114LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKTELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 114lA00
192LA 1L91A 1L08A 246LA 3RZEA 3L64A 159LA 1L63A 1L70A 112LA 260LA 2Q9EA 161LA 3GULA 1L66A 216LA 1L27A 4EPIA 1L44A 1C6NA 1L83A 4W58A 2L78A 3HUKA 1L49A 1QSBA 262LA 1ZURA 1SSWA 1C6AA 1L85A 220LA 104LA 4ARMB 2HUKA 1CUQA 180LA 1P3NA 103LA 1L37A 2RAYX 3L2XA 1L04A 185LA 2OU9A 1C6JA 251LA 3DKEX 3DMXA 1G0GA 3CDVA 181LA 1G0KA 1QTHA 1DYBA 1L99A 3SB6A 1G06A 1L93A 1L15A 1QTBA 147LA 4LDLA 198LA 1PQDA 1DYDA 243LA 174LA 2B7XA 3C7WA 4I7RA 4AQNA 3HH6A 4I7SA 151LA 1L68A 3HT9A 2OEAX 1OV7A 1LI3A 2RBNA 1L35A 1C60A 4PJZA 115LA 227LA 176LA 1L02A 4OO9A 4W51A 1QTDA 3HTBA 3DMVA 3JR6A 4LDEA 1LGXA 1C68A 157LA 1L13A 145LA 1LLHA 126LA 149LA 3SB5A 3SB9A 1L56A 1L81A 187LA 4GBRB 1L43A 1SWZA 1CVKA 1C61A 3OE8A 4W57A 3HTFA 167LA 210LA 4W56A 4ARLA 123LA 1L94A 1CV6A 3G3XA 1T8GA 213LA 4PK0A 217LA 2B73A 3FI5A 201LA 1CU2A 4I7MA 1QUOA 1LGUA 1CV5A 1OYUA 1P36A 113LA 4E97A 129LA 3HT6A 239LA 1DYFA 1L47A 1XJUA 2RB1X 4EKRA 4W52A 7LZMA 1KY0A 1L14A 1L52A 1L30A 3CDRA 3GUIA 119LA 1LI2A 1PQIA 1G0MA 139LA 1QTVA 1T97A 1ZWNA 4GRVA 2NTHA 1PQOA 1NHBA 1QUGA 189LA 1C66A 1SSYA 1L32A 214LA 1CV4A 3DN6A 4I7KA 1QUDA 1QT8A 1CU5A 238LA 3GUJA 1L90A 3NYAA 163LA 1OWYA 2RAZX 248LA 3C7YA 130LA 1C62A 171LA 1L16A 1G0LA 1C6EA 3DMZA 110LA 4I7LA 218LA 1L07A 1L58A 1L00A 1C6LA 1L75A 245LA 2OE4X 2Q9DA 3DN2A 259LA 1G0QA 3SN6R 1C6HA 1L53A 150LA 1C6TA 137LA 1C6PA 2B6TA 197LA 3GUNA 2OTZX 212LA 211LA 1D2YA 1L03A 1CU6A 1D3MA 1XEPA 1L86A 4EJ4A 3PBLA 1L92A 131LA 2QB0B 3OE9A 169LA 3SB7A 1C6MA 1CV3A 2A4TA 1L21A 1P37A 127LA 1D3NA 1DYAA 164LA 186LA 1L79A 1C6CA 1L11A 1L88A 1PQMA 3RUNA 1EPYA 4W55A 1L96A 168LA 1CV0A 3DN4A 1T6HA 2QARC 6LZMA 247LA 205LA 1L64A 190LA 1L45A 3LZMA 254LA 230LA 4EKPA 4K5YA 1L60A 182LA 2HULA 4ARQB 1L29A 258LA 152LA 114LA 162LA 4YXAC 2OTYX 1KW7A 1LPYA 1PQKA 1P2LA 3C80A 1I6SA 1L61A 4I7JA 215LA 1L65A 1L74A 3G3VA 1C67A 250LA 3NY8A 1L87A 1L46A 1C6QA 3C83A 111LA 236LA 3DN3A 2HUMA 1JQUA 2RBPA 4IAPA 2O7AA 118LA 170LA 1C65A 3GUKA 