Finding intermodel H-bonds Finding intramodel H-bonds Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees Models used: #0 6ydv_AAA.cif H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist): SER 6.A N CYS 15.A O SER 6.A H 2.916 2.053 LEU 8.A N LEU 13.A O LEU 8.A H 2.838 1.948 CYS 9.A N ASP 219.A OD2 CYS 9.A H 3.028 2.148 GLY 11.A N LEU 8.A O GLY 11.A H 3.106 2.413 ARG 12.A N CYS 9.A O ARG 12.A H 3.075 2.216 LEU 13.A N LEU 8.A O LEU 13.A H 3.043 2.204 CYS 15.A N SER 6.A O CYS 15.A H 2.987 2.088 LEU 16.A N LEU 39.A O LEU 16.A H 2.922 2.123 HIS 17.A N SER 4.A O HIS 17.A H 3.106 2.232 HIS 17.A ND1 THR 3.A O HIS 17.A HD1 2.823 2.110 HIS 17.A NE2 SER 6.A OG HIS 17.A HE2 2.696 1.895 SER 20.A N ASP 18.A OD1 SER 20.A H 3.396 2.490 ASN 21.A N ASP 18.A O ASN 21.A H 3.483 2.573 ASN 23.A N ASN 21.A OD1 ASN 23.A H 2.993 2.099 ASN 23.A ND2 ASN 21.A OD1 ASN 23.A HD22 3.238 2.391 ASN 24.A N ASN 21.A O ASN 24.A H 3.225 2.336 ASN 24.A ND2 ASP 18.A O ASN 24.A HD21 2.806 1.931 LYS 26.A N ASN 23.A O LYS 26.A H 3.140 2.284 LYS 26.A NZ ASN 23.A OD1 LYS 26.A HZ1 3.001 2.317 ILE 27.A N ASN 24.A O ILE 27.A H 3.173 2.451 PHE 28.A N ASN 24.A O PHE 28.A H 3.009 2.134 ARG 29.A N TRP 25.A O ARG 29.A H 2.963 2.053 TRP 32.A N PHE 28.A O TRP 32.A H 2.907 2.016 LYS 33.A N ARG 29.A O LYS 33.A H 2.987 2.171 GLN 34.A N CYS 31.A O GLN 34.A H 3.217 2.440 GLN 34.A NE2 GLU 30.A O GLN 34.A HE22 3.350 2.576 GLY 35.A N TRP 32.A O GLY 35.A H 3.055 2.163 GLN 36.A N CYS 31.A O GLN 36.A H 3.350 2.473 VAL 38.A N PHE 305.A O VAL 38.A H 3.416 2.608 LEU 39.A N LEU 14.A O LEU 39.A H 3.041 2.126 VAL 40.A N ALA 303.A O VAL 40.A H 2.967 2.100 SER 41.A N LEU 16.A O SER 41.A H 3.086 2.209 VAL 43.A N GLY 301.A O VAL 43.A H 3.019 2.147 LYS 46.A N VAL 43.A O LYS 46.A H 2.987 2.129 LEU 47.A N HIS 44.A O LEU 47.A H 3.193 2.314 LYS 48.A N ASP 127.A OD2 LYS 48.A H 2.986 2.132 GLU 50.A N GLU 50.A OE1 GLU 50.A H 2.870 2.002 LEU 51.A N LYS 48.A O LEU 51.A H 3.032 2.130 TRP 52.A N SER 49.A O TRP 52.A H 3.320 2.416 TRP 52.A NE1 ASP 127.A OD2 TRP 52.A HE1 3.153 2.289 PHE 57.A N LYS 53.A O PHE 57.A H 3.371 2.506 SER 58.A N PRO 54.A O SER 58.A H 3.013 2.132 SER 58.A OG ASP 87.A OD1 SER 58.A HG 2.683 1.885 GLN 59.A N GLU 55.A O GLN 59.A H 2.992 2.113 GLU 60.A N ALA 56.A O GLU 60.A H 3.136 2.311 PHE 61.A N PHE 57.A O PHE 61.A H 3.065 2.281 GLN 64.A N PHE 61.A O GLN 64.A H 3.156 2.247 