Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 4yap_A.cif H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): GLN 2.A NE2.A GLU 60.A OE2 GLN 2.A HE22.A 3.431 2.613 LEU 4.A N.B ARG 28.A O.B LEU 4.A H.B 2.931 2.120 ILE 6.A N LYS 30.A O ILE 6.A H 2.819 2.050 TYR 7.A N LEU 56.A O TYR 7.A H 2.879 2.036 TYR 7.A OH ASP 58.A OD2 TYR 7.A HH 2.900 2.062 HIS 8.A N VAL 32.A O HIS 8.A H 3.106 2.339 HIS 8.A ND1 ILE 9.A O HIS 8.A HD1 2.749 1.955 HIS 8.A NE2 ASP 31.A OD1 HIS 8.A HE2 2.560 1.763 CYS 12.A N ILE 9.A O CYS 12.A H 3.094 2.319 SER 15.A OG GLU 19.A OE2 SER 15.A HG 2.746 2.069 GLU 16.A N CYS 12.A O GLU 16.A H 3.155 2.377 ARG 17.A N PRO 13.A O ARG 17.A H 3.085 2.304 ARG 17.A NE ALA 160.A O ARG 17.A HE 2.874 2.101 ARG 17.A NH1 SER 68.A OG ARG 17.A HH11 2.967 2.157 ARG 17.A NH2 ALA 160.A O ARG 17.A HH21 3.125 2.425 GLU 19.A N SER 15.A O GLU 19.A H 2.855 2.046 ILE 20.A N GLU 16.A O ILE 20.A H 2.865 2.024 MET 21.A N ARG 17.A O MET 21.A H 3.007 2.179 LEU 22.A N VAL 18.A O LEU 22.A H 2.864 2.024 GLU 23.A N GLU 19.A O GLU 23.A H 3.100 2.277 LEU 24.A N ILE 20.A O LEU 24.A H 2.874 2.035 LYS 25.A N MET 21.A O LYS 25.A H 2.887 2.119 LYS 25.A NZ GLU 76.A OE1 LYS 25.A HZ1 2.754 1.909 LYS 25.A NZ TYR 79.A O LYS 25.A HZ2 2.738 1.939 LYS 25.A NZ PRO 82.A O LYS 25.A HZ3 2.665 1.808 GLY 26.A N.A GLU 23.A O GLY 26.A H.A 2.769 1.968 GLY 26.A N.B LEU 22.A O GLY 26.A H.B 2.804 2.043 LEU 27.A N.A LEU 22.A O LEU 27.A H.A 2.903 2.103 LEU 27.A N.B LEU 22.A O no hydrogen 3.174 N/A ARG 28.A N.A GLN 2.A O.A ARG 28.A H.A 2.890 2.100 ARG 28.A N.B GLN 2.A O.A no hydrogen 1.615 N/A ARG 28.A N.B GLN 2.A O.B no hydrogen 2.936 N/A LYS 30.A N LEU 4.A O.A LYS 30.A H 2.715 1.946 LYS 30.A N LEU 4.A O.B LYS 30.A H 2.957 2.162 VAL 32.A N ILE 6.A O VAL 32.A H 2.889 2.030 ILE 34.A N HIS 8.A O ILE 34.A H 2.810 1.989 SER 37.A N ASP 35.A OD1 SER 37.A H 2.757 1.918 LYS 38.A N ASP 35.A O LYS 38.A H 3.076 2.245 LYS 38.A NZ ASP 35.A OD2 LYS 38.A HZ2 2.632 1.786 LYS 38.A NZ ASP 235.A OD1 LYS 38.A HZ1 3.165 2.316 LYS 38.A NZ ASP 235.A OD2 LYS 38.A HZ1 3.120 2.358 LEU 44.A N PRO 41.A O LEU 44.A H 3.005 2.337 LEU 45.A N PRO 41.A O LEU 45.A H 3.094 2.270 ALA 46.A N ASP 42.A O ALA 46.A H 3.014 2.228 LYS 47.A N LEU 44.A O LYS 47.A H 3.194 2.375 THR 51.A N GLU 67.A OE2 THR 51.A H 3.119 2.269 LEU 56.A N TYR 7.A O LEU 56.A H 2.981 2.171 LEU 57.A N LEU 65.A O LEU 57.A H 2.865 2.039 ASP 58.A N THR 5.A O ASP 58.A H 2.816 1.977 VAL 59.A N GLU 63.A O VAL 59.A H 2.963 2.163 GLU 63.A N GLU 60.A O GLU 63.A H 3.366 2.514 SER 64.A OG ASP 58.A OD1 SER 64.A HG 2.630 1.923 LEU 65.A N LEU 57.A O LEU 