Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 4yd4_A.cif H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): SER 1.A OG.A SER 151.A O SER 1.A HG.A 2.946 2.108 GLY 3.A N PHE 171.A O GLY 3.A H 2.981 2.188 SER 4.A N GLY 97.A O SER 4.A H 2.965 2.150 SER 4.A OG ASN 170.A OD1 SER 4.A HG 2.635 1.848 ALA 5.A N TYR 169.A O ALA 5.A H 2.925 2.086 THR 7.A N GLY 167.A O THR 7.A H 2.863 2.051 THR 7.A OG1 ILE 18.A O THR 7.A HG1 3.446 2.839 THR 7.A OG1 THR 19.A OG1 THR 7.A HG1 2.867 2.207 THR 8.A N ILE 18.A O THR 8.A H 2.926 2.135 ILE 10.A N ALA 16.A O ILE 10.A H 2.879 2.083 LEU 13.A N ASP 11.A OD2 LEU 13.A H 3.057 2.286 ASP 14.A N ASP 11.A O ASP 14.A H 3.272 2.426 ASP 15.A N ASP 11.A OD2 ASP 15.A H 3.050 2.198 TYR 17.A OH GLY 162.A O TYR 17.A HH 2.735 1.922 ILE 18.A N THR 8.A O ILE 18.A H 2.883 2.059 THR 19.A N LEU 32.A O THR 19.A H 2.908 2.136 VAL 21.A N LEU 30.A O VAL 21.A H 2.823 2.051 GLN 22.A N SER 95.A O GLN 22.A H 2.929 2.104 GLN 22.A NE2 THR 29.A OG1 GLN 22.A HE21 3.024 2.198 ILE 23.A N GLN 28.A O ILE 23.A H 2.816 1.987 GLY 24.A N THR 93.A O GLY 24.A H 2.845 2.003 THR 25.A N SER 64.A OG THR 25.A H 3.036 2.239 THR 25.A OG1 THR 66.A OG1 THR 25.A HG1 2.754 2.092 GLN 28.A N ILE 23.A O GLN 28.A H 2.799 1.972 GLN 28.A NE2 THR 60.A O GLN 28.A HE22 3.017 2.165 LEU 30.A N VAL 21.A O LEU 30.A H 2.932 2.118 ASN 31.A N ASP 123.A OD2 ASN 31.A H 2.824 1.964 LEU 32.A N THR 19.A O LEU 32.A H 2.936 2.093 ASP 33.A N GLY 124.A O ASP 33.A H 2.894 2.060 ASP 35.A N LEU 126.A O ASP 35.A H 2.863 2.029 THR 36.A N THR 220.A OG1 THR 36.A H 2.917 2.100 THR 36.A OG1 ALA 218.A O THR 36.A HG1 2.789 2.220 GLY 37.A N ASP 35.A OD1 GLY 37.A H 2.876 2.056 SER 38.A N ASP 35.A O SER 38.A H 3.294 2.443 SER 38.A OG ASP 35.A OD2 SER 38.A HG 2.597 1.971 SER 39.A OG PHE 130.A O SER 39.A HG 2.694 1.923 TRP 42.A N LEU 125.A O TRP 42.A H 2.966 2.249 TRP 42.A NE1 TYR 79.A OH TRP 42.A HE1 2.836 2.138 VAL 43.A N GLU 107.A O VAL 43.A H 2.887 2.107 PHE 44.A N ASP 123.A O PHE 44.A H 2.940 2.119 SER 45.A N THR 48.A OG1 SER 45.A H 2.883 2.071 SER 45.A OG SER 108.A OG SER 45.A HG 2.677 1.860 SER 46.A N TYR 59.A O SER 46.A H 2.943 2.198 GLU 47.A N SER 45.A OG GLU 47.A H 2.944 2.135 THR 48.A N SER 45.A O THR 48.A H 3.046 2.197 THR 48.A OG1 ALA 109.A O THR 48.A HG1 2.689 1.976 