111LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKNELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 111lA00
1OVHA 4DJHA 176LA 1L94A 130LA 1C69A 118LA 4I7QA 2A4TA 3OE8A 1L20A 1DYFA 3SN6R 3HDEA 145LA 2HUKA 1QSQA 2Q9DA 256LA 1L85A 1LW9A 4ZPUA 4W56A 3NY9A 3DN6A 1D3FA 3C8SA 173LA 103LA 125LA 165LA 1CV3A 1DYAA 2RBNA 3HWLA 2B70A 1P5CA 1SSYA 2B6WA 1G0LA 1L93A 260LA 2B75A 1P36A 1QT3A 1L97A 3HH4A 1P46A 1QT6A 141LA 236LA 1DYGA 110LA 167LA 114LA 160LA 1T6HA 257LA 1QUGA 252LA 4YX7C 1T8FA 4YXCA 127LA 1G0MA 3C81A 115LA 4LDEA 2RBSA 1L65A 3HT7A 3DN4A 169LA 4EKSA 1L80A 1L91A 3HTDA 4W55A 1LI6A 185LA 1NHBA 3HT8A 1CV1A 3FA0A 3LZMA 1C64A 1OWYA 1L06A 2B74A 1LI2A 3GUOA 3FI5A 1CX6A 144LA 1C6HA 1L72A 4I7TA 1OVKA 3HT6A 1D2WA 1L02A 140LA 1L87A 2OE9X 1G06A 197LA 1K28A 168LA 3QAKA 1CU5A 1L13A 231LA 3EMLA 3GUNA 4YXAC 1C63A 3HUAA 1L49A 1C6QA 2B6XA 1L24A 1L60A 2RAYX 2RBQA 4EKPA 254LA 1L62A 2CUUA 1L42A 4EKQA 1G0PA 4GRVA 178LA 112LA 2HUMA 1L12A 1L01A 187LA 233LA 196LA 149LA 213LA 259LA 1C67A 1XEPA 211LA 166LA 1P2RA 3C80A 1T8AA 1DYDA 3SB9A 1L23A 1C6BA 174LA 2Q9EA 1OV5A 255LA 3HTBA 4ARQA 1L55A 1QT8A 3HDFA 3UONA 1D9WA 1L44A 2B72A 184LA 2ANVA 1KW5A 3PBLA 4I7LA 240LA 3ODUA 1C6CA 1CVKA 3CDOA 1L64A 1OWZA 2OTYX 137LA 1JQUA 1L10A 1L88A 3SB8A 3HH6A 218LA 142LA 120LA 162LA 1LWKA 1KS3A 2O79A 4OO9A 159LA 1L66A 4I7RA 2F2QA 1L57A 3DKEX 206LA 108LA 1PQIA 3GUPA 2F47A 222LA 1D2YA 2B6ZA 191LA 181LA 1L50A 1D3JA 1L73A 1G0JA 1QT7A 3C7YA 1L05A 1KW7A 3DN2A 1L82A 1L07A 229LA 4W57A 1QT5A 4LDOA 225LA 3DN1A 1L35A 1JTMA 111LA 1DYCA 4PJZA 4W58A 1L25A 3FADA 4ARMA 3GULA 3HTGA 1C6EA 2QARC 4I7JA 214LA 2OE7X 223LA 3OE0A 3RZEA 216LA 3L2XA 1L51A 1L28A 1G1WA 1PQOA 1CV0A 129LA 1T8GA 1L40A 1CV5A 1P37A 4EKRA 1L89A 1C6PA 1TLAA 1QSBA 1P7SA 1QUOA 241LA 3G3VA 1C6IA 2ANXA 1C6KA 4W51A 205LA 1L79A 3C7ZA 1L75A 4I7OA 1QUHA 1T97A 2RH1A 1L26A 122LA 170LA 177LA 3DMZA 235LA 221LA 1PQMA 226LA 1L59A 1LPYA 1L86A 1C68A 1D3NA 1OYUA 1KNIA 3C8QA 1L81A 261LA 109LA 1L74A 1QS5A 1I6SA 3DN0A 2Z6BA 3NYAA 156LA 186LA 2OE4X 1L46A 2L78A 1L08A 4I7PA 6LZMA 7LZMA 