114LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKTELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 114lA00
1L95A 3SB9A 1DYBA 1CV3A 2B72A 234LA 2B73A 1QUGA 1C67A 4W52A 1SSWA 1P37A 174LA 1C6LA 3C7YA 3HDEA 188LA 1QT6A 4ARPA 236LA 256LA 120LA 1L0KA 1L35A 1L75A 3HTDA 3G3WA 3V2YA 1C6QA 1LYFA 1D3JA 262LA 2NTGA 260LA 225LA 4EJ4A 1C6GA 1L87A 1L15A 228LA 1L58A 3GUNA 3RZEA 1T6HA 3GUOA 1G0PA 1LI6A 213LA 181LA 4ARMA 1OYUA 182LA 1D2YA 1L48A 3DN3A 4I7OA 107LA 1L50A 1C6MA 1L00A 1CUPA 220LA 2RAZX 1XJTA 166LA 1L26A 3CDVA 111LA 1PQDA 248LA 170LA 2B74A 2B6XA 1L92A 146LA 1C69A 1P2RA 177LA 2RBNA 1QSQA 1L51A 164LA 4I7SA 3CDQA 143LA 235LA 4LZMA 1C6NA 6LZMA 4EKPA 4I7RA 1L94A 1L05A 2RB1X 5I14A 1L21A 221LA 4YXCA 1OV5A 233LA 242LA 1P64A 4ARMB 1G1VA 1QS9A 165LA 1XJUA 1PQMA 259LA 1C60A 1C6CA 201LA 1C6PA 1LI3A 3HH3A 3DN8A 1C61A 102LA 191LA 1C6IA 229LA 1L67A 152LA 1OVKA 3V2WA 163LA 1C64A 3EMLA 4LDEA 1L01A 1PQIA 210LA 155LA 1L16A 1T8AA 150LA 2QARC 1DYCA 128LA 1QT4A 3DN0A 3HTBA 4S0WA 1LPYA 1L59A 1P36A 127LA 254LA 3QAKA 1L98A 3DNAA 158LA 149LA 1LW9A 7LZMA 1L99A 167LA 1T8FA 4I7JA 1LYEA 1L37A 1L72A 103LA 4E97A 2OU9A 1P5CA 4W56A 199LA 4W57A 4PJZA 1QTVA 2OE7X 2Z6BA 1WTHA 243LA 224LA 3HT8A 4ARLA 1KY1A 1PQOA 1L29A 3HH5A 1CVKA 1L45A 4IAPA 1CU2A 3OE6A 4I7QA 215LA 2OE4X 1C68A 1QUDA 1L86A 3PBLA 1L77A 217LA 227LA 1G06A 3DN1A 4EPIA 3GUIA 246LA 3C82A 200LA 1L40A 1QT3A 3SB8A 4I7TA 237LA 2RBPA 1OVHA 1OWZA 1LYJA 5LZMA 1L23A 3DN6A 1CU3A 1DYEA 2F2QA 232LA 2RBOA 3OE9A 252LA 1D9WA 1CTWA 1C65A 1G0MA 226LA 2B6WA 1B6IA 230LA 1OVJA 2HUMA 2ANVA 1L42A 145LA 1C6JA 3SB6A 1L30A 3HU9A 3HT6A 1L90A 3SB7A 2O4WA 178LA 1LGWA 122LA 1L69A 138LA 176LA 1G0KA 1L07A 1L31A 1SWZA 250LA 3SB5A 3CDOA 118LA 4LDLA 4ARJA 1LYHA 1G1WA 180LA 1P46A 1ZWNA 4GBRB 2RB2X 3SBBC 3FADA 131LA 216LA 1L73A 1L64A 1LYGA 2B6YA 223LA 126LA 2CUUA 1LWKA 137LA 3L64A 1L46A 222LA 1D2WA 1D3MA 1G0QA 3DN2A 4PK0A 1L70A 1L24A 2RAYX 4ARQA 2OTZX 1JTMA 1L32A 2RH1A 1T8GA 141LA 3HT7A 1L17A 2Q9EA 1QS5A 1L96A 1L28A 1LWGA 2B70A 1L06A 192LA 1K28A 1PQKA 108LA 1C6KA 1L62A 3C80A 