110LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKLELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 110lA00
2B75A 2O4WA 169LA 1CV6A 1LWKA 1C6IA 1L25A 3NYAA 1JTNA 4AQNA 1L03A 1TLAA 1L44A 242LA 1T8FA 1LI2A 3CDVA 1L48A 1QTDA 1P7SA 1L63A 3HT7A 1CX6A 118LA 1L89A 1DYCA 161LA 1L85A 1QT5A 1L0JA 1G0GA 4EPIA 5I14A 4PK0A 159LA 1CUPA 1KY0A 209LA 2LZMA 233LA 2O7AA 1L64A 1WTHA 4W57A 1L92A 216LA 4GRVA 107LA 3L2XA 130LA 1KW5A 2CUUA 3FADA 1L30A 1L08A 1P36A 3GUIA 1CX7A 2B72A 156LA 3C7WA 1L52A 109LA 1LYIA 191LA 3DN3A 253LA 2B73A 3HH4A 1L72A 1C6AA 1L09A 180LA 1L20A 4DKLA 3SB9A 1C6PA 1P2RA 245LA 149LA 1CU3A 166LA 1XJTA 230LA 2RBNA 3HUAA 249LA 2O79A 3SB6A 1L61A 143LA 1T97A 4I7QA 1L87A 1PQKA 3HTFA 1LWGA 1CU5A 140LA 1C69A 3OE8A 1L12A 1CU6A 148LE 112LA 1G0JA 237LA 2OTZX 3QAKA 1L76A 1XEPA 122LA 1D2YA 1PQDA 1D2WA 1QUHA 3GUKA 3G3WA 108LA 1L16A 1L19A 3V2WA 4I7PA 1ZYTA 1L51A 1L10A 4W56A 225LA 1KS3A 128LA 1G0KA 1L54A 1OV5A 1C6BA 1L37A 1L50A 1L69A 1QTCA 1L21A 235LA 1OYUA 3GUJA 3DN1A 1LYFA 4YXCA 205LA 1L33A 3CDRA 3VW7A 1L57A 1LI3A 1SWYA 1L04A 123LA 243LA 4I7RA 1B6IA 2LC9A 241LA 248LA 155LA 1LW9A 1L32A 2OE9X 224LA 1QTZA 1CTWA 1NHBA 1CV3A 4ARLA 3G3XA 1G07A 2B6YA 2HULA 1P2LA 3F9LA 189LA 260LA 1L34A 2B74A 1L90A 1LGUA 1L31A 170LA 4W53A 1PQJA 1QUDA 2RBQA 196LA 3RUNA 200LA 1L00A 1G0MA 3DN8A 2RB2X 1P56A 1L71A 1C6GA 1L22A 1G0QA 2RB0X 4EKRA 1C6NA 1L07A 2B6ZA 4I7TA 1L62A 1OVJA 218LA 2OU8A 3HUQA 1C63A 1LYDA 1OVHA 1L53A 1L97A 1L49A 1PQIA 1DYGA 1L15A 1L01A 4I7NA 126LA 165LA 182LA 3C7YA 206LA 3NY8A 3HH6A 2ANVA 1LYEA 188LA 1SX2A 1LGXA 1L45A 4W54A 2ANXA 5LZMA 181LA 1QTHA 1PQMA 2OE7X 103LA 4EXMA 102LA 236LA 2NTHA 1L24A 3DMXA 1L56A 221LA 129LA 1K28A 173LA 1DYFA 1P6YA 1L36A 4W59A 139LA 2B6XA 2NTGA 1L05A 4I7KA 3DMZA 2RAYX 2B70A 2RH1A 256LA 3GUOA 210LA 1C6LA 1OVKA 212LA 214LA 4E97A 141LA 6LZMA 1PQOA 2RB1X 3L64A 164LA 1C6DA 1G1VA 1L47A 1SSYA 222LA 2RAZX 2A4TA 127LA 147LA 1L83A 2Q9EA 1DYBA 3HTBA 1L28A 238LA 211LA 3SBAA 1G0LA 228LA 1G0PA 1QT8A 4IAPA 1L23A 231LA 1L77A 1SSWA 1L91A 1L67A 186LA 192LA 111LA 172LA 2OU9A 