130LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVISTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 130lA00
1L46A 1QTDA 1L93A 3HDFA 146LA 1L16A 227LA 1L42A 3CDRA 1C6IA 1LI3A 4ARLA 1L03A 1G0LA 1I6SA 3HTBA 1C6LA 3GUMA 1D3JA 104LA 1OV7A 3SB9A 2ANVA 128LA 182LA 1QS9A 1CV3A 1NHBA 183LA 1QT8A 1L35A 4I7JA 1TLAA 4I7SA 115LA 4ARMA 3HU9A 151LA 1L23A 2RBSA 188LA 256LA 3L2XA 1DYBA 144LA 3OE9A 2RBNA 3HU8A 3LZMA 1L49A 3DN4A 242LA 1L11A 1G0QA 253LA 1CTWA 1L70A 1L75A 1L13A 1L21A 1QUGA 236LA 3DN2A 173LA 3GUOA 1L74A 192LA 1L33A 1L82A 1C6PA 1P37A 1P3NA 3C81A 3HT7A 1LYFA 3FI5A 1KNIA 3SB6A 1JQUA 2RBOA 243LA 1C66A 185LA 2HUMA 3GUPA 1B6IA 1L14A 1L12A 1L32A 3C7YA 2RBRA 1C60A 211LA 1DYCA 2OU0X 255LA 1L34A 1P2RA 1LYJA 3NY8A 1L28A 4W52A 157LA 1CV6A 3C80A 2O79A 2CUUA 249LA 1L45A 1L92A 172LA 248LA 2B7XA 169LA 246LA 4ARQB 4LDOA 1C6CA 4W54A 3L64A 4DJHA 2F2QA 125LA 1JTNA 1XJUA 2O7AA 3GUJA 2B6XA 4GRVA 1DYAA 4I7OA 4W59A 1G0GA 1C6KA 184LA 2L78A 3C83A 1KS3A 226LA 1OVKA 3D4SA 3HTGA 201LA 1L29A 1C6DA 235LA 1L87A 4W57A 4AQNA 2OE4X 3CDQA 3HUAA 119LA 1L63A 209LA 1L50A 215LA 1DYEA 114LA 2F32A 3SBAA 254LA 1C64A 210LA 2LC9A 1QSQA 2RB1X 1D2WA 3C8RA 1L44A 1G07A 1L96A 1SWZA 126LA 1PQOA 1DYDA 1QS5A 4EPIA 241LA 170LA 2OU8A 158LA 1ZURA 3HH6A 1LWKA 3GUIA 1G1VA 1SSYA 1KY1A 1QT6A 213LA 225LA 4EKPA 3V2YA 223LA 2IGCA 5I14A 3VW7A 102LA 1C6BA 3DN1A 1LGUA 4E97A 4YXCA 3JR6A 4ARPA 3CDOA 178LA 127LA 1L79A 229LA 166LA 4I7RA 142LA 4ARMB 1P6YA 2B6WA 1C6MA 1LGXA 3G3XA 1C63A 161LA 1CU6A 3V2WA 2F47A 1L77A 3PBLA 3NYAA 1P36A 152LA 1L88A 3HTFA 1C69A 103LA 1ZWNA 1L52A 3SN6R 1CX7A 4EXMA 3HWLA 3QAKA 251LA 5LZMA 190LA 1QTBA 2NTHA 1LYEA 259LA 2OE7X 1L24A 1SWYA 3HH4A 2OTYX 1L57A 3ODUA 1L83A 4YXAC 214LA 262LA 3HT9A 129LA 1LYHA 217LA 1PQIA 1SX7A 3FADA 4EKRA 1XEPA 250LA 3C7WA 1QT5A 1C61A 120LA 244LA 3DNAA 2RB2X 3EMLA 1G0JA 1PQMA 240LA 1L85A 1CU5A 1L47A 1CV5A 3C8QA 196LA 261LA 1LW9A 233LA 1L61A 1QUHA 1L25A 168LA 1L68A 1L97A 180LA 4W56A 1QSBA 3PDSA 1QUDA 1L05A 1QTZA 1L36A 1C6QA 1L43A 3F8VA 1L64A 228LA 1P7SA 1L91A 2B6YA 4LDLA 3SB7A 1CVKA 