130LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVISTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 130lA00
1QUHA 2OU0X 1L26A 1L03A 1C6DA 213LA 1LWKA 1CUPA 4EKPA 3HDEA 3HU8A 1P5CA 215LA 175LA 1L97A 1OYUA 1G0LA 1L23A 3HH6A 1P37A 5I14A 186LA 4YXCA 1L19A 2B6TA 4K5YA 145LA 2F47A 1KY1A 4I7QA 3DMXA 1L89A 1L80A 2A4TA 1L41A 138LA 1C66A 1LI6A 167LA 156LA 3V2YA 2RAYX 1QT4A 3C8RA 4I7PA 255LA 4EJ4A 2OE9X 171LA 237LA 1QTVA 210LA 190LA 1D3NA 260LA 1D9WA 3SB8A 200LA 1QTDA 6LZMA 1PQDA 3LZMA 3HT8A 1CVKA 1LLHA 1QUDA 226LA 1L88A 4I7OA 1L60A 3HT7A 1LYEA 214LA 4EKRA 196LA 4ARLA 173LA 1C6HA 1L62A 216LA 2B75A 2CUUA 1C6CA 257LA 4I7LA 2HULA 3SB7A 1QSBA 166LA 1OVHA 1C6MA 137LA 1G07A 1L29A 1XJTA 2RBNA 164LA 1CV0A 1CU5A 1L36A 1L25A 3NY9A 2QB0B 1D3FA 1L04A 1CV3A 1L46A 2QARC 1QT6A 1C6KA 1L54A 1L42A 1L74A 144LA 1SX7A 2HUKA 1L90A 1C6BA 4ARQB 1L01A 1L20A 3G3VA 1CV5A 3HDFA 1C64A 158LA 143LA 102LA 1QTBA 4PJZA 4PK0A 1C69A 3OE9A 1C6IA 163LA 224LA 1LWGA 3CDRA 1JTNA 240LA 259LA 246LA 1G06A 1SWZA 1SWYA 1L53A 115LA 1T8GA 4IAPA 140LA 191LA 3OE0A 2B6ZA 1OVKA 1L47A 1C6TA 4W57A 114LA 1P3NA 222LA 4LZMA 1XEPA 1DYAA 1CU6A 3CDVA 3HTDA 2L78A 1C6QA 1G0JA 1SSYA 4I7RA 1L81A 2B7XA 1L40A 1OV5A 3CDOA 1LYIA 1L39A 3HWLA 3GUMA 1CU0A 2LCBA 3DNAA 159LA 2HUMA 3GUOA 3FADA 4W55A 228LA 3HUAA 1L73A 1LGXA 1QTZA 1L0JA 2RB1X 1C65A 1PQMA 4EKSA 1L69A 1L08A 1QT8A 1B6IA 1CV1A 3DMZA 2RBOA 242LA 1C63A 1L61A 1DYDA 1L75A 4YX7C 1L95A 1LI2A 3NY8A 256LA 3RZEA 3V2WA 3C8SA 1ZYTA 3HTBA 1QTCA 1G0GA 221LA 2OTYX 4LDLA 2RH1A 3HH5A 3SB9A 2IGCA 3C83A 1D3MA 162LA 1L51A 160LA 252LA 1XJUA 4W53A 1SX2A 2OEAX 1DYBA 229LA 3HU9A 111LA 2RB2X 3HH4A 1L45A 1L17A 1L84A 2LC9A 1L15A 244LA 2B70A 3OE8A 4DJHA 1L07A 4I7NA 119LA 2OTZX 1LYDA 4ARQA 104LA 152LA 218LA 261LA 1C60A 1KW5A 1L91A 2O79A 3DKEX 3DN4A 1L22A 1L64A 2RBSA 4S0WA 3D4SA 2ANXA 181LA 2F32A 205LA 1L93A 4W52A 1LPYA 109LA 3K2RA 150LA 2OU9A 3PBLA 3QAKA 3DMVA 3DN6A 1QTHA 1LGUA 253LA 1L77A 3C7WA 1L0KA 1P36A 1DYEA 3F8VA 3F9LA 3G3WA 3CDQA 1L10A 1L37A 3UONA 1L76A 1L44A 3G3XA 4EPFA 127LA 1CUQA 1G0KA 