Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 4yd5_A.cif H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): SER 1.A OG.A SER 151.A O SER 1.A HG.A 2.977 2.138 GLY 3.A N PHE 171.A O GLY 3.A H 2.971 2.172 SER 4.A N GLY 97.A O SER 4.A H 2.988 2.171 SER 4.A OG ASN 170.A OD1 SER 4.A HG 2.645 1.858 ALA 5.A N TYR 169.A O ALA 5.A H 2.926 2.087 THR 7.A N GLY 167.A O THR 7.A H 2.869 2.055 THR 7.A OG1 ILE 18.A O THR 7.A HG1 3.487 2.875 THR 7.A OG1 THR 19.A OG1 THR 7.A HG1 2.879 2.223 THR 8.A N ILE 18.A O THR 8.A H 2.910 2.115 ILE 10.A N ALA 16.A O ILE 10.A H 2.882 2.091 LEU 13.A N ASP 11.A OD2 LEU 13.A H 3.040 2.255 ASP 14.A N ASP 11.A O ASP 14.A H 3.322 2.469 ASP 15.A N ASP 11.A OD2 ASP 15.A H 3.028 2.172 TYR 17.A OH GLY 162.A O TYR 17.A HH 2.703 1.893 ILE 18.A N THR 8.A O ILE 18.A H 2.881 2.053 THR 19.A N LEU 32.A O THR 19.A H 2.891 2.107 VAL 21.A N LEU 30.A O VAL 21.A H 2.809 2.031 GLN 22.A N SER 95.A O GLN 22.A H 2.920 2.090 GLN 22.A NE2 THR 29.A OG1 GLN 22.A HE21 3.017 2.192 ILE 23.A N GLN 28.A O ILE 23.A H 2.838 2.017 GLY 24.A N THR 93.A O GLY 24.A H 2.854 2.015 THR 25.A N SER 64.A OG THR 25.A H 3.059 2.262 THR 25.A OG1 THR 66.A OG1 THR 25.A HG1 2.795 2.140 GLN 28.A N ILE 23.A O GLN 28.A H 2.819 1.997 GLN 28.A NE2 THR 60.A O GLN 28.A HE22 3.021 2.167 LEU 30.A N VAL 21.A O LEU 30.A H 2.939 2.126 ASN 31.A N ASP 123.A OD2 ASN 31.A H 2.810 1.952 LEU 32.A N THR 19.A O LEU 32.A H 2.942 2.107 ASP 33.A N GLY 124.A O ASP 33.A H 2.895 2.065 ASP 35.A N LEU 126.A O ASP 35.A H 2.894 2.063 THR 36.A N THR 220.A OG1 THR 36.A H 2.919 2.098 THR 36.A OG1 ALA 218.A O THR 36.A HG1 2.781 2.213 GLY 37.A N ASP 35.A OD1 GLY 37.A H 2.976 2.161 SER 38.A N ASP 35.A O SER 38.A H 3.304 2.453 SER 38.A OG ASP 35.A OD2 SER 38.A HG 2.573 1.943 SER 39.A OG PHE 130.A O SER 39.A HG 2.689 1.912 TRP 42.A N LEU 125.A O TRP 42.A H 2.975 2.264 VAL 43.A N GLU 107.A O VAL 43.A H 2.883 2.102 PHE 44.A N ASP 123.A O PHE 44.A H 2.962 2.140 SER 45.A N THR 48.A OG1 SER 45.A H 2.878 2.065 SER 45.A OG SER 108.A OG SER 45.A HG 2.687 1.869 SER 46.A N TYR 59.A O SER 46.A H 2.924 2.183 GLU 47.A N SER 45.A OG GLU 47.A H 2.969 2.161 THR 48.A N SER 45.A O THR 48.A H 3.062 2.213 THR 48.A OG1 ALA 109.A O THR 48.A HG1 2.722 2.013 THR 49.A N LYS 110.A O THR 49.A H 2.942 2.085 THR 49.A OG1 LYS 110.A O