The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
FLEVYQDSIQMELTELGRVAEREDLVGEEKLQSIFFVATDFSSNPDEKKFFQRAVFYPPKSLFQELKEETKTYEQLTNRILRETLEKIVSEEALVRWMHVFYALLDGLSVEHGIYDETEFELRRKSAWAVLASLLK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Putative transcription regulator Lmo0852
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| publication title |
Crystal structure of putative TetR family transcription factor from Listeria monocytogenes
rcsb |
| source organism |
Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain atcc baa-679 / egd-e)
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| total genus |
54
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-06-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00440 | TetR_N | Bacterial regulatory proteins, tetR family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XK4 A; 3VW0 A; 3VUQ A; 3EGQ A; 2O7O A; 3O8G A; 3NRG A; 3BTI A; 3JSJ A; 3AQT A; 3G1L A; 2OI8 A; 3BTC A; 4AF5 A; 4X1E A; 5EYR A; 3VOX A; 3BCG A; 3COL A; 3HTI A; 3BQZ A; 3P9T A; 2ZOY A; 2WGB A; 3G1O A; 3RH2 A; 3BR0 A; 5FKM A; 3WHC A; 3CDL A; 2X6O A; 5F08 A; 4ME9 A; 2OPT A; 1JUM A; 5HSZ A; 3QPS A; 2Q24 A; 2RAS A; 3QQA A; 3CWR A; 4ICH A; 2XGE A; 1UI5 A; 3QBM A; 4D5F A; 5IOZ A; 1A6I A; 3CRJ A; 5FKN A; 2FBQ A; 2NX4 A; 2XGD A; 3NNR A; 3PM1 A; 4YZE A; 2EH3 A; 5CXI A; 2UXO A; 2QKO A; 5GP9 A; 5F0F A; 3LOC A; 2HXI A; 2DG7 A; 3SFI A; 3IH4 A; 5CXG A; 2F07 A; 5F0C A; 3SDG A; 4HKU A; 3VOK A; 4MXM A; 1Z0X A; 4JKZ A; 2FQ4 A; 3ZQH A; 5D19 A; 2DTZ A; 5K7H A; 3B6C A; 3BR2 A; 3Q0W A; 2OF7 A; 2RAE A; 1QVT A; 4UDS A; 4ACI A; 2ZCN A; 1JT0 A; 2JK3 A; 3BNI A; 3ZQI A; 2QOP A; 5HAW A; 3BT9 A; 2G3B A; 4I6Z A; 3KKC A; 2G7G A; 5C4Y A; 2HQ5 A; 2VKV A; 1Z77 A; 4GFK A; 4GCK A; 2XGC A; 2XPV A; 4V2G A; 4G12 A; 4AC6 A; 3ANP A; 2TRT A; 2Y30 A; 2GEN A; 5FMP A; 1UI6 A; 5K58 A; 3VP5 A; 3C07 A; 2XPU A; 2QWT A; 1T56 A; 4MK6 A; 4GCL A; 3BJB A; 5FKO A; 3GEU A; 1SGM A; 2OER A; 2ID3 A; 3BR6 A; 3FIW A; 2IAI A; 4PXI