138LA

Rapid crystallization of t4 lysozyme by intermolecular disulfide crosslinking
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDCVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Rapid crystallization of T4 lysozyme by intermolecular disulfide cross-linking.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 138lA00
148LE 1C67A 3FADA 1LYHA 3RUNA 127LA 197LA 4W57A 1PQKA 4W54A 1L01A 200LA 3HWLA 1PQOA 2CUUA 3PDSA 5LZMA 177LA 228LA 3DNAA 1I6SA 231LA 1QSBA 1OV7A 3V2YA 3DN6A 1P36A 1L93A 2NTHA 1L32A 3GUPA 1G1VA 108LA 3DN0A 1C6CA 4W52A 156LA 1C6GA 1L74A 3HH5A 4I7TA 1CUPA 1L23A 261LA 3CDOA 3LZMA 222LA 216LA 1L80A 1DYAA 1C6FA 162LA 1L72A 1L79A 174LA 3SB7A 4GBRB 4I7SA 1L52A 157LA 4K5YA 1L11A 4EPIA 1D9WA 183LA 1L19A 238LA 3C82A 2QARC 246LA 2ANXA 1L21A 1QTHA 1LPYA 1L0JA 1KS3A 1L57A 1L40A 1L85A 1C6TA 3HTGA 4EJ4A 1L05A 2RBSA 3C7YA 1C66A 2B70A 1LLHA 1G0MA 1SSWA 3HT9A 1D2WA 1L71A 4EKQA 125LA 1L98A 250LA 2L78A 234LA 1L55A 226LA 1QSQA 3CDVA 262LA 1LYFA 3HTFA 3DN3A 1CV3A 4YXAC 1QUDA 1G1WA 2F32A 1WTHA 2RAZX 1L67A 3F8VA 1L86A 1NHBA 258LA 1PQIA 1XJTA 3SB5A 1LYEA 1L51A 3DMVA 2B75A 3SBAA 1C6EA 1L0KA 1QTZA 1G07A 1C6NA 3JR6A 103LA 161LA 1L53A 4ARMA 4DKLA 1T8FA 4LDEA 187LA 1P3NA 1C64A 2OE4X 1L66A 1SSYA 185LA 189LA 1L48A 1CTWA 1L24A 1L60A 1D2YA 3GUJA 160LA 3HT8A 1SX2A 1QT7A 113LA 1L10A 2QB0B 232LA 240LA 1CVKA 2RBQA 233LA 178LA 1QT3A 1C6PA 2RH1A 243LA 1L34A 213LA 3ODUA 1CX6A 4W56A 1PQJA 165LA 184LA 168LA 3HU9A 1L00A 138LA 3HUAA 252LA 1G0QA 1L43A 227LA 2O7AA 1CUQA 3C8SA 172LA 1L15A 155LA 3OE6A 2RB1X 1L30A 1L61A 1DYGA 1CU5A 3EMLA 1L64A 126LA 206LA 3OE8A 4DAJA 1L88A 221LA 3C7ZA 1ZYTA 4S0WA 1LYGA 1B6IA 4AQNA 3HTDA 256LA 3DN2A 1QUGA 150LA 247LA 1D3JA 1C6HA 1L76A 1T8AA 190LA 1QT6A 1CX7A 209LA 1D3FA 1L33A 145LA 1G06A 1L56A 1T6HA 2O79A 143LA 1QUHA 1C6IA 1L12A 142LA 2B6XA 1C68A 1PQMA 1OVKA 1L59A 3SB6A 3V2WA 2B6YA 3HH6A 3OE0A 1L16A 4ARQB 1D3NA 4EKSA 1L02A 3C81A 1DYCA 1ZURA 1CV4A 7LZMA 128LA 4I7JA 167LA 166LA 2RB2X 195LA 1L49A 1G0LA 1L62A 1KNIA 1L03A 239LA 198LA 4GRVA 1L41A 1OVJA 186LA 1L87A 1L82A 1JTNA 1TLAA 1L42A 3C8RA 1P64A 2Q9EA 3HUQA 1LGWA 