125LA 1L84A 1L95A 158LA 1QTBA 1D3MA 4W58A 1L43A 3PDSA 1C6KA 2QARC 1LYJA 157LA 104LA 1L94A 1JTMA 1L66A 1D3FA 1OWYA 1P5CA 4GBRB 1L70A 1P46A 1QS5A 261LA 2B6TA 1L60A 1LYGA 174LA 1L02A 3HUKA 167LA 1C66A 226LA 3OE0A 1P37A 162LA 1L29A 232LA 3CDQA 160LA 168LA 3EMLA 1LGWA 1C6HA 1L58A 3ODUA 254LA 1C61A 3HWLA 4I7LA 171LA 4W52A 3C83A 1OV7A 3GUNA 152LA 1XJUA 138LA 3C7ZA 1D3NA 1D9WA 1T6HA 4W55A 3LZMA 1C6FA 4I7MA 176LA 183LA 1T8GA 113LA 1QT7A 2RBSA 1L39A 1L26A 184LA 2LCBA 223LA 1L88A 1QUOA 1CV5A 4ZPUA 3CDTA 2RBOA 1LYHA 4I7JA 4ARQA 2OU0X 2F47A 255LA 187LA 3GUPA 3FI5A 1P3NA 1QT3A 4ARPA 1L98A 1C67A 1L14A 1KW7A 1DYAA 1ZWNA 4K5YA 3SB7A 246LA 1KY1A 1L06A 2OE4X 144LA 4YX7C 1DYEA 1P64A 1KNIA 4DJHA 3DN4A 185LA 3C82A 3HT6A 1L68A 4S0WA 3DN6A 3SN6R 227LA 259LA 1CUQA 4LDEA 1T8AA 1L80A 3SB8A 120LA 262LA 4I7OA 3DN0A 1ZURA 4ARQB 4ARJA 1QTVA 1SX7A 3DKEX 3HDEA 1C60A 220LA 4OO9A 3RZEA 3C80A 1I6SA 3HTDA 3F8VA 1L42A 1L11A 197LA 1QT4A 240LA 215LA 4EJ4A 1L73A 3DMVA 199LA 3C81A 4YXAC 4EKSA 1D3JA 3DN2A 119LA 229LA 1LLHA 1L65A 3K2RA 198LA 1C6JA 3FA0A 3C8RA 1QS9A 3OE9A 1CV4A 1CV1A 1C64A 1C6QA 1G1WA 1L75A 3CDOA 1L82A 1L40A 2HUKA 251LA 1L99A 2OTYX 3GULA 1CV0A 3HH5A 1L38A 137LA 163LA 2Q9DA 1C6MA 4EKPA 1L79A 1L93A 131LA 2IGCA 1CVKA 4LDOA 4EKQA 1QT6A 257LA 175LA 3GUMA 1L96A 3HT8A 3NY9A 2L78A 3HT9A 2OEAX 114LA 1C65A 1LI6A 178LA 4I7SA 3G3VA 3HH3A 1G06A 1L86A 1LPYA 1JQUA 3PBLA 3UONA 142LA 145LA 4PJZA 115LA 2F2QA 4ARMA 1L41A 151LA 1L55A 1C6TA 110LA 146LA 1L13A 3DNAA 2F32A 7LZMA 234LA 3HU9A 3OE6A 190LA 3JR6A 1L0KA 3SBBC 3HDFA 3HU8A 258LA 4DAJA 4LZMA 4EPFA 1C68A 2QB0B 3D4SA 1CU0A 252LA 1DYDA 1L35A 2B6WA 1EPYA 1QSQA 217LA 201LA 2RBRA 1L46A 1SWZA 250LA 195LA 2Z6BA 4LDLA 177LA 1OWZA 2RBPA 4ARMB 219LA 3C8QA 1L81A 2HUMA 3C8SA 2B7XA 1L59A 3HTGA 1C62A 3V2YA 1QSBA 1QUGA 4W51A 1C6CA 1L17A 1CU2A 150LA 3SB5A 1L18A 1C6EA 247LA 244LA 239LA 1L74A 213LA 1L27A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UACY 1G7MC 1JTNA 1V7TA 4N9RA 3A95A 2LYOA 2DQEY 4PK0A 4DDCA 2LZMA 1WTHA 4W57A 1L92A 216LA 5FSTA 4GRVA 4HSFA 3FADA 4TX7A 1XEKA 1L52A 