104LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSAAELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 104lA00
1G0JA 166LA 1L74A 3FA0A 3RZEA 2QB0B 1ZURA 138LA 1D3NA 3HUKA 3SB9A 1L98A 1CU6A 2RBPA 3HDEA 2F2QA 139LA 1CX7A 1DYDA 1L26A 1OV7A 1L01A 1XJTA 1OVKA 2OE7X 4W51A 4K5YA 1L43A 1C6PA 3L64A 1P7SA 3OE9A 3PDSA 1OV5A 1QTBA 227LA 2QARC 1L27A 4W55A 3FI5A 1LYFA 1L57A 253LA 1QS9A 1L03A 246LA 115LA 235LA 1CTWA 1P3NA 1L87A 3GUOA 3C82A 1P6YA 2OU0X 1ZWNA 1L76A 3SN6R 247LA 4LZMA 1D2WA 1LI6A 3HTBA 1QTHA 3G3XA 249LA 1JQUA 250LA 2RB1X 4DKLA 1L14A 1L72A 1D9WA 199LA 3GUJA 221LA 4GBRB 176LA 4EKPA 3CDRA 212LA 1PQOA 1D2YA 4I7QA 237LA 2RB2X 1P2RA 169LA 196LA 1SSWA 2B6XA 244LA 3HU8A 1L23A 1OVJA 3HH3A 4AQNA 1LYJA 1KNIA 209LA 4W52A 3UONA 2OU8A 1L47A 1L70A 3G3VA 4I7KA 3HTFA 1L88A 4YXAC 1T8AA 2F47A 1C6HA 3OE6A 1L80A 1CUPA 102LA 126LA 1L33A 1DYFA 4I7OA 128LA 1LYHA 243LA 1L86A 1C6LA 2B75A 2B73A 157LA 4W59A 4IAPA 239LA 4W54A 1L06A 164LA 1CV1A 1L21A 229LA 3HH5A 1L07A 2ANXA 3DN0A 1L45A 1NHBA 4OO9A 1CX6A 3L2XA 1L16A 1LYGA 1OYUA 187LA 178LA 1G0KA 1L04A 2RBSA 4S0WA 1L63A 1L68A 1QT5A 1G1VA 1CU3A 1L56A 210LA 3SB5A 1G0QA 214LA 4EJ4A 1TLAA 1L40A 1LI2A 1C6BA 245LA 1C67A 1G0MA 258LA 2LZMA 3DMZA 145LA 3EMLA 1LGUA 125LA 181LA 1QUDA 113LA 4ARQA 1L51A 1LGWA 256LA 1C61A 4YXCA 1C6NA 1L38A 2RAYX 141LA 1D3JA 1L50A 189LA 152LA 3C83A 1QT7A 1C65A 1K28A 1L37A 238LA 1D3FA 3V2WA 3GUPA 2A4TA 1L91A 4ARLA 3LZMA 3CDTA 230LA 114LA 4I7JA 1D3MA 4I7SA 1XJUA 1L82A 122LA 1L0KA 4I7TA 1L29A 1L32A 3G3WA 1C6EA 2HUKA 1L83A 1L30A 144LA 216LA 4DAJA 2O4WA 4W57A 103LA 1L95A 248LA 1B6IA 1L34A 1T8FA 3HUAA 1PQMA 1L19A 1SX2A 1C64A 7LZMA 198LA 1ZYTA 4I7MA 4W58A 4ARQB 174LA 1L52A 1L39A 165LA 206LA 3C8SA 3SBAA 200LA 1P2LA 1PQDA 4I7PA 109LA 1L99A 4ARMB 3PBLA 201LA 224LA 1L10A 4ARJA 241LA 177LA 4EPIA 1PQKA 1KS3A 1WTHA 4YX7C 130LA 127LA 146LA 2NTHA 3D4SA 1CV0A 1L13A 1L75A 1L48A 183LA 2B72A 1L00A 3V2YA 1C6AA 2OEAX 186LA 3HTDA 1L79A 218LA 1C6KA 1QTDA 3RUNA 172LA 104LA 220LA 6LZMA 1QT6A 2Z6BA 3ODUA 1L08A 2LC9A 260LA 1C6JA 4GRVA 3HH4A 1EPYA 2F32A 