113LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKRELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 113lA00
4EKRA 1B6IA 1QS9A 2B70A 3SB9A 2B6XA 2HULA 241LA 195LA 2B6YA 191LA 2QARC 3GUIA 1L09A 1L15A 4ZPUA 3F9LA 3HT9A 3GUOA 4EKQA 3HT6A 130LA 1C6QA 3HUQA 236LA 1L65A 189LA 1C6GA 3HDFA 1T8GA 1CU0A 1L46A 1D2YA 1XJTA 3C8QA 177LA 156LA 1LW9A 1LYGA 1L32A 4W59A 1L43A 1C67A 3DN2A 1G1VA 129LA 2RBOA 1KNIA 1ZURA 1P5CA 4W54A 3DN1A 175LA 1C60A 3GUKA 1L36A 2RB1X 1P2RA 200LA 181LA 1C68A 1QTDA 1QTVA 4I7KA 119LA 4E97A 147LA 167LA 110LA 1QS5A 1QT4A 1I6SA 1L29A 180LA 155LA 1L28A 3HUAA 3FADA 3HDEA 1C6DA 1KW5A 227LA 1C65A 1L21A 4W53A 1T97A 108LA 3HTGA 3RUNA 3V2WA 3NY8A 206LA 1C6TA 1QT7A 1PQMA 1OVKA 158LA 2CUUA 3FA0A 205LA 3G3VA 2RBSA 1L70A 1QUDA 157LA 254LA 2Z6BA 186LA 1QUOA 3HTBA 4EXMA 1L48A 1L56A 113LA 176LA 2NTHA 3K2RA 1L17A 1L47A 3EMLA 1TLAA 178LA 1T8AA 3DMZA 2B6WA 2RAYX 4I7RA 1L90A 230LA 228LA 1DYEA 1L98A 4ARMA 2B73A 3NYAA 2LC9A 187LA 3C7YA 1L22A 1L92A 1L31A 1LYFA 1PQJA 1G0KA 3OE9A 1C61A 3GUJA 1NHBA 160LA 183LA 253LA 1LYJA 3HH3A 4W58A 1G0GA 149LA 1L39A 1D3JA 1QSQA 1XJUA 4ARPA 3HWLA 222LA 184LA 151LA 1L51A 249LA 1C6NA 243LA 1C6KA 1G1WA 4LZMA 3G3WA 1PQOA 2OEAX 4ARQA 1G07A 1CV0A 2LCBA 3C82A 1SWYA 2B72A 144LA 1L20A 1C62A 1G0LA 1L96A 240LA 2HUMA 3RZEA 1K28A 107LA 1CU3A 1C6JA 1L14A 3HH5A 4I7QA 246LA 139LA 255LA 1L52A 118LA 3CDQA 145LA 1C6BA 4I7NA 190LA 214LA 199LA 146LA 198LA 4ARJA 1L88A 3QAKA 104LA 2RBPA 1C6HA 3CDRA 3PDSA 1L12A 4PJZA 4ARMB 1L08A 216LA 258LA 1L42A 1L50A 1L77A 3HTDA 1L86A 4IAPA 238LA 165LA 102LA 1L30A 4I7PA 259LA 3HT8A 1ZYTA 174LA 3V2YA 2F47A 2RBRA 182LA 3OE0A 3HU9A 169LA 1L66A 3C83A 2HUKA 1L68A 256LA 109LA 1L27A 1QTCA 1T6HA 1QT6A 1L19A 142LA 3ODUA 1LI3A 1L05A 3HTFA 1L04A 1P2LA 1QTZA 2LZMA 1L73A 1ZWNA 3DMVA 1L76A 1L93A 1L0KA 1CV6A 1OV7A 4ARQB 2B74A 3FI5A 1QT8A 1C6LA 1C6MA 2F32A 1L38A 4I7SA 1L41A 1OYUA 234LA 3DKEX 3DN6A 4I7TA 103LA 4EKSA 1C6PA 1CU2A 1L11A 131LA 237LA 2F2QA 260LA 1KS3A 4W55A 4I7OA 1LI6A 4W56A 4EPFA 3C81A 1L16A 1C6AA 1L03A 162LA 1L89A 1L74A 