126LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRTITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 126lA00
2LCBA 1L49A 3HUAA 4W58A 1C67A 112LA 182LA 4I7OA 1L03A 1L04A 217LA 1B6IA 4EPFA 3DMVA 1D2WA 1NHBA 1L31A 3DN3A 152LA 1OWZA 4W55A 2HULA 1C66A 3UONA 1JQUA 4LDOA 1OV5A 2OU8A 4LDEA 1QUHA 1L0JA 4ARJA 174LA 1LWKA 1L61A 3HDEA 259LA 1L91A 3VW7A 231LA 2RBNA 215LA 1QTBA 3NYAA 4ARLA 4ARMA 1OVJA 3V2YA 188LA 195LA 2B74A 3D4SA 1C6IA 1C6AA 1QTDA 4GRVA 1LI6A 3CDVA 3HTBA 4W51A 1L21A 236LA 1L82A 2O7AA 3C82A 1L77A 1L51A 1SWZA 254LA 3HTDA 137LA 3HH3A 4YX7C 1XJTA 1L79A 140LA 4E97A 212LA 1ZYTA 1DYAA 2B6TA 1L29A 1L17A 1L84A 2NTHA 4I7LA 1G0MA 1QT5A 1LYJA 3PDSA 2HUMA 4PK0A 4DKLA 1QUDA 3OE9A 3GUOA 149LA 2CUUA 2RBOA 1L30A 4K5YA 1C6HA 110LA 168LA 4W57A 1KS3A 3C83A 1XJUA 213LA 1CX6A 1L32A 1QTHA 2OE9X 150LA 2F32A 250LA 3SB9A 3HH5A 261LA 1JTNA 185LA 156LA 3HWLA 1G0JA 210LA 234LA 224LA 2OTYX 1P37A 1T97A 1CUPA 158LA 3FI5A 1CV3A 169LA 4LDLA 1L36A 1LI3A 237LA 157LA 220LA 1L40A 1L41A 3C8SA 1PQKA 167LA 147LA 1QT8A 219LA 1L45A 1L68A 3HT9A 1LLHA 1L10A 205LA 218LA 180LA 1L14A 1SWYA 1L66A 1KW5A 225LA 170LA 1L97A 1C6TA 260LA 1C6QA 1C60A 4W53A 3CDTA 1D2YA 1L08A 238LA 172LA 2LC9A 4ARPA 1P5CA 2RH1A 197LA 1L93A 1L54A 1P64A 1L90A 1LGUA 252LA 3FADA 183LA 3F9LA 1QTCA 2ANXA 1C69A 1P56A 102LA 247LA 3SBBC 226LA 1L0KA 1L58A 2RBSA 2B6WA 2IGCA 240LA 3DN8A 3RZEA 253LA 1L88A 1L67A 1DYEA 3C7WA 130LA 1L15A 4W56A 4I7SA 1C6NA 3DN6A 5LZMA 233LA 1L16A 1L98A 1P7SA 3C8QA 191LA 1CV5A 1PQMA 1K28A 1QSQA 1L35A 4EKPA 4YXCA 200LA 4DJHA 3RUNA 3HH6A 1L22A 1P46A 1KY1A 1P2LA 1ZWNA 2O4WA 4OO9A 3HUKA 1KW7A 3SB6A 2B6YA 4I7RA 2B7XA 2Z6BA 3HT8A 4I7MA 2OE4X 123LA 243LA 1P6YA 1L64A 145LA 4EXMA 3V2WA 1CU5A 1L94A 159LA 1L59A 3GUPA 4ZPUA 1KY0A 244LA 103LA 1SX2A 1LGXA 162LA 1G0KA 3NY8A 1LYFA 3GUKA 4EPIA 1C6LA 1G0GA 3CDRA 1DYFA 1L44A 245LA 181LA 3DN4A 2NTGA 3F8VA 2L78A 1L52A 3EMLA 1L74A 2OU0X 216LA 257LA 1L42A 142LA 4ARQB 115LA 1C6EA 1XEPA 2A4TA 1P2RA 1L38A 1CV4A 1ZURA 2B72A 4W52A 251LA 1D3MA 107LA 108LA 151LA 1L85A 2OU9A 3HU8A 3GUNA 211LA 