138LA

Rapid crystallization of t4 lysozyme by intermolecular disulfide crosslinking
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDCVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Rapid crystallization of T4 lysozyme by intermolecular disulfide cross-linking.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 138lA00
221LA 1KW7A 1OVHA 1PQOA 250LA 1L00A 3HUAA 1T97A 2B6ZA 3PDSA 4YXCA 130LA 1L97A 1CUQA 3DKEX 3DN1A 1K28A 2B6WA 192LA 1L94A 1LI2A 3NY8A 4AQNA 1G07A 1P3NA 2Q9DA 1L03A 1L20A 112LA 240LA 2LC9A 1QUGA 160LA 3C8SA 183LA 1L56A 1CV3A 1L68A 1L45A 2RBSA 3OE0A 165LA 1L59A 1L23A 3V2YA 1L67A 200LA 1WTHA 1OVKA 246LA 3HT8A 2B70A 1QTDA 196LA 3FI5A 2OE9X 2HUKA 2B74A 161LA 2RB2X 1L33A 1PQMA 3PBLA 1CU5A 226LA 2HUMA 4EPIA 1L27A 1P46A 1C65A 1LWKA 4EKRA 141LA 1L53A 4I7OA 4GBRB 1CTWA 1CV5A 3HH4A 1KY0A 3RZEA 176LA 4LZMA 1L17A 2F32A 1P5CA 1SWYA 234LA 261LA 1C69A 3HH5A 4W51A 3F9LA 3SN6R 3HTBA 1T8FA 1C6KA 1L86A 1P64A 2RBQA 159LA 1L76A 3G3WA 198LA 4I7PA 4ARQB 140LA 2QARC 2O79A 4LDLA 4EPFA 3SB5A 158LA 1P36A 1CX6A 225LA 2RB0X 5LZMA 214LA 205LA 3C82A 1L04A 1QSBA 1L34A 1P2LA 191LA 3DN4A 1G0MA 1L24A 1L82A 3QAKA 108LA 1L89A 118LA 1PQKA 236LA 2B6XA 1CU6A 2OU9A 231LA 4W58A 1LW9A 181LA 1D3MA 259LA 3EMLA 1C6GA 3CDVA 144LA 1L66A 4EXMA 1L35A 1LGWA 215LA 178LA 223LA 2LCBA 3C7ZA 1OWYA 102LA 1L90A 7LZMA 213LA 139LA 1L95A 256LA 253LA 1QTZA 2OE7X 1XJUA 2RBOA 3F8VA 210LA 3GUIA 2RAZX 166LA 3DN3A 3HU8A 3SB9A 120LA 4S0WA 1L73A 1L83A 3OE6A 1L29A 2IGCA 1QS5A 168LA 143LA 1L40A 1G0JA 2F2QA 2L78A 219LA 3L2XA 171LA 4LDEA 3VW7A 1L47A 1LWGA 4E97A 1QT3A 1G0GA 1L61A 222LA 4I7KA 1L70A 227LA 1CV0A 1L77A 3K2RA 1QTCA 4EKSA 3HH3A 4ZPUA 1QUHA 3GULA 1G1WA 1L43A 3HH6A 1LYEA 1L30A 2OE4X 2B72A 1ZYTA 150LA 1D2YA 4W54A 3DN8A 4EJ4A 103LA 1L71A 2B73A 1L88A 110LA 1L08A 4W56A 3HUQA 1L63A 195LA 206LA 2ANVA 1KY1A 3HTGA 3JR6A 1KNIA 1L36A 1QT6A 1XJTA 1L21A 1QTBA 3C7WA 169LA 201LA 2RAYX 1SX7A 1G0QA 1L41A 4ARQA 1L85A 2ANXA 1L11A 1L64A 3SBBC 3GUMA 4ARPA 1L10A 1SWZA 1L15A 1L65A 2O7AA 3CDTA 2CUUA 1L07A 3G3XA 3NYAA 128LA 2RBRA 1L42A 3LZMA 230LA 2B6YA 252LA 180LA 4I7LA 