1L19A 3HTGA 1P7SA 249LA 225LA 166LA 233LA 3CDQA 1L25A 173LA 1CUPA 1QSQA 234LA 2LC9A 1WTHA 138LA 3HTDA 1L12A 2B6WA 1QT6A 172LA 3DNAA 2F2QA 1L95A 1L42A 2OU8A 1KW5A 252LA 3FADA 1L28A 1SX7A 222LA 3CDTA 1L10A 255LA 3ODUA 195LA 1LYGA 2Z6BA 3GUOA 1LWGA 4ARJA 4YXCA 2B6YA 235LA 4I7OA 1L34A 2RBRA 3V2WA 142LA 1L26A 1L67A 1D3JA 3EMLA 1L05A 209LA 256LA 140LA 1SX2A 3V2YA 4I7NA 1L62A 1QTCA 3OE6A 160LA 188LA 2OE7X 4ARQA 155LA 1C6KA 1L39A 3F8VA 1L01A 1CX7A 1LI6A 1C6FA 1QS5A 1P2RA 2LCBA 1SWYA 120LA 2OE9X 2B72A 1L17A 1LYIA 1CX6A 1LYEA 1QTZA 3HWLA 1L59A 1L69A 1P64A 241LA 2RB2X 3C7ZA 1P6YA 1L72A 156LA 1L33A 1LYDA 3PDSA 1JTNA 1C6BA 1LWKA 2RBSA 2F47A 4I7QA 4DJHA 228LA 2RB0X 219LA 3HT8A 4LDOA 2RBQA 4EPFA 1L22A 1L40A 109LA 2RH1A 1L77A 1QT7A 1C6IA 3HU8A 4DAJA 1L38A 1L73A 1C6DA 1L89A 2IGCA 232LA 3UONA 229LA 3GUPA 1L71A 1DYCA 4EKQA 3F9LA 1T8FA 1LW9A 3HT7A 4ARPA 1G1VA 146LA 3NY9A 4LZMA 4I7PA 2CUUA 4EXMA 158LA 253LA 2ANXA 2ANVA 1TLAA 3SBAA 143LA 3HDEA 1C69A 1LYFA 237LA 1D9WA 1L23A 3HDFA 1C63A 107LA 108LA 3C8RA 1L41A 261LA 223LA 3C8SA 1K28A 2F32A 3GUMA 3SBBC 1P56A 177LA 1P5CA 1L31A 3QAKA 1L57A 5LZMA 1CU3A 3HUQA 1C6GA 1G1WA 4ZPUA 1L54A 199LA 2B75A 1LYHA 1G07A 1L06A 3C8QA 3HH4A 1L18A 226LA 3HH3A 1L97A 1PQJA 2RBOA 1L09A 200LA 178LA 2OU0X 1P46A 1B6IA 1OV5A 2O79A 1L82A 4S0WA 1CU0A 221LA 1QT3A 2B74A 3C81A 4W59A 1L36A 1KS3A 1OVKA 1G0PA 1XJTA 2B6ZA 4YX7C 1QT4A 183LA 184LA 4W54A 1T8AA 1DYEA 1L48A 1QUHA 206LA 1L80A 5I14A 175LA 1L50A 125LA 3OE0A 102LA 1D3FA 4I7TA 4W53A 244LA 1OWZA 1C64A 1LYJA 242LA 191LA 1L0JA 2B6XA 3DN8A 1ZYTA 1L24A 141LA 3VW7A 1L55A 4ARMA 1L51A 3D4SA 1D2WA 1OVHA 3HU9A 3K2RA 1CTWA 1QT5A 1LGWA 1OVJA 257LA 1CV1A 3G3WA 1G0JA 3SB8A 1KY1A 1L20A 2LZMA 231LA 1L84A 196LA 3HH5A 3HUAA 240LA 3CDOA 1QS9A 122LA 2O4WA 1DYGA 224LA 3FA0A 2B70A 165LA 1L0KA 148LE 1L76A 1JTMA 1KNIA 144LA 1L98A 3C82A 128LA 2NTGA 3DN1A 4DKLA 3DN0A 4EKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L91A 246LA 1B7PA 1L70A 1T6VL 1OP9B 5APEA 260LA 1IP1A 2Q9EA 2MEGA 1L66A 216LA 3WPLA 1JTTL 1LAAA 4W58A 1GB9A 1ZURA 4J1BA 1C6AA 1JSFA 