Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 4knz_A.pdb H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): GLN 3.A N GLN 3.A OE1 GLN 3.A H 2.818 2.000 GLN 3.A NE2 ARG 35.A O.A GLN 3.A HE21 3.057 2.209 GLN 3.A NE2 ARG 35.A O.B GLN 3.A HE21 2.863 2.028 GLU 6.A N LYS 2.A O GLU 6.A H 2.949 2.130 LEU 7.A N GLN 3.A O LEU 7.A H 3.033 2.241 MET 8.A N TYR 4.A O MET 8.A H 3.002 2.165 GLN 9.A N LEU 5.A O GLN 9.A H 2.998 2.158 GLN 9.A NE2 GLN 9.A O GLN 9.A HE21 3.581 3.087 GLN 9.A NE2 ASP 13.A OD1 GLN 9.A HE21 2.965 2.143 LYS 10.A N GLU 6.A O LYS 10.A H 2.925 2.148 VAL 11.A N LEU 7.A O VAL 11.A H 2.927 2.092 LEU 12.A N MET 8.A O LEU 12.A H 3.035 2.199 ASP 13.A N GLN 9.A O ASP 13.A H 2.818 2.059 GLU 14.A N LYS 10.A O GLU 14.A H 2.835 2.085 GLY 15.A N VAL 11.A O GLY 15.A H 2.773 2.041 THR 16.A N SER 28.A O THR 16.A H 2.884 2.070 LYS 18.A N THR 26.A O LYS 18.A H 2.929 2.102 ARG 21.A NH1 ILE 264.A OXT ARG 21.A HH12 2.911 2.056 THR 22.A N ASP 20.A OD2 THR 22.A H 3.041 2.213 THR 22.A OG1 ASP 20.A OD1 THR 22.A HG1 3.242 2.582 THR 22.A OG1 ASP 20.A OD2 THR 22.A HG1 2.665 1.870 GLY 23.A N ASP 20.A O GLY 23.A H 2.994 2.157 THR 24.A N ASP 20.A OD1 THR 24.A H 3.012 2.343 THR 24.A OG1 THR 22.A OG1 THR 24.A HG1 2.753 2.102 GLY 25.A N ASP 20.A OD1 GLY 25.A H 2.817 1.969 THR 26.A N LYS 18.A O THR 26.A H 2.917 2.083 LEU 27.A N LEU 208.A O LEU 27.A H 2.876 2.043 SER 28.A N THR 16.A O SER 28.A H 2.913 2.119 ILE 29.A N THR 206.A O ILE 29.A H 2.939 2.108 GLY 31.A N GLY 204.A O GLY 31.A H 3.079 2.262 HIS 32.A N GLY 203.A O HIS 32.A H 3.310 2.625 GLN 33.A NE2 THR 202.A OG1 GLN 33.A HE21 3.028 2.185 MET 34.A N TRP 201.A O MET 34.A H 2.946 2.151 ARG 35.A NE.B ASP 198.A OD2 ARG 35.A HE.B 3.239 2.477 ARG 35.A NH1.A ASP 198.A OD2 ARG 35.A HH11.A 2.941 2.088 ARG 35.A NH2.B ASP 198.A OD2 ARG 35.A HH21.B 3.051 2.245 PHE 36.A N PHE 199.A O PHE 36.A H 2.873 2.032 LEU 38.A N GLY 197.A O LEU 38.A H 2.877 2.043 GLN 39.A N ASN 37.A OD1 GLN 39.A H 2.892 2.099 ASP 40.A N ASN 37.A O ASP 40.A H 2.923 2.102 GLY 41.A N LEU 38.A O GLY 41.A H 3.347 2.542 PHE 42.A N PRO 228.A O PHE 42.A H 2.829 1.987 LEU 44.A N PHE 42.A O LEU 44.A H 2.875 2.151 CYS 50.A N TYR 252.A OH CYS 50.A H 2.941 2.105 HIS 51.A ND1.B SER 54.A OG HIS 51.A HD1.B 2.707 1.991 ARG 53.A NH1.A ASN 75.A O ARG 53.A HH12.A 2.929 2.164 ARG 53.A NH1.A ASN 76.A O ARG 53.A HH12.A 3.489 2.906 ARG 53.A NH1.B ASN 75.A O ARG 53.A HH12.B 2.486 1.657 ARG 53.A NH2.A ASN 75.A O ARG 