1L91A 1L32A 119LA 1P7SA 1L92A 3FADA 2O4WA 3HDEA 3SB6A 4EKPA 1L72A 1G0LA 1C6DA 147LA 1L09A 1LLHA 228LA 3OE9A 185LA 1QT4A 260LA 1L69A 258LA 237LA 249LA 247LA 1L01A 3GUNA 4I7TA 1L02A 1L75A 107LA 4ARMB 1CUPA 1LYJA 1PQDA 4IAPA 232LA 4PJZA 1L39A 1L51A 1D3JA 4ARJA 104LA 1L96A 1L98A 2OU8A 115LA 1L25A 1JTMA 1LYFA 1LYIA 1C6AA 4ARLA 1LI6A 1QS9A 4W52A 114LA 172LA 241LA 2OTYX 2B7XA 1KW5A 4I7SA 1OV7A 1C6LA 1LI3A 2Z6BA 1PQJA 1C6IA 4I7QA 3C7YA 1C6TA 4I7MA 1L31A 4YX7C 3C80A 257LA 156LA 1QT5A 131LA 1JTNA 3RUNA 1C62A 3C83A 167LA 1LGUA 1L84A 1NHBA 1DYAA 1L14A 1G1VA 137LA 145LA 3DNAA 1DYEA 2HULA 1C6QA 1C6HA 187LA 224LA 1DYDA 1CU0A 1C6FA 1XEPA 1L80A 1QSQA 173LA 1CU3A 3CDOA 1L62A 1OVJA 2OTZX 155LA 122LA 1L60A 3C8RA 1L0KA 3DN0A 4DAJA 123LA 3OE8A 1L12A 1L0JA 1PQIA 1L48A 1LYGA 3HU9A 175LA 1CV6A 1L87A 3C81A 4W59A 157LA 2RBPA 2OU0X 1L46A 2B75A 1L26A 209LA 146LA 1SSYA 251LA 1JQUA 127LA 239LA 212LA 1LPYA 216LA 4EKQA 4W55A 170LA 197LA 1L37A 1DYFA 1T8AA 1C6MA 3NY9A 1P37A 4W53A 1EPYA 162LA 1L58A 1CV4A 1LYHA 1L06A 1L44A 2A4TA 3SB8A 1D9WA 248LA 3SBAA 2NTGA 4I7JA 1DYBA 1C6BA 1LGXA 125LA 255LA 164LA 149LA 1C67A 129LA 1P6YA 3UONA 3HT6A 138LA 217LA 189LA 1I6SA 3GUOA 1CVKA 4I7RA 4LDOA 1DYCA 4ARMA 1G0KA 1L49A 1D3FA 3DMVA 1TLAA 1QTVA 1CU2A 235LA 190LA 3HTDA 1QT7A 1L05A 177LA 3G3VA 2B6TA 4K5YA 1L19A 1G06A 1ZWNA 1OYUA 1L16A 1C6NA 1T8GA 3HDFA 1D3NA 174LA 1L81A 163LA 1CX7A 1L28A 1ZURA 2OEAX 1L52A 1C68A 1C63A 1QT8A 1SX2A 4GRVA 3GUPA 1QTHA 151LA 220LA 4DJHA 1L38A 1L74A 1C61A 2RB1X 1D2WA 152LA 1SSWA 1C6PA 3DMXA 3C8QA 1C6EA 1L99A 2RH1A 218LA 2QB0B 3GUKA 4I7NA 1C6CA 1L93A 3FA0A 1C64A 1G0PA 2F47A 1L13A 1OWZA 262LA 242LA 3V2WA 1QUOA 4DKLA 4W57A 186LA 1L57A 109LA 229LA 3CDQA 1KS3A 3GUJA 1T6HA 1CV1A 254LA 238LA 4YXAC 142LA 1L50A 1L54A 1C66A 1L55A 1L79A 233LA 2Q9EA 3DN6A 243LA 3ODUA 4PK0A 3DMZA 3HTFA 199LA 1OV5A 2NTHA 184LA 3DN2A 6LZMA 3SB7A 2LZMA 111LA 2RBNA 3HT7A 1LYDA 3HWLA 1DYGA 3D4SA 1P2RA 113LA 3CDRA 4OO9A 1C6JA 211LA 1QUDA 3HUKA 126LA 3L64A 1L22A 1P56A 5I14A 148LE 1C60A 1B6IA 244LA 188LA 3HT9A 182LA 245LA 1L18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YVBA 