1L59A 1L32A 3SN6R 146LA 195LA 3SB5A 4YXAC 1L94A 1C6AA 177LA 130LA 232LA 3DN8A 1L52A 1CX7A 1L79A 118LA 3DN1A 112LA 3C82A 1EPYA 1L28A 1L33A 128LA 3RUNA 1L35A 4DKLA 3GUIA 258LA 4W54A 1L86A 1L68A 3VW7A 1C6GA 248LA 131LA 1G0QA 1D2WA 1T6HA 1L12A 1L16A 4W58A 4OO9A 227LA 1L66A 3SBBC 3GULA 1KW7A 1L70A 231LA 2O4WA 1QUOA 4I7JA 188LA 1L34A 233LA 3JR6A 3EMLA 1OV7A 1L48A 1WTHA 1L71A 2B6WA 1I6SA 1L57A 125LA 1G0MA 3DN0A 1LGWA 1QUGA 108LA 1P2RA 1D2YA 1L14A 247LA 1P64A 3CDTA 239LA 176LA 198LA 1C6FA 4ARMB 225LA 1QS9A 230LA 1L09A 245LA 1T8FA 4EXMA 182LA 147LA 1T8AA 4W51A 1KY0A 1L38A 2RAZX 1ZURA 1PQJA 1L27A 1L02A 3L64A 1G1VA 1KNIA 185LA 1L67A 234LA 172LA 211LA 3SBAA 2ANVA 1L56A 1OWYA 2B6YA 254LA 1DYGA 1LI3A 4GBRB 238LA 141LA 3FA0A 1CU2A 1C62A 4AQNA 103LA 3C7YA 168LA 1QS5A 1C6EA 2OE7X 249LA 1L55A 2NTHA 2RBPA 149LA 1L43A 1P56A 3HH3A 1C6PA 4EKQA 1CX6A 120LA 1JQUA 1L05A 3HT6A 187LA 1L50A 2Q9EA 4W56A 1CV4A 223LA 199LA 2B6XA 169LA 1L83A 4I7TA 3GUPA 1C61A 1C68A 183LA 1L65A 1L96A 209LA 2B73A 1TLAA 3HUKA 165LA 2LZMA 4ARPA 4I7KA 1DYCA 1L63A 262LA 4ARJA 1P7SA 220LA 1L85A 2Q9DA 1LYFA 1L72A 4E97A 1L30A 1LYHA 4EPIA 1QT5A 3GUNA 197LA 1OWZA 3HUQA 142LA 1CV6A 3GUJA 4DAJA 1NHBA 3HTFA 1L13A 236LA 2OU8A 170LA 1L87A 2NTGA 126LA 4GRVA 129LA 250LA 201LA 1C6NA 1CU3A 1LW9A 1SSWA 206LA 1D3JA 189LA 4ARMA 180LA 4I7SA 1LYJA 192LA 5LZMA 1CTWA 4W59A 1C6LA 3NYAA 123LA 1P6YA 2B72A 235LA 2O7AA 3PDSA 1KS3A 2OE4X 157LA 113LA 1G0PA 1C6JA 148LE 174LA 1L21A 3C80A 3C8QA 243LA 1L98A 1P2LA 1L11A 122LA 1LYGA 1QT7A 2RBQA 1C67A 3HTGA 1L49A 4LDEA 1QSQA 155LA 3L2XA 217LA 1L31A 1OVJA 1L99A 241LA 4LDOA 3SB6A 212LA 3OE6A 4ZPUA 151LA 3ODUA 1G1WA 1PQKA 184LA 1L24A 1L00A 1T97A 2RB0X 2Z6BA 3C7ZA 1L18A 1L06A 178LA 1PQOA 2F2QA 1ZWNA 7LZMA 3FI5A 1P46A 3DN2A 161LA 1K28A 139LA 3C81A 219LA 1L58A 4I7MA 1JTMA 3DN3A 251LA 3HT9A 110LA 1QT3A 3GUKA 1PQIA 2RBRA 1L82A 107LA 2B74A 1L92A 1DYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L03A 4WMGA 1LJHA 1OYUA 1YQVY 1G0LA 5DN4A 4HV2A 2MEDA 1WTNA 145LA 2F47A 4KXIA 1VDSA 1L80A 2A4TA 3D3DA 4YEOA 