1L38A 3DN3A 177LA 1L31A 1C65A 1L07A 1QT3A 3HH3A 1C6NA 130LA 148LE 1DYFA 1C6FA 1LWGA 109LA 149LA 1CV0A 1L95A 2HUKA 4I7TA 181LA 1L72A 1LPYA 1CV1A 3SB5A 1C6GA 1WTHA 252LA 3CDTA 1OVJA 3FA0A 224LA 1OYUA 4ARQA 1P64A 2NTGA 4DKLA 1L99A 212LA 1CUQA 1D2YA 1G1WA 1LLHA 2B74A 1EPYA 3K2RA 1T8FA 4PJZA 4W58A 3HUQA 164LA 1C68A 4I7MA 1L73A 1L15A 1L18A 3GUKA 219LA 1CUPA 1LYGA 1JTMA 1L81A 1L71A 1LI2A 2RH1A 231LA 189LA 156LA 2O4WA 137LA 3C8SA 197LA 155LA 175LA 238LA 174LA 2OTZX 230LA 145LA 111LA 1QTVA 1T8GA 1ZYTA 4I7KA 3SB8A 1L26A 1L89A 140LA 3DN0A 110LA 160LA 3OE0A 239LA 3RZEA 232LA 2A4TA 1D3FA 1L65A 3HDEA 218LA 1C6TA 4W55A 1L10A 1L37A 1L56A 167LA 1T8AA 7LZMA 4EKQA 4PK0A 1L39A 1OV5A 2B75A 3HTDA 2OE9X 199LA 1C67A 1L02A 1QT7A 3CDVA 1L94A 1L60A 108LA 163LA 1T97A 1L04A 1L19A 247LA 3GULA 1L08A 1C6EA 113LA 107LA 3G3VA 3OE6A 112LA 1L67A 1KW7A 1L53A 2RBQA 2Z6BA 257LA 6LZMA 220LA 2B72A 2B6TA 1L62A 1OWZA 1L00A 1OWYA 1CV4A 162LA 2QARC 139LA 3F9LA 1K28A 150LA 222LA 1G0MA 4LDEA 1P46A 245LA 3DMZA 237LA 3HH5A 186LA 1L80A 1QT4A 1QTHA 1L54A 1C6AA 1L51A 2RAYX 2B73A 2RAZX 4EKSA 1L0KA 1KY0A 1SX2A 3UONA 1L06A 1DYGA 1L69A 1G0KA 1T6HA 2Q9DA 2B70A 1L20A 3NY9A 1PQJA 1L17A 165LA 1L27A 3DN6A 4DAJA 4I7NA 198LA 1SSWA 1L90A 2OU9A 2LZMA 1L09A 205LA 1G0PA 1L41A 1D3MA 171LA 4EPFA 4W53A 4K5YA 3OE8A 3DMXA 3DN8A 1P56A 1CU3A 1L01A 260LA 200LA 2Q9EA 118LA 1C6HA 191LA 2B6ZA 1XJTA 2ANXA 4I7PA 1CU0A 138LA 2RBPA 1P2LA 1PQKA 1LI6A 159LA 4GBRB 195LA 1CU2A 1PQDA 3DMVA 1L66A 1L40A 187LA 1L76A 1L22A 3G3WA 1D9WA 234LA 4W51A 3GUNA 4OO9A 1D3NA 4I7QA 147LA 123LA 4YX7C 1L84A 206LA 122LA 1LYIA 141LA 1L30A 216LA 4ZPUA 131LA 1LGWA 3HT8A 176LA 1L98A 3C7ZA 3SBBC 1L58A 3DKEX 1L48A 2RB0X 1C6JA 1LYDA 258LA 1P5CA 3C82A 2HULA 4S0WA 2QB0B 1QTCA 143LA 4LZMA 1KW5A 221LA 2OEAX 4IAPA 3RUNA 3HT6A 2LCBA 1L55A 4I7LA 1C62A 1L59A 1L0JA 1OVHA 1CX6A 1QUOA 4EJ4A 3HUKA 4ARJA 1L86A 1G06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YENA 2FBDA 4WM1A 1ZMYL 1JJ3A 1C6IA 1JTTL 1I6SA 4J0LA 1LZAA 2Z18A 1C6LA 3GUMA 2F4AA 5KXKA 128LA 3FI7A 4ML7A 3B6LA 1XGTC 4PGJB 1L35A 