VAL 66.A N VAL 80.A O VAL 66.A H 2.792 1.925 LEU 68.A N ILE 77.A O LEU 68.A H 2.959 2.084 VAL 69.A N LYS 107.A O VAL 69.A H 2.907 2.050 ASN 70.A N ALA 75.A O ASN 70.A H 2.755 1.851 CYS 71.A N VAL 105.A O CYS 71.A H 2.886 1.978 ARG 72.A N ASN 70.A OD1 ARG 72.A H 2.950 2.114 ARG 72.A NE ASP 174.A OD1 ARG 72.A HE 2.767 1.918 ARG 72.A NH1 PRO 103.A O ARG 72.A HH12 3.482 2.717 ARG 72.A NH2 ASP 174.A OD2 ARG 72.A HH21 3.047 2.192 ASN 73.A N ASN 70.A O ASN 73.A H 3.315 2.499 CYS 74.A N ASN 70.A O CYS 74.A H 2.747 2.034 ALA 75.A N ASN 73.A OD1 ALA 75.A H 2.679 1.776 ILE 77.A N LEU 68.A O ILE 77.A H 2.857 1.983 ASP 79.A N ASP 67.A OD1 ASP 79.A H 2.996 2.103 VAL 80.A N VAL 66.A O VAL 80.A H 2.878 2.030 LYS 81.A NZ ASP 65.A OD1 LYS 81.A HZ3 2.928 2.191 VAL 82.A N GLN 64.A O VAL 82.A H 2.934 2.119 ARG 83.A N GLY 62.A O ARG 83.A H 3.116 2.280 ARG 83.A NH1 ASP 63.A OD1 ARG 83.A HH12 2.862 2.003 ARG 83.A NH2 ASP 63.A OD1 ARG 83.A HH22 3.395 2.708 ASP 84.A N LYS 81.A O ASP 84.A H 2.921 2.097 PHE 85.A N VAL 82.A O PHE 85.A H 3.092 2.373 TRP 86.A N VAL 82.A O TRP 86.A H 3.187 2.300 ASP 87.A N ARG 83.A O ASP 87.A H 3.053 2.200 GLY 88.A N PHE 85.A O GLY 88.A H 3.324 2.538 PHE 89.A N TRP 86.A O PHE 89.A H 3.137 2.241 ILE 92.A N ILE 200.A O ILE 92.A H 3.497 2.586 LYS 94.A N ILE 91.A O LYS 94.A H 3.276 2.425 ARG 95.A N ILE 92.A O ARG 95.A H 3.019 2.135 ARG 95.A NE GLY 88.A O ARG 95.A HE 2.753 1.901 ARG 95.A NH2 PHE 89.A O ARG 95.A HH21 2.953 2.181 ARG 97.A NH1 GLY 101.A O ARG 97.A HH11 2.849 2.015 SER 98.A N GLN 102.A O SER 98.A H 3.066 2.208 GLY 101.A N SER 98.A O GLY 101.A H 2.663 1.787 GLN 102.A N ASP 100.A OD1 GLN 102.A H 2.795 1.897 MET 104.A N LEU 96.A O MET 104.A H 3.018 2.116 LYS 107.A N VAL 69.A O LYS 107.A H 3.067 2.191 LYS 107.A NZ THR 179.A O LYS 107.A HZ3 2.727 1.904 LEU 108.A N ASN 165.A O LEU 108.A H 3.030 2.232 LYS 109.A N ASP 67.A O LYS 109.A H 3.300 2.428 TRP 111.A NE1 GLN 64.A OE1 TRP 111.A HE1 2.961 2.105 GLY 114.A N ASP 110.A OD1 GLY 114.A H 3.150 2.375 ASP 116.A N PRO 113.A O ASP 116.A H 3.048 2.209 MET 120.A N ASP 116.A O MET 120.A H 2.958 2.054 MET 121.A N PHE 117.A O MET 121.A H 2.935 2.193 ARG 124.A NE LEU 51.A O ARG 124.A HE 2.789 2.007 ARG 124.A NH1 GLU 60.A OE1 ARG 124.A HH12 2.876 2.027 ARG 124.A NH2 LEU 51.A O ARG 124.A HH21 3.236 2.595 ARG 124.A NH2 GLU 60.A OE2 ARG 124.A HH22 3.217 2.366 PHE 125.A N MET 121.A