139LA

Rapid crystallization of t4 lysozyme by intermolecular disulfide crosslinking
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFCQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDCVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Rapid crystallization of T4 lysozyme by intermolecular disulfide cross-linking.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 139lA00
1C6JA 1CX7A 1CUPA 253LA 262LA 1L47A 1L62A 3C81A 2B7XA 3DN0A 218LA 238LA 234LA 216LA 3FADA 3GUKA 3HWLA 1PQJA 144LA 3FA0A 3DNAA 1LWKA 2RAZX 1NHBA 169LA 3LZMA 1L86A 2B75A 3GUIA 1L90A 1L25A 1G0QA 147LA 1L17A 1D9WA 1G0MA 192LA 1QUOA 230LA 1C6FA 1P56A 2OTYX 1L57A 1LW9A 1LI6A 4W56A 3SB5A 168LA 3HU8A 161LA 4I7QA 107LA 149LA 118LA 1JTMA 115LA 128LA 1L95A 187LA 229LA 1CU3A 2F47A 2B72A 2B73A 4I7RA 1CV4A 127LA 129LA 1EPYA 1DYDA 1P46A 1L01A 2B6TA 1C6LA 243LA 1G1WA 1L91A 199LA 2RB1X 1L37A 1CTWA 3SBBC 109LA 170LA 1L77A 1C6GA 1L08A 4GBRB 1QT3A 1C6HA 1L89A 1DYAA 1LLHA 1L71A 2B6ZA 2L78A 1DYBA 1L66A 2QARC 183LA 186LA 197LA 3HT8A 3VW7A 1DYCA 2F32A 3DN1A 146LA 4ZPUA 211LA 191LA 1QTDA 181LA 1L63A 1QT7A 213LA 3HH5A 252LA 166LA 2HUKA 1L53A 3C7WA 2OU9A 2B6XA 205LA 2ANVA 4LDEA 139LA 214LA 4EXMA 1L79A 119LA 1LYGA 1C6DA 4LDOA 4EPIA 112LA 1LGXA 159LA 2O79A 1T6HA 2LZMA 1LGUA 3HT7A 141LA 1CV1A 260LA 1L40A 255LA 175LA 1L68A 4W57A 226LA 1L45A 1D3MA 1KW7A 1L36A 2RBPA 111LA 3OE0A 1QUHA 2O7AA 162LA 3OE8A 1L98A 4YXAC 2OEAX 4I7KA 1C61A 251LA 160LA 1OV5A 1L55A 1L41A 3DN3A 4ARMA 3GUOA 4W59A 148LE 1L19A 1C69A 2Z6BA 4W55A 4YX7C 1L96A 1L99A 1L27A 1QTBA 227LA 1PQDA 1QUDA 4ARMB 2LCBA 1SSWA 2QB0B 3RUNA 1L31A 3UONA 1C60A 210LA 103LA 206LA 3QAKA 1L00A 4AQNA 4K5YA 104LA 3G3VA 2RBRA 1I6SA 3FI5A 1L23A 3HDFA 4DJHA 151LA 4DAJA 3GULA 4EKQA 1L03A 1QTCA 2RB2X 1C63A 1L21A 220LA 1LYDA 173LA 1L22A 3CDQA 1L34A 3K2RA 1L14A 1L33A 4ARPA 155LA 217LA 1L83A 244LA 158LA 200LA 1ZYTA 172LA 1C6BA 2OU8A 3DN2A 1LWGA 1G06A 236LA 1LYFA 1L97A 1P7SA 1G0PA 1L24A 4PK0A 189LA 1XEPA 140LA 3HT6A 3HUAA 1L15A 2B74A 1L42A 2OU0X 1C68A 4DKLA 1CUQA 1QT6A 1OWYA 7LZMA 2A4TA 1CU5A 185LA 152LA 1D2WA 3L2XA 215LA 2RB0X 231LA 1L74A 130LA 1L09A 