3GUMA 1PQJA 1C6DA 1L36A 144LA 1QT5A 214LA 2QB0B 1L27A 1TLAA 4LDOA 211LA 4EPFA 129LA 4YX7C 196LA 147LA 1SWYA 1QTZA 1G0GA 112LA 1G07A 3HUKA 1CV0A 162LA 185LA 1L63A 4ARQB 1DYFA 1C6TA 1L55A 1KY0A 2F32A 3NY8A 1JQUA 3OE0A 4DKLA 3OE8A 1L82A 1L81A 1L56A 1LI2A 3G3VA 3DN4A 1L38A 3C83A 3DMVA 3DMXA 148LE 1KW5A 3HH6A 3NY9A 1DYGA 2L78A 3JR6A 115LA 1KS3A 4W55A 1L44A 1L88A 1L14A 3UONA 4I7PA 1P7SA 205LA 2Q9DA 212LA 1SX7A 151LA 2HULA 184LA 3C8SA 244LA 189LA 1CV1A 1L20A 1G0LA 161LA 2OE9X 3FA0A 2RBQA 1CU5A 3C8QA 119LA 3GULA 1L84A 247LA 1QUOA 160LA 1C6HA 2OU0X 1D3FA 1DYDA 4AQNA 2RB0X 1L71A 218LA 198LA 187LA 1DYAA 1LYDA 2F47A 3K2RA 1L76A 1SSYA 219LA 1KNIA 183LA 1P2LA 1CV5A 1LYIA 1LGUA 1L52A 2B6ZA 4K5YA 1L04A 1L54A 3ODUA 4YXAC 2B6TA 159LA 1L18A 1QT8A 2ANXA 1L19A 1L83A 3HTFA 156LA 1C6BA 125LA 114LA 1G0JA 231LA 1OWYA 253LA 2LCBA 3PDSA 3C8RA 1CUQA 123LA 1QTCA 197LA 2O7AA 1L93A 1L22A 2LZMA 1L61A 3GUKA 186LA 1LGXA 3DKEX 1C63A 1L53A 1P56A 2B75A 195LA 3RUNA 1L74A 104LA 2A4TA 4I7MA 1L89A 1CV6A 1L68A 1L80A 240LA 3DMZA 3SN6R 4I7LA 3C81A 241LA 172LA 4EKSA 1L97A 1C66A 3L2XA 110LA 1L43A 1CX6A 1L91A 175LA 4GRVA 2HUKA 1CU6A 206LA 3CDRA 3HWLA 171LA 2RBSA 2OU8A 1SX2A 2O79A 1L47A 1NHBA 4W59A 2IGCA 1L12A 1OV7A 4DJHA 239LA 1C6FA 1KW7A 2RBRA 2LC9A 4EKRA 1L09A 2B7XA 1L41A 1L60A 1L08A 1P6YA 3GUPA 142LA 1QTHA 3G3XA 3HTGA 4ZPUA 157LA 3LZMA 3C7ZA 2OEAX 113LA 1D3NA 249LA 3HUQA 1L79A 1P3NA 130LA 1L66A 261LA 1L03A 4EXMA 1C62A 1L11A 1QTBA 4I7KA 169LA 4DAJA 2OTYX 1T97A 1L10A 1L34A 258LA 3VW7A 1CX7A 3F8VA 4W53A 245LA 1EPYA 139LA 3C7WA 109LA 3CDTA 1CV4A 3FI5A 4EKQA 2NTHA 3HDFA 251LA 1XEPA 140LA 1QUHA 190LA 1L13A 1L39A 3HUAA 4W58A 4I7NA 1QTDA 1JTNA 1L65A 3NYAA 3HU8A 3HT9A 4OO9A 1ZYTA 3D4SA 1I6SA 1QT7A 168LA 1L85A 1L33A 1ZURA 257LA 255LA 3GUJA 1LLHA 3SBAA 1QSBA 238LA 1L57A 4W54A 1L0JA 1C6AA 1CU0A 209LA 1L25A 173LA 1C6EA 1L02A 3F9LA 3HH4A 1L49A 4W51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L95A 2D6BA 1LHLA 4XJBA 3B6LA 8LYZA 4WL6A 5KXSA 1GB8A 1DXJA 4II8A 5KKJA 1L75A 4GN5C 5KXLA 1VFBC 2LHMA 3A95A 4YEOA 5KXKA 1IORA 1GF5A 