104LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSAAELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 104lA00
1L23A 1C6NA 260LA 156LA 1C6MA 1L96A 213LA 1CU3A 1L50A 2LCBA 4DKLA 1L83A 246LA 3CDOA 4W52A 125LA 244LA 3HDFA 4W51A 1G0QA 1PQKA 236LA 3UONA 4GBRB 1P2LA 1QS5A 1L79A 1L84A 3ODUA 3HTFA 1D9WA 1CUPA 1G0PA 1OWYA 2O7AA 1OV5A 1L44A 1P2RA 3OE6A 1LYDA 254LA 141LA 1L39A 1DYEA 215LA 1SSYA 1DYFA 225LA 3C8QA 2NTGA 1QUOA 102LA 228LA 195LA 1L91A 3HT6A 3RZEA 209LA 1L14A 2Q9EA 2CUUA 110LA 251LA 3OE0A 261LA 3HU8A 1P5CA 1P46A 1L07A 1L99A 1XJUA 1ZYTA 2B6YA 4LDLA 3SB8A 177LA 145LA 1PQOA 1L33A 2ANXA 1LYHA 1C6DA 2B72A 2RB2X 172LA 3HH3A 1L73A 151LA 3SBAA 161LA 3DN6A 137LA 3C83A 3DMXA 4PJZA 245LA 1LWGA 1LPYA 1C6AA 3L64A 1L63A 4I7KA 3SB9A 1ZURA 3GUJA 1L97A 3HUAA 157LA 241LA 1L36A 1C6GA 2HUMA 4EKQA 1C69A 1I6SA 201LA 150LA 111LA 1QUHA 171LA 1PQDA 3CDQA 4I7NA 1XJTA 5LZMA 3K2RA 1L77A 1QS9A 2B6TA 1PQMA 1L20A 3HH5A 1L90A 1LI2A 4I7PA 1L74A 3LZMA 1P3NA 259LA 257LA 1L48A 4I7OA 2RBNA 173LA 1L47A 1C65A 4EPIA 1D3FA 1P56A 1D2WA 3C82A 1KY1A 1L51A 1QUDA 1LWKA 1L0KA 1LI6A 3HTBA 1L52A 131LA 1T8AA 6LZMA 1QSQA 3HTGA 1KW5A 4EKSA 227LA 3NY8A 1C60A 129LA 2RBOA 1C6FA 222LA 1CU5A 2O79A 2RB1X 149LA 3F8VA 217LA 2QB0B 3PDSA 166LA 1L31A 3HUKA 1JTMA 1G06A 140LA 2OEAX 3VW7A 1PQIA 1QTCA 103LA 4LDOA 2HULA 221LA 224LA 2RAYX 252LA 240LA 1L18A 4I7RA 2O4WA 3GUMA 170LA 1L93A 2RBSA 3HT7A 1SWZA 235LA 1T8GA 181LA 3DN0A 1L08A 1QT8A 3NY9A 1SX7A 3C7WA 1CUQA 1DYAA 4S0WA 4OO9A 5I14A 1L80A 163LA 1LLHA 3EMLA 1DYCA 104LA 1D3MA 138LA 2RB0X 158LA 4ARQA 4ARPA 1L06A 4EKRA 198LA 200LA 4EKPA 3PBLA 3FI5A 2OU8A 3NYAA 1L27A 2LC9A 4ARQB 1QTBA 1L68A 2B73A 3F9LA 4DJHA 123LA 210LA 212LA 1D3JA 2B6XA 3DMZA 2B6ZA 1L88A 3G3XA 1DYBA 4I7TA 1NHBA 4DAJA 1P64A 242LA 3FA0A 3SB6A 1L40A 185LA 3GUKA 1C6HA 1L71A 3G3VA 1L35A 147LA 118LA 2IGCA 1QTHA 1T8FA 1L16A 3C8SA 169LA 3JR6A 143LA 1L72A 1P6YA 190LA 1PQJA 3HTDA 3L2XA 142LA 231LA 1CV3A 3C81A 4W54A 255LA 1EPYA 4ARJA 1L85A 2A4TA 3GUNA 1KW7A 4EPFA 1LYIA 1CX7A 1L12A 1L61A 1C6TA 187LA 1L87A 3C80A 4LZMA 1C68A 