119LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLSKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 119lA00
1QS9A 114LA 155LA 1L58A 1L99A 4I7PA 1QUOA 1CV5A 1KS3A 230LA 3GUMA 3HWLA 1JTMA 2OTZX 1QTVA 4I7JA 1QUHA 3C7ZA 1L11A 1P36A 1L87A 1L44A 260LA 1ZWNA 4YXAC 1C60A 3HTGA 4W57A 152LA 1L36A 1QTZA 3SB6A 3HH4A 1I6SA 3NY8A 1G0MA 1L79A 1T8FA 137LA 1L93A 3HTDA 3JR6A 4EKPA 3CDQA 149LA 1CU6A 201LA 3GULA 3SB9A 1L66A 1QT7A 1L84A 1OVHA 252LA 146LA 4W58A 113LA 218LA 1L40A 4K5YA 1PQOA 1EPYA 174LA 215LA 192LA 3L64A 1NHBA 3C81A 1B6IA 1T8AA 239LA 3NY9A 1L68A 1L76A 1L57A 1L06A 3HH5A 1T8GA 3DMZA 3G3WA 2B7XA 3OE8A 2IGCA 258LA 210LA 3DN0A 156LA 1XJTA 1L23A 1L97A 1C65A 245LA 1WTHA 159LA 1L83A 244LA 4W55A 1DYEA 220LA 3GUIA 1CU3A 4EXMA 1LLHA 240LA 2O7AA 249LA 1G0KA 1CVKA 2LZMA 250LA 2RB0X 1DYAA 3HU9A 1KW5A 4I7NA 1L75A 2RAZX 2RAYX 5I14A 213LA 1CV1A 2QARC 4GRVA 172LA 1LYJA 243LA 1C6DA 3HDEA 1DYDA 1L92A 1C66A 2O79A 2RBSA 1QSBA 163LA 177LA 1L09A 1L48A 2Q9DA 4ARQA 251LA 4GBRB 1L22A 228LA 1CX7A 1L31A 5LZMA 2B6TA 3HT8A 2O4WA 1L50A 1C6HA 2ANVA 1QT8A 119LA 1QT4A 108LA 2LCBA 1L90A 3DN6A 3HT7A 183LA 3DKEX 223LA 1LYEA 4ARLA 4YXCA 1L27A 2B6YA 1L70A 3SB7A 1G1VA 2HUMA 1L29A 1PQDA 4I7OA 1C6CA 3HU8A 1L61A 1QTBA 205LA 4I7RA 1P7SA 2F2QA 2RBPA 1C6NA 1C63A 111LA 1L0JA 4LDLA 4S0WA 1T6HA 1QT5A 3D4SA 1C6TA 140LA 1D9WA 1CU0A 1C6FA 1L33A 1L85A 257LA 3V2YA 2RBQA 1D3NA 1DYCA 169LA 1CV6A 1P64A 1L52A 1L89A 1L45A 237LA 4LZMA 234LA 236LA 1QUGA 2HUKA 4W54A 1L54A 1C6AA 4IAPA 232LA 1D3FA 3OE0A 1L77A 2CUUA 1D2YA 3C8QA 1L95A 4EKQA 1P37A 222LA 1L07A 3OE6A 1L18A 1P6YA 1C6QA 238LA 4YX7C 1LGUA 1L32A 254LA 1L26A 3OE9A 2OU9A 125LA 1L38A 1PQJA 3GUOA 212LA 2RBRA 2B6WA 1C68A 1JTNA 131LA 2OE7X 262LA 3HH3A 4I7KA 127LA 1L21A 1L43A 2RB1X 1T97A 3DN1A 3C7WA 1L69A 1C69A 165LA 1G06A 1L30A 1KNIA 2HULA 3CDTA 1L35A 1L42A 3C8RA 1G0QA 1L74A 190LA 1SSYA 3RZEA 4ARJA 2LC9A 4ARMB 3SB5A 1C6LA 1L49A 4ARQB 2F32A 1L72A 195LA 211LA 162LA 242LA 104LA 3C80A 2OTYX 1L15A 206LA 1QTDA 3DNAA 1LWGA 3HDFA 1L73A 1C6MA 3NYAA 139LA 1CV3A 1CU2A 107LA 145LA 4ZPUA 