122LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDSAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 122lA00
3PDSA 1L18A 206LA 1L24A 1L94A 148LE 1G1WA 1C6QA 2B7XA 1SX7A 3F9LA 1L86A 3HUKA 3L2XA 188LA 1L89A 249LA 259LA 1QT8A 225LA 4I7OA 3GUPA 2RBRA 230LA 1L35A 4ARMB 3HTDA 189LA 2RBNA 3HT7A 4W54A 1L47A 3DN6A 3G3VA 209LA 1L40A 2O7AA 171LA 1SSWA 1C6BA 1LYGA 211LA 4ARPA 3LZMA 159LA 176LA 1C6DA 4E97A 170LA 144LA 246LA 1L23A 3V2WA 1C6MA 2B75A 237LA 1L0JA 183LA 1L51A 1L87A 1L58A 226LA 187LA 2RH1A 3HT6A 1QTBA 2B6WA 1OWZA 1L34A 4GRVA 1LGWA 247LA 1QT5A 1QT7A 3G3WA 4AQNA 1P2LA 1DYCA 1LI3A 185LA 1T6HA 3CDTA 4EPFA 1T97A 190LA 3UONA 2OU8A 145LA 3HH4A 129LA 111LA 1DYAA 3L64A 3DN3A 1L49A 1LYJA 1G06A 3QAKA 220LA 4ARMA 119LA 1OVJA 3ODUA 1L62A 143LA 3CDOA 2O4WA 260LA 243LA 1ZYTA 3PBLA 1P36A 107LA 1D3FA 3CDRA 4K5YA 224LA 3G3XA 1C62A 2RB0X 181LA 3VW7A 149LA 2Q9DA 1D2YA 1QT6A 212LA 2B72A 167LA 1L22A 4I7SA 1QUOA 1D9WA 4EXMA 1CVKA 1L52A 169LA 4ARLA 1OV7A 1JTMA 1L83A 3DN4A 152LA 1P7SA 213LA 3HH5A 118LA 1B6IA 221LA 3DN2A 6LZMA 3HWLA 2B6XA 239LA 192LA 4I7KA 1L03A 2F2QA 196LA 1L64A 2OTZX 4I7PA 156LA 3GUKA 1L55A 1L11A 1NHBA 1L10A 1L36A 4IAPA 3C7ZA 128LA 1ZURA 1G1VA 2RAYX 113LA 3HU9A 162LA 125LA 228LA 1CX6A 234LA 141LA 1L45A 1CV5A 1CUPA 4ARJA 4YX7C 180LA 1C6JA 214LA 231LA 1L80A 1L82A 3EMLA 1LI6A 3C8RA 1C6EA 1OYUA 4YXAC 175LA 240LA 257LA 120LA 223LA 251LA 227LA 3D4SA 4DKLA 4EKRA 3GUMA 3HDFA 254LA 1D3NA 1L73A 182LA 1L14A 1LPYA 2QB0B 139LA 142LA 3CDQA 4I7MA 1XJTA 1G0KA 1L04A 4LDOA 1L95A 1QTZA 1L00A 1L27A 1PQMA 1P37A 1G0LA 4W55A 3OE6A 1KY1A 110LA 1LYIA 4DJHA 164LA 1L84A 1L42A 4W57A 250LA 1OVKA 1L93A 5LZMA 2NTHA 1L25A 1L61A 1CX7A 1L97A 236LA 1L85A 1PQOA 1D3JA 2A4TA 1C6PA 3RUNA 241LA 1OVHA 1L50A 4S0WA 1LW9A 1CV1A 1C67A 1LLHA 216LA 3C80A 244LA 3HTBA 218LA 1DYEA 1T8GA 1KW5A 1XJUA 1L26A 122LA 3SBBC 215LA 3OE8A 126LA 140LA 3DN0A 2Z6BA 1L02A 191LA 3SB6A 1C69A 1C68A 3F8VA 3DN1A 1L28A 3FA0A 1L12A 1L56A 2L78A 229LA 3C7WA 1CTWA 1L31A 1G0QA 1CU3A 252LA 158LA 1LYHA 217LA 3RZEA 178LA 1LGUA 103LA 1PQDA 102LA 