1LYIA 1LMCA 3DN3A 1OUGA 5B07A 3TXHA 1B5ZA 4YOPA 1REMA 2EPEA 1QDTA 245LA 149LA 230LA 3HUAA 1OUHA 4NHPA 4ZFPA 1JTTL 4I7QA 3HTFA 4Z3MA 1UCOA 1L12A 154LA 112LA 1BB3A 3B6LA 1G0JA 4WM2A 1FN5A 4H91A 1GBOA 1REYA 1PZYA 3WU9A 1GBXA 5B59A 3RU5A 3P64A 3V2WA 1L10A 3GXKA 1KS3A 128LA 1L54A 4II8A 1DKJA 1JEFA 1L37A 1LSEA 1YAOA 3GUJA 5C6LA 1LSDA 1REXA 3N9EA 3CDRA 2XJWA 4QDNA 1AKIA 1GE3A 241LA 4C5FA 248LA 5E9RA 3HBHA 4WL6A 5KXPA 4ANRA 4ARLA 1G07A 2FBDA 4ET9A 5KXKA 1L90A 1LGUA 4H8XA 3K3TA 196LA 1FLUA 1GFRA 4CHXA 3EO5A 2BAAA 2CDSA 4NGVA 1L71A 4RLNA 1L22A 1G0QA 3M3UA 5LVHA 3RZ4A 1XEJA 1NMMA 1OVJA 218LA 2ZWBA 4UWVA 3HUQA 1QUTA 1HFZA 4DDAA 1IWTA 1L49A 1DYGA 1HMLA 1L15A 2G4PA 126LA 165LA 3HH6A 188LA 5HNLA 4W54A 181LA 2OE7X 5FHWA 4EXMA 1NBZC 236LA 1YAQA 3DMXA 1WTMA 2BQGA 6LYZA 1L36A 139LA 1L05A 1LZYA 2I6ZA 3LYMA 3GUOA 6LZMA 1HEQA 2RB1X 4OWAA 3A94A 2A7DA 1CJ6A 1JKAA 2BLYA 1L83A 3CSQA 3D3DA 4OWCA 4HJVA 2ZIJA 1BQLY 1J1PY 4IAPA 1BVKC 1L77A 4LYZA 1DZBX 1L91A 2WARA 3G3AB 3ATOA 172LA 2OU9A 1HFYA 2BLXA 2MEHA 1NBYC 1L84A 4HJZA 1F10A 1CJ8A 157LA 1GBZA 1L94A 5FCPA 4AXTA 4LT2A 5LAFA 4H8ZA 167LA 2YBJA 3CDQA 3EMLA 1IR9A 5KJ9A 1C6HA 1L58A 3D9AC 4I7LA 1LPIA 171LA 4W52A 3C83A 4HPIA 1GB5A 1D3NA 4CGEA 2NWDX 4Z41A 5KXYA 2YBHA 1QT7A 2RBSA 1F6SA 223LA 1LJNA 1T3PA 1QUOA 5F16A 1JPOA 1XGPC 2EQLA 3A90A 4ZPUA 1WVUA 3WVYA 3IWRA 1LYHA 4ETBA 2OU0X 5KXNA 2DQJY 2W1XA 4LYOA 1IP7A 1LHIA 1L98A 3SB7A 2Z18A 144LA 1P64A 1KNIA 1B5UA 3RW8A 4S0WA 1GB7A 3DN6A 3SN6R 4DD9A 2LYZA 3LYTA 1GFUA 2YBLA 1L80A 3SB8A 2C8OA 1BGIA 1XSFA 2MEGA 1UIHA 1C60A 1EQ5A 2MEEA 1I6SA 1GB2A 1GEVA 5JENB 1B9OA 4GCCA 1VDTA 240LA 208LA 3A3RX 4G4HA 1UC0A 3DMVA 2RSCA 4EKSA 1LHLA 3W6FA 1LLHA 1LJKA 1LJEA 3C8RA 1GAZA 1QS9A 3OE9A 1CV4A 2ZILA 1HEMA 1LZTA 1L82A 2HUKA 3GULA 1CV0A 1L38A 4LT1A 4PRUA 1C6MA 1QT6A 1KIQC 257LA 2YBMA 1OUEA 4PJ2C 3TXDA 5LXWA 1YKYX 2BQNA 1GFJA 2OEAX 5KXZA 5HNCA 114LA 2B5ZA 194LA 1C65A 4WO6A 4I7SA 3G3VA 1L86A 3IJVA 3PBLA 3UONA 1B7NA 1IOQA 115LA 1MLCE 1L55A 110LA 3DNAA 1NQIA 234LA 1LZ6A 4N1EI 2XBRA 3SBBC 4ETCA 3W6BA 258LA 3SP3A 4EPFA 3B0OA 3W6DA 2QB0B 3D4SA 