125LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRASLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 125lA00
4ZPUA 184LA 4EKRA 177LA 1P5CA 1CV1A 157LA 228LA 1K28A 262LA 1L82A 1L80A 3HH6A 2F47A 3GUPA 1P2LA 1QUGA 2RBQA 215LA 1QTBA 4YXCA 1L25A 2OU9A 1L14A 4OO9A 1CX7A 2RBRA 1L84A 1L50A 1QT4A 1OV7A 3HUAA 2B75A 3DN4A 111LA 216LA 2OE7X 112LA 4K5YA 1L36A 2RBNA 3OE9A 1QT5A 1L37A 123LA 4W54A 2RBSA 1G0MA 4EKQA 107LA 4W58A 104LA 190LA 178LA 1C6MA 1I6SA 1L0KA 1L64A 1CTWA 3OE6A 1L63A 1L73A 4ARPA 4W55A 4LDOA 3CDTA 1L46A 3SB9A 1C6JA 1G0LA 3C8QA 2OU8A 2LCBA 1L55A 1QT7A 1L07A 1L62A 1G0GA 1OVHA 1QUOA 1C6KA 1JTMA 115LA 2RBPA 3QAKA 1C6LA 3DMVA 211LA 3HT8A 6LZMA 113LA 1WTHA 2B73A 1XJUA 224LA 156LA 2IGCA 3LZMA 1D2YA 186LA 2LZMA 1LWKA 108LA 1LYEA 1L97A 1PQIA 4I7PA 1P2RA 259LA 227LA 3GUKA 1G1VA 219LA 3SB8A 142LA 4ARMB 1OVJA 141LA 1G0PA 1DYGA 1L74A 3DN3A 139LA 1L93A 1QS5A 2HUMA 1C6GA 4LDLA 2Q9DA 1L56A 244LA 1LW9A 1G06A 159LA 1L47A 4EJ4A 4YX7C 1L54A 2NTGA 251LA 1L03A 257LA 163LA 150LA 258LA 4DKLA 2O79A 3C8SA 122LA 3DKEX 1G0JA 3D4SA 232LA 206LA 110LA 2A4TA 1L20A 1L00A 1NHBA 1L33A 209LA 4ARJA 152LA 4I7NA 1CUQA 4I7QA 1P3NA 3HUQA 247LA 160LA 4IAPA 149LA 196LA 254LA 1L76A 1L75A 1L95A 1LGWA 171LA 3RZEA 127LA 162LA 1T8GA 253LA 2F32A 1P6YA 1L91A 1D3FA 3L64A 1G0KA 1QSQA 1L99A 3JR6A 4W51A 164LA 1QTDA 1P36A 1LYGA 214LA 3DN8A 3F9LA 1D3JA 2F2QA 1L85A 1P56A 4ARQB 2LC9A 109LA 1L38A 1LWGA 3C8RA 1L53A 161LA 1L71A 1C6TA 3G3WA 1CV4A 4GBRB 7LZMA 1L40A 2RB2X 199LA 1P46A 176LA 3VW7A 2OE4X 1L67A 1L43A 3CDQA 1L26A 261LA 1DYFA 1G0QA 4ARLA 137LA 1OYUA 3HT6A 129LA 1PQJA 4W59A 237LA 1T6HA 2ANXA 2HULA 2O7AA 223LA 1PQMA 3EMLA 1L28A 140LA 1T97A 174LA 236LA 1L90A 1P7SA 3HWLA 114LA 3DN2A 4ARMA 1L15A 1SX2A 1C68A 1CV3A 3HTBA 2B74A 1C62A 235LA 3NY9A 1OV5A 4EPFA 1SWYA 1LLHA 1C66A 1CU0A 1LYJA 3C7YA 1SSYA 1OWYA 4W52A 169LA 1P64A 2B6ZA 120LA 1L69A 1L19A 1C6EA 1ZYTA 1C6IA 1L10A 180LA 198LA 1LYDA 2B70A 1C6QA 1L72A 4PK0A 1L04A 1L83A 250LA 1CU6A 1G07A 1CUPA 246LA 1LI3A 4I7JA 255LA 167LA 187LA 1C6DA 1SWZA 1CV5A 1D2WA 