A; 3HE0 A; 2XPW A; 3HTA A; 3ANG A; 2VPR A; 1JTY A; 3IUV A; 3KZ9 A; 4NEL A; 5H9T A; 2GBY A; 3ON4 A; 2ZB9 A; 4L62 A; 2UXU A; 1VI0 A; 5J1Y A; 3FRQ A; 2HXO A; 5IOY A; 5FGL A; 3RD3 A; 1ZKG A; 3VVZ A; 3QPL A; 2QCO A; 3Q3S A; 1U9N A; 3HGG A; 5AQC A; 2UXH A; 2GFN A; 3IH2 A; 3F1B A; 3HTJ A; 5CW8 A; 5GPA A; 1RKT A; 5FKK A; 3ZQF A; 4D5C A; 3VVY A; 4JNN A; 3Q0U A; 2DG8 A; 2V57 A; 4M3E A; 3VW1 A; 4I76 A; 3T6N A; 1JTX A; 2ZCM A; 3GZI A; 3TP3 A; 5F04 A; 5D1R A; 2G7L A; 4JL3 A; 2NP5 A; 2XRL A; 4AUX A; 4D7M A; 3DEW A; 5D18 A; 1ORK A; 1ZK8 A; 2XB5 A; 3BR5 A; 2ZCX A; 1JT6 A; 2W53 A; 1RPW A; 2NS8 A; 5F27 A; 4KWA A; 4M3G A; 3BTL A; 4AC0 A; 3VPR A; 4B3A A; 5K7F A; 4M3B A; 5FHP A; 3CCY A; 3G56 A; 4M3D A; 2ZOZ A; 2YVE A; 3BTJ A; 2FJ1 A; 3AQS A; 2IBD A; 2YVH A; 3DPJ A; 2D6Y A; 3HTH A; 4NN1 A; 3O8H A; 2QTQ A; 3LSP A; 5IPA A; 2TCT A; 3CJD A; 3NI7 A; 2UXI A; 5FKL A; 3Q0V A; 2HYT A; 4W97 A; 3BHQ A; 3C2B A; 3B6A A; 5EFY A; 3FK6 A; 3ON2 A; 3NXC A; 4GFL A; 3E7Q A; 3VIB A; 3KKD A; 3LHQ A; 5GPC A; 4MO7 A; 5EZH A; 1RKW A; 2Y2Z A; 3BQY A; 2RHA A; 2O7T A; 3BRU A; 1U9O A; 4V2F A; 3MVP A; 2WV1 A; 2ID6 A; 3FK7 A; 3G1M A; 4DW6 A; 2X9D A; 5K7Z A; 3PAS A; 2XDN A; 4B1R A; 2JJ7 A; 4W1U A; 2GUH A; 3S5R A; 3G7R A; 5F0H A; 3LJL A; 3WHB A; 2PZ9 A; 3IH3 A; 4JYK A; 3NPI A; 2I10 A; 5J1R A; 2G7S A; 3O60 A; 1BJZ A; 3B81 A; 2IEK A; 1QPI A; 3VW2 A; 3HGY A; 3LSR A; 3DCF A; 3F0C A; 3ZQL A; 2PBX A; 2FX0 A; 3LWJ A; 2HYJ A; 5EZG A; 1QVU A; 3V6G A; 3ZQG A; 5DAJ A; 2UXP A; 2G0E A; 5IP6 A; 3PPB A; 5J1U A; 1JUP A; 1JUS A; 3V78 A; 2FD5 A; 3QKX A; 5HBU A; 2WUI A; 3LSJ A; 4GCT A; 2NP3 A; 2QIB A; 4ABZ A; 2Y31 A; 3HIM A; 3MNL A; 2NS7 A; 2HKU A; 4CGR A; 5J3L A; 3EUP A; 5F1J A; 4M3F A; 2VKE A; 3BR1 A; 3VVX A; 1T33 A; 3KNW A; 2REK A; 3BR3 A; 2IU5 A; 4D7N A; 3TP0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XK4 A; 3VW0 A; 3VUQ A; 3EGQ A; 2O7O A; 3O8G A; 3NRG A; 3BTI A; 3JSJ A; 3AQT A; 3G1L A; 4WIB A; 2OI8 A; 3BTC A; 4AF5 A; 4X1E A; 4DVY P; 5EYR A; 3VOX A; 3BCG A; 3COL A; 