65.A H 2.812 1.985 LYS 66.A NZ THR 48.A O LYS 66.A HZ2 3.472 2.874 LYS 66.A NZ THR 52.A O LYS 66.A HZ1 3.189 2.459 ILE 71.A N GLU 67.A O ILE 71.A H 2.913 2.096 LEU 72.A N SER 68.A O LEU 72.A H 2.935 2.118 ARG 73.A N MET 69.A O ARG 73.A H 3.089 2.286 ARG 73.A NH1 HIS 92.A NE2 ARG 73.A HH12 3.463 2.800 ARG 73.A NH2 HIS 92.A NE2 ARG 73.A HH22 2.903 2.057 TYR 74.A N VAL 70.A O TYR 74.A H 2.948 2.122 LEU 75.A N ILE 71.A O LEU 75.A H 2.906 2.083 GLU 76.A N LEU 72.A O GLU 76.A H 2.954 2.142 GLN 77.A N ARG 73.A O GLN 77.A H 2.999 2.219 ARG 78.A N TYR 74.A O ARG 78.A H 2.736 1.901 ARG 78.A NE GLU 60.A OE1 ARG 78.A HE 2.799 1.966 ARG 78.A NH1 ARG 78.A O ARG 78.A HH11 3.092 2.237 ARG 78.A NH2 GLU 60.A OE1 ARG 78.A HH21 3.503 2.869 TYR 79.A N LEU 75.A O TYR 79.A H 2.856 2.072 TYR 79.A OH GLN 2.A OE1.A TYR 79.A HH 2.995 2.209 TYR 79.A OH GLN 2.A OE1.B TYR 79.A HH 2.732 1.972 VAL 84.A N GLU 76.A OE2 VAL 84.A H 2.963 2.131 ALA 85.A N GLU 76.A OE2 ALA 85.A H 2.952 2.161 HIS 86.A N GLU 95.A OE1 HIS 86.A H 2.819 1.961 ASP 88.A N HIS 86.A ND1 ASP 88.A H 3.021 2.165 CYS 91.A N ASP 88.A OD2 CYS 91.A H 2.951 2.135 CYS 91.A SG ASP 88.A OD2 CYS 91.A HG 3.467 2.451 HIS 92.A N ASP 88.A O HIS 92.A H 2.825 1.986 HIS 92.A ND1 GLU 95.A OE1 HIS 92.A HD1 2.781 1.921 ALA 93.A N PRO 89.A O ALA 93.A H 2.972 2.185 VAL 94.A N PHE 90.A O VAL 94.A H 2.970 2.173 GLU 95.A N CYS 91.A O GLU 95.A H 3.006 2.190 GLY 96.A N HIS 92.A O GLY 96.A H 2.863 2.066 MET 97.A N ALA 93.A O MET 97.A H 2.836 2.008 LEU 98.A N VAL 94.A O LEU 98.A H 2.963 2.123 ALA 99.A N GLU 95.A O ALA 99.A H 2.885 2.048 GLU 100.A N GLY 96.A O GLU 100.A H 3.024 2.253 LEU 101.A N LEU 98.A O LEU 101.A H 2.950 2.220 ALA 102.A N ALA 99.A O ALA 102.A H 3.022 2.182 GLY 103.A N GLU 100.A O GLY 103.A H 3.411 2.608 PHE 105.A N LEU 101.A O PHE 105.A H 3.125 2.290 SER 106.A N ALA 102.A O SER 106.A H 2.919 2.071 SER 106.A OG ALA 102.A O SER 106.A HG 3.015 2.297 SER 106.A OG GLY 103.A O SER 106.A HG 3.028 2.418 GLY 107.A N GLY 103.A O GLY 107.A H 2.945 2.113 ALA 108.A N PRO 104.A O ALA 108.A H 3.066 2.243 GLY 109.A N PHE 105.A O GLY 109.A H 3.302 2.478 TYR 110.A N SER 106.A O TYR 110.A H 2.879 2.034 ARG 111.A N GLY 107.A O ARG 111.A H 2.956 2.111 MET 112.A N ALA 108.A O MET 112.A H 3.032 2.227 ILE 113.A N GLY 109.A O ILE 113.A H 2.967 2.126 LEU 114.A N TYR 110.A O LEU 114.A H 2.952 2.120 ASN 115.A N ARG 111.A O ASN 115.A H 3.023 2.342 ASN 115.A ND2 GLU 117.A O ASN 115.A HD21 2.946 2.124 ARG 116.A NH1 THR 215.A O ARG 116.A HH11 2.813 2.113 ARG 116.A NH1 LYS 248.A O ARG 116.A HH12 3.044 2.212 GLU 117.A N ASN 115.A OD1 