4W53A 4DAJA 1D9WA 1QT3A 1OVKA 3C80A 3DMXA 3OE0A 1LYFA 3HT9A 4W56A 146LA 3CDRA 1PQDA 1OWZA 4EKSA 3HH5A 3NYAA 4EXMA 4I7OA 1C6BA 4PJZA 229LA 1DYEA 213LA 1D3NA 2QARC 1SX7A 181LA 1KW7A 1L17A 1L35A 182LA 1L11A 2B6YA 1L42A 4ARQA 1L87A 3SBAA 1EPYA 1C6AA 1DYDA 3HTFA 3PBLA 1L18A 1JQUA 1PQKA 3V2YA 195LA 1LGXA 1L31A 2HUKA 1C64A 1L34A 1L39A 200LA 3SB5A 119LA 3HT7A 151LA 4W57A 118LA 1G1WA 233LA 5I14A 1P37A 2CUUA 1L61A 4I7LA 183LA 2QB0B 148LE 2RAZX 3DN1A 1C63A 175LA 1CU5A 102LA 1KNIA 1QT6A 1LYHA 2B6XA 2RH1A 222LA 3SBBC 1L60A 249LA 2OTZX 3NY8A 4I7KA 1CU3A 3DN6A 1C67A 1DYBA 1DYAA 103LA 225LA 245LA 173LA 168LA 3FA0A 3C83A 3OE8A 1L27A 3HH4A 1L79A 256LA 1L49A 260LA 3C82A 1L05A 3PDSA 1L13A 5LZMA 2OEAX 1QS9A 2B7XA 2NTHA 172LA 3V2WA 1C6NA 221LA 3GUIA 1L70A 4I7RA 128LA 4I7MA 1L32A 3HTDA 240LA 1L51A 2OU0X 4EKPA 226LA 4E97A 3K2RA 1L58A 1L02A 1TLAA 1L06A 2L78A 220LA 1L66A 4EPIA 1L01A 1QTCA 125LA 1QTVA 3HH3A 1L57A 147LA 1DYCA 138LA 1QTZA 1L59A 1L68A 3G3VA 4DJHA 3C7ZA 2ANVA 242LA 1B6IA 1QUHA 238LA 3FADA 1L89A 2OTYX 3GUMA 1LPYA 1L30A 205LA 231LA 201LA 3ODUA 1L0JA 1L65A 3GUOA 3C81A 4YXAC 3HTGA 1QUDA 1KW5A 234LA 1L92A 210LA 3G3XA 1CX6A 1KY0A 1SSWA 1L48A 217LA 1L22A 2RB0X 1L41A 3SB7A 1L23A 1QTHA 3HDEA 4AQNA 1L12A 1C6HA 2RB1X 197LA 1L45A 1L77A 1L88A 239LA 3DMZA 1C69A 3CDVA 3RUNA 3FI5A 3GUNA 1C61A 191LA 1L44A 230LA 3F8VA 4I7SA 126LA 1L81A 248LA 3DNAA 1L24A 3L2XA 1PQOA 1QSBA 1CU2A 2OE9X 1L29A 3SN6R 1T8FA 1C6PA 4LDEA 188LA 166LA 1LI6A 1D3MA 1L98A 1T8AA 2Q9EA 1LI2A 3HUKA 143LA 1L96A 131LA 144LA 1JTNA 1L16A 3HU9A 1KY1A 1L08A 1CV6A 1L94A 2B6TA 2B6WA 130LA 2Z6BA 185LA 155LA 1L86A 1LYIA 241LA 3C7WA 3GULA 4S0WA 1C65A 1L52A 3GUJA 1C6FA 1KS3A 1ZURA 3HDFA 1CV0A 243LA 4LZMA 3UONA 1XEPA 4I7TA 165LA 170LA 1ZWNA 1C60A 2RAYX 1XJTA 192LA 2B72A 218LA 1LGUA 158LA 1QT8A 145LA 3SB6A 212LA 3CDOA 252LA 1L21A 2RBOA 3HU8A 1CVKA 4GRVA 3DN0A 2O4WA 189LA 1L09A 1C6CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K28A 262LA 1L82A 4YEOA 1IWZA 4N5RA 1P2LA 1RCMA 4H1PA 1L25A 2OU9A 1I56A 1CX7A 2RBRA 1CJ9A 4NSJA 1L50A 1BVXA 