Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 4yle_A.cif H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): LYS 3.A NZ ALA 31.A O LYS 3.A HZ2 2.846 2.072 LYS 3.A NZ ASP 35.A OD1 LYS 3.A HZ1 2.996 2.231 LYS 5.A N ASP 62.A OD2 LYS 5.A H 2.816 1.978 VAL 6.A N ASP 35.A O VAL 6.A H 2.877 2.031 ALA 7.A N ALA 63.A O ALA 7.A H 2.935 2.092 LEU 8.A N ILE 37.A O LEU 8.A H 2.768 1.942 VAL 9.A N VAL 65.A O VAL 9.A H 2.825 1.982 LYS 10.A NZ ASP 92.A OD2 LYS 10.A HZ3 2.484 1.668 LEU 12.A N ILE 41.A O LEU 12.A H 2.974 2.135 ALA 13.A N SER 11.A OG ALA 13.A H 3.032 2.288 ASN 14.A N SER 11.A O ASN 14.A H 3.074 2.254 ASN 14.A ND2 GLU 44.A OE2 ASN 14.A HD22 2.645 1.839 PHE 16.A N ASN 14.A OD1 PHE 16.A H 3.024 2.218 PHE 17.A N ASN 14.A O PHE 17.A H 2.982 2.300 LEU 18.A N ASN 14.A O LEU 18.A H 3.278 2.475 THR 19.A N GLU 15.A O THR 19.A H 2.792 1.947 THR 19.A OG1 GLU 15.A O THR 19.A HG1 3.106 2.430 GLU 20.A N PHE 17.A O GLU 20.A H 2.746 1.902 ASN 21.A N LEU 18.A O ASN 21.A H 2.913 2.091 GLY 22.A N THR 19.A O GLY 22.A H 3.056 2.218 LYS 24.A N GLU 20.A O LYS 24.A H 2.914 2.076 GLU 25.A N ASN 21.A O GLU 25.A H 2.871 2.040 TYR 26.A N GLY 22.A O TYR 26.A H 2.955 2.137 TYR 26.A OH ASP 251.A OD1 TYR 26.A HH 2.485 1.806 GLN 27.A N ALA 23.A O GLN 27.A H 2.893 2.075 GLN 27.A NE2 PHE 34.A O GLN 27.A HE21 3.007 2.151 LYS 28.A N LYS 24.A O LYS 28.A H 2.907 2.103 HIS 29.A N GLU 25.A O HIS 29.A H 3.062 2.249 HIS 29.A ND1 GLU 25.A O HIS 29.A HD1 2.888 2.095 ASN 30.A N TYR 26.A O ASN 30.A H 3.176 2.556 ASN 30.A N GLN 27.A O ASN 30.A H 3.039 2.338 ASN 30.A ND2 TYR 26.A O ASN 30.A HD22 2.885 2.047 GLN 33.A N ASN 30.A O GLN 33.A H 2.860 2.018 ASP 35.A N PRO 4.A O ASP 35.A H 2.910 2.091 ILE 37.A N VAL 6.A O ILE 37.A H 2.799 1.976 ASN 39.A N LEU 8.A O ASN 39.A H 2.926 2.158 ILE 41.A N LYS 10.A O ILE 41.A H 2.951 2.117 GLU 44.A N GLU 172.A OE2 GLU 44.A H 2.915 2.058 THR 45.A N ASP 43.A OD1 THR 45.A H 2.983 2.182 ASN 49.A N ASP 46.A OD1 ASN 49.A H 3.246 2.403 GLN 50.A N ASP 46.A O GLN 50.A H 3.144 2.355 GLN 50.A NE2 ALA 67.A O GLN 50.A HE22 2.834 2.075 ILE 51.A N THR 47.A O ILE 51.A H 2.944 2.118 ARG 52.A N ALA 48.A O ARG 52.A H 3.044 2.277 ARG 52.A NE ASN 49.A OD1 ARG 52.A HE 3.199 2.717 ARG 52.A NH2 ASN 49.A OD1 ARG 52.A HH21 2.727 2.170 ILE 53.A N ASN 49.A O ILE 53.A H 2.911 2.121 VAL 54.A N GLN 50.A O VAL 54.A H 3.088 2.272 GLU 55.A N ILE 51.A O GLU 55.A H 2.986 2.144 GLN 56.A N ARG 52.A O GLN 56.A H 2.912 2.111 ILE 57.A N VAL 54.A O ILE 57.A H 2.939 2.241 ILE 57.A N GLU 