; 3U0Z A; 2JIZ G; 4O2B B; 3G71 V; 4LNU A; 5KAF Z; 1UFI A; 2WLK A; 1JPX A; 2NLJ C; 4JAS A; 3K59 A; 1ZWI C; 2Q8V A; 4DUY B; 1ZX3 A; 1GN4 A; 2Q7H A; 1QLE B; 2ZXW B; 1VQK V; 4JI1 O; 1N4C A; 2DN9 A; 5ITZ B; 1HR0 O; 2UU9 O; 3H9V A; 3STZ C; 2ZQM A; 2GBO A; 4KL1 A; 4OPA A; 3HB3 B; 2EIJ C; 1F4N A; 3ABT A; 3KCX A; 1RM1 C; 3JAR B; 1J95 A; 2XND G; 4B7E A; 5D5P A; 1WB7 A; 4DR6 B; 5LMU B; 1VMG A; 1WAZ A; 4IYH A; 3HKB A; 4JI6 O; 3F5T A; 2BTO A; 4UVC A; 3OM3 B; 2ZCE A; 5LP6 B; 1AP5 A; 3OEH G; 1H38 A; 2JS5 A; 4WBN B; 3S3W A; 1DF4 A; 5JWP A; 4DK0 A; 1HW7 A; 2Q7E A; 3K03 A; 4JAU A; 2EIJ B; 3CSX A; 2ZE7 A; 2XAG A; 4C7U A; 4X64 B; 3E22 A; 1MNG A; 3ZMV A; 3JD3 A; 4NXN B; 1OCO B; 2W6I G; 1F51 A; 2KG7 A; 4WFE A; 1BGY H; 2QM7 A; 1N36 B; 5EC2 C; 1JVM A; 3K04 A; 5B5E Z; 4CC5 A; 4DV4 B; 1SZX A; 4Q20 A; 2D2C B; 2UUC O; 3G6E V; 1AP6 A; 3D36 A; 1KKD A; 2ZE5 A; 3K9S A; 1R3L C; 3CCM V; 4IL6 Z; 3OTF A; 3ZED A; 2YEV B; 2A0L A; 2CTP A; 4U3J A; 1SES A; 4I55 B; 2K1E A; 4PA6 A; 2GTS A; 1K3E A; 3M8A A; 3CYO A; 4GYC B; 2WLI A; 3C3T A; 4E4E A; 1IVS A; 5IJ0 A; 3RFR A; 1XMO B; 2N04 A; 2GDS A; 2B5U A; 2IW5 A; 1IBL B; 1KB9 F; 1P7G A; 2CAZ C; 2H3O A; 2ZDI A; 1CP9 A; 3OT7 A; 5EIB D; 3RT3 C; 3ZMU A; 1SA0 A; 3DXR B; 1PV0 A; 1GRJ A; 5CA1 A; 4P9O A; 3B09 A; 1GO3 F; 4LH7 A; 3SPG A; 4U3F H; 3Q4H B; 3SYP A; 1RSO B; 3C3S A; 4JZG A; 1SQV H; 2HR3 A; 2CH7 B; 1FFT B; 2HFE C; 1I94 B; 1L0N H; 3HR0 A; 3BY6 A; 1TVK B; 4RO2 A; 3CCU V; 1R6K A; 4DO2 A; 2JGU A; 3QG5 A; 2RMK B; 2VQF B; 4X89 A; 4PDR A; 1VF7 A; 1FKA O; 1FFX B; 1HNX O; 4G28 B; 4WFF A; 4AHC A; 3JAM N; 2YSU B; 2RQ6 A; 4H37 A; 4MTX A; 3ETQ A; 3CRQ A; 1VAR A; 4DR1 B; 3E8H A; 1I5Y A; 3JCZ A; 3AG7 A; 3JAW A; 3H1K H; 4CS4 A; 1K97 A; 2OIG A; 3JCU Z; 2A06 H; 3SPJ A; 2HVJ C; 2YI8 A; 1KEC A; 1DLB A; 2YID A; 3PJS K; 4X66 B; 3U11 A; 4FJC C; 1WA8 B; 2AW9 A; 3CE2 A; 1SC5 B; 3UQ8 A; 1XNQ O; 1B04 A; 3MHS C; 4MS2 A; 1KC8 W; 3A0B Z; 1AR4 A; 2R9R B; 4YJ3 A; 5D5Q A; 3I55 V; 3AG3 C; 1ZL8 A; 3E8B A; 3TJT A; 1E1R G; 4FZ0 A; 3APO A; 2UXB B; 4B3S O; 2QTS A; 3JAT B; 4YY3 O; 3QO7 A; 1JFF A; 1OV9 A; 3IFX A; 2A3Q A; 4IIJ A; 1IXM A; 2H8P C; 3VOU A; 4LF4 O; 4LF8 B; 3CCL V; 3KG2 A; 3JD1 A; 1OZ0 A; 3TXQ A; 3FB5 C; 3AK1 A; 1QVF U; 1YHQ V; 1N8R