1G0QA 2Q9EA 139LA 3DKEX 127LA 1QUGA 2B75A 1LPYA 141LA 1L46A 4LZMA 184LA 1L71A 4PJZA 187LA 1CX7A 1L87A 2HUKA 1LYGA 1C6CA 163LA 3FA0A 1CV6A 143LA 4I7NA 1L26A 232LA 4ARMB 2B6XA 1C6MA 230LA 248LA 3OE8A 178LA 7LZMA 3DN2A 239LA 2F47A 3GUJA 3K2RA 1L28A 1CU3A 1WTHA 192LA 3G3XA 3ODUA 3DNAA 1CV0A 1LYEA 1CVKA 3HUQA 1L55A 4EKQA 128LA 228LA 1LYIA 2OEAX 1PQDA 1SSYA 1LI2A 2QB0B 1L95A 1C6BA 255LA 3C81A 1QSBA 3HTFA 146LA 1G06A 161LA 4AQNA 3QAKA 1C6PA 1D9WA 2RBQA 3HH4A 1DYCA 2B70A 4W59A 3GUMA 3CDOA 1L05A 1OWYA 138LA 4I7PA 144LA 2RB2X 1C6GA 1L72A 1L48A 1L92A 1L23A 2RB1X 227LA 1QS5A 2ANVA 1L06A 1L65A 1T8GA 166LA 3DMZA 3SB8A 165LA 1D3NA 1L27A 6LZMA 4IAPA 171LA 1L13A 131LA 1C6FA 3SN6R 111LA 1QS9A 3C7ZA 3SBAA 4S0WA 1C64A 4I7KA 1L34A 1QTZA 4GBRB 1L50A 1CU6A 1L39A 1QT4A 1L00A 3L2XA 113LA 1PQIA 1L60A 196LA 3SB5A 1OYUA 1G0PA 246LA 1C61A 249LA 186LA 3GUIA 1L09A 258LA 1L20A 1SSWA 125LA 1CUQA 126LA 1L24A 1QUOA 3G3VA 148LE 120LA 3GULA 4I7JA 1L07A 1JTMA 2B73A 198LA 3OE6A 176LA 199LA 109LA 177LA 1L37A 3HU9A 3G3WA 201LA 1QT7A 2RB0X 1OVKA 2OE7X 3HT6A 2O79A 1L18A 1QT6A 1L86A 1C65A 1L56A 1LWGA 4DAJA 175LA 1L73A 1L53A 2OTZX 1CV1A 3C7YA 1CU0A 1PQJA 1KNIA 1CTWA 1C63A 155LA 4I7QA 1G07A 1L89A 1L43A 1L62A 1P3NA 2RBRA 189LA 1L99A 1DYBA 1L69A 3LZMA 3PBLA 104LA 221LA 1L33A 122LA 129LA 4W54A 1T8FA 209LA 2B6ZA 1C6DA 1L63A 214LA 1SX7A 190LA 1L12A 3DN0A 1LGWA 2RAYX 118LA 114LA 1I6SA 3HT7A 4EKRA 1L81A 3L64A 1EPYA 1L83A 235LA 3JR6A 2RBPA 3C80A 1L70A 4EKSA 206LA 1L01A 1L57A 3DN1A 222LA 1G1WA 1LYDA 241LA 1D3JA 4I7TA 160LA 229LA 242LA 2F2QA 1DYGA 1TLAA 1OV7A 119LA 262LA 1L96A 1T6HA 3HDFA 1OVHA 2QARC 1QT3A 1QTVA 1L76A 173LA 3DMXA 1L80A 3NY9A 1C68A 1L75A 3HTGA 1LW9A 223LA 2Q9DA 1L19A 3C8RA 4YXAC 4EJ4A 1CU2A 1L25A 1G1VA 2LZMA 3SB7A 2RAZX 1C6JA 1LYHA 1T8AA 1D3FA 5I14A 256LA 1C62A 3OE0A 3CDQA 164LA 1C6KA 4ARQA 1DYDA 1L02A 1L47A 1P36A 1L11A 1G0LA 1PQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A7DA 3HUAA 4KXIA 2BLYA 1D2WA 1NHBA 3DMVA 5LYTA 1C46A 1VDQA 2HULA 4NGOA 1C66A 5LAGA 5LVHA 2D4IA 3P4ZA 2OU8A 4MSTA 4ARJA 1LWKA 231LA 