53.A HH22.A 2.955 2.201 ARG 53.A NH2.B ASN 75.A O ARG 53.A HH22.B 3.043 2.414 ARG 53.A NH2.B ASN 76.A O ARG 53.A HH22.B 2.769 2.175 SER 54.A N HIS 51.A O.A SER 54.A H 3.258 2.555 SER 54.A N HIS 51.A O.B SER 54.A H 3.203 2.557 ILE 56.A N LEU 52.A O ILE 56.A H 2.901 2.068 HIS 57.A N ARG 53.A O.A HIS 57.A H 3.060 2.203 HIS 57.A N ARG 53.A O.B HIS 57.A H 3.006 2.153 GLU 58.A N SER 54.A O GLU 58.A H 2.931 2.092 LEU 59.A N ILE 55.A O LEU 59.A H 3.093 2.272 LEU 60.A N ILE 56.A O LEU 60.A H 2.959 2.113 TRP 61.A N HIS 57.A O TRP 61.A H 2.966 2.141 TRP 61.A NE1 ASN 68.A O TRP 61.A HE1 2.847 2.051 PHE 62.A N GLU 58.A O PHE 62.A H 2.905 2.067 LEU 63.A N LEU 59.A O LEU 63.A H 2.923 2.102 GLN 64.A N LEU 60.A O GLN 64.A H 2.984 2.246 GLN 64.A N TRP 61.A O GLN 64.A H 3.206 2.615 GLY 65.A N PHE 62.A O GLY 65.A H 2.899 2.086 ASP 66.A N TRP 61.A O ASP 66.A H 3.252 2.421 ASN 68.A N ASP 66.A OD2 ASN 68.A H 2.982 2.130 ASN 68.A ND2 ASN 87.A O ASN 68.A HD22 2.912 2.099 ASN 68.A ND2 ASP 89.A OD2 ASN 68.A HD21 2.816 1.978 ILE 69.A N GLY 88.A O ILE 69.A H 2.878 2.082 ALA 70.A N ASN 68.A OD1 ALA 70.A H 2.831 2.003 HIS 73.A N ILE 69.A O HIS 73.A H 2.906 2.091 HIS 73.A NE2 ASP 81.A OD1 HIS 73.A HE2 2.631 1.776 GLU 74.A N ALA 70.A O GLU 74.A H 2.907 2.099 ASN 75.A N LEU 72.A O ASN 75.A H 2.958 2.219 ASN 75.A ND2 TYR 71.A O ASN 75.A HD21 2.950 2.139 ASN 76.A N HIS 73.A O ASN 76.A H 2.994 2.143 VAL 77.A N LEU 72.A O VAL 77.A H 2.843 2.011 TRP 80.A NE1 GLU 58.A OE1 TRP 80.A HE1 2.862 2.039 ASP 81.A N THR 78.A O ASP 81.A H 3.158 2.303 GLU 82.A N GLU 82.A OE2 GLU 82.A H 2.810 2.163 TRP 83.A N TRP 80.A O TRP 83.A H 3.352 2.500 TRP 83.A NE1 ILE 264.A OXT TRP 83.A HE1 2.976 2.141 ALA 84.A N ASP 81.A O ALA 84.A H 3.411 2.596 ASP 85.A N ASP 89.A O ASP 85.A H 2.918 2.089 GLU 86.A N GLU 86.A OE1 GLU 86.A H 2.654 1.814 ASN 87.A N ASP 85.A OD2 ASN 87.A H 2.871 2.103 GLY 88.A N ASP 85.A O GLY 88.A H 2.885 2.035 ASP 89.A N ASP 85.A OD2 ASP 89.A H 2.927 2.099 LEU 90.A N THR 67.A O LEU 90.A H 3.026 2.221 VAL 93.A N GLY 91.A O VAL 93.A H 2.785 2.037 LYS 96.A NZ ALA 100.A O LYS 96.A HZ3 2.889 2.023 GLN 97.A N VAL 93.A O GLN 97.A H 3.237 2.420 GLN 97.A NE2 PRO 92.A O GLN 97.A HE21 2.977 2.129 GLN 97.A NE2 GLU 137.A OE1 GLN 97.A HE22 2.928 2.114 TRP 98.A N TYR 94.A O TRP 98.A H 2.833 1.990 ARG 99.A N GLY 95.A O ARG 99.A H 3.148 2.398 ARG 99.A NE ASP 110.A OD1 ARG 99.A HE 3.079 2.244 ARG 99.A NE ASP 110.A OD2 ARG 99.A HE 3.397 2.675 ARG 99.A NH1 