122LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDSAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 122lA00
1G0KA 102LA 1L66A 1L48A 104LA 2OEAX 190LA 3OE0A 1EPYA 200LA 1L81A 1XEPA 1D3NA 140LA 222LA 1T8FA 3GULA 1L23A 3D4SA 3DN6A 1C60A 4ARQB 2HUMA 1QT6A 215LA 1L06A 2NTGA 4I7JA 186LA 4W52A 2RB1X 3HH4A 2RBOA 1L43A 1DYGA 1L85A 2OU0X 1L77A 4PJZA 224LA 259LA 2L78A 1L00A 4ARPA 1L25A 3HUQA 1QTDA 1CV3A 4YXAC 4YXCA 1L94A 2QB0B 4I7SA 1QS5A 3CDVA 3K2RA 152LA 1ZWNA 1PQIA 2OTZX 2OE4X 1P2LA 1KW7A 262LA 240LA 5I14A 174LA 1KS3A 176LA 4EPIA 2RAZX 1P46A 1L56A 1L29A 1XJTA 3HH5A 1C6LA 3SB7A 1G1WA 1L41A 1L17A 1L22A 1L99A 230LA 181LA 1CV5A 3NY9A 3C7ZA 148LE 228LA 1PQMA 141LA 1C6NA 1ZYTA 1CUPA 2ANXA 1C6GA 1P37A 1WTHA 4I7LA 1L12A 6LZMA 3C82A 1L31A 2B72A 1LYDA 158LA 257LA 4W54A 1L0JA 1OVHA 1C6MA 1CUQA 1L67A 1L46A 1LLHA 244LA 3DN4A 177LA 5LZMA 2RAYX 1CVKA 3C83A 1L27A 3L2XA 165LA 2B73A 1L21A 1DYAA 2ANVA 3HU9A 4ARLA 143LA 210LA 3OE9A 1LYEA 1L53A 212LA 3G3WA 221LA 1T8AA 1L07A 223LA 1DYCA 3V2YA 125LA 1L79A 4W58A 236LA 4E97A 1CV1A 189LA 1L95A 198LA 4DKLA 1L10A 156LA 233LA 109LA 3LZMA 4I7MA 1CU2A 1L93A 201LA 4DAJA 196LA 2QARC 2B6XA 3SB8A 1L91A 4EKQA 1L26A 1PQKA 1CU0A 1C64A 1PQJA 3FA0A 142LA 3HUKA 3DMZA 4K5YA 2IGCA 1D3FA 211LA 3HU8A 123LA 163LA 2F47A 1DYDA 1L14A 1SSYA 1QTVA 2F2QA 1L50A 1L51A 1D2WA 119LA 1QT8A 4W57A 1QUOA 1L64A 1QT3A 4EPFA 1C65A 1L24A 1L69A 1NHBA 1LI3A 1QTCA 3HWLA 4S0WA 3GUJA 1G0QA 3C7WA 1KNIA 164LA 1ZURA 2Q9EA 146LA 3SB5A 147LA 1LYHA 238LA 3HTBA 1P64A 1L19A 235LA 3DN8A 3RZEA 2NTHA 3FADA 115LA 3C7YA 3DNAA 1L71A 172LA 256LA 3HDFA 1C6CA 3OE6A 1CV4A 3L64A 1OVJA 1C6QA 3CDOA 1C63A 2B6WA 160LA 126LA 4OO9A 1D3MA 1LYGA 245LA 3F9LA 1L89A 1P6YA 1L05A 1C6JA 1P36A 1L36A 3GUMA 2OE9X 1L01A 3HUAA 1L04A 1P2RA 1L30A 131LA 3PBLA 1C6HA 1G0LA 1OV7A 251LA 1C6KA 1CX6A 2Q9DA 1L42A 162LA 1L40A 217LA 4I7RA 4DJHA 231LA 4I7TA 2O7AA 1LGXA 1CU3A 4AQNA 1L44A 1L28A 1L61A 3HT9A 166LA 1QUGA 4W53A 1L70A 108LA 4EXMA 3NYAA 1KY1A 1L13A 250LA 185LA 1JTNA 1P56A 1TLAA 4PK0A 1L20A 151LA 2B6ZA 3UONA 184LA 1SX7A 1C68A 