Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 4by9_E.cif H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): GLU 3.A N ILE 16.A O GLU 3.A H 2.927 1.934 LYS 5.A N VAL 14.A O LYS 5.A H 2.821 1.815 HIS 7.A N VAL 12.A O HIS 7.A H 2.946 1.976 LYS 8.A N HIS 7.A ND1 LYS 8.A H 2.936 1.988 VAL 12.A N PHE 9.A O VAL 12.A H 3.161 2.199 TYR 13.A N ALA 25.A O TYR 13.A H 2.947 2.039 VAL 14.A N LYS 5.A O VAL 14.A H 2.823 1.844 VAL 15.A N LYS 23.A O VAL 15.A H 2.900 1.903 ILE 16.A N GLU 3.A O ILE 16.A H 3.045 2.046 ASP 19.A N ASP 17.A OD1 ASP 19.A H 3.045 2.089 GLY 20.A N ASP 17.A OD1 GLY 20.A H 3.044 2.105 SER 21.A N ASP 19.A OD1 SER 21.A H 2.858 1.876 SER 21.A OG ASP 19.A OD1 SER 21.A HG 2.525 1.533 LYS 23.A N VAL 15.A O LYS 23.A H 2.952 1.967 LYS 23.A NZ ASP 17.A OD1 LYS 23.A HZ2 2.765 2.036 LYS 23.A NZ ASP 17.A OD2 LYS 23.A HZ2 2.870 1.872 LYS 23.A NZ ASP 19.A OD1 LYS 23.A HZ1 2.918 2.162 LYS 23.A NZ ASP 19.A OD2 LYS 23.A HZ1 2.787 1.806 LYS 23.A NZ SER 21.A O LYS 23.A HZ3 3.052 2.111 ALA 25.A N TYR 13.A O ALA 25.A H 2.925 1.948 THR 26.A N ARG 49.A O THR 26.A H 2.865 1.874 THR 26.A OG1 ASP 93.A OD2 THR 26.A HG1 2.624 1.641 LYS 27.A NZ GLU 46.A OE1 LYS 27.A HZ2 2.713 1.709 ASN 28.A N GLU 47.A O ASN 28.A H 2.938 1.956 ASN 28.A ND2 VAL 30.A O ASN 28.A HD22 2.936 2.308 ASN 28.A ND2 GLU 47.A OE1 ASN 28.A HD21 2.777 1.765 LEU 29.A N ASP 93.A OD1 LEU 29.A H 2.837 1.824 VAL 30.A N ASN 28.A OD1 VAL 30.A H 3.094 2.134 GLY 32.A N GLU 47.A OE1 GLY 32.A H 2.846 1.832 GLN 33.A NE2 GLU 120.A OE1 GLN 33.A HE22 2.865 1.862 ARG 34.A NH1 GLU 47.A OE2 ARG 34.A HH12 2.829 1.863 ARG 34.A NH2 GLN 33.A O ARG 34.A HH21 2.733 1.846 ARG 34.A NH2 GLU 47.A OE1 ARG 34.A HH22 2.825 1.916 ARG 34.A NH2 GLU 47.A OE2 ARG 34.A HH22 2.922 2.022 VAL 35.A N GLU 38.A OE1 VAL 35.A H 2.790 1.780 VAL 35.A N GLU 38.A OE2 VAL 35.A H 3.261 2.525 TYR 36.A N GLU 38.A OE1 TYR 36.A H 3.055 2.135 TYR 36.A OH ILE 50.A O TYR 36.A HH 2.729 1.848 GLY 37.A N GLU 38.A OE1 GLY 37.A H 3.184 2.446 GLU 38.A N GLU 38.A OE1 GLU 38.A H 2.819 1.852 ARG 39.A NH1 ASP 17.A OD2 ARG 39.A HH12 2.750 1.771 ARG 39.A NH2 ASP 17.A OD2 ARG 39.A HH22 2.979 2.113 ILE 41.A N TYR 48.A O ILE 41.A H 2.869 1.888 TRP 43.A N GLU 46.A O TRP 43.A H 2.872 1.878 GLU 46.A N TRP 43.A O GLU 46.A H 3.126 2.142 TYR 48.A N ILE 41.A O