4W58A 3HTBA 1L50A 4EXMA 1L28A 140LA 114LA 1C6AA 109LA 2OE9X 1L58A 1L14A 104LA 1SWZA 115LA 1L92A 4PK0A 176LA 1KY0A 1LI6A 3CDRA 1P7SA 4ARJA 3K2RA 4YX7C 1QT5A 4W55A 1L36A 1XJUA 223LA 139LA 112LA 1L47A 1L22A 1QS9A 1L77A 1L35A 1G0GA 4ZPUA 1SX7A 4OO9A 2B6TA 255LA 1LWKA 3DMZA 3HUKA 3C8QA 119LA 199LA 2OE7X 1L83A 1L97A 4EKPA 1T8GA 4YXCA 2OU8A 175LA 3HT7A 5I14A 1SWYA 4I7RA 6LZMA 1L25A 3DKEX 1DYFA 1L90A 4I7NA 1QTVA 151LA 2B7XA 3NY8A 1L31A 1CV1A 1LGXA 1QTCA 1L94A 1L09A 1C69A 1JTMA 2B72A 4EKRA 196LA 237LA 1DYDA 1C63A 2IGCA 159LA 2B6ZA 4E97A 1PQDA 211LA 3C83A 3L64A 4IAPA 1L18A 1G0KA 3FI5A 1L04A 1P46A 245LA 3NYAA 2LCBA 1C60A 131LA 4W59A 2HULA 147LA 170LA 254LA 244LA 1L08A 1P2LA 3F9LA 225LA 1LW9A 169LA 1G0JA 1LI2A 1C6QA 1L26A 1K28A 2NTGA 2OTZX 218LA 1L06A 3GUIA 1L65A 1P56A 230LA 229LA 173LA 191LA 3SB9A 1XEPA 1L96A 1P2RA 2RBOA 2RBPA 2OU9A 2RBRA 1OVHA 110LA 3DN8A 122LA 2OTYX 4ARQA 3HH4A 4LDOA 129LA 3CDQA 1OWYA 4ARPA 1L37A 188LA 3HDEA 3VW7A 1L07A 2B73A 3QAKA 1C6LA 1LI3A 4PJZA 1C6DA 1JQUA 1KW5A 4W51A 1L20A 1CU2A 4I7LA 1CV6A 1L70A 1L46A 1L13A 1OYUA 1QT4A 257LA 120LA 1L84A 3OE9A 1C6BA 163LA 212LA 1C62A 251LA 3G3WA 3GULA 1L27A 4ARLA 3GUKA 3HH3A 4W53A 1L38A 217LA 1CV5A 1C61A 1L81A 1C65A 2A4TA 4EPFA 1KW7A 2F47A 3GUOA 1P37A 1LWGA 1LYDA 1OV5A 2Z6BA 3DN1A 2F2QA 158LA 111LA 1LGUA 164LA 214LA 1C6KA 2Q9DA 141LA 3HDFA 3CDTA 1L63A 210LA 3HU8A 1QS5A 1C6MA 1CV0A 1D3MA 4DJHA 1KY1A 4I7MA 219LA 3UONA 137LA 146LA 1P5CA 149LA 4LDLA 192LA 1LYJA 2OU0X 118LA 4I7OA 182LA 1L91A 3D4SA 1CU3A 3C80A 3GUNA 1T97A 2RB0X 3RZEA 3FA0A 248LA 3HT6A 3SBBC 130LA 205LA 1L69A 2HUKA 236LA 102LA 3PBLA 4I7QA 2RAYX 1QUOA 1L99A 1ZWNA 3NY9A 2B6WA 1L95A 3GUMA 1L29A 3SB8A 1L45A 1DYBA 215LA 1L54A 241LA 249LA 1L73A 2LC9A 2O4WA 152LA 1L17A 144LA 3C7WA 260LA 3DN4A 201LA 1CU0A 242LA 1L44A 1QTDA 2B74A 1L89A 181LA 1P6YA 1EPYA 235LA 4ARMB 1L75A 253LA 2LZMA 1QTBA 1L39A 1QT8A 1LYIA 1G0PA 220LA 180LA 2ANVA 1OWZA 4I7KA 2OEAX 2HUMA 259LA 123LA 1CU6A 4I7PA 3SN6R 3G3XA 3L2XA 3DMXA 1C6JA 107LA 224LA 3G3VA 1DYEA 1L68A 4LZMA 2RBNA 171LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C67A 3FADA 1QQYA 1JTPL 