O PHE 125.A H 3.051 2.135 GLU 126.A N PRO 122.A O GLU 126.A H 3.273 2.377 ASP 127.A N THR 123.A O ASP 127.A H 3.076 2.184 LEU 128.A N ARG 124.A O LEU 128.A H 2.948 2.050 MET 129.A N PHE 125.A O MET 129.A H 2.900 1.984 GLU 130.A N GLU 126.A O GLU 130.A H 3.101 2.239 ASN 131.A N LEU 128.A O ASN 131.A H 2.964 2.075 ASN 131.A ND2 ASP 127.A O ASN 131.A HD22 2.726 1.878 TYR 137.A N LEU 134.A O TYR 137.A H 2.961 2.119 THR 138.A N LEU 134.A O THR 138.A H 3.134 2.366 THR 138.A OG1 PRO 133.A O THR 138.A HG1 2.924 2.320 LYS 139.A N PRO 135.A O LYS 139.A H 3.015 2.112 ARG 140.A NH2 GLY 160.A O ARG 140.A HH21 2.705 2.077 ASP 141.A N ASP 141.A OD1 ASP 141.A H 2.620 1.925 GLY 142.A N LYS 139.A O GLY 142.A H 3.178 2.288 LEU 144.A N GLU 136.A O LEU 144.A H 2.831 1.965 ASN 145.A N GLY 142.A O ASN 145.A H 3.066 2.170 ASN 145.A ND2 LYS 139.A O ASN 145.A HD22 3.022 2.127 LEU 146.A N VAL 328.A O LEU 146.A H 2.781 1.867 ALA 147.A N ASN 145.A OD1 ALA 147.A H 3.152 2.258 ARG 149.A N LEU 146.A O ARG 149.A H 2.988 2.115 ARG 149.A NH1 GLY 142.A O ARG 149.A HH12 3.454 2.686 ARG 149.A NH2 GLY 142.A O ARG 149.A HH22 3.235 2.397 PHE 154.A N PRO 151.A O PHE 154.A H 2.989 2.103 VAL 155.A N CYS 336.A O VAL 155.A H 2.760 1.866 LEU 159.A N GLU 115.A OE2 LEU 159.A H 3.115 2.356 LYS 162.A N ALA 324.A O LYS 162.A H 2.890 2.003 LYS 162.A NZ ASP 110.A OD1 LYS 162.A HZ2 2.802 2.100 LYS 162.A NZ PRO 112.A O LYS 162.A HZ1 3.107 2.355 LYS 162.A NZ GLY 114.A O LYS 162.A HZ3 3.323 2.533 TYR 164.A N LYS 322.A O TYR 164.A H 2.737 1.850 ALA 166.A N CYS 320.A O ALA 166.A H 3.309 2.467 TYR 167.A N LEU 106.A O TYR 167.A H 2.866 1.970 LEU 169.A N ASN 316.A O LEU 169.A H 3.020 2.108 ILE 170.A N ASP 174.A OD2 ILE 170.A H 2.803 1.932 THR 171.A N ASP 174.A OD2 THR 171.A H 2.808 1.922 ASP 174.A N THR 171.A O ASP 174.A H 3.175 2.514 ASP 174.A N THR 171.A OG1 ASP 174.A H 3.107 2.321 ARG 175.A NE THR 212.A OG1 ARG 175.A HE 2.969 2.238 ARG 176.A N GLU 173.A O ARG 176.A H 3.443 2.536 VAL 177.A N ASP 174.A O VAL 177.A H 3.168 2.309 THR 179.A N VAL 314.A O THR 179.A H 2.908 2.191 THR 180.A N VAL 314.A O THR 180.A H 3.064 2.199 ASN 181.A ND2 GLN 273.A O ASN 181.A HD22 3.132 2.255 LEU 182.A N TRP 275.A O LEU 182.A H 2.810 1.921 HIS 183.A N HIS 312.A O HIS 183.A H 3.068 2.214 HIS 183.A ND1 ASN 181.A O HIS 183.A HD1 2.983 2.143 ASP 188.A N PHE 327.A O ASP 188.A H 2.947 2.263 ALA 189.A