THR 49.A HG1 2.830 1.996 GLU 52.A N THR 49.A O GLU 52.A H 2.858 2.025 VAL 53.A N ALA 50.A O VAL 53.A H 3.147 2.294 ASP 54.A N GLN 56.A OE1 ASP 54.A H 2.791 1.987 GLN 56.A N GLN 56.A OE1 GLN 56.A H 2.864 2.088 GLN 56.A NE2 THR 117.A O GLN 56.A HE22 3.025 2.196 GLN 56.A NE2 ASP 119.A O.A GLN 56.A HE21 3.114 2.339 GLN 56.A NE2 ASP 119.A O.B GLN 56.A HE21 3.004 2.230 THR 57.A N ASP 123.A OD1 THR 57.A H 2.911 2.153 TYR 59.A N PHE 44.A O TYR 59.A H 2.932 2.084 TYR 59.A OH ASP 92.A OD1 TYR 59.A HH 2.718 1.930 THR 60.A N GLN 28.A OE1 THR 60.A H 2.855 2.019 LYS 63.A N THR 60.A O LYS 63.A H 3.024 2.194 SER 64.A N PRO 61.A O SER 64.A H 2.979 2.128 SER 64.A OG ASP 92.A OD1 SER 64.A HG 2.753 1.946 SER 64.A OG ASP 92.A OD2 SER 64.A HG 3.328 2.681 THR 65.A N THR 25.A O THR 65.A H 2.837 2.027 THR 66.A N SER 64.A OG THR 66.A H 3.386 2.605 THR 66.A OG1 ASP 92.A OD2 THR 66.A HG1 2.634 1.891 ALA 67.A N SER 64.A O ALA 67.A H 3.362 2.523 LYS 68.A N THR 91.A O LYS 68.A H 2.983 2.199 LEU 70.A N VAL 89.A O LEU 70.A H 2.849 1.997 ALA 73.A N LEU 70.A O ALA 73.A H 3.114 2.264 THR 74.A N SER 137.A O THR 74.A H 2.893 2.073 TRP 75.A N GLY 87.A O TRP 75.A H 3.027 2.241 TRP 75.A NE1 SER 108.A O TRP 75.A HE1 3.222 2.466 SER 76.A N THR 135.A OG1 SER 76.A H 3.301 2.536 ILE 77.A N SER 85.A O ILE 77.A H 2.927 2.095 TYR 79.A N SER 83.A O TYR 79.A H 2.869 2.023 GLY 82.A N TYR 79.A O GLY 82.A H 2.989 2.156 SER 83.A N ASP 81.A OD1 SER 83.A H 3.032 2.183 SER 83.A OG ASP 81.A OD1 SER 83.A HG 2.691 1.901 SER 84.A N SER 113.A OG SER 84.A H 2.958 2.160 SER 85.A N ILE 77.A O SER 85.A H 3.120 2.333 SER 86.A N LYS 111.A O SER 86.A H 3.032 2.240 GLY 87.A N TRP 75.A O GLY 87.A H 3.034 2.235 ASP 88.A N SER 108.A O ASP 88.A H 3.114 2.470 TYR 90.A N VAL 106.A O TYR 90.A H 2.958 2.101 TYR 90.A OH GLU 47.A OE2 TYR 90.A HH 2.603 1.801 THR 91.A N LYS 68.A O THR 91.A H 2.810 2.016 ASP 92.A N GLN 104.A O ASP 92.A H 3.014 2.244 THR 93.A N ASP 92.A OD2 THR 93.A H 2.746 2.005 VAL 94.A N VAL 101.A O VAL 94.A H 2.912 2.072 SER 95.A N GLN 22.A O SER 95.A H 2.792 1.966 VAL 96.A N LEU 99.A O VAL 96.A H 2.865 2.066 LEU 99.A N VAL 96.A O LEU 99.A H 2.967 2.113 THR 100.A OG1 SER 95.A OG THR 100.A HG1 2.715 1.881 VAL 101.A N VAL 94.A O VAL 101.A H 2.837 1.981 GLN 104.A N ASP 92.A O GLN 104.A H 3.005 2.350 GLN 104.A NE2 