1OV7A 2FYCA 2B75A 1B7QA 3DN4A 4WM3A 5F14A 1L36A 2RBNA 3OE9A 1L37A 4EKQA 2CWIA 107LA 178LA 4WLXA 1L0KA 3OE6A 1LYOA 5A3ZA 4LDOA 3SB9A 1HERA 4DDBA 1XEJA 2YBIA 3C8QA 2LCBA 1LHHA 4NGIA 2H9KA 1KIQC 4OOOA 1JTMA 1YIKA 3TXIA 211LA 3HT8A 4TX7A 4P2EA 4I7PA 1P2RA 1IWVA 3W6BA 1OUIA 4NHIA 219LA 2YSSC 1UBZA 3DN3A 3WPJA 2HUMA 1LMCA 4LFPA 3G3BB 1LZ9A 1L56A 3A8ZA 1VEDA 244LA 1LW9A 1WQOA 4GCEA 1FKQA 4WG1A 1YILA 1H87A 4DKLA 2BQHA 5IDDA 1G0JA 4XYYA 2ZQ4A 3D4SA 4NSGA 1REXA 4ARJA 1D0KA 4NGYA 1CUQA 5LVJA 1CJ8A 2ZIJA 2ZQ3A 3HFMY 1GFUA 149LA 1L95A 2CGIA 1LGWA 127LA 253LA 1T8GA 4YOPA 1XGRC 4PRQA 133LA 5I54A 1G0KA 1QSQA 2GV0A 3WVYA 1IOTA 4W51A 1QTDA 1HC0A 214LA 3DN8A 1HEWA 5IHGA 2F2QA 4ARQB 5M1YA 109LA 1LWGA 1L53A 1NF5A 4NSIA 1GB8A 1XSFA 1NBYC 5DN4A 1L40A 1P46A 5LA5A 1GE0A 1UIEA 1L43A 1GE1A 1RE2A 3LZ2A 137LA 4WL7A 2MEIA 2ANXA 2DQIY 4NWHA 1PQMA 3A93A 1IOSA 193LA 1FBIX 3ZVQB 1LZSA 1P7SA 1B5UA 5B07A 4ARMA 3ATOA 5IELA 1CV3A 2B74A 1UC0A 1OUCA 235LA 2XJWA 1OV5A 5KXNA 4E3UA 3EBAB 4HSFA 2HTXA 3C7YA 5D5FA 2Z39A 169LA 5LYZA 1L69A 2YDGA 1L19A 1HENA 2ZIKA 4OOTA 2XTHA 1LJ3A 180LA 1L72A 1L04A 1V7SA 4XJIA 1JJ0A 1CUPA 1D6PA 4I7JA 4GCDA 3N9AA 1SWZA 1CV5A 2HECA 4DD9A 1DPWA 4XENA 1LMNA 1OVKA 1OWZA 2BQGA 7LYZA 2YVBA 2I6ZA 3OJPA 1LSDA 229LA 4H92A 3CT1A 1DYEA 1C6AA 1B5YA 3PBLA 3AW6A 1L18A 2BQEA 1DPXA 4WO9A 1HEPA 4DD2A 1C64A 1E8LA 1EQ4A 4RW1A 151LA 3A34A 1OUGA 5I14A 2LZTA 4NEBA 1IOCA 2BQIA 2RH1A 222LA 3SBBC 4MCKA 1DKJA 1OUFA 249LA 4OWHA 1C67A 2DKVA 4WLTA 1LKRA 1HSXA 1LHMA 168LA 3FA0A 1JKCA 3OE8A 3IJVA 2HU3A 2DQAA 4DWXA 2Z19A 4NWEA 3C82A 3OK0A 1LJHA 5LVIA 1GFVA 1JUGA 4RLNA 3AZ5A 1XGUC 1P2CC 2MEHA 3HTDA 240LA 4PGJB 5F9XA 1CKGA 4E97A 3K2RA 1D6QA 3HBDA 3WXTA 220LA 1GFKA 125LA 3HH3A 1HELA 4LT0A 1L59A 3G3VA 1LSEA 2ANVA 3A6CY 238LA 3ODUA 3GUOA 3C81A 4ZIXA 1GF8A 1SSWA 4TSBA 3IWRA 5KKJA 1CKFA 1B2KA 4AQNA 4HJZA 1C6HA 197LA 3DMZA 1C69A 4GCBA 230LA 4I7SA 2BPUA 2WARA 4WM2A 1REMA 5II3A 1L24A 3WUMA 5JENB 1L29A 3SN6R 1VAUA 1C6PA 208LA 1LI6A 1T8AA 3HUKA 3BKHA 1JTNA 3P4ZA 1LSBA 4G4CA 2DQFC 1B7OA 1QSWA 130LA 4NHPA 2BQLA 4NIJA 1L86A 