127LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAATRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 127lA00
3HH6A 127LA 1L49A 2RB2X 165LA 1L62A 1L08A 4ZPUA 191LA 3JR6A 1SX7A 3QAKA 227LA 1L22A 3SBAA 4PJZA 2B6TA 1L12A 3HTBA 4W56A 157LA 1L68A 1LLHA 144LA 248LA 1T8GA 1LGUA 3K2RA 1L13A 251LA 1G0LA 209LA 1P46A 1L26A 1L45A 1DYDA 1DYEA 190LA 1JQUA 231LA 115LA 178LA 195LA 3HWLA 1L42A 1OV7A 1L00A 151LA 2F2QA 1L20A 3GUPA 1QTVA 3HTFA 1KW7A 1T8AA 1JTNA 4LDEA 1L94A 169LA 1QUDA 1CU5A 3DN6A 3RUNA 1QUGA 137LA 253LA 1CV5A 1L75A 2B7XA 252LA 1L19A 3PBLA 3UONA 1D2YA 158LA 4PK0A 2QARC 1L0JA 2Z6BA 1PQJA 1L93A 3HDFA 3HU8A 1QSQA 148LE 3L2XA 2F32A 189LA 1L80A 3RZEA 2NTGA 3HTGA 1L83A 187LA 1G1VA 1QSBA 214LA 3C7ZA 1OWZA 1P2LA 1L05A 1QUHA 1L07A 1OVJA 1QS9A 163LA 1LYDA 2Q9EA 3SB7A 2RAZX 1L51A 1QTCA 1G0KA 3F9LA 1LYJA 1L10A 236LA 3DN4A 2L78A 3HUQA 3G3VA 1PQOA 234LA 1QTZA 3HT9A 1L64A 108LA 3DMXA 1L25A 3DNAA 237LA 3SB9A 2OU0X 184LA 1L81A 1QT3A 1LW9A 1C64A 143LA 125LA 1L15A 3SBBC 2B6WA 1LYGA 2LC9A 3HT7A 1QT6A 1KY1A 1QTBA 4I7QA 2RBOA 180LA 1CU0A 1LI3A 1OYUA 1LWKA 1L59A 166LA 1L09A 1L50A 242LA 126LA 4I7OA 4ARMA 1CUQA 146LA 1XJTA 1T97A 1C6IA 1LI2A 1P2RA 1L33A 177LA 2QB0B 3CDRA 1T8FA 243LA 223LA 1C6GA 212LA 159LA 3OE0A 140LA 160LA 3FADA 218LA 239LA 1L40A 4I7JA 3SB8A 1L02A 220LA 3HT6A 229LA 3DN3A 1C6MA 5I14A 1CUPA 171LA 1L61A 1OWYA 246LA 1L03A 3OE8A 2IGCA 114LA 1L89A 2RBPA 4IAPA 1L69A 1LPYA 2OTYX 4ARQB 205LA 233LA 2B6ZA 3EMLA 1P5CA 2Q9DA 3DN1A 139LA 3PDSA 170LA 2B6YA 4W55A 1L32A 1L73A 254LA 1L82A 3VW7A 1JTMA 1C67A 1WTHA 1ZURA 1C6JA 1G0QA 128LA 1L28A 1C6QA 1SWZA 245LA 162LA 111LA 1G06A 3HT8A 3DMZA 174LA 123LA 1L17A 1C62A 112LA 1C6LA 1P36A 2OE9X 2RH1A 3LZMA 1LWGA 1L53A 4EKSA 1L54A 230LA 2B75A 3DMVA 4I7SA 3CDVA 1DYGA 4LDLA 1CX7A 4AQNA 110LA 1L47A 3DN0A 1G0GA 1LGXA 4I7KA 3FI5A 235LA 1L21A 4GRVA 4EXMA 1L88A 1C6EA 1PQDA 1CVKA 172LA 1EPYA 1L31A 226LA 3ODUA 1D2WA 1C61A 2F47A 1B6IA 122LA 259LA 3C7WA 1NHBA 3C83A 1L99A 215LA 4I7LA 3SB5A 247LA 176LA 1C65A 1L79A 1TLAA 1L30A 1L63A 228LA 1LYHA 1C6HA 2B70A 3NYAA 