Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 2cmd_A.cif H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): LYS 2.A N ASP 71.A OD2 LYS 2.A H 2.911 1.963 LYS 2.A NZ GLU 68.A O LYS 2.A HZ2 2.796 1.895 VAL 3.A N GLU 29.A O VAL 3.A H 2.872 1.903 ALA 4.A N VAL 72.A O ALA 4.A H 2.922 1.968 VAL 5.A N SER 31.A O VAL 5.A H 2.884 1.928 LEU 6.A N LEU 74.A O LEU 6.A H 2.931 1.985 GLY 7.A N TYR 33.A O GLY 7.A H 2.750 1.865 ALA 8.A N TYR 33.A O ALA 8.A H 3.039 2.064 ALA 9.A N ASP 34.A OD2 ALA 9.A H 2.944 2.095 GLY 10.A N GLY 7.A O GLY 10.A H 3.454 2.505 GLN 14.A N GLY 10.A O GLN 14.A H 2.994 2.031 ALA 15.A N GLY 11.A O ALA 15.A H 3.383 2.419 LEU 16.A N ILE 12.A O LEU 16.A H 2.953 1.985 ALA 17.A N GLY 13.A O ALA 17.A H 2.932 1.992 LEU 18.A N GLN 14.A O LEU 18.A H 3.036 2.075 LEU 19.A N ALA 15.A O LEU 19.A H 3.105 2.131 LEU 20.A N LEU 16.A O LEU 20.A H 2.901 1.933 LYS 21.A N ALA 17.A O LYS 21.A H 2.903 1.954 LYS 21.A NZ THR 51.A OG1 LYS 21.A HZ3 2.866 1.851 LYS 21.A NZ VAL 53.A O LYS 21.A HZ1 2.966 1.952 THR 22.A N LEU 18.A O THR 22.A H 3.211 2.302 THR 22.A OG1 LEU 18.A O THR 22.A HG1 3.036 2.061 GLN 23.A N LEU 20.A O GLN 23.A H 3.202 2.414 LEU 24.A N LEU 20.A O LEU 24.A H 2.860 1.922 GLY 27.A N ALA 52.A O GLY 27.A H 2.818 1.906 SER 28.A N PRO 25.A O SER 28.A H 3.094 2.199 GLU 29.A N MET 1.A O GLU 29.A H 2.968 1.999 LEU 30.A N LYS 54.A O LEU 30.A H 2.806 1.858 SER 31.A N VAL 3.A O SER 31.A H 2.983 2.029 LEU 32.A N LYS 56.A O LEU 32.A H 2.823 1.865 TYR 33.A N VAL 5.A O TYR 33.A H 2.950 2.018 ASP 34.A N PHE 58.A O ASP 34.A H 3.254 2.303 THR 39.A N ALA 36.A O THR 39.A H 3.200 2.260 VAL 42.A N VAL 38.A O VAL 42.A H 3.110 2.210 ALA 43.A N THR 39.A O ALA 43.A H 3.236 2.293 VAL 44.A N PRO 40.A O VAL 44.A H 3.076 2.122 ASP 45.A N GLY 41.A O ASP 45.A H 3.054 2.093 LEU 46.A N VAL 42.A O LEU 46.A H 3.075 2.115 SER 47.A N ALA 43.A O SER 47.A H 2.844 1.954 HIS 48.A N ASP 45.A O HIS 48.A H 3.312 2.387 ILE 49.A N LEU 46.A O ILE 49.A H 3.024 2.080 THR 51.A N ILE 49.A O THR 51.A H 2.838 2.011 VAL 53.A N THR 51.A O VAL 53.A H 2.891 2.037 LYS 54.A N SER 28.A O LYS 54.A H 3.161 2.310 LYS 56.A N LEU 30.A O LYS 56.A H 3.079 2.142 PHE 58.A N LEU 32.A O PHE 58.A H 2.763 1.925 ALA 63.A N GLN 104.A OE1 ALA 63.A H 2.871 1.935 THR 64.A N ASP 62.A OD1 THR 64.A H 3.263 2.337 LEU 67.A N ALA 63.A O LEU 67.A H 3.176 2.401 LEU 67.A N THR 64.A O LEU 67.A H 2.917 2.178 GLU 68.A N THR 64.A O GLU 68.A H 3.003 2.213 ALA 70.A N LEU 67.A O ALA 70.A H 3.040 2.082 ASP 71.A N LYS 2.A O ASP 71.A H 2.864 1.975 VAL 72.A N LYS 2.A O VAL 72.A H 3.289 