108LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKIELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 108lA00
2RB1X 1K28A 3DN0A 3HT8A 3QAKA 251LA 1L94A 3G3XA 228LA 1ZYTA 1L08A 4W52A 210LA 196LA 3HH5A 191LA 229LA 143LA 1P6YA 3SB8A 3GUOA 3SN6R 1LI6A 1KY0A 1L33A 246LA 3GUKA 219LA 1T97A 1ZURA 1P36A 1C67A 1L51A 1XJUA 129LA 1QTBA 2HUMA 4DKLA 170LA 2B75A 1QUOA 1L90A 1QTZA 1LYFA 3CDQA 1CV5A 178LA 4ARMB 2RB2X 261LA 4ARJA 1L29A 2RBQA 1CUPA 111LA 3OE6A 1G0QA 252LA 1L49A 1G0LA 1C6BA 3FADA 1JTNA 104LA 3HUAA 1C6PA 1C65A 227LA 1L53A 1G07A 1KW5A 1L09A 1KS3A 4W59A 2RH1A 1KY1A 3F8VA 3F9LA 3C8RA 4LDOA 1OWZA 248LA 253LA 1C6CA 1L71A 1L26A 257LA 1L92A 3FI5A 4EPFA 206LA 3HT6A 1SX2A 2OU8A 198LA 185LA 146LA 1L85A 2B6TA 3HH6A 1L40A 1SSYA 2Z6BA 5I14A 3C82A 1L42A 4I7KA 3RZEA 142LA 2RAYX 1PQDA 3CDRA 1L65A 141LA 1OYUA 258LA 1DYAA 1C66A 1L57A 3CDVA 211LA 1L0KA 1P46A 107LA 3CDOA 4I7MA 1C60A 1L47A 3GUMA 1L17A 1L01A 2OE9X 216LA 1NHBA 1DYCA 2NTHA 187LA 3SB9A 1SSWA 1B6IA 242LA 1QT6A 182LA 1D3JA 1L58A 1L81A 249LA 1C6FA 147LA 4I7JA 1QUGA 3NY8A 3HDEA 1L93A 4I7PA 1L61A 3HU8A 192LA 172LA 188LA 1DYBA 1C6MA 2B72A 1C64A 123LA 4ARLA 3DN6A 4OO9A 3DMXA 1TLAA 3V2WA 3SB5A 122LA 2F47A 4K5YA 4S0WA 195LA 126LA 1CU0A 1LYIA 2L78A 3C80A 1OVKA 1QS9A 7LZMA 183LA 1L60A 230LA 3SB6A 4AQNA 1D2YA 1L87A 1SWZA 137LA 3GUNA 2ANVA 1L28A 113LA 3HT7A 4EKRA 2B6XA 4LZMA 224LA 1C6DA 1LGXA 1L98A 1C63A 1LWKA 1P5CA 1C69A 2OE7X 1P37A 1L95A 1QT7A 1L31A 4LDEA 2Q9DA 1L0JA 4I7NA 3RUNA 1L62A 4E97A 2B6YA 220LA 238LA 1L18A 1DYEA 1L59A 1D9WA 1L41A 2HULA 157LA 4EJ4A 240LA 205LA 3EMLA 3HTFA 4DJHA 1L54A 1L48A 225LA 1CV0A 1PQMA 4DAJA 1CX7A 1T8GA 1L75A 2B6WA 3C7YA 1L39A 201LA 2HUKA 175LA 4LDLA 199LA 1D3MA 200LA 2OEAX 108LA 3GULA 3L2XA 173LA 223LA 4GBRB 4ARMA 118LA 1L83A 110LA 234LA 1DYFA 2O4WA 3HUQA 3G3WA 1L04A 256LA 3G3VA 1C61A 102LA 255LA 1C68A 3UONA 1QTVA 2B7XA 2B74A 3HTDA 1L36A 4I7SA 186LA 1G1WA 1L43A 3HH3A 1XEPA 4W51A 3LZMA 1QUHA 3DN2A 3HWLA 114LA 1L84A 180LA 181LA 1L77A 1LWGA 4IAPA 1L63A 4EKSA 1T8AA 3D4SA 1L68A 2F32A 1PQKA 221LA 3SBAA 128LA 