55.A O ILE 57.A H 3.072 2.451 VAL 58.A N GLU 55.A O VAL 58.A H 3.163 2.432 SER 59.A N GLN 56.A O SER 59.A H 3.245 2.438 SER 59.A OG GLN 56.A O SER 59.A HG 3.321 2.609 LYS 60.A N ILE 57.A O LYS 60.A H 3.304 2.486 ASP 62.A N LYS 5.A O ASP 62.A H 2.823 2.017 ALA 63.A N LYS 5.A O ALA 63.A H 3.382 2.625 ILE 64.A N ILE 87.A O ILE 64.A H 2.795 1.993 VAL 65.A N ALA 7.A O VAL 65.A H 2.724 1.878 LEU 66.A N VAL 89.A O LEU 66.A H 2.920 2.101 ALA 67.A N VAL 9.A O ALA 67.A H 2.898 2.044 ALA 69.A N GLN 50.A OE1 ALA 69.A H 2.724 1.915 SER 71.A N THR 143.A O SER 71.A H 3.447 2.606 SER 71.A OG ARG 94.A O SER 71.A HG 2.837 2.254 LYS 72.A N ASP 70.A OD1 LYS 72.A H 2.874 2.072 ALA 73.A N ASP 70.A OD1 ALA 73.A H 2.961 2.138 VAL 75.A N LYS 72.A O VAL 75.A H 3.144 2.293 VAL 78.A N LEU 74.A O VAL 78.A H 3.225 2.394 LYS 79.A N VAL 75.A O LYS 79.A H 2.930 2.088 LYS 80.A N PRO 76.A O LYS 80.A H 2.992 2.166 ALA 81.A N VAL 77.A O ALA 81.A H 2.907 2.093 VAL 82.A N VAL 78.A O VAL 82.A H 2.850 2.048 ASP 83.A N LYS 79.A O ASP 83.A H 2.821 1.969 ALA 84.A N LYS 80.A O ALA 84.A H 3.157 2.548 ALA 84.A N ALA 81.A O ALA 84.A H 3.064 2.357 GLY 85.A N VAL 82.A O GLY 85.A H 2.928 2.091 ILE 86.A N ALA 81.A O ILE 86.A H 3.119 2.290 ILE 87.A N ASP 62.A O ILE 87.A H 3.179 2.333 VAL 88.A N GLN 263.A OE1 VAL 88.A H 2.925 2.114 VAL 89.A N ILE 64.A O VAL 89.A H 2.926 2.107 ASN 90.A N PRO 108.A O ASN 90.A H 2.961 2.105 ASN 90.A ND2 LEU 66.A O ASN 90.A HD21 3.474 2.675 ASN 90.A ND2 ASN 93.A O ASN 90.A HD22 2.964 2.119 ILE 91.A N LEU 66.A O ILE 91.A H 2.861 2.017 ASP 92.A N VAL 110.A O ASP 92.A H 3.249 2.516 ASN 93.A N ILE 91.A O ASN 93.A H 2.789 2.137 ASN 93.A ND2 PRO 68.A O ASN 93.A HD22 3.068 2.210 ASN 93.A ND2 SER 71.A OG ASN 93.A HD21 3.002 2.376 LEU 95.A N ASN 90.A OD1 LEU 95.A H 2.849 2.000 ASP 96.A N SER 71.A O ASP 96.A H 2.745 1.933 ASP 98.A N ASP 96.A OD1 ASP 98.A H 2.863 2.120 LEU 100.A N ASP 96.A O LEU 100.A H 2.952 2.132 LYS 101.A N PRO 97.A O LYS 101.A H 2.743 1.905 SER 102.A N VAL 99.A O SER 102.A H 3.384 2.619 SER 102.A OG ASP 98.A O SER 102.A HG 2.653 1.904 LYS 103.A N LEU 100.A O LYS 103.A H 2.969 2.136 LEU 105.A N LEU 100.A O LEU 105.A H 3.100 2.264 VAL 110.A N ASN 90.A O VAL 110.A H 2.835 2.003 GLY 111.A N VAL 267.A O GLY 111.A H 3.308 2.527 ARG 115.A N ASP 113.A OD1 ARG 115.A H 2.962 2.313 ARG 115.A NE ASP 156.A OD2 ARG 115.A HE 2.802 1.959 ARG 115.A NH2 ASP 156.A OD1 ARG 115.A HH21 3.032 2.174 ARG 115.A NH2 ASP 156.A OD2 ARG 115.A HH21 3.410 2.760 LYS 116.A N ASP 113.A OD1 