N ILE 306.A O ALA 189.A H 3.241 2.444 VAL 190.A N GLU 325.A O VAL 190.A H 2.991 2.116 ASN 191.A N VAL 304.A O ASN 191.A H 2.903 2.047 VAL 192.A N VAL 323.A O VAL 192.A H 2.838 1.925 MET 193.A N ASP 302.A O MET 193.A H 3.244 2.361 VAL 194.A N ILE 321.A O VAL 194.A H 3.084 2.267 TYR 195.A N ILE 321.A O TYR 195.A H 3.403 2.580 GLY 197.A N SER 319.A O GLY 197.A H 2.730 1.846 ILE 200.A N GLU 90.A O ILE 200.A H 3.121 2.324 HIS 205.A NE2 ILE 170.A O HIS 205.A HE2 3.030 2.295 LYS 211.A N GLU 207.A O LYS 211.A H 3.097 2.313 THR 212.A N GLU 208.A O THR 212.A H 3.019 2.216 ILE 213.A N VAL 209.A O ILE 213.A H 3.079 2.178 ASP 214.A N LEU 210.A O ASP 214.A H 3.048 2.197 GLU 215.A N LYS 211.A O GLU 215.A H 2.974 2.068 GLY 216.A N THR 212.A O GLY 216.A H 2.665 1.908 ASP 217.A N ASP 214.A O ASP 217.A H 3.084 2.223 ALA 218.A N ILE 213.A O ALA 218.A H 3.345 2.486 THR 222.A N ASP 219.A OD1 THR 222.A H 2.927 2.120 LYS 223.A N ASP 219.A O LYS 223.A H 3.284 2.433 LYS 223.A NZ ASP 214.A OD1 LYS 223.A HZ2 3.066 2.296 LYS 223.A NZ GLU 220.A OE2 LYS 223.A HZ1 3.384 2.568 GLU 224.A N GLU 220.A O GLU 224.A H 3.210 2.487 GLU 224.A N VAL 221.A O GLU 224.A H 3.245 2.582 ARG 225.A N THR 222.A O ARG 225.A H 3.151 2.353 ARG 225.A NE GLU 231.A OE1 ARG 225.A HE 2.908 2.050 ARG 225.A NH1 ASP 302.A OD2 ARG 225.A HH12 2.733 2.002 ARG 225.A NH2 GLU 231.A OE1 ARG 225.A HH21 3.494 2.814 ARG 225.A NH2 GLU 231.A OE2 ARG 225.A HH21 3.199 2.386 ARG 225.A NH2 ASP 302.A OD1 ARG 225.A HH22 2.936 2.058 ARG 225.A NH2 ASP 302.A OD2 ARG 225.A HH22 3.231 2.638 HIS 227.A N LYS 223.A O HIS 227.A H 3.395 2.483 HIS 227.A ND1 LYS 223.A O HIS 227.A HD1 2.933 2.207 ASP 228.A N GLU 224.A O ASP 228.A H 2.977 2.139 LYS 230.A N ILE 226.A O LYS 230.A H 3.016 2.266 LYS 230.A NZ HIS 227.A O LYS 230.A HZ3 3.029 2.137 GLU 231.A N ARG 225.A O GLU 231.A H 3.393 2.489 GLY 234.A N GLN 298.A O GLY 234.A H 2.978 2.134 ALA 235.A N GLN 298.A O ALA 235.A H 3.258 2.440 LEU 236.A N HIS 315.A O LEU 236.A H 2.821 1.920 TRP 237.A N ILE 296.A O TRP 237.A H 2.779 1.862 TRP 237.A NE1 GLN 298.A OE1 TRP 237.A HE1 2.835 2.086 HIS 238.A N GLN 313.A O HIS 238.A H 3.164 2.327 HIS 238.A NE2 GLY 216.A O HIS 238.A HE2 2.793 1.893 ILE 239.A N TRP 294.A O ILE 239.A H 2.992 2.119 TYR 240.A N PRO 311.A O TYR 240.A H 2.920 2.046 ASP 244.A N ALA 241.A O ASP 244.A H 2.885 1.991 ALA 245.A N ALA 242.A O ALA 245.A H 3.337 