1PQIA 2NTGA 1C6KA 4GRVA 3PDSA 1L16A 177LA 239LA 3DN1A 1C6LA 1L67A 1OV5A 4W57A 1I6SA 2RBSA 168LA 259LA 1L66A 1L79A 4EXMA 1CU5A 1KW7A 1L80A 1QTHA 169LA 3DN3A 2A4TA 125LA 260LA 1L20A 1L19A 140LA 3HTGA 4W58A 1ZWNA 197LA 2IGCA 226LA 1CU3A 2B73A 1D3FA 1L14A 1CU6A 4W54A 1XJTA 1L35A 1QUDA 2O7AA 1QTDA 2RBRA 4ARQB 3NYAA 1QT3A 1PQOA 1P56A 1L44A 103LA 1L13A 1D2WA 2Q9EA 1LYGA 1EPYA 162LA 158LA 3K2RA 1L86A 262LA 127LA 2F2QA 1LGWA 3HT9A 3NY9A 254LA 1T8FA 1L06A 4I7QA 4PK0A 190LA 1L50A 3C7WA 235LA 1LYHA 3HDFA 3HH4A 1L99A 3DMZA 2RBOA 3DN4A 4YXCA 1L03A 148LE 3GUPA 3C7ZA 1OVHA 1LI3A 152LA 1L23A 1SX7A 222LA 1L69A 1L15A 3OE9A 1C6QA 149LA 1L07A 1L45A 1L89A 2RBNA 209LA 4ZPUA 166LA 2QARC 155LA 232LA 4I7RA 2QB0B 1C6HA 4EKQA 3GUIA 1L55A 2OU0X 3C81A 171LA 112LA 1LI2A 3CDTA 3FA0A 1QSBA 4W55A 1CV3A 1L11A 1L73A 1L56A 1CX6A 2RBPA 1L25A 1CU2A 1L64A 1CUQA 1L22A 4YXAC 1C62A 1L24A 138LA 1SWYA 1T6HA 2RAZX 1C6JA 3L64A 1LLHA 1P2LA 2B6ZA 184LA 3V2YA 1G0JA 215LA 1LYEA 165LA 1P7SA 236LA 1KNIA 1C6IA 231LA 237LA 139LA 1C6NA 1L88A 2OU9A 233LA 3ODUA 1G06A 250LA 1CVKA 1QS5A 1L96A 144LA 3SBBC 1C6GA 6LZMA 3HU9A 1L76A 1L05A 161LA 4PJZA 4I7LA 1L37A 1LYJA 2B70A 2LZMA 189LA 247LA 3JR6A 4EKPA 120LA 3C8QA 163LA 1QT5A 2CUUA 1L10A 151LA 1L91A 2OTYX 245LA 2OE4X 1LPYA 1JTMA 1QSQA 3DKEX 5LZMA 164LA 115LA 1G0GA 4YX7C 1QT4A 1L72A 3GUJA 156LA 1L12A 1P3NA 1L00A 244LA 2OTZX 1OWYA 3C83A 3OE8A 1P2RA 1JQUA 1PQJA 4ARPA 1C6AA 218LA 4I7OA 145LA 160LA 1C6EA 1C6TA 2RB0X 2O79A 1LW9A 3DN8A 1DYDA 1L30A 1G1VA 1L32A 3OE0A 241LA 1L27A 1P64A 176LA 2ANXA 4I7TA 217LA 4EPIA 1LGUA 1LYDA 1L82A 3DMVA 1D3NA 1L46A 1L34A 1OVJA 1CV4A 1L52A 167LA 1G0MA 3HUKA 3SB7A 3C8SA 3VW7A 243LA 1L21A 214LA 1QTCA 1L70A 1L02A 1G0PA 150LA 2LC9A 1CTWA 174LA 109LA 3DNAA 130LA 4ARQA 3PBLA 1QT8A 1DYGA 1G0KA 2LCBA 1CV6A 4W56A 1L38A 159LA 3HTBA 1L97A 1CV1A 213LA 119LA 131LA 1L74A 1OV7A 212LA 4W53A 1WTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GCCA 5FEKA 1K28A 1DPXA 2BQLA 3TXKA 1L94A 1YAOA 228LA 3LYMA 1C7PA 4ET8A 1OUEA 1L08A 4W52A 210LA 3HH5A 3LZ2A 191LA 143LA 4NHSA 246LA 