103LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTSLDAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 103lA00
4AQNA 3L2XA 3JR6A 3DN4A 248LA 187LA 1C6TA 1L56A 1L68A 2HULA 1CV4A 222LA 4I7NA 3GUOA 1CU0A 162LA 1QT3A 175LA 4EPFA 144LA 1C6GA 1QTDA 177LA 1L73A 233LA 1C65A 1QTVA 4EKPA 1L55A 4LDOA 1LYGA 2QB0B 1CUQA 2B70A 1LW9A 189LA 1L28A 1L01A 2IGCA 181LA 1L41A 1L91A 1L70A 1L25A 3G3VA 256LA 2F2QA 1LYEA 196LA 3SN6R 1L84A 3DNAA 192LA 1C67A 1L21A 1OVJA 3DMXA 4I7PA 2RB0X 4LDLA 1C62A 1B6IA 214LA 1L77A 4DAJA 231LA 1L61A 227LA 1L88A 2Z6BA 1QTCA 3OE6A 205LA 102LA 3GUPA 230LA 3CDVA 1L96A 1OV5A 3GUMA 3DN3A 2NTHA 1LGXA 1QUDA 1L37A 3DN1A 130LA 1L44A 140LA 3SB8A 1CVKA 238LA 188LA 1L08A 3OE8A 3G3WA 241LA 1QT4A 2OTYX 184LA 1C6KA 3CDRA 3DN6A 146LA 118LA 1ZWNA 1L36A 1L64A 148LE 178LA 1KW5A 1L11A 195LA 1G0JA 246LA 123LA 1L92A 1DYBA 2B6XA 1C61A 2RAYX 1C6DA 1LPYA 1C6PA 176LA 3HU8A 1L89A 1OYUA 1DYDA 108LA 239LA 1L82A 3GUKA 1LLHA 1L33A 3ODUA 199LA 229LA 2RBOA 1C6FA 4K5YA 1T8AA 1L59A 1ZURA 1L80A 2NTGA 1L13A 237LA 1SWZA 1LWGA 3HT9A 169LA 1SX7A 3SBBC 3HUAA 1LYJA 1L62A 211LA 225LA 2Q9DA 2RB2X 2RH1A 1L45A 3GUIA 1XJUA 1C64A 1L54A 1P6YA 109LA 165LA 1K28A 1ZYTA 1LWKA 1QS9A 2RBNA 1L58A 126LA 1P5CA 143LA 2B72A 3NYAA 1CU5A 1L24A 155LA 2CUUA 1DYCA 4EPIA 147LA 213LA 2L78A 198LA 1L03A 209LA 2OEAX 1C6MA 2B74A 174LA 1KNIA 1L0KA 1L76A 7LZMA 1QTHA 1LI6A 1G0QA 262LA 5LZMA 221LA 167LA 2B6WA 3DMVA 157LA 250LA 3OE0A 220LA 3HU9A 1T97A 226LA 3DMZA 104LA 1L85A 1OVHA 1L75A 240LA 1L63A 3CDOA 113LA 4I7JA 1L48A 4W57A 1OVKA 3HH3A 1LI2A 115LA 1L97A 216LA 137LA 3HUQA 1P2LA 1P64A 2QARC 1SX2A 1D3NA 4IAPA 2HUKA 1L42A 1CTWA 1SSYA 1L35A 201LA 3SB5A 1P7SA 1QT7A 1L86A 2OE7X 6LZMA 152LA 151LA 3V2WA 1I6SA 4GRVA 4ARMB 1L14A 2RBPA 2RBQA 1L02A 1DYFA 255LA 4DKLA 1L0JA 170LA 1G0KA 1L07A 2LC9A 173LA 3HTFA 1KS3A 3FI5A 4W52A 1L06A 1G06A 1T6HA 3C83A 4E97A 1DYGA 1L26A 3K2RA 4I7OA 1L60A 2OE9X 1C63A 4ZPUA 3NY9A 4S0WA 1EPYA 110LA 114LA 5I14A 1G0LA 1CV0A 1L05A 1G0PA 3C7ZA 1D2YA 1G0MA 3C81A 1L93A 3HH5A 1LGWA 161LA 3VW7A 4W59A 158LA 2O79A 1L15A 