1L46A 1CVKA 1OYUA 4I7LA 3D4SA 3RUNA 155LA 1LYJA 184LA 1L69A 1L92A 1L59A 183LA 112LA 148LE 1OVJA 1P37A 1QT7A 1C6IA 1LYFA 4I7SA 174LA 191LA 1LI3A 3HH6A 2OE7X 230LA 113LA 232LA 1T6HA 1L30A 2OE9X 4YX7C 2F2QA 1QTZA 1SSWA 107LA 3OE8A 4ZPUA 2B6WA 2NTHA 176LA 164LA 1CV6A 239LA 119LA 1DYDA 1QT4A 211LA 1CV4A 2RBRA 152LA 2QARC 1L89A 126LA 1L17A 2OU9A 4W57A 1L10A 243LA 1CU0A 4GRVA 1C6CA 1L49A 1L75A 4ARLA 3SB7A 3SN6R 1L98A 4PK0A 1T97A 3HDEA 1C61A 186LA 2B7XA 1QT6A 1QTDA 3HWLA 1C67A 249LA 4AQNA 3C7ZA 1L04A 2HUKA 2Q9DA 1L37A 1L32A 3V2WA 159LA 2B70A 1OVHA 3C8RA 162LA 1C6BA 197LA 3GUPA 1P36A 1L21A 199LA 2L78A 4YXCA 180LA 1CV0A 234LA 114LA 4K5YA 146LA 3OE9A 1L03A 1KS3A 256LA 1QT3A 1L02A 1SX2A 1L70A 1L56A 1G0MA 2B74A 1WTHA 237LA 206LA 1L38A 144LA 1CX6A 115LA 2RH1A 218LA 1JTNA 2F32A 3CDRA 216LA 1C6QA 3SB5A 1G0JA 2OTZX 3CDTA 3DN2A 1C6JA 229LA 1C6EA 2B75A 1L55A 2RBPA 3CDVA 130LA 4EJ4A 1LYGA 1L00A 1OWZA 258LA 160LA 1L41A 1LGWA 1G0GA 3HT8A 1C6LA 3DN4A 1L05A 3HU9A 1XEPA 4E97A 3HUQA 253LA 2OTYX 3DKEX 3DMVA 2Z6BA 1L01A 1OV7A 4LDEA 178LA 2OU0X 4W59A 4EXMA 1D3NA 1P7SA 167LA 1QUGA 4W56A 175LA 262LA 1L65A 1JQUA 192LA 1LGXA 4YXAC 1LW9A 3HT9A 247LA 3DN8A 1L34A 4I7JA 205LA 250LA 109LA 3GULA 3SBBC 1L94A 1C64A 220LA 226LA 1L54A 1L95A 4I7QA 1CTWA 1L82A 1LYEA 168LA 4ARMA 1KY0A 1B6IA 1OVKA 1QTVA 2RAZX 2LZMA 3QAKA 165LA 1C66A 1L67A 3G3WA 182LA 3DNAA 1C63A 4ARMB 1C6KA 120LA 1G1WA 1K28A 1KNIA 139LA 1QSBA 1L19A 1L0JA 1CV5A 1D2YA 1L28A 219LA 1G1VA 1L66A 1CU6A 1SWYA 1C6PA 1ZWNA 1DYGA 189LA 248LA 1L76A 233LA 1L25A 1L58A 1G07A 108LA 1LGUA 2ANVA 1L13A 223LA 3C7YA 7LZMA 1CV1A 1L81A 4W53A 1L26A 1L09A 1CU2A 1L42A 2OE4X 1L64A 1TLAA 4I7MA 4W58A 3FADA 1L43A 1L15A 2F47A 4W55A 188LA 1G0LA 3GUOA 3HH4A 196LA 3V2YA 127LA 1L45A 3GUIA 128LA 1L24A 1L86A 1L22A 214LA 1C62A 1L29A 1QT5A 1L60A 238LA 3DN1A 3DN3A 1L62A 2RBQA 4IAPA 1L57A 122LA 1L11A 1G0KA 1L53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L23A 1C6NA 1BB6A 4ETEA 1L50A 3WW6A 246LA 3CDOA 4W52A 125LA 2YVBA 3EO5A 3HDFA 2DQHY 3N9EA 2C8PA 1L84A 3HTFA 3W6AA 3CQLA 1D9WA 1FLWA 