2HUKA 1CUQA 103LA 3WXUA 185LA 1IP6A 2BQGA 1B5WA 1LZEA 2BQOA 251LA 1IIZA 1LSZA 1G0GA 4G9SA 3AGGG 3T6UA 4NSHA 1PQDA 5FCPA 5LVJA 5ILCA 2BQEA 174LA 3FE0A 3C7WA 1DI3A 4AQNA 1LYZA 3OJPA 4I7SA 151LA 1QUSA 1OV7A 5LVKA 2C8PA 3TMXA 1PZYA 4PJZA 2FBBA 176LA 4CJ2A 1C68A 5KJ9A 3B6LA 3SB5A 149LA 2ZIKA 2MEIA 5KXMA 4MCKA 1BQLY 3OE8A 3HTFA 3P68A 1LKSA 4H93A 2IFFY 2GV0A 5HNLA 1L94A 1CV6A 3G3XA 3VWOA 213LA 217LA 3FI5A 3WYHA 1QUOA 1LGUA 1BB7A 1LKRA 3ZVQA 1OYUA 4E97A 1CJ6A 1XJUA 3MGWA 1L52A 1REXA 1JKDA 1L30A 1LI2A 1PQIA 1V7SA 1GB5A 1XGUC 2ZQ3A 4XN6A 4IATA 4NHSA 1IR7A 1PQOA 1EL1A 189LA 1T3PA 1VDPA 214LA 5HNCA 3DN6A 1QT8A 1CU5A 248LA 3C7YA 171LA 1L16A 3DMZA 5DLAA 1RJCB 110LA 3B0OA 218LA 4WL6A 1L00A 2DQAA 2LYOA 2Q9DA 259LA 1UIFA 4IJ4A 1L53A 5F81A 197LA 3W6BA 2MEAA 1D3MA 1YAMA 4HPIA 4N1CC 4EJ4A 1L92A 2QB0B 169LA 4LYBA 1L21A 2CJLA 1P37A 4RW2A 127LA 1D3NA 1XGQC 4HP0A 1ZMYL 1JJ1A 1G7HC 4XJIA 3LYMA 4W55A 1L96A 3DN4A 1GF7A 4DT3A 1C08C 2QARC 4PHIA 4GCFA 5FSTA 4O34A 5J7CA 1BWHA 1LSMA 2BQBA 1IP2A 2VB1A 1SQ2L 1YAOA 5APCA 1L29A 258LA 1KW7A 3C80A 4I7JA 4DD7A 1L74A 1A4VA 5KXXA 5KXRA 4QDNA 1GFAA 1JQUA 2RBPA 1C65A 1LSYA 1B5XA 166LA 1OUEA 1CUPA 1QSQA 1IR8A 1LZ1A 1WTHA 138LA 4II8A 3IJVA 1KXWA 4A7DA 1QDTA 3J6KA 4I0CA 1LMOA 5C6IA 4KXIA 1LWGA 1ZVYB 1QUTA 1IY4A 2B6YA 2XJWA 3V2WA 3W6AA 1OUGA 1LHKA 3AGHA 209LA 1P2CC 256LA 140LA 1F10A 2ZQ4A 4DQ5A 1GF3A 5B1FA 188LA 1F6RA 1SWYA 2OE9X 2B72A 1UIDA 3T36A 1LSCA 1B5YA 1L69A 241LA 3P66A 4RLNA 5HMJA 1IWWA 1UIHA 5LAFA 1L33A 1TBYA 1LYDA 1XGRC 1LWKA 2F30A 2RBSA 2BLYA 4I7QA 3CT1A 1QQYA 2RB0X 3HT8A 2YBMA 3W6EA 4DD9A 4R0FA 2X0AA 3BKHA 1L22A 5KXSA 1H6MA 1IOSA 3HU8A 1QT7A 1C6IA 1JJ3A 3A91A 2ZILA 4DAJA 1L73A 1L89A 2IGCA 232LA 4J0LA 4P2EA 4EKQA 3F9LA 2C8OA 1GWDA 1GB6A 4TX7A 4N0JA 1DQJC 5IHGA 143LA 1C69A 1LYFA 1JKAA 3TXEA 3P4ZA 107LA 1OUDA 1GE2A 4H9HA 1L41A 4G4CA 2HU3A 1HEWA 4RDSA 2F32A 1HF4A 3SBBC 1P56A 2HEAA 4B1AA 4WL7A 5FHWA 5D5FA 4ZPUA 2W1XA 3ATNA 5I53A 1L54A 1ZV5L 2B75A 2ZYCA 4H91A 3AGIA 1PQJA 1I56A 2RBOA 4WLTA 4WM3A 1HENA 1LHLA 200LA 178LA 1B6IA 1OV5A 1VATA 1QT3A 3C81A 4NHTA 1GBZA 2FBDA 