GLU 117.A H 3.042 2.198 LYS 120.A N GLU 117.A O LYS 120.A H 3.015 2.208 LYS 120.A NZ GLU 117.A OE1 LYS 120.A HZ2 3.089 2.327 LYS 120.A NZ GLU 117.A OE2 LYS 120.A HZ2 2.852 2.025 ARG 121.A N ILE 118.A O ARG 121.A H 3.123 2.266 MET 124.A N LYS 120.A O MET 124.A H 2.963 2.143 ARG 125.A N ARG 121.A O ARG 125.A H 3.059 2.228 ALA 126.A N GLU 122.A O ALA 126.A H 2.941 2.122 ALA 127.A N GLU 123.A O ALA 127.A H 3.117 2.336 VAL 128.A N MET 124.A O VAL 128.A H 3.227 2.407 ASP 129.A N ARG 125.A O ASP 129.A H 2.901 2.051 ALA 130.A N ALA 126.A O ALA 130.A H 3.014 2.220 GLU 131.A N ALA 127.A O GLU 131.A H 3.163 2.400 PHE 132.A N VAL 128.A O PHE 132.A H 3.014 2.175 GLY 133.A N ASP 129.A O GLY 133.A H 2.870 2.074 LYS 134.A N ALA 130.A O LYS 134.A H 2.944 2.169 LYS 134.A NZ GLU 131.A OE2 LYS 134.A HZ2 3.089 2.209 VAL 135.A N GLU 131.A O VAL 135.A H 3.092 2.255 ASP 136.A N PHE 132.A O ASP 136.A H 2.863 2.014 ALA 137.A N GLY 133.A O ALA 137.A H 2.870 2.042 PHE 138.A N LYS 134.A O PHE 138.A H 2.955 2.133 LEU 139.A N VAL 135.A O LEU 139.A H 2.931 2.090 LYS 140.A N ASP 136.A O LYS 140.A H 2.923 2.088 LYS 140.A NZ ASP 136.A OD2 LYS 140.A HZ2 2.729 1.887 LYS 140.A NZ ASP 184.A OD1 LYS 140.A HZ1 2.879 2.043 ARG 141.A N ALA 137.A O ARG 141.A H 2.981 2.194 ARG 141.A NH1 ARG 141.A O ARG 141.A HH11 2.929 2.095 TYR 142.A N PHE 138.A O TYR 142.A H 2.949 2.205 ALA 143.A N LEU 139.A O ALA 143.A H 2.853 2.009 THR 144.A N LEU 149.A O THR 144.A H 2.856 2.154 GLY 145.A N LEU 149.A O GLY 145.A H 3.061 2.207 SER 146.A OG ASP 147.A OD1 SER 146.A HG 2.764 1.966 LEU 149.A N GLU 158.A OE2 LEU 149.A H 2.947 2.099 ASP 151.A N THR 144.A OG1 ASP 151.A H 3.385 2.609 ARG 153.A N PHE 150.A O ARG 153.A H 2.959 2.107 GLY 155.A N GLU 158.A OE1 GLY 155.A H 2.817 2.026 TRP 156.A N GLU 95.A OE2 TRP 156.A H 3.106 2.335 VAL 159.A N GLY 155.A O VAL 159.A H 2.974 2.157 ALA 160.A N TRP 156.A O ALA 160.A H 3.031 2.203 PHE 161.A N ALA 157.A O PHE 161.A H 2.898 2.107 THR 162.A N GLU 158.A O THR 162.A H 2.944 2.140 THR 162.A OG1 GLU 158.A O THR 162.A HG1 2.703 1.961 MET 164.A N.A PHE 161.A O MET 164.A H.A 2.823 2.162 MET 164.A N.B PHE 161.A O MET 164.A H.B 2.941 2.439 PHE 165.A N PHE 161.A O PHE 165.A H 3.044 2.229 LYS 166.A N THR 162.A O LYS 166.A H 3.084 2.281 LYS 166.A NZ GLU 16.A OE2 LYS 166.A HZ3 2.682 1.794 LYS 166.A NZ ALA 199.A O LYS 166.A HZ2 2.852 2.027 LYS 166.A NZ ARG 202.A O LYS 166.A HZ1 2.742 1.905 ARG 167.A N PRO 163.A O ARG 167.A H 2.927 2.127 ARG 167.A NE GLY 11.A O ARG 167.A HE 2.790 1.988 ARG 167.A NH1 GLU 16.A OE1 ARG 167.A HH12 2.790 2.016 ARG 167.A NH2 GLY 11.A O ARG 167.A