127LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAATRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 127lA00
1OVHA 1CU3A 1SSWA 1C62A 2F47A 1QT8A 1P5CA 3C8SA 4EKSA 3GUPA 1L55A 1L35A 2L78A 247LA 186LA 4LDOA 3GUJA 4AQNA 3NY9A 1L93A 1PQOA 255LA 1P46A 4EXMA 257LA 107LA 140LA 170LA 1OV7A 3GUOA 1L53A 189LA 3HDEA 2CUUA 237LA 2A4TA 156LA 1L49A 1L75A 209LA 2O4WA 229LA 1L98A 3G3XA 2RBSA 1L00A 4DAJA 182LA 150LA 1CU0A 3SB7A 206LA 1SWZA 2O79A 200LA 114LA 1L06A 3DMVA 216LA 1QTZA 3C81A 1L16A 213LA 1L64A 2B75A 1OWYA 3PDSA 1QTHA 1L57A 1L05A 139LA 4DJHA 3HUKA 1L14A 2Z6BA 175LA 260LA 178LA 3CDRA 1L59A 1PQIA 1PQDA 3DN2A 1KW7A 1C6HA 3DN6A 4I7PA 2OE9X 1L52A 4I7TA 3GUNA 3C7ZA 2Q9EA 2LC9A 1L37A 238LA 234LA 1SWYA 1L67A 158LA 1D3FA 3D4SA 1G0PA 1L51A 120LA 184LA 143LA 223LA 3OE6A 1L45A 3CDOA 1C66A 1D3JA 2B72A 1DYGA 2RAYX 1QT4A 3HT8A 4ZPUA 1L24A 3C82A 3G3WA 248LA 129LA 3UONA 1L43A 1L85A 251LA 1L81A 3F8VA 103LA 3LZMA 3C83A 1OVKA 3SBAA 1L03A 3HU9A 1B6IA 201LA 1LYHA 1L77A 1LI6A 224LA 2RBQA 3GUMA 3VW7A 4ARMB 4E97A 1JTNA 1L63A 3CDTA 4W53A 1QTDA 7LZMA 4EKQA 111LA 3SBBC 1L71A 1QS5A 4ARLA 2IGCA 199LA 192LA 1CUPA 1C6BA 4IAPA 115LA 1C6KA 1L61A 4PK0A 1KY1A 142LA 155LA 1L54A 169LA 2ANXA 1D3NA 259LA 3RUNA 1T8AA 256LA 3CDVA 1L02A 1LYDA 1G0KA 2LZMA 2OEAX 197LA 1LWKA 1P2RA 3SB5A 1ZURA 1QTBA 212LA 2OE4X 1L29A 1DYFA 112LA 1LGXA 205LA 2RB0X 1KW5A 230LA 258LA 2RB2X 1P3NA 1DYBA 4I7OA 2HUMA 1QUOA 1L50A 243LA 1NHBA 1TLAA 1G07A 4DKLA 122LA 181LA 1CTWA 3C8QA 3JR6A 1P37A 233LA 172LA 173LA 4I7KA 4PJZA 2B7XA 1QUGA 3C8RA 1QUHA 1C6QA 3NYAA 3HH6A 1L09A 1L34A 2B6YA 1L18A 2RBRA 1LYJA 1L58A 1KNIA 1OV5A 250LA 1KS3A 1LI3A 3HH5A 2B6WA 190LA 2RH1A 3GUKA 3FADA 1CU6A 1C64A 3F9LA 249LA 2B70A 4W52A 3V2WA 1CX7A 191LA 4S0WA 195LA 1G06A 198LA 1CV3A 4ARPA 1OWZA 3G3VA 1L13A 1L73A 1L47A 1L17A 246LA 1L68A 1G0QA 138LA 1L99A 3RZEA 141LA 3DN4A 1LGWA 231LA 2B73A 168LA 3HT6A 176LA 4I7LA 1QSBA 5LZMA 4ARMA 123LA 1XEPA 1XJTA 1C6LA 1L94A 2RBOA 1T6HA 1L04A 1CV4A 2F32A 262LA 3HUQA 164LA 1LWGA 1T97A 1L39A 1DYCA 4GRVA 2O7AA 3SN6R 1L86A 3HTDA 1QTCA 