4W57A 262LA 1L58A 210LA 1L38A 219LA 1P64A 1G07A 5LZMA 4I7PA 258LA 1K28A 1T6HA 211LA 138LA 186LA 1SWYA 2OU8A 4EKPA 3DN8A 241LA 4ARJA 4W54A 3HH4A 1CV0A 4YX7C 4K5YA 185LA 131LA 199LA 1CU6A 1L65A 2O79A 1QT4A 4DAJA 1C6CA 1QT5A 1C60A 3C8QA 1C63A 141LA 1OV5A 3FA0A 3C8RA 1CV3A 1L85A 129LA 1C68A 3HU9A 1L44A 1D3FA 1L72A 1QT7A 4EKRA 222LA 1L01A 1L91A 1SX2A 1L27A 3GUNA 152LA 3HUKA 1KNIA 1LI6A 4GBRB 4I7TA 2A4TA 1L86A 4I7RA 4I7MA 1L76A 1L24A 1L74A 2RBSA 1QT8A 3V2YA 1PQMA 4YXAC 3G3WA 3NY8A 1SSWA 1L60A 1L04A 217LA 2NTHA 3DN2A 149LA 142LA 1L77A 1PQIA 1L36A 1CX6A 1CV6A 192LA 4YXCA 2RBQA 1CU2A 1KS3A 257LA 3NY9A 1C6DA 3HTDA 3C80A 2OEAX 3GULA 1L0KA 1D3JA 1L95A 4LZMA 183LA 1XJUA 1L37A 3GUIA 4EPFA 2RAYX 3GUJA 3D4SA 167LA 168LA 1ZWNA 3OE9A 1L67A 104LA 1L70A 4W53A 1C6PA 1L98A 198LA 1DYBA 156LA 6LZMA 1PQKA 2OTZX 1CU3A 3HH3A 1QTHA 1L23A 261LA 2O4WA 1C6AA 1OVKA 4S0WA 201LA 2B6XA 1C6FA 1L46A 113LA 103LA 3GUOA 4DKLA 2ANVA 1C6NA 155LA 181LA 196LA 175LA 238LA 4EJ4A 1L57A 1G0JA 249LA 232LA 4W52A 102LA 4ARMB 2B72A 3SB6A 1L14A 3V2WA 1L71A 1I6SA 3C8SA 1OVHA 1P56A 1L35A 1KW5A 1LYFA 1L90A 4W58A 1DYFA 206LA 3C82A 225LA 256LA 4LDOA 4ARQA 2RB0X 147LA 1L56A 4I7NA 1P7SA 1P6YA 109LA 2ANXA 2RBNA 250LA 1D9WA 1G1WA 216LA 4ARLA 3HUAA 1XEPA 4EKQA 1L29A 2HULA 119LA 1L48A 260LA 1L11A 224LA 4OO9A 1L39A 2LZMA 240LA 1LYIA 182LA 150LA 188LA 2B73A 1L18A 1SSYA 1C66A 3CDQA 1CV4A 1L92A 3DKEX 244LA 1L41A 120LA 161LA 3G3XA 1C6TA 1C6BA 1L06A 1DYCA 3GUKA 255LA 145LA 130LA 3F8VA 3HDEA 197LA 1L87A 1P37A 4W51A 1KY0A 1L96A 2OE7X 1QS5A 2O7AA 3L64A 4DJHA 173LA 2RBRA 4ARPA 4W59A 2B74A 2OU9A 1D3NA 2HUMA 2CUUA 1L43A 1L84A 1G0PA 3C81A 2RB1X 2OE4X 1L16A 2HUKA 164LA 200LA 1L52A 3SN6R 1L97A 3CDOA 1DYAA 3GUMA 1C6KA 1QUOA 3CDTA 1L34A 4E97A 3HH5A 1P3NA 1QTDA 1CV1A 118LA 1L55A 1C69A 7LZMA 1ZYTA 213LA 1D3MA 1LYEA 1LGWA 2LCBA 107LA 3OE6A 1CTWA 221LA 4EPIA 1G0MA 1L66A 3C7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RB2X 191LA 3QAKA 1SX7A 1GFVA 4W56A 1L12A 1W08A 1LLHA 4IASA 248LA 1REXA 3CSZA 1G0LA 1HHLA 5FCPA 1L26A 1GB3A 4XJFA 2LYOA 1DYDA 190LA 