2W1YA 1EQ5A 1BB6A 1CKGA 4YXCA 1AKIA 1L97A 2Z39A 3W6AA 1K28A 1DI4A 1L94A 1B7RA 1LI2A 3NY8A 4NFVA 4HTNA 1P3NA 1HEOA 2Q9DA 2LC9A 1LSBA 1QUGA 4H91A 1C45A 3LYTA 4DD7A 165LA 1GFHA 1GB9A 1LAAA 196LA 5DL9A 2RB2X 2HUMA 1GB2A 1LHLA 1FLQA 3LHMA 2XJWA 5KXYA 4I7OA 1LHKA 4OOTA 1LZNA 2D6BA 4DWXA 4NSGA 4WO6A 1C6KA 2BQJA 5HNLA 5F16A 4ANRA 159LA 198LA 4I7PA 1GBZA 4BAFA 4D9ZA 3ZEKA 5LINA 4LDLA 4EPFA 3SB5A 158LA 4ETBA 225LA 3WVYA 3KAMA 1GF0A 2BQKA 4WL7A 1XEKA 1JIYA 1L04A 1QSBA 5KXZA 191LA 3BKHA 3DN4A 2BPUA 1G0MA 1L82A 2EPEA 5KXNA 118LA 236LA 1CU6A 4WOAA 5B1GA 132LA 3W6BA 1D3MA 4TSCA 2MECA 1WVUA 2LCBA 1XEJA 4LT1A 2W1MA 1QTZA 2LYOA 210LA 3K3TA 4G49A 2D4IA 3TMXA 3DN3A 1QSAA 3HU8A 120LA 1LSFA 1L83A 1L29A 168LA 1HFZA 4OWBA 1LZTA 219LA 1XGUC 3L2XA 1GD6A 1OUGA 227LA 4GCDA 4ZPUA 1QUHA 4DDBA 1FKQA 6LYTA 4U3XB 1LYEA 4CGEA 2OE4X 1LJHA 154LA 2CJLA 1L71A 5KXKA 2B73A 1L88A 110LA 2GV0A 1OP9B 1BWIA 4LYZA 3AZ5A 1IWTA 206LA 1FLWA 3JR6A 2MEBA 1IOCA 1XGPC 3C7WA 2WARA 5EBHA 2RAYX 1UACY 1OUFA 3N9CA 1G0QA 4ARQA 1JTOL 1GE1A 4UWVA 1L64A 1IP1A 3SBBC 4ARPA 1L10A 6LYZA 1SWZA 1L15A 4NHTA 3TMVA 2CUUA 193LA 1L42A 230LA 4TUNA 2B6YA 4GN5C 2DQJY 119LA 1P7SA 1WQQA 3FADA 2O4WA 3SB6A 1L72A 1GFJA 1IOQA 4NEBA 4LYOA 3W6DA 1LLHA 3OE9A 2BQBA 3LZ2A 4WM5A 2BLYA 3GUNA 2YBIA 2MEIA 232LA 1L51A 1XGRC 3IWRA 1L98A 1G7JC 2OU8A 1LYYA 1JTMA 4M4OA 1F6RA 1ZVYB 2DQIY 1LJJA 241LA 5FHWA 4XJDA 4I7SA 1PQJA 1UA6Y 4ZEEA 1W08A 5D5FA 1JTNA 167LA 2X0AA 3IJUA 4WG1A 1G1VA 2D4JA 1LZ9A 1D6PA 1N4FA 1QUTA 1C6FA 1QSQA 3CDOA 5C6LA 2OTZX 155LA 1L0KA 1JEFA 1IP6A 1L12A 1L0JA 1CV6A 2G4QA 157LA 1LMOA 1BB4A 2B75A 4GCCA 146LA 1SSYA 251LA 4NGVA 239LA 1G7IC 4EKQA 1MELL 1GE0A 2YDGA 1P37A 162LA 1L58A 1LPIA 1JJ0A 1L06A 1L44A 2A4TA 2BQDA 3ULRA 1LJKA 1D9WA 1GFTA 1B5ZA 3TMWA 4NY5A 1DYBA 4LYTA 1C6BA 4WL6A 4BS7A 1W6ZA 4HP0A 1VAUA 129LA 1P6YA 1JITA 1GAYA 217LA 2H9KA 1L49A 3DMVA 1NBZC 4G9SA 5FEKA 1QTVA 235LA 3HTDA 2ZIKA 1HERA 4QGZA 4EOFA 1OUEA 1IC4Y 2VB1A 1GDXA 3A8ZA 1REYA 1HEQA 1L81A 1YQVY 4TTDA 1L52A 1C68A 1QT8A 1O23A 5FSTA 1PS5A 151LA 2Z12A 4H94A 1C61A 1LSGA 3WW5A 1CKCA 2RB1X 1SSWA 1C6PA 3C8QA 5KXOA 3GUKA 1GF9A 1J1PY 