1L65A 4W52A 2A4TA 3EMLA 198LA 185LA 1L20A 197LA 4OO9A 171LA 148LE 2OU0X 1KY1A 3CDRA 176LA 2RBNA 1C67A 1L14A 1CUQA 3F9LA 1L63A 216LA 1OVJA 3G3VA 188LA 4EPIA 2Z6BA 3C82A 1L86A 1L39A 1C62A 3FADA 4W56A 1SX2A 102LA 129LA 173LA 1PQKA 1QUDA 1L12A 2B73A 1P5CA 199LA 3PBLA 115LA 226LA 3HUKA 118LA 196LA 229LA 110LA 3DMVA 3FA0A 3HUQA 1C6JA 1KW7A 1L04A 1L08A 2B75A 1C64A 1LI3A 1OVKA 1CTWA 1L0KA 214LA 4LDOA 1L55A 2OEAX 1G0GA 1SWZA 168LA 186LA 122LA 1L34A 1LYDA 1OV7A 143LA 3L2XA 3QAKA 3C83A 1L46A 1G0LA 1LI6A 235LA 123LA 1L53A 209LA 1L05A 1L28A 3FI5A 2OE4X 3DN8A 1L62A 233LA 1XEPA 255LA 2NTHA 221LA 4W59A 3GUPA 2F47A 1XJUA 219LA 1QSQA 1L98A 1L47A 1L17A 241LA 3ODUA 7LZMA 4W53A 4DKLA 2OE9X 1OWZA 1QS5A 3K2RA 1C6KA 1LGXA 1L41A 1L59A 1LYHA 1L03A 1C6PA 1L01A 3HTBA 191LA 3V2WA 158LA 187LA 167LA 180LA 160LA 1P2LA 1DYBA 200LA 1D3MA 247LA 3SBAA 3DN2A 147LA 1CX6A 1LYGA 3RUNA 4LDEA 4I7TA 126LA 2RH1A 1PQMA 103LA 1OWYA 1TLAA 3HH6A 3PDSA 1L10A 1L02A 224LA 2B6XA 1SSWA 1C6GA 1SX7A 3CDOA 1QTHA 1P56A 1L51A 3HTFA 2ANXA 175LA 225LA 3UONA 1QT3A 1C6IA 144LA 1OV5A 227LA 3DN3A 2QB0B 217LA 2RBOA 130LA 4AQNA 256LA 1QTCA 1L24A 4I7LA 3HT9A 141LA 6LZMA 4E97A 1L81A 1L19A 138LA 2B74A 1LW9A 3F8VA 157LA 2B70A 1L56A 1LPYA 166LA 2RB2X 2L78A 3GUKA 4I7SA 3SB8A 3HT6A 1PQIA 1ZURA 1L94A 2NTGA 4EKRA 1L91A 1LYIA 231LA 1G0JA 3C7YA 189LA 261LA 182LA 1G1WA 1L67A 1D2WA 1L88A 4I7MA 4DAJA 2B72A 4DJHA 151LA 4I7QA 1CU5A 1ZYTA 1L00A 1P2RA 3HUAA 3DMXA 1L37A 1DYGA 248LA 4EKSA 3DN4A 3G3XA 4ARMA 3GUNA 128LA 2B6ZA 1SWYA 3C8SA 184LA 246LA 3GUJA 164LA 150LA 1C61A 178LA 1CUPA 253LA 1L13A 170LA 4PK0A 161LA 1LWKA 2OU8A 1L82A 3SBBC 142LA 1LI2A 3SN6R 1LYFA 1QT6A 1L60A 1CV4A 120LA 1L96A 1L64A 4W51A 4EJ4A 1G07A 1P3NA 3VW7A 1L80A 1DYFA 1P46A 1L16A 4ARPA 1L71A 109LA 1JQUA 1LGWA 1C6BA 1OYUA 1KY0A 1G0PA 1D3JA 1C6EA 4EPFA 1K28A 2Q9EA 259LA 1L25A 4PJZA 181LA 1CV0A 112LA 3CDVA 3LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7PA 3OK0A 1CV5A 1BQLY 3CSZA 3GUMA 3HWLA 2Y8PA 1N4FA 1QIOA 1QTVA 3AZ4A 1QUHA 1L11A 1L87A 2BQMA 1XEIA 1L36A 3HH4A 4H9BA 1T8FA 4ETDA 