THR 49.A N LYS 110.A O THR 49.A H 2.949 2.089 THR 49.A OG1 LYS 110.A O THR 49.A HG1 2.810 1.979 GLU 52.A N THR 49.A O GLU 52.A H 2.817 1.987 VAL 53.A N ALA 50.A O VAL 53.A H 3.166 2.313 ASP 54.A N GLN 56.A OE1 ASP 54.A H 2.750 1.940 GLN 56.A N GLN 56.A OE1 GLN 56.A H 2.845 2.071 GLN 56.A NE2 THR 117.A O GLN 56.A HE22 3.009 2.179 GLN 56.A NE2 ASP 119.A O GLN 56.A HE21 2.985 2.213 THR 57.A N ASP 123.A OD1 THR 57.A H 2.888 2.107 TYR 59.A N PHE 44.A O TYR 59.A H 2.920 2.072 TYR 59.A OH ASP 92.A OD1 TYR 59.A HH 2.700 1.918 THR 60.A N GLN 28.A OE1 THR 60.A H 2.828 1.992 LYS 63.A N THR 60.A O LYS 63.A H 3.004 2.176 SER 64.A N PRO 61.A O SER 64.A H 2.987 2.141 SER 64.A OG ASP 92.A OD1 SER 64.A HG 2.752 1.948 SER 64.A OG ASP 92.A OD2 SER 64.A HG 3.342 2.708 THR 65.A N THR 25.A O THR 65.A H 2.840 2.032 THR 66.A N SER 64.A OG THR 66.A H 3.387 2.601 THR 66.A OG1 ASP 92.A OD2 THR 66.A HG1 2.642 1.910 ALA 67.A N SER 64.A O ALA 67.A H 3.346 2.506 LYS 68.A N THR 91.A O LYS 68.A H.A 2.992 2.202 LEU 70.A N VAL 89.A O LEU 70.A H 2.850 1.998 ALA 73.A N LEU 70.A O ALA 73.A H 3.135 2.286 THR 74.A N SER 137.A O THR 74.A H 2.912 2.092 TRP 75.A N GLY 87.A O TRP 75.A H 2.996 2.221 TRP 75.A NE1 SER 108.A O TRP 75.A HE1 3.215 2.458 SER 76.A N THR 135.A OG1 SER 76.A H 3.288 2.525 ILE 77.A N SER 85.A O ILE 77.A H 2.933 2.099 TYR 79.A N SER 83.A O TYR 79.A H 2.830 1.993 GLY 82.A N TYR 79.A O GLY 82.A H 2.893 2.050 SER 83.A N ASP 81.A OD1 SER 83.A H.A 2.947 2.095 SER 83.A OG.A ASP 81.A OD1 SER 83.A HG.A 2.712 1.917 SER 85.A N ILE 77.A O SER 85.A H 3.110 2.326 SER 86.A N LYS 111.A O SER 86.A H 2.995 2.215 GLY 87.A N TRP 75.A O GLY 87.A H 3.022 2.225 ASP 88.A N SER 108.A O ASP 88.A H 3.107 2.459 TYR 90.A N VAL 106.A O TYR 90.A H 2.929 2.071 TYR 90.A OH GLU 47.A OE2 TYR 90.A HH 2.737 1.918 THR 91.A N LYS 68.A O THR 91.A H 2.825 2.023 ASP 92.A N GLN 104.A O ASP 92.A H 2.979 2.209 THR 93.A N ASP 92.A OD2 THR 93.A H 2.730 1.996 VAL 94.A N VAL 101.A O VAL 94.A H 2.890 2.050 SER 95.A N GLN 22.A O SER 95.A H 2.793 1.973 SER 95.A OG THR 100.A OG1 SER 95.A HG 2.686 2.085 VAL 96.A N LEU 99.A O VAL 96.A H 2.885 2.088 LEU 99.A N VAL 96.A O LEU 99.A H 2.990 2.136 VAL 101.A N VAL 94.A O VAL 101.A H 2.808 1.954 GLN 104.A N ASP 92.A O GLN 104.A H 2.975 2.309 GLN 104.A NE2 