1CUPA 1LMAA 3OE6A 1LYDA 4GCFA 1XGPC 3TXEA 1DYFA 2NTGA 1QUOA 154LA 3RZEA 1LYYA 4HV2A 2Q9EA 3FI7A 110LA 2DQCY 1CJ7A 3OE0A 1HMKA 1WQPA 3HU8A 1FLYA 4ETCA 3SB8A 3A6BY 4LFXA 207LA 1B2KA 4ET9A 5KXPA 1JKBA 2RB2X 1OP9B 1L73A 4J1AA 161LA 1VFBC 5LYMA 1GE0A 5A3EA 2MECA 3OK0A 137LA 1C6AA 4N5RA 3WUMA 4B4IA 4EMNA 1B5XA 3HUAA 4O34A 1L36A 4EKQA 1I6SA 4GN3A 1LJ3A 150LA 2DQGY 2HU3A 1B5YA 4G4HA 2WARA 1QS9A 2B6TA 5KXKA 1G7JC 2XJWA 1CNSA 3HH5A 1L90A 4BAFA 257LA 1L48A 4KL7A 1VDQA 1UACY 2YBNA 4YF2A 2BPUA 1C65A 1P56A 3T36A 1L51A 2LYOA 4HV1A 2LZTA 3F6ZA 3HTGA 1QUTA 5K7OA 3TXKA 1C6FA 2BQEA 1OUEA 3B72A 2QB0B 3PDSA 2BQDA 3HUKA 1JTMA 1UBZA 1LMQA 2OEAX 2HULA 1QQYA 1GB5A 2RAYX 1J1PY 1I1ZA 2O4WA 4ZEEA 1BQLY 2XQOA 7LYZA 4GCCA 3WU7A 1GB6A 4QEQA 1GHLA 2RBSA 2BQMA 1G7MC 1T8GA 1L08A 1LJJA 1QT8A 1DPXA 1GF8A 1SX7A 3WMKA 4S0WA 4L41A 3EMLA 104LA 1QIOA 1D3MA 4EKRA 2D4KA 4H8ZA 1YKXX 2C8OA 2MEDA 210LA 4QDNA 1DYBA 1P64A 3SB6A 1UICA 3GUKA 1B7PA 2DQEY 5IHGA 1QTHA 3RZ4A 1T8FA 3C8SA 3ZVQA 143LA 2BQJA 3WU8A 4UWUA 3J4GA 5L3HA 1L72A 190LA 1LMNA 3A93A 2VB1A 231LA 1EPYA 4EPFA 4WLTA 1L61A 1C6TA 4HTKA 3C80A 1LYJA 184LA 1L69A 1L92A 1L59A 1C6IA 3LYMA 4I7SA 1OUBA 4YENA 3E3DA 1IOCA 1QUSA 232LA 2BLYA 1UA6Y 4WM5A 1GB9A 1GF5A 4ETAA 4ZPUA 1LPIA 2MEHA 1XSFA 5LVGA 211LA 1CV4A 133LA 4RLNA 4WG7A 152LA 2QARC 1GDWA 1L17A 2OU9A 3M3UA 3W6EA 4GRVA 1L75A 2B7XA 3C7ZA 4WO9A 2Q9DA 3LYZA 4NGKA 4HJVA 2H5ZA 2D91A 3CSQA 4NGJA 5KXZA 5I4YA 1L21A 4UWNA 180LA 1CV0A 4HSFA 3CSRA 4II8A 1L03A 1KS3A 4LYTA 4WM2A 1GFAA 1SX2A 2BQCA 5LYZA 1L70A 1L56A 3A3RX 5LA5A 3BKVA 4J0LA 1UUZC 4DDBA 206LA 2BQNA 1CX6A 5F81A 1TDYA 1JPOA 4ETBA 2HUBA 1D6PA 1BVXA 5LIOA 1B5VA 4H9FA 1JJ3A 5KXMA 229LA 1C6EA 2YSSC 1L55A 1GFHA 2RBPA 4J1BA 2DQJY 3RNXA 2YBMA 3W6DA 1CKGA 4IATA 1CKDA 3DKEX 132LA 1GBXA 3DMVA 178LA 1OUAA 1JTTL 5LVHA 1GE1A 1LHKA 5LVJA 1P7SA 167LA 5KXYA 262LA 2YBLA 4TTDA 1L65A 1NBYC 1LSBA 1AZFA 247LA 1LSGA 5IELA 1WQOA 4ZIXA 1N4FA 5FEKA 4NSJA 1LAAA 3SBBC 1OUJA 1DQJC 4NGYA 5KXOA 226LA 1L54A 4XADA 1L95A 1LYZA 1ALCA 1YL0X 1I20A 4ARMA 1B6IA 1OVKA 1QTVA 2LZMA 1LOZA 1C66A 3G3WA 5HNLA 1RE2A 