2.355 VAL 73.A N CYS 113.A O VAL 73.A H 2.792 1.844 LEU 74.A N ALA 4.A O LEU 74.A H 2.894 1.916 ILE 75.A N GLY 115.A O ILE 75.A H 2.842 1.872 SER 76.A N LEU 6.A O SER 76.A H 2.858 1.975 VAL 79.A N ASN 94.A OD1 VAL 79.A H 2.831 1.881 ARG 80.A NH2 SER 222.A O ARG 80.A HH21 3.099 2.133 ARG 81.A NH1 MET 85.A O ARG 81.A HH11 2.841 1.883 ARG 81.A NH1 THR 211.A OG1 ARG 81.A HH12 3.281 2.416 ARG 81.A NH2 THR 211.A OG1 ARG 81.A HH22 3.181 2.280 MET 85.A N LYS 82.A O MET 85.A H 3.072 2.141 ASP 86.A N ASP 89.A OD2 ASP 86.A H 2.841 1.885 ARG 87.A N ASP 86.A OD1 ARG 87.A H 3.039 2.285 ASP 89.A N ASP 86.A O ASP 89.A H 3.102 2.297 LEU 90.A N ARG 87.A O LEU 90.A H 2.974 2.058 PHE 91.A N SER 88.A O PHE 91.A H 3.148 2.199 ASN 94.A N LEU 90.A O ASN 94.A H 3.079 2.137 ASN 94.A ND2 VAL 79.A O ASN 94.A HD21 3.326 2.358 ASN 94.A ND2 ASN 119.A O ASN 94.A HD22 2.942 1.968 ALA 95.A N PHE 91.A O ALA 95.A H 3.012 2.070 VAL 98.A N ASN 94.A O VAL 98.A H 3.208 2.239 LYS 99.A N ALA 95.A O LYS 99.A H 3.105 2.127 ASN 100.A N GLY 96.A O ASN 100.A H 3.022 2.050 LEU 101.A N ILE 97.A O LEU 101.A H 3.014 2.046 VAL 102.A N VAL 98.A O VAL 102.A H 2.944 1.994 GLN 103.A N LYS 99.A O GLN 103.A H 3.097 2.163 GLN 104.A N ASN 100.A O GLN 104.A H 3.430 2.485 GLN 104.A NE2 GLU 61.A O GLN 104.A HE21 3.695 2.843 GLN 104.A NE2 ASN 100.A OD1 GLN 104.A HE22 3.116 2.264 VAL 105.A N LEU 101.A O VAL 105.A H 3.069 2.111 ALA 106.A N VAL 102.A O ALA 106.A H 2.861 1.909 LYS 107.A N GLN 103.A O LYS 107.A H 3.200 2.249 LYS 107.A NZ GLN 103.A O LYS 107.A HZ1 2.746 1.740 THR 108.A N GLN 104.A O THR 108.A H 3.079 2.202 THR 108.A OG1 GLN 104.A O THR 108.A HG1 3.157 2.326 CYS 109.A N VAL 105.A O CYS 109.A H 2.954 2.068 CYS 109.A SG LEU 67.A O no hydrogen 3.622 N/A ALA 112.A N CYS 109.A O ALA 112.A H 3.064 2.132 CYS 113.A N ASP 71.A O CYS 113.A H 2.982 2.036 ILE 114.A N LYS 142.A O ILE 114.A H 2.828 1.859 GLY 115.A N VAL 73.A O GLY 115.A H 2.795 1.835 ILE 116.A N PHE 144.A O ILE 116.A H 2.808 1.836 ILE 117.A N ILE 75.A O ILE 117.A H 2.903 1.995 THR 118.A N ILE 75.A O THR 118.A H 3.408 2.577 ASN 122.A ND2 THR 181.A OG1 ASN 122.A HD21 3.261 2.332 ASN 122.A ND2 ASP 302.A OD2 ASN 122.A HD22 3.029 2.060 THR 123.A N PRO 120.A O THR 123.A H 3.077 2.293 THR 123.A OG1 ASP 302.A O THR 123.A HG1 2.919 1.945 THR 124.A N PRO 120.A O THR 124.A H 2.972 2.003 THR 124.A OG1 PRO 120.A O THR 124.A HG1 3.327 2.456 VAL 125.A N VAL 121.A O VAL 125.A H 3.171 2.205 ILE 127.A N THR 123.A O ILE 127.A H 3.175 2.216 ALA 128.A N THR 124.A O ALA 128.A H 3.008 2.034 ALA 129.A N VAL 125.A O ALA 