119LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLSKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 119lA00
233LA 155LA 1CV0A 232LA 3OE6A 143LA 119LA 1L86A 2B73A 249LA 1L81A 4YX7C 4EPIA 2RBRA 230LA 1G0QA 3HUAA 187LA 245LA 1JTMA 1L36A 3DN8A 3SN6R 1L25A 4W53A 1L21A 1QT4A 1L85A 4I7LA 3HUQA 125LA 1OYUA 1C6NA 1SSWA 3HT7A 107LA 159LA 2B74A 3GUNA 1DYFA 1G1VA 1L19A 182LA 1CU6A 108LA 1C6MA 138LA 4DKLA 244LA 215LA 1L67A 115LA 1C6HA 1L10A 1L37A 1L23A 1PQDA 261LA 4EJ4A 2RAZX 112LA 1D3MA 1L0JA 1L29A 1P6YA 4S0WA 4DAJA 1C68A 3C8SA 1QTVA 3SB6A 165LA 4I7TA 178LA 250LA 253LA 1L62A 1L83A 1PQKA 234LA 2RB0X 1PQMA 2HUKA 1C6DA 2RAYX 2OU0X 1QTHA 1L79A 1L77A 4E97A 1C6EA 1LYHA 1SSYA 1LYDA 1L33A 2IGCA 1L75A 1L66A 3SB7A 1L61A 4I7PA 259LA 1C6KA 1CV1A 172LA 1L74A 1ZWNA 1L45A 2O79A 3DMXA 4AQNA 1LGXA 219LA 1D2WA 1QUGA 1G0PA 3DN3A 197LA 1CU0A 1ZYTA 102LA 162LA 160LA 1L07A 1P37A 1QUHA 4I7JA 4YXCA 4EXMA 114LA 1T97A 1C63A 1QTDA 2B75A 1DYCA 1L92A 1P3NA 1G0GA 4GBRB 1L44A 1CUPA 4W54A 2NTGA 166LA 1SX2A 228LA 3GULA 3PDSA 1SWYA 214LA 4W52A 4DJHA 3CDVA 1EPYA 4K5YA 2OE7X 2LCBA 4EPFA 141LA 3C7ZA 1L26A 1LI3A 1QUDA 7LZMA 3RZEA 1L32A 1CVKA 1L58A 1L17A 3JR6A 3C7WA 1QSBA 4ZPUA 4EKPA 4I7SA 1L08A 212LA 1CU5A 243LA 3NY9A 1L56A 201LA 186LA 1C6IA 1L60A 1LYJA 229LA 2OU8A 191LA 139LA 1L50A 109LA 1QSQA 151LA 1L30A 1T8FA 1LYFA 1P7SA 3G3XA 1P64A 1KY0A 173LA 3FADA 4W59A 4W58A 1L27A 1CV6A 122LA 1OV5A 1QTBA 1L02A 2QB0B 3PBLA 220LA 1L82A 3HTDA 1L13A 1LYEA 3HU8A 1L09A 4PK0A 3HDFA 2B72A 2Q9DA 1L51A 3SBAA 1C66A 150LA 3L2XA 3OE9A 1L84A 1L16A 3HH5A 3HUKA 6LZMA 2OTZX 1L69A 196LA 2RBSA 177LA 1D2YA 3HH4A 3DMVA 3V2YA 1L53A 218LA 1G1WA 3HDEA 248LA 1KW5A 2QARC 1WTHA 227LA 1TLAA 1L55A 1DYEA 3CDQA 1L18A 1DYBA 1L72A 3HH3A 1C6FA 3L64A 1CU3A 1G0JA 3F8VA 4EKQA 1L43A 144LA 2OTYX 1I6SA 1C60A 2B7XA 3DN6A 1PQOA 3SB9A 198LA 241LA 2HUMA 3DNAA 1L46A 4ARLA 1OVHA 1L63A 4ARPA 1LYGA 1KW7A 4EKRA 3GUMA 3OE0A 195LA 146LA 1OWZA 2RBQA 3C7YA 3C83A 4LZMA 192LA 1C6QA 3C8QA 226LA 2OU9A 1L73A 3DKEX 184LA 1P36A 149LA 4LDEA 3UONA 1LW9A 5I14A 1L87A 2B6YA 1C6PA 