ALA 105.A O GLN 104.A HE21 3.124 2.293 GLN 104.A NE2 LYS 142.A O GLN 104.A HE22 3.241 2.458 VAL 106.A N TYR 90.A O VAL 106.A H 2.739 1.885 GLU 107.A N LEU 41.A O GLU 107.A H 2.890 2.042 SER 108.A N ASP 88.A O SER 108.A H 2.832 2.094 ALA 109.A N VAL 43.A O ALA 109.A H 2.999 2.144 LYS 110.A N SER 86.A O LYS 110.A H 2.785 2.026 LYS 111.A N SER 86.A O LYS 111.A H 3.168 2.325 VAL 112.A N GLU 52.A OE1 VAL 112.A H 2.975 2.166 SER 113.A N SER 84.A O SER 113.A H 2.887 2.099 PHE 116.A N SER 113.A O PHE 116.A H 3.043 2.390 THR 117.A N SER 113.A O THR 117.A H 3.250 2.423 THR 117.A OG1 GLU 52.A O THR 117.A HG1 2.693 1.886 GLU 118.A N SER 114.A O GLU 118.A H 2.899 2.105 ASP 119.A N.A PHE 116.A O ASP 119.A H.A 3.066 2.321 ASP 119.A N.B PHE 116.A O ASP 119.A H.B 3.065 2.321 THR 121.A N ASP 119.A OD1.B THR 121.A H 3.203 2.444 THR 121.A OG1 ASP 119.A OD1.B THR 121.A HG1 2.643 1.878 ILE 122.A N ASP 119.A O.A ILE 122.A H 3.189 2.333 ILE 122.A N ASP 119.A O.B ILE 122.A H 3.306 2.452 ASP 123.A N ASN 31.A O ASP 123.A H 2.891 2.049 LEU 125.A N TRP 42.A O LEU 125.A H 2.917 2.193 LEU 126.A N ASP 33.A O LEU 126.A H 2.990 2.168 GLY 127.A N ASP 40.A O GLY 127.A H 3.032 2.374 LEU 128.A N ASP 35.A O LEU 128.A H 2.864 2.046 ALA 129.A N SER 38.A O ALA 129.A H 2.893 2.036 PHE 130.A N GLY 193.A O PHE 130.A H 3.038 2.192 SER 131.A OG ASP 146.A OD2.A SER 131.A HG 2.733 2.158 LEU 133.A N PHE 130.A O LEU 133.A H 3.057 2.198 ASN 134.A N SER 131.A O ASN 134.A H 2.973 2.122 ASN 134.A ND2 SER 39.A O ASN 134.A HD22 2.967 2.111 ASN 134.A ND2 GLU 107.A OE1 ASN 134.A HD21 3.062 2.304 THR 135.A N ASP 40.A OD1 THR 135.A H 3.054 2.301 THR 135.A N ASP 40.A OD2 THR 135.A H 3.445 2.629 THR 135.A OG1 ASP 40.A OD2 THR 135.A HG1 2.755 1.927 VAL 136.A N ASN 134.A OD1 VAL 136.A H 3.001 2.171 SER 137.A N THR 74.A O SER 137.A H 2.862 2.035 GLN 140.A NE2 THR 132.A O GLN 140.A HE22 2.939 2.266 GLN 140.A NE2 ASN 134.A O GLN 140.A HE21 2.913 2.060 GLN 141.A N ASN 134.A OD1 GLN 141.A H 2.940 2.088 GLN 141.A NE2 THR 139.A O GLN 141.A HE21 2.920 2.066 THR 143.A N SER 131.A OG THR 143.A H 3.046 2.220 ASP 146.A N THR 143.A OG1 ASP 146.A H.B 3.000 2.149 ASN 147.A N THR 143.A O ASN 147.A H 2.914 2.073 ASN 147.A ND2 GLN 104.A OE1 ASN 147.A HD22 2.826 1.995 ALA 148.A N PHE 144.A O ALA 148.A H 2.918 2.151 LYS 149.A NZ GLY 