129.A H 2.982 2.016 GLU 130.A N ALA 126.A O GLU 130.A H 3.140 2.204 VAL 131.A N ILE 127.A O VAL 131.A H 2.976 1.999 LEU 132.A N ALA 128.A O LEU 132.A H 2.971 1.990 LYS 133.A N ALA 129.A O LYS 133.A H 2.970 2.043 LYS 133.A NZ GLU 130.A OE1 LYS 133.A HZ1 2.968 1.980 LYS 133.A NZ GLU 130.A OE2 LYS 133.A HZ1 3.527 2.825 LYS 134.A N GLU 130.A O LYS 134.A H 2.954 1.988 ALA 135.A N VAL 131.A O ALA 135.A H 2.986 2.091 GLY 136.A N LYS 133.A O GLY 136.A H 2.875 1.978 VAL 137.A N LEU 132.A O VAL 137.A H 3.036 2.134 ASN 141.A N ASP 139.A OD1 ASN 141.A H 2.950 2.113 LYS 142.A N ASP 139.A O LYS 142.A H 2.949 2.018 PHE 144.A N ILE 114.A O PHE 144.A H 2.920 1.983 GLY 145.A N TYR 253.A O GLY 145.A H 2.780 1.818 VAL 146.A N ILE 116.A O VAL 146.A H 3.016 2.036 ASP 150.A N THR 147.A O ASP 150.A H 2.971 2.099 ILE 152.A N THR 148.A O ILE 152.A H 3.124 2.157 ARG 153.A N LEU 149.A O ARG 153.A H 3.029 2.079 SER 154.A N ASP 150.A O SER 154.A H 3.053 2.078 ASN 155.A N ILE 151.A O ASN 155.A H 2.925 1.966 THR 156.A N ILE 152.A O THR 156.A H 3.108 2.141 PHE 157.A N ARG 153.A O PHE 157.A H 3.003 2.047 VAL 158.A N SER 154.A O VAL 158.A H 2.958 1.989 ALA 159.A N ASN 155.A O ALA 159.A H 3.138 2.177 GLU 160.A N THR 156.A O GLU 160.A H 3.184 2.261 LEU 161.A N PHE 157.A O LEU 161.A H 3.054 2.115 LYS 162.A N VAL 158.A O LYS 162.A H 2.809 1.890 LYS 162.A NZ GLU 198.A OE1 LYS 162.A HZ3 3.081 2.092 LYS 164.A N ALA 159.A O LYS 164.A H 2.928 2.008 GLN 165.A N GLU 168.A OE1 GLN 165.A H 3.443 2.564 GLU 168.A N GLN 165.A O GLU 168.A H 2.816 1.943 ILE 174.A N LEU 183.A O ILE 174.A H 2.950 1.984 GLY 175.A N SER 265.A O GLY 175.A H 3.104 2.179 GLY 176.A N THR 181.A O GLY 176.A H 2.858 1.889 HIS 177.A N ASN 122.A OD1 HIS 177.A H 2.897 1.946 HIS 177.A ND1 ASP 150.A OD2 HIS 177.A HD1 2.665 1.909 SER 178.A OG THR 181.A OG1 SER 178.A HG 2.833 2.019 THR 181.A N SER 178.A O THR 181.A H 3.054 2.251 ILE 182.A N SER 178.A O ILE 182.A H 3.113 2.390 LEU 183.A N ILE 174.A O LEU 183.A H 3.083 2.164 LEU 185.A N PRO 172.A O LEU 185.A H 2.842 1.897 LEU 186.A N PRO 184.A O LEU 186.A H 3.045 2.209 SER 187.A N GLU 288.A OE2 SER 187.A H 2.993 2.078 GLN 188.A N LEU 185.A O GLN 188.A H 3.109 2.194 GLN 188.A NE2 ILE 281.A O GLN 188.A HE21 2.751 1.801 GLN 188.A NE2 THR 283.A O GLN 188.A HE22 3.221 2.280 VAL 189.A N LEU 186.A O VAL 189.A H 3.382 2.447 VAL 192.A N VAL 189.A O VAL 192.A H 3.531 2.574 THR 195.A N GLU 198.A OE1 THR 195.A H 2.983 2.065 GLN 197.A N GLN 197.A OE1 GLN 197.A H 2.888 2.024 GLU 198.A N THR 195.A OG1 GLU 198.A H 3.016 2.086 VAL 199.A N THR 195.A O VAL 