ASP 110.A OD2 ARG 99.A HH11 2.927 2.084 ARG 99.A NH2 LEU 63.A O ARG 99.A HH21 2.813 2.072 ALA 100.A N LYS 96.A O ALA 100.A H 2.823 2.125 TRP 101.A N ILE 109.A O TRP 101.A H 3.019 2.256 THR 103.A N.A ARG 107.A O THR 103.A H.A 2.839 2.020 THR 103.A N.B ARG 107.A O THR 103.A H.B 2.767 1.920 THR 103.A OG1.A THR 103.A O.A THR 103.A HG1.A 2.333 1.825 GLY 106.A N THR 103.A O.A GLY 106.A H 2.327 1.476 GLY 106.A N THR 103.A O.B GLY 106.A H 2.991 2.135 ARG 107.A N THR 103.A OG1.A ARG 107.A H 3.224 2.454 ARG 107.A N THR 103.A OG1.B ARG 107.A H 3.028 2.286 ILE 109.A N TRP 101.A O ILE 109.A H 2.782 1.988 GLN 111.A N TRP 98.A O GLN 111.A H 2.922 2.284 GLN 111.A NE2 GLN 97.A O GLN 111.A HE21 2.832 2.025 GLN 111.A NE2 SER 131.A O GLN 111.A HE22 2.853 2.000 ILE 112.A N TRP 98.A O ILE 112.A H 3.337 2.601 THR 113.A N ASP 110.A OD1 THR 113.A H 3.111 2.258 THR 114.A N ASP 110.A O THR 114.A H 3.006 2.189 THR 114.A OG1 ASP 110.A O THR 114.A HG1 2.804 2.028 VAL 115.A N GLN 111.A O VAL 115.A H 2.968 2.140 LEU 116.A N ILE 112.A O LEU 116.A H 3.041 2.207 ASN 117.A N THR 113.A O ASN 117.A H 2.995 2.151 GLN 118.A N THR 114.A O GLN 118.A H 2.926 2.101 GLN 118.A NE2 ARG 127.A O GLN 118.A HE22 3.192 2.426 LEU 119.A N VAL 115.A O LEU 119.A H 2.851 2.018 LYS 120.A N LEU 116.A O LYS 120.A H 3.075 2.299 ASN 121.A N ASN 117.A O ASN 121.A H 2.927 2.152 ASN 121.A ND2 ASN 117.A O ASN 121.A HD21 2.955 2.456 ASP 122.A N GLN 118.A O ASP 122.A H 2.708 1.888 SER 125.A N ASP 122.A O SER 125.A H 2.879 2.036 ARG 127.A N SER 125.A OG ARG 127.A H 3.010 2.178 VAL 130.A N PHE 150.A O VAL 130.A H 2.877 2.052 SER 131.A N GLN 111.A OE1 SER 131.A H 2.873 2.038 ALA 132.A N ALA 148.A O ALA 132.A H 2.864 2.047 TRP 133.A N SER 131.A OG TRP 133.A H 3.014 2.213 ASN 134.A N ALA 132.A O ASN 134.A H 2.966 2.312 ASN 134.A ND2 GLN 97.A OE1 ASN 134.A HD21 2.954 2.118 GLU 137.A N ASN 134.A O GLU 137.A H 2.923 2.086 LYS 140.A N GLU 137.A O LYS 140.A H 3.035 2.213 LYS 140.A NZ GLU 137.A OE2 LYS 140.A HZ1 3.083 2.257 MET 141.A N LEU 138.A O MET 141.A H 3.071 2.232 ALA 142.A N LEU 90.A O ALA 142.A H 2.842 2.063 CYS 146.A N TYR 94.A OH CYS 146.A H 2.755 1.898 CYS 146.A SG ALA 144.A O no hydrogen 3.911 N/A HIS 147.A ND1 TYR 181.A OH HIS 147.A HD1 2.642 1.827 ALA 148.A N TYR 164.A O ALA 148.A H 3.115 2.285 PHE 150.A N VAL 130.A O PHE 150.A H 2.874 2.034 GLN 151.A N GLN 162.A O GLN 151.A H 2.902 2.134 PHE 152.A N ILE 128.A O PHE 152.A H 2.866 2.044 TYR 153.A N SER 