4I7SA 1HMLA 3J4GA 3HU9A 1QUSA 1XGQC 3HBEX 1GEVA 3LZTA 4H8ZA 1IOCA 5FHWA 1LAAA 256LA 1EL1A 4WL6A 2GV0A 4B49A 1L49A 2DQIY 2W1MA 1LMAA 4WOAA 1G0QA 5A3ZA 1QIOA 1L21A 3GUOA 2Z39A 1L33A 1P3NA 2YBMA 3GXRA 2HEFA 2BQJA 4I8SA 1KNIA 1UUZC 1GB2A 3SB6A 1T3PA 4OW1A 5F9UA 3TXEA 3GUPA 3TXDA 1KXWA 1WTMA 3EMSA 5KXXA 1L14A 2Q0MX 3IWRA 2DQJY 1C60A 1JTOL 255LA 4OWCA 1CJ6A 1LYJA 1UIGA 1ZVHL 4NSIA 2DQHY 2HU1A 3CT5A 248LA 5LIOA 2B7XA 4DQ7A 246LA 4LFXA 1JTPL 1BWHA 2F2QA 1LZYA 125LA 3GUJA 2O7AA 5HNCA 2B6XA 1DYAA 4GCFA 1G06A 4W59A 1GBWA 4BAPA 226LA 1OVKA 3D4SA 3AGGG 3WUMA 3LYZA 1L63A 3K3TA 209LA 1UACY 1HEPA 2LZ2A 3SBAA 1LSPA 4ET8A 210LA 1IWUA 2LYOA 1C45A 3QY4A 1AZFA 3WUAA 1D2WA 1IWTA 1G07A 1L96A 1D6QA 4B4JA 4WM6A 1FDLY 3WL2A 1QS5A 1WQNA 2FBBA 2CGIA 158LA 1ZURA 1LWKA 1YL1X 3GUIA 1G1VA 4OOTA 4LYTA 1KY1A 1QT6A 1IC4Y 4XJFA 1B7MA 2IGCA 4X3BA 5B1GA 3A91A 4IJ4A 1LZTA 2DQDY 3CDOA 2BAAA 127LA 3B0IA 1LSNA 1YKZX 1BB7A 4I7RA 1HEOA 1REYA 1LGXA 1LSFA 161LA 1PZYA 4LYMA 3HBHA 1CJ7A 1UIFA 1TEWA 4M4OA 2I6ZA 1L88A 1C69A 2A7DA 1ZWNA 5L3IA 1REMA 4YEMA 4B1AA 190LA 1IOQA 1CNSA 1L24A 1GFRA 2BPUA 214LA 1LHMA 3HT9A 4H94A 2BQGA 4J1AA 217LA 2Z2EA 1LYZA 1QT5A 1C61A 1GFEA 3EMLA 1G0JA 240LA 3P4ZA 1JJ0A 1L47A 1CV5A 3C8QA 196LA 261LA 1B5WA 3WPKA 1HSXA 1B7RA 4GN3A 4HSFA 1QUDA 1L05A 1QTZA 1L36A 1PS5A 1L91A 1HFYA 1NKHA 2B6YA 4YOPA 3CSQA 1GFGA 4Z3MA 177LA 1C65A 3HH3A 4LYOA 3A67Y 1FLUA 1IR9A 4HJYA 1DYFA 4HV2A 4PHIA 109LA 2ZQ3A 3VWOA 1V7SA 2NWDX 1GFTA 4NIJA 1IC5Y 1OP9B 1C6GA 252LA 3FA0A 224LA 2DKVA 4DKLA 1J1OY 1LZDA 1D2YA 1IWWA 1LLHA 1GF0A 2B74A 1F6RA 3K2RA 4W58A 3HUQA 1GE2A 1RFPA 4H9BA 1CUPA 1LYGA 1JTMA 4B4IA 1L81A 189LA 2O4WA 3C8SA 137LA 4Z46A 3WYHA 1FN5A 4XJDA 3TMUA 1GPQC 174LA 1AM7A 230LA 1T8GA 1QTVA 5A3EA 110LA 3A6CY 5I4XA 3OE0A 3QNGA 5IELA 4DT3A 1TBYA 2X0AA 4W55A 1L10A 1F10A 2DQGY 167LA 3P68A 4TSBA 2FYDA 3M18B 1L94A 1L60A 5L3HA 4GN4A 1XEJA 1GBOA 1L08A 1YAQA 1UIHA 1OUJA 1OUHA 107LA 2C8OA 3G3VA 1QSWA 1VATA 112LA 1L67A 2Z2FA 1KW7A 3CB7A 2RBQA 2Z6BA 5LXWA 1NQIA 220LA 4TTDA 2B6TA 1UIAA 1L62A 1OWZA 4WM3A 1MELL 2LYMA 3TXGA 3A3RX 1K28A 150LA 