1L93A 1DQJC 5LVHA 2Z2FA 3RU5A 3CT1A 4IJ4A 3GUJA 4BADA 233LA 207LA 2BLXA 1L79A 3DN6A 4OWAA 3TMUA 4PK0A 243LA 1IC7Y 1OV5A 4HPEA 1LYOA 1LZ4A 2HECA 1WTMA 3SB7A 1BB3A 3TXIA 3HBHA 1LKSA 208LA 1LYDA 2Q0MX 3HWLA 4GCEA 4WLDA 1DYGA 3D4SA 2NWDX 1QUDA 1YANA 3HUKA 1LHJA 1B7OA 1L22A 1GFVA 4ETEA 1VDSA 1B2KA 244LA 221LA 2MEDA 1T97A 130LA 4BAPA 1T3PA 3DN1A 4RLMA 1OUHA 2ZQ3A 4WM2A 3TXFA 192LA 1KXXA 4Z98A 1DKKA 1GE2A 4AQNA 1G07A 4NHIA 5A3EA 183LA 3WU7A 2Z38A 1L68A 2HEDA 3WMKA 1CKHA 2HTXA 3OE0A 1L59A 1UIDA 1L67A 1DXJA 4NGWA 3AGHA 1VFBC 3D3DA 2OE9X 1HFYA 2B74A 2IHLA 1ALCA 3EBAB 1L33A 1PQMA 5F14A 5K7OA 1L27A 1P46A 1GFUA 2DKVA 141LA 1UICA 4GBRB 3WULA 1CV5A 1I1ZA 5I4YA 4LT2A 1B7NA 3F9LA 2W1XA 2YBHA 1CKDA 1AZFA 2LHMA 1L86A 1LCNA 1L76A 1FLUA 3G3WA 5KXRA 2ZWBA 4NHPA 2O79A 5B06A 5IHGA 5KKJA 1IR7A 1CX6A 4ET9A 1LJFA 2LYZA 9LYZA 4RDSA 205LA 8LYZA 1JISA 3WPJA 1P2LA 4KXIA 3QAKA 108LA 1L89A 4NGLA 2B6XA 7LYZA 2OU9A 1VEDA 1VDTA 1JWRA 144LA 1OUAA 4CHXA 3C7ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YVB A;  2W1Y A;  1EQ5 A;  1BB6 A;  1CKG A;  4YXC A;  1AKI A;  1L97 A;  2Z39 A;  3W6A A;  1K28 A;  1DI4 A;  1L94 A;  1B7R A;  1LI2 A;  3NY8 A;  4NFV A;  4HTN A;  1P3N A;  1HEO A;  2Q9D A;  2LC9 A;  1LSB A;  1QUG A;  4H91 A;  1C45 A;  3LYT A;  4DD7 A;  165L A;  1GFH A;  1GB9 A;  1LAA A;  196L A;  5DL9 A;  2RB2 X;  2HUM A;  1GB2 A;  1LHL A;  1FLQ A;  3LHM A;  2XJW A;  5KXY A;  4I7O A;  1LHK A;  4OOT A;  1LZN A;  2D6B A;  4DWX A;  4NSG A;  4WO6 A;  1C6K A;  2BQJ A;  5HNL A;  5F16 A;  4ANR A;  159L A;  198L A;  4I7P A;  1GBZ A;  4BAF A;  4D9Z A;  3ZEK A;  5LIN A;  4LDL A;  4EPF A;  3SB5 A;  158L A;  4ETB A;  225L A;  3WVY A;  3KAM A;  1GF0 A;  2BQK A;  4WL7 A;  1XEK A;  1JIY A;  1L04 A;  1QSB A;  5KXZ A;  191L A;  3BKH A;  3DN4 A;  2BPU A;  1G0M A;  1L82 A;  2EPE A;  5KXN A;  118L A;  236L A;  1CU6 A;  4WOA A;  5B1G A;  132L A;  3W6B A;  1D3M A;  4TSC A;  2MEC A;  1WVU A;  2LCB A;  1XEJ A;  4LT1 A;  2W1M A;  1QTZ A;  2LYO A;  210L A;  3K3T A;  4G49 A;  2D4I A;  3TMX A;  3DN3 A;  1QSA A;  3HU8 A; 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