144LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMIQQKRWDELAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTWRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 144lA00
1L59A 4I7QA 1CV0A 1L22A 1LYDA 1OVKA 2LZMA 254LA 1L04A 169LA 1KS3A 1L52A 1QTCA 1WTHA 126LA 3D4SA 1L69A 230LA 255LA 2B6YA 1LGWA 1L51A 3HH5A 150LA 1C6HA 1QT6A 3VW7A 256LA 122LA 1P37A 4YXCA 227LA 1T8FA 2B6TA 1L11A 1L32A 1C64A 142LA 141LA 2IGCA 2F47A 1L91A 209LA 1L40A 3HU8A 4W52A 161LA 104LA 219LA 1C6PA 3F9LA 1D3MA 1CX7A 1G1VA 1C6CA 127LA 2OTYX 3PDSA 1K28A 1L60A 1G1WA 2HUKA 1L46A 1L38A 1C62A 2OE7X 1C67A 1L67A 1G0JA 5LZMA 1PQIA 248LA 1DYAA 3HWLA 4DAJA 181LA 1L48A 1L73A 222LA 239LA 175LA 3SBAA 1L06A 1P7SA 244LA 186LA 1L21A 1C6KA 237LA 2B6ZA 1L70A 1KY0A 1QT5A 1L30A 1DYDA 4EXMA 201LA 2B7XA 1L34A 2F2QA 1L58A 180LA 2L78A 2LCBA 143LA 4YXAC 234LA 2OTZX 4PJZA 1L68A 2NTGA 200LA 1L12A 1SWYA 2RB2X 2B6XA 3DMXA 211LA 2B73A 1L20A 163LA 1QTDA 3HT7A 3GUPA 1D2WA 251LA 1CV6A 1LGXA 4ARQA 1JTNA 1C65A 2Q9DA 1PQMA 3GUIA 4AQNA 4LZMA 109LA 3SB9A 184LA 232LA 1L27A 1L90A 1QTZA 3DMVA 2CUUA 4W53A 4ARJA 1C6IA 218LA 1L17A 4I7PA 1L72A 1DYFA 3OE0A 1B6IA 1LYFA 3LZMA 1D3FA 1L08A 1C6EA 1XJTA 246LA 174LA 1L54A 3HH4A 3C81A 3DN4A 1CU3A 1L47A 1LYHA 3NYAA 3L64A 1L05A 1L23A 1LGUA 250LA 3C83A 221LA 1T97A 3G3WA 3GUNA 1LWKA 2RBQA 168LA 4W51A 4DJHA 164LA 1L37A 247LA 2B72A 3NY8A 241LA 3SB5A 1G0QA 210LA 3RUNA 3GUKA 2B70A 172LA 212LA 4DKLA 4YX7C 128LA 1QTVA 2RH1A 1L01A 1C60A 1LI3A 2O7AA 1LYGA 196LA 2LC9A 3NY9A 2O79A 1L95A 1L56A 1XJUA 4GRVA 1L99A 3UONA 1CUPA 3HDEA 1NHBA 1JQUA 243LA 1L76A 3DN8A 157LA 1QTBA 1G0MA 4W55A 260LA 3DKEX 225LA 3C8QA 3V2YA 1L64A 1P6YA 1KY1A 206LA 3HDFA 2B75A 3G3XA 1CTWA 1QTHA 1L75A 1L29A 242LA 224LA 1C68A 1L74A 2A4TA 1CU0A 183LA 149LA 4I7KA 189LA 1L36A 166LA 177LA 235LA 2OU8A 1T6HA 2RBSA 1L86A 4EKPA 2ANVA 2NTHA 1OVHA 2QARC 1CV3A 4I7SA 4OO9A 1L55A 4PK0A 229LA 171LA 259LA 4ARQB 1LW9A 103LA 1CU6A 1SSWA 1KW7A 3DNAA 1T8GA 1CUQA 1QT8A 2RBOA 1L88A 3CDVA 1CV5A 1L61A 2RB0X 115LA 1L25A 1L41A 4EKSA 257LA 1L19A 1L92A 1OVJA 4E97A 4W59A 3GUJA 4ZPUA 