319.A O LYS 149.A HZ3 3.137 2.323 SER 151.A N ALA 148.A O SER 151.A H 2.925 2.166 LEU 152.A N LYS 149.A O LEU 152.A H 3.119 2.344 ASP 153.A N SER 1.A O.A ASP 153.A H 2.988 2.217 ASP 153.A N SER 1.A O.B ASP 153.A H 2.971 2.185 VAL 156.A N SER 154.A O VAL 156.A H 2.802 2.123 PHE 157.A N PHE 317.A O PHE 157.A H 3.051 2.249 THR 158.A N ASN 170.A O THR 158.A H 2.846 2.058 ALA 159.A N VAL 315.A O ALA 159.A H 2.885 2.082 ASP 160.A N THR 168.A O ASP 160.A H 2.899 2.139 HIS 164.A N ASP 14.A OD1 HIS 164.A H 3.250 2.598 HIS 164.A N ASP 14.A OD2 HIS 164.A H 2.844 1.994 GLY 167.A N THR 7.A O GLY 167.A H 2.800 1.969 THR 168.A N ASP 160.A O THR 168.A H 2.875 2.092 TYR 169.A N ALA 5.A O TYR 169.A H 2.880 2.061 ASN 170.A N THR 158.A O ASN 170.A H 3.161 2.401 PHE 171.A N GLY 3.A O PHE 171.A H 2.792 1.946 GLY 172.A N VAL 156.A O GLY 172.A H 2.817 1.983 THR 177.A N ASP 175.A OD2 THR 177.A H 2.938 2.121 THR 177.A OG1 ASP 175.A OD1 THR 177.A HG1 3.383 2.801 THR 177.A OG1 ASP 175.A OD2 THR 177.A HG1 2.676 1.839 ALA 178.A N ASP 175.A O ALA 178.A H 3.028 2.184 THR 180.A N SER 329.A O.A THR 180.A H 2.856 2.012 THR 180.A N SER 329.A O.B THR 180.A H 3.057 2.230 THR 184.A N PHE 327.A O THR 184.A H 2.919 2.070 THR 186.A N LEU 325.A O THR 186.A H 2.789 2.034 SER 189.A N GLU 196.A O SER 189.A H 2.840 2.059 LYS 191.A N SER 189.A OG LYS 191.A H 3.226 2.374 GLN 192.A NE2 GLU 196.A OE1 GLN 192.A HE21 3.275 2.656 GLN 192.A NE2 GLU 196.A OE2 GLN 192.A HE21 3.092 2.301 GLY 193.A N THR 190.A O GLY 193.A H 2.898 2.081 TRP 195.A NE1 LEU 128.A O TRP 195.A HE1 2.895 2.048 TRP 197.A N GLY 216.A O TRP 197.A H 2.866 2.038 THR 198.A OG1 ASP 215.A OD1.B THR 198.A HG1 2.465 1.752 SER 199.A N ILE 214.A O SER 199.A H 2.837 2.088 SER 199.A OG GLY 265.A O SER 199.A HG 2.771 1.955 THR 200.A N GLY 265.A O THR 200.A H 3.239 2.449 THR 200.A OG1 GLY 267.A O THR 200.A HG1 2.783 1.951 TYR 202.A N LYS 210.A O TYR 202.A H 3.058 2.293 ALA 203.A N THR 263.A O ALA 203.A H 2.951 2.175 GLY 205.A N SER 261.A O GLY 205.A H 2.800 1.952 GLY 207.A N VAL 204.A O GLY 207.A H 2.915 2.083 LYS 210.A N TYR 202.A O LYS 210.A H 2.764 1.912 THR 212.A N THR 200.A O THR 212.A H 3.047 2.264 ILE 214.A N SER 199.A O ILE 214.A H 2.913 2.087 GLY 216.A N TRP 197.A O GLY 216.A H 2.866 2.045 ILE 217.A N ASN 303.A O ILE 217.A H 3.012 2.250 