3HTI A; 3BQZ A; 3P9T A; 2ZOY A; 2WGB A; 3G1O A; 3FHN A; 3RH2 A; 3BR0 A; 5FKM A; 3WHC A; 3CDL A; 2X6O A; 5F08 A; 4ME9 A; 2OPT A; 1JUM A; 5HSZ A; 2ZY9 A; 3QPS A; 2Q24 A; 2RAS A; 3QQA A; 3CWR A; 4ICH A; 2XGE A; 1UI5 A; 3DU6 A; 3QBM A; 2PFV A; 4D5F A; 5IOZ A; 1A6I A; 3CRJ A; 5FKN A; 2FBQ A; 3SWH A; 2NX4 A; 3DU5 A; 2XGD A; 3NNR A; 3PM1 A; 4YZE A; 2EH3 A; 5CXI A; 2UXO A; 2QKO A; 5CQG A; 5GP9 A; 5F0F A; 3LOC A; 2HXI A; 2DG7 A; 3SFI A; 3IH4 A; 5CXG A; 2F07 A; 5F0C A; 3SDG A; 4HKU A; 3VOK A; 4MXM A; 1Z0X A; 4JKZ A; 2FQ4 A; 3ZQH A; 2R7Q A; 5D19 A; 2DTZ A; 5K7H A; 3B6C A; 3BR2 A; 3Q0W A; 2OF7 A; 3NS4 A; 2RAE A; 3KYL A; 1QVT A; 4UDS A; 4ACI A; 2ZCN A; 2R7V A; 1JT0 A; 2JK3 A; 3BNI A; 3ZQI A; 2QOP A; 5HAW A; 3BT9 A; 2A2F X; 2G3B A; 4I6Z A; 3KKC A; 2G7G A; 2R7U A; 5C4Y A; 2HQ5 A; 2VKV A; 1Z77 A; 4GFK A; 4GCK A; 2XGC A; 2XPV A; 4V2G A; 4G12 A; 4AC6 A; 3ANP A; 2TRT A; 2Y30 A; 2GEN A; 5FMP A; 1UI6 A; 2B1E A; 5K58 A; 3VP5 A; 3C07 A; 4U9L A; 2XPU A; 2QWT A; 1T56 A; 4MK6 A; 4GCL A; 3BJB A; 5FKO A; 3GEU A; 1SGM A; 2OER A; 2ID3 A; 3K8P C; 3BR6 A; 3FIW A; 2IAI A; 4PXI A; 3HE0 A; 2XPW A; 3HTA A; 3ANG A; 2VPR A; 4C2M A; 1JTY A; 3IUV A; 3KZ9 A; 4NEL A; 5H9T A; 2GBY A; 3ON4 A; 2ZB9 A; 4L62 A; 2UXU A; 1VI0 A; 5J1Y A; 3FRQ A; 2HXO A; 2R7T A; 5IOY A; 5FGL A; 2YVX A; 3RD3 A; 1ZKG A; 3VVZ A; 2R7S A; 3QPL A; 2QCO A; 3Q3S A; 1U9N A; 3HGG A; 5AQC A; 2UXH A; 2GFN A; 3IH2 A; 3F1B A; 3HTJ A; 5CW8 A; 5GPA A; 4U9N A; 1RKT A; 5FKK A; 3ZQF A; 4D5C A; 3VVY A; 4JNN A; 3Q0U A; 2DG8 A; 2V57 A; 4M3E A; 3VW1 A; 4I76 A; 3T6N A; 1JTX A; 2ZCM A; 3GZI A; 3TP3 A; 5F04 A; 5D1R A; 2R7R A; 2G7L A; 4JL3 A; 2NP5 A; 2XRL A; 4AUX A; 4D7M A; 3DEW A; 5D18 A; 1ORK A; 1ZK8 A; 2XB5 A; 3BR5 A; 2ZCX A; 1JT6 A; 2W53 A; 1RPW A; 2NS8 A; 5F27 A; 4KWA A; 4M3G A; 3BTL A; 4AC0 A; 3VPR A; 4B3A A; 5K7F A; 4M3B A; 5FHP A; 3CCY A; 3G56 A; 4M3D A; 2ZOZ A; 2YVE A; 3BTJ A; 2FJ1 A; 3AQS A; 2B3W A; 2IBD A; 2YVH A; 3DPJ A; 2D6Y A; 3HTH A; 4NN1 A; 3O8H A; 2QTQ A; 3LSP A; 5IPA A; 2TCT A; 3CJD