1C6JA 1DYDA 1LI2A 1C6PA 1KY0A 188LA 1C6EA 1C6IA 1I6SA 3SB9A 2B74A 3L64A 217LA 1L74A 1QSQA 1QT7A 2OU0X 4W57A 1LYEA 1DYAA 167LA 222LA 1L83A 109LA 3OE8A 1L19A 3K2RA 3L2XA 1C61A 4GBRB 1K28A 118LA 5I14A 171LA 1L44A 1L41A 1D3MA 4YXAC 1L90A 1L79A 3PBLA 4ARQB 1L65A 3HT9A 166LA 240LA 1C69A 1L0JA 146LA 1PQJA 4EPIA 1L62A 177LA 131LA 128LA 1C63A 108LA 1G1WA 1L21A 254LA 1L33A 1G1VA 1LGUA 2RAZX 1CUQA 2OTYX 3HTGA 1L76A 3C80A 4W59A 1L25A 215LA 3CDQA 1L23A 126LA 1L31A 1L36A 4ARJA 4W55A 1C6NA 1JQUA 110LA 130LA 1C67A 1L89A 144LA 3HUAA 1L80A 1CU2A 1L66A 2RBNA 1L30A 1L92A 239LA 3V2YA 1L60A 1L28A 1L56A 4I7JA 4K5YA 4OO9A 1CV1A 3FI5A 4I7NA 3DN8A 1L88A 1QTVA 3C7YA 210LA 1L84A 3HH4A 1C65A 3HWLA 1LYFA 3HT7A 3QAKA 3EMLA 165LA 1CV0A 113LA 185LA 149LA 1CX6A 219LA 3DN1A 137LA 4EPFA 1D9WA 2NTHA 2HULA 1EPYA 1P6YA 1L97A 2B6TA 1P56A 1P2LA 244LA 2QB0B 4EKPA 187LA 1L38A 1L91A 1PQMA 1D2WA 1LYGA 1C60A 1L0KA 1L46A 242LA 1CU5A 1L27A 1LPYA 1G0JA 1L20A 1L40A 2ANVA 2OTZX 3GUIA 1ZYTA 2OU8A 2B6ZA 3DKEX 4I7QA 148LE 157LA 2B6XA 160LA 3HDFA 183LA 1C6DA 232LA 3GULA 4LZMA 161LA 3OE9A 3DN3A 221LA 4W58A 214LA 1L11A 1QT3A 1LYIA 3DMXA 1L10A 1G0MA 1P36A 4ARQA 1LW9A 1QT6A 4LDLA 1PQKA 3HTBA 1C6AA 1L07A 4I7MA 1C6CA 1LLHA 1G0LA 1L32A 1C6MA 3FA0A 3DMZA 2HUKA 261LA 4YX7C 1L22A 1QS9A 253LA 235LA 1L95A 3OE0A 3SB6A 1C68A 220LA 174LA 1CVKA 1OVJA 3HTFA 162LA 1CV6A 1L08A 4I7RA 4W51A 1L72A 3C7WA 119LA 180LA 163LA 4I7SA 1L26A 3HH3A 6LZMA 2RBPA 3SB8A 4W56A 196LA 147LA 1CV5A 1L87A 1T8GA 1C6FA 2OU9A 1G0GA 211LA 1JTMA 3NY8A 227LA 2OE7X 1SX2A 1WTHA 1L82A 3DN0A 3DNAA 245LA 145LA 151LA 152LA 3ODUA 2RB1X 104LA 159LA 1C6TA 2Q9DA 1L12A 1SSYA 236LA 125LA 2NTGA 3HU8A 1XJUA 4W54A 1L70A 1L01A 225LA 1SX7A 1QT5A 1L42A 2LCBA 4EJ4A 228LA 1DYEA 1T8FA 1C6GA 1D2YA 1L96A 1QUDA 226LA 218LA 102LA 1P64A 1P7SA 2F2QA 1OYUA 4YXCA 1L15A 1ZWNA 127LA 4EKRA 4LDEA 1L48A 2QARC 252LA 1L69A 241LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU3A 1GB6A 1IO5A 1P5CA 3C8SA 2H9JA 1FLQA 3GUPA 1IOQA 4H9IA 3TXBA 1L35A 4BADA 2H9KA 4WL6A 5LVHA 3GUJA 3NY9A 2D4KA 3WW5A 170LA 1LZ1A 