LYS 116.A H 2.954 2.109 GLY 117.A N ASP 113.A O GLY 117.A H 3.008 2.195 ALA 118.A N ASN 114.A O ALA 118.A H 3.020 2.164 ARG 119.A N ARG 115.A O ARG 119.A H 2.921 2.134 ARG 119.A NE ASP 123.A OD1 ARG 119.A HE 2.848 2.014 LYS 120.A N LYS 116.A O LYS 120.A H 3.055 2.258 LYS 120.A NZ VAL 271.A O LYS 120.A HZ2 2.714 1.829 VAL 121.A N GLY 117.A O VAL 121.A H 3.380 2.573 GLY 122.A N ALA 118.A O GLY 122.A H 2.797 1.938 ASP 123.A N ARG 119.A O ASP 123.A H 2.796 1.982 TYR 124.A N LYS 120.A O TYR 124.A H 3.237 2.425 LEU 125.A N VAL 121.A O LEU 125.A H 3.217 2.368 ALA 126.A N GLY 122.A O ALA 126.A H 2.855 2.060 LYS 127.A N ASP 123.A O LYS 127.A H 3.323 2.598 LYS 127.A N TYR 124.A O LYS 127.A H 3.190 2.518 LYS 127.A NZ ASP 123.A O LYS 127.A HZ3 3.203 2.647 LYS 128.A N LEU 125.A O LYS 128.A H 2.825 2.030 LEU 129.A N ALA 126.A O LEU 129.A H 3.173 2.418 LYS 130.A N ASP 133.A OD2 LYS 130.A H 2.950 2.143 LYS 130.A NZ ASP 133.A OD1 LYS 130.A HZ2 2.940 2.106 GLY 132.A N GLY 161.A O GLY 132.A H 2.724 1.869 ASP 133.A N LYS 130.A O ASP 133.A H 3.047 2.210 VAL 135.A N LYS 162.A O VAL 135.A H 2.924 2.108 GLY 136.A N ALA 191.A O GLY 136.A H 3.051 2.227 ILE 137.A N SER 165.A O ILE 137.A H 2.909 2.067 VAL 138.A N LEU 193.A O VAL 138.A H 2.818 2.030 GLU 139.A N GLN 167.A O GLU 139.A H 2.812 1.961 SER 142.A OG GLU 139.A OE1 SER 142.A HG 2.840 2.078 THR 144.A N VAL 141.A O THR 144.A H 3.047 2.289 THR 144.A OG1 VAL 141.A O THR 144.A HG1 2.724 1.888 THR 145.A N SER 71.A OG THR 145.A H 3.110 2.272 THR 145.A OG1 ARG 94.A O THR 145.A HG1 2.915 2.455 ASN 146.A N ASN 93.A OD1 ASN 146.A H 3.052 2.279 ALA 147.A N THR 144.A OG1 ALA 147.A H 3.272 2.479 GLN 148.A N THR 144.A O GLN 148.A H 3.132 2.287 GLN 148.A NE2 SER 142.A O GLN 148.A HE21 2.637 1.789 GLN 149.A N THR 145.A O GLN 149.A H 2.926 2.111 ARG 150.A N ASN 146.A O ARG 150.A H 3.028 2.218 ARG 150.A NE ASN 114.A OD1 ARG 150.A HE 2.868 2.050 ARG 150.A NH1 GLY 195.A O ARG 150.A HH11 2.801 2.027 ARG 150.A NH2 ASN 114.A OD1 ARG 150.A HH21 3.081 2.352 THR 151.A N ALA 147.A O THR 151.A H 3.045 2.197 THR 151.A OG1 GLU 139.A OE2 THR 151.A HG1 2.650 1.838 ALA 152.A N GLN 148.A O ALA 152.A H 2.984 2.177 GLY 153.A N GLN 149.A O GLY 153.A H 2.934 2.098 PHE 154.A N ARG 150.A O PHE 154.A H 2.907 2.064 GLN 155.A N THR 151.A O GLN 155.A H 2.848 2.009 ASP 156.A N ALA 152.A O ASP 156.A H 2.844 2.037 ALA 157.A N GLY 153.A O ALA 157.A H 3.064 2.256 LYS 158.A N GLN 155.A O LYS 158.A H 2.918 2.059 ALA 159.A N ASP 156.A O ALA 159.A H 3.038 2.215 