TYR 48.A H 2.870 1.867 TYR 48.A OH GLU 46.A OE2 TYR 48.A HH 2.580 1.605 ARG 49.A N THR 26.A O ARG 49.A H 2.973 1.970 ARG 49.A NE GLU 38.A OE2 ARG 49.A HE 2.817 1.871 ARG 49.A NH1 SER 89.A OG ARG 49.A HH12 2.997 2.137 ARG 49.A NH1 ASP 93.A OD2 ARG 49.A HH11 2.843 1.832 ARG 49.A NH2 GLU 38.A OE2 ARG 49.A HH21 2.769 1.832 ARG 49.A NH2 SER 89.A OG ARG 49.A HH22 2.896 1.996 ILE 50.A N ARG 39.A O ILE 50.A H 2.941 1.965 TRP 51.A N ILE 24.A O TRP 51.A H 3.165 2.164 TRP 51.A NE1 SER 56.A OG TRP 51.A HE1 3.093 2.113 ASN 52.A N TYR 36.A OH ASN 52.A H 3.305 2.422 ASN 52.A ND2 HIS 54.A ND1 ASN 52.A HD22 2.997 2.125 ARG 55.A N ASN 52.A O ARG 55.A H 3.022 2.074 LYS 57.A NZ ASP 150.A OD2 LYS 57.A HZ3 2.759 1.736 GLY 59.A N SER 56.A O GLY 59.A H 2.977 2.091 ALA 60.A N SER 56.A O ALA 60.A H 3.590 2.622 ALA 61.A N LYS 57.A O ALA 61.A H 2.823 1.843 ILE 62.A N LEU 58.A O ILE 62.A H 3.295 2.355 VAL 63.A N GLY 59.A O VAL 63.A H 3.147 2.197 ASN 64.A N ALA 60.A O ASN 64.A H 2.849 1.870 ASN 64.A ND2 LEU 212.A O ASN 64.A HD21 3.418 2.816 ASN 64.A ND2 GLU 213.A O ASN 64.A HD22 3.016 2.081 GLY 65.A N ALA 61.A O GLY 65.A H 3.003 2.004 LEU 66.A N ALA 61.A O LEU 66.A H 2.968 1.959 LYS 67.A N GLU 208.A OE2 LYS 67.A H 3.103 2.270 ASN 68.A N GLU 208.A OE2 ASN 68.A H 2.890 1.934 ASN 68.A ND2 GLU 208.A OE2 ASN 68.A HD21 2.904 1.887 GLY 74.A N VAL 95.A O GLY 74.A H 2.940 1.935 LYS 75.A N LYS 72.A O LYS 75.A H 3.201 2.225 SER 76.A N ASP 145.A OD1 SER 76.A H 2.857 1.884 SER 76.A OG ASP 145.A OD1 SER 76.A HG 2.615 1.647 VAL 77.A N LYS 100.A O VAL 77.A H 2.879 1.890 LEU 78.A N VAL 146.A O LEU 78.A H 3.082 2.110 TYR 79.A N TYR 102.A O TYR 79.A H 2.863 1.900 TYR 79.A OH GLY 81.A O TYR 79.A HH 2.693 1.866 LEU 80.A N PHE 148.A O LEU 80.A H 2.948 1.988 GLY 81.A N ILE 104.A O GLY 81.A H 2.911 1.906 ALA 83.A N GLU 105.A OE1 ALA 83.A H 2.854 1.852 SER 84.A OG VAL 110.A O SER 84.A HG 2.756 1.821 GLY 85.A N ILE 82.A O GLY 85.A H 2.862 1.962 SER 89.A N GLY 85.A O SER 89.A H 2.922 2.000 SER 89.A OG THR 86.A O SER 89.A HG 2.652 1.676 HIS 90.A N THR 87.A O HIS 90.A H 3.093 2.368 HIS 90.A ND1 THR 26.A OG1 HIS 90.A HD1 2.940 1.952 VAL 91.A N THR 87.A O VAL 91.A H 3.151 2.157 SER 92.A N ALA 88.A O SER 92.A H 2.851 1.917 SER 92.A OG ASN 123.A OD1 SER 92.A HG 2.693 1.715 ASP 93.A N SER 89.A O ASP 93.A