249LA 248LA 213LA 1G0GA 168LA 3C80A 3DMVA 1C62A 1LW9A 1C69A 2F32A 1C6DA 137LA 1L45A 2LZMA 171LA 1SSWA 130LA 1L73A 180LA 2O4WA 3V2WA 1L35A 2OU9A 2B75A 1L58A 1L65A 1OYUA 1C6PA 4I7KA 1L55A 2RB2X 3DKEX 1QUDA 1L47A 110LA 150LA 1G1VA 149LA 1G0JA 3OE8A 1C61A 1CU6A 1L72A 3DN2A 2OE7X 1SWZA 113LA 3HTDA 214LA 205LA 1L68A 122LA 173LA 4EKPA 220LA 199LA 3SBBC 1L33A 3SB9A 1L03A 120LA 4I7QA 127LA 1L63A 1L16A 4LDEA 2O79A 4IAPA 187LA 1OVKA 3CDQA 261LA 1T97A 178LA 3CDTA 1L80A 3F8VA 4GBRB 1KW5A 1CU5A 1LYFA 1T6HA 1QS9A 241LA 167LA 1L32A 1L83A 252LA 4LDLA 3VW7A 1L88A 129LA 2OTYX 1L0KA 1QSBA 1C6EA 2B74A 209LA 1L84A 1D3JA 3C81A 1L34A 1L86A 1CV6A 1C6IA 3HT7A 3ODUA 1LGUA 2RBSA 1G0MA 4ZPUA 3SB6A 3HT6A 4ARJA 1P3NA 253LA 2RH1A 1QT5A 118LA 195LA 239LA 1L09A 1C6FA 234LA 3DN0A 3GUKA 3HTFA 1L76A 4ARMB 1C6BA 170LA 1KY0A 155LA 138LA 1G06A 2RBQA 1LYIA 191LA 4EJ4A 3HTGA 216LA 254LA 1L59A 1OWZA 3FI5A 1LYJA 4LDOA 1L54A 1P7SA 4I7PA 1CV0A 3PDSA 1L98A 1LWKA 225LA 1QUHA 1K28A 1LPYA 1C6AA 1QTBA 1L62A 1L02A 4W55A 1L18A 3G3XA 258LA 111LA 4I7NA 139LA 1D9WA 175LA 1DYBA 1L87A 3HDEA 107LA 229LA 4YX7C 112LA 2B6TA 4ARQA 1DYEA 260LA 4I7OA 3G3VA 1C67A 188LA 1L97A 3HH3A 3HH6A 1XJUA 4ARMA 144LA 4EKRA 3SBAA 7LZMA 237LA 1L60A 103LA 2B6YA 1LWGA 1QT7A 1L08A 1L11A 1LGWA 1L75A 3C8QA 128LA 246LA 3QAKA 4W59A 1D2YA 3GUPA 1G0PA 1JTMA 1L90A 243LA 197LA 1B6IA 1L74A 145LA 3NY8A 192LA 3DMXA 242LA 1QSQA 2HUKA 1PQOA 2LCBA 3CDRA 114LA 4LZMA 3EMLA 159LA 1L52A 2RBPA 1QT4A 3SN6R 218LA 1LI2A 3DN3A 183LA 1L39A 4GRVA 1L38A 4EKSA 2RBRA 1C6TA 1PQDA 2CUUA 206LA 1I6SA 2OU8A 1QTHA 1OV5A 232LA 1QTZA 2Z6BA 1JQUA 182LA 2HULA 2LC9A 157LA 1L96A 3GUNA 3HT8A 1SWYA 255LA 1G07A 1L37A 3DN1A 3JR6A 1DYFA 1OWYA 4W51A 1LI6A 219LA 227LA 3C8SA 1L49A 2A4TA 161LA 3GUIA 169LA 1P5CA 1L57A 2B7XA 1L92A 3GUOA 4W56A 1L15A 3RUNA 247LA 1C66A 226LA 1SX2A 2B70A 1CX7A 2RBNA 3C8RA 1CTWA 2RB0X 1T8GA 1L82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GN3A 5LYMA 1HMKA 1L66A 2OEAX 1EPYA 1XEPA 2HECA 1IWTA 1RCMA 3GULA 5LVGA 1C60A 4DWXA 1QT6A 215LA 2XBSA 3LYMA 4NGKA 1HEMA 1L85A 2OU0X 