2D4JA 2BQNA 1IOTA 2DBTA 215LA 4WM6A 1TCYA 5KXKA 4ARMA 4H8YA 195LA 2IHLA 2D91A 5HLLA 2BQOA 4MR1A 4W51A 1UUZC 4HTNA 3HTDA 4I0CA 137LA 1SQ2L 2HU3A 2EPEA 212LA 1ZYTA 2HU1A 3M18B 1L17A 2I26L 2HUMA 1NBYC 4WM5A 4HJYA 1HEMA 1D0LA 1G7JC 4WL6A 3TMUA 1JWRA 2RBOA 1F6SA 1C6HA 2DQFC 3C83A 2FBDA 1XJUA 2EQLA 1CX6A 1EL1A 1WVUA 1LSPA 5C6LA 2OE9X 5I5QA 4XJGA 156LA 2LYMA 3HWLA 210LA 5D5CA 208LA 1AT5A 1P37A 1CUPA 1IC4Y 4ETDA 169LA 4LDLA 157LA 4XJDA 3TXBA 1XGTC 5I4WA 4J7VA 4BADA 2YBHA 1L41A 1LHLA 219LA 1QT8A 3MGWA 2Z39A 4LT3A 3HT9A 3WVXA 1LLHA 3A93A 4ETEA 1KW5A 1GB2A 1B7QA 4X3BA 1L97A 2LHMA 3AJNA 4Z46A 1GFGA 1GFTA 172LA 2LC9A 2RH1A 1YAPA 1L54A 2ZILA 1P64A 5M1YA 1HSWA 4N9RA 1QTCA 1LHJA 2ANXA 1C69A 2Z12A 102LA 4WM2A 3SBBC 4N8ZA 1LSZA 1L0KA 2G4NA 3WXTA 4HV1A 3RZEA 3DN8A 3A3RX 1L88A 3A6CY 3C7WA 130LA 4I7SA 1C6NA 3DN6A 3ZVQB 2BAAA 1P7SA 3HBDA 4N0JA 1PQMA 1L35A 1GE4A 4EKPA 200LA 3RUNA 1L22A 3P66A 1IP7A 3CSQA 1XGQC 1ZWNA 3IWRA 3HUKA 1KW7A 1V7SA 3SB6A 4Z98A 2B6YA 1REZA 1ZVYB 2Z6BA 123LA 243LA 3WULA 3B0KA 4WG7A 145LA 2D6BA 5KXWA 4ZIXA 5F9UA 2XBSA 1IX0A 2DQIY 1LJ4A 1SX2A 4B4EA 3DN4A 3CT5A 1L52A 1YANA 1W08A 1GHLA 4R6CA 115LA 2A4TA 1P2RA 1L38A 1ZURA 2B72A 1WQQA 2HEEA 1IR7A 4DQJA 1D3MA 3TXHA 3WW6A 1J1XY 3A6BY 3LYTA 108LA 1L85A 3HU8A 1G0QA 1KIPC 2Q9EA 3DKEX 2HEAA 1TDYA 1LPYA 1L46A 1QQYA 184LA 1XEIA 1IOSA 1L71A 2HUKA 1HSXA 1CV6A 4I7NA 1L26A 232LA 4ARMB 1D0MA 4H8ZA 230LA 3M3UA 1EQEA 2BQJA 3LYZA 3K2RA 1GFVA 1LSGA 5HNCA 4OWHA 1WTHA 192LA 1FKVA 3ODUA 1XFPL 1CV0A 3W6FA 128LA 1JUGA 1IWVA 1LYIA 1I1ZA 4NY5A 1SSYA 5HMJA 1L95A 5L3IA 255LA 3WPLA 1CNSA 1G06A 161LA 4AQNA 3QAKA 1IP1A 5KXTA 1C6PA 4GN4A 1DYCA 4W59A 2G4QA 1GF5A 4ETAA 138LA 144LA 2RB2X 1L72A 1L48A 2W1XA 3WL2A 1T8GA 166LA 1IWZA 165LA 1D3NA 1GF3A 1WTMA 1L13A 131LA 4DQ5A 1HFXA 1IWTA 1KXYA 3C7ZA 3D3DA 4S0WA 1LSBA 5LYMA 1LKRA 4I7KA 3W6CA 4CFPA 4YEMA 1NQIA 1YKXX 4RLMA 1CU6A 1UIGA 1L00A 3L2XA 1L20A 125LA 1QUOA 126LA 5DN4A 2YBLA 120LA 4YF2A 4PRQA 1B7PA 1XGUC 1C10A 176LA 177LA 5K7OA 1GE3A 5KXMA 1JKCA 3WU9A 1LZNA 4HSFA 1VEDA 1KNIA 4DWXA 1C63A 4CGEA 155LA 1L43A 1J1PY 1P3NA 