144LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMIQQKRWDELAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTWRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 144lA00
1L16A 177LA 1C6IA 2RBRA 4I7SA 183LA 1L63A 2OU0X 1SX7A 2RBPA 1L01A 1C6PA 197LA 195LA 5LZMA 1L09A 1T97A 5I14A 3PDSA 175LA 3L64A 227LA 1P5CA 200LA 240LA 3GULA 1C6BA 2Q9EA 1QS9A 1C6FA 1L04A 1L68A 162LA 1LYGA 3JR6A 205LA 1QSBA 1L95A 1L31A 214LA 1L45A 1L80A 1XEPA 104LA 1OVHA 1C69A 2RAZX 1L19A 1P2LA 189LA 2RB0X 1C6KA 1L74A 221LA 4YXCA 3SBBC 1ZWNA 1L49A 3HTDA 188LA 1L58A 155LA 1L64A 261LA 1L79A 199LA 157LA 156LA 2OE7X 2B75A 4I7QA 248LA 138LA 192LA 1L11A 3DN0A 3GUJA 186LA 173LA 1L61A 3HT9A 3CDRA 1L07A 1QUHA 1G1WA 147LA 226LA 1PQDA 2Q9DA 3C82A 108LA 137LA 3DN8A 1PQMA 3C83A 4E97A 1CV1A 1C6MA 4ARLA 1LI6A 3F8VA 3F9LA 171LA 1L12A 166LA 1L44A 2OU8A 1L20A 242LA 1OVKA 1L33A 180LA 1LW9A 213LA 239LA 4PK0A 1LYHA 1L86A 1D2YA 1L36A 4EKSA 3G3VA 3HDEA 3G3XA 1L51A 4ARQB 1L40A 1P7SA 224LA 187LA 1L15A 1L72A 1L10A 209LA 128LA 4DKLA 142LA 1TLAA 3GUNA 1T8GA 4I7JA 4EPIA 215LA 1L28A 4W53A 259LA 246LA 211LA 1C62A 2O7AA 1LYFA 3GUKA 1CU5A 238LA 2HULA 3HT6A 247LA 223LA 4EKPA 255LA 3SB9A 2F32A 2A4TA 1SX2A 1DYEA 1C6AA 1L08A 4I7LA 4EKRA 237LA 1L57A 1ZYTA 2LC9A 1QSQA 164LA 103LA 1P6YA 3PBLA 1L69A 1P2RA 1L50A 196LA 1L32A 4EPFA 1QTZA 1QUDA 3SB5A 1DYGA 1DYAA 2F47A 250LA 1OWZA 1JTMA 1ZURA 252LA 6LZMA 1DYDA 1SSYA 181LA 2HUMA 1KW5A 3L2XA 1QT3A 4ARJA 3DN3A 3C7YA 1LPYA 3OE9A 1LWGA 3D4SA 2NTHA 1L38A 1T8AA 2LCBA 3HTBA 2RBSA 1L05A 3GUOA 3HH6A 3CDQA 114LA 1QT7A 2RBOA 3NYAA 1JQUA 218LA 4W52A 1C6LA 2B6ZA 1P36A 3HUAA 3OE6A 1P37A 1L02A 1L43A 3DN2A 4I7NA 1G06A 1G0PA 216LA 3VW7A 1L29A 3C7ZA 1CUQA 1C6TA 1L26A 1C66A 3DN6A 1L54A 2RH1A 2B6XA 1P3NA 2RAYX 4DJHA 152LA 2HUKA 126LA 1L83A 2L78A 1L0KA 1L82A 1KS3A 4LZMA 4I7TA 1G0JA 1L24A 1LYJA 236LA 4IAPA 1LYDA 1LGUA 2ANVA 1C6QA 1K28A 3NY8A 1C63A 158LA 115LA 1KY1A 1P64A 1D2WA 1L99A 1SSWA 3SB7A 3EMLA 168LA 1C64A 1L76A 1L85A 2Z6BA 1D3MA 256LA 1L17A 2QARC 1OV5A 1NHBA 2LZMA 1L27A 2B7XA 3RUNA 129LA 1L47A 1L0JA 1PQJA 1L18A 206LA 