2D4JA 2EIZC 149LA 1HERA 1AM7A 1OVHA 3B0IA 3LHMA 113LA 3LYMA 1GHLA 8LYZA 1HELA 1EPYA 174LA 4GCFA 1OUCA 4HV1A 1LSPA 5KXXA 1LSBA 2C8PA 1L76A 1WQMA 1T8GA 3G3WA 2EQLA 4H9HA 156LA 1AT5A 1H6MA 1L23A 4PPOA 4LFPA 3TMWA 1LZBA 1GFUA 3GUIA 1CU3A 2YDGA 4HPEA 3KAMA 1HHLA 1LLHA 1IIZA 5KXOA 2MEFA 1EQ4A 1CVKA 3D3DA 2W1MA 4I7NA 2RAYX 4NGJA 1BGIA 4GRVA 172LA 3W6DA 2O79A 1GE3A 2RBSA 4OW1A 163LA 1G7LC 2HEDA 4LYMA 1UIDA 4GN3A 1LHKA 1LTMA 1XFPL 228LA 3N9CA 1LSFA 2BQFA 3A67Y 1LHJA 4DD0A 1QT8A 119LA 108LA 3A6BY 4PGJB 3HT7A 1FKQA 183LA 1G7IC 1L27A 1L70A 4DWXA 4I7OA 1PQDA 1AZFA 3WUMA 3HU8A 1L61A 1P7SA 3M3UA 1C6NA 1HNLA 111LA 1IWZA 140LA 4P2EA 1DPWA 4WO6A 169LA 1CV6A 4KPMA 1L52A 2BQHA 1V7SA 237LA 234LA 1L54A 1C6AA 1OUGA 4IAPA 1EQEA 6LYTA 3OE0A 4XJIA 2VB1A 2W1XA 1UCOA 4CFPA 2F30A 4FDYA 5HNLA 2GV0A 1PQJA 1GB7A 1JTNA 131LA 4I7KA 127LA 1DI5A 5I4YA 3DN1A 2ZQ3A 1D6QA 3EMSA 3P66A 1YAQA 2HULA 1KNIA 3CDTA 2F4AA 1CJ7A 1NBZC 2G4NA 1GDXA 1SSYA 4N9RA 3AB6A 2MEEA 4ML7A 3RZEA 2LC9A 3A94A 1C6LA 1XSFA 2F32A 1L72A 1LJEA 162LA 1LHMA 3C80A 1LWGA 1LSCA 4TSBA 3HDFA 1YKZX 1IO5A 5KXPA 2Z2EA 1L73A 107LA 1L65A 2A4TA 4WL6A 4OO9A 1NHEA 3CSQA 176LA 2RBNA 2BQAA 4WLXA 2DQIY 1OVJA 1YL0X 1OUBA 4RLMA 4HP0A 4II8A 1L86A 1XEKA 3FADA 3TMUA 5A3ZA 1BWIA 5AMYA 3CSRA 1GBYA 129LA 3P4ZA 1B7QA 2DKVA 1L12A 1P5CA 1LZ9A 3HUKA 118LA 4ETCA 4ETEA 4TWSA 5APDA 1UC0A 1GB9A 2DQJY 2C8OA 2BLYA 5KXTA 1C64A 2IHLA 5FDJA 4KL7A 3CT0A 1CTWA 2Z18A 5LINA 1SWZA 2I26L 4UWUA 1OV7A 1J1PY 3L2XA 1MELL 3WYHA 1LJ3A 3QAKA 5EBHA 3C83A 123LA 3WVXA 1JWRA 1L28A 4UWNA 1P2CC 3RNXA 1GE2A 3A8ZA 2DQFC 221LA 3GUPA 2F47A 1REZA 219LA 2DQGY 4TX7A 1L98A 241LA 3HBEX 4GCBA 2OE9X 3K2RA 1LGXA 3TXGA 1L59A 1W08A 1C6PA 1FDLY 4PJ2C 3V2WA 158LA 2BQNA 167LA 160LA 1P2LA 200LA 4DD2A 247LA 3DN2A 147LA 2XBRA 1LYGA 4C3WA 194LA 4LDEA 4I7TA 1TLAA 4LYOA 3PDSA 1CJ9A 2G4QA 1FBIX 4NG8A 1LZAA 3HTFA 175LA 4LZTA 4WM3A 1V7TA 1C6IA 144LA 3TXFA 130LA 4R0FA 5DL9A 1L24A 1LSYA 141LA 3LYTA 6LZMA 1BWHA 3HFMY 4G9SA 1LW9A 3F8VA 1LPYA 4I7SA 1LJJA 5LA8A 2Z12A 1HMLA 4Z41A 231LA 3A96A 4Z3MA 1FLYA 4LT3A 182LA 4I7MA 2B72A 1IORA 