1LZRA 4W57A 4XJBA 2C8OA 200LA 1UIFA 4DD2A 1OQMA 1QSBA 1JISA 2I26L 5F9XA 2FBBA 1G1VA 3AW7A 1DZBX 1C6GA 1OUAA 1CUPA 1L23A 261LA 3CDOA 1GFUA 3SB7A 162LA 1L72A 174LA 1L52A 1LTMA 2D4IA 4H9AA 4WM5A 3TXHA 1GHLA 3C82A 1VEDA 2DQHY 2Z19A 2RSCA 1QTHA 1AT6A 1L0JA 1L57A 1IX0A 2B70A 1LLHA 1G0MA 5M1YA 1GEZA 4KL7A 1L98A 4LYOA 2L78A 4OWBA 3CDVA 262LA 3HTFA 1BB7A 1L86A 3W6FA 1QUTA 1XJTA 3CT0A 2FYCA 1G07A 1C6NA 2DBTA 1NWGA 1BB3A 3JR6A 4ARMA 154LA 1VATA 1T8FA 4Z46A 4NGWA 1XGQC 2OE4X 185LA 2ZQ4A 2BLXA 3WU8A 3HT8A 160LA 1SX2A 1QT7A 3WU7A 4RLNA 1L10A 4IATA 1YKYX 2RBQA 4MCKA 1JUGA 1GWDA 1C6PA 1UIAA 1GE3A 1L34A 5KXZA 4NEBA 4NG8A 1CJ8A 2XBRA 1LJKA 1RJCB 1UICA 1GBOA 252LA 4MR1A 1L43A 3C8SA 172LA 155LA 2RB1X 1CU5A 3EMLA 1L64A 126LA 3WXUA 221LA 4DDCA 1GE0A 1LYGA 1B6IA 256LA 4KXIA 1HFXA 4PRUA 209LA 3WPKA 1GFHA 1G06A 3A3QA 1L56A 4XENA 3BKHA 1OUCA 1VAUA 3ULRA 1NF5A 5I4WA 1VDSA 1C68A 1GF6A 1GAZA 3V2WA 2B6YA 1AT5A 1BWJA 2ZIJA 1D3NA 1HC0A 1ZURA 5APFA 2BQFA 166LA 1C08C 1L62A 5LXWA 1BB6A 1L03A 198LA 1L87A 5ILCA 3IJVA 1GPQC 1P64A 2Q9EA 1RI8B 3WVYA 109LA 2OE9X 1L58A 4EOFA 2BQEA 2F4AA 4GLVA 1MELL 2FBDA 1JTOL 3WMKA 1LSMA 2A7FA 176LA 1LI6A 4G49A 4ARJA 1JKCA 1XJUA 2CDSA 139LA 1C10A 1DI3A 3RT5X 1G0GA 1SX7A 2LHMA 3HUKA 255LA 4WL7A 1HMLA 119LA 4H1PA 1KXXA 3HFMY 1IC5Y 1GD6A 1L83A 3ZVQA 4EKPA 1T8GA 2ZILA 4NSHA 1GFRA 5APEA 4WM3A 4I7RA 3T6UA 1DYFA 3NY8A 151LA 2B7XA 5A3EA 1LMCA 1LGXA 1QTCA 4PPOA 194LA 1C69A 1HEQA 1TEWA 2BQHA 5HNCA 5KXYA 2H9KA 1B2KA 4LYTA 1YIKA 1LSFA 1WQPA 1ZMYL 3F9LA 4NFVA 169LA 2BPUA 1QSWA 3QY4A 1L26A 2LYZA 1LKSA 1L06A 1LPIA 1P56A 229LA 173LA 3A67Y 5J7CA 2D4JA 2OU9A 1WQMA 1LZTA 5LINA 2DQCY 4LGKA 1DPWA 2F4GA 4B4JA 4ETCA 5L9JA 5LA8A 3P68A 1C6LA 1LI3A 1CKGA 1LSBA 1L20A 1LKRA 4I7LA 1LSGA 1L46A 1L70A 2GV0A 2VB1A 1OYUA 1QT4A 3A6BY 257LA 3OE9A 1SLYA 1HF4A 4PJ2C 251LA 4ARLA 3GUKA 1BVKC 4J1AA 1IORA 2C8PA 1LYOA 4LYZA 1C61A 2A4TA 1LMQA 2F47A 3EBAB 5DM9A 1LYDA 1CJ6A 3WXTA 3N9EA 1LGUA 3HBEX 3CDTA 3HU8A 4NHPA 1A4VA 1C6MA 3F6ZA 4LZTA 1DPXA 1DXJA 1DI4A 1GB5A 3UONA 137LA 2LYOA 2I25L 4LDLA 4B0DA 3AJNA 3CT5A 1L91A 3M18B 1LJ4A 1LZSA 1F6RA 1T97A 1GDXA 5FHWA 3SBBC 3AZ7A 1L69A 5L3IA 