GLY 160.A N ALA 157.A O GLY 160.A H 3.139 2.491 GLY 161.A N LYS 158.A O GLY 161.A H 3.185 2.396 LYS 162.A N ASP 133.A O LYS 162.A H 2.849 2.002 VAL 164.A N VAL 135.A O VAL 164.A H 2.876 2.067 GLN 167.A N ILE 137.A O GLN 167.A H 3.104 2.287 GLN 167.A NE2 SER 165.A OG GLN 167.A HE21 2.762 1.908 SER 168.A OG GLU 139.A O SER 168.A HG 3.483 2.779 SER 168.A OG GLY 140.A O SER 168.A HG 2.815 2.120 GLY 169.A N GLU 139.A O GLY 169.A H 2.860 2.081 GLU 170.A N SER 168.A OG GLU 170.A H 3.047 2.257 GLU 172.A N GLY 169.A O GLU 172.A H 2.980 2.136 GLY 176.A N GLU 172.A O GLY 176.A H 2.838 2.016 ASN 177.A N ILE 173.A O ASN 177.A H 2.844 2.038 ASN 177.A ND2 GLY 201.A O ASN 177.A HD22 2.969 2.119 ALA 178.A N ASP 174.A O ALA 178.A H 2.930 2.135 VAL 179.A N LYS 175.A O VAL 179.A H 3.018 2.163 ALA 180.A N GLY 176.A O ALA 180.A H 2.873 2.023 SER 181.A N ASN 177.A O SER 181.A H 2.926 2.095 SER 181.A OG ASN 177.A O SER 181.A HG 3.156 2.529 ALA 182.A N ALA 178.A O ALA 182.A H 3.019 2.212 LEU 183.A N ALA 180.A O LEU 183.A H 2.916 2.069 ASN 184.A N SER 181.A O ASN 184.A H 2.969 2.149 GLU 185.A N ALA 182.A O GLU 185.A H 2.806 2.018 LEU 189.A N TYR 186.A O LEU 189.A H 2.999 2.161 LYS 190.A N GLN 134.A O LYS 190.A H 2.780 1.935 LEU 192.A N TYR 216.A O LEU 192.A H 2.782 1.968 LEU 193.A N GLY 136.A O LEU 193.A H 2.840 2.001 CYS 194.A N VAL 218.A O CYS 194.A H 2.921 2.116 GLY 195.A N VAL 138.A O GLY 195.A H 2.800 2.002 ASN 196.A ND2 TRP 171.A O ASN 196.A HD21 3.025 2.187 ALA 199.A N ASN 196.A O ALA 199.A H 3.043 2.251 ILE 200.A N ASP 197.A O ILE 200.A H 2.774 1.989 GLY 201.A N ASN 198.A O GLY 201.A H 3.083 2.251 VAL 203.A N ALA 199.A O VAL 203.A H 2.794 1.961 SER 204.A N ILE 200.A O SER 204.A H 3.137 2.300 ALA 205.A N GLY 201.A O ALA 205.A H 3.025 2.272 VAL 206.A N ALA 202.A O VAL 206.A H 2.840 2.013 ARG 207.A N VAL 203.A O ARG 207.A H 2.983 2.126 ALA 208.A N SER 204.A O ALA 208.A H 2.967 2.158 ALA 209.A N ALA 205.A O ALA 209.A H 3.041 2.339 ALA 209.A N VAL 206.A O ALA 209.A H 3.145 2.487 GLY 210.A N ARG 207.A O GLY 210.A H 2.921 2.077 LYS 211.A N VAL 206.A O LYS 211.A H 2.996 2.147 LYS 214.A N LYS 211.A O LYS 214.A H 2.816 1.995 TYR 216.A N LYS 190.A O TYR 216.A H 2.983 2.173 VAL 218.A N LEU 192.A O VAL 218.A H 3.156 2.342 GLY 219.A N ALA 236.A O GLY 219.A H 2.946 2.129 ASP 221.A N ALA 238.A O ASP 221.A H 2.806 2.032 ASN 222.A ND2 ASP 239.A OD2 ASN 222.A HD22 3.173 2.326 ILE 223.A N ASP 197.A OD2 ILE 223.A H 2.870 2.090 ASN 224.A N GLU 15.A OE2 ASN 224.A H 2.868 2.022 ASN 