1QSBA 3W6FA 219LA 4NWEA 1CU6A 1TEWA 2Z2FA 1L58A 223LA 1L81A 1JISA 2MEEA 3A8ZA 2OE4X 4LYCA 4H8XA 3FADA 4ANRA 3FE0A 2F47A 4E3UA 3WU9A 5LAFA 1FBIX 3MGWA 1L45A 1L86A 1HF4A 1LJHA 208LA 4ML7A 1L57A 4PPOA 122LA 1G0KA 1LMOA 260LA 156LA 3HBHA 1FN5A 1L96A 4GCDA 3GXRA 1CU3A 2YBIA 1FKVA 1GBWA 3VWOA 1L83A 2Z12A 4B0DA 4W51A 3D3DA 236LA 3UONA 1GB3A 1QS5A 4TWSA 5KXTA 3B0KA 4C5FA 1LYSA 5KY1A 1OWYA 2O7AA 4W96A 3WPLA 1GEVA 2PC2A 3RT5X 195LA 5C6IA 3WL2A 1L14A 1RI8B 2DQFC 4I8SA 4DYGA 1QTEA 1P5CA 3LZTA 2B6YA 1JSEA 1QDRA 1LKRA 2ANXA 1BWHA 1C6DA 1UIEA 1GAYA 172LA 1LJEA 1IWWA 3C83A 2LHMA 1LWGA 3A94A 4I7KA 3SB9A 2FYCA 1D9UA 1L97A 1LSAA 4C3WA 1DI4A 2HUMA 1HC0A 4BADA 4YEOA 3P68A 111LA 3QE8A 1O23A 4OWBA 1GB8A 2GV0A 1GBZA 5KXNA 1LI2A 2Z37A 1C43A 1YKYX 3LZMA 1P3NA 4WM3A 1HERA 1YROA 4WLDA 4I7OA 3TMVA 2B5ZA 1GBOA 1NWGA 1D3FA 2Z38A 3C82A 5J7CA 1KY1A 1LWKA 1L0KA 2EPEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L23 A;  1C6N A;  1BB6 A;  4ETE A;  1L50 A;  3WW6 A;  246L A;  3CDO A;  4W52 A;  125L A;  2YVB A;  3EO5 A;  3HDF A;  2DQH Y;  3N9E A;  2C8P A;  1L84 A;  3HTF A;  3W6A A;  3CQL A;  1D9W A;  1FLW A;  1CUP A;  1LMA A;  3OE6 A;  1LYD A;  4GCF A;  1XGP C;  3TXE A;  1DYF A;  2NTG A;  1QUO A;  154L A;  3RZE A;  1LYY A;  4HV2 A;  2Q9E A;  3FI7 A;  110L A;  2DQC Y;  1CJ7 A;  3OE0 A;  1HMK A;  1WQP A;  3HU8 A;  1FLY A;  4ETC A;  3SB8 A;  3A6B Y;  4LFX A;  207L A;  1B2K A;  4ET9 A;  5KXP A;  1JKB A;  2RB2 X;  1OP9 B;  1L73 A;  4J1A A;  161L A;  1VFB C;  5LYM A;  1GE0 A;  5A3E A;  2MEC A;  3OK0 A;  137L A;  1C6A A;  4N5R A;  3WUM A;  4B4I A;  4EMN A;  1B5X A;  3HUA A;  4O34 A;  1L36 A;  4EKQ A;  1I6S A;  4GN3 A;  1LJ3 A;  150L A;  2DQG Y;  2HU3 A;  1B5Y A;  4G4H A;  2WAR A;  1QS9 A;  2B6T A;  5KXK A;  1G7J C;  2XJW A;  1CNS A;  3HH5 A;  1L90 A;  4BAF A;  257L A;  1L48 A;  4KL7 A;  1VDQ A;  1UAC Y;  2YBN A;  4YF2 A;  2BPU A;  1C65 A;  1P56 A;  3T36 A;  1L51 A;  2LYO A;  4HV1 A;  2LZT A;  3F6Z A;  3HTG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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