W; 1YF2 A; 2QKS A; 3G67 A; 4PD4 F; 1VQ4 V; 4O4J B; 3AG3 B; 3CB2 A; 1B6Q A; 1KP3 A; 3RYF A; 3OW2 U; 1YEW A; 1VQP V; 4R8C A; 3CP1 A; 2UXN A; 2JEX A; 3A8T A; 2IJI A; 4LFC O; 2LP7 A; 4O4L A; 4FM1 A; 1FYJ A; 1VEW A; 2Z3Y A; 5CBG A; 3UO3 A; 3CJH B; 4DUZ B; 1P7B A; 3RGB A; 4GX2 A; 2AZ2 A; 1I08 A; 1KD1 W; 5CBF A; 4ICG A; 1XHZ A; 3WG7 B; 3UT5 B; 1URF A; 5B1A C; 3FX7 A; 3OAA G; 4B3T B; 1M90 W; 1LUW A; 4LH6 A; 1O9G A; 4IT5 A; 2ATK C; 2IJJ A; 1NTK H; 1M1K W; 4LCU C; 3RYC A; 3K5N A; 2UXD B; 2CUG A; 4LF5 B; 3BHP A; 4KUM A; 1XHX A; 4LF6 B; 1GK9 A; 2QGN A; 2QDO A; 3HKE B; 4J80 A; 3MHH C; 4X1I B; 4W4L A; 1RPO A; 1Q6H A; 4FLX A; 4FMT A; 2X7R B; 2DWE C; 3VQV A; 5B1A B; 5DED A; 3RYI A; 4MTO A; 1QBZ A; 3VQX A; 2E3C A; 4LC1 A; 4I5S A; 4X65 O; 4K8Z A; 5CB4 B; 4GX1 A; 3SJB C; 3T1Y O; 4B3M O; 2UUA O; 1B06 A; 1DTO A; 1E79 G; 1Y66 A; 3CD6 V; 5A9G A; 3W7W A; 1M9N A; 4WF9 V; 3B8M A; 2DQ0 A; 1XNR B; 1XQ8 A; 2RDC A; 3OFN G; 4BIO A; 1Y74 B; 1BSM A; 5JJJ B; 1T5E A; 2LFS A; 3W7U A; 3LDD A; 5KA5 A; 2BOC C; 3ZRS A; 2BSK B; 1BHB A; 2PI5 A; 4UXN A; 2OTL V; 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1MMM A; 1G6U A; 3ETG A; 3O9O A; 3OMN B; 4J10 A; 4DUY O; 2HEP A; 3X2Q C; 1J5E O; 2WSS G; 2WA3 A; 4KHP B; 2PYJ A; 3BAA A; 1TAE A; 3K06 A; 4NTW A; 5FNV B; 3UO2 A; 4GZR B; 4JI4 B; 1H2S B; 4P2Z A; 2YUA A; 4OGQ B; 1CXZ B; 2WWW A; 5C93 A; 3CRR A; 2GTA A; 5J2T B; 1L0L H; 4PDL A; 5EZY B; 3ZRX A; 3CRA A; 2EUL A; 1AI6 A; 4B08 A; 2PUS A; 4Z1V A; 3ZX6 A; 3VQW A; 3X2Q B; 4TQF A; 3FAV A; 3TK1 A; 5EIB C; 5JVD A; 5JCO A; 3QVN A; 3WB0 A; 5IYB O; 4LNU B; 3CCQ V; 4DV2 B; 3ZIA G; 5CMU A; 4HZ3 A; 4A5U B; 3K79 A; 4NXN O; 5KAI Z; 5KHH A; 1P49 A; 3ZRW A; 5H2F Z; 5JJE B; 5LGU A; 3JSN A; 1D5A A; 4QGP A; 3QO8 A; 1S5L Z; 2CTQ A; 2WPD G; 1N33 B; 5LA6 A; 4DRX B; 3LSQ A; 4MSW C; 3CXC U; 1PM9 A; 2YIA A; 4PEL A; 4JI0 B; 1G1X B; 2CGO A; 3WU2 Z; 5L3E A; 5HFL A; 4PJ0 Z; 4XDL A; 3UM7 A; 3HKB B; 3OD4 A; 1QLN A; 1X4T A; 3D36 C; 2F23 A; 2Q69 A; 5K1X A; 3AEI A; 1PNM A; 1WN7 A; 5J2U A; 1SZT A; 1GMG A; 2HHH B; 1NBM G; 1TGO A; 4YXW G; 4JI3 B; 1VQ7 V; 1VQL V; 1K4C C; 1IBL O; 3E22 B; 4G2K A; 1JQ0 A; 4WCE V; 3D8C A; 3E83 A; 1N32 B; 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