1LYHA 1QTVA 131LA 6LZMA 256LA 1L75A 1XJTA 4I7PA 1C6NA 4I7MA 174LA 1CX6A 178LA 1C64A 254LA 1L44A 1L49A 164LA 1L30A 2OE9X 1QT5A 1KY0A 4I7JA 2RBQA 225LA 1D2YA 1L51A 1T8GA 3DN8A 3C8SA 1L11A 1PQKA 1L69A 126LA 1D3FA 1L20A 1L0JA 3C82A 3CDVA 4S0WA 1L10A 3HTBA 4I7NA 2OTZX 1QS5A 1L05A 5LZMA 1CV0A 1QSBA 156LA 1ZURA 3HDEA 1SX7A 1C6IA 1OVJA 1L39A 1T97A 142LA 3CDOA 4ARQA 4EKSA 182LA 258LA 3NY8A 1C6EA 2ANXA 1K28A 3CDRA 1G07A 4IAPA 1CV6A 2B70A 1L82A 4ARQB 3NYAA 1L50A 4ARLA 176LA 2RBSA 247LA 1SWYA 4EKRA 167LA 1G0LA 246LA 3C7ZA 2RAYX 1PQIA 1G0JA 1QTZA 195LA 1L59A 3GUMA 198LA 120LA 240LA 219LA 1L35A 3HUKA 2OE7X 2O4WA 3PDSA 1L26A 1JTNA 180LA 1L0KA 233LA 3GUJA 1QT4A 4W51A 3OE9A 1CU2A 3SB6A 1L29A 3GUPA 4I7TA 1C6MA 3DN4A 1P6YA 201LA 4EKPA 1L16A 2RH1A 1P2LA 2Q9DA 239LA 1L65A 1L87A 1L43A 3CDTA 2NTGA 3DKEX 177LA 2RBOA 3F9LA 1L61A 1B6IA 5I14A 1SSYA 4LDLA 1G0KA 1OWZA 1JQUA 1P36A 1L07A 1T8AA 1CVKA 237LA 242LA 123LA 257LA 259LA 1LYJA 1L92A 3F8VA 241LA 3L64A 1SWZA 184LA 1L38A 1L94A 3D4SA 3HUQA 3SBAA 235LA 4GRVA 1L80A 1DYEA 4I7SA 122LA 4YXCA 1TLAA 4PJZA 222LA 1L67A 2HULA 1C62A 1LGWA 1L32A 2OE4X 221LA 1P64A 1QT8A 3DMVA 3C8RA 209LA 3ODUA 4I7OA 1L93A 150LA 1QSQA 1QS9A 3DMXA 2B6YA 1L88A 125LA 3OE6A 4I7LA 1L02A 1C66A 1L81A 1LI3A 249LA 2RBNA 4ARJA 3RZEA 1L13A 3DN6A 3SN6R 108LA 138LA 4W58A 4W53A 1L54A 3V2YA 3JR6A 157LA 1C65A 3C80A 3G3XA 1L04A 1LYEA 3HH3A 2CUUA 228LA 1T8FA 188LA 3SB8A 1P2RA 1SX2A 261LA 3NY9A 1LYIA 1P37A 110LA 250LA 1P3NA 1OVHA 1OVKA 4E97A 2IGCA 1L52A 1DYGA 4EPFA 3EMLA 4LZMA 2F2QA 1OV7A 1KW5A 3V2WA 3G3WA 4W54A 3HH4A 248LA 1L48A 224LA 196LA 1LI2A 1C6TA 212LA 1QUGA 2B6WA 1L58A 223LA 171LA 3SB9A 1LPYA 1OYUA 1C6PA 1WTHA 3HH6A 3HU9A 1C6CA 1DYFA 1C67A 4W52A 1L46A 1L64A 1CU0A 1L73A 3HTGA 3C83A 245LA 2LC9A 1D3NA 114LA 1L84A 1ZWNA 232LA 2HUMA 3C8QA 1L60A 3PBLA 145LA 1G0GA 1CV5A 1P5CA 3DMZA 1L28A 1C6QA 2Q9EA 2NTHA 1KNIA 1L72A 1XJUA 1C6KA 4OO9A 3SB7A 3HT9A 1L85A 4EJ4A 3HTDA 113LA 1L76A 102LA 143LA 1CV3A 3HTFA 1L06A 1L56A 1PQMA 1C6AA 3GUNA 1L12A 190LA 1KS3A 1L70A 1CU6A 1D3JA 1G1VA 3C7YA 137LA 163LA 165LA 1QTHA 1PQOA 1L18A 1KY1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IELA 