2DQIY 4XJDA 5KKJA 4DT3A 4UWNA 2A4TA 5LYMA 1L49A 1OUCA 1C46A 1GFAA 1YKXX 1LZ6A 1CU0A 132LA 4DD7A 3SB7A 1SQ2L 4ML7A 206LA 200LA 114LA 3DMVA 1QTZA 1WTMA 3WXUA 1GE0A 1LHKA 1NF5A 1QTHA 1L05A 139LA 2HU3A 5KXTA 1IOTA 4DWXA 1L14A 4HTNA 4QY9A 1XSFA 6LYTA 1LZTA 1HENA 1HERA 3DN2A 1P2CC 1QUSA 1KW7A 1GFTA 8LYZA 3TMXA 4I7PA 1V7TA 2BQCA 3C7ZA 1WVVA 2LC9A 1ZVHL 3P68A 238LA 158LA 1GB5A 1G0PA 3AGHA 184LA 2HEDA 4TSBA 7LYZA 1G7LC 1KIQC 1DYGA 4HJZA 3A8ZA 3WUNA 4ZPUA 5APDA 3C82A 1LZ8A 5D5FA 4W94A 1LMTA 251LA 1L81A 1MLCE 3B0OA 4NY5A 4AXTA 1YAMA 2ZQ3A 2ZYCA 3SBAA 3HBEX 1B6IA 1IC4Y 1UIBA 224LA 4XJFA 1VDSA 3GUMA 5F9UA 5JENB 1L63A 1LJ4A 5KXYA 3CDTA 5KXLA 111LA 3TXKA 4GCDA 4HV1A 2IGCA 5KXXA 2YBJA 4NGKA 1UIEA 4IAPA 1L61A 2XTHA 4PK0A 155LA 1RJCB 169LA 3AJNA 1JITA 1LSBA 1L02A 3WXTA 4B0DA 197LA 1JHLA 4M6DA 4HV2A 1QTBA 2BQBA 4NGZA 2EIZC 5B06A 1L29A 1DYFA 3G3AB 1HMKA 258LA 1UBZA 4I7OA 2BQNA 2HUMA 1C10A 1L50A 2W1LA 1TLAA 122LA 181LA 1WQOA 233LA 172LA 4PJZA 2B7XA 2DQDY 2MEEA 1V7SA 4OOTA 3AW6A 4PRQA 2BQDA 2DQHY 1LYJA 1UIGA 1OV5A 3CB7A 1HMLA 1LI3A 3KAMA 3HH5A 5EBHA 2B6WA 190LA 3GUKA 1WQRA 1UIDA 1C64A 3F9LA 249LA 3VWOA 4W52A 4PGJB 1LHJA 3RU5A 191LA 1GD6A 3A6CY 3LYZA 5KXNA 3G3VA 1CKDA 1LJJA 3EMSA 3WPJA 1YKZX 1L68A 3J6KA 2C8OA 168LA 3HT6A 1QSBA 4J7VA 4ARMA 1IY3A 1LJNA 2CJLA 2A7DA 1OUEA 3HUQA 1LWGA 3OK0A 4LYBA 1LCNA 4WM2A 2Z38A 2ZNWY 3B0KA 5AMYA 1QTCA 4NEBA 3AZ5A 1DYDA 1UIFA 1W6ZA 4LFPA 5DN5A 4RDSA 217LA 3RNXA 1L74A 2OU0X 4W57A 4WM3A 1JJ0A 2WARA 2XJWA 109LA 3OE8A 1GB0A 1LJHA 1L19A 5E4PA 1XGPC 1DPWA 3L2XA 1NKHA 4NGWA 1K28A 3LN2A 1L44A 3ATOA 5KXPA 1L90A 1EQ5A 1D6QA 1RE2A 4ANRA 1WVUA 4TSCA 4LGKA 4NHSA 133LA 1PQJA 4EPIA 1L62A 177LA 131LA 1C63A 4TTDA 3TMWA 1LGUA 4N9RA 2RAZX 2OTYX 1L25A 1LTMA 5I4WA 4W55A 1YIKA 1LMCA 1L80A 5KXZA 3W6BA 3V2YA 3CSZA 1T6VL 1L60A 5LIOA 2FYDA 2YSSC 2LYOA 1IC7Y 1JSFA 4XENA 2D4IA 1GPQC 4WLXA 185LA 1F6SA 219LA 4NSGA 1IR7A 1EPYA 3TMVA 4XN6A 1P56A 4EKPA 1L38A 5IHGA 3M3UA 1XGTC 1H6MA 1JKDA 1L27A 1LPYA 1G0JA 1L40A 1UACY 2OTZX 208LA 2OU8A 3DKEX 2ZIKA 2BQOA 4DDAA 232LA 1DXJA 1LZGA 221LA 4H91A 1GHLA 1LYIA 