H 3.197 2.271 ILE 94.A N HIS 90.A O ILE 94.A H 3.047 2.065 VAL 95.A N VAL 91.A O VAL 95.A H 2.888 1.913 GLY 96.A N SER 92.A O GLY 96.A H 3.112 2.191 GLY 99.A N GLY 96.A O GLY 99.A H 3.541 2.545 LYS 100.A N LYS 75.A O LYS 100.A H 3.108 2.147 LYS 100.A NZ GLU 98.A O LYS 100.A HZ3 2.829 1.856 ILE 101.A N ASN 123.A O ILE 101.A H 2.993 2.138 TYR 102.A N VAL 77.A O TYR 102.A H 2.986 2.005 TYR 102.A OH THR 142.A OG1 TYR 102.A HH 2.760 1.803 GLY 103.A N ILE 125.A O GLY 103.A H 2.887 1.903 ILE 104.A N TYR 79.A O ILE 104.A H 2.813 1.820 GLU 105.A N ILE 127.A O GLU 105.A H 2.944 1.973 PHE 106.A N GLU 105.A OE2 PHE 106.A H 2.837 1.923 SER 107.A N GLU 105.A OE2 SER 107.A H 3.105 2.094 ARG 112.A N ARG 109.A O ARG 112.A H 3.190 2.332 ARG 112.A NE GLU 113.A OE1 ARG 112.A HE 2.806 1.841 ARG 112.A NH2 GLU 113.A OE1 ARG 112.A HH21 2.841 1.912 LEU 114.A N LEU 111.A O LEU 114.A H 3.194 2.276 VAL 115.A N ARG 112.A O VAL 115.A H 3.165 2.236 VAL 118.A N LEU 114.A O VAL 118.A H 3.141 2.181 GLU 119.A N PRO 116.A O GLU 119.A H 3.012 2.064 GLU 120.A N ILE 117.A O GLU 120.A H 3.197 2.310 ARG 121.A N ILE 117.A O ARG 121.A H 2.990 1.973 ARG 121.A NE GLN 33.A OE1 ARG 121.A HE 2.863 1.973 ARG 121.A NH1 SER 92.A OG ARG 121.A HH11 3.322 2.382 ARG 121.A NH1 ASP 93.A OD1 ARG 121.A HH12 2.747 1.725 ARG 121.A NH2 ASN 28.A OD1 ARG 121.A HH22 2.836 1.964 ARG 121.A NH2 GLN 33.A OE1 ARG 121.A HH21 2.897 2.014 ARG 122.A N GLU 120.A O ARG 122.A H 2.972 2.040 ARG 122.A NH1 GLU 119.A O ARG 122.A HH11 2.771 1.804 ASN 123.A ND2 SER 92.A O ASN 123.A HD22 2.958 1.997 ASN 123.A ND2 GLY 96.A O ASN 123.A HD21 2.904 1.921 ILE 124.A N ARG 121.A O ILE 124.A H 3.009 2.023 ILE 125.A N ILE 101.A O ILE 125.A H 2.875 1.987 ILE 127.A N GLY 103.A O ILE 127.A H 2.817 1.878 GLY 129.A N GLU 105.A O GLY 129.A H 2.884 1.872 THR 132.A N ASP 130.A OD1 THR 132.A H 2.786 1.815 THR 132.A OG1 ASP 130.A OD1 THR 132.A HG1 2.771 1.835 LYS 133.A N ASP 130.A O LYS 133.A H 3.003 2.024 LYS 133.A NZ ASP 130.A OD2 LYS 133.A HZ1 2.711 1.740 GLU 135.A N GLU 135.A OE2 GLU 135.A H 2.767 1.816 GLU 136.A N LYS 133.A O GLU 136.A H 3.115 2.122 TYR 137.A N PRO 134.A O TYR 137.A H 3.308 2.307 TYR 137.A OH ASP 130.A O TYR 137.A HH 2.777 1.806 ARG 138.A N GLU 135.A O ARG 138.A H 3.532 2.584 LEU 140.A N TYR 137.A O LEU 140.A H 2.991 