2RBRA 228LA 2B6YA 1QSQA 3FADA 3GULA 150LA 1L43A 1D9WA 4ARJA 257LA 3RUNA 3SB9A 127LA 3G3XA 3CDQA 232LA 1L18A 2B73A 2OU0X 3DN2A 131LA 1CV6A 166LA 1DYAA 2B6TA 1C68A 4YXAC 1CU2A 236LA 1LGUA 4W58A 1CU3A 139LA 142LA 197LA 4EKSA 1PQIA 4EXMA 261LA 4LZMA 4EJ4A 1PQKA 3C7YA 2F47A 3HT7A 4W54A 163LA 2A4TA 3HWLA 171LA 3SBAA 4I7LA 3PDSA 119LA 172LA 3F9LA 4I7SA 1L79A 1D3JA 219LA 4I7QA 1C6CA 1QT8A 2LZMA 4I7MA 3HH6A 1LI3A 2O7AA 1QUOA 1QUHA 3DN0A 3D4SA 3DN8A 1LYFA 3HH4A 2ANXA 1L16A 1WTHA 215LA 252LA 1L09A 182LA 138LA 1G1VA 1L69A 1L04A 1L99A 1CV3A 206LA 1L71A 4DJHA 3C82A 1L19A 3HT6A 160LA 1PQOA 1QTBA 156LA 1L94A 1KW7A 3RZEA 2OE4X 260LA 235LA 3F8VA 1CX6A 1P36A 2B6ZA 1CX7A 103LA 1L53A 3C8QA 1L65A 1C66A 159LA 1L47A 247LA 1L52A 4YX7C 1QT6A 4OO9A 3HTDA 1KY1A 1LYIA 1P37A 4I7KA 1CU6A 2RBSA 3HTBA 253LA 1L50A 1SWYA 1D2WA 1CV5A 258LA 1L17A 2OU9A 128LA 4PK0A 3NY8A 1C6EA 1L27A 1JTMA 4GBRB 2F32A 183LA 1C60A 1QTZA 3L64A 1L34A 245LA 2RAZX 1G07A 4I7RA 1L12A 3PBLA 4W51A 3C8RA 1C6HA 1L67A 3UONA 1P2RA 1OV7A 223LA 4ARMA 1L20A 3SB7A 1JTNA 1L10A 243LA 1D3MA 242LA 2Q9EA 1L83A 1DYEA 4W53A 3LZMA 244LA 2O4WA 122LA 1L29A 149LA 1L72A 1LYDA 217LA 1LYHA 234LA 1L46A 1P46A 3C80A 3C8SA 4W55A 1L74A 1NHBA 145LA 1G1WA 1L95A 1L22A 112LA 1QT5A 164LA 1C6JA 3GUNA 111LA 1JQUA 1L98A 1PQMA 1QSBA 1C6BA 3GUJA 129LA 3HUKA 4I7TA 4PJZA 191LA 1P3NA 1SSWA 1T8FA 1L38A 1PQJA 3V2YA 186LA 1L00A 210LA 224LA 2OU8A 2LCBA 1L40A 125LA 1C69A 1C6AA 3HTGA 1C6NA 4ARQB 251LA 2ANVA 2B7XA 218LA 200LA 3EMLA 180LA 1T8GA 4ARPA 249LA 1QUGA 1D3FA 4YXCA 1PQDA 4W56A 1L39A 1KY0A 1CUPA 107LA 1L87A 168LA 1L30A 2OTZX 3FA0A 1XJTA 3HDFA 1G0GA 4ARQA 2B75A 3C7WA 259LA 1P56A 1OWYA 4LDEA 3HT8A 1C6IA 3SB6A 1L51A 1L66A 1C6QA 1CV1A 3DKEX 4EKQA 1OWZA 212LA 3HDEA 1TLAA 1XEPA 1L57A 185LA 1C6LA 3QAKA 2HUMA 190LA 1L31A 4EKRA 120LA 1L90A 3CDTA 141LA 2RB1X 1L32A 4ARLA 1L23A 254LA 3OE9A 1L81A 1QS5A 1L49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN4A 248LA 1C6TA 1LSEA 2HULA 2DQIY 5E9RA 1BVKC 5F16A 4I7NA 1FLWA 1C6GA 1QTDA 177LA 1C65A 4EKPA 1OUIA 1V7SA 1CUQA 1LW9A 189LA 1CKDA 