2L78A 1L67A 205LA 4DJHA 1L54A 2RAZX 1CU5A 151LA 131LA 1I6SA 3OE0A 240LA 188LA 254LA 1L22A 4LDEA 2ANVA 1L59A 1C63A 3HDFA 4W53A 3SBBC 1QT3A 1T8GA 1LWKA 1L71A 3DN2A 1L09A 252LA 3F9LA 197LA 4EKQA 119LA 1T97A 1L65A 1C6TA 1L17A 140LA 226LA 1L49A 1L60A 142LA 1L94A 3DKEX 137LA 3F8VA 1L85A 3GUKA 1QS5A 1SX7A 5LZMA 111LA 4I7NA 3QAKA 1P64A 1G1WA 1CVKA 1L84A 1L24A 242LA 3GUNA 2NTGA 173LA 1L77A 2OTZX 184LA 1L97A 1LYDA 1LYIA 1C6IA 1CUQA 2B6YA 1G0GA 1LI3A 3GUMA 1L36A 3DN1A 1L92A 1L05A 4I7RA 185LA 3DN3A 1C6MA 1C60A 1PQIA 1QUHA 4PJZA 1CU2A 1G0LA 1L35A 1XEPA 107LA 4LDLA 4EKRA 223LA 1L90A 190LA 2CUUA 1P36A 1P37A 1L61A 1QUOA 1L41A 2Q9DA 1L62A 1C6CA 3C8QA 3VW7A 1CV6A 236LA 163LA 2OE9X 1OWZA 3C81A 159LA 1SSYA 231LA 120LA 158LA 3HTGA 1T6HA 1L42A 1L53A 3C7WA 2B7XA 1L25A 2RBQA 262LA 1QT4A 1P5CA 1DYGA 3HT7A 1G0PA 3NY8A 3CDOA 3DN4A 251LA 1L46A 2OTYX 3SB6A 1C6FA 3SB7A 2OU9A 1L93A 3CDVA 1L58A 1QTVA 4LDOA 171LA 3DNAA 2RB0X 1QUGA 1OVHA 1QSBA 3CDQA 4I7LA 3HT8A 148LE 1DYAA 143LA 1L96A 259LA 192LA 1LWGA 234LA 1QT8A 4EKSA 2B6ZA 228LA 3C80A 1L66A 5I14A 170LA 1LPYA 257LA 155LA 1L0JA 1CV5A 3HH6A 3HT9A 2LCBA 1C6GA 1L55A 1JTMA 1L11A 118LA 1CU0A 3DMVA 1KY0A 2O7AA 2B6WA 222LA 3NYAA 1QTCA 233LA 2B6TA 108LA 3HT6A 1KY1A 3OE8A 4ZPUA 211LA 162LA 1CV4A 1G06A 213LA 1LYEA 1LGXA 3GULA 261LA 1L20A 225LA 4E97A 2HUMA 3JR6A 1CV3A 150LA 3DMXA 1C68A 2RH1A 191LA 1L73A 2HULA 3C7ZA 1L69A 175LA 156LA 1LW9A 2B74A 1P56A 2RBOA 1DYEA 3C7YA 3C8RA 160LA 1L64A 1L81A 1QTZA 1KW7A 4ARPA 4W56A 2IGCA 167LA 1G07A 182LA 168LA 112LA 1L31A 1L12A 1L02A 1P46A 123LA 2RBRA 3K2RA 3SB8A 1SWZA 1KW5A 1L28A 4EXMA 3DN6A 110LA 195LA 232LA 1JTNA 3FADA 147LA 1QSQA 1DYCA 2OE4X 255LA 219LA 1C66A 1C6QA 215LA 3NY9A 1PQJA 3HWLA 2B70A 3HUQA 1L44A 3GUIA 180LA 3DN8A 1DYBA 129LA 161LA 1SWYA 1L15A 4PK0A 1C69A 2RBNA 1C62A 1L89A 2O79A 1L18A 4ARMA 1LLHA 3HU9A 1C6DA 217LA 2Q9EA 1OWYA 4EPFA 149LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H90A 1EQEA 3HUKA 1CU6A 2YBHA 1E8LA 2LZTA 2RBPA 3AGHA 3FI5A 4HV1A 3WPKA 4WG7A 115LA 2DKVA 5LVKA 1UIGA 4MSTA 1LHLA 4LZMA 3HTBA 4NSIA 