1QTCA 242LA 2OU0X 3DMXA 1SWYA 1CV6A 173LA 3C7YA 1C64A 3HUQA 253LA 137LA 157LA 1L77A 4PJZA 3SBAA 1WTHA 4EKQA 3C82A 2RB2X 1L39A 4ARQB 1C6TA 1G0GA 2OE7X 1L01A 1D2WA 1L67A 1QTVA 1QUDA 2RBSA 1PQJA 235LA 1OWYA 123LA 1L91A 1L66A 3OE9A 197LA 147LA 1L63A 4PK0A 1JQUA 184LA 205LA 1L08A 238LA 2HULA 2LC9A 2NTGA 166LA 2LCBA 1L20A 1C6IA 1L75A 1L96A 3NY9A 3SB9A 1L53A 2O79A 172LA 3CDVA 4I7QA 1LI2A 1L70A 151LA 1PQKA 1D3MA 4I7TA 2F47A 248LA 3GUIA 3NYAA 1QUGA 1P64A 1L76A 1L37A 245LA 1C6FA 1QS9A 2CUUA 4ZPUA 174LA 1C6LA 3DKEX 3DMZA 256LA 4LZMA 3NY8A 4ARQA 1P56A 2OU9A 2B74A 1L60A 3C8QA 232LA 3GULA 109LA 1L30A 1QT4A 186LA 1OV5A 1C6HA 1ZWNA 1L72A 210LA 3K2RA 1L19A 3HT8A 146LA 3C8SA 1KY0A 1LYFA 2F32A 1C65A 1K28A 1P5CA 3SB7A 1LYDA 2OTYX 155LA 1L79A 1L13A 3SN6R 1CU6A 3HDEA 1QUHA 3OE0A 195LA 1L29A 1JTNA 2RB1X 1PQIA 3GUNA 165LA 1DYBA 1QS5A 1LGXA 1C63A 1EPYA 3JR6A 4EKPA 108LA 3HT9A 1LWKA 1KNIA 1L38A 1L33A 163LA 168LA 1DYFA 222LA 1C6KA 1C6GA 3FADA 5I14A 1L21A 1L57A 1L16A 2ANXA 1P46A 1L07A 1C60A 114LA 2B6YA 1L43A 2RBOA 4W59A 2LZMA 1L65A 1L48A 127LA 4I7JA 4YXCA 131LA 262LA 3C81A 1C6CA 2RAZX 201LA 1L15A 2B6TA 2ANVA 3HTGA 3GUJA 4GBRB 1L17A 161LA 130LA 1DYGA 219LA 177LA 1C66A 258LA 7LZMA 1L54A 3C83A 104LA 1QSBA 1XEPA 1SSYA 255LA 3HUAA 1CU5A 3DNAA 4W53A 1L68A 2B70A 1G07A 115LA 1L44A 1CV0A 4W52A 4EPIA 1LYEA 1L99A 4I7RA 1L92A 2OE9X 3HU8A 3SB5A 4I7NA 112LA 4LDEA 2Q9EA 1G0JA 1QTDA 1L98A 233LA 2QARC 1CUQA 2IGCA 1L81A 1C61A 2OE4X 1KS3A 1L41A 1CV4A 261LA 2RBPA 1P6YA 3HH6A 3DMVA 3SB8A 1L46A 1L59A 1L71A 1KW7A 1P3NA 3HH3A 160LA 1SX2A 199LA 1T8FA 2HUMA 198LA 1CU2A 1CV3A 1L0KA 4DAJA 4LDLA 3HTFA 2B6ZA 1L90A 3FI5A 200LA 138LA 1C6AA 1TLAA 3DN8A 3V2YA 2OEAX 1P2RA 2HUKA 4W56A 1L06A 1L05A 1L69A 150LA 1QSQA 1LWGA 1L32A 1I6SA 1G0PA 1CU0A 4EKSA 1DYDA 4EJ4A 2B73A 4I7LA 1T8AA 1QTHA 1C6NA 1L88A 2RBQA 3GUOA 1SWZA 1G0MA 1L74A 1QT3A 1L09A 4W58A 4OO9A 4W51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G4QA 3AZ4A 1WTMA 1G1WA 4G9SA 5I4WA 4TTDA 1LZ4A 4DQ5A 4J1AA 2YBHA 3LZTA 4HV2A 1YAQA 2AUBA 3A95A 4NSIA 2RBRA 1L35A 4ARMB 4NG8A 2RBNA 