1L90A 1L95A 1DYEA 4PK0A 1C65A 253LA 237LA 113LA 1JTNA 1L39A 1C6TA 1L27A 232LA 1L84A 1CUQA 4I7MA 2IGCA 1P6YA 4W54A 146LA 5I14A 1L43A 1L37A 2B73A 3C83A 1L45A 3RUNA 161LA 1CU6A 1OV7A 1D3MA 1L31A 175LA 2RB0X 3G3XA 4I7SA 1C6DA 2LZMA 1L77A 3GUJA 1L09A 1L00A 1G07A 147LA 3NY8A 1C6MA 4EJ4A 1LI3A 1CTWA 3DN8A 3CDQA 3G3WA 3DMXA 220LA 151LA 1L61A 190LA 104LA 2OU0X 3HU9A 1QS9A 4IAPA 1SWYA 4W53A 4LZMA 1P56A 3OE6A 3DNAA 1C60A 1QTDA 3SBBC 1L11A 102LA 2RB2X 1L76A 1SX2A 3HUQA 1L0KA 1C6LA 1L32A 1L99A 1CX7A 2OU8A 138LA 1L30A 234LA 4EXMA 2RBOA 3SB7A 1LYEA 3K2RA 1SSWA 217LA 139LA 1LLHA 1SWZA 158LA 1LYHA 246LA 1KY1A 4ARJA 123LA 3HT9A 107LA 1P64A 3L64A 1QTZA 4DAJA 182LA 1CU2A 4I7NA 126LA 1L36A 1G0GA 3DMVA 1PQJA 4GBRB 1L04A 1L16A 1L34A 3CDVA 1C6JA 200LA 1CV4A 1L48A 262LA 128LA 199LA 238LA 183LA 1L58A 2LCBA 1LYIA 1SX7A 1L70A 227LA 198LA 1ZYTA 152LA 3CDTA 192LA 188LA 1L41A 4ARQB 3GUMA 1QUDA 1QTVA 1QTBA 3HUKA 1CUPA 1KY0A 1G1VA 1C62A 2B6YA 3DN3A 1L29A 1L83A 219LA 258LA 1L96A 2O7AA 4I7KA 3D4SA 1L98A 1LYJA 3V2WA 1L19A 131LA 1L14A 2LC9A 1L03A 3HTFA 1OVJA 1L53A 180LA 1LGWA 2NTGA 157LA 1DYBA 1ZURA 172LA 3SB6A 1C6GA 143LA 1L17A 251LA 4W52A 1QTHA 4S0WA 1L67A 1L18A 4EPFA 1B6IA 1L38A 1CU0A 243LA 2OEAX 4AQNA 2HULA 3OE9A 2QB0B 3C82A 1L63A 2F32A 1L22A 155LA 1XJTA 3F9LA 3PDSA 245LA 1L68A 119LA 1PQKA 1CU3A 4ARMB 1C6FA 1ZWNA 250LA 3HH3A 2OTZX 1L92A 3C8RA 1L0JA 1QTCA 1LYDA 1C6NA 3F8VA 164LA 4ARPA 239LA 3V2YA 4LDLA 3SB5A 2RAZX 3C7WA 1LYGA 1EPYA 5LZMA 1L54A 1L56A 209LA 1CV6A 2RB1X 163LA 3CDRA 3SBAA 1L33A 1L21A 1XJUA 2OU9A 1QT4A 4E97A 1L15A 4ARLA 1C61A 1LYFA 2O4WA 228LA 242LA 3JR6A 249LA 3GUKA 189LA 1LGUA 3GUIA 3HU8A 4EPIA 2B6TA 4K5YA 195LA 1C66A 1LGXA 2B7XA 1L52A 212LA 215LA 1P2LA 1L71A 1C6AA 148LE 1L69A 1WTHA 1G0QA 247LA 2RBRA 230LA 2NTHA 4W59A 1G0KA 1PQDA 2RBPA 210LA 201LA 1LWGA 171LA 1P3NA 244LA 248LA 4DKLA 224LA 3HH5A 3VW7A 150LA 1L47A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXUA 1JPOA 2CGIA 130LA 4MSTA 118LA 4I7QA 1YROA 4KXIA 4PHIA 1L20A 1G7IC 4TUNA 4N1CC 4GLVA 1OUGA 4W56A 165LA 1LYSA 1LHKA 1SSYA 2B6WA 