122LA 3C80A 248LA 1L55A 2A4TA 1L24A 1QT3A 1DYAA 148LE 1L91A 150LA 1L13A 1G0PA 173LA 3C7WA 3D4SA 1CU5A 4GRVA 3SB5A 5LZMA 170LA 1OVHA 2IGCA 1KY1A 3HH6A 3CDVA 1P64A 4W57A 172LA 1L75A 242LA 3DN8A 4LDEA 2B75A 1CX6A 1L79A 1L37A 3DNAA 2Q9EA 4DAJA 1L06A 1L49A 1JQUA 1OVJA 4LDLA 4YX7C 5I14A 4DJHA 1CV1A 1L53A 4OO9A 252LA 4YXCA 1C6EA 2NTGA 232LA 3OE8A 1DYGA 163LA 1C6CA 1L33A 2OU9A 1L40A 2RAZX 1L87A 2RB0X 1L02A 197LA 1SSWA 2B6ZA 224LA 3DN3A 4I7MA 231LA 262LA 120LA 152LA 1L18A 2B6TA 245LA 1LWGA 3PBLA 4ARLA 1P7SA 1PQKA 2RB2X 3JR6A 3L2XA 1SX7A 3NY9A 1L26A 2L78A 1KY0A 1L23A 250LA 1D3MA 3SB6A 185LA 1QSBA 3C7ZA 1KW7A 137LA 3HH4A 1C6FA 1L0JA 1L45A 188LA 1CV5A 1SX2A 2O7AA 3F8VA 3UONA 4YXAC 1G0QA 4LDOA 171LA 3SBBC 1CVKA 2OTYX 1DYFA 1LGWA 4DKLA 1DYCA 2RH1A 1P6YA 4AQNA 1L64A 3VW7A 1LYIA 2ANVA 261LA 1L63A 1C69A 1QUGA 4I7JA 1L84A 140LA 4I7LA 2RBQA 159LA 1L01A 225LA 3DMXA 1T8FA 1QUHA 1L71A 1LYDA 1C64A 1L07A 1P56A 1L85A 1L62A 1C6IA 1QT5A 1G06A 1L57A 1L60A 4K5YA 3CDOA 235LA 3GULA 1DYDA 215LA 1G0JA 1L94A 1CX7A 2OE7X 1L59A 1D3NA 1LGXA 3C8SA 138LA 1CV4A 217LA 125LA 2Q9DA 123LA 1D9WA 1LI2A 1EPYA 3GUNA 111LA 2B7XA 209LA 244LA 1C66A 7LZMA 6LZMA 233LA 218LA 1L67A 210LA 1L99A 1LGUA 1L61A 220LA 3GUPA 1L44A 1LPYA 1QTHA 229LA 247LA 4GBRB 1OWYA 1JTNA 168LA 1L54A 1LYEA 115LA 164LA 1OWZA 114LA 196LA 3C8RA 3HU8A 126LA 219LA 3SB7A 1L69A 1DYBA 161LA 1CU6A 1CUQA 4W51A 1P46A 1WTHA 2OE4X 3DN4A 1L82A 1L00A 1L10A 141LA 1PQDA 1JTMA 1LYHA 2QB0B 1L95A 1SWZA 143LA 127LA 1L25A 1C63A 212LA 3GUMA 3L64A 3G3XA 4EJ4A 239LA 201LA 1L34A 1P37A 3OE6A 2O4WA 4W52A 1SSYA 112LA 1OV5A 3SB8A 1XEPA 2RBNA 2OE9X 3SBAA 2O79A 1LWKA 213LA 1G0MA 1P36A 2OTZX 4EPIA 1CTWA 3HUKA 166LA 1D2WA 128LA 1CUPA 1L72A 1L80A 223LA 1L58A 251LA 1QTBA 1CV3A 4EKPA 221LA 2OU0X 3CDTA 226LA 1LLHA 211LA 1L81A 4S0WA 257LA 3LZMA 1P3NA 1L83A 4PK0A 2ANXA 2OU8A 1D3FA 3HT7A 1PQIA 192LA 1L97A 3SN6R 3DN0A 1L35A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EKRA 4BADA 4N1EI 4TTDA 195LA 2B6YA 4ZPUA 2QARC 2MEDA 4CHXA 4EKQA 1L65A 2HEDA 189LA 1LZYA 1C6GA 3HDFA 2CDSA 