109LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKKELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 109lA00
1QT7A 180LA 3OE6A 157LA 258LA 1L00A 1CU0A 1P37A 3UONA 145LA 1L99A 1G06A 199LA 1QT6A 1SSWA 2O79A 3NY9A 1L73A 1L81A 1L04A 164LA 1C6GA 1OVHA 181LA 2Q9DA 3HTDA 1L85A 2OU8A 1CV5A 1L45A 1L69A 1QTBA 221LA 1L93A 177LA 1C6AA 1L57A 1L68A 259LA 1C6BA 3FADA 1L91A 1L25A 1LPYA 1CU2A 5LZMA 4ZPUA 1LGXA 4EKPA 1L47A 4EKQA 1QSBA 1CV3A 1XJUA 2OE9X 1QS9A 3OE0A 1L83A 3GUKA 1WTHA 1OWZA 1P56A 4GRVA 250LA 2HUKA 4LDLA 2RB2X 1QUOA 1KW7A 1C69A 1DYBA 169LA 1LI6A 1G0JA 1LWGA 1CV6A 1CUQA 3G3VA 1JTNA 1NHBA 252LA 1L98A 3SB5A 3HU8A 1L79A 239LA 1L40A 3F9LA 1L88A 4EPFA 2Z6BA 1OV7A 2B70A 1L66A 1DYGA 1G1VA 4I7MA 4ARLA 4W59A 3GUIA 3QAKA 1L97A 2QB0B 2IGCA 2LC9A 3C8RA 3VW7A 1C6MA 1L0KA 1G1WA 1L06A 1L33A 1L70A 1L62A 1CV4A 1CUPA 1L23A 4OO9A 4I7KA 255LA 162LA 214LA 1DYDA 240LA 1LLHA 1L82A 138LA 1L21A 3CDQA 3GUPA 1QT8A 224LA 2NTHA 3SBBC 1L54A 191LA 2B74A 2B6YA 1L56A 1OVJA 185LA 2LZMA 1LYIA 4S0WA 1G0LA 1OWYA 1CTWA 3SB6A 146LA 3HWLA 1QUDA 3PDSA 3DNAA 2B6XA 216LA 2RBRA 1L76A 1L90A 213LA 1L27A 1KW5A 1T8GA 4ARPA 1LYJA 1P2LA 6LZMA 4DJHA 3DN8A 120LA 244LA 2A4TA 1C66A 1TLAA 1G0MA 222LA 1L10A 4GBRB 3DKEX 1L16A 1L32A 1L05A 1L13A 1L26A 156LA 1B6IA 3CDOA 1C6QA 1L60A 1L53A 1P46A 1DYFA 1EPYA 1G0QA 2RBSA 125LA 3HUAA 127LA 1L18A 241LA 102LA 1L50A 3GUMA 2F32A 148LE 1L08A 1QT4A 1QSQA 3HUQA 1PQOA 1D3MA 205LA 3HH3A 1DYCA 1L0JA 4I7NA 115LA 1LI2A 1L95A 2B72A 166LA 196LA 1C62A 1C67A 1L86A 1QT3A 150LA 4LDOA 3DN3A 1CV0A 159LA 1L96A 4EXMA 3OE8A 1OVKA 251LA 4ARMA 220LA 1P36A 229LA 1L41A 1D2YA 3DMVA 1KY0A 188LA 3DMXA 123LA 1OV5A 1C6PA 2B73A 4PK0A 3GUOA 1L37A 1L20A 1L84A 155LA 3C7WA 1L07A 4W55A 1C6NA 195LA 128LA 233LA 2B6WA 2Q9EA 243LA 167LA 246LA 1D9WA 1LGUA 172LA 234LA 261LA 3D4SA 3OE9A 104LA 4PJZA 111LA 3DMZA 1L75A 1C6TA 131LA 2ANXA 1JQUA 1L58A 2OU9A 1LI3A 112LA 1L89A 2RB0X 237LA 2O7AA 3HUKA 1LYDA 1T8FA 1QS5A 1P5CA 1L15A 4I7PA 1L31A 3DN2A 178LA 3DN1A 4YXCA 218LA 225LA 1L29A 4ARQA 1L03A 5I14A 190LA 3DN6A 235LA 1CVKA 152LA 