2LYMA 260LA 4NGKA 3HBDA 5I5QA 2CWIA 4N1EI 2DBTA 4O34A 3TMXA 141LA 1DYGA 2BPUA 1BB5A 1B5UA 1GE1A 3WW5A 1GF8A 2XQOA 1BWJA 4WL6A 1YL0X 1L91A 1IP6A 1CJ8A 3HT8A 1LSNA 3A6BY 1C64A 1LJNA 1LZ4A 4N8ZA 4QEQA 1L06A 1LI2A 3GUOA 1SLYA 2Z39A 3FI5A 1D0MA 1GB6A 1CX6A 1G7HC 4I7TA 3HT6A 3W6BA 1W08A 1QSWA 1G06A 2EKSC 4BAFA 1HERA 2Q0MX 3QAKA 1JIYA 1L13A 1LJJA 3EMLA 1LSYA 4B1AA 3WW6A 2XBRA 4BADA 1IOTA 1NWGA 4ZFPA 1JKDA 1GE3A 2RBQA 5M1YA 1KIRC 1G0PA 2H9JA 112LA 4WL7A 1N4FA 149LA 4NHIA 1FLQA 2AUBA 5II3A 2XJWA 3C80A 3QY4A 3EXDA 1QUSA 3SB9A 5KXWA 1LZ5A 255LA 4ARQA 1QT8A 4ZIXA 1GBSA 1L44A 4H93A 1NDMC 4KPMA 2Z38A 2C8PA 1F0WA 4NG8A 3CDOA 2OTYX 1ZVHL 1B5ZA 3SB8A 3HH6A 1BHZA 4LYMA 1JTTL 1ZMYL 208LA 1CKGA 2BQKA 4H9FA 4I7RA 3DKEX 2RSCA 108LA 3GUPA 2WARA 1KIPC 1CKDA 1D2YA 2B6ZA 1L50A 1D3JA 2LZ2A 4J0LA 1L82A 229LA 1IY3A 3WUAA 1DYCA 1L25A 3FADA 1GBXA 4MCKA 1AT6A 2QARC 3OE0A 1IWXA 5E9RA 3P4ZA 3ATOA 1OUHA 4L41A 1CV5A 4EKRA 1GB9A 1GPQC 1L89A 1C6PA 1RFPA 1CJ9A 1P7SA 1QUOA 3G3VA 1C6IA 2ZNXY 1LYYA 2ANXA 3TXDA 205LA 1L75A 1B2KA 3WU9A 4I7OA 1GF5A 2YBMA 1GF3A 1KIQC 2A7DA 1KXXA 3A8ZA 3CT5A 4WG1A 1PQMA 1L59A 3ZVQA 3DN0A 1IP4A 5B1FA 1OUIA 1L08A 6LZMA 1NBZC 4WLDA 2BQLA 3WUNA 1L90A 5E4PA 1I56A 4PK0A 1C65A 253LA 2HEEA 2CDSA 4PGJB 113LA 3AW7A 4YOPA 1VEDA 5HNLA 1P6YA 146LA 5I14A 1L43A 2B73A 5KXMA 4GCCA 3C83A 3RUNA 1CKCA 1L31A 175LA 1GBYA 2H9KA 2RB0X 4I7SA 1C6DA 3GUJA 1B7NA 2HU1A 3NY8A 1J1PY 5K7OA 3TXBA 2BLXA 1FDLY 4B49A 220LA 5LVJA 2OU0X 4DD9A 1GEVA 1QQYA 1OUDA 3SBBC 4WM3A 2IHLA 1L11A 2MEHA 2BQIA 193LA 2RB2X 5I4XA 1L0KA 3VWOA 3ZVQB 1AM7A 3K3TA 3HBEX 1JTOL 4EXMA 1LYEA 4TTDA 1GFGA 1LZNA 217LA 1XEIA 4H9BA 1LLHA 1SWZA 1LYHA 246LA 3A94A 5KKIA 107LA 1QTZA 2Z18A 5DM9A 3CDVA 1JSFA 4H9HA 1L48A 262LA 3J6KA 2LCBA 3TXFA 4OWBA 1BB3A 1L70A 2BQHA 152LA 4DD0A 4DC4A 1QTVA 1CUPA 1OUFA 1QDTA 3DN3A 1LTMA 1REYA 3HFMY 4I7KA 1D0LA 3B0IA 3V2WA 1L19A 5L3IA 1IWWA 1GHLA 1D6QA 3HTFA 1OVJA 4GN3A 5DN4A 2D6BA 1HSWA 4NGIA 3M18B 1L17A 251LA 4W52A 2FBDA 1GB8A 1CJ6A 1IOQA 4XENA 5EBHA 1NKHA 1CU0A 1KXYA 1YKYX 155LA 1XJTA 3AB6A 1REXA 1PQKA 4HV1A 4ARMB 133LA 1IP7A 