199.A H 2.918 1.958 ALA 200.A N GLU 196.A O ALA 200.A H 3.133 2.181 ASP 201.A N GLN 197.A O ASP 201.A H 2.985 2.012 LEU 202.A N GLU 198.A O LEU 202.A H 2.976 2.020 THR 203.A N VAL 199.A O THR 203.A H 2.959 2.011 THR 203.A OG1 VAL 199.A O THR 203.A HG1 2.747 1.849 LYS 204.A N ALA 200.A O LYS 204.A H 3.137 2.169 ARG 205.A N ASP 201.A O ARG 205.A H 3.050 2.076 ARG 205.A NH1 GLU 160.A OE2 ARG 205.A HH12 3.413 2.507 ILE 206.A N LEU 202.A O ILE 206.A H 2.859 1.901 GLN 207.A N THR 203.A O GLN 207.A H 2.870 1.918 ASN 208.A N LYS 204.A O ASN 208.A H 2.959 2.035 ALA 209.A N ILE 206.A O ALA 209.A H 3.401 2.467 GLU 212.A N ASN 208.A O GLU 212.A H 2.997 2.080 VAL 213.A N ALA 209.A O VAL 213.A H 3.251 2.342 VAL 214.A N GLY 210.A O VAL 214.A H 3.121 2.133 GLU 215.A N THR 211.A O GLU 215.A H 2.894 1.940 ALA 216.A N GLU 212.A O ALA 216.A H 2.972 2.063 LYS 217.A N VAL 213.A O LYS 217.A H 2.850 1.936 LYS 217.A NZ SER 222.A O LYS 217.A HZ1 2.857 1.832 ALA 218.A N VAL 214.A O ALA 218.A H 3.246 2.507 ALA 218.A N GLU 215.A O ALA 218.A H 3.206 2.454 GLY 220.A N LYS 217.A O GLY 220.A H 2.945 2.020 GLY 228.A N THR 224.A O GLY 228.A H 2.793 1.879 GLN 229.A N LEU 225.A O GLN 229.A H 3.005 2.037 GLN 229.A NE2 GLN 229.A O GLN 229.A HE22 3.073 2.447 ALA 230.A N SER 226.A O ALA 230.A H 2.997 2.051 ALA 231.A N MET 227.A O ALA 231.A H 2.945 1.980 ALA 232.A N GLY 228.A O ALA 232.A H 2.995 2.063 ARG 233.A N GLN 229.A O ARG 233.A H 2.966 1.994 ARG 233.A NE GLU 250.A OE1 ARG 233.A HE 3.252 2.448 ARG 233.A NE GLU 250.A OE2 ARG 233.A HE 3.043 2.209 ARG 233.A NH1 GLU 170.A OE2 ARG 233.A HH12 3.095 2.098 ARG 233.A NH2 GLU 170.A OE1 ARG 233.A HH22 3.273 2.275 ARG 233.A NH2 GLU 250.A OE1 ARG 233.A HH21 2.872 1.942 ARG 233.A NH2 GLU 250.A OE2 ARG 233.A HH21 3.568 2.864 PHE 234.A N ALA 230.A O PHE 234.A H 3.083 2.119 GLY 235.A N ALA 231.A O GLY 235.A H 2.835 1.875 LEU 236.A N ALA 232.A O LEU 236.A H 2.896 1.932 SER 237.A N ARG 233.A O SER 237.A H 3.003 2.047 SER 237.A OG ARG 233.A O SER 237.A HG 3.344 2.523 LEU 238.A N PHE 234.A O LEU 238.A H 2.866 1.907 VAL 239.A N GLY 235.A O VAL 239.A H 2.927 1.978 ARG 240.A N LEU 236.A O ARG 240.A H 2.956 1.988 ARG 240.A NH1 GLU 245.A OE2 ARG 240.A HH11 2.901 1.923 ALA 241.A N SER 237.A O ALA 241.A H 3.059 2.083 LEU 242.A N LEU 238.A O LEU 242.A H 2.937 1.967 GLN 243.A N VAL 239.A O GLN 243.A H 2.963 2.083 GLY 244.A N ALA 241.A O GLY 244.A H 2.967 2.054 GLU 245.A N ARG 240.A O GLU 245.A H 3.056 2.136 GLU 250.A N LEU 268.A O GLU 250.A H 3.108 2.246 CYS 251.A SG VAL 173.A O no hydrogen 3.517 N/A ALA 252.A N GLN 