1BWIA 2Z39A 1QSAA 1QT6A 1B7SA 5T3FA 3A3QA 1G0LA 1LMAA 3LZTA 3MGWA 3ZVQA 1L22A 253LA 1IVMA 3B6LA 1UCOA 1LSMA 174LA 1OVJA 1OUGA 2G4QA 4PPOA 1L08A 4PJ2C 4W51A 3P4ZA 1L72A 3C7WA 5LAGA 1UC0A 6LZMA 3WUAA 1HSWA 4QDNA 1T8GA 4WG7A 3FE0A 5K7OA 5LA5A 4G4HA 2HECA 4GCBA 3NY8A 3HBDA 4ETAA 1WTHA 1GXV2 4XJHA 2D91A 3IJVA 151LA 4TUNA 5KXMA 1C6TA 4IASA 1GB2A 1BB5A 1B7LA 1SSYA 3D9AC 1L01A 1LOZA 1SX7A 3TXHA 2LCBA 4N5RA 1C6GA 1D2YA 4OWAA 4XJGA 4DD2A 102LA 3A6BY 1P7SA 1OYUA 3AB6A 1HNLA 4EKRA 3WUMA 1W08A 1IP7A 4L41A 4HTQA 4MSTA 4FDYA 1GF9A 1LJEA 2F47A 1LSAA 1UA6Y 4LYOA 2FBBA 1FBIX 1L55A 4M4OA 3W6DA 4MCKA 5F9XA 1UUZC 1L93A 2HEFA 1VDPA 257LA 1CNSA 3GUOA 189LA 5KXKA 1GFGA 4NGOA 156LA 1L75A 1IP2A 3WPKA 2PC2A 1GFVA 2BAAA 1GE2A 182LA 5F81A 1DPXA 1REZA 4H9EA 1IWVA 1YANA 1YAOA 1E8LA 1IWTA 1L64A 2B75A 1L57A 3N9AA 4ET8A 175LA 260LA 4NFVA 178LA 3CDRA 1LJ3A 1PQIA 1PQDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CU3 A;  1GB6 A;  1IO5 A;  1P5C A;  3C8S A;  2H9J A;  1FLQ A;  3GUP A;  1IOQ A;  4H9I A;  3TXB A;  1L35 A;  4BAD A;  2H9K A;  4WL6 A;  5LVH A;  3GUJ A;  3NY9 A;  2D4K A;  3WW5 A;  170L A;  1LZ1 A;  2DQI Y;  4XJD A;  5KKJ A;  4DT3 A;  4UWN A;  2A4T A;  5LYM A;  1L49 A;  1OUC A;  1C46 A;  1GFA A;  1YKX X;  1LZ6 A;  1CU0 A;  132L A;  4DD7 A;  3SB7 A;  1SQ2 L;  4ML7 A;  206L A;  200L A;  114L A;  3DMV A;  1QTZ A;  1WTM A;  3WXU A;  1GE0 A;  1LHK A;  1NF5 A;  1QTH A;  1L05 A;  139L A;  2HU3 A;  5KXT A;  1IOT A;  4DWX A;  1L14 A;  4HTN A;  4QY9 A;  1XSF A;  6LYT A;  1LZT A;  1HEN A;  1HER A;  3DN2 A;  1P2C C;  1QUS A;  1KW7 A;  1GFT A;  8LYZ A;  3TMX A;  4I7P A;  1V7T A;  2BQC A;  3C7Z A;  1WVV A;  2LC9 A;  1ZVH L;  3P68 A;  238L A;  158L A;  1GB5 A;  1G0P A;  3AGH A;  184L A;  2HED A;  4TSB A;  7LYZ A;  1G7L C;  1KIQ C;  1DYG A;  4HJZ A;  3A8Z A;  3WUN A;  4ZPU A;  5APD A;  3C82 A;  1LZ8 A;  5D5F A;  4W94 A;  1LMT A;  251L A;  1L81 A;  1MLC E;  3B0O A;  4NY5 A;  4AXT A;  1YAM A;  2ZQ3 A;  2ZYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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