ALA 218.A N TRP 195.A O ALA 218.A H 2.966 2.140 ASP 219.A N PHE 305.A O ASP 219.A H 3.017 2.164 THR 220.A N THR 36.A OG1 THR 220.A H 2.903 2.081 THR 220.A OG1 PHE 34.A O THR 220.A HG1 2.778 2.208 GLY 221.A N ASP 219.A OD2 GLY 221.A H 2.913 2.164 THR 222.A N ASP 219.A O THR 222.A H 3.188 2.335 THR 222.A OG1 ASP 219.A OD1 THR 222.A HG1 2.717 2.093 THR 223.A OG1 ASP 15.A O THR 223.A HG1 2.657 1.966 LEU 225.A N GLY 293.A O LEU 225.A H 3.055 2.195 TYR 226.A N ILE 304.A O TYR 226.A H 2.906 2.060 LEU 227.A N GLN 295.A O LEU 227.A H 2.993 2.198 VAL 232.A N PRO 228.A O VAL 232.A H 3.061 2.226 SER 233.A N ALA 229.A O SER 233.A H 2.899 2.063 ALA 234.A N THR 230.A O ALA 234.A H 3.098 2.282 TYR 235.A N VAL 231.A O TYR 235.A H 3.049 2.262 TYR 235.A OH PRO 260.A O TYR 235.A HH 2.723 1.889 TRP 236.A N VAL 232.A O TRP 236.A H 3.024 2.180 TRP 236.A NE1 ILE 294.A O TRP 236.A HE1 2.871 2.043 ALA 237.A N SER 233.A O ALA 237.A H 2.931 2.137 GLN 238.A N TYR 235.A O GLN 238.A H 3.013 2.175 VAL 239.A N TRP 236.A O VAL 239.A H 3.015 2.175 ALA 242.A N VAL 239.A O ALA 242.A H 3.082 2.227 LYS 243.A N VAL 252.A O LYS 243.A H 3.021 2.214 SER 245.A N GLY 250.A O SER 245.A H 2.865 2.005 SER 247.A OG SER 245.A OG SER 247.A HG 2.981 2.400 VAL 248.A N SER 245.A OG VAL 248.A H 3.043 2.231 GLY 249.A N SER 245.A O GLY 249.A H 2.841 2.041 GLY 250.A N SER 245.A O GLY 250.A H 3.103 2.370 TYR 251.A N GLN 295.A OE1 TYR 251.A H 2.784 1.965 VAL 252.A N LYS 243.A O VAL 252.A H 2.888 2.052 PHE 253.A N CYS 290.A O PHE 253.A H 2.871 2.097 CYS 255.A N SER 288.A O CYS 255.A H 2.894 2.043 CYS 255.A SG SER 287.A O no hydrogen 3.818 N/A ALA 257.A N PRO 254.A O ALA 257.A H 2.913 2.061 PHE 262.A N ILE 273.A O PHE 262.A H 2.959 2.154 THR 263.A N ALA 203.A O THR 263.A H 2.904 2.055 PHE 264.A N ILE 271.A O PHE 264.A H 2.937 2.144 GLY 265.A N GLY 201.A O GLY 265.A H 2.893 2.103 VAL 266.A N ALA 269.A O VAL 266.A H 2.950 2.118 ALA 269.A N VAL 266.A O ALA 269.A H.A 2.809 2.045 ARG 270.A NH1 GLY 267.A O ARG 270.A HH12 3.071 2.366 ARG 270.A NH1 ALA 269.A O ARG 270.A HH11 2.903 2.121 ILE 271.A N PHE 264.A O ILE 271.A H 2.919 2.071 ILE 273.A N PHE 262.A O ILE 273.A H 2.749 1.894 TYR 277.A N PRO 274.A O TYR 277.A H 2.947 2.184 ILE 278.A N GLY 275.A O ILE 278.A H 2.937 2.098 ASP 279.A N ASP 276.A O ASP 279.A H 3.283 