3HT7A 5KXLA 3G3VA 1L40A 1LJIA 4H9AA 4RW2A 2Z2EA 4PRUA 211LA 4ARPA 5LAFA 4E97A 170LA 1LSAA 2B75A 3A91A 1I1ZA 1L51A 5II3A 226LA 2RH1A 1DPXA 4GRVA 5IDDA 1L34A 1GBOA 3TXIA 1H87A 5F81A 1GB0A 2IHLA 1IR7A 1T97A 3UONA 2OU8A 4GN5C 3EO5A 1DYAA 4XJBA 2HTXA 3DN3A 3WL2A 4NSGA 4H91A 1GF5A 3QAKA 1LZ5A 220LA 1HMLA 2YBNA 4DD1A 3IWRA 4DDBA 1XEIA 3CDOA 2O4WA 1REYA 260LA 1LKRA 107LA 3TXDA 2BQEA 1C62A 1QDRA 4XJGA 4XADA 2Q9DA 5LINA 1UA6Y 1D9WA 1GFRA 1GF0A 2HEEA 1OV7A 3HBDA 4PRQA 1L83A 4OWCA 152LA 2Z39A 1JEFA 1NBYC 5C6JA 1RI8B 1ZV5L 3LYMA 196LA 1QSAA 3AYQA 4TSCA 1L11A 1JPOA 5B06A 1G1VA 3ULRA 2RAYX 113LA 1XGUC 228LA 5I53A 4C5FA 1OUCA 2BQHA 141LA 1L45A 1LZRA 4CFOA 231LA 1L80A 1B0DA 1L82A 1LI6A 1LSMA 4YXAC 135LA 1GEVA 1LHHA 4DKLA 4EKRA 1IP1A 254LA 182LA 1Z55A 139LA 4OOOA 4OWEA 1L04A 4LDOA 1YIKA 1L95A 1QTZA 1L00A 1G0LA 4W55A 5IELA 5B59A 2DQFC 1UIFA 1L93A 5LZMA 1L25A 2Z18A 1REXA 1JITA 1PQOA 4BAFA 241LA 4WM2A 4S0WA 1IO5A 1LZYA 3P65A 2ZIJA 1XJUA 122LA 3OE8A 126LA 2Z6BA 6LYZA 2H9KA 1WQRA 4GCBA 1J1PY 1L12A 1L56A 3CT1A 3WVXA 2BAAA 2DQIY 1LYHA 5KXTA 1HELA 3DMXA 1SWYA 2BQFA 1HFZA 3ZVQB 1BVXA 1LYZA 1BB7A 4XJHA 4ZEEA 1L77A 1WTHA 2RB2X 1HF4A 1LZ9A 2YVBA 1LJFA 2Z38A 1L67A 1LJHA 3RT5X 235LA 1OWYA 123LA 147LA 1L63A 1XGRC 1L08A 4B0DA 3RZ4A 2LCBA 4HP0A 4N9RA 1IWVA 4P2EA 3K3TA 4IATA 2O79A 5APDA 1LI2A 3VWOA 3AZ6A 4QDNA 4H9FA 4GN4A 151LA 1PQKA 1LHMA 2BQMA 4J7VA 4NGKA 3LYZA 2D4KA 256LA 5LA5A 4Z46A 5E4PA 1L60A 3GULA 186LA 1F0WA 1C6HA 1A4VA 1GFAA 1UUZC 2W1XA 4N5RA 3C8SA 1KY0A 2F32A 1DI4A 2LYZA 3A93A 5KXPA 1LYDA 5DN5A 1L79A 1NDGC 5I5QA 4I0CA 2RB1X 3F6ZA 4ET9A 4QEQA 1DZBX 134LA 4EKPA 4RW1A 3HT9A 1KNIA 4WM5A 1HEQA 1QTKA 1C6GA 1MLCE 4R6CA 5I14A 4FDYA 114LA 127LA 4I7JA 4A7DA 2BQNA 2H5ZA 2RAZX 3GUJA 1L17A 1GBZA 1DYGA 1C66A 1JIYA 3C83A 2CDSA 4DT3A 1CU5A 3DNAA 4CFPA 5APEA 1YL0X 1CV0A 1GFGA 4W52A 4N1CC 1OUAA 4I8SA 1L99A 3SB5A 1G0JA 3AB6A 3P4ZA 4H90A 4NHIA 5L3IA 5KXXA 4CHXA 3W6CA 4N8ZA 3A8ZA 1KS3A 1WQOA 1QUTA 2RBPA 1JKCA 1UIBA 2DQHY 5KXZA 1F10A 1KW7A 1GE3A 1RFPA 1V7TA 1T8FA 5C6IA 3A92A 1CU2A 1ZMYL 3WULA 1LJ4A 3WXUA 5LVGA 1TEWA 4HJZA 