115LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKVELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 115lA00
141LA 1L96A 1CU3A 4W52A 2O4WA 1L16A 3HU9A 1QUOA 1OVJA 3C82A 3L2XA 1L90A 1L53A 129LA 109LA 1D3JA 260LA 3SBAA 1L29A 3GUJA 3HT9A 3L64A 4YXCA 212LA 4ARMA 102LA 235LA 3DNAA 157LA 1L20A 1D2WA 4S0WA 3UONA 183LA 1CTWA 3FI5A 184LA 1L62A 216LA 1L35A 4W51A 1OV5A 1QTBA 241LA 123LA 220LA 228LA 2F2QA 1CUQA 3HTGA 1L93A 174LA 2NTHA 1L86A 1KY1A 1C66A 4I7OA 1L31A 1L79A 4ARJA 3GUIA 186LA 1C68A 3DKEX 110LA 119LA 3CDVA 1L01A 1L71A 3NY8A 1L46A 3C81A 1P36A 1OV7A 1L70A 4K5YA 3HUQA 2NTGA 249LA 3HH3A 168LA 2F32A 3DN1A 4I7NA 246LA 130LA 3OE9A 1L87A 4EPFA 118LA 4YX7C 1CU2A 219LA 3K2RA 3V2YA 4IAPA 1C6IA 250LA 2OU8A 1C6CA 167LA 4LZMA 162LA 1LYGA 1K28A 1T97A 1QT6A 1C6AA 1CU5A 1P3NA 2QB0B 4GRVA 1EPYA 3GUPA 164LA 1L64A 1QT3A 1L55A 1L49A 2Q9EA 3DMZA 192LA 1G0GA 4LDOA 1JQUA 215LA 175LA 3G3XA 1L0KA 1L0JA 262LA 5LZMA 1XEPA 211LA 1PQOA 4DAJA 3CDQA 1L03A 230LA 3F9LA 4EPIA 4AQNA 3C7YA 1SWZA 4I7LA 163LA 1L57A 4GBRB 1LGXA 2RBNA 1C67A 1C6KA 1XJTA 1L19A 148LE 4LDEA 1QUGA 1OWZA 2B6ZA 3G3VA 2RH1A 1C61A 197LA 139LA 213LA 4ARQB 176LA 165LA 1L08A 3C8RA 195LA 209LA 1L76A 2LCBA 2B72A 1L83A 218LA 196LA 1KNIA 2L78A 2OE4X 1C6QA 1L88A 1LLHA 3HT7A 1T8AA 1C6TA 1LGWA 1L34A 221LA 122LA 1L72A 1CV6A 1LYJA 253LA 2B74A 150LA 2RBQA 3HU8A 3JR6A 3NY9A 1C6FA 1P2LA 2OE9X 1PQMA 131LA 126LA 3D4SA 108LA 1P64A 3PDSA 4ARLA 200LA 170LA 3GULA 1CV1A 146LA 1L95A 1L41A 3EMLA 3HWLA 1L81A 1LGUA 2B7XA 1L61A 1LI2A 7LZMA 1G0KA 2HUKA 111LA 1L26A 4PK0A 3FA0A 1SSWA 188LA 1L66A 1C6GA 2O79A 1L24A 1L58A 3C8QA 1L77A 1QT8A 229LA 2B6XA 1QTVA 1G07A 3SB9A 173LA 114LA 3HUKA 3RZEA 4ARPA 2B73A 158LA 1DYEA 1XJUA 1L14A 1L94A 1L69A 1PQKA 191LA 201LA 2RB0X 1KW5A 1L80A 2RAZX 1CUPA 1L17A 1L97A 1C65A 1L04A 4ARMB 2B75A 2HULA 2RAYX 1L02A 1JTNA 2B6WA 1T6HA 1CX6A 137LA 1L47A 1L44A 147LA 3DN8A 127LA 1L45A 1LW9A 4EJ4A 3C7WA 2RBOA 258LA 2RBSA 3DN2A 1LWKA 169LA 1L48A 1QSQA 1QS9A 3V2WA 217LA 156LA 1LYDA 1QT4A 151LA 1C6JA 1L37A 1L84A 3QAKA 2HUMA 1P5CA 1C62A 1L30A 