1ALCA 1L36A 1XJTA 4PRQA 4J1AA 206LA 5I14A 1L50A 1LHJA 8LYZA 1D3FA 1VDTA 244LA 1OWZA 4C3WA 1C64A 3DN8A 1L24A 1YIKA 3VW7A 1L55A 5B07A 3WU9A 3D4SA 1D2WA 4ETBA 1GFKA 2F2NA 2HUBA 1HNLA 1LYOA 1GE1A 1CV1A 3TMVA 1JHLA 1KIQC 3HUAA 1VAUA 1BGIA 2WARA 1HFXA 224LA 1BWIA 1L0KA 144LA 1LZ4A 1L98A 1WQQA 2B5ZA 2Y8PA 4DKLA 3DN0A 4EKSA 4XJBA 3RZEA 2BQNA 4GCEA 4HV1A 161LA 4N5RA 1L27A 5DN4A 4EPIA 1L44A 1YL1X 1WTMA 1D0LA 1D0MA 5C6LA 135LA 3HUKA 1WQPA 1L85A 2HEBA 180LA 1FN5A 4B4JA 1L37A 3L2XA 1L04A 2OU9A 3LZ2A 3WXTA 1NDGC 1GFTA 1LZBA 2EQLA 3N9EA 181LA 4OWAA 1G0KA 1DYBA 3SB6A 1L93A 1NDMC 5KXNA 3D3DA 2B7XA 3TXIA 1J1XY 4I7RA 4HTQA 1DKJA 1YKYX 3HT9A 2DQIY 4DDCA 4CHXA 4Z98A 1GAYA 2MEFA 1SLYA 4OO9A 4B49A 3WW6A 4TTDA 1L13A 3A6CY 1IORA 1LLHA 2ZNXY 154LA 1KIPC 1L81A 1HSXA 4GBRB 1TAYA 1CVKA 1LMAA 1QIOA 167LA 210LA 3ZEKA 123LA 4GN4A 1XEIA 4I7MA 4NY5A 2Q0MX 1GFUA 4HV2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L91 A;  246L A;  1B7P A;  1L70 A;  1T6V L;  1OP9 B;  5APE A;  260L A;  1IP1 A;  2Q9E A;  2MEG A;  1L66 A;  216L A;  3WPL A;  1JTT L;  1LAA A;  4W58 A;  1GB9 A;  1ZUR A;  4J1B A;  1C6A A;  1JSF A;  2HUK A;  1CUQ A;  103L A;  3WXU A;  185L A;  1IP6 A;  2BQG A;  1B5W A;  1LZE A;  2BQO A;  251L A;  1IIZ A;  1LSZ A;  1G0G A;  4G9S A;  3AGG G;  3T6U A;  4NSH A;  1PQD A;  5FCP A;  5LVJ A;  5ILC A;  2BQE A;  174L A;  3FE0 A;  3C7W A;  1DI3 A;  4AQN A;  1LYZ A;  3OJP A;  4I7S A;  151L A;  1QUS A;  1OV7 A;  5LVK A;  2C8P A;  3TMX A;  1PZY A;  4PJZ A;  2FBB A;  176L A;  4CJ2 A;  1C68 A;  5KJ9 A;  3B6L A;  3SB5 A;  149L A;  2ZIK A;  2MEI A;  5KXM A;  4MCK A;  1BQL Y;  3OE8 A;  3HTF A;  3P68 A;  1LKS A;  4H93 A;  2IFF Y;  2GV0 A;  5HNL A;  1L94 A;  1CV6 A;  3G3X A;  3VWO A;  213L A;  217L A;  3FI5 A;  3WYH A;  1QUO A;  1LGU A;  1BB7 A;  1LKR A;  3ZVQ A;  1OYU A;  4E97 A;  1CJ6 A;  1XJU A;  3MGW A;  1L52 A;  1REX A;  1JKD A;  1L30 A;  1LI2 A;  1PQI A;  1V7S A;  1GB5 A;  1XGU C;  2ZQ3 A;  4XN6 A;  4IAT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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