1QS5A 1L81A 1L00A 1QT5A 1CVKA 1L23A 1LGWA 1QTBA 1L96A 4OO9A 4ARMA 1T6HA 3HH5A 4W51A 2B6TA 1OWYA 190LA 1C6NA 102LA 185LA 131LA 4S0WA 1L13A 1KW7A 1L14A 210LA 3GUIA 144LA 1LI2A 3SB6A 1D9WA 149LA 1L22A 243LA 3SBAA 253LA 4ARPA 1PQOA 3DN1A 1C6GA 3C80A 1QT4A 1QTVA 3CDOA 2RBQA 1L46A 1L94A 225LA 3HT7A 1L37A 228LA 4W56A 1L70A 1EPYA 251LA 1CV5A 159LA 3DMXA 1C6JA 1C6HA 3DMVA 220LA 3HDFA 191LA 1C60A 1C68A 3HU8A 161LA 1C6CA 2B6YA 4LDOA 1L60A 4I7PA 3FADA 1JTNA 212LA 3CDTA 4GRVA 244LA 3SB8A 1G0QA 222LA 146LA 1D3NA 3K2RA 3OE8A 1L21A 1G0GA 3G3WA 234LA 4PJZA 3OE0A 4YX7C 3HUQA 231LA 2IGCA 4ARQA 7LZMA 1L42A 4LDEA 1DYCA 233LA 2CUUA 3DMZA 119LA 1L25A 1L91A 1QTHA 1CTWA 1QUGA 1SWZA 3HH4A 1XJTA 1L34A 241LA 232LA 249LA 4I7OA 1QT8A 198LA 1LLHA 1L55A 1L39A 160LA 3DN4A 1WTHA 4DAJA 1KY0A 170LA 1L62A 1XJUA 120LA 110LA 1L97A 1P56A 1L98A 127LA 1OVJA 163LA 4AQNA 4W54A 4ZPUA 174LA 1L87A 1CU2A 1L77A 1L73A 254LA 4I7RA 1L66A 172LA 1DYBA 1OV7A 2B72A 1LWKA 1I6SA 130LA 145LA 1CU3A 1C61A 141LA 1PQIA 3HU9A 113LA 178LA 4ARMB 1CV4A 3HUKA 1B6IA 4EKQA 1G07A 1L88A 3GUMA 176LA 1CUPA 2OTZX 1QT6A 140LA 3HH3A 3ODUA 125LA 1D3JA 2RB1X 2RB2X 258LA 148LE 182LA 230LA 3UONA 3FA0A 3NY9A 112LA 2O4WA 3C8QA 1CU6A 118LA 1CV6A 1L48A 1P46A 2QB0B 3C81A 4EXMA 4LDLA 109LA 2OTYX 4W58A 1LYEA 1C6DA 3GUPA 4I7MA 1L03A 2OE9X 4I7KA 1C65A 3FI5A 1QUOA 1CX6A 150LA 2F2QA 139LA 167LA 2B6WA 3V2WA 165LA 1L65A 1L75A 3C8SA 1C6EA 1L89A 1L71A 1LI3A 4EJ4A 4W59A 235LA 3SN6R 1L52A 1CX7A 4GBRB 2OE4X 2RBNA 3V2YA 1L93A 1L90A 1L92A 1L41A 3HTGA 2NTGA 3C7WA 4W55A 201LA 217LA 1L67A 3HWLA 3DKEX 1PQKA 1QTCA 1L35A 260LA 1QTDA 1L84A 2O79A 1G0LA 229LA 245LA 1G0KA 1LYIA 1CV3A 1CU0A 1T8FA 1KNIA 1G1VA 3C8RA 2OEAX 2B73A 3LZMA 1OYUA 1CV0A 2B74A 3QAKA 107LA 4YXAC 3HT8A 3HTFA 3DNAA 1DYFA 169LA 219LA 1L56A 3CDVA 1L53A 1C67A 143LA 4W57A 2B70A 123LA 2OU9A 1SWYA 262LA 2ANXA 1L59A 1L06A 257LA 3RZEA 122LA 1L30A 151LA 4K5YA 1D3FA 1LGXA 111LA 184LA 1G0MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YAPA 4I7SA 183LA 2RBPA 4N5RA 1RE2A 4NGWA 1JTPL 135LA 5I14A 3PDSA 3L64A 1JJ1A 1LZ8A 1GD6A 1L04A 1L68A 