2CWIA 1HEOA 2IGCA 3WVXA 1HC0A 3E3DA 1L70A 5KXSA 2F2QA 4RLNA 3TXHA 4BADA 1L84A 1LHIA 3DMXA 4LDLA 214LA 4DAJA 1DPXA 1NHEA 1L88A 3W6BA 3CDVA 207LA 1OV5A 2BQOA 4CHXA 1QUDA 3TXEA 1L37A 1HNLA 4DC4A 5LYMA 1UIFA 1B0DA 3G3AB 1IIZA 140LA 3SB8A 5M1YA 1VDPA 3RZ4A 1WQMA 3OE8A 4UWUA 5IHGA 3G3WA 1JWRA 2OTYX 1UICA 3CDRA 3WUMA 2CGIA 1LZGA 1KW5A 2YBLA 2D6BA 4CJ2A 3TMXA 2RAYX 3HU8A 4LZTA 5KXKA 1L89A 1OYUA 2BQDA 1B2KA 239LA 2MEAA 1LLHA 1WQRA 4ETAA 3ODUA 199LA 4K5YA 1L59A 4GLVA 1LWGA 1JTTL 1LMTA 2YBJA 1EL1A 3WUAA 1GAYA 2ZIKA 5KXZA 3CB7A 1L62A 1IORA 225LA 2Q9DA 2RH1A 1L45A 2BQEA 1GFEA 1LJGA 4RW2A 4UWNA 4DQ5A 1QS9A 2RBNA 1BHZA 126LA 1P5CA 4NSHA 1G7HC 1WVUA 1GAZA 2CUUA 2H5ZA 5FDJA 2F2NA 198LA 1L03A 2Z12A 5APCA 5B1FA 2B74A 1KNIA 1L0KA 5I4YA 1BWIA 1LI6A 1G0QA 167LA 1HSXA 1KXYA 1D9UA 3OE0A 3HU9A 2CJLA 4Z3MA 3DMZA 1QTEA 2NWDX 4NGKA 4IASA 4H9EA 4H9AA 4I7JA 4W57A 2FYCA 3CQLA 216LA 1GF4A 3AW6A 3IWRA 1BB4A 4NGZA 1L35A 1INUA 3SB5A 1QT7A 1L86A 4DT3A 1LZCA 6LZMA 152LA 151LA 3V2WA 4LYBA 4R6CA 2RBPA 1MELL 1XEKA 1LCNA 4DKLA 1JHLA 1L0JA 1PZYA 4W52A 4NGLA 2AUBA 1T6HA 1LYSA 4E97A 3K2RA 1REXA 4HP0A 1GFVA 1C63A 3MGWA 4PPOA 4H8YA 2HU1A 5I14A 1CV0A 1L05A 3C7ZA 1D2YA 1G0MA 3C81A 4NHIA 3TXGA 4GN4A 3FADA 3GULA 1D6PA 1D9WA 3WU8A 1HEWA 127LA 1JSEA 232LA 1L18A 4OWHA 3DN2A 131LA 1LSMA 2ZILA 1YL0X 166LA 8LYZA 1LZ5A 4YXAC 4WM4A 1LGUA 4W58A 139LA 1CJ7A 1PQIA 1XFPL 5LYZA 1LJEA 1NKHA 4KXIA 5KXYA 3HT7A 2A4TA 1KIPC 4HJZA 3TXKA 4A7DA 4N8ZA 1LZ8A 4LT3A 4I7SA 1HSWA 1DI4A 1L79A 1REYA 1QT8A 2PC2A 1QUOA 3DN0A 2FBBA 2I26L 3P68A 2ZWBA 1IOCA 1LSNA 1VDQA 252LA 2MEFA 2BQAA 1WQNA 138LA 1LZYA 1OUJA 4QEQA 1L04A 1QUSA 1L99A 1CV3A 3WXTA 2EQLA 3HT6A 2A7DA 1IWVA 1QTBA 4HTQA 1B5VA 1REMA 3CT5A 1L94A 1LMOA 3EO5A 1GE1A 235LA 4NIJA 3M3UA 4OWEA 1B5ZA 4OWCA 4B1AA 3AZ5A 3C8QA 1L47A 1L52A 4YX7C 4OO9A 5D5CA 2ZYPA 1OUGA 4DDCA 2RBSA 3HTBA 3FI7A 1D2WA 1GF5A 1L17A 4LFPA 128LA 4HV2A 4LYCA 1NDMC 1LHMA 3NY8A 2LZTA 1YROA 5AMYA 1L27A 1GFHA 2VB1A 1JTMA 5HNLA 2HEDA 3RW8A 4WO9A 1WQQA 1AZFA 4WLDA 1CJ6A 3SB7A 2IHLA 2F4AA 1D3MA 2Q9EA 4LYOA 1L83A 3ULRA 1DYEA 1GEZA 1BGIA 2A7FA 