2.449 LYS 247.A NZ GLU 250.A OE1 LYS 247.A HZ3 3.487 2.805 ILE 248.A N ASP 244.A O ILE 248.A H 3.255 2.374 ARG 249.A N ALA 245.A O ARG 249.A H 3.038 2.156 ARG 249.A NE ASP 268.A OD1 ARG 249.A HE 2.999 2.264 ARG 249.A NH1 GLU 246.A OE1 ARG 249.A HH11 3.179 2.388 GLU 250.A N GLU 246.A O GLU 250.A H 2.973 2.139 LEU 251.A N LYS 247.A O LEU 251.A H 3.074 2.223 LEU 252.A N ILE 248.A O LEU 252.A H 3.092 2.209 ARG 253.A N ARG 249.A O ARG 253.A H 2.927 2.066 ARG 253.A NE HIS 267.A O ARG 253.A HE 3.062 2.203 ARG 253.A NH1 GLU 246.A OE2 ARG 253.A HH12 3.038 2.173 ARG 253.A NH2 GLU 246.A OE2 ARG 253.A HH22 3.530 2.819 ARG 253.A NH2 HIS 267.A O ARG 253.A HH21 3.431 2.691 LYS 254.A N GLU 250.A O LYS 254.A H 3.217 2.339 LYS 254.A NZ GLU 288.A OE1 LYS 254.A HZ2 2.565 1.918 VAL 255.A N LEU 251.A O VAL 255.A H 2.911 2.035 GLY 256.A N LEU 252.A O GLY 256.A H 2.956 2.076 GLU 257.A N ARG 253.A O GLU 257.A H 3.088 2.196 GLU 258.A N LYS 254.A O GLU 258.A H 2.971 2.073 GLN 259.A N VAL 255.A O GLN 259.A H 3.005 2.294 GLN 259.A N GLY 256.A O GLN 259.A H 2.977 2.279 GLY 260.A N GLU 257.A O GLY 260.A H 2.964 2.101 HIS 267.A N PRO 264.A O HIS 267.A H 3.329 2.416 ILE 270.A N ASP 268.A OD1 ILE 270.A H 3.139 2.381 HIS 271.A N ASP 268.A OD1 HIS 271.A H 3.238 2.361 ASP 272.A N ASP 268.A O ASP 272.A H 3.082 2.253 GLN 273.A N ILE 270.A O GLN 273.A H 3.147 2.368 LEU 277.A N GLN 313.A OE1 LEU 277.A H 2.819 1.916 LEU 281.A N ASP 278.A OD1 LEU 281.A H 3.112 2.236 ARG 282.A N ASP 278.A O ARG 282.A H 2.959 2.083 ARG 282.A NE ASP 217.A OD2 ARG 282.A HE 3.419 2.628 ARG 282.A NH1 LEU 277.A O ARG 282.A HH11 2.981 2.213 ARG 282.A NH2 ASP 217.A OD2 ARG 282.A HH21 3.208 2.365 LYS 283.A N GLN 279.A O LYS 283.A H 3.077 2.198 ARG 284.A N THR 280.A O ARG 284.A H 3.150 2.295 ARG 284.A NE GLU 288.A OE1 ARG 284.A HE 3.213 2.354 ARG 284.A NH1 GLU 258.A OE1 ARG 284.A HH12 3.048 2.213 ARG 284.A NH2 GLU 258.A OE1 ARG 284.A HH22 3.341 2.607 ARG 284.A NH2 GLU 258.A OE2 ARG 284.A HH22 2.660 1.832 LEU 285.A N LEU 281.A O LEU 285.A H 2.964 2.137 TYR 286.A N ARG 282.A O TYR 286.A H 3.159 2.287 GLU 287.A N LYS 283.A O GLU 287.A H 2.953 2.073 GLU 288.A N ARG 284.A O GLU 288.A H 2.886 2.005 TYR 289.A N LEU 285.A O TYR 289.A H 3.239 2.473 GLY 290.A N TYR 286.A O GLY 290.A H 2.921 2.272 VAL 291.A N LEU 285.A O VAL 291.A H 3.267 2.351 TRP 294.A N ILE 239.A O TRP 294.A H 2.812 1.919 TRP 