2BQAA 4EMNA 2RB1X 3B6LA 4HP0A 3P4ZA 5FELA 1WQQA 1UC0A 2DQGY 4NSHA 1NKHA 1AKIA 1WQNA 3T6UA 4TSCA 3HU8A 1L23A 4AQNA 2C8PA 153LA 1HEOA 2D91A 209LA 4W52A 4WL6A 5F9XA 1L47A 4I7KA 1L88A 4BAPA 1LJ3A 1GHLA 4GLVA 3FE0A 1QDRA 3QE8A 1GE1A 4N1EI 1L86A 1VDSA 2CJLA 2MEFA 1JHLA 4DDAA 1MELL 5AMYA 1LYOA 5FSTA 4H1PA 1L06A 3TXFA 5JENB 3GXRA 3W3EA 1GFUA 1L07A 3TXBA 4OO9A 1GDWA 5M1YA 4HSFA 3L2XA 1HERA 178LA 132LA 4S0WA 1QT5A 1CU3A 210LA 3SB5A 214LA 1L40A 1UIBA 3RU5A 2LZMA 4J1BA 4H8ZA 2B5ZA 1CKFA 1C61A 1C6NA 4PJ2C 1BWJA 189LA 152LA 1QT7A 5LVGA 4PGJB 3V2WA 4DT3A 4ARLA 4G9SA 1BGIA 4R0FA 2HEDA 4I7JA 2MEGA 3WMKA 1L82A 122LA 1IP1A 1REMA 1GFEA 3AB6A 5APCA 3QY4A 4XJBA 1L34A 3D3DA 2LYMA 1LZEA 2ZWBA 4WG1A 1L19A 3LZ2A 1OUAA 4NHTA 1LZAA 1TAYA 2X0AA 1XEIA 1JTPL 4GLAA 200LA 3LYOA 4I7PA 109LA 1IC5Y 3PBLA 4EPIA 1KS3A 1WTHA 3T36A 1IR7A 2F4GA 3D4SA 1CV0A 1L00A 4J0LA 4RLMA 1LZNA 3HTDA 1L79A 1C6KA 4MCKA 5II3A 5KXLA 5LXWA 1IR9A 3TXHA 5I4YA 4CFOA 2LC9A 3HH4A 1I1ZA 1L67A 205LA 1LKRA 1CU5A 151LA 131LA 1CNSA 1UCOA 1FLUA 5KXXA 5LAGA 254LA 1NBYC 1L59A 3HDFA 4W53A 3A96A 1GE4A 1L71A 2H5ZA 1IP6A 3DN2A 4DD3A 4HV2A 2FYDA 1XEKA 3CQLA 119LA 1QTKA 4GCDA 1LZ1A 1CKCA 2C8OA 1UBZA 1L94A 4WO9A 1AT6A 5ILFA 1HEPA 1JIYA 2A7FA 1UIDA 1YL1X 1P64A 2NTGA 1B7NA 184LA 2BQBA 1L97A 1LYIA 1C6IA 1G7LC 1GBWA 2FBBA 3DN1A 1L92A 3DN3A 1C60A 1PQIA 3P68A 1CU2A 1GF4A 3ATNA 2XTHA 1L61A 2Q9DA 4XJGA 3A3RX 5DLAA 1CJ6A 1WVUA 2MEHA 5KXTA 3C81A 4ETDA 1SSYA 158LA 2H9JA 1T6HA 5APDA 1OUEA 3LN2A 4QEQA 2I25L 1YKXX 1KXWA 3NY8A 3DN4A 251LA 4WLDA 1HELA 2Z37A 1D0KA 2OU9A 4Z41A 1DPWA 1QTVA 3TXGA 1LJNA 1IWVA 4LDOA 1LJIA 4HTNA 1WTMA 1IORA 6LYZA 1L96A 3WU8A 234LA 1QTEA 4WM6A 3ZVQB 3C80A 1L66A 4DD2A 1G7HC 1HMLA 1CV5A 1LSFA 1JISA 3HT9A 1GXV2 3ATOA 4Z98A 2ZQ3A 3CSZA 1KY0A 2B6WA 222LA 1LZDA 1XSFA 3B0OA 3HT6A 4TTDA 4TX7A 1JUGA 3M3UA 1QUTA 1JTTL 1XGPC 4NFVA 7LYZA 5B05A 213LA 1LGXA 1AZFA 1GFKA 3P65A 1LHMA 261LA 225LA 2HUMA 1CV3A 1GE2A 1LZGA 2MECA 2B74A 4NY5A 3N9CA 1DYEA 1LAAA 3C7YA 1L64A 1L81A 4ARPA 1KW7A 3TMUA 168LA 2FYCA 1L31A 2MEIA 1L12A 1BVXA 4I0CA 1OQMA 4RW1A 1GF6A 4J7VA 1SWZA 