5I53A 225LA 4EJ4A 2YBHA 1C6GA 1IOQA 3RU5A 1XGQC 3A3QA 3GUOA 4NGKA 181LA 1L48A 1GDXA 4I7OA 4I0CA 1CUPA 166LA 1YILA 1REXA 1PQDA 3IWRA 2B74A 2I25L 4HTKA 1C69A 4LFPA 5LYTA 4H1PA 4I7RA 1LSNA 3HBEX 1L94A 3P68A 2RB1X 4QY9A 1QTEA 4LYCA 4NSJA 221LA 2HEFA 4ARMB 233LA 4MR1A 1P64A 1IY4A 2ZYPA 1QS9A 1PQMA 2MEDA 201LA 3P64A 1EQ4A 1QUTA 1AT6A 5HNCA 1IWWA 5LVJA 1GEVA 5D5FA 3V2WA 1CKGA 1B2KA 1QIOA 2DQDY 3EMLA 4ETAA 2H9JA 3W6FA 154LA 210LA 1L16A 1XGRC 2QARC 4QEQA 3MGWA 1LHHA 1LPYA 5I4XA 1QDRA 1P36A 1LSAA 254LA 3QAKA 3DNAA 158LA 1GB9A 7LZMA 1L72A 4XJDA 2OU9A 1GFVA 4LGKA 4BADA 1RJCB 2BQMA 1SQ2L 208LA 4ET9A 243LA 224LA 4ARLA 3EO5A 3LHMA 3HH5A 1LZ5A 4IAPA 2BQEA 3TXJA 215LA 3AW6A 1KIPC 2F4GA 1QUDA 4Z3MA 3DN1A 3TXDA 1LHJA 5KXPA 3A93A 2RBPA 1OVHA 1B5UA 1C08C 4WM5A 3N9CA 3OE9A 1LZAA 1CTWA 1IWVA 1C65A 3SP3A 4N8ZA 4DD2A 1HENA 1LPIA 3B0OA 2W1LA 2B6WA 2Z12A 4TX7A 4NWEA 1OVJA 4XJHA 1KXWA 3HU9A 3HT6A 1L90A 178LA 1GFRA 1L07A 3W6AA 1LYHA 4NGJA 1VDTA 5B1GA 4N9RA 1DKKA 223LA 126LA 4Z98A 1LWKA 5I4WA 4OOOA 1NBZC 3WW5A 3P65A 4NHPA 1GAYA 2DQHY 1LSFA 4G9SA 6LYZA 2LZ2A 4EOFA 1HF4A 5FELA 3WULA 5T3FA 4H94A 1L17A 1LWGA 5AMYA 1L06A 3AGGG 4XJFA 3GUMA 1HFXA 1QT5A 3HBDA 5M1YA 4RDSA 1OUIA 3M18B 1LJEA 211LA 4EPFA 129LA 3M3UA 5EBHA 2ZNWY 1QTZA 4BAFA 4NGWA 4QGZA 3HUKA 1CV0A 3TMWA 4LT2A 1GB6A 1C6TA 1L55A 1G7JC 2F32A 3NY8A 1LSYA 4DQ7A 4H9HA 5C6LA 1L56A 5B59A 5B06A 3DMVA 3DMXA 1KW5A 4ZFPA 2L78A 3D9AC 4HJYA 2BQBA 3WVXA 1HSXA 3GXKA 1UACY 205LA 1LMTA 5LINA 5KXMA 2D4IA 1FLUA 1MLCE 5LVKA 4NSIA 1NQIA 184LA 3WMKA 1CV1A 1L20A 4GCBA 3C8QA 247LA 2OU0X 1KIRC 1DYDA 3TXKA 1KIQC 4RLNA 3W6CA 187LA 198LA 1LYDA 2F47A 3K2RA 2Z2EA 1P2LA 5F9UA 4WM6A 1OUHA 4YXAC 4PRUA 5B1FA 4NHIA 1LMPA 159LA 1QT8A 4OOTA 4WLDA 1LHMA 1QTKA 114LA 253LA 1G0JA 3CT1A 2YBJA 2XTHA 3C8RA 123LA 1QTCA 2CGIA 2O7AA 4LYMA 3DKEX 2EKSC 1C63A 1L53A 1P56A 1INUA 4WM3A 1GF7A 2C8OA 3RUNA 4N5RA 1WTNA 5LAGA 4I7MA 1GAZA 1BB6A 3N9AA 3C81A 4EKSA 1JIYA 5FHWA 3WU7A 2EPEA 4GRVA 206LA 4HV1A 2OU8A 3CQLA 4H9FA 2HEDA 2HU1A 1NHBA 4GCEA 2G4PA 4YM8A 4XJGA 1IP7A 2A7DA 3VWOA 1GF8A 4GCFA 4I8SA 3G3BB 2IHLA 