1D9UA 4PJZA 3RNXA 1HSWA 4ARPA 4YXAC 1AT5A 1IP4A 1LZ8A 2QB0B 1QS5A 3AGHA 4OWEA 1C7PA 1IC5Y 3K2RA 6LYTA 4GLAA 2OE4X 1P2LA 3AZ5A 4LGKA 4YF2A 4YENA 1CJ9A 240LA 1WQOA 5I14A 1LSFA 1RFPA 176LA 4DDBA 1IOTA 4EPIA 1P46A 1FLQA 2HEBA 1GAZA 1LSMA 4DD2A 3HH5A 3SB7A 1B2KA 1L41A 1G7LC 1REXA 2Z18A 4LYOA 1YAMA 228LA 1LJ3A 1GB0A 4H8YA 4C3WA 1ZYTA 4FJRA 4QEQA 1WTHA 1L12A 1LJ4A 5KXWA 1T6VL 2MEGA 2B72A 257LA 4W54A 4H8ZA 1L0JA 1L46A 244LA 3TXFA 1L27A 3WULA 1L21A 5LVHA 5D5FA 4TTDA 5IHGA 3OE9A 1IP7A 3AJNA 221LA 1T8AA 3LHMA 3V2YA 4E3UA 4DD9A 125LA 4WM2A 1L79A 4I0CA 1LZAA 236LA 3WPLA 1XEKA 198LA 2HU3A 3A92A 2A7FA 4TSCA 109LA 4FDYA 2BQNA 4I7MA 3F6ZA 1GBYA 1GBXA 2D6BA 1OUIA 4DAJA 4LT1A 3SB8A 1L91A 4XENA 1IR8A 1PQKA 1VDSA 4DD1A 4XJFA 1CU0A 1WQMA 1IY3A 3FA0A 3D3DA 3DMZA 4K5YA 5LAGA 2IGCA 5HNLA 1JKAA 4HTKA 1BB5A 3TXDA 2MEEA 5F14A 1QTVA 2F2QA 1L50A 1LZDA 4NSHA 119LA 1QT8A 7LYZA 1L64A 3BKVA 2DQDY 4H8XA 4HTNA 1L24A 1L69A 1LI3A 3C7WA 1OQMA 1KNIA 1DPWA 1GE2A 1FLWA 3LYZA 238LA 3EXDA 1L19A 1D0KA 2BLYA 1BB4A 1LZCA 2LYZA 1GHLA 3B72A 3HDFA 1GEZA 3CT5A 5B59A 1CV4A 3OJPA 4NHIA 1XEJA 1H87A 1JISA 1REZA 126LA 4OO9A 4OWCA 3F9LA 1YILA 3WPKA 2EKSC 1INUA 1P2RA 1KIRC 4H9FA 1LYYA 4M4OA 251LA 1UACY 4QDNA 217LA 4DD3A 2Z19A 2O7AA 1F10A 1CU3A 4MSTA 1L28A 4ETAA 3WXUA 108LA 3NYAA 4WL7A 250LA 1P56A 4PK0A 151LA 3UONA 2MEBA 1C68A 2FYCA 1G0GA 1LSCA 168LA 4NG8A 2ZQ3A 1C69A 1C6DA 5KXYA 2LZMA 5FCPA 171LA 4PGJB 1LZYA 1JJ0A 4I7KA 1LZ9A 1L47A 2VB1A 3W6BA 1G0JA 1C61A 1ZMYL 2IFFY 5IELA 1CU6A 1L72A 1FBIX 113LA 214LA 3W6FA 122LA 3FI7A 4DQ5A 199LA 1OUBA 1JUGA 2XQOA 4DD0A 1L03A 4I7QA 1B9OA 1MLCE 3CDQA 261LA 4NY5A 178LA 5LVJA 1LZGA 4GBRB 1YANA 1NF5A 2ZYCA 2BAAA 2W1LA 1LYFA 241LA 4CGEA 1OUDA 3G3AB 5F16A 1GB2A 4WM1A 3QNGA 1CJ8A 1XGRC 1LJHA 1C6EA 2B74A 1L34A 1C6IA 1NBYC 3ODUA 1QQYA 4XADA 1G0MA 4NSIA 3HT6A 4ARJA 1I1ZA 1CJ6A 1QT5A 3W6DA 195LA 4HJVA 2CWIA 1C6BA 4EOFA 1KY0A 1G06A 4HTQA 1ZVHL 1OWZA 1CKHA 1L54A 1CV0A 2LYOA 2YBMA 3W6CA 2Z37A 1LPYA 3TXIA 1L62A 2F2NA 1LJNA 4W55A 1GB5A 5KKIA 4I7NA 111LA 4CFPA 5KXKA 3EMSA 1TBYA 4WO6A 4YX7C 112LA 260LA 3G3VA 3CT1A 