3C8SA 142LA 1KY1A 3K2RA 1L94A 3SN6R 137LA 187LA 1L39A 4W52A 158LA 1KNIA 231LA 230LA 210LA 4ARMB 2RAYX 260LA 3L2XA 3G3WA 3GUJA 2CUUA 1L61A 1CU3A 2RH1A 4LDEA 4I7RA 1L09A 1L80A 1L22A 3C7ZA 226LA 1PQMA 2RAZX 2QARC 109LA 197LA 1L55A 4I7QA 1C6LA 4YX7C 126LA 1C6IA 4LZMA 245LA 2B75A 2O4WA 1L67A 1PQDA 182LA 108LA 1L36A 1XJTA 3CDTA 1QTDA 2B6ZA 4EPIA 176LA 1L35A 1QUGA 2F2QA 2F47A 3HH6A 1L02A 3RUNA 1L12A 165LA 1LW9A 211LA 262LA 1L51A 1QT5A 236LA 4W58A 4IAPA 173LA 1C64A 1T6HA 1CU6A 1L19A 3FI5A 141LA 223LA 3HU9A 1C6CA 2NTGA 3SB9A 209LA 1PQJA 3HH5A 1QTVA 1QUHA 215LA 3C8QA 3HTGA 217LA 1L42A 2OE7X 3GUNA 149LA 2RBNA 1D3NA 238LA 1P6YA 4W56A 1C60A 114LA 1LYGA 151LA 3C7YA 7LZMA 119LA 242LA 186LA 2RB1X 3DN0A 3DN4A 4I7SA 1C6HA 3EMLA 1L52A 1CX7A 4W57A 1G0PA 1LYEA 4E97A 4DAJA 122LA 129LA 1QTZA 1JTMA 3FA0A 3HT6A 1LYHA 1SWZA 232LA 3PBLA 4W54A 1P7SA 3C81A 1OYUA 1D3FA 3RZEA 170LA 3HH4A 1CU5A 2RBOA 1L44A 160LA 3NY8A 1L77A 3CDRA 1L48A 192LA 1L01A 3G3XA 3SB8A 1L49A 1L46A 1D2WA 247LA 1SX2A 4EKSA 2L78A 174LA 3NYAA 183LA 1L71A 144LA 1ZURA 2B6TA 184LA 1P3NA 1L34A 1C68A 3HDFA 113LA 3C80A 189LA 168LA 1ZYTA 212LA 256LA 227LA 1K28A 249LA 201LA 1XEPA 228LA 3SBAA 3HT7A 2OTZX 206LA 3LZMA 4K5YA 1C61A 2HULA 1G0GA 1L92A 1C63A 3V2YA 3JR6A 1DYAA 1L59A 4W53A 1L65A 1CV1A 1C65A 248LA 4I7OA 1C6DA 1SSYA 107LA 2HUMA 3CDVA 1LGWA 1D3JA 3F8VA 143LA 1L74A 3C82A 4I7TA 1L11A 1C6FA 4I7LA 2ANVA 139LA 1L17A 1L38A 1QTHA 1L63A 161LA 2LCBA 198LA 4DKLA 2OEAX 3HT8A 1L28A 3L64A 1SX7A 4EJ4A 1P2RA 163LA 1PQKA 2B7XA 103LA 175LA 3HT9A 3SB7A 1KS3A 1L43A 3HDEA 2RBPA 4AQNA 1T8AA 1L64A 4I7JA 1L87A 1LYFA 200LA 1L14A 1L72A 3ODUA 257LA 4ARJA 118LA 4YXAC 3C83A 1ZWNA 2OTYX 1C6EA 1PQIA 3GULA 147LA 140LA 130LA 4ARQB 110LA 1T97A 2OE4X 4EKRA 219LA 1DYEA 1P64A 1C6KA 3HTFA 1QTCA 1I6SA 3HTBA 171LA 254LA 1C6JA 1LWKA 1G07A 1L24A 1L30A 3V2WA 2RBQA 1CX6A 4W51A 2OU0X 253LA 1G0KA 1SWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT7A 1J1PY 2G4PA 4N9RA 5APCA 1HEQA 5I53A 1L99A 199LA 1VAUA 3LZTA 2LZ2A 1L85A 1L93A 1H87A 1C6AA 7LYZA 1L68A 5FDJA 4H91A 3LYOA 1JJ3A 