266.A O ALA 252.A H 3.468 2.556 TYR 253.A N GLY 145.A O TYR 253.A H 3.029 2.074 VAL 254.A N PHE 264.A O VAL 254.A H 3.188 2.231 GLY 256.A N ARG 262.A O GLY 256.A H 3.258 2.307 GLN 259.A N ASP 257.A OD1 GLN 259.A H 3.147 2.191 GLN 259.A NE2 ASP 257.A OD2 GLN 259.A HE22 3.398 2.613 ARG 262.A NH1 GLU 130.A OE2 ARG 262.A HH12 2.741 1.958 ARG 262.A NH1 GLN 307.A OE1 ARG 262.A HH11 2.884 1.925 ARG 262.A NH2 GLU 255.A OE1 ARG 262.A HH21 2.954 2.178 PHE 264.A N VAL 254.A O PHE 264.A H 2.943 1.996 SER 265.A N GLY 175.A O SER 265.A H 2.831 1.891 GLN 266.A N ALA 252.A O GLN 266.A H 3.437 2.545 LEU 268.A N GLU 250.A O LEU 268.A H 3.084 2.251 LEU 269.A N GLU 277.A O LEU 269.A H 2.819 1.895 LEU 270.A N VAL 248.A O LEU 270.A H 2.886 1.925 GLY 271.A N GLY 274.A O GLY 271.A H 2.950 1.994 GLY 274.A N GLY 271.A O GLY 274.A H 3.430 2.515 VAL 275.A N ASN 141.A O VAL 275.A H 2.836 1.903 GLU 276.A N LEU 269.A O GLU 276.A H 2.708 1.866 GLU 277.A N LEU 269.A O GLU 277.A H 3.222 2.287 ARG 278.A NE GLU 255.A O ARG 278.A HE 3.242 2.436 ARG 278.A NH1 ASN 141.A OD1 ARG 278.A HH12 2.848 1.922 ARG 278.A NH2 LYS 140.A O ARG 278.A HH22 3.462 2.834 ARG 278.A NH2 ASN 141.A OD1 ARG 278.A HH22 3.449 2.674 ARG 278.A NH2 GLU 255.A O ARG 278.A HH21 2.835 1.943 LYS 279.A N PRO 267.A O LYS 279.A H 2.836 1.928 SER 285.A N GLU 288.A OE1 SER 285.A H 3.023 2.095 GLU 288.A N SER 285.A OG GLU 288.A H 3.180 2.243 GLN 289.A N SER 285.A O GLN 289.A H 2.841 1.884 ASN 290.A N ALA 286.A O ASN 290.A H 3.016 2.076 ALA 291.A N PHE 287.A O ALA 291.A H 2.905 1.939 LEU 292.A N GLU 288.A O LEU 292.A H 2.888 1.922 GLU 293.A N GLN 289.A O GLU 293.A H 3.067 2.109 GLY 294.A N ASN 290.A O GLY 294.A H 3.014 2.089 MET 295.A N ALA 291.A O MET 295.A H 3.203 2.434 MET 295.A N LEU 292.A O MET 295.A H 3.348 2.545 LEU 299.A N MET 295.A O LEU 299.A H 3.080 2.097 LYS 300.A N LEU 296.A O LYS 300.A H 3.179 2.207 LYS 300.A NZ TYR 260.A O LYS 300.A HZ3 3.569 2.685 LYS 301.A N ASP 297.A O LYS 301.A H 3.256 2.342 ASP 302.A N THR 298.A O ASP 302.A H 3.044 2.062 ILE 303.A N LEU 299.A O ILE 303.A H 3.030 2.076 ALA 304.A N LYS 300.A O ALA 304.A H 2.944 2.018 LEU 305.A N LYS 301.A O LEU 305.A H 2.962 1.997 GLN 307.A N ILE 303.A O GLN 307.A H 3.212 2.232 GLU 308.A N ALA 304.A O GLU 308.A H 2.991 2.026 PHE 309.A N LEU 305.A O PHE 309.A H 3.235 2.289 VAL 310.A N GLY 306.A O VAL 310.A H 3.440 2.528 ASN 311.A N GLN 307.A O ASN 311.A H 2.954 2.197 ASN 311.A N GLU 308.A O ASN 311.A H 3.051 2.325 LYS 312.A N GLU 308.A O LYS 312.A H 2.933 2.157 LYS 312.A NZ PHE 309.A O LYS 312.A HZ3 3.370 2.689