4BAPA 115LA 3W6BA 3G3BB 178LA 195LA 1B5VA 4WL7A 1OV7A 4WMGA 4DQ5A 5I4WA 3W6FA 1IP3A 1JTTL 3ATNA 3HFMY 3HTFA 4DWXA 1KW7A 5KJ9A 1L94A 4WLTA 1QUDA 1B7OA 1JSEA 3WVYA 4GN3A 1L75A 1LAAA 3QE8A 1UBZA 1T3PA 158LA 4H9BA 3M18B 2DBTA 1L0JA 1DKJA 4WG7A 1AZFA 4CGEA 1LZCA 5FSTA 1LZ1A 5ILFA 187LA 1G1VA 214LA 3C7ZA 1QUHA 1TAYA 3RW8A 4WM3A 1GF3A 3SB7A 1QTCA 1GDWA 3HUQA 1WVUA 4DC4A 1QTZA 1G7HC 4N0JA 108LA 3DMXA 4DDCA 2XBSA 3DNAA 4A7DA 1DXJA 2X0AA 1NDGC 2IFFY 3WU8A 1L81A 1L15A 125LA 1G7LC 3SBBC 2LC9A 2YBHA 1FKQA 1GE3A 1D0MA 1D0KA 1CU0A 1VFBC 1OYUA 4NGLA 1LWKA 4DQJA 1GE1A 1L50A 4NGWA 1CUQA 1LJFA 1T97A 4H91A 4RLNA 2HECA 177LA 3CDRA 1OUEA 1T8FA 1B7MA 1LSGA 223LA 212LA 4YEMA 3WUNA 1C10A 1GF6A 239LA 4WM6A 2MEGA 2A7DA 2MEAA 1L61A 1L03A 3OE8A 4KL7A 1WTNA 1LZRA 2OTYX 4ML7A 2B6ZA 4TWSA 4WO6A 4XYYA 4W55A 1L32A 3VW7A 1REMA 2C8OA 1B7QA 1TDYA 1FLYA 4H1PA 1BQLY 2EPEA 1INUA 1C6JA 128LA 4NY5A 5I5QA 4CHXA 1L28A 4MSTA 4D9ZA 174LA 4NHIA 123LA 1L17A 4IATA 1C62A 1GFHA 1LHJA 1GAZA 3LZMA 1NKHA 4RDSA 1L54A 4BS7A 4QDNA 4GLVA 3DN0A 1G0GA 4ETDA 2C8PA 5LVGA 3FI5A 1XEJA 3IJVA 4GRVA 1C6EA 2Q0MX 1OUFA 4J1AA 4WM2A 4GCFA 226LA 1HFXA 1C61A 1UIDA 5M1YA 2GV0A 3C7WA 1L99A 3EO5A 1MLCE 1L79A 1L30A 4GLAA 3MGWA 4ETCA 2EIZC 5LVJA 1L58A 219LA 5LZMA 4I7PA 1AM7A 1LMCA 5APDA 5KKJA 1RJCB 4RLMA 3DN8A 2Y8PA 1NQIA 1KXWA 1NF5A 3HH4A 4WG1A 4YX7C 4K5YA 131LA 1F0WA 1B7RA 2ZNWY 4DAJA 3IWRA 1MELL 1OUDA 5B1GA 1L85A 129LA 5APCA 1UACY 4EKRA 3TXHA 1DQJC 1SX2A 1RE2A 3A90A 3GUNA 4HTQA 5B06A 3HUKA 4HJZA 1D0LA 1LI6A 5B05A 1L76A 1E8LA 1AT5A 3AJNA 1PQMA 4YXAC 3G3WA 3NY8A 1GFKA 2NTHA 4NG1A 1CX6A 3A94A 2RBQA 4H9EA 1CU2A 2ZIKA 3NY9A 1C6DA 3C80A 1CJ9A 1LZYA 183LA 4LGKA 4B49A 2DKVA 3SP3A 4EPFA 4NSGA 2RAYX 4BAFA 3D4SA 2XQOA 4Z3MA 3RNXA 4W53A 2MEFA 4OW1A 1CU3A 3HH3A 2O4WA 261LA 4OWAA 1G7JC 4ETAA 1IWXA 1L46A 2MEEA 1GBYA 1VDSA 1GAYA 3GUOA 1C6NA 196LA 1IOSA 1B5UA 1L57A 1G0JA 1UA6Y 1C7PA 3CSRA 3SB6A 2MECA 3C8SA 1OVHA 2NWDX 1G7IC 1JPOA 256LA 2RB0X 109LA 1D9WA 3AGIA 1IP6A 1L29A 1L11A 1C43A 3B0IA 2CGIA 1YAMA 1GF0A 2LYZA 188LA 5KXOA 3P65A 2Z38A 1LMPA 1ALCA 4HTNA 1YIKA 1GE2A 