145LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMIQQKRWDEWAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 145lA00
4ARPA 1SX7A 171LA 3HH4A 1PQIA 1L0JA 139LA 2ANVA 1QTZA 1L92A 1QUHA 1ZYTA 2L78A 2OE4X 1SWYA 1T6HA 3C80A 192LA 1CU2A 211LA 3JR6A 3G3XA 196LA 3GUOA 2OU8A 1L11A 3C8QA 1L01A 1LYGA 3NY8A 1XJTA 3DN8A 1L61A 1L95A 6LZMA 201LA 1OVJA 2B6YA 220LA 2F47A 1QTBA 1XEPA 1LW9A 1P36A 4EKSA 2Q9DA 1ZURA 107LA 4I7RA 230LA 3C7ZA 2RBSA 3RZEA 120LA 113LA 166LA 259LA 3HH5A 3DMXA 175LA 262LA 108LA 1LGWA 170LA 3GUJA 1L53A 187LA 2F32A 1T97A 1L38A 1PQKA 1T8FA 129LA 1L87A 5LZMA 2A4TA 4W55A 2OU0X 152LA 1L81A 212LA 1CV6A 1L58A 164LA 198LA 3HT9A 3C83A 2B72A 3UONA 1ZWNA 1NHBA 2HUMA 177LA 1C6NA 2O79A 3HU9A 3C7WA 1L86A 1D9WA 247LA 251LA 241LA 3DNAA 3HTGA 197LA 1L99A 3HTDA 4OO9A 3DN1A 165LA 1L62A 1G0JA 5I14A 1T8AA 1L49A 3PDSA 2B6WA 167LA 186LA 1QT4A 3RUNA 1G0LA 4K5YA 245LA 178LA 1D3FA 3EMLA 1LGUA 148LE 1C67A 1L94A 1LPYA 2B74A 2OE9X 1L89A 3OE6A 1P3NA 1L41A 1QS9A 1LI6A 2B6XA 4I7KA 3HUAA 1L17A 123LA 4ARJA 1CV4A 1L51A 1L04A 225LA 111LA 2RBPA 4GRVA 1C69A 4ZPUA 1G0QA 3OE0A 4YXCA 1C6IA 1SSWA 4ARMA 4W59A 2QB0B 1L43A 2Z6BA 1C6QA 127LA 2HULA 1L10A 255LA 1CV1A 1QT8A 1L69A 243LA 2RB1X 242LA 180LA 3DMZA 1L33A 1L54A 1L45A 1C6AA 1QT3A 1L29A 249LA 182LA 1JTNA 4ARMB 221LA 1L70A 4I7QA 125LA 1L36A 1CTWA 1QT5A 238LA 3CDVA 2B75A 4PK0A 1LLHA 1C6FA 4I7LA 114LA 1LGXA 1K28A 3HTBA 1P5CA 3C7YA 1L23A 1C62A 1L50A 213LA 1KY1A 3GULA 104LA 2Q9EA 2IGCA 1DYBA 1LYFA 4I7MA 189LA 3V2WA 1CVKA 1OWZA 1L03A 1SX2A 2CUUA 232LA 4LZMA 1L25A 2RAYX 3SB9A 1L72A 217LA 1L31A 1L63A 158LA 4W52A 1CV5A 1L93A 1LYHA 150LA 4W56A 228LA 3GUNA 4EPFA 2B70A 4LDEA 1L34A 122LA 1PQMA 235LA 3DN3A 1L20A 1L26A 2RBOA 2RBRA 1G0MA 1DYGA 3C81A 1CU6A 4W51A 1D2WA 1D3NA 1LYEA 1KW5A 3OE8A 4I7JA 206LA 1L18A 191LA 1QS5A 260LA 4S0WA 3OE9A 1P46A 1D3MA 1D3JA 162LA 1L96A 1L52A 1P64A 159LA 1P2RA 4EKRA 3F8VA 183LA 2O7AA 3DMVA 256LA 244LA 258LA 149LA 169LA 1L24A 7LZMA 227LA 1QTDA 1LWGA 1DYAA 1P7SA 1L35A 1G0KA 2OTYX 1P56A 1DYCA 1P6YA 4I7SA 1L56A 257LA 4LDLA 1CX7A 4E97A 210LA 1L76A 214LA 3G3VA 141LA 1L97A 3SB8A 1KS3A 1G0GA 1L91A 3G3WA 1OV7A 4EXMA 195LA 181LA 1DYEA 1C6MA 209LA 185LA 4W58A 1XJUA 3HWLA 4PJZA 1G07A 