141LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 141lA00
113LA 1OVJA 1LGUA 211LA 3OE9A 4I7RA 3HUQA 1QSBA 1L21A 1L83A 1G0QA 3NYAA 187LA 3F8VA 196LA 1CV0A 3OE6A 3DNAA 1L12A 1QT3A 1C6FA 1D3JA 1L92A 2Z6BA 1OWYA 1CV3A 226LA 3HTGA 109LA 4ARPA 3V2WA 119LA 220LA 1L79A 1L32A 1C60A 2HUKA 230LA 214LA 1OV7A 2NTGA 1CTWA 1L84A 1DYBA 165LA 1G0JA 1L99A 162LA 2NTHA 1OV5A 1G06A 4I7NA 1QTVA 1SX2A 175LA 1EPYA 1T8FA 253LA 3CDQA 3GUJA 1L00A 131LA 1P36A 4W55A 1L73A 4S0WA 3DN8A 3C8RA 149LA 1CX7A 1L61A 152LA 233LA 1L94A 3L64A 1L87A 1P64A 260LA 4I7MA 1LYGA 3DN6A 2RH1A 2B73A 5I14A 2LC9A 4ARLA 2HUMA 1OWZA 2B6WA 1L96A 2F47A 2RBSA 1C64A 1OVHA 1LI6A 1SWYA 240LA 1LI3A 1L64A 1C68A 244LA 1LLHA 3G3VA 1C65A 3L2XA 2RBQA 1QT5A 242LA 223LA 3HTDA 3PBLA 4I7QA 1LYJA 1QT7A 4W59A 1QTCA 1KS3A 1L23A 1L09A 4ARMA 1C6PA 1CV1A 1L70A 1L58A 3DMXA 1L66A 1L01A 161LA 1PQOA 1QTZA 3GUIA 4I7LA 1P56A 1L60A 1QUDA 1QT4A 3HH6A 122LA 1L82A 1SSWA 125LA 1L75A 2CUUA 249LA 2OU9A 1L07A 3DMVA 3GULA 3GUPA 1L93A 1L81A 239LA 1LYFA 1L43A 1L34A 155LA 1SWZA 172LA 3DKEX 1T6HA 3JR6A 212LA 1P5CA 1C6EA 3UONA 1L11A 215LA 3HT7A 1LI2A 1PQKA 3SB8A 219LA 1P7SA 123LA 1L39A 228LA 1ZWNA 4YXCA 3C82A 1PQJA 250LA 138LA 146LA 1QTHA 2ANVA 3CDOA 1DYGA 103LA 115LA 3QAKA 3GUKA 4EKSA 1D3NA 197LA 1ZURA 2B6XA 4W58A 2L78A 147LA 1G1VA 3RZEA 1L31A 4LZMA 1L0KA 1KW5A 2OTYX 1L44A 141LA 1L74A 1L17A 246LA 3SN6R 118LA 168LA 2RAZX 3V2YA 1C6AA 234LA 3DN2A 1L50A 2QARC 114LA 2OTZX 4AQNA 1QTDA 159LA 188LA 1L16A 174LA 1L65A 1L41A 3CDVA 150LA 1QUGA 2LCBA 1D9WA 209LA 1C6TA 1OYUA 1L13A 1CU3A 1PQMA 1L55A 245LA 2OU8A 2OE4X 3C81A 2RAYX 1L15A 1LYEA 3SB5A 3ODUA 1G0MA 4W52A 225LA 1L49A 1XJUA 235LA 3K2RA 191LA 1C6HA 1C6BA 143LA 2OU0X 1L36A 1L47A 1XEPA 4I7OA 4LDOA 2O4WA 3SB6A 126LA 2O7AA 2RBPA 1L35A 261LA 1DYAA 1G0PA 1L85A 2HULA 1CUPA 201LA 2B74A 3GUNA 3HT6A 210LA 231LA 1QSQA 1P6YA 1L46A 1P37A 1L62A 156LA 4W57A 2RB2X 3EMLA 4I7JA 1L97A 4EKQA 2B7XA 1L95A 1KY0A 1L63A 1L19A 1G0LA 104LA 166LA 1L02A 254LA 129LA 1CV5A 1L33A 1KW7A 1L67A 1T8GA 248LA 3DMZA 4ARMB 2RBRA 