4XJHA 5FELA 1IVMA 4FDYA 1B5WA 177LA 250LA 4LDLA 1HMKA 4ARMB 4WM3A 4XJBA 3WMKA 1UIAA 1L81A 3C8SA 2B7XA 2DKVA 1L59A 2ZNXY 1OUJA 1QUGA 3A6BY 1CKGA 1L17A 1IP5A 1C45A 4NGOA 4NHSA 4WLTA 4IATA 3W6CA 1FKQA 1LZGA 4TWSA 134LA 2BQIA 1C6EA 4WLXA 1L74A 5I53A 1IR7A 1CV6A 2IHLA 1JISA 1L25A 4AQNA 1IOCA 1L44A 2HECA 4LFXA 1T8FA 1LI2A 1AZFA 1T6VL 1L48A 1QTDA 1L63A 1CX6A 1QSWA 1DYCA 1L85A 4YENA 1L0JA 3WUNA 4EPIA 5F9UA 159LA 1KY0A 4WG7A 1YL1X 1G7HC 1IY3A 4R6CA 3L2XA 5HMJA 1L30A 1GDXA 3WU7A 1CX7A 3CT5A 109LA 2Y8PA 1HSXA 253LA 193LA 3HH4A 1L72A 3TXGA 3AGGG 3SB9A 1C6PA 3WU8A 4XENA 4G4BA 1XJTA 2RBNA 2O79A 4XADA 2MEBA 3W6AA 2H9KA 4J0LA 140LA 1IO5A 1CU6A 1LSMA 237LA 5I54A 1HENA 5EBHA 5KY1A 3WULA 3LZTA 1D6PA 4WM5A 1GD6A 1PQDA 1D2WA 1QUHA 3GUKA 1CKHA 4N1CC 1L16A 1L19A 4I7PA 1L51A 2MEIA 4TUNA 1L50A 5F81A 4B4IA 1IWZA 235LA 205LA 1L33A 2LZTA 1L57A 4LFPA 1DXJA 4J7VA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UAC Y;  1G7M C;  1JTN A;  1V7T A;  4N9R A;  3A95 A;  2LYO A;  2DQE Y;  4PK0 A;  4DDC A;  2LZM A;  1WTH A;  4W57 A;  1L92 A;  216L A;  5FST A;  4GRV A;  4HSF A;  3FAD A;  4TX7 A;  1XEK A;  1L52 A;  1LYI A;  1LMC A;  3DN3 A;  1OUG A;  5B07 A;  3TXH A;  1B5Z A;  4YOP A;  1REM A;  2EPE A;  1QDT A;  245L A;  149L A;  230L A;  3HUA A;  1OUH A;  4NHP A;  4ZFP A;  1JTT L;  4I7Q A;  3HTF A;  4Z3M A;  1UCO A;  1L12 A;  154L A;  112L A;  1BB3 A;  3B6L A;  1G0J A;  4WM2 A;  1FN5 A;  4H91 A;  1GBO A;  1REY A;  1PZY A;  3WU9 A;  1GBX A;  5B59 A;  3RU5 A;  3P64 A;  3V2W A;  1L10 A;  3GXK A;  1KS3 A;  128L A;  1L54 A;  4II8 A;  1DKJ A;  1JEF A;  1L37 A;  1LSE A;  1YAO A;  3GUJ A;  5C6L A;  1LSD A;  1REX A;  3N9E A;  3CDR A;  2XJW A;  4QDN A;  1AKI A;  1GE3 A;  241L A;  4C5F A;  248L A;  5E9R A;  3HBH A;  4WL6 A;  5KXP A;  4ANR A;  4ARL A;  1G07 A;  2FBD A;  4ET9 A;  5KXK A;  1L90 A;  1LGU A;  4H8X A;  3K3T A;  196L A;  1FLU A;  1GFR A;  4CHX A;  3EO5 A;  2BAA A;  2CDS A;  4NGV A;  1L71 A;  4RLN A;  1L22 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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