1DYBA 4ARMB 1L02A 1OWYA 3OE8A 1L49A 2RBPA 107LA 1L97A 261LA 3C7YA 3HTFA 148LE 151LA 4LDEA 3HUKA 192LA 198LA 4EPFA 1QUDA 262LA 2B74A 4K5YA 1LYJA 1L26A 140LA 3FI5A 4EKRA 2B6WA 1L0JA 1L98A 226LA 4S0WA 3HT9A 1XEPA 3CDOA 1PQJA 1C6DA 4LDOA 1QS5A 1L82A 1TLAA 3HH6A 1OV7A 2HULA 1QSBA 131LA 1SSYA 111LA 3DMZA 1L03A 113LA 182LA 1PQOA 197LA 2RAZX 3FADA 213LA 1P3NA 195LA 3HH3A 3EMLA 1OV5A 236LA 1D3NA 1C6BA 3V2WA 1G07A 2O4WA 1C6GA 1L07A 2RBRA 4IAPA 1CX6A 1P2RA 2RAYX 1L57A 120LA 3CDTA 214LA 1G0GA 3GUMA 1L14A 1C6NA 6LZMA 3DN3A 1OYUA 4I7TA 1LYEA 4W54A 1D3JA 137LA 1CU5A 1L09A 1L44A 3C7WA 1SX2A 2OE9X 3CDQA 3C8SA 2OU0X 1SWZA 110LA 1D2YA 1QT3A 3GUOA 3C7ZA 3SB8A 1L87A 1DYGA 1LWGA 112LA 1QS9A 3L2XA 1G0PA 118LA 4I7JA 3HT6A 1L62A 1CU2A 156LA 216LA 228LA 167LA 3HTGA 4EKQA 2OU9A 1CVKA 123LA 130LA 3HU9A 1PQKA 1C6TA 3QAKA 4I7NA 7LZMA 159LA 3C80A 1L50A 1LI6A 4LDLA 2Z6BA 152LA 1L85A 249LA 1C61A 129LA 114LA 1L96A 1L65A 1PQDA 138LA 185LA 1KNIA 1L71A 1L31A 3DN2A 4I7MA 3SB6A 3SN6R 108LA 240LA 170LA 2HUMA 1ZWNA 191LA 199LA 1L93A 1L77A 5I14A 2ANXA 1KW5A 1C6QA 1L18A 3HTBA 2OEAX 1CV1A 3OE9A 1C63A 215LA 1JTMA 125LA 144LA 4I7RA 1L10A 238LA 1QT7A 1L00A 1QSQA 3CDRA 3DN0A 1C6FA 147LA 1T8AA 2QB0B 1L66A 162LA 2RBNA 3DN1A 1QUOA 158LA 252LA 1C6AA 1P36A 173LA 1L89A 1L28A 1P56A 1EPYA 4GBRB 178LA 1L84A 1LYIA 1P64A 1L15A 119LA 1I6SA 1L45A 2F32A 1QUGA 1LPYA 1ZURA 1P2LA 1ZYTA 3RZEA 4I7OA 4EJ4A 1L53A 1DYEA 4ARLA 102LA 1LLHA 1C6MA 3G3VA 1G06A 190LA 3F8VA 3OE6A 1C6LA 3HTDA 1DYCA 3HT8A 3K2RA 1L35A 1QT4A 146LA 1L63A 3SBBC 4W58A 3PBLA 1L24A 155LA 139LA 2Q9EA 3SB7A 1CV4A 1C69A 165LA 1G0KA 3FA0A 160LA 223LA 4ARMA 220LA 1L16A 4W56A 3DN6A 1L0KA 233LA 3C82A 1L80A 1L81A 1L43A 258LA 145LA 1LI2A 2OE4X 2RB1X 205LA 3JR6A 1OWZA 3HUQA 1L83A 4W57A 1L94A 176LA 217LA 4EPIA 3HUAA 1L13A 4I7LA 1L33A 1D9WA 4ARPA 3ODUA 3C8RA 3GULA 245LA 1P5CA 1P46A 1G0LA 1SX7A 1L79A 1L39A 231LA 1C6JA 1C66A 188LA 1QUHA 1L42A 187LA 253LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L59A 1L22A 2LZMA 254LA 5E9RA 4YEMA 1WTNA 2HECA 1LSCA 1L52A 2I25L 1WTHA 4IASA 4NG1A 4NIJA 3D4SA 3A93A 