3SB9A 4YXAC 1CU5A 102LA 1QUHA 3NY8A 176LA 200LA 180LA 1PQDA 2LZMA 4I7PA 4PJZA 205LA 4YX7C 4W51A 1L68A 1LPYA 257LA 1JTMA 213LA 1LW9A 3PDSA 189LA 1I6SA 3HH5A 163LA 2Q9DA 4W56A 252LA 3LZMA 1NHBA 3G3XA 190LA 1K28A 1L57A 1G0GA 4OO9A 224LA 173LA 1CV6A 1C6DA 3HH3A 1JTNA 1LGWA 169LA 3FA0A 1QS5A 1L98A 3CDRA 3F9LA 199LA 164LA 1L89A 1L04A 139LA 1L40A 1P46A 130LA 247LA 2QB0B 3FADA 1LYHA 137LA 3C83A 170LA 237LA 1G0KA 167LA 3HWLA 3DN1A 5LZMA 1DYEA 3SBAA 1KY1A 145LA 3DN0A 1D3MA 157LA 3HTFA 1L27A 1G07A 111LA 222LA 1C6GA 2RBOA 4ZPUA 4EPIA 1L56A 128LA 1LGXA 3FI5A 2OE7X 127LA 4ARQA 4PK0A 182LA 218LA 1KNIA 2B70A 1P2LA 1TLAA 1L06A 1C62A 1DYDA 171LA 3C80A 1CU6A 221LA 256LA 3HH4A 2B6TA 3VW7A 1L48A 3G3WA 1L91A 4E97A 1B6IA 262LA 186LA 4EXMA 1L0JA 1L90A 2ANXA 178LA 3C8SA 1JQUA 1L24A 2B6ZA 1C66A 2Q9EA 107LA 1P2RA 4W54A 3HT8A 3DN4A 1L05A 1CVKA 151LA 1L26A 3OE8A 1L14A 1LWGA 2O79A 1QT8A 1LWKA 217LA 108LA 251LA 1L72A 3C7ZA 3HU8A 4IAPA 1CU0A 1CU2A 3D4SA 3HTBA 3C7YA 1L20A 216LA 1OVKA 1C6JA 183LA 1L29A 3CDTA 198LA 1PQIA 7LZMA 1L52A 1C6IA 3HUKA 1QUOA 1L80A 3NY9A 1C6KA 2OEAX 3DN3A 243LA 4DAJA 1QTBA 3HUAA 1C6MA 1C63A 4EPFA 255LA 177LA 1L22A 3GUMA 4ARJA 192LA 3HU9A 1WTHA 1C6QA 232LA 2RB1X 1CX6A 1L25A 259LA 4LDEA 1L08A 3SB7A 1L45A 1C61A 1D3FA 1T97A 206LA 160LA 3C8QA 4GRVA 4EKPA 112LA 4DJHA 1L69A 1L71A 2F2QA 144LA 1SX7A 229LA 3C7WA 3HDEA 2B6YA 3HT9A 4LDLA 1L18A 1XJTA 4GBRB 1G1WA 4K5YA 1C69A 1L59A 1QT6A 241LA 1QS9A 2RB0X 1DYFA 140LA 1L03A 2F32A 1CV4A 1L10A 4EKRA 1L37A 3HDFA 1L88A 1L30A 2B72A 3GUOA 3SBBC 1L53A 1L51A 1LYDA 1C6LA 2IGCA 1C6CA 1L28A 4DKLA 1L38A 3RUNA 1L86A 6LZMA 258LA 2B75A 1C67A 238LA 1CUQA 4I7TA 4EJ4A 1D2YA 4I7KA 1L77A 142LA 3OE0A 185LA 184LA 120LA 110LA 1C6NA 236LA 148LE 2OE9X 1SSYA 1L42A 227LA 1T8AA 158LA 1L76A 2A4TA 4I7SA 2RBNA 1L54A 1P3NA 4ARQB 181LA 195LA 1DYCA 4W53A 1LYIA 1ZYTA 1D2WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