1.996 LYS 143.A NZ ALA 166.A O LYS 143.A HZ2 2.828 1.847 VAL 144.A N TYR 167.A O VAL 144.A H 2.914 1.928 ASP 145.A N SER 76.A O ASP 145.A H 2.851 1.953 ASP 145.A N SER 76.A OG ASP 145.A H 3.322 2.603 VAL 146.A N SER 76.A O VAL 146.A H 3.260 2.383 ILE 147.A N TYR 173.A O ILE 147.A H 2.950 2.037 PHE 148.A N LEU 78.A O PHE 148.A H 2.972 2.029 GLU 149.A N MET 175.A O GLU 149.A H 2.959 2.058 ASP 150.A N LEU 80.A O ASP 150.A H 2.912 1.901 VAL 151.A N GLU 149.A OE1 VAL 151.A H 2.853 1.964 ALA 152.A N GLU 149.A OE1 ALA 152.A H 2.794 1.786 THR 155.A OG1 THR 132.A OG1 THR 155.A HG1 3.085 2.132 GLN 156.A N GLN 153.A O GLN 156.A H 2.995 2.023 GLN 156.A NE2 GLU 149.A OE2 GLN 156.A HE22 2.748 1.754 GLN 156.A NE2 ALA 177.A O GLN 156.A HE21 2.874 1.883 LYS 158.A N THR 155.A O LYS 158.A H 2.835 2.037 ILE 159.A N THR 155.A O ILE 159.A H 3.078 2.099 LEU 160.A N GLN 156.A O LEU 160.A H 3.043 2.027 ILE 161.A N ALA 157.A O ILE 161.A H 3.059 2.079 ASP 162.A N LYS 158.A O ASP 162.A H 2.942 1.930 ASN 163.A N ILE 159.A O ASN 163.A H 3.365 2.397 ASN 163.A ND2 ALA 131.A O ASN 163.A HD22 3.019 2.253 ASN 163.A ND2 ILE 159.A O ASN 163.A HD21 2.825 1.827 ALA 164.A N LEU 160.A O ALA 164.A H 3.002 2.108 LYS 165.A N ASP 162.A O LYS 165.A H 3.136 2.379 LYS 165.A NZ ASP 162.A OD2 LYS 165.A HZ1 2.711 1.717 ALA 166.A N ASP 162.A O ALA 166.A H 3.052 2.038 TYR 167.A N ASN 163.A O TYR 167.A H 2.839 1.853 LYS 169.A N VAL 144.A O LYS 169.A H 3.151 2.147 LYS 169.A NZ ASP 145.A OD2 LYS 169.A HZ3 2.756 1.756 GLY 171.A N PRO 227.A O GLY 171.A H 3.003 2.039 GLY 172.A N LYS 169.A O GLY 172.A H 3.077 2.148 TYR 173.A N ASP 145.A O TYR 173.A H 2.861 1.857 GLY 174.A N VAL 224.A O GLY 174.A H 2.870 1.886 MET 175.A N ILE 147.A O MET 175.A H 2.858 2.016 ILE 176.A N PHE 222.A O ILE 176.A H 2.971 1.986 ALA 177.A N GLU 149.A O ALA 177.A H 3.059 2.068 VAL 178.A N ALA 220.A O VAL 178.A H 2.764 1.994 LYS 179.A N GLN 156.A OE1 LYS 179.A H 2.865 1.887 LYS 179.A NZ VAL 151.A O LYS 179.A HZ3 2.951 2.296 LYS 179.A NZ ALA 152.A O LYS 179.A HZ2 2.848 1.883 SER 180.A N VAL 178.A O SER 180.A H 3.127 2.331 ARG 181.A NH1 ARG 181.A O ARG 181.A HH11 2.743 1.784 SER 182.A N LYS 179.A O SER 182.A H 2.858 1.876 ILE 183.A N SER 180.A O ILE 183.A H 3.149 2.253 ASP 184.A N SER 180.A O ASP 184.A H 3.158 2.142 THR 186.A N ASP 