133LA 4LDLA 1DI5A 2B6ZA 1YAOA 2EPEA 2HUKA 4W56A 1LJEA 1WTNA 1RE2A 2MEBA 1OUDA 1JSFA 5L3HA 4EJ4A 4I7LA 4XYYA 4ETDA 5APCA 2RBQA 4KPMA 3GUOA 1XFPL 4BS7A 1SWZA 1L74A 4OO9A 3PDSA 4TUNA 1L94A 3WMKA 1LCNA 148LE 1GF8A 2B7XA 188LA 1L89A 5KJ9A 1DKKA 249LA 2A7DA 4NEBA 4ETBA 3CB7A 4DQJA 2HEBA 3G3BB 1B7SA 3IJUA 4XJFA 4XN6A 189LA 208LA 3BKHA 1L47A 2O7AA 2CGIA 171LA 1LYGA 1LYOA 3LZMA 176LA 2VB1A 1GFEA 1IWUA 2YBJA 1VDSA 144LA 1GFJA 1C6MA 1GF7A 4ETEA 183LA 3CT5A 1CNSA 247LA 2LZ2A 2HEFA 3TXGA 1JTTL 4AQNA 4LYBA 1P2LA 4QY9A 1P2CC 185LA 1T6HA 1LZCA 1IVMA 3HBHA 5B07A 5KKJA 3A3QA 1LPIA 3L64A 4YF2A 2WARA 4N0JA 1G06A 1W08A 3ODUA 1C45A 243LA 1UIEA 5L9JA 1VFBC 3PBLA 1P36A 1B5XA 3CDRA 181LA 4CGEA 4G4BA 1D2YA 1QT6A 212LA 1CJ8A 4I7SA 1NDMC 2DQGY 1CVKA 1OQMA 1BWHA 5D5CA 2ZQ3A 1P7SA 1SLYA 1B6IA 8LYZA 4Z3MA 6LZMA 5HQ1A 1JTOL 1CKGA 1UICA 7LYZA 1JWRA 2OTZX 4NGJA 1IOSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G4Q A;  3AZ4 A;  1WTM A;  1G1W A;  4G9S A;  5I4W A;  4TTD A;  1LZ4 A;  4DQ5 A;  4J1A A;  2YBH A;  3LZT A;  4HV2 A;  1YAQ A;  2AUB A;  3A95 A;  4NSI A;  2RBR A;  1L35 A;  4ARM B;  4NG8 A;  2RBN A;  3HT7 A;  5KXL A;  3G3V A;  1L40 A;  1LJI A;  4H9A A;  4RW2 A;  2Z2E A;  4PRU A;  211L A;  4ARP A;  5LAF A;  4E97 A;  170L A;  1LSA A;  2B75 A;  3A91 A;  1I1Z A;  1L51 A;  5II3 A;  226L A;  2RH1 A;  1DPX A;  4GRV A;  5IDD A;  1L34 A;  1GBO A;  3TXI A;  1H87 A;  5F81 A;  1GB0 A;  2IHL A;  1IR7 A;  1T97 A;  3UON A;  2OU8 A;  4GN5 C;  3EO5 A;  1DYA A;  4XJB A;  2HTX A;  3DN3 A;  3WL2 A;  4NSG A;  4H91 A;  1GF5 A;  3QAK A;  1LZ5 A;  220L A;  1HML A;  2YBN A;  4DD1 A;  3IWR A;  4DDB A;  1XEI A;  3CDO A;  2O4W A;  1REY A;  260L A;  1LKR A;  107L A;  3TXD A;  2BQE A;  1C62 A;  1QDR A;  4XJG A;  4XAD A;  2Q9D A;  5LIN A;  1UA6 Y;  1D9W A;  1GFR A;  1GF0 A;  2HEE A;  1OV7 A;  3HBD A;  4PRQ A;  1L83 A;  4OWC A;  152L A;  2Z39 A;  1JEF A;  1NBY C;  5C6J A;  1RI8 B;  1ZV5 L;  3LYM A;  196L A;  1QSA A;  3AYQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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