The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
170
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structure length |
167
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Chain Sequence |
YNVFPRTLKWSKMNLTYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFDGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGALMFPIYTYTGFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| molecule keywords |
Collagenase 3
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| publication title |
Discovery of Novel, Highly Potent, and Selective Matrix Metalloproteinase (MMP)-13 Inhibitors with a 1,2,4-Triazol-3-yl Moiety as a Zinc Binding Group Using a Structure-Based Design Approach
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
46
|
| structure length |
167
|
| sequence length |
170
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.24.-: |
| pdb deposition date | 2016-05-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00413 | Peptidase_M10 | Matrixin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2D1O A; 5D1S A; 1XFV A; 1IAC A; 5L7F A; 3RTS A; 2X3B A; 1KBC A; 2O36 A; 3LJT A; 1CXV A; 3F18 A; 1Q3A A; 1I76 A; 4ILW D; 5I3M A; 1CQR A; 2D1N A; 4GR3 A; 1DMT A; 2QPJ A; 2I47 A; 1IAG A; 3OHO A; 3HDB A; 3B8Z A; 5L79 A; 3F15 A; 4HX3 A; 1A85 A; 5B5O A; 1KUH A; 3TSK A; 1XFW A; 2K2G A; 3L0T A; 3EHY A; 2OW2 A; 3AIG A; 1J7N A; 2W13 A; 4PKR A; 2CLT A; 3LJZ A; 1D8F A; 1WNI A; 2WOA A; 1QIB A; 4JA1 A; 3SHI A; 1BZS A; 1QJJ A; 3EDZ A; 2W15 A; 3LQB A; 3TVC A; 5CZM A; 3LIK A; 3USN A; 2J0T A; 1B8Y A; 3N2U A; 1BUV M; 1GO8 P; 3ZVS A; 3CKI A; 4JPA A; 4H84 A; 1AKL A; 2W14 A; 2FV9 A; 1B3D A; 2OY2 A; 4DPE A; 1SRP A; 3U1R A; 1YCM A; 3DSL A; 1GE6 A; 3G5C A; 2DDY A; 1L6J A; 1Y93 A; 2N8R A; 1HV5 A; 2K9C A; 830C A; 3HBU P; 4GUY A; 1JAN A; 3MA2 A; 1XUC A; 1R55 A; 3WV2 A; 1ZS0 A; 3LUM A; 3KEK A; 5H8X A; 1RMZ A; 5D7W A; 3KWV C; 1ZXV A; 2E3X A; 3LMC A; 1PWU A; 1PWQ A; 1KUG A; 3HDA P; 2OW0 A; 2OI0 A; 1O0Q A; 1YP1 A; 1K7Q A; 1SLM A; 4DV8 A; 1BSW A; 4AUO A; 1JAP A; 1R54 A; 1UMS A; 1S4B P; 