HH21 3.083 2.383 ARG 167.A NH2 GLU 16.A OE1 ARG 167.A HH22 2.853 2.109 LEU 168.A N MET 164.A O.A LEU 168.A H 3.120 2.284 LEU 168.A N MET 164.A O.B LEU 168.A H 3.227 2.404 TRP 169.A N LYS 166.A O TRP 169.A H 3.153 2.363 PHE 170.A N ARG 167.A O PHE 170.A H 3.008 2.150 LEU 171.A N LEU 168.A O LEU 171.A H 2.876 2.061 TYR 173.A N TRP 169.A O TYR 173.A H 3.130 2.308 TYR 173.A OH PRO 244.A O TYR 173.A HH 2.852 2.024 TYR 174.A N PHE 170.A O TYR 174.A H 2.938 2.095 TYR 174.A OH LEU 208.A O TYR 174.A HH 2.697 1.904 GLU 175.A N LEU 171.A O GLU 175.A H 2.910 2.127 TYR 177.A N LEU 171.A O TYR 177.A H 3.137 2.282 TYR 177.A OH ASP 129.A OD1 TYR 177.A HH 2.682 1.883 PHE 183.A N PRO 180.A O PHE 183.A H 2.953 2.105 ARG 185.A N ASP 136.A OD1 ARG 185.A H 2.825 2.216 ARG 185.A NH1 ASP 147.A O ARG 185.A HH12 2.888 2.116 ARG 185.A NH1 ARG 185.A O ARG 185.A HH11 3.081 2.277 ARG 185.A NH2 GLY 145.A O ARG 185.A HH21 2.864 2.152 ARG 185.A NH2 ASP 147.A O ARG 185.A HH22 3.197 2.526 ARG 185.A NH2 PHE 148.A O ARG 185.A HH22 2.893 2.241 VAL 186.A N ASP 136.A OD1 VAL 186.A H 2.911 2.119 LEU 187.A N PHE 183.A O LEU 187.A H 3.236 2.416 ARG 188.A N ASP 184.A O ARG 188.A H 3.052 2.238 ARG 188.A NE SER 146.A O ARG 188.A HE 3.114 2.461 ARG 188.A NH2 ASP 147.A OD1 ARG 188.A HH21 2.940 2.088 TRP 189.A N ARG 185.A O TRP 189.A H 2.977 2.184 TRP 189.A NE1 GLU 158.A OE2 TRP 189.A HE1 2.827 1.993 ARG 190.A N VAL 186.A O ARG 190.A H 2.854 1.996 ALA 191.A N LEU 187.A O ALA 191.A H 3.067 2.230 ALA 192.A N ARG 188.A O ALA 192.A H 3.025 2.205 CYS 193.A N TRP 189.A O CYS 193.A H 2.891 2.050 CYS 193.A SG TRP 189.A O CYS 193.A HG 3.379 2.501 THR 194.A N ARG 190.A O THR 194.A H 2.940 2.117 THR 194.A OG1 ARG 190.A O THR 194.A HG1 3.109 2.303 ALA 195.A N ALA 191.A O ALA 195.A H 3.201 2.566 HIS 196.A N CYS 193.A O HIS 196.A H 3.287 2.435 ALA 198.A N HIS 196.A ND1 ALA 198.A H 2.954 2.097 ALA 199.A N HIS 196.A O ALA 199.A H 2.999 2.155 GLN 200.A NE2 THR 194.A O GLN 200.A HE22 2.930 2.131 GLN 200.A NE2 HIS 196.A O GLN 200.A HE21 2.893 2.042 TYR 201.A OH ASP 31.A OD2 TYR 201.A HH 2.684 1.913 ARG 202.A NE GLU 19.A OE1 ARG 202.A HE 2.897 2.270 ARG 202.A NH2 GLU 19.A OE2 ARG 202.A HH21 2.962 2.110 ARG 202.A NH2 ASP 31.A OD2 ARG 202.A HH22 2.875 2.154 GLU 206.A N SER 203.A OG GLU 206.A H 3.109 2.261 LEU 207.A N SER 203.A O LEU 207.A H 3.035 2.194 LEU 208.A N LYS 204.A O LEU 208.A H 2.875 2.020 LYS 209.A N GLU 205.A O LYS 209.A H 3.063 2.229 LYS 209.A NZ GLU 205.A OE2 LYS 209.A HZ2 2.718 1.920 LYS 209.A NZ TRP 238.A O LYS 209.A HZ3 2.877 2.136 LEU 210.A N GLU 206.A O LEU 210.A H 2.898 2.057 TYR 