156LA 2XBSA 3C8RA 1DKKA 4ZEEA 255LA 1XFPL 4NGWA 3T6UA 4H9IA 3OJPA 1KXYA 5J7CA 1NWGA 4DQ7A 3SB8A 3HT8A 1WVVA 4PPOA 5F81A 2CJLA 1JEFA 3A3QA 4HV1A 1HEQA 2Z2EA 4M6DA 214LA 2F30A 207LA 196LA 4ETDA 4ARLA 1L62A 2ZILA 1WVUA 1C6CA 257LA 4I7LA 2HULA 5HNLA 1DPWA 1OVHA 1GF9A 1C6MA 1SLYA 1LZTA 1VDPA 2Z19A 4YOPA 1L36A 3CSQA 3NY9A 5F9UA 2QB0B 4NHQA 1L04A 1JHLA 4NGIA 1C6KA 144LA 3TMVA 5KXWA 1B7OA 2BQLA 6LYTA 3G3VA 1IWUA 143LA 1F0WA 4PJZA 1C69A 5DLAA 1C6IA 1LWGA 1B7NA 1FN5A 1GBYA 1EQEA 115LA 1JKBA 1KIRC 1T8GA 5I5QA 191LA 2F4AA 3WXTA 1FKQA 4QEQA 1C6TA 5B05A 1P3NA 4LZMA 1UA6Y 1GFHA 1CU6A 4WM2A 1G0JA 1L81A 3RT5X 1UUZC 3HWLA 1L39A 1FDLY 3DNAA 5C6LA 2BAAA 4AXTA 4NHTA 3WUAA 4XJHA 1PQMA 5F9XA 1L08A 1CV1A 1WQNA 1LMNA 3E3DA 1DYDA 1L95A 1LTMA 1QTKA 3HTBA 1D0MA 3A92A 1B9OA 5KKJA 1B5ZA 3WUMA 252LA 1GFRA 7LYZA 1KXXA 1L17A 1LZSA 1L84A 4ZIXA 244LA 1GBWA 1UIDA 4I7NA 2F4GA 2OTZX 1LSFA 3DN4A 1KIQC 3W6BA 2IFFY 5E9RA 1L22A 3TXJA 2ANXA 181LA 133LA 205LA 1IO5A 4DDCA 2OU9A 2G4PA 1QTHA 1JSFA 1LGUA 253LA 5LVHA 1GBZA 1DYEA 1GFVA 4H9BA 1D0LA 4OWCA 1REXA 4W94A 3CDQA 1L37A 3LZTA 1L76A 1L44A 4NSHA 1IP3A 127LA 4WM1A 2Y8PA 2ZNWY 1OUFA 177LA 3D9AC 1C08C 3A6BY 1L79A 1CX7A 1GXXA 4PGJB 3DN1A 1GFKA 4RDSA 128LA 1UIBA 1L35A 3A91A 1I56A 4Z3MA 1L86A 1LMTA 5I4XA 4DDBA 4YF2A 1FLYA 1LJEA 1L16A 4UWUA 1YANA 1G7LC 1L70A 4J1BA 2O4WA 193LA 4C5FA 1WTHA 1L71A 1L57A 1OUGA 1GF0A 1WQRA 1P2RA 5B1GA 1XEKA 5HLLA 1P64A 3CDTA 4DD2A 1HMKA 1HF4A 5DL9A 4Z46A 4EXMA 147LA 5LXWA 1DKJA 1ZURA 1ZMYL 1TCYA 1PQJA 2HEBA 1BB3A 4N9RA 3WMKA 1HEWA 2YBHA 1KNIA 4H90A 2Z38A 4XJBA 5I4WA 4LYCA 2BQIA 1LSBA 5A3ZA 238LA 141LA 1F10A 1C62A 4YM8A 2MEGA 4WO6A 1MLCE 1QS5A 4GLAA 4LT3A 3QNGA 2NTHA 2RBPA 2MEIA 3HH3A 1JQUA 3HT6A 187LA 1IC7Y 199LA 5C6JA 1L83A 1IOQA 2BQMA 3GUPA 1HELA 5JENB 1L65A 1CJ6A 1TLAA 4HPIA 2LZMA 4ARPA 3TXBA 1L63A 1UIFA 4KT3A 220LA 1L85A 2Q9DA 1LHKA 1DXJA 1IP4A 3CSRA 4GCCA 2MEAA 5L9JA 4WLDA 1OWZA 1HSXA 1GB7A 4FJRA 142LA 170LA 2NTGA 4OOOA 4ETAA 201LA 1UIHA 1C6NA 3F6ZA 4E3UA 2HECA 3M3UA 3EBAB 4R6CA 4I7SA 4WG1A 1HFZA 4G4HA 2CWIA 5LZMA 1CTWA 4PHIA 1HEMA 