294.A NE1 ARG 12.A O TRP 294.A HE1 3.157 2.358 ILE 296.A N TRP 237.A O ILE 296.A H 2.960 2.079 GLN 298.A N ALA 235.A O GLN 298.A H 2.874 1.984 GLN 298.A NE2 ASN 191.A OD1 GLN 298.A HE21 3.142 2.266 GLN 298.A NE2 ASP 302.A O GLN 298.A HE22 3.051 2.169 PHE 299.A N ASP 302.A OD2 PHE 299.A H 2.941 2.043 LEU 300.A N LYS 232.A O LEU 300.A H 2.983 2.132 GLY 301.A N MET 193.A O GLY 301.A H 2.798 1.933 ASP 302.A N PHE 299.A O ASP 302.A H 2.985 2.091 ALA 303.A N VAL 40.A O ALA 303.A H 2.693 1.781 VAL 304.A N ASN 191.A O VAL 304.A H 2.833 1.966 PHE 305.A N VAL 38.A O PHE 305.A H 2.879 1.961 ILE 306.A N ALA 189.A O ILE 306.A H 2.859 1.959 ALA 308.A N ASP 188.A OD1 ALA 308.A H 2.885 1.997 GLY 309.A N ASP 185.A O GLY 309.A H 2.883 1.988 ALA 310.A N PRO 307.A O ALA 310.A H 3.113 2.228 HIS 312.A N HIS 183.A O HIS 312.A H 2.857 1.992 HIS 312.A ND1 ALA 310.A O HIS 312.A HD1 2.920 2.055 GLN 313.A N HIS 238.A O GLN 313.A H 3.059 2.224 GLN 313.A NE2 LEU 277.A O GLN 313.A HE21 2.967 2.101 VAL 314.A N THR 180.A O VAL 314.A H 2.962 2.065 HIS 315.A N LEU 236.A O HIS 315.A H 2.885 2.078 HIS 315.A ND1 VAL 177.A O HIS 315.A HD1 2.825 2.021 ASN 316.A ND2 ALA 166.A O ASN 316.A HD22 3.197 2.519 ASN 316.A ND2 TYR 167.A O ASN 316.A HD22 3.580 2.786 LEU 317.A N GLY 234.A O LEU 317.A H 2.780 1.911 TYR 318.A N GLY 234.A O TYR 318.A H 3.271 2.411 SER 319.A N GLY 197.A O SER 319.A H 3.201 2.406 SER 319.A OG PHE 89.A O SER 319.A HG 2.828 2.006 CYS 320.A N ALA 166.A O CYS 320.A H 3.013 2.130 ILE 321.A N TYR 195.A O ILE 321.A H 2.975 2.076 LYS 322.A N TYR 164.A O LYS 322.A H 2.916 2.045 LYS 322.A NZ ASN 316.A OD1 LYS 322.A HZ2 2.904 2.018 VAL 323.A N VAL 192.A O VAL 323.A H 2.923 2.052 ALA 324.A N LYS 162.A O ALA 324.A H 2.872 1.984 GLU 325.A N VAL 190.A O GLU 325.A H 2.919 2.070 PHE 327.A N ASP 188.A O PHE 327.A H 3.053 2.188 VAL 328.A N ASN 145.A OD1 VAL 328.A H 2.881 1.974 SER 329.A N ASP 188.A OD2 SER 329.A H 2.931 2.022 GLU 331.A N GLU 331.A OE1 GLU 331.A H 2.805 1.939 HIS 332.A N SER 329.A O HIS 332.A H 3.295 2.408 HIS 332.A ND1 ASP 188.A OD1 HIS 332.A HD1 3.010 2.189 HIS 332.A NE2 TRP 32.A O HIS 332.A HE2 2.976 2.322 HIS 335.A N HIS 332.A O HIS 335.A H 3.034 2.130 CYS 336.A N VAL 333.A O CYS 336.A H 3.183 2.286 PHE 337.A N LYS 334.A O PHE 337.A H 3.330 2.429 ARG 338.A N TYR 153.A O ARG 338.A H 2.866 2.013 ARG 338.A NE SER 152.A O ARG 338.A HE 3.140 2.451