4GRVA 3HTBA 1QT8A 1L22A 1QS9A 4YXAC 1G0MA 200LA 1C6TA 1L42A 1L97A 1SWZA 2NTHA 1L41A 1L24A 163LA 238LA 1QT7A 1P46A 3F9LA 3HT6A 2HULA 113LA 1P2RA 4PJZA 129LA 237LA 1L38A 2RBPA 1OVJA 145LA 3HTGA 210LA 1C6LA 1LPYA 118LA 254LA 1L40A 164LA 1JTNA 211LA 225LA 205LA 246LA 1L47A 4ARJA 3QAKA 1CV5A 3DN1A 1L04A 4I7QA 1CV4A 223LA 1KNIA 1G06A 1L76A 1LYIA 3HT9A 1L06A 1JQUA 2RH1A 221LA 1XEPA 1C62A 235LA 2B6WA 3FA0A 174LA 1L01A 240LA 4EKSA 1CX6A 2Q9EA 4ARQB 1D3JA 1NHBA 251LA 1B6IA 3CDTA 1L28A 1D3NA 156LA 167LA 1L05A 4LDLA 1L03A 1L96A 1CTWA 222LA 3DN0A 1XJTA 239LA 2B6XA 199LA 1OV7A 3SBBC 1P56A 1KY1A 217LA 128LA 1L65A 185LA 1C64A 1D3FA 231LA 120LA 180LA 3DN2A 1DYGA 1C69A 2O7AA 3HH6A 3GUPA 1L89A 4ARQA 1C67A 2OE4X 1QT5A 3CDOA 216LA 1D9WA 1LWGA 4IAPA 1L39A 4OO9A 137LA 1C6JA 4W55A 1K28A 168LA 3GUJA 3CDRA 1OVKA 3G3WA 260LA 3NYAA 2A4TA 161LA 1L49A 1L99A 4I7KA 1G07A 142LA 3DN4A 4I7RA 111LA 4LDOA 4W51A 1T8GA 1LI2A 252LA 1CX7A 262LA 3HT8A 1L90A 3OE8A 3C80A 2B70A 1L0KA 3NY8A 1QT3A 3K2RA 140LA 1LLHA 1CU2A 3LZMA 2RB2X 147LA 1L98A 1L48A 1LGUA 2RBNA 2B6ZA 3GUKA 4W57A 4I7OA 1L95A 3GUOA 2F32A 2OE9X 1PQJA 3FI5A 1L71A 127LA 2Z6BA 3HWLA 4ARMB 3D4SA 1L14A 3GUIA 104LA 1L93A 236LA 190LA 3G3VA 169LA 1L15A 1L34A 2O4WA 247LA 170LA 157LA 1ZURA 224LA 1LGWA 3VW7A 175LA 103LA 2ANVA 206LA 1C65A 1T6HA 1C61A 2RBOA 213LA 1QTCA 2L78A 3C81A 3SB5A 1L70A 1L52A 1LI6A 1DYDA 1L59A 4ARMA 1T8AA 158LA 1C6AA 1CUQA 256LA 258LA 1L31A 1L94A 2OEAX 1OWYA 209LA 3HTFA 242LA 148LE 2LZMA 189LA 1QTZA 1L80A 1L20A 2F2QA 1DYAA 1G0LA 2ANXA 1XJUA 1QS5A 4I7NA 1L91A 183LA 1L54A 1QUOA 1CV3A 3V2WA 1C6GA 176LA 1C6CA 3HU9A 3DMZA 126LA 1L68A 4W56A 1L35A 255LA 1L88A 188LA 1P5CA 130LA 1L57A 1PQIA 1L00A 3EMLA 5LZMA 1L11A 3RUNA 1L12A 2LC9A 1P2LA 257LA 4I7MA 1C6BA 2RB1X 110LA 3C8RA 3SB8A 1L64A 3ODUA 2F47A 1LWKA 1SX7A 2CUUA 131LA 3C82A 2B6TA 181LA 1QT6A 171LA 1G0KA 123LA 152LA 1KS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WU9A 232LA 249LA 1L81A 1WQPA 2RBRA 5FEKA 1LZGA 3KAMA 2HU3A 5IDDA 1H87A 2I26L 2HTXA 3DN8A 3SN6R 1L25A 4W53A 1IEEA 1QT4A 1LJKA 3TXFA 