1HERA 1YL0X 123LA 4NGVA 1P6YA 2B72A 2O7AA 148LE 4C3WA 1LSMA 3C8QA 3HBEX 5LVKA 1G7IC 1LKSA 1I20A 1OUJA 2B5ZA 5KY1A 2ZNXY 1B5VA 184LA 5KXSA 1RCMA 3C7ZA 1L06A 4DC4A 178LA 1PQOA 1DQJC 1FLWA 1FBIX 2F2QA 1ZWNA 7LZMA 1C45A 1A2YC 3FI5A 4WM5A 4LYZA 1L58A 1NBZC 1BHZA 110LA 1QT3A 5LA8A 1HFYA 107LA 1MELL 1L92A 1LZYA 2OU0X 1B0DA 2D91A 2MEHA 1B7PA 3HU8A 4N1CC 4XN6A 3A96A 1L97A 1L23A 5I14A 2DQGY 1CJ7A 4YXCA 1LSCA 2B6TA 3W6EA 4Z41A 132LA 1KY1A 4I7QA 3DMXA 1L89A 1C66A 1QT4A 1JWRA 4NG8A 5B1FA 2MEEA 3WU8A 1LZRA 210LA 3TMWA 1D3NA 1YROA 4H91A 3RNXA 1CJ8A 1LHLA 1PQDA 4WLYA 1TEWA 1QUDA 2DQIY 1IP2A 1JSEA 1AT5A 1DI3A 3HT7A 4TUNA 2BQHA 2ZQ3A 216LA 2B75A 2CUUA 1B2KA 2LYZA 166LA 1G7JC 1G07A 5HQ1A 1XJTA 5KXNA 164LA 1PS5A 5KXXA 1TDYA 1CV3A 1WQPA 1QT6A 1L74A 4B4EA 4NSGA 2CGIA 1C6BA 3CB7A 5FEKA 3W6FA 3WH1A 4ARQB 1LKRA 3HDFA 4ETCA 1GBXA 1AM7A 1C64A 1LHJA 2DKVA 5KXZA 5HMVA 4PK0A 3CDRA 1JTNA 1LZ9A 3ZVQB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L03 A;  4WMG A;  1LJH A;  1OYU A;  1YQV Y;  1G0L A;  5DN4 A;  4HV2 A;  2MED A;  1WTN A;  145L A;  2F47 A;  4KXI A;  1VDS A;  1L80 A;  2A4T A;  3D3D A;  4YEO A;  156L A;  2XBS A;  3C8R A;  1DKK A;  4ZEE A;  255L A;  1XFP L;  4NGW A;  3T6U A;  4H9I A;  3OJP A;  1KXY A;  5J7C A;  1NWG A;  4DQ7 A;  3SB8 A;  3HT8 A;  1WVV A;  4PPO A;  5F81 A;  2CJL A;  1JEF A;  3A3Q A;  4HV1 A;  1HEQ A;  2Z2E A;  4M6D A;  214L A;  2F30 A;  207L A;  196L A;  4ETD A;  4ARL A;  1L62 A;  2ZIL A;  1WVU A;  1C6C A;  257L A;  4I7L A;  2HUL A;  5HNL A;  1DPW A;  1OVH A;  1GF9 A;  1C6M A;  1SLY A;  1LZT A;  1VDP A;  2Z19 A;  4YOP A;  1L36 A;  3CSQ A;  3NY9 A;  5F9U A;  2QB0 B;  4NHQ A;  1L04 A;  1JHL A;  4NGI A;  1C6K A;  144L A;  3TMV A;  5KXW A;  1B7O A;  2BQL A;  6LYT A;  3G3V A;  1IWU A;  143L A;  1F0W A;  4PJZ A;  1C69 A;  5DLA A;  1C6I A;  1LWG A;  1B7N A;  1FN5 A;  1GBY A;  1EQE A;  115L A;  1JKB A;  1KIR C;  1T8G A;  5I5Q A;  191L A;  2F4A A;  3WXT A;  1FKQ A;  4QEQ A;  1C6T A;  5B05 A;  1P3N A;  4LZM A;  1UA6 Y; 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