2.432 PHE 280.A N PHE 291.A O PHE 280.A H 3.008 2.205 GLY 281.A N ASP 279.A OD2 GLY 281.A H 2.853 2.029 ILE 283.A N SER 289.A O ILE 283.A H 2.863 2.078 SER 287.A N SER 284.A O SER 287.A H 2.971 2.120 SER 289.A N SER 287.A OG SER 289.A H.A 2.974 2.123 CYS 290.A N PHE 253.A O CYS 290.A H 2.805 1.956 PHE 291.A N GLY 281.A O PHE 291.A H 2.817 2.015 GLY 292.A N TYR 251.A O GLY 292.A H 3.023 2.173 GLY 293.A N ILE 278.A O GLY 293.A H 2.747 2.100 GLN 295.A N LEU 225.A O GLN 295.A H 2.894 2.066 GLN 295.A NE2 TYR 251.A O GLN 295.A HE22 3.056 2.229 GLN 295.A NE2 GLY 292.A O GLN 295.A HE21 2.851 2.035 SER 297.A N LEU 227.A O SER 297.A H 2.822 2.006 SER 297.A OG ASN 303.A OD1 SER 297.A HG 2.617 1.816 ALA 298.A N.A SER 296.A OG ALA 298.A H.A 3.037 2.183 ALA 298.A N.B SER 296.A OG ALA 298.A H.B 3.023 2.174 ILE 300.A N SER 297.A O ILE 300.A H.A 2.907 2.134 ASN 303.A ND2 ASP 215.A O ASN 303.A HD22 2.832 1.996 ILE 304.A N TYR 226.A O ILE 304.A H 2.870 2.070 PHE 305.A N ILE 217.A O PHE 305.A H 2.775 2.004 ASP 307.A N THR 222.A O ASP 307.A H 2.780 1.982 VAL 308.A N THR 223.A O VAL 308.A H 3.085 2.344 ALA 309.A N GLY 306.A O ALA 309.A H 3.000 2.367 LEU 310.A N GLY 306.A O LEU 310.A H 2.964 2.122 LYS 311.A N ASP 307.A O LYS 311.A H 2.846 2.003 LYS 311.A NZ ASP 14.A OD2 LYS 311.A HZ3 2.807 1.951 ALA 312.A N ALA 309.A O ALA 312.A H 3.139 2.346 ALA 313.A N LEU 310.A O ALA 313.A H 3.001 2.172 PHE 314.A N ALA 328.A O PHE 314.A H 2.848 2.033 VAL 315.A N ALA 159.A O VAL 315.A H 3.051 2.225 VAL 316.A N GLY 326.A O VAL 316.A H 2.789 1.961 PHE 317.A N PHE 157.A O PHE 317.A H 2.808 1.970 ASN 318.A N THR 324.A O ASN 318.A H 2.950 2.141 ASN 318.A ND2 THR 324.A OG1 ASN 318.A HD22 2.920 2.069 GLY 319.A N PRO 155.A O GLY 319.A H 2.772 2.028 ALA 320.A N ASN 318.A OD1 ALA 320.A H 3.126 2.313 THR 324.A N ASN 318.A O THR 324.A H.A 3.089 2.339 LEU 325.A N THR 186.A O LEU 325.A H 3.048 2.202 GLY 326.A N VAL 316.A O GLY 326.A H 2.859 2.037 PHE 327.A N THR 184.A O PHE 327.A H 2.915 2.098 ALA 328.A N PHE 314.A O ALA 328.A H 2.936 2.136 SER 329.A OG.B THR 180.A OG1 SER 329.A HG.B 2.588 1.838 LYS 330.A NZ ASP 160.A OD2 LYS 330.A HZ2 2.769 1.935 LYS 330.A NZ LEU 161.A O LYS 330.A HZ1 2.845 2.100 LYS 330.A NZ LYS 311.A O LYS 330.A HZ1 3.159 2.561 LYS 330.A NZ ALA 313.A O LYS 330.A HZ3 2.820 1.968