1L33A 1VDTA 1P36A 1JJ1A 5E4PA 4C5FA 1L51A 1IR9A 1B7QA 3A3RX 170LA 5FELA 2Z12A 4PRUA 1BWJA 3CDQA 1LJHA 3BKVA 1VATA 3LYZA 3AW7A 4MSTA 4ARMB 1UCOA 2RBQA 2YBJA 1IP1A 2MEFA 1WVUA 1G0QA 4AGAA 3P64A 5C6LA 2CWIA 3FADA 1QSWA 3A96A 4WMGA 4TX7A 3IJVA 3A91A 4HTNA 1YAMA 5KY1A 3LYTA 1UBZA 4DD7A 4ET9A 3WUNA 5LAFA 1LSAA 2BLYA 3WPJA 2RH1A 3BKHA 1LYZA 4DT3A 1LZDA 1LMQA 4WG7A 4N1CC 5I4XA 1TDYA 4EPFA 5LVHA 1D0KA 4BS7A 1IWXA 2BPUA 3W6FA 4GCEA 2CJLA 4I7KA 1YKZX 4DD3A 3CDRA 3WMKA 3ZVQA 4ETCA 4RDSA 2HEDA 1FBIX 2YVBA 1VDPA 1OYUA 1HNLA 2DKVA 4I0CA 5LXWA 1GBOA 4H9FA 3GUMA 1L17A 2OE9X 3RW8A 1NHBA 1CJ7A 1DYCA 1G7MC 4J1AA 1YROA 182LA 1WQNA 1C6FA 1QUGA 2G4PA 4I7PA 1LSPA 4H8ZA 5B1FA 1QUTA 4ARLA 4NGIA 1NDMC 3WXTA 4K5YA 195LA 1BQLY 1QQYA 1CU0A 4X3BA 2DQIY 230LA 3W3EA 1L87A 137LA 3GUNA 4GN5C 2YBLA 4YEMA 2B6XA 3ZEKA 1C69A 4MR1A 4WM1A 1GE2A 1P37A 1QT7A 3AYQA 2Z37A 2B6YA 220LA 1WQRA 1WQMA 238LA 1TAYA 1DYEA 1D9WA 2HULA 4EJ4A 3HTFA 4YOPA 4LT1A 4EOFA 1AKIA 5APDA 3HBEX 5KXTA 1CX7A 4M4OA 2B6WA 3C7YA 1XGUC 1G7HC 3TXEA 1GB6A 1D3MA 2OEAX 108LA 3GULA 4PGJB 4XADA 173LA 1ZV5L 1YIKA 4H90A 1HEMA 110LA 3HUQA 2ZIKA 1IR7A 1LJIA 2WARA 4DDAA 1QTVA 4LZTA 1JJ3A 3AZ5A 3HH3A 4WM2A 2EIZC 1GHLA 4W51A 2Z19A 4IAPA 1L63A 4GN3A 1GF4A 3A8ZA 4GRVA 3DN1A 2I26L 1UIFA 1WTNA 4DD9A 4W57A 1GBSA 1YQVY 1GXV2 2ZWBA 4EXMA 1L79A 1GB2A 1NBYC 1L80A 1JKBA 2BAAA 2XQOA 125LA 1L20A 1GB9A 140LA 3RNXA 3AW6A 4W58A 1IP5A 4HJVA 208LA 4IATA 4HJZA 1LSEA 1CU6A 1XJTA 2F4AA 1D9UA 4ARQB 3NYAA 4UWVA 4ETBA 3TMVA 3HFMY 1D2WA 1LYGA 1CKGA 4IJ4A 262LA 127LA 1AT6A 1IP3A 1LGWA 5A3ZA 3NY9A 1HSWA 1IO5A 3AZ7A 5LA5A 1HENA 1LPIA 1LSYA 3HDFA 2HEBA 1QIOA 3WU7A 3N9AA 1OVHA 1JKAA 1L15A 1L69A 4ZIXA 1XFPL 2QARC 155LA 1B7OA 232LA 4PHIA 5LIOA 2QB0B 1C6HA 4EKQA 3C81A 1JHLA 1LHMA 5I4WA 5I5QA 1QSBA 1FDLY 1L11A 4KT3A 4J1BA 3WUAA 1XGPC 1OUCA 2RAZX 4R0FA 5D5FA 1C6JA 1P2LA 1WQQA 1G0JA 215LA 1LYEA 1OUBA 4DDBA 3WXUA 1KNIA 3TXJA 3ODUA 2YBHA 139LA 1L88A 2H9KA 6LYZA 6LZMA 1L76A 1L05A 4PJZA 4I7LA 4Z46A 1LZYA 4EKPA 120LA 2D4KA 2CUUA 1L10A 5F9UA 2NWDX 3EMSA 1LHJA 3A95A 164LA 1T6VL 1XGRC 4Z98A 1FLUA 1T3PA 