1L91A 1YKXX 3IJVA 2ZWBA 1LGXA 5FHWA 1CV3A 1HEWA 3EO5A 2BLXA 5L3IA 1YKZX 3GUKA 1WTHA 1P56A 4NGIA 4HP0A 1B2KA 1NMMA 2RB2X 1IWYA 1G0JA 2W1LA 1CUQA 3G3VA 1JEFA 1NHBA 5LA8A 4NHPA 3F9LA 1LSNA 1EQEA 4W59A 3QAKA 2QB0B 4TTDA 1WQRA 2LC9A 3C8RA 3VW7A 1L0KA 4CHXA 1L70A 4OWHA 4DD7A 1CUPA 3TXHA 3WPLA 4L41A 1L82A 2YVBA 1L21A 3N9EA 1ZVHL 3GUPA 1F10A 2DQJY 2B6YA 4MCKA 1L56A 4YOPA 1HHLA 1LYIA 1NBZC 1LHLA 3WUNA 1LJJA 1D0LA 3HWLA 3RU5A 3DNAA 2B6XA 2W1MA 213LA 3AZ5A 4AXTA 2A4TA 1L10A 1L16A 4H8YA 1L26A 1LZ9A 3CDOA 1C6QA 1L53A 4B4IA 241LA 1IY4A 1L50A 1L08A 3HUQA 1W6ZA 2NWDX 1LTMA 1DYCA 1G7JC 1IO5A 2BQLA 5LVIA 4H9CA 1KIPC 2HTXA 1C62A 1C67A 1QT3A 5J7CA 1TBYA 1IWTA 1CV0A 3FE0A 2I6ZA 1L41A 1LSZA 4CGEA 2B73A 2D4KA 3GUOA 1L37A 155LA 4OW1A 1C6NA 3TXBA 2MEDA 1G7MC 1NDMC 1LGUA 1GFTA 3D4SA 3OE9A 4XJBA 5IELA 4PJZA 111LA 4H9AA 1YL1X 2ANXA 4WO9A 1L58A 2Z38A 4H9BA 112LA 2O7AA 1P5CA 4II8A 4LT3A 1L31A 1B7QA 3DN2A 1Z55A 1UIEA 2C8PA 4B0DA 3OK0A 3N9AA 1BQLY 5KXRA 1LHJA 190LA 235LA 4NSJA 1C46A 1LSFA 152LA 3GXKA 3SP3A 1FLYA 1QTKA 4NGVA 1L39A 4B4JA 3AGHA 2ZYCA 1YL0X 1IC4Y 1D0MA 2D4JA 5IDDA 4U3XB 5KXTA 1LHMA 1GE2A 4WLTA 1GHLA 1C45A 3WYHA 2RAZX 1GBSA 5KXKA 4I7QA 1B7SA 2B75A 3ATOA 1CJ9A 1PQDA 1V7TA 1LJFA 5EBHA 3CDTA 1IIZA 4EPIA 1L35A 5F16A 2F47A 3HH6A 4RDSA 4M4OA 4OOTA 1GE3A 3B0OA 4W58A 1GF0A 5LVJA 4BAFA 1C6CA 1B9OA 4NGOA 1WVUA 1XEIA 3HTGA 3P68A 1GFKA 149LA 2RBNA 1D3NA 3A92A 2YBMA 4W56A 1C60A 1IWZA 151LA 4EMNA 186LA 3DN0A 3OJPA 3EMLA 1ZMYL 4DAJA 122LA 129LA 1QTZA 1GD6A 232LA 3PBLA 1GBZA 3C81A 3HH4A 1LHKA 1L44A 160LA 1XGRC 3NY8A 1L01A 3G3XA 3SB8A 1HSXA 3A8ZA 1AT6A 1ZVYB 1IC7Y 247LA 1YAMA 4HSFA 1PZYA 4AGAA 1ZURA 2B6TA 1FKVA 1L34A 113LA 212LA 256LA 4DQJA 249LA 2XBRA 2XTHA 4P2EA 3SBAA 3LZMA 4NHSA 1G0GA 2MEGA 4RW2A 1L59A 1CV1A 1C6DA 1SSYA 4XJHA 1GEVA 3CDVA 1CKCA 1BVXA 1L11A 2CJLA 1W08A 2ANVA 139LA 1L38A 1EQ4A 161LA 1GAZA 198LA 5LVKA 1GBYA 4G4BA 2Z19A 4OWBA 3HT9A 1LJIA 4H8XA 4TUNA 5B59A 4QY9A 5LINA 1L64A 1QTEA 5M1YA 200LA 1L14A 4FJRA 1ZWNA 2CWIA 110LA 1V7SA 4EKRA 4CJ2A 1GXV2 3HTFA 4H9FA 4ANRA 1QTCA 4OWAA 1OUHA 3HTBA 171LA 254LA 