113LA 1OVJA 2BQJA 3HBEX 1ZVHL 3F8VA 196LA 5KKJA 4HP0A 3DNAA 4TSCA 1C6FA 1LSNA 1CV3A 226LA 1XEKA 109LA 4ARPA 3V2WA 1CKDA 1REXA 220LA 2HEBA 5B1FA 1L32A 1C60A 1P2CC 5LAFA 1LSFA 1OV7A 4BS7A 1CTWA 4IJ4A 3WUMA 3M3UA 3P4ZA 4UWVA 1LMAA 3SP3A 162LA 1IC7Y 4M4OA 1UACY 4OOOA 4I7NA 1T8FA 3GUJA 3W6AA 3A8ZA 131LA 1HENA 1L73A 149LA 1AT6A 1L94A 1P64A 1YQVY 1LYGA 3AGGG 4R6CA 1C08C 2LC9A 4ETCA 5KXWA 5DL9A 1RFPA 4ZEEA 5B59A 4OWEA 2B6WA 4OW1A 4QDNA 2RBSA 1BVKC 2I6ZA 4HTKA 5HNCA 240LA 1L64A 4TWSA 1LZTA 1DKKA 3L2XA 5F81A 1WVUA 4N9RA 223LA 4I7QA 1FKVA 4XJBA 1LYJA 3LN2A 1OUBA 2W1MA 4HV2A 5DLAA 4HJZA 3DMXA 4WM4A 1L66A 161LA 1PQOA 1QTZA 1B5VA 2HEDA 1P56A 4I7LA 1HFXA 1GWDA 4RW2A 1L82A 1GE0A 125LA 2CUUA 3GUPA 155LA 1L43A 1LYFA 3DKEX 1IR8A 1B5XA 1HERA 3JR6A 1P5CA 3UONA 4YENA 2D4KA 3HT7A 3SB8A 1PQKA 1AKIA 123LA 4WL6A 3AW6A 1LSAA 4RDSA 146LA 1YROA 1QTHA 1B7PA 1DYGA 1WQMA 2MEFA 1GFUA 1OUGA 4OOTA 4W58A 147LA 4IASA 3RZEA 4LZMA 5APCA 1L74A 5LA8A 3SN6R 1NMMA 3CT5A 118LA 4AGAA 168LA 4RLMA 1QSWA 234LA 4H8ZA 3TXBA 3AYQA 2QARC 114LA 4AQNA 2Z38A 1DPXA 1YAOA 150LA 2LCBA 5IELA 4XJFA 3RU5A 4G4BA 1JIYA 1PQMA 3C81A 4NHIA 2OE4X 1A4VA 1HMLA 3SB5A 1UC0A 4W52A 4ANRA 1GXV2 191LA 1C6BA 4W96A 2OU0X 1L36A 2O4WA 3SB6A 126LA 261LA 1BB5A 3B0IA 2EIZC 3HBHA 1QUSA 2BPUA 5LYZA 1LZCA 3WVXA 5KXPA 1GF9A 5LIOA 1JJ0A 1W08A 1A2YC 1P6YA 2GV0A 4XJGA 1DI4A 1WQPA 1B7NA 4W57A 4WO6A 4XN6A 3TXGA 1L95A 4QEQA 1G0LA 1L02A 254LA 129LA 1NDGC 5C6IA 1KW7A 248LA 1MLCE 4ARMB 2ZILA 5KXKA 3TXFA 1HEWA 176LA 1JHLA 4BAPA 5B1GA 1JTMA 9LYZA 3PDSA 2MEEA 3HH5A 1IP1A 2NWDX 3QNGA 4W56A 252LA 2EKSC 4OWBA 1K28A 1L57A 4GN3A 5T3FA 1LJKA 3HH3A 169LA 3F9LA 2G4NA 1FLUA 130LA 247LA 3FADA 137LA 170LA 1G7JC 1LJ4A 3TMXA 5LZMA 1C46A 3TMVA 1GB0A 2CDSA 3HTFA 2ZQ3A 1C6GA 2RBOA 4EMNA 2F4AA 1LMNA 1LGXA 4DYGA 1LPIA 2OE7X 127LA 4PK0A 2C8OA 5IDDA 2HTXA 3HFMY 1GE3A 221LA 1JTOL 2XQOA 1BWJA 4WMGA 1VATA 4LFPA 3EBAB 4UWNA 1B6IA 4DD3A 1L90A 4HJVA 1JQUA 1XGPC 4DWXA 1IY3A 1I1ZA 1CVKA 1L05A 1DI3A 1J1PY 4YF2A 1L26A 3OE8A 1LZEA 2O79A 1BVXA 5LAGA 217LA 5FEKA 4C5FA 3C7ZA 3HU8A 4IAPA 1CU2A 3HTBA 4I8SA 1I56A 1OVKA 2BQDA 1LKRA 1C6KA 1C6MA 1LZNA 3LZTA 2XTHA 2YDGA 3GUMA 4LZTA 1WTHA 1C6QA 3A3QA 1NHEA 3G3BB 1L25A 