224.A ND2 GLU 15.A OE1 ASN 224.A HD22 3.016 2.251 ILE 226.A N ILE 223.A O ILE 226.A H 2.888 2.075 LYS 227.A N ASN 224.A O LYS 227.A H 2.963 2.131 LYS 227.A NZ ASN 224.A OD1 LYS 227.A HZ1 2.949 2.207 LEU 229.A N ILE 226.A O LEU 229.A H 2.930 2.123 LYS 230.A N LYS 227.A O LYS 230.A H 3.024 2.207 ASP 231.A N PRO 228.A O ASP 231.A H 2.938 2.147 ARG 233.A N ASP 231.A OD1 ARG 233.A H 3.071 2.258 ARG 233.A NE ASP 231.A OD1 ARG 233.A HE 3.030 2.182 ARG 233.A NE ASP 231.A OD2 ARG 233.A HE 2.931 2.288 ARG 233.A NH2 ASP 231.A OD2 ARG 233.A HH21 2.969 2.345 LEU 235.A N VAL 217.A O LEU 235.A H 2.800 1.960 THR 237.A N VAL 274.A O THR 237.A H 2.900 2.061 THR 237.A OG1 ASP 197.A OD2 THR 237.A HG1 3.338 2.527 ASP 239.A N ASP 272.A O ASP 239.A H 2.791 1.987 GLN 240.A NE2 ASP 221.A OD1 GLN 240.A HE21 2.965 2.174 TYR 241.A N ASP 239.A OD1 TYR 241.A H 2.917 2.092 TYR 241.A OH ASP 272.A OD2 TYR 241.A HH 2.608 1.776 GLN 245.A N TYR 241.A O GLN 245.A H 3.026 2.231 GLN 245.A NE2 GLN 240.A O GLN 245.A HE21 2.933 2.122 GLN 245.A NE2 GLN 240.A OE1 GLN 245.A HE22 3.139 2.376 ALA 246.A N ALA 242.A O ALA 246.A H 3.184 2.366 VAL 247.A N ALA 243.A O VAL 247.A H 2.927 2.080 PHE 248.A N LYS 244.A O PHE 248.A H 2.829 1.987 GLY 249.A N GLN 245.A O GLY 249.A H 2.821 2.028 ILE 250.A N ALA 246.A O ILE 250.A H 2.849 2.000 ASP 251.A N VAL 247.A O ASP 251.A H 2.815 1.978 THR 252.A N PHE 248.A O THR 252.A H 2.912 2.081 THR 252.A OG1 PHE 248.A O THR 252.A HG1 2.804 2.031 ALA 253.A N GLY 249.A O ALA 253.A H 3.127 2.322 LEU 254.A N ILE 250.A O LEU 254.A H 2.883 2.051 LYS 255.A N ASP 251.A O LYS 255.A H 2.811 1.993 ALA 256.A N THR 252.A O ALA 256.A H 3.136 2.310 ILE 257.A N ALA 253.A O ILE 257.A H 2.930 2.110 ALA 258.A N LEU 254.A O ALA 258.A H 2.793 2.006 GLU 259.A N LYS 255.A O GLU 259.A H 3.178 2.492 GLU 259.A N ALA 256.A O GLU 259.A H 3.175 2.466 HIS 260.A N ILE 257.A O HIS 260.A H 3.135 2.297 ARG 261.A N ALA 256.A O ARG 261.A H 2.968 2.118 ARG 261.A NE GLU 259.A OE1 ARG 261.A HE 2.849 2.068 ARG 261.A NH1 GLU 265.A OE2 ARG 261.A HH11 2.856 2.049 ARG 261.A NH2 GLU 259.A OE1 ARG 261.A HH21 2.877 2.122 LYS 262.A N GLU 265.A OE1 LYS 262.A H 2.957 2.127 GLN 263.A NE2 VAL 88.A O GLN 263.A HE22 2.995 2.152 GLN 263.A NE2 ASN 106.A O GLN 263.A HE21 2.764 1.917 GLU 265.A N LYS 262.A O GLU 265.A H 2.746 1.946 LEU 266.A N GLN 263.A O LEU 266.A H 3.021 2.164 THR 269.A N GLY 111.A O THR 269.A H 3.047 2.230 ASP 272.A N ASP 239.A O ASP 272.A H 3.005 2.200 VAL 274.A N THR 237.A O VAL 274.A H 2.973 2.115