4NHSA 1KW5A 1LSYA 2BPUA 2BQOA 5DN5A 4Z46A 3IJVA 1GB2A 2OE4X 2BQMA 219LA 1C66A 3NY9A 215LA 3IJUA 1PQJA 5LAFA 3HUQA 5L9JA 1H87A 5KKJA 1DYBA 4LT1A 1C69A 2RBNA 1L89A 4ARMA 3CB7A 1GDXA 2XQOA 4NSGA 1OWYA 2XJWA 2DQCY 3EBAB 2IFFY 2QB0B 1LJJA 2F2QA 139LA 1FDLY 1L26A 1L01A 1XJTA 1OVKA 2OE7X 3PDSA 1P7SA 1NDGC 1OV5A 1L27A 1GBXA 2BLYA 1LYFA 1GF0A 1L57A 1LHKA 1YAPA 2DQAA 3F6ZA 4DQJA 4DYGA 1QS9A 1L03A 1IOTA 4NGJA 1CTWA 1GB3A 4H9AA 1P6YA 2OU0X 1L76A 1LSCA 5KXSA 2BQJA 250LA 1YL0X 207LA 3OK0A 1DI5A 4YEOA 1L72A 199LA 3GUJA 4DDCA 4LFXA 176LA 1B9OA 3CDRA 212LA 4NGVA 4I7QA 5IELA 3WVXA 237LA 2RB2X 1JJ0A 169LA 5HNCA 1SSWA 3HH3A 2DQEY 1JJ3A 3HBDA 2W1MA 2OU8A 1NBZC 4QY9A 4YM8A 2F47A 1JKBA 3A91A 5HMJA 4TWSA 9LYZA 1BVKC 1ZVHL 126LA 1L33A 1LYHA 2YVBA 2B73A 1GFHA 4X3BA 1HNLA 3WW6A 1CV1A 1L21A 1JJ1A 2BQIA 4I8SA 1VAUA 3LYMA 1GB6A 1LZSA 2CDSA 1GB7A 2XBSA 1KIRC 1L45A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H90 A;  1EQE A;  3HUK A;  1CU6 A;  2YBH A;  1E8L A;  2LZT A;  2RBP A;  3AGH A;  3FI5 A;  4HV1 A;  3WPK A;  4WG7 A;  115L A;  2DKV A;  5LVK A;  1UIG A;  4MST A;  1LHL A;  4LZM A;  3HTB A;  4NSI A;  2BQA A;  4EMN A;  2RB1 X;  3B6L A;  4HP0 A;  3P4Z A;  5FEL A;  1WQQ A;  1UC0 A;  2DQG Y;  4NSH A;  1NKH A;  1AKI A;  1WQN A;  3T6U A;  4TSC A;  3HU8 A;  1L23 A;  4AQN A;  2C8P A;  153L A;  1HEO A;  2D91 A;  209L A;  4W52 A;  4WL6 A;  5F9X A;  1L47 A;  4I7K A;  1L88 A;  4BAP A;  1LJ3 A;  1GHL A;  4GLV A;  3FE0 A;  1QDR A;  3QE8 A;  1GE1 A;  4N1E I;  1L86 A;  1VDS A;  2CJL A;  2MEF A;  1JHL A;  4DDA A;  1MEL L;  5AMY A;  1LYO A;  5FST A;  4H1P A;  1L06 A;  3TXF A;  5JEN B;  3GXR A;  3W3E A;  1GFU A;  1L07 A;  3TXB A;  4OO9 A;  1GDW A;  5M1Y A;  4HSF A;  3L2X A;  1HER A;  178L A;  132L A;  4S0W A;  1QT5 A;  1CU3 A;  210L A;  3SB5 A;  214L A;  1L40 A;  1UIB A;  3RU5 A;  2LZM A;  4J1B A;  4H8Z A;  2B5Z A;  1CKF A;  1C61 A;  1C6N A;  4PJ2 C;  1BWJ A;  189L A;  152L A;  1QT7 A;  5LVG A;  4PGJ B;  3V2W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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