5LVHA 3T36A 161LA 1O23A 1LZDA 1IP2A 4XJBA 1DYCA 145LA 5HNLA 5D5CA 130LA 3HDEA 1L87A 1P37A 4HP0A 4W94A 2OE7X 4UWNA 173LA 3TMVA 1RCMA 5KXNA 4NHPA 1XEIA 2HUMA 2ZNXY 1LHIA 200LA 3TXEA 1L52A 2Z39A 1LJJA 3CDOA 4LT1A 4E97A 4OWHA 4H8ZA 2YBLA 135LA 4XADA 1CV1A 1L55A 1VDPA 1LYOA 4ZEEA 1LYEA 5LYTA 2D4KA 2LCBA 4M6DA 3OE6A 4ZFPA 3C7YA 2BLXA 3HH6A 1L49A 165LA 1C08C 1L62A 4DYGA 4ZPUA 5JENB 1B5WA 2BQDA 3VWOA 1ZVHL 227LA 1LSNA 1L22A 3SBAA 4PJZA 3HTBA 5LAFA 2LYMA 5B59A 2MEBA 1YAPA 2BQIA 1T8GA 3WU9A 2BQJA 209LA 1NBZC 4CJ2A 3A6CY 4E3UA 231LA 5IELA 1L00A 1L20A 7LYZA 5B07A 1XSFA 1BWHA 3LZ2A 1JTNA 4HPEA 5KXRA 3RUNA 1FDLY 4DT3A 1FN5A 137LA 1F6RA 3PBLA 1D2YA 4NHTA 4PK0A 3W6DA 1YL1X 2Z6BA 1QSQA 2BQOA 4WM1A 189LA 1L80A 3RZEA 1LKSA 3A8ZA 2BQGA 1QSBA 1LJKA 1BB4A 1P2LA 1YILA 2G4QA 5FHWA 1HF4A 163LA 3WUAA 8LYZA 5F9XA 4B4EA 1JTOL 1LYJA 5F81A 1L10A 2HEFA 3DN4A 2HU3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RB2 X;  191L A;  3QAK A;  1SX7 A;  1GFV A;  4W56 A;  1L12 A;  1W08 A;  1LLH A;  4IAS A;  248L A;  1REX A;  3CSZ A;  1G0L A;  1HHL A;  5FCP A;  1L26 A;  1GB3 A;  4XJF A;  2LYO A;  1DYD A;  190L A;  4BAP A;  115L A;  3W6B A;  3G3B B;  178L A;  195L A;  1B5V A;  4WL7 A;  1OV7 A;  4WMG A;  4DQ5 A;  5I4W A;  3W6F A;  1IP3 A;  1JTT L;  3ATN A;  3HFM Y;  3HTF A;  4DWX A;  1KW7 A;  5KJ9 A;  1L94 A;  4WLT A;  1QUD A;  1B7O A;  1JSE A;  3WVY A;  4GN3 A;  1L75 A;  1LAA A;  3QE8 A;  1UBZ A;  1T3P A;  158L A;  4H9B A;  3M18 B;  2DBT A;  1L0J A;  1DKJ A;  4WG7 A;  1AZF A;  4CGE A;  1LZC A;  5FST A;  1LZ1 A;  5ILF A;  187L A;  1G1V A;  214L A;  3C7Z A;  1QUH A;  1TAY A;  3RW8 A;  4WM3 A;  1GF3 A;  3SB7 A;  1QTC A;  1GDW A;  3HUQ A;  1WVU A;  4DC4 A;  1QTZ A;  1G7H C;  4N0J A;  108L A;  3DMX A;  4DDC A;  2XBS A;  3DNA A;  4A7D A;  1DXJ A;  2X0A A;  1NDG C;  2IFF Y;  3WU8 A;  1L81 A;  1L15 A;  125L A;  1G7L C;  3SBB C;  2LC9 A;  2YBH A;  1FKQ A;  1GE3 A;  1D0M A;  1D0K A;  1CU0 A;  1VFB C;  1OYU A;  4NGL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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