4YEMA 207LA 1LJNA 4I7QA 4TTDA 1QUOA 4WG7A 1UACY 2B6WA 3FI7A 2DQDY 1L29A 2W1MA 4B49A 5KXTA 4N1EI 1GF7A 2O4WA 1IP3A 2DKVA 2G4NA 1ZVYB 144LA 1GFEA 3C7WA 1LZ5A 3DN4A 1CU0A 1LZEA 1UIGA 1L44A 1QTDA 2B74A 1P6YA 1EPYA 235LA 3EMSA 2LZMA 1I20A 1JEFA 1QT8A 1WQNA 1G0PA 4HTNA 220LA 3B0IA 5HMVA 1N4FA 3WL2A 2OEAX 4X3BA 4R6CA 2YBNA 123LA 1CU6A 3L2XA 3DMXA 4OWEA 3G3VA 1DYEA 6LYTA 4CHXA 1C45A 4M6DA 4LT3A 1FBIX 3RUNA 3WH1A 3IWRA 3HWLA 5C6JA 2CUUA 3PDSA 2HU1A 1XGPC 5T3FA 1CKDA 4N9RA 231LA 1IR9A 3V2YA 3DN6A 1P36A 1GFAA 1C43A 1L93A 1GXXA 2NTHA 108LA 4YOPA 2Y8PA 4WM4A 4DDBA 4YENA 1L74A 4W96A 1JWRA 4GBRB 1GFTA 1B7MA 2LZTA 2LYMA 157LA 4K5YA 4TSBA 2MECA 5I54A 238LA 1W6ZA 4HJVA 3RW8A 4PGJB 1KXYA 4NHSA 1NKHA 3AZ4A 1HMKA 5APDA 4EJ4A 4IASA 3HT9A 1DKKA 125LA 2F30A 250LA 1IP7A 2MEIA 226LA 1QSQA 3DN3A 1HEOA 2DQJY 1CV3A 4DD7A 1G1WA 4WLXA 2RAZX 1L67A 3F8VA 1XSFA 1NHBA 4H8ZA 1LZ4A 5KXLA 1UCOA 1G7IC 1CNSA 1QTZA 1LSDA 4ETBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C67 A;  3FAD A;  1QQY A;  1JTP L;  1LZR A;  4W57 A;  4XJB A;  2C8O A;  200L A;  1UIF A;  4DD2 A;  1OQM A;  1QSB A;  1JIS A;  2I26 L;  5F9X A;  2FBB A;  1G1V A;  3AW7 A;  1DZB X;  1C6G A;  1OUA A;  1CUP A;  1L23 A;  261L A;  3CDO A;  1GFU A;  3SB7 A;  162L A;  1L72 A;  174L A;  1L52 A;  1LTM A;  2D4I A;  4H9A A;  4WM5 A;  3TXH A;  1GHL A;  3C82 A;  1VED A;  2DQH Y;  2Z19 A;  2RSC A;  1QTH A;  1AT6 A;  1L0J A;  1L57 A;  1IX0 A;  2B70 A;  1LLH A;  1G0M A;  5M1Y A;  1GEZ A;  4KL7 A;  1L98 A;  4LYO A;  2L78 A;  4OWB A;  3CDV A;  262L A;  3HTF A;  1BB7 A;  1L86 A;  3W6F A;  1QUT A;  1XJT A;  3CT0 A;  2FYC A;  1G07 A;  1C6N A;  2DBT A;  1NWG A;  1BB3 A;  3JR6 A;  4ARM A;  154L A;  1VAT A;  1T8F A;  4Z46 A;  4NGW A;  1XGQ C;  2OE4 X;  185L A;  2ZQ4 A;  2BLX A;  3WU8 A;  3HT8 A;  160L A;  1SX2 A;  1QT7 A;  3WU7 A;  4RLN A;  1L10 A;  4IAT A;  1YKY X;  2RBQ A;  4MCK A;  1JUG A;  1GWD A;  1C6P A;  1UIA A;  1GE3 A;  1L34 A;  5KXZ A;  4NEB A;  4NG8 A;  1CJ8 A;  2XBR A;  1LJK A;  1RJC B;  1UIC A;  1GBO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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