ALA 105.A O GLN 104.A HE21 3.140 2.311 GLN 104.A NE2 LYS 142.A O GLN 104.A HE22 3.192 2.417 VAL 106.A N TYR 90.A O VAL 106.A H 2.727 1.883 GLU 107.A N LEU 41.A O GLU 107.A H 2.876 2.023 SER 108.A N ASP 88.A O SER 108.A H 2.780 2.027 ALA 109.A N VAL 43.A O ALA 109.A H 2.998 2.141 LYS 110.A N SER 86.A O LYS 110.A H 2.780 2.009 LYS 111.A N SER 86.A O LYS 111.A H 3.152 2.312 VAL 112.A N GLU 52.A OE1 VAL 112.A H 2.954 2.136 SER 113.A N SER 84.A O SER 113.A H 2.881 2.105 PHE 116.A N SER 113.A O PHE 116.A H.B 3.000 2.316 THR 117.A N SER 113.A O THR 117.A H 3.216 2.388 THR 117.A OG1 GLU 52.A O THR 117.A HG1 2.676 1.861 GLU 118.A N SER 114.A O GLU 118.A H 2.883 2.085 ASP 119.A N PHE 116.A O ASP 119.A H 3.080 2.325 THR 121.A N ASP 119.A OD1 THR 121.A H 3.133 2.337 THR 121.A OG1 ASP 119.A OD1 THR 121.A HG1 2.766 1.942 ILE 122.A N ASP 119.A O ILE 122.A H 3.356 2.504 ASP 123.A N ASN 31.A O ASP 123.A H 2.900 2.062 LEU 125.A N TRP 42.A O LEU 125.A H 2.890 2.163 LEU 126.A N ASP 33.A O LEU 126.A H 2.988 2.163 GLY 127.A N ASP 40.A O GLY 127.A H 3.027 2.388 LEU 128.A N ASP 35.A O LEU 128.A H 2.845 2.031 ALA 129.A N SER 38.A O ALA 129.A H 2.895 2.037 PHE 130.A N GLY 193.A O PHE 130.A H 2.997 2.149 LEU 133.A N PHE 130.A O LEU 133.A H 3.042 2.184 ASN 134.A N SER 131.A O ASN 134.A H 2.949 2.097 ASN 134.A ND2 SER 39.A O ASN 134.A HD22 2.941 2.084 ASN 134.A ND2 GLU 107.A OE1 ASN 134.A HD21 3.075 2.313 THR 135.A N ASP 40.A OD1 THR 135.A H 3.045 2.293 THR 135.A OG1 ASP 40.A OD2 THR 135.A HG1 2.745 1.917 VAL 136.A N ASN 134.A OD1 VAL 136.A H 2.990 2.157 SER 137.A N THR 74.A O SER 137.A H 2.867 2.027 GLN 140.A NE2 THR 132.A O GLN 140.A HE22 2.927 2.268 GLN 140.A NE2 ASN 134.A O GLN 140.A HE21 2.892 2.037 GLN 141.A N ASN 134.A OD1 GLN 141.A H 2.917 2.063 GLN 141.A NE2 THR 139.A O GLN 141.A HE21 2.877 2.034 THR 143.A N SER 131.A OG THR 143.A H 3.035 2.203 ASP 146.A N THR 143.A OG1 ASP 146.A H.B 2.992 2.142 ASN 147.A N THR 143.A O ASN 147.A H 2.941 2.095 ASN 147.A ND2 GLN 104.A OE1 ASN 147.A HD22 2.809 1.979 ALA 148.A N PHE 144.A O ALA 148.A H 2.890 2.124 LYS 149.A N ASP 146.A O LYS 149.A H 3.395 2.583 SER 151.A N ALA 148.A O SER 151.A H.A 2.923 2.159 SER 151.A OG.A ALA 148.A O SER 151.A HG.A 2.861 2.031 LEU 152.A N LYS 149.A O LEU 152.A H 3.107 2.327 ASP 