2Z6BA 3HH6A 2QARC 1L91A 1L60A 1L10A 248LA 4I7QA 4DJHA 3HT8A 103LA 112LA 1P56A 4ZPUA 2B70A 1CV0A 1L33A 178LA 1L42A 1L99A 242LA 1JTMA 113LA 3FADA 4I7RA 182LA 231LA 1I6SA 222LA 4W53A 4EKPA 3CDTA 243LA 256LA 1L21A 2RBRA 3C80A 1L52A 3DN0A 2OE7X 1G0PA 1L22A 1L36A 1CX7A 1C64A 4W57A 159LA 2B6TA 1L28A 255LA 125LA 1QTZA 1L05A 3LZMA 1OVKA 177LA 1DYDA 3OE6A 3OE8A 4I7PA 1L92A 1D2YA 1P6YA 1L67A 236LA 3SB6A 1DYAA 1L85A 2RB2X 1ZWNA 120LA 4W56A 4I7SA 3HDFA 2LC9A 1G06A 3DN3A 239LA 3SN6R 104LA 1L73A 1L50A 1G1WA 206LA 1OWYA 223LA 1CVKA 3HH4A 1L09A 1SWYA 2F47A 4I7JA 187LA 1QT7A 254LA 4W58A 3OE0A 1SX2A 180LA 149LA 1DYCA 128LA 2RB1X 4OO9A 1P7SA 1D3FA 1WTHA 1L13A 1SX7A 1C6PA 140LA 1T8GA 1LPYA 155LA 1T8FA 1QTDA 3DN6A 3HH5A 1L63A 3GUKA 1P37A 1C6BA 252LA 2CUUA 1DYBA 4EKRA 1LYFA 142LA 1C60A 1L59A 3SB5A 181LA 4LDLA 1L00A 4I7MA 1D3MA 1LI6A 2A4TA 214LA 171LA 1KS3A 1L11A 4W59A 1C6LA 3C7ZA 224LA 6LZMA 1DYGA 1KW7A 1C6HA 2OEAX 234LA 3HTFA 3DN4A 3PBLA 1CU0A 1L32A 1QSBA 1C6MA 237LA 4EKSA 152LA 1G0QA 3F8VA 3HT6A 160LA 1L75A 3SBBC 3SB8A 261LA 1L25A 2RBPA 1L18A 1L23A 1CV4A 1LI3A 3DMXA 2B6YA 1QS5A 4EXMA 145LA 1L82A 1LYIA 225LA 3CDOA 1OYUA 3C83A 144LA 1L65A 1TLAA 238LA 1CV5A 2IGCA 1C6NA 1ZURA 1ZYTA 1L38A 1L98A 1L89A 244LA 1QUHA 227LA 3RUNA 1L07A 172LA 2LZMA 1L12A 1CU6A 3SB7A 4YXAC 1L56A 3HTBA 1G1VA 3NYAA 2ANXA 1C6EA 4W55A 190LA 1OVHA 3HDEA 3GUNA 3ODUA 4E97A 1KY0A 3GUOA 4PJZA 210LA 5I14A 1C69A 3C8SA 1LYHA 226LA 3HUAA 1L27A 1L06A 1D9WA 189LA 1G0LA 1L74A 247LA 1LWGA 1QTHA 1D3NA 4ARQA 1PQJA 1L51A 1NHBA 2O7AA 198LA 3G3WA 1P46A 1L43A 143LA 1G0JA 2Q9DA 1QTCA 3GUMA 4I7TA 1LYEA 1L68A 2OTYX 161LA 1L15A 3DMVA 233LA 1PQDA 205LA 1QUDA 4DKLA 1QT5A 251LA 1CV3A 1C63A 1DYFA 2ANVA 4I7KA 1L54A 257LA 1C6DA 3CDRA 2OU0X 107LA 1L40A 240LA 115LA 1P2RA 138LA 199LA 185LA 1G0MA 3VW7A 4W54A 232LA 2OU9A 166LA 1SSYA 2OTZX 4EKQA 1PQIA 1B6IA 245LA 3HTDA 259LA 1L39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YBJA 4W52A 3AJNA 1OP9B 4EOFA 4XN6A 4FJRA 1L90A 1NWGA 1D3JA 1WVUA 4MSTA 3WUAA 1L29A 5IDDA 2HTXA 4WLXA 1HEMA 4H93A 4LYOA 1SLYA 4ARMA 