156LA 1CNSA 1LKSA 4YENA 129LA 1IORA 1ZURA 4W54A 4PGJB 1L36A 1D6PA 1HERA 1FLWA 181LA 1C68A 4I7KA 1B7PA 1UIBA 1EQEA 1D0KA 119LA 1QSAA 4NGOA 1GFAA 5J7CA 1J1XY 1L29A 3HUAA 3RZ4A 1QUTA 1C6DA 1KW5A 1WQNA 1HC0A 1C65A 1UUZC 2YBNA 1F10A 4G49A 5F14A 3NY8A 1F6RA 1C6TA 1EQ5A 4UWVA 1OVKA 158LA 1GB6A 5APEA 2RBSA 254LA 157LA 5LA5A 1QUOA 1FLUA 4C3WA 5HQ1A 4PHIA 5L9JA 1L17A 1L47A 5LVHA 1WVUA 2Z37A 178LA 1NWGA 1EQ4A 2LYZA 2B6WA 4MCKA 1B7NA 3EXDA 5KXWA 1G0KA 3OE9A 1C61A 3GUJA 5APDA 1NHBA 1QTEA 1LYJA 1G7MC 149LA 1L39A 5LYMA 4BS7A 4N8ZA 4ETEA 1GFGA 4WLXA 4LZMA 3RNXA 2HU3A 1CV0A 2LCBA 1LZGA 3C82A 1LHLA 1C62A 2FBDA 240LA 3RZEA 1K28A 107LA 1L14A 4I7QA 5KXPA 118LA 3CDQA 3A34A 1GFEA 214LA 1B5ZA 4KXIA 146LA 4ML7A 5KXXA 4H9EA 104LA 3LYOA 1GFTA 4NWEA 165LA 1L30A 1D6QA 259LA 4DD7A 3V2YA 3A6CY 1OUJA 1GDWA 1L66A 5LA8A 4BAFA 5APCA 256LA 1L27A 2BQMA 1T6HA 1LJIA 2Z18A 1LMPA 5LINA 1QTZA 1L73A 1ZWNA 3DMVA 3A91A 4NWHA 5HLLA 4Z98A 1WQPA 5IHGA 1HEMA 3FI5A 4KT3A 4XJGA 1G7LC 4I7SA 1ZVHL 1IP5A 4YEMA 3TXEA 3CT1A 3DKEX 4WM1A 1YAMA 1CJ8A 1C6PA 1LYOA 4H1PA 5K7OA 4C5FA 154LA 3B6LA 1GF5A 3WULA 5LYZA 1JKDA 4P2EA 1L74A 3C80A 3TMUA 1UC0A 2A4TA 1L13A 3D4SA 4GRVA 5LZMA 170LA 4HV1A 1OVHA 1OUIA 4W57A 1VDPA 4X3BA 242LA 3DN8A 2WARA 2FYDA 1L79A 1VDTA 1L37A 4D9ZA 1L06A 1JQUA 4YXCA 1C6EA 2NTGA 1JSEA 5LVIA 1OUGA 1BGIA 2I25L 1FBIX 2MEFA 1LJFA 1DYGA 1L33A 1IVMA 4TWSA 5LIOA 2RB0X 1L02A 1UBZA 3WMKA 1GD6A 2B6ZA 262LA 120LA 1HFYA 4LYMA 1CJ6A 4LYBA 2B6TA 4ARLA 1P7SA 2X0AA 1GF4A 4NG1A 4PPOA 2LHMA 250LA 1D3MA 3AZ4A 4J1AA 4IATA 5LAGA 2O7AA 3SBBC 2OTYX 1LGWA 4DKLA 1HHLA 1REYA 1HEOA 2RH1A 2BLYA 2RSCA 1ZVYB 2ANVA 1AT5A 1QQYA 5DL9A 261LA 3TXJA 1YAOA 3D3DA 4PRUA 1LMCA 1QUGA 1JTTL 2MEAA 4IASA 1UIEA 1LJGA 2G4QA 4I7LA 3DMXA 1T8FA 1L71A 4DT3A 1RCMA 4K5YA 5T3FA 3GULA 1IWTA 2CGIA 5LVKA 215LA 1CX7A 1L59A 1UICA 4YOPA 217LA 4TUNA 125LA 1D9WA 3FE0A 1C45A 1EPYA 1C66A 2HUBA 1L67A 1L99A 220LA 2NWDX 1LPYA 1QTHA 1T3PA 229LA 4GBRB 1OWYA 1JTNA 1GFVA 168LA 1L54A 2G4PA 3A96A 1JUGA 164LA 114LA 196LA 2I26L 4H94A 219LA 4YEOA 1OUEA 3WPJA 1DYBA 5FSTA 3W6BA 1WTHA 