145LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMIQQKRWDEWAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 145lA00
155LA 3F9LA 168LA 3HT8A 1LI3A 114LA 1CV3A 3UONA 1L16A 176LA 3CDOA 1L14A 1L93A 215LA 4EPFA 1D2YA 182LA 1JTNA 3L64A 4EXMA 1P6YA 249LA 138LA 183LA 1XEPA 2B70A 238LA 119LA 1QT6A 231LA 1L24A 3G3XA 1L41A 1L01A 1TLAA 1SX7A 1C6CA 2OE9X 1L71A 3DN0A 1L80A 3CDVA 3OE8A 1QSBA 3HT6A 1LI6A 3FADA 4IAPA 4LDLA 2ANVA 246LA 2OU0X 1C63A 1PQJA 3OE9A 1QTHA 247LA 2B74A 3HTGA 3C83A 1L46A 1L83A 243LA 160LA 1C6HA 236LA 2OTZX 1CX7A 1L00A 3PBLA 3G3WA 185LA 196LA 1T97A 2B6XA 1CU3A 1QT7A 3JR6A 1L74A 140LA 3HH6A 1LYGA 1C6EA 1QTCA 4ARLA 1QS9A 1LWGA 1PQOA 220LA 199LA 1L95A 4I7OA 1QT4A 3GULA 1L86A 180LA 3SB5A 2B72A 2QARC 104LA 1L72A 1DYDA 1CVKA 1C60A 4LDOA 189LA 3HUAA 4I7RA 1G1VA 212LA 1LLHA 1C6JA 3DN4A 206LA 174LA 1L38A 219LA 2O79A 2L78A 1T8AA 254LA 3C8QA 146LA 1G0PA 1KY1A 1L85A 162LA 2QB0B 4W54A 1L69A 1WTHA 1L47A 125LA 1L97A 6LZMA 1L48A 3C7WA 3C8RA 1DYFA 227LA 5LZMA 216LA 4W59A 1OVJA 3ODUA 1QUHA 4LZMA 165LA 2B6ZA 4I7TA 4I7PA 1C66A 113LA 1L76A 2RBSA 159LA 225LA 3PDSA 3SB8A 3HUKA 1DYCA 1L50A 3DN6A 1QSQA 1QTVA 2F32A 1QTZA 2IGCA 7LZMA 197LA 1LYJA 1C6FA 109LA 1D3NA 214LA 3SB6A 3SBAA 241LA 1G0JA 1C6IA 209LA 3HH4A 1C68A 1L75A 1SSWA 1SX2A 1L66A 1CV0A 1L0JA 261LA 1OYUA 3HDEA 1LI2A 3HDFA 3HTDA 1LYHA 1OVHA 3DKEX 1QUOA 1L49A 1C67A 5I14A 3GUNA 2RB2X 1QTDA 2B6TA 1C6MA 1DYEA 4I7KA 1L19A 149LA 1LGWA 242LA 1T8FA 200LA 3CDTA 3DN8A 130LA 1L21A 1L84A 1G1WA 164LA 4GBRB 1K28A 4E97A 137LA 228LA 129LA 2B73A 1P37A 4LDEA 3HT7A 201LA 3CDRA 1CX6A 3FA0A 259LA 4I7NA 144LA 2LCBA 230LA 1L77A 2OU8A 3HH3A 1L34A 1KS3A 1CV6A 3GUIA 1LGUA 1C6LA 1L52A 217LA 1LW9A 1LYEA 1C6KA 1L73A 111LA 118LA 166LA 3SB7A 1C64A 1L10A 4EKPA 3V2YA 1P56A 1L57A 2LC9A 2OE7X 1G0KA 3SB9A 169LA 1L98A 1JQUA 1L94A 1L56A 1L79A 1C6DA 150LA 1G0QA 1KNIA 1L51A 4ARJA 1D3MA 1C62A 1QS5A 107LA 1L59A 1L11A 2Z6BA 1CUPA 253LA 167LA 1L63A 2B6WA 1L15A 3GUJA 1L90A 255LA 1C61A 1L13A 1PQIA 1C6QA 1QT3A 3GUMA 122LA 1CUQA 2RBPA 240LA 1OV5A 3OE0A 1C6GA 175LA 3SN6R 