4DD0A 255LA 3WH1A 1FKQA 1OUJA 4M4OA 1HFYA 141LA 4L41A 2IGCA 5B59A 1GF4A 1CKCA 219LA 5L9JA 1QSAA 1G1VA 1IR8A 1CJ9A 3PDSA 1L60A 2HUKA 2D4KA 3LYZA 1IOTA 2XBSA 1JKDA 2OE7X 1JHLA 1LMPA 4RW2A 2FBDA 1PQIA 2YDGA 1OUGA 5DM9A 4H9AA 1B7OA 3EMSA 3HWLA 4DAJA 222LA 1F6SA 1BB3A 239LA 175LA 5A3ZA 1L06A 4LT0A 4XN6A 4W94A 186LA 2B6ZA 1KY0A 4EXMA 2DKVA 3WU9A 1L58A 1CKFA 1BVKC 2B5ZA 3A67Y 1JKBA 2OTZX 200LA 1L12A 3A91A 2RB2X 4B4EA 3GXRA 2HEEA 1HSXA 3DMXA 1L20A 1D2WA 1QUSA 208LA 1I1ZA 1C65A 2Q9DA 1PQMA 3GUIA 1YAOA 3RT5X 1KIRC 1L27A 3B72A 4LGKA 4W53A 218LA 1OUBA 1XJTA 246LA 1L54A 2FYCA 1CU3A 4NGVA 2Z2FA 3L64A 4PPOA 1LGUA 4GN5C 4D9ZA 1LWKA 2RBQA 4OWAA 2XTHA 1GF6A 1L37A 247LA 4Z98A 3NY8A 3SB5A 210LA 2BQMA 4HP0A 2B70A 4YX7C 128LA 1QTVA 2RH1A 2G4NA 1W6ZA 1B2KA 3NY9A 1JWRA 1D0KA 1IP1A 4AGAA 1L95A 3UONA 1FLUA 1NHBA 3HBDA 1JQUA 2BQEA 4Z41A 1L76A 4B4IA 1G0MA 1G7MC 4W55A 4DDBA 1GAYA 1P6YA 4GLVA 4YM8A 3OK0A 1LSNA 3CSRA 3G3XA 2GV0A 4NGJA 1QTHA 2HEAA 3ATOA 3CT1A 3WVYA 1C68A 1LHJA 4I7KA 3ATNA 1VAUA 3W6BA 4YEOA 4EKPA 2BQAA 2NTHA 1IY3A 4PK0A 4NHSA 5B1GA 1NDGC 1NBZC 3CDVA 1C10A 1L61A 5HMJA 2RB0X 5KXRA 4EKSA 1L92A 1OVJA 1GXV2 4ZPUA 4DD1A 1L02A 4CHXA 1OWYA 3WPLA 1GBOA 107LA 3C7YA 4H93A 1LSYA 4G4CA 192LA 4EPFA 4ZFPA 2I6ZA 140LA 1CNSA 4H9BA 4QY9A 226LA 2D6BA 3HT9A 4EMNA 2YSSC 5AMYA 4NSHA 1HF4A 1GB0A 2IHLA 1C6DA 4LT2A 5KXSA 1QS5A 1IP7A 1OV7A 4I8SA 1YQVY 1SSYA 3GXKA 1GF0A 4HV1A 4PRUA 1PZYA 4CFOA 3FADA 213LA 1LJIA 1P3NA 4YOPA 1IVMA 2G4QA 1OUDA 3EMLA 1C43A 4NHQA 1LJEA 5DN5A 4R0FA 1C6GA 2RBRA 4BAFA 3WXUA 4QDNA 5LINA 2RAYX 1J1XY 4NHPA 1L57A 2BQFA 1LKRA 4NGZA 1XGTC 6LZMA 4W54A 4MSTA 1XGUC 137LA 3C7WA 4RLMA 1VFBC 1SWZA 110LA 4N1CC 1D2YA 4B1AA 3C7ZA 2DQCY 5HMVA 1G7LC 1IC5Y 1QS9A 2BQGA 3L2XA 118LA 4I7JA 1C45A 1GE2A 3HT6A 1L62A 4TTDA 1NKHA 4WMGA 4UWVA 2OU9A 123LA 3A95A 1T3PA 3HU9A 1C6TA 1UIGA 3A94A 5HNLA 1IR7A 3D9AC 3G3AB 3C80A 5HNCA 1B7SA 4HPIA 1L50A 4LDLA 249LA 1QQYA 3F6ZA 1HC0A 2DQDY 138LA 1L71A 1L31A 4DD7A 1LJHA 108LA 3N9EA 3LYTA 1UUZC 3HTBA 2OEAX 9LYZA 3P66A 3AJNA 2YBNA 5ILCA 1JTMA 3WL2A 1L10A 4DD9A 2MECA 5E4PA 3CDRA 1C6FA 1P2CC 1BB5A 