A; 3NI7 A; 2UXI A; 5FKL A; 3Q0V A; 2HYT A; 4W97 A; 3BHQ A; 3C2B A; 3B6A A; 5EFY A; 3FK6 A; 3ON2 A; 3NXC A; 4GFL A; 3E7Q A; 3VIB A; 4OD4 A; 3KKD A; 3LHQ A; 5GPC A; 4MO7 A; 5EZH A; 1RKW A; 2Y2Z A; 3BQY A; 2RHA A; 2O7T A; 2R7X A; 3BRU A; 1U9O A; 4V2F A; 3MVP A; 2WV1 A; 2ID6 A; 3FK7 A; 3G1M A; 4DW6 A; 2X9D A; 5K7Z A; 3PAS A; 2XDN A; 4B1R A; 2JJ7 A; 4W1U A; 2R7W A; 2GUH A; 3S5R A; 3G7R A; 5F0H A; 3LJL A; 3WHB A; 2PZ9 A; 3IH3 A; 4JYK A; 2R7O A; 3NPI A; 2I10 A; 5J1R A; 2G7S A; 3O60 A; 1BJZ A; 3B81 A; 2IEK A; 1QPI A; 3VW2 A; 3HGY A; 3LSR A; 3DCF A; 3F0C A; 3ZQL A; 2PBX A; 2FX0 A; 3LWJ A; 2HYJ A; 5EZG A; 1QVU A; 3V6G A; 3ZQG A; 5DAJ A; 2UXP A; 2G0E A; 5IP6 A; 3PPB A; 5J1U A; 1JUP A; 1JUS A; 4OD5 A; 3V78 A; 2FD5 A; 3QKX A; 5HBU A; 2WUI A; 3LSJ A; 4GCT A; 2NP3 A; 2QIB A; 4ABZ A; 2FJI 1; 2Y31 A; 3HIM A; 3MNL A; 2NS7 A; 2HKU A; 4CGR A; 5J3L A; 3EUP A; 4IRV A; 5F1J A; 4M3F A; 2VKE A; 3BR1 A; 3VVX A; 3VTI A; 1T33 A; 3KNW A; 2REK A; 3BR3 A; 2IU5 A; 4D7N A; 3TP0 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4XK4 A; 3VW0 A; 3VUQ A; 3EGQ A; 2O7O A; 3O8G A; 3NRG A; 3BTI A; 3JSJ A; 3AQT A; 3G1L A; 2OI8 A; 3BTC A; 4AF5 A; 4X1E A; 5EYR A; 3VOX A; 3BCG A; 3COL A; 3HTI A; 3BQZ A; 3P9T A; 2ZOY A; 2WGB A; 3G1O A; 3RH2 A; 3BR0 A; 5FKM A; 3WHC A; 3CDL A; 2X6O A; 5F08 A; 4ME9 A; 2OPT A; 1JUM A; 5HSZ A; 3QPS A; 2Q24 A; 2RAS A; 3QQA A; 3CWR A; 4ICH A; 2XGE A; 1UI5 A; 3QBM A; 4D5F A; 5IOZ A; 1A6I A; 3CRJ A; 5FKN A; 2FBQ A; 2NX4 A; 2XGD A; 3NNR A; 3PM1 A; 4YZE A; 2EH3 A; 5CXI A; 2UXO A; 2QKO A; 5GP9 A; 5F0F A; 3LOC A; 2HXI A; 2DG7 A; 3SFI A; 3IH4 A; 5CXG A; 2F07 A; 5F0C A; 3SDG A; 4HKU A; 3VOK A; 4MXM A; 1Z0X A; 4JKZ A; 2FQ4 A; 3ZQH A; 5D19 A; 2DTZ A; 5K7H A; 3B6C A; 3BR2 A; 3Q0W A; 2OF7 A; 2RAE A; 1QVT A; 4UDS A; 4ACI A; 2ZCN A; 1JT0 A; 2JK3 A; 3BNI A; 3ZQI A; 2QOP A; 5HAW A; 3BT9 A; 2G3B A; 4I6Z A; 3KKC A; 2G7G A; 5C4Y A; 2HQ5 A; 2VKV A; 1Z77 A; 4GFK A; 4GCK A; 2XGC A; 2XPV A; 4V2G A; 4G12 A; 4AC6 A; 3ANP A; 2TRT A; 2Y30 A; 2GEN