1C6FA 1HSXA 1ZWNA 3HH3A 2OTZX 3C8RA 5FELA 1L0JA 1C6NA 1LKRA 3V2YA 5KXKA 1BVXA 2RAZX 4ETBA 1EPYA 3BKHA 1GFEA 1B7MA 3CDRA 3SBAA 1L21A 1GBWA 4E97A 1GAYA 1W6ZA 2LZTA 4ARLA 242LA 6LYTA 1UIEA 3GUKA 189LA 4LT2A 4ETCA 1TBYA 3D3DA 3P66A 1VFBC 3GUIA 195LA 1T3PA 5IDDA 1C6AA 3A92A 3EO5A 1WTHA 1G0QA 247LA 1V7SA 1NQIA 5FSTA 2RBPA 4NGOA 3A3RX 4LT1A 1P3NA 244LA 4WM2A 4LT3A 4EKSA 4LYZA 3VW7A 4ZEEA 1OVHA 5FCPA 176LA 4II8A 3EMSA 3OJPA 1LCNA 2A4TA 3TMWA 4NHTA 3HDEA 3P64A 2HUKA 2BAAA 256LA 5ILFA 5LAFA 1IX0A 1D3FA 3C8SA 173LA 125LA 1DYAA 2RBNA 1OQMA 3HWLA 4N5RA 1C7PA 4W96A 5LVIA 1P36A 2F4AA 1QT6A 5T3FA 3CT0A 4GCFA 2BQJA 252LA 1LJGA 4YX7C 4LGKA 4H8XA 2BQGA 2YBJA 1WQNA 4W94A 1C46A 1G0MA 3C81A 5KXZA 1D6PA 1L65A 4U3XB 1FKVA 3DN4A 169LA 1JSEA 3HTDA 1GFAA 4J7VA 185LA 1BWIA 3WPLA 1NHBA 4WM6A 1B9OA 4UWVA 4J1AA 3A91A 5F81A 1C6HA 3ATNA 1OVKA 5F16A 1LJHA 1WQPA 2OE9X 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WXU A;  1JPO A;  2CGI A;  130L A;  4MST A;  118L A;  4I7Q A;  1YRO A;  4KXI A;  4PHI A;  1L20 A;  1G7I C;  4TUN A;  4N1C C;  4GLV A;  1OUG A;  4W56 A;  165L A;  1LYS A;  1LHK A;  1SSY A;  2B6W A;  2LYM A;  260L A;  4NGK A;  3HBD A;  5I5Q A;  2CWI A;  4N1E I;  2DBT A;  4O34 A;  3TMX A;  141L A;  1DYG A;  2BPU A;  1BB5 A;  1B5U A;  1GE1 A;  3WW5 A;  1GF8 A;  2XQO A;  1BWJ A;  4WL6 A;  1YL0 X;  1L91 A;  1IP6 A;  1CJ8 A;  3HT8 A;  1LSN A;  3A6B Y;  1C64 A;  1LJN A;  1LZ4 A;  4N8Z A;  4QEQ A;  1L06 A;  1LI2 A;  3GUO A;  1SLY A;  2Z39 A;  3FI5 A;  1D0M A;  1GB6 A;  1CX6 A;  1G7H C;  4I7T A;  3HT6 A;  3W6B A;  1W08 A;  1QSW A;  1G06 A;  2EKS C;  4BAF A;  1HER A;  2Q0M X;  3QAK A;  1JIY A;  1L13 A;  1LJJ A;  3EML A;  1LSY A;  4B1A A;  3WW6 A;  2XBR A;  4BAD A;  1IOT A;  1NWG A;  4ZFP A;  1JKD A;  1GE3 A;  2RBQ A;  5M1Y A;  1KIR C;  1G0P A;  2H9J A;  112L A;  4WL7 A;  1N4F A;  149L A;  4NHI A;  1FLQ A;  2AUB A;  5II3 A;  2XJW A;  3C80 A;  3QY4 A;  3EXD A;  1QUS A;  3SB9 A;  5KXW A;  1LZ5 A;  255L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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