2DQIY 1L00A 1L10A 141LA 4ETDA 1DKKA 1JTMA 3WU8A 4O34A 1SWZA 1P2CC 1L25A 3GUMA 3G3XA 4GCDA 4EJ4A 1W6ZA 1L34A 3OE6A 1H6MA 1SSYA 1BB6A 1GBXA 3SB8A 1XEPA 2Z12A 1XGQC 6LYZA 1LWKA 4H9AA 1NDMC 4I0CA 4WLDA 5DM9A 2C8OA 4HTQA 1L80A 251LA 135LA 4IJ4A 4EKPA 3AYQA 4DDBA 3QY4A 4NSIA 3TXIA 1UIGA 1HMLA 1GFRA 1L81A 1WTMA 3AB6A 1UCOA 1L83A 1UA6Y 4MSTA 1D3FA 1LJ3A 1XGPC 4QEQA 1PQIA 2XBRA 1B6IA 4CFOA 2HU1A 2B6XA 2HULA 241LA 3W3EA 2YVBA 2W1YA 3HT9A 2AUBA 3GUOA 3HT6A 1YKYX 3HUQA 1LMAA 236LA 1B5YA 1T8GA 1CU0A 1XJTA 1D2YA 4GCEA 3ZVQA 1OUCA 1XGTC 4Z41A 1C46A 4ZEEA 1L43A 2ZYPA 2RBOA 3DN1A 2RB1X 1P2RA 5I4XA 1GF3A 5L3HA 4OOTA 4XJDA 4E97A 1I56A 2D4KA 1IP6A 1QS5A 3CB7A 4U3XB 1QT4A 1GEZA 1LJEA 2BQGA 1XGRC 3FADA 3HBDA 2BPUA 5I4WA 4M4OA 1CKDA 1DZBX 2EKSC 108LA 3RUNA 3V2WA 1TAYA 3AZ5A 1QT7A 1VDQA 3M18B 2CUUA 3G3VA 1QUDA 4H9HA 1B9OA 1LZ1A 4OOOA 1IP3A 3K2RA 3P68A 4HJVA 1HSXA 3WW6A 1GFUA 3AW6A 1C7PA 1L90A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EKR A;  4BAD A;  4N1E I;  4TTD A;  195L A;  2B6Y A;  4ZPU A;  2QAR C;  2MED A;  4CHX A;  4EKQ A;  1L65 A;  2HED A;  189L A;  1LZY A;  1C6G A;  3HDF A;  2CDS A;  156L A;  1CNS A;  1LKS A;  4YEN A;  129L A;  1IOR A;  1ZUR A;  4W54 A;  4PGJ B;  1L36 A;  1D6P A;  1HER A;  1FLW A;  181L A;  1C68 A;  4I7K A;  1B7P A;  1UIB A;  1EQE A;  1D0K A;  119L A;  1QSA A;  4NGO A;  1GFA A;  5J7C A;  1J1X Y;  1L29 A;  3HUA A;  3RZ4 A;  1QUT A;  1C6D A;  1KW5 A;  1WQN A;  1HC0 A;  1C65 A;  1UUZ C;  2YBN A;  1F10 A;  4G49 A;  5F14 A;  3NY8 A;  1F6R A;  1C6T A;  1EQ5 A;  4UWV A;  1OVK A;  158L A;  1GB6 A;  5APE A;  2RBS A;  254L A;  157L A;  5LA5 A;  1QUO A;  1FLU A;  4C3W A;  5HQ1 A;  4PHI A;  5L9J A;  1L17 A;  1L47 A;  5LVH A;  1WVU A;  2Z37 A;  178L A;  1NWG A;  1EQ4 A;  2LYZ A;  2B6W A;  4MCK A;  1B7N A;  3EXD A;  5KXW A;  1G0K A;  3OE9 A;  1C61 A;  3GUJ A;  5APD A;  1NHB A;  1QTE A;  1LYJ A;  1G7M C;  149L A;  1L39 A;  5LYM A;  4BS7 A;  4N8Z A;  4ETE A;  1GFG A;  4WLX A;  4LZM A;  3RNX A;  2HU3 A;  1CV0 A; 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