1IO5A 1XGRC 4QY9A 4DQ7A 1CTWA 1DI3A 1LJGA 3J6KA 1LZRA 3AZ7A 4DDAA 1HENA 1GB0A 123LA 220LA 2F2QA 1CUQA 174LA 1KY1A 5FCPA 1YIKA 4NG1A 1B7NA 2LYZA 3GUIA 1QTKA 3CDVA 1LMQA 1IWYA 5J7CA 4W94A 3NY8A 4ZEEA 4HV1A 2FBBA 3CT0A 1IR7A 3HH3A 1UA6Y 1XGPC 2YDGA 3DN1A 1LZBA 4I7NA 2I26L 4GCFA 1CU2A 1UIHA 2MEEA 3K2RA 2N5ZA 1LZTA 3B72A 1KIQC 1FKQA 1C6CA 1TAYA 1OUJA 1LSNA 4NHQA 1YL1X 4KL7A 1IP2A 1C6AA 2LYOA 1CKHA 1UIAA 3GUPA 1LJJA 1LHJA 3DMZA 1XEJA 1GBYA 1D6QA 1JUGA 3G3XA 5LZMA 2PC2A 4DAJA 4XJDA 2VB1A 163LA 4GBRB 1UICA 1LHKA 1RE2A 1QUGA 3RNXA 197LA 139LA 2MEGA 4HPIA 4H9CA 165LA 1UIGA 4NSIA 2LCBA 2B72A 5HMVA 1YL0X 5KJ9A 4G4CA 1LGWA 221LA 3ZVQA 150LA 2RBQA 3HU8A 1C6FA 2OE9X 3WXTA 1DI4A 2ZYPA 1UIFA 3CSQA 1HNLA 1L61A 1PZYA 1G0KA 2Q0MX 3IJUA 5F16A 2O79A 1L24A 1L58A 4HSFA 2B6XA 2XTHA 2A7DA 2Z39A 173LA 1LHHA 3RZEA 1V7SA 2RAZX 1L69A 5FSTA 191LA 1KW5A 2DBTA 3A96A 5KXRA 1C65A 1L04A 1L02A 1GFTA 1IR9A 1G7LC 2A7FA 3QNGA 5F14A 1C46A 4RLNA 137LA 2IHLA 4G49A 4EJ4A 2RBOA 3ULRA 258LA 2RBSA 3LN2A 169LA 1QSQA 2HU3A 3WU9A 1KIPC 151LA 1BWHA 4LZTA 1P5CA 2Z6BA 1L91A 248LA 2D6BA 4H9BA 103LA 3EO5A 1P56A 1LZNA 2B70A 4TSCA 1VFBC 178LA 1L99A 1DKJA 4LT1A 4LYTA 4DC4A 1I6SA 4W53A 2FYCA 4EKPA 2IFFY 1CJ7A 2YBNA 2Z19A 4DD7A 1QIOA 1QSAA 1CX7A 4TWSA 159LA 1GBOA 1L28A 4MCKA 125LA 1DPWA 3WMKA 1HEPA 1EQ5A 4R6CA 2CGIA 3QY4A 6LYZA 1B7OA 1GDXA 3MGWA 120LA 1BWIA 3SN6R 104LA 1L73A 1L50A 206LA 5LVHA 2MEAA 2YSSC 4Z98A 5L3IA 1DI5A 4I7JA 1C08C 1VDQA 4W58A 2ZQ4A 1LYZA 128LA 2G4PA 1RJCB 2W1MA 1D3FA 1MLCE 1C6PA 4DD1A 1T8FA 1QTDA 3DN6A 2DQEY 3HH5A 3HFMY 1UBZA 4TTDA 1H6MA 4EKRA 1LJFA 4KT3A 1L59A 4LDLA 4H92A 171LA 1KS3A 4W59A 1G7MC 1QQYA 4NHTA 1HC0A 6LZMA 1WVVA 2ZIKA 4QEQA 5LA5A 3DN4A 3PBLA 3CB7A 5I54A 152LA 5T3FA 3HT6A 1FLQA 1L18A 1WQMA 2B6YA 1LHMA 3CDOA 1OUDA 4LFXA 1L65A 1LYYA 1ALCA 3ZEKA 1ZYTA 2BQLA 1L98A 1QUHA 3RUNA 1AT6A 5L9JA 4NGJA 4YM8A 1NMMA 1IP5A 1C6EA 1GFUA 2D4JA 1KXXA 1LKSA 1C69A 1IP1A 3T36A 1GF9A 1GE2A 4DQJA 1BB6A 1B7SA 1L51A 1GBWA 4I0CA 2LZTA 2BQEA 1C10A 1L43A 1JJ3A 1GAYA 135LA 1G0JA 5LAFA 1REMA 4NGWA 4H8YA 3TMUA 233LA 5DM9A 4H8ZA 3T6UA 