153.A N SER 1.A O ASP 153.A H 3.001 2.228 VAL 156.A N SER 154.A O VAL 156.A H 2.812 2.127 PHE 157.A N PHE 317.A O PHE 157.A H 3.035 2.230 THR 158.A N ASN 170.A O THR 158.A H 2.843 2.054 ALA 159.A N VAL 315.A O ALA 159.A H 2.871 2.062 ASP 160.A N THR 168.A O ASP 160.A H 2.899 2.135 TYR 163.A OH ASP 276.A O.B TYR 163.A HH 3.327 2.721 HIS 164.A N ASP 14.A OD1 HIS 164.A H 3.206 2.491 HIS 164.A N ASP 14.A OD2 HIS 164.A H 2.910 2.084 GLY 167.A N THR 7.A O GLY 167.A H 2.810 1.983 THR 168.A N ASP 160.A O THR 168.A H 2.867 2.081 TYR 169.A N ALA 5.A O TYR 169.A H 2.874 2.058 ASN 170.A N THR 158.A O ASN 170.A H 3.156 2.384 PHE 171.A N GLY 3.A O PHE 171.A H 2.819 1.979 GLY 172.A N VAL 156.A O GLY 172.A H 2.812 1.975 THR 177.A N ASP 175.A OD2 THR 177.A H 2.950 2.137 THR 177.A OG1 ASP 175.A OD2 THR 177.A HG1 2.631 1.794 ALA 178.A N ASP 175.A O ALA 178.A H 3.021 2.180 THR 180.A N SER 329.A O THR 180.A H 2.928 2.100 THR 184.A N PHE 327.A O THR 184.A H 2.910 2.062 THR 186.A N LEU 325.A O THR 186.A H 2.782 2.020 SER 189.A N GLU 196.A O SER 189.A H 2.825 2.031 LYS 191.A N SER 189.A OG LYS 191.A H 3.265 2.412 GLN 192.A NE2 GLU 196.A OE1 GLN 192.A HE22 3.291 2.633 GLN 192.A NE2 GLU 196.A OE2 GLN 192.A HE22 3.123 2.294 GLY 193.A N THR 190.A O GLY 193.A H 2.874 2.058 TRP 195.A NE1 LEU 128.A O TRP 195.A HE1 2.894 2.048 TRP 197.A N GLY 216.A O TRP 197.A H 2.860 2.034 THR 198.A OG1 ASP 215.A OD1.B THR 198.A HG1 2.527 1.802 SER 199.A N ILE 214.A O SER 199.A H 2.850 2.099 SER 199.A OG GLY 265.A O SER 199.A HG 2.757 1.940 THR 200.A N GLY 265.A O THR 200.A H 3.232 2.445 THR 200.A OG1 GLY 267.A O THR 200.A HG1 2.779 1.947 TYR 202.A N LYS 210.A O TYR 202.A H 3.047 2.286 ALA 203.A N THR 263.A O ALA 203.A H 2.951 2.177 GLY 205.A N SER 261.A O GLY 205.A H 2.792 1.949 GLY 207.A N VAL 204.A O GLY 207.A H 2.934 2.106 LYS 210.A N TYR 202.A O LYS 210.A H 2.769 1.916 THR 212.A N THR 200.A O THR 212.A H 3.020 2.232 ILE 214.A N SER 199.A O ILE 214.A H 2.924 2.095 GLY 216.A N TRP 197.A O GLY 216.A H 2.868 2.044 ILE 217.A N ASN 303.A O ILE 217.A H 2.982 2.216 ALA 218.A N TRP 195.A O ALA 218.A H 2.962 2.134 ASP 219.A N PHE 305.A O ASP 219.A H 2.978 2.123 THR 220.A N THR 36.A OG1 THR 220.A H 2.912 2.090 THR 220.A OG1 PHE 34.A O THR 220.A HG1 2.782 2.253 GLY 221.A N ASP 