160.A O TYR 153.A H 3.039 2.330 ALA 155.A N LYS 158.A O ALA 155.A H 3.160 2.383 LYS 158.A N ALA 155.A O LYS 158.A H 3.002 2.176 LEU 159.A N GLU 195.A O LEU 159.A H 2.832 2.002 SER 160.A N TYR 153.A O SER 160.A H 2.825 1.974 CYS 161.A N ASP 198.A O CYS 161.A H 3.008 2.219 GLN 162.A N GLN 151.A O GLN 162.A H 2.841 2.038 LEU 163.A N VAL 200.A O LEU 163.A H 2.959 2.159 TYR 164.A N PHE 149.A O TYR 164.A H 2.816 1.959 GLN 165.A N THR 202.A O GLN 165.A H 2.845 1.986 GLN 165.A NE2 SER 167.A O GLN 165.A HE21 3.136 2.320 GLN 165.A NE2 ASN 177.A OD1 GLN 165.A HE22 2.963 2.221 ARG 166.A N CYS 146.A O ARG 166.A H 2.948 2.342 ARG 166.A NE PRO 145.A O ARG 166.A HE 2.769 1.911 ARG 166.A NH1 ALA 144.A O ARG 166.A HH11 2.955 2.210 ARG 166.A NH1 PRO 145.A O ARG 166.A HH11 3.527 2.897 CYS 168.A N ASP 205.A O CYS 168.A H 2.955 2.205 VAL 170.A N HIS 207.A O VAL 170.A H 2.891 2.033 LEU 172.A N ASP 169.A OD1 LEU 172.A H 3.079 2.232 GLY 173.A N ASP 169.A O GLY 173.A H 2.945 2.261 LEU 174.A N ASP 169.A O LEU 174.A H 2.990 2.223 ASN 177.A N GLY 173.A O ASN 177.A H 2.980 2.158 ILE 178.A N LEU 174.A O ILE 178.A H 2.933 2.091 ALA 179.A N PRO 175.A O ALA 179.A H 3.297 2.449 SER 180.A N PHE 176.A O SER 180.A H 2.847 2.026 TYR 181.A N ASN 177.A O TYR 181.A H 3.165 2.308 ALA 182.A N ILE 178.A O ALA 182.A H 2.991 2.156 LEU 183.A N ALA 179.A O LEU 183.A H 2.936 2.102 LEU 184.A N SER 180.A O LEU 184.A H 2.965 2.145 VAL 185.A N TYR 181.A O VAL 185.A H 2.900 2.074 HIS 186.A N ALA 182.A O HIS 186.A H 3.042 2.205 MET 187.A N LEU 183.A O MET 187.A H 2.932 2.118 MET 188.A N LEU 184.A O MET 188.A H 2.860 2.005 ALA 189.A N VAL 185.A O ALA 189.A H 2.815 1.979 GLN 190.A N HIS 186.A O GLN 190.A H 2.940 2.121 GLN 190.A NE2 ARG 234.A O GLN 190.A HE22 3.012 2.321 GLN 191.A N MET 187.A O GLN 191.A H 3.033 2.227 GLN 191.A NE2 PRO 236.A O GLN 191.A HE22 3.109 2.281 GLN 191.A NE2 TYR 242.A OH GLN 191.A HE21 3.011 2.165 CYS 192.A N MET 188.A O CYS 192.A H 2.996 2.297 CYS 192.A N ALA 189.A O CYS 192.A H 3.131 2.485 CYS 192.A SG MET 188.A O CYS 192.A HG 3.380 2.530 ASP 193.A N GLN 190.A O ASP 193.A H 3.287 2.435 LEU 194.A N ALA 189.A O LEU 194.A H 2.894 2.048 GLU 195.A N GLY 157.A O GLU 195.A H 2.903 2.075 GLY 197.A N LEU 159.A O GLY 197.A H 2.719 1.931 ASP 198.A N SER 160.A OG ASP 198.A H 2.984 2.143 PHE 199.A N PHE 36.A O PHE 199.A H 2.867 2.080 VAL 200.A N CYS 161.A O VAL 200.A H 2.832 1.987 TRP 201.A N MET 34.A O TRP 201.A H 2.864 2.047 TRP 201.A