3C7YA 1C65A 4I7LA 232LA 223LA 173LA 1C6AA 195LA 191LA 3GUPA 1ZURA 3C7ZA 1PQDA 1L04A 2OTYX 1L33A 3HU8A 177LA 4EPIA 3DN3A 163LA 1L70A 4W58A 1L45A 1ZYTA 262LA 1ZWNA 4EKRA 1LYDA 2RBQA 2O7AA 3F8VA 1L61A 1OVKA 4ARMB 2CUUA 222LA 1QT5A 3HH5A 1L36A 1L07A 148LE 1P7SA 3C8SA 110LA 2HULA 186LA 4I7QA 4EKQA 2RAZX 3C81A 4PK0A 3CDQA 3HTFA 1L29A 3NY9A 1T6HA 1KW7A 198LA 3HUQA 112LA 1G06A 1SWYA 1SSYA 4ARQB 141LA 1C6NA 1L02A 1OWYA 1C6PA 245LA 4S0WA 3D4SA 139LA 1PQMA 244LA 210LA 1CV1A 1OWZA 2OU9A 1DYGA 1CU0A 239LA 171LA 152LA 1P3NA 1L35A 1L18A 3NY8A 1C69A 1JTMA 1L26A 1DYAA 1OV7A 3C80A 1L53A 1CU6A 2O4WA 1L99A 1QTBA 2HUKA 2ANXA 170LA 3HU9A 4YXCA 145LA 2RH1A 4I7SA 1L30A 2RBRA 1KW5A 147LA 1L44A 1L65A 4OO9A 1EPYA 4YX7C 131LA 115LA 4W57A 213LA 4ZPUA 3EMLA 1P46A 1QUGA 1B6IA 1QT8A 250LA 2NTGA 161LA 1P36A 1LYIA 2RB1X 1PQKA 1G0MA 1L68A 1L58A 3DMXA 2F2QA 184LA 3QAKA 103LA 1L22A 1L88A 4W52A 2Q9EA 1D3FA 248LA 2RB0X 187LA 151LA 4W51A 260LA 1L12A 251LA 4YXAC 3DN1A 1XJTA 3GUKA 1L08A 4W53A 1CU5A 1L60A 1P5CA 1L03A 142LA 1LYFA 252LA 1L17A 1L39A 1G0LA 1L92A 3HTBA 3DMZA 221LA 3OE6A 1C6BA 1L40A 1CV4A 3DNAA 4ARMA 4EJ4A 108LA 2RBOA 3HT9A 1P2LA 157LA 1LGXA 1T8GA 1L81A 1L62A 1L42A 1CTWA 3VW7A 3SBBC 229LA 4I7JA 1D3JA 2OE4X 1C6TA 2NTHA 211LA 1L31A 1QUDA 3DMVA 3RUNA 4W55A 2RBNA 3DN2A 1G0GA 2B75A 1L55A 2F47A 3C82A 1P64A 156LA 2LZMA 127LA 4ARQA 3G3VA 1L82A 1L87A 128LA 1L67A 3FI5A 4K5YA 4ARPA 172LA 1DYBA 1L27A 2B6YA 1D2WA 1D9WA 2B7XA 3V2WA 178LA 4DAJA 1NHBA 1L89A 4I7MA 205LA 1P2RA 1L91A 1L0KA 237LA 1L32A 1L25A 1L37A 1I6SA 102LA 4AQNA 192LA 1L28A 2RAYX 3K2RA 3L2XA 4W56A 4EKSA 4DJHA 2A4TA 188LA 143LA 4GRVA 1G07A 1L23A 158LA 3NYAA 120LA 4PJZA 123LA 1XJUA 1L05A 190LA 1L43A 257LA 1CU2A 3LZMA 126LA 3GUOA 1L06A 2Q9DA 181LA 234LA 1SWZA 1L54A 226LA 235LA 1CV5A 1L96A 256LA 218LA 3RZEA 258LA 2HUMA 1L20A 1L64A 3HWLA 233LA 4DKLA 1KY0A 1L09A 1LPYA 2OEAX 1LWKA 224LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F9LA 1BGIA 1J1XY 1NF5A 3A67Y 3UONA 3W6BA 1GE4A 3L64A 1GFJA 3W6FA 1F6RA 5KXSA 2B70A 1LHMA 4RLNA 119LA 1G7HC 1L24A 4PRQA 1L41A 1L01A 