1EQ5A 2QB0B 3LYMA 1L66A 1UIEA 1QUOA 1C6AA 2MEAA 3P4ZA 1L89A 4NSIA 1GB6A 1L28A 3W6EA 1EPYA 1LYIA 1P64A 5F9UA 1L15A 2F32A 1IWVA 1D6PA 1LPYA 4HSFA 4HTNA 3RZEA 4I7OA 2D4JA 1L53A 1GBZA 4ARLA 1C6MA 3G3VA 154LA 1GB9A 5ILFA 5FEKA 2BQKA 1NWGA 3EO5A 1QTEA 3IJVA 3HT8A 1L35A 1QT4A 146LA 1L63A 4GCEA 3SBBC 4W58A 3PBLA 1L24A 4ANRA 5K7OA 3CT5A 1C69A 1VEDA 4GCCA 2Y8PA 4WG1A 1AT5A 5HLLA 4W56A 1LJGA 1BB7A 1VDPA 233LA 3C82A 1L80A 2H9JA 4H9IA 3EBAB 1IWZA 2BQIA 3JR6A 1LJ3A 5KXTA 3HUQA 1YKXX 1LYSA 2YBIA 217LA 1B9OA 4EPIA 1L13A 4I7LA 1D9WA 1UACY 4ARPA 3C8RA 1P46A 1IR9A 1SX7A 1L39A 3FI7A 4B4JA 1G7JC 5LA5A 1L42A 1JJ1A 1CV0A 1B5VA 1L04A 4KL7A 169LA 2X0AA 4WOAA 4CGEA 2BQBA 3G3BB 3TMUA 126LA 1WQPA 1B5ZA 3VWOA 2BQJA 5KJ9A 1LGWA 3HH5A 150LA 1XGRC 1GFGA 4ML7A 4H1PA 3VW7A 256LA 1P37A 3AZ7A 2B6TA 1L32A 1LKSA 4DYGA 1LJKA 1IWWA 209LA 1GFVA 4WLDA 2C8OA 4XJDA 3F9LA 1IP3A 4WO9A 4N5RA 3J6KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L59 A;  1L22 A;  2LZM A;  254L A;  5E9R A;  4YEM A;  1WTN A;  2HEC A;  1LSC A;  1L52 A;  2I25 L;  1WTH A;  4IAS A;  4NG1 A;  4NIJ A;  3D4S A;  3A93 A;  4DD0 A;  255L A;  3WH1 A;  1FKQ A;  1OUJ A;  4M4O A;  1HFY A;  141L A;  4L41 A;  2IGC A;  5B59 A;  1GF4 A;  1CKC A;  219L A;  5L9J A;  1QSA A;  1G1V A;  1IR8 A;  1CJ9 A;  3PDS A;  1L60 A;  2HUK A;  2D4K A;  3LYZ A;  1IOT A;  2XBS A;  1JKD A;  2OE7 X;  1JHL A;  1LMP A;  4RW2 A;  2FBD A;  1PQI A;  2YDG A;  1OUG A;  5DM9 A;  4H9A A;  1B7O A;  3EMS A;  3HWL A;  4DAJ A;  222L A;  1F6S A;  1BB3 A;  239L A;  175L A;  5A3Z A;  1L06 A;  4LT0 A;  4XN6 A;  4W94 A;  186L A;  2B6Z A;  1KY0 A;  4EXM A;  2DKV A;  3WU9 A;  1L58 A;  1CKF A;  1BVK C;  2B5Z A;  3A67 Y;  1JKB A;  2OTZ X;  200L A;  1L12 A;  3A91 A;  2RB2 X;  4B4E A;  3GXR A;  2HEE A;  1HSX A;  3DMX A;  1L20 A;  1D2W A;  1QUS A;  208L A;  1I1Z A;  1C65 A;  2Q9D A;  1PQM A;  3GUI A;  1YAO A;  3RT5 X;  1KIR C;  1L27 A;  3B72 A;  4LGK A;  4W53 A;  218L A;  1OUB A;  1XJT A;  246L A;  1L54 A;  2FYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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