3P64A 4LDEA 2ZQ4A 2FBDA 2YBIA 4QY9A 3K3TA 1C61A 160LA 1D6QA 1B7SA 1UA6Y 112LA 1PZYA 2FBBA 1GB6A 1L71A 3N9EA 1SX7A 4NWHA 5KJ9A 3HDEA 3HT9A 1GF7A 1L18A 1IR9A 1O23A 4K5YA 1C69A 1L59A 1RCMA 1IP5A 2XBRA 3J6KA 4EKRA 1CJ8A 3QE8A 4TTDA 1L51A 1L28A 4DKLA 2EQLA 1LOZA 1GF4A 1IEEA 1BB4A 258LA 2B75A 1CUQA 2A7DA 4DD0A 1D2YA 142LA 1OQMA 4M6DA 110LA 2IHLA 236LA 1D0MA 2RBNA 1GB3A 1LCNA 4ARQB 1GFEA 5KXOA 1ZYTA 1XFPL 4J1BA 1LYYA 3WULA 3HUQA 3ULRA 1L83A 3NYAA 1L12A 1QT3A 2Z6BA 1D3JA 4KL7A 4N0JA 1GB5A 1OWYA 5KXXA 1YL0X 2HUKA 5APFA 1LSEA 214LA 2NTGA 5C6LA 1BB7A 1VDQA 4B1AA 1G0JA 1IOSA 1G06A 1QTVA 1QDTA 1SX2A 1EPYA 253LA 4N1CC 4S0WA 1GB8A 4G4CA 3DN8A 1G7IC 3C8RA 1CX7A 3N9AA 5LVKA 1VDPA 4NSJA 4LYMA 4I7MA 1LZGA 4WM5A 1REMA 3ZVQB 1V7TA 4ARLA 1I20A 1JKAA 2HUMA 4OWAA 1OWZA 1L96A 1C64A 1SWYA 1QTEA 5LYTA 4BAFA 2BQCA 1LLHA 1C65A 1V7SA 2RBQA 3HTDA 3PBLA 1QTCA 207LA 1KS3A 2MEBA 3WUNA 3WYHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 113L A;  1OVJ A;  2BQJ A;  3HBE X;  1ZVH L;  3F8V A;  196L A;  5KKJ A;  4HP0 A;  3DNA A;  4TSC A;  1C6F A;  1LSN A;  1CV3 A;  226L A;  1XEK A;  109L A;  4ARP A;  3V2W A;  1CKD A;  1REX A;  220L A;  2HEB A;  5B1F A;  1L32 A;  1C60 A;  1P2C C;  5LAF A;  1LSF A;  1OV7 A;  4BS7 A;  1CTW A;  4IJ4 A;  3WUM A;  3M3U A;  3P4Z A;  4UWV A;  1LMA A;  3SP3 A;  162L A;  1IC7 Y;  4M4O A;  1UAC Y;  4OOO A;  4I7N A;  1T8F A;  3GUJ A;  3W6A A;  3A8Z A;  131L A;  1HEN A;  1L73 A;  149L A;  1AT6 A;  1L94 A;  1P64 A;  1YQV Y;  1LYG A;  3AGG G;  4R6C A;  1C08 C;  2LC9 A;  4ETC A;  5KXW A;  5DL9 A;  1RFP A;  4ZEE A;  5B59 A;  4OWE A;  2B6W A;  4OW1 A;  4QDN A;  2RBS A;  1BVK C;  2I6Z A;  4HTK A;  5HNC A;  240L A;  1L64 A;  4TWS A;  1LZT A;  1DKK A;  3L2X A;  5F81 A;  1WVU A;  4N9R A;  223L A;  4I7Q A;  1FKV A;  4XJB A;  1LYJ A;  3LN2 A;  1OUB A;  2W1M A;  4HV2 A;  5DLA A;  4HJZ A;  3DMX A;  4WM4 A;  1L66 A;  161L A;  1PQO A;  1QTZ A;  1B5V A;  2HED A;  1P56 A;  4I7L A;  1HFX A;  1GWD A;  4RW2 A;  1L82 A;  1GE0 A; 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