2OE9X 1TCYA 5ILFA 1L71A 3B6LA 1L80A 1LZEA 3FADA 4H9AA 2ANVA 2OU0X 3AZ6A 4H94A 5B07A 3C83A 1L83A 243LA 2MEIA 2OTZX 1L00A 3PBLA 1WVVA 2G4PA 196LA 4BS7A 4NGYA 1L95A 1QT4A 3GULA 1VDQA 180LA 3SB5A 5HMVA 4QDNA 104LA 3CQLA 1L72A 4QGZA 1C60A 4ETEA 3HUAA 1UACY 2YDGA 3DN4A 1L38A 4Z41A 4G9SA 1T8AA 1UIGA 1KIRC 1L85A 2QB0B 1IWXA 1L69A 1TBYA 4J0LA 1HFXA 2Y8PA 3C7WA 4N9RA 4GCDA 2LYOA 1VAUA 4W59A 1OVJA 4GN5C 1HEPA 4WM3A 5KXXA 1N4FA 1IOSA 5LA8A 4ANRA 113LA 1L76A 159LA 2D91A 3SB8A 1LZ9A 2HEBA 3BKHA 4HSFA 1DZBX 1LYJA 2CWIA 1LZTA 5F9XA 3IWRA 3HH4A 2EIZC 3HDEA 2D6BA 1OVHA 3DKEX 4GCCA 1C67A 3D9AC 4HV2A 2B6TA 3P65A 149LA 4LT0A 130LA 1L21A 1L84A 164LA 4E97A 1D9UA 2HU3A 1L77A 2OU8A 3HH3A 1L34A 4CFPA 5C6LA 3ZEKA 1CV6A 1YKXX 4H90A 2YVBA 1C6LA 1LSCA 4N8ZA 5HNCA 4WO6A 1JJ0A 111LA 1NBYC 1LKSA 4B1AA 3V2YA 2Z19A 1P56A 2OE7X 4FDYA 169LA 1LJIA 1OUDA 2DQCY 4NGLA 5F81A 4ARJA 1D3MA 4W96A 1QS5A 2DQIY 1L59A 1L11A 1GEVA 5HMJA 2BQDA 167LA 1L63A 1BB7A 2MEAA 1IOCA 1HMKA 1GE0A 3OJPA 4NY5A 255LA 1E8LA 1LOZA 2BAAA 2HECA 1IOQA 1XEJA 4NGJA 2ZQ3A 1HNLA 1LZGA 1UUZC 240LA 1GB5A 3OE0A 175LA 1C65A 1RCMA 4I7LA 4CHXA 8LYZA 1GAZA 1IP4A 195LA 5DM9A 1YROA 1PQDA 1L04A 4G4BA 3HU8A 3ZVQA 3TXFA 3J4GA 1L45A 1VEDA 2W1LA 3F8VA 1QUTA 1GBXA 2HEDA 4QEQA 1L36A 1L07A 1NWGA 1G7IC 4H93A 2I25L 2HULA 186LA 133LA 4EKQA 1OQMA 1FLWA 2W1YA 4PK0A 3WXUA 1GFKA 1NMMA 1KW7A 4G4CA 3HUQA 4LT2A 1OUBA 1C6NA 1JTOL 1XEIA 3AYQA 1A2YC 4DQJA 4XYYA 1HSXA 2LYZA 2OU9A 3TMVA 1CU0A 171LA 4NWHA 5I53A 1L53A 1CU6A 1IVMA 4HJZA 1LSFA 4ZIXA 2HUKA 2ANXA 3HU9A 4YXCA 145LA 1UCOA 1KW5A 3HBEX 1L65A 4YX7C 131LA 5B1FA 4DD0A 2Z2FA 1JPOA 2EKSC 3WU8A 4B4JA 2ZNWY 1LJFA 1A4VA 1G7MC 1QT8A 2MEFA 3AGGG 2IHLA 4NGOA 4YF2A 1LYIA 2RB1X 1WTMA 1LJ3A 4NG1A 4ZFPA 3WUNA 3WPJA 4G49A 1IR8A 4W52A 1D3FA 248LA 1GFEA 1XGUC 1L12A 2BQKA 3A94A 3DN1A 4WO9A 2LZTA 5C6JA 142LA 1LMTA 1LYFA 252LA 3B0KA 3DMZA 1CV4A 1O23A 2RBOA 3VW7A 1C6TA 3DMVA 1IIZA 1IWTA 4OWAA 4W55A 3TXEA 3DN2A 2B75A 1L55A 2F47A 1BVKC 3P68A 2LZMA 1TEWA 4K5YA 3LYMA 4Z46A 1D2WA 5DN5A 1D9WA 3TXIA 1NHBA 205LA 1CJ7A 1GAYA 1L0KA 1LZYA 4BAFA 1LHKA 