5FELA 1GDWA 1HF4A 3ZVQA 3C81A 1UICA 4RDSA 4B0DA 1LZSA 144LA 1I20A 5AMYA 1LCNA 3GUIA 1L90A 4NWEA 1LSEA 2D6BA 4YENA 1G0QA 1JSFA 230LA 1C6FA 1B5YA 4DWXA 2Y8PA 1LJEA 1LI6A 1LW9A 3A90A 5B06A 2ZNWY 5B1FA 1QTKA 2MEEA 107LA 149LA 118LA 2FYDA 115LA 1L95A 4FDYA 187LA 1CU3A 1SLYA 2ZILA 1DYDA 1P46A 1HMKA 2F30A 5KXOA 1C6LA 5DM9A 199LA 2ZWBA 1YIKA 1CJ6A 1LSMA 1CTWA 4GN3A 4J1BA 3LN2A 4KPMA 1C6GA 5HNLA 1DYAA 1NBZC 1FLYA 1D0MA 1DQJC 1I56A 1L71A 1DI5A 4H8ZA 3CSQA 1LZEA 2DQHY 4OWAA 1IOTA 2Z18A 2EPEA 1G7IC 1FLQA 3W6FA 1DYCA 1GF9A 4ZPUA 191LA 4WM4A 1LHKA 1L63A 213LA 1LZ1A 166LA 2HUKA 1L53A 3C7WA 1UIFA 2OU9A 4GCBA 4X3BA 2ANVA 139LA 119LA 1LYGA 1C6DA 3LYZA 4LT0A 1J1XY 3LYMA 1WQMA 1LGUA 1L40A 255LA 4W57A 1YKZX 3CT0A 2RBPA 162LA 3A96A 4H8YA 3A34A 4PJ2C 1NQIA 1H6MA 1LSCA 5A3ZA 1LJKA 4ARMA 5FHWA 1JPOA 4W55A 1UBZA 4YX7C 1REMA 4B4JA 1QTBA 4ARMB 2LCBA 2N5ZA 1L31A 3UONA 1W08A 3QAKA 5IDDA 4DD1A 1BWHA 1PZYA 4K5YA 4E3UA 3FI5A 3GXKA 3HDFA 1WQOA 1V7TA 4PRQA 3D3DA 1EQEA 3GULA 4EKQA 2RB2X 3ULRA 4ETCA 3AB6A 2ZQ4A 4ARPA 4H9FA 1QSAA 1C6BA 5LYTA 236LA 1LYFA 4G49A 2HU1A 1P7SA 4G9SA 4PK0A 3AZ7A 3HT6A 4BAPA 1HEOA 1IORA 2DQGY 1OWYA 4DYGA 3L2XA 1BB3A 1XGUC 1C43A 231LA 1L74A 3D9AC 1QTVA 4DD3A 174LA 1JTTL 1UIDA 4HJZA 3FE0A 5APEA 5LVHA 1GPQC 1QT5A 4RLMA 2RBQA 225LA 1D2YA 1T8GA 3C82A 1L0JA 3CDVA 4ZFPA 4I8SA 1L10A 1CKFA 1VEDA 1D6QA 4I7NA 2OTZX 4OWHA 4Z3MA 5LZMA 5FSTA 156LA 1C6IA 1OVJA 1L39A 4LT1A 3TXEA 1LAAA 3CDOA 3BKHA 1J1PY 2HEDA 1JTPL 1C6EA 1GAZA 4ANRA 2ANXA 1G07A 4H9EA 2W1XA 1A4VA 1F6SA 1L82A 2BAAA 6LYZA 167LA 2VB1A 4GLAA 5F14A 3C7ZA 1PQIA 1LYYA 195LA 1L59A 4GCFA 2FYCA 1JUGA 219LA 1LHJA 4XN6A 4BAFA 2BQCA 3GUJA 1T6VL 3OE9A 5KXPA 1INUA 194LA 4TX7A 1ZV5L 1EQ5A 3DN4A 4KL7A 4EKPA 1D9UA 1HERA 1L43A 5E9RA 3CDTA 4NGLA 4WLXA 5I14A 3WPKA 1G0KA 1LMCA 1QTEA 3AZ5A 1L07A 1T8AA 1VFBC 5KXWA 3LYOA 259LA 1L92A 241LA 1L94A 4DDAA 1IC7Y 1L80A 3AZ4A 4I7SA 4AXTA 122LA 2HULA 4WM6A 3C8RA 209LA 3KAMA 4NHQA 3DMXA 1L88A 1IR9A 4I7LA 4O34A 1C66A 1WQQA 1YAPA 1TDYA 3AJNA 1L13A 3DN6A 1B5UA 1GD6A 4W58A 1L54A 2LYZA 2YVBA 1LJHA 1LZAA 1RFPA 5HQ1A 2CUUA 4QDNA 4CGEA 228LA 5LXWA 6LYTA 1CJ9A 4IJ4A 1GF3A 1SX2A 3QY4A 