219.A OD2 GLY 221.A H 2.928 2.164 THR 222.A N ASP 219.A O THR 222.A H 3.239 2.386 THR 222.A OG1 ASP 219.A OD1 THR 222.A HG1 2.736 2.146 THR 223.A OG1 ASP 15.A O THR 223.A HG1 2.686 1.924 LEU 225.A N GLY 293.A O LEU 225.A H 3.061 2.201 TYR 226.A N ILE 304.A O TYR 226.A H 2.883 2.041 LEU 227.A N GLN 295.A O LEU 227.A H 2.997 2.205 VAL 232.A N.A PRO 228.A O VAL 232.A H.A 3.041 2.209 VAL 232.A N.B PRO 228.A O VAL 232.A H.B 3.074 2.251 SER 233.A N ALA 229.A O SER 233.A H 2.889 2.049 ALA 234.A N THR 230.A O ALA 234.A H 3.107 2.278 TYR 235.A N VAL 231.A O TYR 235.A H 3.044 2.266 TYR 235.A OH PRO 260.A O TYR 235.A HH 2.739 1.909 TRP 236.A N VAL 232.A O.A TRP 236.A H 3.016 2.172 TRP 236.A N VAL 232.A O.B TRP 236.A H 3.012 2.163 TRP 236.A NE1 ILE 294.A O TRP 236.A HE1 2.866 2.045 ALA 237.A N SER 233.A O ALA 237.A H 2.964 2.183 GLN 238.A N TYR 235.A O GLN 238.A H 3.008 2.171 VAL 239.A N TRP 236.A O VAL 239.A H 2.993 2.169 ALA 242.A N VAL 239.A O ALA 242.A H 3.079 2.230 LYS 243.A N VAL 252.A O LYS 243.A H 3.021 2.210 SER 245.A N GLY 250.A O SER 245.A H 2.864 2.004 VAL 248.A N SER 245.A OG VAL 248.A H 3.057 2.229 GLY 249.A N SER 245.A O GLY 249.A H 2.846 2.037 GLY 250.A N SER 245.A O GLY 250.A H 3.069 2.336 TYR 251.A N GLN 295.A OE1 TYR 251.A H 2.754 1.933 VAL 252.A N LYS 243.A O VAL 252.A H 2.895 2.056 PHE 253.A N CYS 290.A O PHE 253.A H 2.880 2.116 CYS 255.A N SER 288.A O CYS 255.A H 2.888 2.034 CYS 255.A SG SER 287.A O no hydrogen 3.955 N/A ALA 257.A N PRO 254.A O ALA 257.A H 2.897 2.042 PHE 262.A N ILE 273.A O PHE 262.A H 2.932 2.124 THR 263.A N ALA 203.A O THR 263.A H 2.902 2.051 PHE 264.A N ILE 271.A O PHE 264.A H 2.915 2.117 GLY 265.A N GLY 201.A O GLY 265.A H 2.883 2.097 VAL 266.A N ALA 269.A O VAL 266.A H 2.929 2.096 ALA 269.A N VAL 266.A O ALA 269.A H 2.775 2.012 ARG 270.A NH1 GLY 267.A O ARG 270.A HH12 3.096 2.380 ARG 270.A NH1 ALA 269.A O ARG 270.A HH11 2.883 2.103 ILE 271.A N PHE 264.A O ILE 271.A H 2.897 2.049 ILE 273.A N PHE 262.A O ILE 273.A H 2.778 1.925 TYR 277.A N PRO 274.A O TYR 277.A H.A 2.955 2.213 ILE 278.A N GLY 275.A O ILE 278.A H 2.949 2.115 ASP 279.A N ASP 276.A O.A ASP 279.A H 3.206 2.355 PHE 280.A N PHE 291.A O PHE 280.A H 2.947 2.133 GLY 281.A N ASP 279.A OD2 GLY 281.A H 2.930 2.101 ILE 283.A N SER 289.A O ILE 