1C6JA 9LYZA 2XQOA 1FLWA 1D6QA 4HV1A 4W51A 1CX6A 4Z98A 1SWYA 3OE6A 2FBDA 4WL6A 2O79A 1LYYA 1B5ZA 1H6MA 1GBOA 1UIAA 1L04A 1JSFA 164LA 2BLYA 4PRUA 2Q9DA 2BQIA 3HTDA 1BWIA 154LA 221LA 3B6LA 4NHTA 3FADA 1B5YA 4ZPUA 3TMWA 3WVYA 3F6ZA 1L47A 5F9XA 4EKQA 4N1CC 4W96A 1L83A 3B0IA 1JHLA 1ALCA 1IWVA 1G7IC 2Y8PA 2HU3A 4KL7A 1C69A 1GAYA 1DYBA 3EMSA 169LA 134LA 1LI6A 1LWGA 3QE8A 1JTNA 5APDA 252LA 3W3EA 1B5VA 1GPQC 1L79A 4ML7A 4WM2A 1GE4A 1LSEA 1L40A 1GF7A 2B70A 2ZQ4A 4A7DA 2I26L 2IFFY 3WXTA 3TMVA 5DL9A 5I4YA 1L33A 1LMCA 1IOTA 1I20A 1L23A 1GF3A 4LYTA 214LA 1LLHA 138LA 1NKHA 3CDQA 5DN5A 224LA 5KY1A 1NF5A 1LZTA 2NTHA 3SBBC 4YF2A 4TSBA 1OVJA 3CT1A 1CTWA 1DI4A 4KPMA 2BQGA 1B7MA 4GLVA 5F14A 4LZTA 1QUDA 1GB5A 2DQDY 3PDSA 2RBRA 1XEKA 216LA 6LZMA 2C8OA 4DJHA 244LA 3T36A 3TXJA 4HV2A 1LZ1A 4YENA 1G0MA 2PC2A 4BAPA 3DKEX 1BHZA 5DN4A 4DDBA 1LMQA 1BVKC 1DYFA 1EPYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QT7 A;  1J1P Y;  2G4P A;  4N9R A;  5APC A;  1HEQ A;  5I53 A;  1L99 A;  199L A;  1VAU A;  3LZT A;  2LZ2 A;  1L85 A;  1L93 A;  1H87 A;  1C6A A;  7LYZ A;  1L68 A;  5FDJ A;  4H91 A;  3LYO A;  1JJ3 A;  1L91 A;  1YKX X;  3IJV A;  2ZWB A;  1LGX A;  5FHW A;  1CV3 A;  1HEW A;  3EO5 A;  2BLX A;  5L3I A;  1YKZ X;  3GUK A;  1WTH A;  1P56 A;  4NGI A;  4HP0 A;  1B2K A;  1NMM A;  2RB2 X;  1IWY A;  1G0J A;  2W1L A;  1CUQ A;  3G3V A;  1JEF A;  1NHB A;  5LA8 A;  4NHP A;  3F9L A;  1LSN A;  1EQE A;  4W59 A;  3QAK A;  2QB0 B;  4TTD A;  1WQR A;  2LC9 A;  3C8R A;  3VW7 A;  1L0K A;  4CHX A;  1L70 A;  4OWH A;  4DD7 A;  1CUP A;  3TXH A;  3WPL A;  4L41 A;  1L82 A;  2YVB A;  1L21 A;  3N9E A;  1ZVH L;  3GUP A;  1F10 A;  2DQJ Y;  2B6Y A;  4MCK A;  1L56 A;  4YOP A;  1HHL A;  1LYI A;  1NBZ C;  1LHL A;  3WUN A;  1LJJ A;  1D0L A;  3HWL A;  3RU5 A;  3DNA A;  2B6X A;  2W1M A;  213L A;  3AZ5 A;  4AXT A;  2A4T A;  1L10 A;  1L16 A;  4H8Y A;  1L26 A;  1LZ9 A;  3CDO A;  1C6Q A;  1L53 A;  4B4I A;  241L A;  1IY4 A;  1L50 A;  1L08 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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