1JJ9 A; 2XS4 A; 2J83 A; 4H3X A; 1ZXC A; 4L6T A; 1O0T A; 4R3V A; 1PWP A; 3LUN A; 3RTT A; 1I1I P; 1IAE A; 1ZVX A; 1JK3 A; 2RJQ A; 1OO9 A; 4G0D A; 1BUD A; 4WF6 A; 1XFY A; 1MMP A; 1KUI A; 2JIH A; 1BQQ M; 1G9K A; 1UTT A; 1DTH A; 1OM8 A; 4H82 A; 1ATL A; 4H1Q A; 4HMA A; 3LIL A; 3E8R A; 1FLS A; 3DPE A; 1UMT A; 1ZTQ A; 4JQG A; 1QUA A; 2L0R A; 4IUW A; 4ZR5 A; 3TS4 A; 3ZUK A; 4QKZ A; 2CKI A; 1A86 A; 2V4B A; 2X3A A; 2Y6C A; 4GQL A; 3EHX A; 2A8H A; 4JP4 A; 3HY9 A; 1Y0V A; 3F1A A; 1QIC A; 1XUR A; 1SAT A; 1KUF A; 3N2V A; 4DF9 A; 3EDH A; 4WZV A; 5I12 A; 2OXW A; 3P1V A; 5BPA A; 3ELM A; 3Q2G A; 5D1U A; 1HTD A; 3LQ0 A; 4PKV A; 4I35 A; 1CGE A; 3LIR A; 1XFX A; 2OW1 A; 2W0D A; 1MMQ A; 2JNP A; 4EFS A; 4PKS A; 3OHL A; 3Q2H A; 1CIZ A; 4L19 A; 2JT6 A; 2OY4 A; 1HOV A; 4WKE A; 2JT5 A; 2MZH A; 3WV1 A; 1AYK A; 4GR0 A; 1R1I A; 3LGP A; 2POJ A; 1G05 A; 2Y6D A; 966C A; 1AST A; 4XM6 A; 5BOY A; 1GKC A; 2WO8 A; 5BOT A; 1K7G A; 1GE7 A; 2O3E A; 4PKQ A; 4A7B A; 2MZI A; 1YQY A; 4PKW A; 1SLN A; 5LAB A; 4GWN A; 2DW0 A; 1HFS A; 5D1T A; 1CGL A; 1HFC A; 1EAK A; 3LK8 A; 1G49 A; 1JKY A; 2FV5 A; 3GBO A; 2OVZ A; 5CUH A; 1SU3 A; 2KRJ A; 1PWV A; 1JIW P; 1I73 A; 3DL1 A; 3NX7 A; 3HY7 A; 2DDF A; 1IAA A; 3EDG A; 3LKA A; 4PKU A; 2DW2 A; 1YOU A; 1D8M A; 1G4K A; 1BIW A; 1BM6 A; 4H49 A; 4FVL A; 1OM6 A; 4XM7 A; 1JAO A; 2RJP A; 3UVC A; 4JIJ A; 1FM1 A; 3G42 A; 4A3W A; 1PWW A; 5CXA A; 1XFZ A; 3V96 B; 2ERQ A; 2PJT A; 4FU4 A; 1FBL A; 3EDI A; 5I2Z A; 1MMB A; 2ERP A; 2OW9 A; 4AYK A; 1C8T A; 4DD8 A; 3ZXH A; 1K7I A; 3L0V A; 3WV3 A; 4AXQ A; 2W12 A; 4L63 A; 5I4O A; 2WO9 A; 3EWJ A; 1KUK A; 1Y8J A; 4XCT A; 2ERO A; 4G9L A; 4FXQ A; 1IAB A; 1AF0 A; 3KMC A; 1GXD A; 4H30 A; 1R1J A; 2X7M A; 1Z3J A; 1C7K A; 1GO7 P; 1CK7 A; 1QJI A; 2HU6 A; 1IAD A; 1MNC A; 4GF1 A; 1BKC E; 2DW1 A; 1CGF A; 4J4M A; 1RM8 A; 5I43 A; 1XFU A; 5D2B A; 1H71 P; 1XUD A; 2E2D A; 1GKD A; 4H76 A; 2SRT A; 4ON1 A; 2MLR A; 3KRY A; 3F17 A; 3AYK A; 5D3C A; 1JIZ A; 3F16 A; 1OMJ A; 1QIA A; 1BKC I; 3KEC A; 4AIG A; 2MLS A; 3KEJ A; 1ROS A; 5I0L A; 1CAQ A; 3LE9 A; 2XS3 A; 456C A; 4IJO A; 4Q1L A; 