1LYGA 3JR6A 1MLCE 4OW1A 3A95A 4NHTA 214LA 2I6ZA 104LA 1OVHA 2HEEA 1P2LA 5LVGA 189LA 4YXCA 5B07A 1LYZA 3SBBC 4HPIA 1B5UA 1IP7A 157LA 156LA 4I7QA 1IC5Y 1SLYA 3GUJA 186LA 154LA 1QUHA 1KIQC 4G9SA 1GFKA 1PQDA 1IP6A 5C6JA 3VWOA 1BB6A 3C83A 1CV1A 4ARLA 1CJ8A 1REXA 4WLDA 242LA 1LYHA 5LINA 2ZWBA 1L36A 4OWCA 4WLTA 3G3VA 1XGPC 2BQKA 4NGKA 1CJ6A 4B4IA 1CKGA 3AB6A 1IR7A 1WQQA 224LA 1LMNA 3LYMA 1AZFA 5ILCA 3P68A 1C10A 1LYFA 1CU5A 4LZTA 4WM4A 1B7PA 3WW6A 1AM7A 1DXJA 4O34A 5B59A 1JTTL 5LVJA 1GE0A 4NSIA 1DYEA 3W6DA 4I7LA 1N4FA 208LA 1ZYTA 1OUJA 1TDYA 4UWUA 1P6YA 3WULA 1J1OY 4EPFA 3SB5A 2F47A 4M4OA 1IOQA 3HBEX 250LA 1HMLA 1ZURA 6LZMA 1HEMA 1KW5A 4ARJA 3C7YA 5FELA 3ATNA 132LA 1LYYA 3B0IA 1LZSA 3AYQA 1LHIA 1C7PA 2Z2EA 2RBSA 1L05A 3GUOA 4DD0A 1QT7A 4MSTA 1WQPA 1KIRC 1VDQA 218LA 4WMGA 3OE6A 1YKYX 4H8YA 4NGYA 3W6EA 1L29A 4ML7A 1L26A 1L54A 2RH1A 3ZEKA 1LZDA 2HUKA 4IATA 2L78A 1L0KA 1GF3A 1L82A 1RI8B 1GDWA 1GF8A 3G3BB 1KS3A 2Z12A 2ZQ4A 4I7TA 1G0JA 5I4YA 3NY8A 5KXRA 1C63A 158LA 1P64A 4H91A 4HTQA 1KXXA 3N9EA 3RNXA 1L99A 2AUBA 4DDAA 3SB7A 1IC7Y 1L76A 1LPIA 4WLXA 2BQDA 2QARC 5KXSA 1NHBA 5JENB 3RUNA 1IOCA 3B0KA 4D9ZA 1NQIA 1QT5A 4EMNA 3AGHA 4OO9A 4ARMA 1IP5A 1T6HA 3RZ4A 1LSNA 1UC0A 1OWYA 102LA 185LA 1L13A 2ZYPA 1KW7A 1L14A 1CKCA 3AW6A 1C46A 4LYZA 4TUNA 2XTHA 4FJRA 4XYYA 1PQOA 5KXNA 1C6GA 4DD7A 1EL1A 1QT4A 3CDOA 4WM5A 2F4AA 1EPYA 1CV5A 1BWJA 2BQBA 2BQEA 2ZNWY 4NHPA 3T36A 1C6CA 2XJWA 1BWHA 4I7PA 3FADA 3TMUA 2FBDA 1YILA 212LA 4GRVA 1B7LA 1D3NA 3OE8A 3K2RA 1L21A 5K7OA 1LSAA 1YANA 4I8SA 234LA 1GE4A 1LHJA 4XJIA 2XBRA 231LA 233LA 3DMZA 119LA 1L91A 1UIFA 1T3PA 2G4QA 232LA 249LA 1W6ZA 4H92A 2YBNA 3D3DA 160LA 3DN4A 4IASA 1FLUA 2LZ2A 120LA 2BAAA 3IWRA 1FN5A 4H9IA 1CU2A 1YAOA 254LA 3KAMA 1L66A 4I7RA 1DYBA 5F14A 1OV7A 3ZVQB 2I26L 1I6SA 2LHMA 2LYMA 1IORA 141LA 1RJCB 4B1AA 178LA 4EKQA 1QT6A 4DYGA 4GCEA 5A3ZA 4LFXA 258LA 148LE 230LA 5KKIA 4B0DA 112LA 1HEOA 3C8QA 118LA 4J1BA 1CJ9A 3C81A 2QB0B 1UBZA 4EXMA 4LDLA 5APDA 1LYEA 4NGIA 1C65A 2HECA 2DQHY 1D0KA 4LYMA 1CX6A 150LA 1JJ0A 3V2WA 1LKSA 3OK0A 3C8SA 1C6EA 1L89A 1I56A 5KXXA 1JKBA 4CHXA 2F2NA 4XN6A 1CX7A 4KXIA 4GBRB 3EO5A 5D5CA 2A7DA 2RBNA 1LKRA 1GF5A 1L93A 2NTGA 2BQCA 4W55A 4HV2A 207LA 4HP0A 3TXEA 1VATA 1L35A 260LA 1HERA 2HTXA 1PS5A 3LYZA 2O79A 1G0LA 229LA 4ETCA 5F16A 3C8RA 2CDSA 1GFJA 2B73A 3LZMA 1GE1A 1OUAA 5APFA 107LA 3DNAA 1LHHA 1DYFA 3TXKA 1WQRA 4NG8A 3WU9A 1C67A 4WLYA 1GEVA 1B7MA 3CQLA 2HEBA 4GCBA 2HU3A 151LA 1LZRA 111LA 4DJHA 2MEDA 2HEFA 1OUCA 2OU0X 1IWYA 1L01A 1IP4A 1C6PA 195LA 1QIOA 4RDSA 4H9HA 2H5ZA 4QDNA 1YIKA 5E4PA 1C08C 1HENA 240LA 3A67Y 2Q9EA 1C6FA 162LA 5KXMA 1GAYA 1FBIX 1C69A 1QUTA 2RAZX 1NHEA 4ZFPA 1L74A 221LA 1GPQC 1GBWA 4KPMA 5L3HA 1JITA 3HTDA 188LA 1IIZA 1YAMA 1L58A 155LA 1L64A 3WU8A 199LA 1J1PY 2OE7X 2B75A 3WYHA 173LA 2F4GA 1REYA 226LA 3A6BY 3TMXA 2Q9DA 3DN8A 1ALCA 1QSWA 1GB8A 1L12A 166LA 1L44A 4ET8A 1L33A 180LA 213LA 4PK0A 1L86A 4HPEA 4H9BA 3G3XA 1L51A 4P2EA 4ARQB 3A94A 187LA 3BKHA 1G7MC 1B7QA 128LA 3W6FA 4BADA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YAP A;  4I7S A;  183L A;  2RBP A;  4N5R A;  1RE2 A;  4NGW A;  1JTP L;  135L A;  5I14 A;  3PDS A;  3L64 A;  1JJ1 A;  1LZ8 A;  1GD6 A;  1L04 A;  1L68 A;  1LYG A;  3JR6 A;  1MLC E;  4OW1 A;  3A95 A;  4NHT A;  214L A;  2I6Z A;  104L A;  1OVH A;  2HEE A;  1P2L A;  5LVG A;  189L A;  4YXC A;  5B07 A;  1LYZ A;  3SBB C;  4HPI A;  1B5U A;  1IP7 A;  157L A;  156L A;  4I7Q A;  1IC5 Y;  1SLY A;  3GUJ A;  186L A;  154L A;  1QUH A;  1KIQ C;  4G9S A;  1GFK A;  1PQD A;  1IP6 A;  5C6J A;  3VWO A;  1BB6 A;  3C83 A;  1CV1 A;  4ARL A;  1CJ8 A;  1REX A;  4WLD A;  242L A;  1LYH A;  5LIN A;  2ZWB A;  1L36 A;  4OWC A;  4WLT A;  3G3V A;  1XGP C;  2BQK A;  4NGK A;  1CJ6 A;  4B4I A;  1CKG A;  3AB6 A;  1IR7 A;  1WQQ A;  224L A;  1LMN A;  3LYM A;  1AZF A;  5ILC A;  3P68 A;  1C10 A;  1LYF A;  1CU5 A;  4LZT A;  4WM4 A;  1B7P A;  3WW6 A;  1AM7 A;  1DXJ A;  4O34 A;  5B59 A;  1JTT L;  5LVJ A;  1GE0 A;  4NSI A;  1DYE A;  3W6D A;  4I7L A;  1N4F A;  208L A;  1ZYT A;  1OUJ A;  1TDY A;  4UWU A;  1P6Y A;  3WUL A;  1J1O Y;  4EPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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