3ODUA 1CU5A 1QT6A 4GBRB 1L66A 1L68A 1C63A 2OU9A 1L85A 2HUKA 3SBBC 4EKQA 3QAKA 1L06A 3L64A 1CUPA 2RB0X 223LA 1SSYA 4W54A 224LA 2NTGA 250LA 161LA 1L83A 131LA 1QT7A 3FA0A 1EPYA 115LA 3HUQA 4W53A 4W57A 1L60A 205LA 1C6JA 3DN4A 3D4SA 1KW7A 112LA 3DKEX 237LA 1QUOA 119LA 1L82A 1C6KA 248LA 3V2YA 2OE7X 246LA 1L21A 3SB5A 1L07A 3GUIA 1C68A 3HTFA 1L74A 1L44A 1TLAA 3DN6A 1JTMA 3HT6A 3HT7A 1L22A 1G06A 1L59A 1LWKA 4I7PA 1D2YA 3SBAA 3LZMA 3SN6R 4EJ4A 3NYAA 229LA 3GUKA 4ARLA 3CDTA 1CV0A 240LA 4I7OA 218LA 1L28A 109LA 215LA 157LA 4DAJA 1L19A 234LA 3PBLA 1CV3A 2RB2X 1L05A 1L0KA 1L84A 172LA 184LA 1T8GA 2B73A 103LA 239LA 2F2QA 4I7NA 1C61A 1KY0A 236LA 252LA 1L32A 1L46A 1PQDA 1I6SA 1L15A 1C6GA 2O4WA 233LA 1L47A 190LA 4DKLA 2B7XA 3VW7A 4YX7C 128LA 1C6BA 1C6TA 144LA 1L48A 1C6EA 200LA 1L55A 2QARC 3HH6A 176LA 1L39A 1L30A 1L71A 1L90A 231LA 1L73A 216LA 1C6LA 3FADA 1QSQA 1L98A 145LA 1L67A 1G1VA 254LA 1L14A 2ANXA 102LA 142LA 1C65A 1L13A 1PQOA 1WTHA 3CDQA 1B6IA 1CX6A 1C64A 1P37A 118LA 1L77A 130LA 156LA 1QTVA 1L42A 1OV5A 199LA 1LYDA 1C6DA 1OVHA 3HT8A 3SB6A 4I7TA 1DYDA 1JQUA 1L08A 155LA 1G1WA 1LI3A 1P2LA 1CU3A 2B6TA 2LZMA 3DN0A 4EPIA 147LA 3GUPA 3HDEA 1OYUA 222LA 219LA 3HU8A 2LC9A 1L37A 1QTHA 3HUKA 1QSBA 3CDOA 3NY9A 1QUGA 160LA 126LA 1OVKA 3C82A 3L2XA 1C60A 3CDRA 1LI2A 4DJHA 3FI5A 1OWYA 1L02A 2LCBA 1L00A 146LA 1L09A 1LYIA 1L40A 3SB7A 173LA 3HDFA 2OEAX 1LYJA 3HH3A 2B6ZA 1L16A 137LA 1L57A 1L80A 226LA 4ARQA 188LA 151LA 1PQJA 1C66A 1CUQA 3DN2A 1L75A 1SWZA 2RBNA 4LDOA 2RAZX 253LA 1KNIA 1L65A 1L27A 1G0PA 4EKPA 1L64A 2RBQA 3GUMA 4AQNA 1CU0A 1DYFA 2OTZX 3C8RA 1L12A 4ARQB 1L79A 2RH1A 3F9LA 4IAPA 3K2RA 163LA 174LA 2NTHA 261LA 1L88A 168LA 1C6CA 4YXAC 138LA 1QTCA 110LA 1QUDA 3C8SA 140LA 1C6HA 143LA 1C6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
171LA 3HH4A 2BQCA 2ANVA 3WPJA 1ZYTA 4N0JA 2OE4X 1T6HA 192LA 4GN4A 1CU2A 201LA 1XEPA 4WG7A 3GXRA 1UIBA 2I25L 1PS5A 1TCYA 2BQMA 4J1BA 4TTDA 4H9FA 4I7RA 4NGIA 3C7ZA 2RBSA 3RZEA 2DQFC 4E3UA 1FKQA 175LA 1IWYA 4XJGA 5LXWA 170LA 3TMVA 2F32A 1B7QA 4BAPA 4DQ7A 4B0DA 4DD0A 4OWEA 2A4TA 4KPMA 1B5XA 1A2YC 4XJDA 1L81A 1LMPA 9LYZA 1NBZC 164LA 3UONA 1D6QA 2A7DA 2HUMA 3A3QA 2O79A 3HU9A 4NGJA 1L86A 2XBSA 1V7SA 251LA 3DNAA 3MGWA 4ZIXA 