NE1 GLN 165.A OE1 TRP 201.A HE1 2.852 2.005 THR 202.A N LEU 163.A O THR 202.A H 2.916 2.104 THR 202.A OG1 GLN 162.A OE1 THR 202.A HG1 2.702 2.147 GLY 203.A N HIS 32.A O GLY 203.A H 2.958 2.145 GLY 204.A N GLN 165.A O GLY 204.A H 2.821 1.991 ASP 205.A N ARG 166.A O ASP 205.A H 2.996 2.220 THR 206.A N ILE 29.A O THR 206.A H 2.936 2.081 THR 206.A OG1 GLY 204.A O THR 206.A HG1 3.083 2.267 HIS 207.A N CYS 168.A O HIS 207.A H 2.934 2.087 HIS 207.A ND1 ASP 205.A OD2 HIS 207.A HD1 2.968 2.213 LEU 208.A N LEU 27.A O LEU 208.A H 2.894 2.084 SER 210.A N GLY 25.A O SER 210.A H 2.918 2.099 SER 210.A OG THR 24.A O SER 210.A HG 2.774 2.261 HIS 212.A N TYR 209.A O HIS 212.A H 2.918 2.091 HIS 212.A NE2 PRO 261.A O HIS 212.A HE2 2.857 2.011 GLN 215.A N GLN 215.A OE1 GLN 215.A H 2.832 2.062 GLN 215.A NE2 LYS 259.A O GLN 215.A HE21 3.096 2.272 THR 216.A N HIS 212.A O THR 216.A H 2.931 2.133 THR 216.A OG1 HIS 212.A O THR 216.A HG1 2.862 2.142 HIS 217.A N MET 213.A O HIS 217.A H 3.067 2.236 HIS 217.A ND1 MET 213.A O HIS 217.A HD1 2.994 2.206 LEU 218.A N ASP 214.A O LEU 218.A H 2.987 2.161 GLN 219.A N GLN 215.A O GLN 219.A H 2.967 2.156 GLN 219.A NE2 THR 47.A OG1 GLN 219.A HE21 2.874 2.038 LEU 220.A N THR 216.A O LEU 220.A H 2.893 2.089 SER 221.A N LEU 218.A O SER 221.A H 3.171 2.392 ARG 222.A N GLN 219.A O ARG 222.A H 3.052 2.233 ARG 222.A NH1 THR 47.A O ARG 222.A HH11 2.900 2.107 ARG 222.A NH1 PRO 256.A O ARG 222.A HH12 2.866 2.064 ARG 225.A N THR 46.A OG1 ARG 225.A H 2.850 2.010 ARG 225.A NH1 ASP 253.A O ARG 225.A HH11 2.853 2.017 LYS 229.A N GLU 250.A O LYS 229.A H 2.848 2.033 ILE 231.A N GLU 248.A O ILE 231.A H 2.835 1.981 LYS 233.A N ASP 246.A O LYS 233.A H 2.862 2.090 LYS 233.A NZ GLU 248.A OE1 LYS 233.A HZ1 2.640 1.809 ARG 234.A NE ASP 246.A OD1 ARG 234.A HE 2.921 2.061 ARG 234.A NH2 ASP 241.A O ARG 234.A HH22 2.906 2.149 ARG 234.A NH2 ASP 246.A OD2 ARG 234.A HH21 2.840 2.081 LYS 235.A NZ ASP 193.A OD1 LYS 235.A HZ2 2.924 2.187 GLU 237.A N GLU 237.A OE1 GLU 237.A H 2.718 1.867 ASP 241.A N SER 238.A O ASP 241.A H 3.117 2.293 ARG 243.A N ASP 246.A OD2 ARG 243.A H 2.847 2.031 GLU 245.A N GLU 245.A OE1 GLU 245.A H 2.766 2.014 ASP 246.A N ARG 243.A O ASP 246.A H 2.912 2.066 PHE 247.A N PHE 244.A O PHE 247.A H 3.343 2.493 GLU 248.A N ILE 231.A O GLU 248.A H 2.895 2.107 GLU 250.A N LYS 229.A O GLU 250.A H 2.791 1.952 HIS 255.A N THR 46.A O HIS 255.A H 2.865 2.075 HIS 255.A NE2 GLU 223.A O HIS 255.A HE2 2.813 2.040