2G4NA 3WUNA 1L09A 2B7XA 4NSGA 1QTHA 4DQ5A 3C7ZA 2BQHA 4G4CA 1GB2A 5KXRA 5APFA 1D0MA 1GB5A 1L79A 1UIHA 2DQJY 1GE2A 4EXMA 4TSCA 4DAJA 1L34A 3VW7A 1LZ9A 1EPYA 2DKVA 4CFPA 2MEAA 1FLYA 2FYCA 1QQYA 4H93A 1JTNA 3HT9A 1GXV2 5B05A 1WQRA 3D4SA 3TXHA 1LYYA 3WUAA 2HUBA 255LA 3GXRA 4DD0A 2XJWA 4WLYA 3AGHA 1DQJC 1DYBA 1CV3A 2B72A 4B4IA 4W52A 1TBYA 1SSWA 4J0LA 5KXWA 4ARPA 1H6MA 2BQIA 2BQAA 1BB3A 1LMCA 4DYGA 1L35A 1J1XY 4OWEA 3OJPA 3G3WA 1CJ9A 1CKFA 1LYFA 3T36A 2NWDX 260LA 1G7HC 1HFZA 4WO6A 5L3IA 1L87A 4WM1A 2I6ZA 3GUNA 3RZEA 1DI5A 1T6HA 4YEMA 1IWYA 2C8PA 1D2YA 1JITA 3D3DA 9LYZA 5APEA 3TMUA 1GBZA 1LSBA 4WM4A 1UIFA 2YBLA 248LA 2B6XA 1L92A 1UIEA 3BKVA 2Q0MX 177LA 3P4ZA 2BQDA 3CDQA 4J1AA 1IWZA 6LZMA 4EKPA 1HNLA 3A6BY 1G7LC 2LYMA 5F9XA 4G4BA 1RE2A 5LA8A 4YXCA 242LA 1C6PA 4GN3A 4A7DA 3DN8A 1C61A 3FE0A 1GBSA 1YKXX 1GD6A 1C64A 4LDEA 4BAPA 1L01A 4ZIXA 1DI3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L95 A;  2D6B A;  1LHL A;  4XJB A;  3B6L A;  8LYZ A;  4WL6 A;  5KXS A;  1GB8 A;  1DXJ A;  4II8 A;  5KKJ A;  1L75 A;  4GN5 C;  5KXL A;  1VFB C;  2LHM A;  3A95 A;  4YEO A;  5KXK A;  1IOR A;  1GF5 A;  5I53 A;  225L A;  4EJ4 A;  2YBH A;  1C6G A;  1IOQ A;  3RU5 A;  1XGQ C;  3A3Q A;  3GUO A;  4NGK A;  181L A;  1L48 A;  1GDX A;  4I7O A;  4I0C A;  1CUP A;  166L A;  1YIL A;  1REX A;  1PQD A;  3IWR A;  2B74 A;  2I25 L;  4HTK A;  1C69 A;  4LFP A;  5LYT A;  4H1P A;  4I7R A;  1LSN A;  3HBE X;  1L94 A;  3P68 A;  2RB1 X;  4QY9 A;  1QTE A;  4LYC A;  4NSJ A;  221L A;  2HEF A;  4ARM B;  233L A;  4MR1 A;  1P64 A;  1IY4 A;  2ZYP A;  1QS9 A;  1PQM A;  2MED A;  201L A;  3P64 A;  1EQ4 A;  1QUT A;  1AT6 A;  5HNC A;  1IWW A;  5LVJ A;  1GEV A;  5D5F A;  3V2W A;  1CKG A;  1B2K A;  1QIO A;  2DQD Y;  3EML A;  4ETA A;  2H9J A;  3W6F A;  154L A;  210L A;  1L16 A;  1XGR C;  2QAR C;  4QEQ A;  3MGW A;  1LHH A;  1LPY A;  5I4X A;  1QDR A;  1P36 A;  1LSA A;  254L A;  3QAK A;  3DNA A;  158L A;  1GB9 A;  7LZM A;  1L72 A;  4XJD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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