2OXU A; 5JMY A; 1JH1 A; 3VI1 A; 1D5J A; 1R1H A; 2USN A; 3VTG A; 3BA0 A; 2TCL A; 1USN A; 4IN9 A; 3O64 A; 1OS9 A; 2AIG P; 1OS2 A; 1EUB A; 1KAP P; 2X3C A; 4H2E A; 3DPF A; 1UEA A; 5B5P A; 3HYG A; 4FXY P; 3I7I A; 3LJG A; 3P24 A; 4PKT A; 2YB9 A; 3LEA A; 1UTZ A; 3KME A; 1D7X A; 3AYU A; 3B2Z A; 4GWM A; 1C3I A; 3DWB A; 2OVX A; 4I03 A; 2OXZ A; 2Z2D A; 1ZP5 A; 1ND1 A; 1SMP A; 1MMR A; 4WK7 A; 3F19 A; 2AYK A; 3I7G A; 3HBV P; 3B92 A; 2MZE A; 3HB2 P; 1HY7 A; 3O2X A; 1GE5 A; 2YIG A; 2OZR A; 4XBH A; 3K7N A; 4GR8 A; 3TT4 A; 1JAQ A; 1BQO A; 1EB6 A; 4WKI A; 1G12 A; 3K7L A; 4XM8 A; 3DNG A; 2JSD A; 1OM7 A; 1BKC A; 3KHI A; 4CTH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D1O A; 5D1S A; 1XFV A; 1IAC A; 5L7F A; 3RTS A; 2X3B A; 1KBC A; 2O36 A; 3LJT A; 1CXV A; 3F18 A; 1Q3A A; 1I76 A; 4ILW D; 5I3M A; 1CQR A; 2D1N A; 4GR3 A; 1DMT A; 2QPJ A; 2I47 A; 1IAG A; 3OHO A; 3HDB A; 3B8Z A; 5L79 A; 3F15 A; 4HX3 A; 1A85 A; 5B5O A; 1KUH A; 3TSK A; 1XFW A; 2K2G A; 3L0T A; 3EHY A; 2OW2 A; 3AIG A; 1J7N A; 2W13 A; 4PKR A; 2CLT A; 3LJZ A; 1D8F A; 1WNI A; 2WOA A; 1QIB A; 4JA1 A; 3SHI A; 1BZS A; 1QJJ A; 3EDZ A; 2W15 A; 3LQB A; 4L7A A; 3TVC A; 5CZM A; 3LIK A; 3USN A; 2J0T A; 1B8Y A; 3N2U A; 1BUV M; 1GO8 P; 3ZVS A; 3CKI A; 4JPA A; 4H84 A; 1AKL A; 2W14 A; 2FV9 A; 1B3D A; 2OY2 A; 4DPE A; 1SRP A; 3U1R A; 1YCM A; 3DSL A; 1GE6 A; 3G5C A; 2DDY A; 1L6J A; 1Y93 A; 2N8R A; 1HV5 A; 2K9C A; 830C A; 3HBU P; 4GUY A; 1JAN A; 3MA2 A; 1XUC A; 1R55 A; 3WV2 A; 1ZS0 A; 3LUM A; 3KEK A; 5H8X A; 1RMZ A; 5D7W A; 3KWV C; 1ZXV A; 2E3X A; 3LMC A; 1PWU A; 1PWQ A; 1KUG A; 3HDA P; 2OW0 A; 2OI0 A; 1O0Q A; 1YP1 A; 1K7Q A; 1SLM A; 4DV8 A; 1BSW A; 4AUO A; 1JAP A; 1R54 A; 1UMS A; 1S4B P; 1JJ9 A; 2XS4 A; 2J83 A; 4H3X A; 1ZXC A; 4L6T A; 1O0T A; 4R3V A; 1PWP A; 3LUN A; 3RTT A; 1I1I P; 1IAE A; 1ZVX A; 1JK3 A; 2RJQ A; 1OO9 A; 4G0D A; 1BUD A; 4WF6 A; 1XFY A; 1MMP A; 1KUI A; 2JIH A; 1BQQ M; 1G9K A; 1UTT A; 1DTH A; 1OM8 A; 4H82 A; 1ATL A; 4H1Q A; 4HMA A; 3LIL A; 3E8R A; 1FLS A; 3DPE A; 1UMT A; 1ZTQ A; 4JQG A; 1QUA A; 2L0R A; 4IUW A; 4ZR5 A; 3TS4 A; 3ZUK A; 4QKZ A; 2CKI A; 1A86 A; 2V4B A; 2X3A A; 2Y6C A; 4GQL A; 3EHX A; 2A8H A; 4JP4 A; 3HY9 A; 1Y0V A; 3F1A A; 1QIC A; 1XUR A; 1SAT A; 1KUF A; 3N2V A; 4DF9 A; 3EDH A; 4WZV A; 5I12 A; 2OXW A; 3P1V A; 1TVI A; 5BPA A; 3ELM A; 3Q2G A; 5D1U A; 1HTD A; 3LQ0 A; 4PKV A; 4I35 A; 1CGE A; 3LIR A; 1XFX A; 2OW1 A; 2W0D A; 1MMQ A; 2JNP A; 4EFS A; 4PKS A; 3OHL A; 3Q2H A; 1CIZ A; 4L19 A; 2JT6 A; 2OY4 A; 1HOV A; 4WKE A; 2JT5 A; 2MZH A; 3WV1 A; 1AYK A; 4GR0 A; 1R1I A; 3LGP A; 2POJ A; 1G05 A; 2Y6D A; 966C A; 1AST A; 4XM6 A; 5BOY A; 1GKC A; 2WO8 A; 5BOT A; 1K7G A; 1GE7 A; 2O3E A; 4PKQ A; 4A7B A; 2MZI A; 1YQY A; 4PKW A; 1SLN A; 5LAB A; 4GWN A; 2DW0 A; 1HFS A; 5D1T A; 1CGL A; 1HFC A; 1EAK A; 3LK8 A; 1G49 A; 1JKY A; 2FV5 A; 3GBO A; 2OVZ A; 5CUH A; 1SU3 A; 2KRJ A; 1PWV A; 1JIW P; 1I73 A; 3DL1 A; 3NX7 A; 1XAX A; 3HY7 A; 2DDF A; 1IAA A; 3EDG A; 3LKA A; 4PKU A; 2DW2 A; 1YOU A; 3DTE A; 1D8M A; 1G4K A; 1BIW A; 1BM6 A; 4H49 A; 4FVL A; 1OM6 A; 4XM7 A; 1JAO A; 2RJP A; 3UVC A; 4JIJ A; 1FM1 A; 3G42 A; 4A3W A; 1PWW A; 5CXA A; 1XFZ A; 3V96 B; 2ERQ A; 2PJT A; 4FU4 A; 1FBL A; 3EDI A; 5I2Z A; 1MMB A; 2ERP A; 2OW9 A; 4AYK A; 1C8T A; 4DD8 A; 3ZXH A; 1K7I A; 3L0V A; 3WV3 A; 4AXQ A; 2W12 A; 4L63 A; 5I4O A; 2WO9 A; 3DTI A; 3EWJ A; 1KUK A; 1Y8J A; 4XCT A; 2ERO A; 4G9L A; 4FXQ A; 1IAB A; 1AF0 A; 3KMC A; 1GXD A; 4H30 A; 1R1J A; 3DTK A; 2X7M A; 1Z3J A; 1C7K A; 1GO7 P; 1CK7 A; 1QJI A; 2HU6 A; 1IAD A; 1MNC A; 4GF1 A; 1BKC E; 2DW1 A; 1CGF A; 4J4M A; 1RM8 A; 5I43 A; 1XFU A; 5D2B A; 1H71 P; 1XUD A; 2E2D A; 1GKD A; 4H76 A; 2SRT A; 4ON1 A; 2MLR A; 3KRY A; 3F17 A; 3AYK A; 5D3C A; 1JIZ A; 1XM5 A; 3F16 A; 1OMJ A; 1QIA A; 1BKC I; 3KEC A; 4AIG A; 2MLS A; 3KEJ A; 1ROS A; 5I0L A; 1OZ9 A; 1CAQ A; 3LE9 A; 2XS3 A; 456C A; 4IJO A; 4Q1L A; 2OXU A; 5JMY A; 1JH1 A; 3VI1 A; 1D5J A; 1R1H A; 2USN A; 3VTG A; 3BA0 A; 2TCL A; 1USN A; 4IN9 A; 3O64 A; 1OS9 A; 2AIG P; 1OS2 A; 1EUB A; 1KAP P; 2X3C A; 4H2E A; 3DPF A; 1UEA A; 5B5P A; 3HYG A; 4FXY P; 3I7I A; 3LJG A; 3P24 A; 4PKT A; 2YB9 A; 3LEA A; 1UTZ A; 3KME A; 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