1ZVHL 4H9FA 3WVXA 257LA 5FHWA 1GFGA 3CDRA 107LA 3CQLA 4DD9A 115LA 2BPUA 2XBSA 1YAQA 1VATA 1JTPL 1CKFA 4YOPA 2ZQ3A 232LA 1GB3A 1YILA 1UIEA 1PQIA 3A94A 2I6ZA 1J1OY 1GB5A 1L96A 3B0IA 1CU3A 4TSBA 3HU9A 2G4NA 4B4IA 1QUOA 1B7LA 2YBIA 1HERA 3WW5A 5D5CA 3SBAA 2W1YA 2YBMA 3L64A 5B1FA 4NIJA 102LA 4I8SA 157LA 4S0WA 1DKKA 3FI5A 4CFOA 184LA 4W51A 1LZ1A 241LA 4QDNA 228LA 4BAFA 1HMLA 3J4GA 1L31A 1BQLY 186LA 110LA 5HNLA 1LSZA 4B4EA 1DPXA 1L71A 1WTMA 6LYTA 1L46A 1GHLA 3P64A 4K5YA 1IP3A 5IHGA 168LA 130LA 3OE9A 4EPFA 1RI8B 1WQPA 2BQMA 3TMXA 4II8A 1LSGA 1GXXA 167LA 3OJPA 4LZMA 1GAZA 1YAOA 1IR8A 1JHLA 1T97A 1G7JC 1QT6A 4ANRA 1P3NA 4GRVA 1L64A 1QT3A 4NGYA 2ZNXY 2NWDX 1L49A 1UIDA 192LA 215LA 1GF5A 3WXUA 1LZCA 262LA 211LA 1B5UA 1BVKC 1L03A 5B59A 3LYOA 3F9LA 4I7LA 5KXNA 2RBNA 1HEQA 5KXPA 1L19A 4X3BA 1GE0A 2RH1A 3WVYA 4ARQB 176LA 4H8XA 1L08A 4BS7A 1L76A 3M3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YBJ A;  4W52 A;  3AJN A;  1OP9 B;  4EOF A;  4XN6 A;  4FJR A;  1L90 A;  1NWG A;  1D3J A;  1WVU A;  4MST A;  3WUA A;  1L29 A;  5IDD A;  2HTX A;  4WLX A;  1HEM A;  4H93 A;  4LYO A;  1SLY A;  4ARM A;  1IO5 A;  1XGR C;  4QY9 A;  4DQ7 A;  1CTW A;  1DI3 A;  1LJG A;  3J6K A;  1LZR A;  3AZ7 A;  4DDA A;  1HEN A;  1GB0 A;  123L A;  220L A;  2F2Q A;  1CUQ A;  174L A;  1KY1 A;  5FCP A;  1YIK A;  4NG1 A;  1B7N A;  2LYZ A;  3GUI A;  1QTK A;  3CDV A;  1LMQ A;  1IWY A;  5J7C A;  4W94 A;  3NY8 A;  4ZEE A;  4HV1 A;  2FBB A;  3CT0 A;  1IR7 A;  3HH3 A;  1UA6 Y;  1XGP C;  2YDG A;  3DN1 A;  1LZB A;  4I7N A;  2I26 L;  4GCF A;  1CU2 A;  1UIH A;  2MEE A;  3K2R A;  2N5Z A;  1LZT A;  3B72 A;  1KIQ C;  1FKQ A;  1C6C A;  1TAY A;  1OUJ A;  1LSN A;  4NHQ A;  1YL1 X;  4KL7 A;  1IP2 A;  1C6A A;  2LYO A;  1CKH A;  1UIA A;  3GUP A;  1LJJ A;  1LHJ A;  3DMZ A;  1XEJ A;  1GBY A;  1D6Q A;  1JUG A;  3G3X A;  5LZM A;  2PC2 A;  4DAJ A;  4XJD A;  2VB1 A;  163L A;  4GBR B;  1UIC A;  1LHK A;  1RE2 A;  1QUG A;  3RNX A;  197L A;  139L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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