1HELA 1P46A 1B7PA 245LA 237LA 3HH5A 1AKIA 1C6AA 2XBSA 1LZBA 1SQ2L 3UONA 1L69A 1T6HA 2Q9DA 2B70A 3N9AA 1L20A 1PQJA 1KIRC 165LA 1L27A 2Y8PA 4DAJA 1D9UA 1IEEA 1V7TA 4NGVA 1CKFA 205LA 4C5FA 4LYBA 4NHTA 4XJHA 3OE8A 2W1LA 200LA 2Q9EA 2DBTA 191LA 1XJTA 5KXTA 2ANXA 1JKBA 4XN6A 4DD9A 1GFKA 1VDQA 1PQKA 1B5XA 1QTKA 1IP3A 1CU2A 4KPMA 1L66A 4HPIA 234LA 5LVJA 1F0WA 4I7QA 154LA 1C10A 206LA 1LYIA 4LGKA 216LA 5E9RA 3BKHA 4DD0A 5J7CA 1NHEA 4XYYA 2DQFC 1GDXA 3C7ZA 2EPEA 1LYDA 4FDYA 1DQJC 3WW6A 1B7SA 1GF5A 4DWXA 4MCKA 5DM9A 2G4PA 4QY9A 4OWAA 1ZVYB 4J7VA 2ZQ4A 2OEAX 1VDPA 2LCBA 1LSAA 1C62A 1GF6A 1L0JA 4BADA 4N9RA 4EJ4A 4PRQA 3HUKA 4GLVA 3RNXA 1XGUC 5LVIA 4H9FA 4H1PA 1IP4A 4IATA 1G7IC 2G4NA 1OUEA 1DXJA 5ILFA 2LHMA 1HNLA 4FJRA 1GB3A 1NHBA 183LA 5KXRA 4I7JA 1TLAA 3G3BB 151LA 1A2YC 4W96A 1EQ5A 144LA 4NGZA 4TUNA 2VB1A 1JSFA 2Z12A 1VDSA 3LZMA 1NBYC 3DN4A 242LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YEN A;  2FBD A;  4WM1 A;  1ZMY L;  1JJ3 A;  1C6I A;  1JTT L;  1I6S A;  4J0L A;  1LZA A;  2Z18 A;  1C6L A;  3GUM A;  2F4A A;  5KXK A;  128L A;  3FI7 A;  4ML7 A;  3B6L A;  1XGT C;  4PGJ B;  1L35 A;  4I7S A;  1HML A;  3J4G A;  3HU9 A;  1QUS A;  1XGQ C;  3HBE X;  1GEV A;  3LZT A;  4H8Z A;  1IOC A;  5FHW A;  1LAA A;  256L A;  1EL1 A;  4WL6 A;  2GV0 A;  4B49 A;  1L49 A;  2DQI Y;  2W1M A;  1LMA A;  4WOA A;  1G0Q A;  5A3Z A;  1QIO A;  1L21 A;  3GUO A;  2Z39 A;  1L33 A;  1P3N A;  2YBM A;  3GXR A;  2HEF A;  2BQJ A;  4I8S A;  1KNI A;  1UUZ C;  1GB2 A;  3SB6 A;  1T3P A;  4OW1 A;  5F9U A;  3TXE A;  3GUP A;  3TXD A;  1KXW A;  1WTM A;  3EMS A;  5KXX A;  1L14 A;  2Q0M X;  3IWR A;  2DQJ Y;  1C60 A;  1JTO L;  255L A;  4OWC A;  1CJ6 A;  1LYJ A;  1UIG A;  1ZVH L;  4NSI A;  2DQH Y;  2HU1 A;  3CT5 A;  248L A;  5LIO A;  2B7X A;  4DQ7 A;  246L A;  4LFX A;  1JTP L;  1BWH A;  2F2Q A;  1LZY A;  125L A;  3GUJ A;  2O7A A;  5HNC A;  2B6X A;  1DYA A;  4GCF A;  1G06 A;  4W59 A;  1GBW A;  4BAP A;  226L A;  1OVK A;  3D4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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