2YBMA 1B5VA 1BB3A 1ZMYL 1FLUA 2ZNXY 1REZA 3HT7A 4NSIA 5I5QA 159LA 1FLYA 1LJIA 1IR9A 4HPIA 4B4EA 1LJFA 2BQKA 108LA 1NMMA 138LA 1BB6A 1L67A 4B0DA 1FKVA 1C6HA 1L0JA 3P4ZA 1P6YA 4S0WA 3M18B 4QDNA 2DQEY 3SB6A 4U3XB 5I53A 4I7TA 4OOOA 178LA 1C46A 3RNXA 253LA 1B5WA 1PQKA 1LHIA 2Z38A 234LA 4QY9A 3AGHA 4LT0A 1QTHA 208LA 1LYHA 4PGJB 1UC0A 5FELA 1IP2A 1JTOL 1LYDA 5EBHA 4GCDA 1L75A 1HMKA 1LSAA 3SB7A 4NG8A 1JJ1A 1C6KA 1JKBA 4AQNA 1OUDA 197LA 1JITA 2H5ZA 1LMCA 1GF6A 1UIDA 5C6JA 5LYMA 3EO5A 2F4GA 1L92A 1L44A 3P68A 4W54A 3W6DA 166LA 1GE3A 228LA 3GULA 1GFEA 214LA 1GE1A 1LZSA 2X0AA 1GE4A 1GBYA 4LFPA 4ZIXA 2D4IA 4K5YA 1B7LA 1XEJA 1B5YA 3EXDA 2DQHY 2BQOA 1OUCA 1CKFA 1CVKA 1SLYA 4H9FA 212LA 4J0LA 1L56A 186LA 5B06A 2Z12A 1LKSA 1L60A 5KXXA 1JSFA 1L50A 3A91A 5APEA 1LSNA 3HBDA 3N9EA 1L30A 4PPOA 1T8FA 1XGUC 173LA 1T3PA 4W58A 4H1PA 3PBLA 8LYZA 5APDA 1LYEA 3HDFA 3EBAB 1IWYA 4B49A 1IIZA 1D6PA 193LA 6LZMA 2F2NA 1D2YA 2Y8PA 1L53A 1B5ZA 1QUTA 2D91A 218LA 4C5FA 4N9RA 1UIEA 1HSWA 5KXOA 5B07A 4MCKA 2QARC 227LA 1L55A 1REXA 1L18A 4RW1A 5KXLA 5II3A 1IP1A 1CKDA 2Z2FA 1LYZA 4BADA 2XTHA 2ZILA 1L46A 4ARLA 1HEPA 2VB1A 3GUMA 4LYTA 5KXTA 5ILCA 5A3ZA 5HMJA 4LYZA 4XJHA 5DL9A 1QTEA 2OU9A 1L73A 1GBSA 5KXYA 4X3BA 1ZVYB 2YSSC 5FHWA 3CSQA 4GRVA 1QT8A 4LYMA 1BWHA 1CJ6A 5DN4A 1QS9A 2XBRA 1AKIA 5E4PA 5L3HA 1GF4A 1SWZA 1G7JC 3WW6A 1L41A 2ZYCA 163LA 1QT7A 1P46A 2MEFA 4DDBA 2HULA 3AW7A 4DD1A 129LA 2RBPA 3ULRA 3ATOA 1LJ3A 4Z46A 4YENA 1C45A 1UIAA 2MEDA 1NWGA 1L47A 4GCEA 1XGTC 1L04A 1GXV2 3HT9A 4HTKA 1C62A 1Z55A 235LA 3FA0A 1KXXA 3A96A 1CX6A 1W6ZA 4ARQB 251LA 1B6IA 3CDTA 3WL2A 4HV1A 1YAQA 2BLXA 5LXWA 1IP6A 3D9AC 4DWXA 4M6DA 222LA 1QDRA 1GE2A 1XJTA 4IASA 2B6XA 199LA 3SBBC 1GF3A 4KPMA 1CNSA 4LYBA 3BKHA 1P56A 4G4HA 1LSBA 3A94A 3A95A 4G9SA 1JTTL 1VDQA 2Z2EA 2O7AA 3GUPA 2OE4X 1LWGA 1F10A 2LYMA 1EQ5A 1K28A 1VDSA 1PZYA 3CDRA 3G3WA 1YL0X 5AMYA 2A4TA 3AYQA 161LA 1IP7A 1GEVA 4I7KA 1G07A 4NGJA 3DN4A 1JKCA 207LA 4W51A 3LYOA 1CX7A 3A6BY 3TXGA 3OE8A 3AB6A 2B70A 1GB5A 1QT3A 3K2RA 140LA 1HC0A 3LZMA 1UIGA 1LGUA 4EOFA 2G4QA 3FI5A 2Z6BA 1L14A 1LSZA 2NWDX 