184.A OD1 THR 186.A H 2.816 1.868 THR 186.A OG1 ASP 184.A OD1 THR 186.A HG1 2.556 1.571 LYS 187.A NZ ASP 184.A OD2 LYS 187.A HZ1 2.695 1.764 GLN 191.A N GLU 188.A O GLN 191.A H 2.868 1.891 PHE 193.A N PRO 189.A O PHE 193.A H 2.863 1.848 LYS 194.A N GLU 190.A O LYS 194.A H 3.069 2.213 GLU 195.A N GLN 191.A O GLU 195.A H 3.166 2.241 VAL 196.A N VAL 192.A O VAL 196.A H 3.002 1.993 GLU 197.A N PHE 193.A O GLU 197.A H 2.916 1.942 ARG 198.A N LYS 194.A O ARG 198.A H 2.978 2.037 ARG 198.A NH1 GLU 195.A OE1 ARG 198.A HH11 2.837 1.813 ARG 198.A NH1 GLU 199.A OE1 ARG 198.A HH12 2.857 1.965 ARG 198.A NH2 GLU 199.A OE1 ARG 198.A HH22 2.729 1.776 ARG 198.A NH2 GLU 202.A OE1 ARG 198.A HH21 2.814 1.810 GLU 199.A N GLU 195.A O GLU 199.A H 2.894 1.938 LEU 200.A N VAL 196.A O LEU 200.A H 3.050 2.058 SER 201.A N GLU 197.A O SER 201.A H 2.990 2.064 SER 201.A OG GLU 197.A O SER 201.A HG 2.656 1.678 GLU 202.A N GLU 199.A O GLU 202.A H 3.129 2.164 TYR 203.A N LEU 200.A O TYR 203.A H 3.122 2.192 TYR 203.A OH ALA 164.A O TYR 203.A HH 2.735 1.835 PHE 204.A N LEU 200.A O PHE 204.A H 2.809 1.826 GLU 205.A N ARG 225.A O GLU 205.A H 2.815 1.802 ILE 207.A N VAL 223.A O ILE 207.A H 3.091 2.113 GLU 208.A N VAL 223.A O GLU 208.A H 3.221 2.229 ARG 209.A NH1 GLU 197.A OE1 ARG 209.A HH11 2.731 1.752 ARG 209.A NH2 GLU 190.A OE1 ARG 209.A HH21 2.716 1.881 LEU 210.A N LEU 221.A O LEU 210.A H 2.900 1.918 ASN 211.A ND2 GLU 213.A OE2 ASN 211.A HD22 2.846 1.941 LEU 212.A N HIS 219.A O LEU 212.A H 3.317 2.344 GLU 213.A N ASN 211.A OD1 GLU 213.A H 3.053 2.047 TYR 215.A N LEU 212.A O TYR 215.A H 3.060 2.134 GLU 216.A N LEU 212.A O GLU 216.A H 3.170 2.167 LYS 217.A NZ ASP 218.A OD2 LYS 217.A HZ1 2.793 1.794 HIS 219.A N LYS 217.A O HIS 219.A H 2.855 2.135 HIS 219.A NE2 ALA 177.A O HIS 219.A HE2 2.891 1.928 ALA 220.A N VAL 178.A O ALA 220.A H 3.187 2.187 LEU 221.A N LEU 210.A O LEU 221.A H 2.828 1.829 PHE 222.A N ILE 176.A O PHE 222.A H 3.012 2.002 VAL 223.A N GLU 208.A O VAL 223.A H 2.952 1.945 VAL 224.A N GLY 174.A O VAL 224.A H 2.875 1.868 ARG 225.A N GLU 205.A O ARG 225.A H 2.831 1.836 ARG 225.A NH1 GLY 171.A O ARG 225.A HH11 3.319 2.398 LYS 226.A N GLY 172.A O LYS 226.A H 2.773 1.764 LYS 226.A NZ ALA 164.A O LYS 226.A HZ2 2.876 1.872 LYS 226.A NZ LEU 168.A O LYS 226.A HZ1 2.768 1.774