1P3NA 1JQUA 1C6AA 4WM5A 4WM3A 1LZ9A 4I8SA 1DYDA 2ZYCA 4NHPA 5KXSA 2ZQ3A 1DZBX 1HMLA 1GBXA 1WQOA 2A7DA 1GFAA 5FHWA 1CV4A 1NKHA 1DKKA 1JKCA 3ATNA 3HUKA 2F2NA 1A4VA 4C3WA 3SB7A 1IWWA 3W6BA 3C8SA 2Z2FA 214LA 1B5UA 4OWAA 4XN6A 1QTCA 1DI3A 1WQPA 130LA 3PBLA 5EBHA 1CV6A 1LSDA 1GBYA 1W08A 1REMA 3HTBA 1L97A 1YL1X 3T6UA 1E8LA 1OV7A 4TUNA 3QE8A 3DN0A 3HT8A 4CHXA 1B5XA 3B72A 4L41A 1TBYA 5DN4A 229LA 4H9BA 1P6YA 1BGIA 5E9RA 3SB8A 4DC4A 3GUOA 1B2KA 1LI6A 1KY0A 1DXJA 3GUKA 4WLXA 2BQNA 1QTBA 5I4YA 5F9XA 1DI5A 1CJ9A 3B0KA 4WOAA 1QUSA 1XEJA 4ARJA 4DD2A 3IJUA 3OE6A 5KXMA 1LSZA 2FBDA 4HTQA 4KL7A 1G0LA 1C6BA 5KXXA 4NSHA 1JTNA 2LYOA 4Z3MA 104LA 4H94A 1C65A 1B5ZA 1L53A 1C45A 3AZ4A 1KW5A 4HSFA 1KY1A 3F8VA 3F9LA 3C8RA 1NHEA 4OOOA 3W6DA 4QY9A 1HEPA 2HU3A 1L71A 5C6IA 257LA 1L92A 4NGOA 3FI5A 2EPEA 4GCDA 198LA 4GCFA 1Z55A 4WLTA 1VFBC 2B6TA 3HH6A 2Z6BA 4NWEA 1J1OY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GCC A;  5FEK A;  1K28 A;  1DPX A;  2BQL A;  3TXK A;  1L94 A;  1YAO A;  228L A;  3LYM A;  1C7P A;  4ET8 A;  1OUE A;  1L08 A;  4W52 A;  210L A;  3HH5 A;  3LZ2 A;  191L A;  143L A;  4NHS A;  246L A;  1L33 A;  1VDT A;  1P36 A;  1JJ1 A;  5E4P A;  4C5F A;  1L51 A;  1IR9 A;  1B7Q A;  3A3R X;  170L A;  5FEL A;  2Z12 A;  4PRU A;  1BWJ A;  3CDQ A;  1LJH A;  3BKV A;  1VAT A;  3LYZ A;  3AW7 A;  4MST A;  4ARM B;  1UCO A;  2RBQ A;  2YBJ A;  1IP1 A;  2MEF A;  1WVU A;  1G0Q A;  4AGA A;  3P64 A;  5C6L A;  2CWI A;  3FAD A;  1QSW A;  3A96 A;  4WMG A;  4TX7 A;  3IJV A;  3A91 A;  4HTN A;  1YAM A;  5KY1 A;  3LYT A;  1UBZ A;  4DD7 A;  4ET9 A;  3WUN A;  5LAF A;  1LSA A;  2BLY A;  3WPJ A;  2RH1 A;  3BKH A;  1LYZ A;  4DT3 A;  1LZD A;  1LMQ A;  4WG7 A;  4N1C C;  5I4X A;  1TDY A;  4EPF A;  5LVH A;  1D0K A;  4BS7 A;  1IWX A;  2BPU A;  3W6F A;  4GCE A;  2CJL A;  4I7K A;  1YKZ X;  4DD3 A;  3CDR A;  3WMK A;  3ZVQ A;  4ETC A;  4RDS A;  2HED A;  1FBI X;  2YVB A;  1VDP A;  1OYU A;  1HNL A;  2DKV A;  4I0C A;  5LXW A;  1GBO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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