4DQJA 169LA 3WU7A 4RDSA 224LA 3VW7A 4I8SA 2HU1A 5B59A 2ANVA 206LA 1DZBX 3P65A 4YOPA 4HSFA 1KXWA 3SB5A 1LJJA 4CHXA 4CJ2A 1DYDA 4ARMA 1T8AA 1JEFA 5I4WA 1L31A 1L94A 2Z18A 2F30A 1LZ6A 1MELL 5E9RA 3W6AA 1L80A 3QY4A 3ZVQB 5B1GA 1LMPA 1XJUA 1QS5A 4I7NA 183LA 1MLCE 1L54A 4NSHA 1HNLA 154LA 4H9IA 126LA 3DMZA 1LSEA 1L88A 1P5CA 1LZEA 1PQIA 3EMLA 5APFA 3RUNA 2CWIA 4H9CA 1P2LA 257LA 3WW5A 2D4KA 3ODUA 5IELA 1IY4A 1LZNA 4B4JA 1LWKA 1C7PA 2BQIA 1IVMA 181LA 1QT6A 171LA 2F2QA 3B0IA 1CJ8A 4WOAA 4BAPA 1IP3A 1LMOA 5LA8A 1WVVA 1J1PY 230LA 1LZCA 3HUAA 4O34A 1L36A 1GE0A 1L21A 1L85A 1LZ9A 4I7LA 2BQAA 1V7TA 3HUQA 3RT5X 1EQ4A 1J1OY 1OYUA 1REYA 1SSWA 107LA 3GUNA 1DYFA 1G1VA 1XGPC 5LA5A 182LA 1JPOA 215LA 1LSMA 1GFGA 1L10A 5KY1A 4NIJA 3A3RX 3A6CY 4ETBA 1C68A 1GD6A 1UIFA 3LZTA 250LA 3IJVA 4UWNA 4FDYA 1L83A 4LT1A 1BB7A 2ZQ4A 4DT3A 5HQ1A 1RI8B 1T6VL 4E3UA 4Z98A 2CDSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WU9 A;  232L A;  249L A;  1L81 A;  1WQP A;  2RBR A;  5FEK A;  1LZG A;  3KAM A;  2HU3 A;  5IDD A;  1H87 A;  2I26 L;  2HTX A;  3DN8 A;  3SN6 R;  1L25 A;  4W53 A;  1IEE A;  1QT4 A;  1LJK A;  3TXF A;  2YBM A;  1B5V A;  1BB3 A;  1ZMY L;  1FLU A;  2ZNX Y;  1REZ A;  3HT7 A;  4NSI A;  5I5Q A;  159L A;  1FLY A;  1LJI A;  1IR9 A;  4HPI A;  4B4E A;  1LJF A;  2BQK A;  108L A;  1NMM A;  138L A;  1BB6 A;  1L67 A;  4B0D A;  1FKV A;  1C6H A;  1L0J A;  3P4Z A;  1P6Y A;  4S0W A;  3M18 B;  4QDN A;  2DQE Y;  3SB6 A;  4U3X B;  5I53 A;  4I7T A;  4OOO A;  178L A;  1C46 A;  3RNX A;  253L A;  1B5W A;  1PQK A;  1LHI A;  2Z38 A;  234L A;  4QY9 A;  3AGH A;  4LT0 A;  1QTH A;  208L A;  1LYH A;  4PGJ B;  1UC0 A;  5FEL A;  1IP2 A;  1JTO L;  1LYD A;  5EBH A;  4GCD A;  1L75 A;  1HMK A;  1LSA A;  3SB7 A;  4NG8 A;  1JJ1 A;  1C6K A;  1JKB A;  4AQN A;  1OUD A;  197L A;  1JIT A;  2H5Z A;  1LMC A;  1GF6 A;  1UID A;  5C6J A;  5LYM A;  3EO5 A;  2F4G A;  1L92 A;  1L44 A;  3P68 A;  4W54 A;  3W6D A;  166L A;  1GE3 A;  228L A;  3GUL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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