283.A H 2.862 2.080 SER 287.A N SER 284.A O SER 287.A H 2.985 2.133 SER 289.A N SER 287.A OG SER 289.A H.A 3.003 2.149 CYS 290.A N PHE 253.A O CYS 290.A H 2.789 1.934 CYS 290.A SG ASP 279.A OD2 no hydrogen 3.774 N/A PHE 291.A N GLY 281.A O PHE 291.A H 2.826 2.032 GLY 292.A N TYR 251.A O GLY 292.A H 3.002 2.151 GLY 293.A N ILE 278.A O GLY 293.A H 2.737 2.082 GLN 295.A N LEU 225.A O GLN 295.A H 2.892 2.067 GLN 295.A NE2 TYR 251.A O GLN 295.A HE22 3.061 2.233 GLN 295.A NE2 GLY 292.A O GLN 295.A HE21 2.834 2.013 SER 297.A N LEU 227.A O SER 297.A H 2.836 2.022 SER 297.A OG ASN 303.A OD1 SER 297.A HG 2.612 1.816 ALA 298.A N.A SER 296.A OG ALA 298.A H.A 3.006 2.160 ALA 298.A N.B SER 296.A OG ALA 298.A H.B 3.006 2.154 ILE 300.A N SER 297.A O ILE 300.A H.B 2.883 2.060 ASN 303.A ND2 ASP 215.A O ASN 303.A HD22 2.811 1.972 ILE 304.A N TYR 226.A O ILE 304.A H 2.862 2.060 PHE 305.A N ILE 217.A O PHE 305.A H 2.795 2.001 ASP 307.A N THR 222.A O ASP 307.A H 2.761 1.945 VAL 308.A N THR 223.A O VAL 308.A H 2.986 2.228 ALA 309.A N GLY 306.A O ALA 309.A H 2.982 2.324 LEU 310.A N GLY 306.A O LEU 310.A H 2.951 2.111 LYS 311.A N ASP 307.A O LYS 311.A H.A 2.856 2.013 LYS 311.A NZ.A ASP 14.A OD2 LYS 311.A HZ3.A 2.799 1.921 LYS 311.A NZ.B ASP 14.A OD2 LYS 311.A HZ3.B 2.816 1.979 ALA 312.A N ALA 309.A O ALA 312.A H 3.134 2.347 ALA 313.A N LEU 310.A O ALA 313.A H 2.988 2.168 PHE 314.A N ALA 328.A O PHE 314.A H 2.834 2.018 VAL 315.A N ALA 159.A O VAL 315.A H 3.065 2.231 VAL 316.A N GLY 326.A O VAL 316.A H 2.770 1.942 PHE 317.A N PHE 157.A O PHE 317.A H 2.795 1.951 ASN 318.A N THR 324.A O ASN 318.A H 2.928 2.116 ASN 318.A ND2 THR 324.A OG1 ASN 318.A HD22 2.910 2.059 GLY 319.A N PRO 155.A O GLY 319.A H 2.759 2.015 ALA 320.A N ASN 318.A OD1 ALA 320.A H 3.122 2.307 THR 324.A N ASN 318.A O THR 324.A H 3.097 2.356 LEU 325.A N THR 186.A O LEU 325.A H 3.042 2.197 GLY 326.A N VAL 316.A O GLY 326.A H 2.853 2.033 PHE 327.A N THR 184.A O PHE 327.A H 2.908 2.101 ALA 328.A N PHE 314.A O ALA 328.A H 2.940 2.138 SER 329.A OG.B THR 180.A OG1 SER 329.A HG.B 2.588 1.822 LYS 330.A NZ ASP 160.A OD2 LYS 330.A HZ2 2.774 1.934 LYS 330.A NZ LEU 161.A O LYS 330.A HZ1 2.847 2.092 LYS 330.A NZ LYS 311.A O LYS 330.A HZ1 3.156 2.582 LYS 330.A NZ ALA 313.A O LYS 330.A HZ3 2.794 1.935