3P64A 1P37A 4XJBA 1NMMA 1FKQA 4NGYA 1IP1A 4E97A 4EPFA 3EMLA 1CKHA 3WL2A 4HTKA 1YAMA 1ZMYL 5APDA 4PHIA 1HNLA 3WW5A 1KW5A 2C8OA 2AUBA 3CB7A 1GF8A 1ZVYB 1L48A 5C6JA 224LA 4NSIA 1RE2A 4NHPA 1OUAA 2B6WA 2H9KA 3WULA 2BLYA 3SB9A 1C6PA 1FLUA 1WTHA 3HH6A 1NDGC 1DYFA 1FKVA 3B72A 3C8QA 3A67Y 1D3NA 2IFFY 1MLCE 1UIBA 2G4QA 145LA 1G0GA 1XJUA 1C6KA 3SB7A 2XBRA 5KXZA 1GFGA 1HEWA 5F9UA 4DC4A 3HTFA 1PQMA 1LSDA 154LA 1WVVA 4G4BA 1LYZA 1L70A 1CU6A 1G1VA 3C7YA 3G3BB 1NBYC 137LA 4W94A 1PQOA 2YDGA 1J1OY 3WU9A 132LA 4KXIA 1DI3A 1LHMA 3DN0A 1GFKA 5FEKA 4IASA 3FA0A 4B4IA 1LZCA 1G7JC 1NHBA 1L86A 1VDQA 2CGIA 5IHGA 1L25A 1MELL 1D9WA 1QUOA 192LA 2NWDX 4XJFA 7LYZA 3WH1A 1D0LA 3AW6A 3SB5A 168LA 1KIPC 4H91A 1UIAA 1YROA 1IC5Y 3AZ6A 4B4EA 229LA 2F47A 2B72A 2B73A 1WVUA 3MGWA 2Z2EA 133LA 2YSSC 1E8LA 5LA5A 243LA 5LVIA 2ZIKA 2BQBA 2A7FA 4UWNA 170LA 4N1EI 1L08A 1JHLA 2HU3A 1IOSA 9LYZA 2BQOA 1LZTA 4G4HA 1FDLY 1L66A 1DKKA 5HMJA 3ATNA 4ETAA 2MEFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5IEL A;  5FEL A;  1GDW A;  1HF4 A;  3ZVQ A;  3C81 A;  1UIC A;  4RDS A;  4B0D A;  1LZS A;  144L A;  1I20 A;  5AMY A;  1LCN A;  3GUI A;  1L90 A;  4NWE A;  1LSE A;  2D6B A;  4YEN A;  1G0Q A;  1JSF A;  230L A;  1C6F A;  1B5Y A;  4DWX A;  2Y8P A;  1LJE A;  1LI6 A;  1LW9 A;  3A90 A;  5B06 A;  2ZNW Y;  5B1F A;  1QTK A;  2MEE A;  107L A;  149L A;  118L A;  2FYD A;  115L A;  1L95 A;  4FDY A;  187L A;  1CU3 A;  1SLY A;  2ZIL A;  1DYD A;  1P46 A;  1HMK A;  2F30 A;  5KXO A;  1C6L A;  5DM9 A;  199L A;  2ZWB A;  1YIK A;  1CJ6 A;  1LSM A;  1CTW A;  4GN3 A;  4J1B A;  3LN2 A;  4KPM A;  1C6G A;  5HNL A;  1DYA A;  1NBZ C;  1FLY A;  1D0M A;  1DQJ C;  1I56 A;  1L71 A;  1DI5 A;  4H8Z A;  3CSQ A;  1LZE A;  2DQH Y;  4OWA A;  1IOT A;  2Z18 A;  2EPE A;  1G7I C;  1FLQ A;  3W6F A;  1DYC A;  1GF9 A;  4ZPU A;  191L A;  4WM4 A;  1LHK A;  1L63 A;  213L A;  1LZ1 A;  166L A;  2HUK A;  1L53 A;  3C7W A;  1UIF A;  2OU9 A;  4GCB A;  4X3B A;  2ANV A;  139L A;  119L A;  1LYG A;  1C6D A;  3LYZ A;  4LT0 A;  1J1X Y;  3LYM A;  1WQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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