2D4JA 1LZ5A 4NGLA 3CSZA 1L52A 3GUJA 1LZRA 1G7JC 1ZURA 3HDFA 4YF2A 243LA 4H8ZA 2FBDA 3B6LA 2NWDX 4H9BA 3UONA 1G7MC 4H8YA 1XEPA 2LZ2A 5L3IA 1T6VL 170LA 1TBYA 1N4FA 1ZWNA 4H9CA 3ZVQA 192LA 1LGUA 5B1FA 1ZVHL 3CDOA 1CVKA 3DN0A 177LA 1CV1A 1VATA 4ANRA 3K3TA 1GBYA 1L80A 3HH6A 3J4GA 1B5XA 4OWBA 2HEDA 2VB1A 1HMKA 1DQJC 1IP4A 215LA 4YXCA 5B05A 4IJ4A 3HUAA 4H9HA 1DI5A 4K5YA 2F4GA 2RBSA 153LA 104LA 190LA 1C6MA 1LMOA 4PJ2C 1L63A 1GF7A 3CDTA 5LINA 1B7PA 1YAMA 2BLXA 2W1LA 1L55A 1QT7A 1L62A 3BKVA 4WG7A 2EPEA 1QUOA 5F9UA 2RBPA 3QAKA 1LOZA 3DMVA 1F10A 135LA 6LZMA 1LSYA 113LA 3LZMA 1LSNA 4DYGA 1LWKA 108LA 1L97A 3A95A 5I5QA 259LA 3QNGA 1TAYA 142LA 1IR9A 4PRUA 4ARMB 1G0PA 4J1BA 4TUNA 3ATNA 1LJ4A 4LDLA 1NMMA 1CNSA 3TMUA 4EJ4A 4YX7C 2NTGA 3RW8A 4NGVA 163LA 3DKEX 4BS7A 5APCA 2A4TA 1J1XY 5LAGA 2RSCA 2A7FA 1BB5A 152LA 4TWSA 2DQJY 1XEKA 1INUA 4B49A 3AGHA 1D0MA 196LA 1L75A 1JJ1A 171LA 1GF3A 1LMTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1K28 A;  262L A;  1L82 A;  4YEO A;  1IWZ A;  4N5R A;  1P2L A;  1RCM A;  4H1P A;  1L25 A;  2OU9 A;  1I56 A;  1CX7 A;  2RBR A;  1CJ9 A;  4NSJ A;  1L50 A;  1BVX A;  1OV7 A;  2FYC A;  2B75 A;  1B7Q A;  3DN4 A;  4WM3 A;  5F14 A;  1L36 A;  2RBN A;  3OE9 A;  1L37 A;  4EKQ A;  2CWI A;  107L A;  178L A;  4WLX A;  1L0K A;  3OE6 A;  1LYO A;  5A3Z A;  4LDO A;  3SB9 A;  1HER A;  4DDB A;  1XEJ A;  2YBI A;  3C8Q A;  2LCB A;  1LHH A;  4NGI A;  2H9K A;  1KIQ C;  4OOO A;  1JTM A;  1YIK A;  3TXI A;  211L A;  3HT8 A;  4TX7 A;  4P2E A;  4I7P A;  1P2R A;  1IWV A;  3W6B A;  1OUI A;  4NHI A;  219L A;  2YSS C;  1UBZ A;  3DN3 A;  3WPJ A;  2HUM A;  1LMC A;  4LFP A;  3G3B B;  1LZ9 A;  1L56 A;  3A8Z A;  1VED A;  244L A;  1LW9 A;  1WQO A;  4GCE A;  1FKQ A;  4WG1 A;  1YIL A;  1H87 A;  4DKL A;  2BQH A;  5IDD A;  1G0J A;  4XYY A;  2ZQ4 A;  3D4S A;  4NSG A;  1REX A;  4ARJ A;  1D0K A;  4NGY A;  1CUQ A;  5LVJ A;  1CJ8 A;  2ZIJ A;  2ZQ3 A;  3HFM Y;  1GFU A;  149L A;  1L95 A;  2CGI A;  1LGW A;  127L A;  253L A;  1T8G A;  4YOP A; 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