A; 5FMP A; 1UI6 A; 5K58 A; 3VP5 A; 3C07 A; 2XPU A; 2QWT A; 1T56 A; 4MK6 A; 4GCL A; 3BJB A; 5FKO A; 3GEU A; 1SGM A; 2OER A; 2ID3 A; 3BR6 A; 3FIW A; 2IAI A; 4PXI A; 3HE0 A; 2XPW A; 3HTA A; 3ANG A; 2VPR A; 1JTY A; 3IUV A; 3KZ9 A; 4NEL A; 5H9T A; 2GBY A; 3ON4 A; 2ZB9 A; 4L62 A; 2UXU A; 1VI0 A; 5J1Y A; 3FRQ A; 2HXO A; 5IOY A; 5FGL A; 3RD3 A; 1ZKG A; 3VVZ A; 3QPL A; 2QCO A; 3Q3S A; 1U9N A; 3HGG A; 5AQC A; 2UXH A; 2GFN A; 3IH2 A; 3F1B A; 3HTJ A; 5CW8 A; 5GPA A; 1RKT A; 5FKK A; 3ZQF A; 4D5C A; 3VVY A; 4JNN A; 3Q0U A; 2DG8 A; 2V57 A; 4M3E A; 3VW1 A; 4I76 A; 3T6N A; 1JTX A; 2ZCM A; 3GZI A; 3TP3 A; 5F04 A; 5D1R A; 2G7L A; 4JL3 A; 2NP5 A; 2XRL A; 4AUX A; 4D7M A; 3DEW A; 5D18 A; 1ORK A; 1ZK8 A; 2XB5 A; 3BR5 A; 2ZCX A; 1JT6 A; 2W53 A; 1RPW A; 2NS8 A; 5F27 A; 4KWA A; 4M3G A; 3BTL A; 4AC0 A; 3VPR A; 4B3A A; 5K7F A; 4M3B A; 5FHP A; 3CCY A; 3G56 A; 4M3D A; 2ZOZ A; 2YVE A; 3BTJ A; 2FJ1 A; 3AQS A; 2IBD A; 2YVH A; 3DPJ A; 2D6Y A; 3HTH A; 4NN1 A; 3O8H A; 2QTQ A; 3LSP A; 5IPA A; 2TCT A; 3CJD A; 3NI7 A; 2UXI A; 5FKL A; 3Q0V A; 2HYT A; 4W97 A; 3BHQ A; 3C2B A; 3B6A A; 5EFY A; 3FK6 A; 3ON2 A; 3NXC A; 4GFL A; 3E7Q A; 3VIB A; 3KKD A; 3LHQ A; 5GPC A; 4MO7 A; 5EZH A; 1RKW A; 2Y2Z A; 3BQY A; 2RHA A; 2O7T A; 3BRU A; 1U9O A; 4V2F A; 3MVP A; 2WV1 A; 2ID6 A; 3FK7 A; 3G1M A; 4DW6 A; 2X9D A; 5K7Z A; 3PAS A; 2XDN A; 4B1R A; 2JJ7 A; 4W1U A; 2GUH A; 3S5R A; 3G7R A; 5F0H A; 3LJL A; 3WHB A; 2PZ9 A; 3IH3 A; 4JYK A; 3NPI A; 2I10 A; 5J1R A; 2G7S A; 3O60 A; 1BJZ A; 3B81 A; 2IEK A; 1QPI A; 3VW2 A; 3HGY A; 3LSR A; 3DCF A; 3F0C A; 3ZQL A; 2PBX A; 2FX0 A; 3LWJ A; 2HYJ A; 5EZG A; 1QVU A; 3V6G A; 3ZQG A; 5DAJ A; 2UXP A; 2G0E A; 5IP6 A; 3PPB A; 5J1U A; 1JUP A; 1JUS A; 3V78 A; 2FD5 A; 3QKX A; 5HBU A; 2WUI A; 3LSJ A; 4GCT A; 2NP3 A; 2QIB A; 4ABZ A; 2Y31 A; 3HIM A; 3MNL A; 2NS7 A; 2HKU A; 4CGR A; 5J3L A; 3EUP A; 5F1J A; 4M3F A; 2VKE A; 3BR1 A; 3VVX A; 1T33 A; 3KNW A; 2REK A; 3BR3 A; 2IU5 A; 4D7N A; 3TP0 A;
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