211.A N LEU 207.A O TYR 211.A H 2.945 2.146 TYR 211.A OH GLY 11.A O TYR 211.A HH 3.002 2.176 TYR 212.A N LYS 209.A O TYR 212.A H 3.396 2.540 ASP 213.A N SER 231.A OG ASP 213.A H 2.930 2.119 TYR 214.A N TYR 211.A O TYR 214.A H 2.936 2.190 THR 215.A N TYR 212.A O THR 215.A H 2.852 2.051 THR 215.A OG1 TYR 212.A O THR 215.A HG1 2.739 1.914 GLN 216.A N ASP 213.A O GLN 216.A H 3.022 2.191 GLN 216.A NE2 THR 215.A OG1 GLN 216.A HE21 2.980 2.195 GLN 216.A NE2 LYS 248.A O GLN 216.A HE22 3.241 2.404 GLY 218.A N ASP 213.A O GLY 218.A H 2.937 2.254 ASN 220.A N TYR 214.A OH ASN 220.A H 3.338 2.483 ARG 222.A N GLY 219.A O ARG 222.A H 3.064 2.257 ARG 222.A NH1 GLY 217.A O ARG 222.A HH11 2.666 2.069 ARG 227.A N PRO 224.A O ARG 227.A H 3.153 2.351 ARG 227.A NE ASP 255.A OD1 ARG 227.A HE 2.812 2.013 ARG 227.A NH1 ASP 213.A OD1 ARG 227.A HH12 2.895 2.156 ARG 227.A NH2 ASP 213.A OD1 ARG 227.A HH22 2.824 2.076 ARG 227.A NH2 ASP 213.A OD2 ARG 227.A HH22 3.490 2.913 ARG 227.A NH2 ILE 229.A O ARG 227.A HH21 2.852 2.184 SER 228.A N ASP 255.A OD1 SER 228.A H 3.380 2.607 SER 228.A N ASP 255.A OD2 SER 228.A H 2.810 2.005 SER 228.A OG ASP 255.A OD2 SER 228.A HG 2.799 1.963 ILE 229.A N ASP 255.A OD1 ILE 229.A H 3.393 2.597 SER 231.A N ASP 213.A OD2 SER 231.A H 2.849 2.012 SER 231.A OG LEU 210.A O SER 231.A HG 2.701 1.985 PHE 232.A N SER 230.A OG PHE 232.A H 2.967 2.145 SER 233.A N SER 230.A O SER 233.A H 2.968 2.135 ASP 235.A N SER 233.A OG ASP 235.A H 3.050 2.288 VAL 236.A N SER 233.A O VAL 236.A H 3.360 2.512 ARG 239.A N ASP 237.A OD1 ARG 239.A H 2.988 2.130 ARG 239.A NH1 ASP 237.A OD1 ARG 239.A HH11 2.951 2.173 THR 240.A N ASP 237.A O THR 240.A H 3.356 2.585 THR 240.A OG1 ASP 237.A O THR 240.A HG1 3.542 3.086 ARG 241.A N TRP 238.A O ARG 241.A H 3.155 2.336 ARG 241.A NE VAL 236.A O ARG 241.A HE 3.094 2.487 ARG 241.A NH1 SER 231.A O ARG 241.A HH12 2.722 1.895 ARG 241.A NH2 SER 231.A O ARG 241.A HH22 3.155 2.475 ARG 241.A NH2 VAL 236.A O ARG 241.A HH21 2.909 2.139 ARG 246.A NE TYR 173.A O ARG 246.A HE 2.792 1.945 ARG 246.A NH2 ASP 172.A O ARG 246.A HH21 3.064 2.322 LYS 248.A NZ ILE 113.A O LYS 248.A HZ2 2.745 1.995 LYS 248.A NZ ASN 115.A O LYS 248.A HZ1 2.785 1.927 LYS 248.A NZ GLU 175.A OE2 LYS 248.A HZ3 2.713 1.952 TRP 249.A NE1 GLU 175.A OE1 TRP 249.A HE1 2.953 2.101 GLY 250.A N ASP 247.A OD1 GLY 250.A H 2.909 2.255 THR 254.A N GLU 257.A OE1 THR 254.A H 3.095 2.290 GLU 257.A N THR 254.A OG1 GLU 257.A H 3.025 2.185 LEU 258.A N THR 254.A O LEU 258.A H 3.005 2.225 GLY 259.A N ALA 256.A O GLY 259.A H 3.033 2.221 LEU 260.A N ASP 255.A O LEU 260.A H 2.837 2.034