4XENA 4DD1A 1P2RA 2ZYPA 1B5ZA 4I8SA 3P64A 2D6BA 4G4BA 4LT2A 1GXXA 3DMXA 1L37A 1QDRA 128LA 1SWYA 5APEA 4WM1A 1C61A 1D0MA 4ETBA 5KXWA 3WUAA 4NHPA 1L82A 1DZBX 2YBIA 1QT6A 1JJ3A 1L60A 1XGUC 1RCMA 3LN2A 1OUIA 4H93A 2MEHA 4C5FA 4EJ4A 1B7OA 3W6FA 1GPQC 1DYFA 1L16A 1JQUA 1LGWA 1C6EA 1J1XY 2BQCA 1K28A 1BB4A 259LA 1F6RA 1LZTA 1LYZA 1L99A 1QUOA 1QQYA 1PS5A 1YROA 4XJFA 4B49A 3C7ZA 1B5WA 4DD7A 1ZWNA 5APCA 1WQOA 2LZTA 3SB6A 4NG1A 1I6SA 4LFXA 4LGKA 1LMQA 1DXJA 3JR6A 3CDQA 201LA 3GULA 1IR7A 1QT7A 2HUBA 1L84A 1G7MC 4XJDA 193LA 146LA 5HNCA 218LA 1L40A 3C81A 3AW7A 3RZ4A 1L57A 1L06A 4KT3A 2BQIA 1OP9B 1GFKA 3AYQA 2IGCA 258LA 4QY9A 5DN4A 210LA 1XJTA 220LA 1LSEA 3AW6A 1HMKA 240LA 5ILFA 249LA 2MEBA 4ET9A 2LZMA 1XGPC 4NGZA 3HU9A 1LZ5A 2RAZX 5FEKA 5I14A 2CWIA 213LA 2QARC 4RLNA 5LA5A 1LZ8A 1L92A 3AZ6A 1GF3A 177LA 1L09A 2Q9DA 2HEFA 2HEEA 2ZIJA 251LA 1ZMYL 4WM4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7P A;  3OK0 A;  1CV5 A;  1BQL Y;  3CSZ A;  3GUM A;  3HWL A;  2Y8P A;  1N4F A;  1QIO A;  1QTV A;  3AZ4 A;  1QUH A;  1L11 A;  1L87 A;  2BQM A;  1XEI A;  1L36 A;  3HH4 A;  4H9B A;  1T8F A;  4ETD A;  2D4J A;  2EIZ C;  149L A;  1HER A;  1AM7 A;  1OVH A;  3B0I A;  3LHM A;  113L A;  3LYM A;  1GHL A;  8LYZ A;  1HEL A;  1EPY A;  174L A;  4GCF A;  1OUC A;  4HV1 A;  1LSP A;  5KXX A;  1LSB A;  2C8P A;  1L76 A;  1WQM A;  1T8G A;  3G3W A;  2EQL A;  4H9H A;  156L A;  1AT5 A;  1H6M A;  1L23 A;  4PPO A;  4LFP A;  3TMW A;  1LZB A;  1GFU A;  3GUI A;  1CU3 A;  2YDG A;  4HPE A;  3KAM A;  1HHL A;  1LLH A;  1IIZ A;  5KXO A;  2MEF A;  1EQ4 A;  1CVK A;  3D3D A;  2W1M A;  4I7N A;  2RAY X;  4NGJ A;  1BGI A;  4GRV A;  172L A;  3W6D A;  2O79 A;  1GE3 A;  2RBS A;  4OW1 A;  163L A;  1G7L C;  2HED A;  4LYM A;  1UID A;  4GN3 A;  1LHK A;  1LTM A;  1XFP L;  228L A;  3N9C A;  1LSF A;  2BQF A;  3A67 Y;  1LHJ A;  4DD0 A;  1QT8 A;  119L A;  108L A;  3A6B Y;  4PGJ B;  3HT7 A;  1FKQ A;  183L A;  1G7I C;  1L27 A;  1L70 A;  4DWX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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