4W53A 244LA 1L72A 149LA 4TX7A 1P46A 4N0JA 1L74A 5KXTA 1NHBA 1G1WA 1L95A 5LVKA 1QDRA 3TXIA 1PQMA 1GBSA 4HTNA 1LZRA 1C6BA 129LA 191LA 1PQJA 186LA 4WG1A 4YM8A 1FKVA 5FCPA 4HPIA 1L40A 3A34A 3HTGA 1VDSA 4HJYA 1OUHA 251LA 3LN2A 4OOOA 5I53A 2W1XA 1T8GA 4ARPA 249LA 4J7VA 1D3FA 4YXCA 3F6ZA 107LA 1L87A 1L30A 3FA0A 1BB7A 3P66A 4LDEA 1C6IA 1L51A 1CV1A 3DKEX 212LA 1XEPA 1IOTA 3A6BY 3D3DA 1G7IC 1C6LA 190LA 1L31A 4UWVA 4U3XB 3WYHA 4PRUA 1L32A 1RJCB 4ARLA 1GBYA 2F30A 3OE9A 2HECA 4ZEEA 3A93A 1QS5A 4H9HA 2EKSC 3L2XA 4N9RA 1L56A 3W6CA 1L68A 5I54A 3T6UA 222LA 3GUOA 1CU0A 1QT3A 4WM2A 175LA 1L73A 1L55A 4KPMA 1GFJA 5FSTA 5LIOA 4DD3A 4B0DA 4H91A 2B70A 1J1XY 1NMMA 1OUBA 1OUDA 3B0KA 1GFRA 4YOPA 1IR8A 3G3VA 3WULA 196LA 4WLXA 4G4HA 4WOAA 4Z46A 192LA 1OVJA 4I7PA 1Z55A 1HF4A 1C62A 1BWHA 1L77A 1WTMA 3WW5A 1QTCA 3OE6A 205LA 1BB6A 4HJVA 1QSAA 4G4BA 1GB7A 2MEDA 3DN3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN4 A;  248L A;  1C6T A;  1LSE A;  2HUL A;  2DQI Y;  5E9R A;  1BVK C;  5F16 A;  4I7N A;  1FLW A;  1C6G A;  1QTD A;  177L A;  1C65 A;  4EKP A;  1OUI A;  1V7S A;  1CUQ A;  1LW9 A;  189L A;  1CKD A;  2CWI A;  1HEO A;  2IGC A;  3WVX A;  1HC0 A;  3E3D A;  1L70 A;  5KXS A;  2F2Q A;  4RLN A;  3TXH A;  4BAD A;  1L84 A;  1LHI A;  3DMX A;  4LDL A;  214L A;  4DAJ A;  1DPX A;  1NHE A;  1L88 A;  3W6B A;  3CDV A;  207L A;  1OV5 A;  2BQO A;  4CHX A;  1QUD A;  3TXE A;  1L37 A;  1HNL A;  4DC4 A;  5LYM A;  1UIF A;  1B0D A;  3G3A B;  1IIZ A;  140L A;  3SB8 A;  5M1Y A;  1VDP A;  3RZ4 A;  1WQM A;  3OE8 A;  4UWU A;  5IHG A;  3G3W A;  1JWR A;  2OTY X;  1UIC A;  3CDR A;  3WUM A;  2CGI A;  1LZG A;  1KW5 A;  2YBL A;  2D6B A;  4CJ2 A;  3TMX A;  2RAY X;  3HU8 A;  4LZT A;  5KXK A;  1L89 A;  1OYU A;  2BQD A;  1B2K A;  239L A;  2MEA A;  1LLH A;  1WQR A;  4ETA A;  3ODU A;  199L A;  4K5Y A;  1L59 A;  4GLV A;  1LWG A;  1JTT L;  1LMT A;  2YBJ A;  1EL1 A;  3WUA A;  1GAY A;  2ZIK A;  5KXZ A;  3CB7 A;  1L62 A;  1IOR A;  225L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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