4GCBA 4WL7A 4NSHA 4DD2A 1QTEA 1HMKA 1OUGA 5APFA 122LA 1GDXA 1EQ4A 1CJ9A 1LMCA 1LSEA 4EKRA 5B59A 1OUHA 1EPYA 1B0DA 3FE0A 1GFEA 1LJ3A 4TWSA 1B7SA 3TMWA 1G1WA 1GE1A 1RFPA 3J4GA 1KIQC 1I20A 4I7TA 4LT2A 4PPOA 1G7MC 2F2QA 1OV7A 262LA 1L96A 4OWAA 1FDLY 1QT3A 1L76A 2MECA 1C68A 1V7TA 4OWBA 1LMQA 2Q9DA 1L19A 4OW1A 3C8RA 4YXAC 1ZMYL 1LTMA 3AYQA 3CT1A 3A34A 1GAYA 2RAZX 3SB7A 1ALCA 3WVYA 1LKSA 1OUFA 256LA 2HEFA 3AGGG 3CDQA 3P68A 164LA 2YBMA 3LZ2A 1L02A 1L47A 1L49A 1C67A 112LA 4I7OA 4ZFPA 2EIZC 1L03A 3T36A 4EPFA 3LHMA 1L31A 152LA 3UONA 5I54A 1LYZA 1OV5A 2DQDY 4LDEA 135LA 4NWHA 1LJIA 3K3TA 1LPIA 3HDEA 1RE2A 4H9BA 1F6RA 1QTBA 3QNGA 1GB5A 5DN5A 2B74A 3D4SA 5F14A 1C6AA 5C6IA 3AZ5A 4LYMA 1LSMA 4B0DA 1L82A 1L77A 4N5RA 1L51A 1SWZA 4P2EA 3HH3A 5D5FA 2Q0MX 1D6QA 5FHWA 1XJTA 3A8ZA 4B4IA 4KT3A 2C8PA 1DYAA 2NTHA 4I7LA 1NHEA 1HHLA 3OE9A 1WQOA 5LVIA 3GUOA 2LZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A7D A;  3HUA A;  4KXI A;  2BLY A;  1D2W A;  1NHB A;  3DMV A;  5LYT A;  1C46 A;  1VDQ A;  2HUL A;  4NGO A;  1C66 A;  5LAG A;  5LVH A;  2D4I A;  3P4Z A;  2OU8 A;  4MST A;  4ARJ A;  1LWK A;  231L A;  2D4J A;  2BQN A;  1IOT A;  2DBT A;  215L A;  4WM6 A;  1TCY A;  5KXK A;  4ARM A;  4H8Y A;  195L A;  2IHL A;  2D91 A;  5HLL A;  2BQO A;  4MR1 A;  4W51 A;  1UUZ C;  4HTN A;  3HTD A;  4I0C A;  137L A;  1SQ2 L;  2HU3 A;  2EPE A;  212L A;  1ZYT A;  2HU1 A;  3M18 B;  1L17 A;  2I26 L;  2HUM A;  1NBY C;  4WM5 A;  4HJY A;  1HEM A;  1D0L A;  1G7J C;  4WL6 A;  3TMU A;  1JWR A;  2RBO A;  1F6S A;  1C6H A;  2DQF C;  3C83 A;  2FBD A;  1XJU A;  2EQL A;  1CX6 A;  1EL1 A;  1WVU A;  1LSP A;  5C6L A;  2OE9 X;  5I5Q A;  4XJG A;  156L A;  2LYM A;  3HWL A;  210L A;  5D5C A;  208L A;  1AT5 A;  1P37 A;  1CUP A;  1IC4 Y;  4ETD A;  169L A;  4LDL A;  157L A;  4XJD A;  3TXB A;  1XGT C;  5I4W A;  4J7V A;  4BAD A;  2YBH A;  1L41 A;  1LHL A;  219L A;  1QT8 A;  3MGW A;  2Z39 A;  4LT3 A;  3HT9 A;  3WVX A;  1LLH A;  3A93 A;  4ETE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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