1L32A 1QTKA 4TSBA 1I6SA 5DL9A 3GXRA 3RZ4A 2EQLA 2FBBA 4W56A 3W6CA 4EKSA 1B5XA 3LHMA 2FBDA 5F9UA 1GFUA 4CGEA 1L23A 3NYAA 5B06A 1CKDA 1B5UA 2C8PA 1DKKA 1PZYA 1GBWA 1WQNA 4KL7A 1L06A 1IC7Y 1L54A 1CV5A 1QDTA 2BQEA 4NSJA 1LZ5A 3AGIA 1LMQA 1GDWA 3RZEA 4NG8A 2HUMA 5II3A 3HWLA 4DKLA 1GBZA 4LYZA 2OEAX 1GXXA 1JTTL 1AM7A 1IOTA 155LA 168LA 2BQBA 3HT8A 3LYOA 1LZ6A 114LA 1CV3A 4XJHA 4M4OA 4DD2A 2YBIA 215LA 4H9EA 4EXMA 1D2YA 1DPWA 1JTNA 1VDTA 1LSBA 1P6YA 1SQ2L 1B2KA 2F4AA 249LA 4H9BA 4XJFA 3EO5A 183LA 1XEPA 1JITA 238LA 194LA 3IJUA 4HTNA 1NQIA 2ZWBA 3G3XA 3A90A 1UBZA 1SX7A 2BQOA 1GB3A 3CDVA 5B1GA 1LI6A 4IAPA 2IFFY 1IWUA 1P2CC 3K3TA 4NHIA 1FN5A 1PQJA 3B0OA 1QTHA 3EMSA 1B7NA 1B7OA 1GBSA 247LA 4OOOA 4XJGA 1C6HA 236LA 3G3WA 1T97A 4OWHA 1FDLY 1LZRA 2ZYPA 140LA 3WU7A 1YL0X 4I7OA 1HENA 2B72A 2QARC 4N1EI 1DYDA 1LMNA 3T36A 3AZ4A 212LA 3CSZA 1C6JA 174LA 1GF3A 219LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F9L A;  1BGI A;  1J1X Y;  1NF5 A;  3A67 Y;  3UON A;  3W6B A;  1GE4 A;  3L64 A;  1GFJ A;  3W6F A;  1F6R A;  5KXS A;  2B70 A;  1LHM A;  4RLN A;  119L A;  1G7H C;  1L24 A;  4PRQ A;  1L41 A;  1L01 A;  2OE9 X;  1TCY A;  5ILF A;  1L71 A;  3B6L A;  1L80 A;  1LZE A;  3FAD A;  4H9A A;  2ANV A;  2OU0 X;  3AZ6 A;  4H94 A;  5B07 A;  3C83 A;  1L83 A;  243L A;  2MEI A;  2OTZ X;  1L00 A;  3PBL A;  1WVV A;  2G4P A;  196L A;  4BS7 A;  4NGY A;  1L95 A;  1QT4 A;  3GUL A;  1VDQ A;  180L A;  3SB5 A;  5HMV A;  4QDN A;  104L A;  3CQL A;  1L72 A;  4QGZ A;  1C60 A;  4ETE A;  3HUA A;  1UAC Y;  2YDG A;  3DN4 A;  1L38 A;  4Z41 A;  4G9S A;  1T8A A;  1UIG A;  1KIR C;  1L85 A;  2QB0 B;  1IWX A;  1L69 A;  1TBY A;  4J0L A;  1HFX A;  2Y8P A;  3C7W A;  4N9R A;  4GCD A;  2LYO A;  1VAU A;  4W59 A;  1OVJ A;  4GN5 C;  1HEP A;  4WM3 A;  5KXX A;  1N4F A;  1IOS A;  5LA8 A;  4ANR A;  113L A;  1L76 A;  159L A;  2D91 A;  3SB8 A;  1LZ9 A;  2HEB A;  3BKH A;  4HSF A;  1DZB X;  1LYJ A;  2CWI A;  1LZT A;  5F9X A;  3IWR A;  3HH4 A;  2EIZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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