3N9CA 1L60A 2BQFA 1QT7A 4ZEEA 4ET8A 1L75A 2F4AA 5KXMA 3QAKA 1D2YA 243LA 1B6IA 1GB3A 192LA 3DMXA 242LA 1QSQA 1AKIA 1PQOA 2HUKA 2LCBA 4H9IA 3CDRA 1WQQA 1LI2A 3DN3A 132LA 1IP5A 183LA 1B5VA 1GWDA 3N9AA 4H91A 1IP1A 2YVBA 1L38A 2Z38A 2ZYPA 3WPJA 5M1YA 1GXXA 2CUUA 206LA 1OV5A 2HULA 2LC9A 3HT8A 1SWYA 4XN6A 1IR7A 2HEEA 1W08A 4OOTA 2Y8PA 1L37A 3JR6A 4W51A 219LA 3WUAA 1XEIA 5KKJA 1CKFA 2W1MA 4N1CC 3P4ZA 2ZILA 2B7XA 2BQAA 3GUOA 1LMOA 3CQLA 2BQBA 3AZ4A 4UWVA 1C66A 2ZNXY 1SX2A 1YKZX 1LZSA 2RBNA 1LTMA 3C8RA 2RB0X 2ZNWY 1LSDA 4H9CA 1L82A 1SLYA 1CKCA 1WTNA 1GF4A 3WH1A 104LA 200LA 1L81A 4PRQA 5KXSA 140LA 2LYMA 1JTOL 1A2YC 3A90A 1REMA 1L23A 1IWXA 1VEDA 4LT2A 4ARQB 1IY4A 1LSPA 2NTGA 4I7JA 1FLYA 1L43A 3E3DA 1UICA 1L77A 1BVXA 259LA 2L78A 5B06A 4RW1A 3AZ7A 3HUQA 1CJ7A 3VWOA 1HFZA 4I7SA 3A96A 152LA 3WU7A 1PQIA 1LCNA 1YL1X 1GFJA 4NGJA 4NGOA 4XJDA 174LA 4WM3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GN3 A;  5LYM A;  1HMK A;  1L66 A;  2OEA X;  1EPY A;  1XEP A;  2HEC A;  1IWT A;  1RCM A;  3GUL A;  5LVG A;  1C60 A;  4DWX A;  1QT6 A;  215L A;  2XBS A;  3LYM A;  4NGK A;  1HEM A;  1L85 A;  2OU0 X;  1D9U A;  4PJZ A;  3RNX A;  1HSW A;  4ARP A;  4YXA C;  1AT5 A;  1IP4 A;  1LZ8 A;  2QB0 B;  1QS5 A;  3AGH A;  4OWE A;  1C7P A;  1IC5 Y;  3K2R A;  6LYT A;  4GLA A;  2OE4 X;  1P2L A;  3AZ5 A;  4LGK A;  4YF2 A;  4YEN A;  1CJ9 A;  240L A;  1WQO A;  5I14 A;  1LSF A;  1RFP A;  176L A;  4DDB A;  1IOT A;  4EPI A;  1P46 A;  1FLQ A;  2HEB A;  1GAZ A;  1LSM A;  4DD2 A;  3HH5 A;  3SB7 A;  1B2K A;  1L41 A;  1G7L C;  1REX A;  2Z18 A;  4LYO A;  1YAM A;  228L A;  1LJ3 A;  1GB0 A;  4H8Y A;  4C3W A;  1ZYT A;  4FJR A;  4QEQ A;  1WTH A;  1L12 A;  1LJ4 A;  5KXW A;  1T6V L;  2MEG A;  2B72 A;  257L A;  4W54 A;  4H8Z A;  1L0J A;  1L46 A;  244L A;  3TXF A;  1L27 A;  3WUL A;  1L21 A;  5LVH A;  5D5F A;  4TTD A;  5IHG A;  3OE9 A;  1IP7 A;  3AJN A;  221L A;  1T8A A;  3LHM A;  3V2Y A;  4E3U A;  4DD9 A;  125L A;  4WM2 A;  1L79 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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