4ZFPA 134LA 4OO9A 1IO5A 2B6WA 167LA 1F10A 1EQ4A 4K5YA 245LA 4XJIA 1LHMA 148LE 1L94A 1F6RA 4NGYA 5KXSA 3A6BY 1LI6A 2B6XA 1CV4A 225LA 2RBPA 4ZPUA 4YXCA 1C69A 1NQIA 3WULA 3WW6A 1SSWA 1XGRC 4G9SA 1L10A 255LA 1UIEA 1LTMA 1HEWA 3RU5A 1D0KA 242LA 5B59A 1N4FA 2DQGY 193LA 1L33A 1NWGA 3K3TA 1JTNA 3ULRA 4ARMB 1IWTA 2DQCY 1QT5A 1CTWA 1I1ZA 1GB0A 3AB6A 4KXIA 8LYZA 3B72A 4NHTA 3D9AC 1C6FA 4I7LA 1LGXA 1K28A 1GBXA 3C7YA 5LVHA 2HTXA 1L50A 4G4BA 1VAUA 4ETDA 3GULA 2Q9EA 1LHJA 4NGKA 1T3PA 1LMQA 3KAMA 5KXLA 1L31A 1L63A 3RW8A 4W52A 1LJ4A 4ETEA 6LYTA 1BGIA 4W56A 2YBLA 4EPFA 4LDEA 122LA 2C8OA 2RBRA 1G0MA 4W51A 1LZEA 1WQPA 3OE8A 4LGKA 1QS5A 260LA 4S0WA 2CGIA 1L52A 2BQEA 244LA 2GV0A 5A3EA 4R6CA 2W1LA 1QTDA 1DYAA 3AZ7A 1V7TA 1P7SA 1P56A 4M6DA 1L56A 3HBEX 4LDLA 1CX7A 4E97A 214LA 1L76A 4BS7A 141LA 1LSCA 1JHLA 3SB8A 1L91A 1G0GA 1NMMA 1ZV5L 3ZVQB 4W94A 3TXJA 1QDTA 1REXA 4PJZA 135LA 3QY4A 3LYZA 1C63A 2XTHA 4EKQA 1JTPL 4NGOA 1LZ8A 1CUPA 3F6ZA 2NTGA 2ZIJA 207LA 1IY3A 3P66A 131LA 1QT7A 1GE3A 5E4PA 4N1EI 4W57A 3LZ2A 4XJHA 2MECA 1LOZA 1JKCA 112LA 3DKEX 1GAZA 1LZCA 1GXXA 1IC7Y 3V2YA 2OE7X 5EBHA 3EBAB 5I4XA 1L21A 4CGEA 1B5WA 1L07A 1C68A 3QNGA 4I7PA 1UACY 4H9BA 3SN6R 1DKKA 3GXKA 7LYZA 1JIYA 1GBZA 4ARLA 3CDTA 1LSFA 1GB7A 1CV0A 1IP2A 157LA 1GE0A 1JKDA 234LA 4NG8A 1CV3A 1IC4Y 1YAMA 1L84A 1T8GA 5LINA 1W6ZA 4H94A 236LA 2Z38A 4OOTA 4UWUA 4LYTA 1LZ4A 1L46A 2HEDA 1KXXA 1GE4A 1O23A 1C6GA 4HTNA 1UIAA 2B7XA 1B5YA 1GFEA 1ALCA 1LYZA 5LVGA 2QARC 1LZ9A 1L90A 2YSSC 216LA 1J1PY 1NHEA 1W08A 4NY5A 254LA 1L14A 4NG1A 2BQBA 1CKDA 4WM4A 2LHMA 1LYDA 1OVHA 3SB6A 1DYDA 1P2LA 1G1WA 2LZMA 2A7FA 1JEFA 1QTHA 3HUKA 1MLCE 160LA 126LA 4N1CC 3L2XA 1C60A 1LHLA 4DJHA 1L02A 1L00A 4WO9A 2D91A 3WVXA 5FSTA 1LYJA 2B6ZA 4Z98A 3AW6A 1B2KA 226LA 4ARQA 4XN6A 2BQHA 1RCMA 4LYBA 5LIOA 1LZNA 3WU8A 2RAZX 1GEZA 253LA 1IOSA 2YBJA 4OOOA 1KNIA 5II3A 5KXRA 1GHLA 2PC2A 1QUTA 3T36A 4H9AA 2RH1A 3F9LA 1LYSA 3K2RA 5ILFA 2FYDA 1G7IC 1UIDA 4H8ZA 1GB5A 4ET8A 1YAQA 4NWEA 1OUCA 1SX7A 4I0CA 1PQIA 1L0JA 1QTZA 1JJ0A 1WQOA 3EO5A 5LVKA 4Z3MA 4RLNA 1GB9A 3AGGG 2ZYCA 4DDCA 1LZAA 3JR6A 4KL7A 3AGHA 3G3XA 2N5ZA 1VFBC 1UCOA 3B0OA 1LYGA 1KIPC 1L95A 4DD1A 2W1XA 1OVJA 1QTBA 5KXTA 1SLYA 1QTEA 5HLLA 4DQJA 2DBTA 230LA 4DDBA 120LA 113LA 2D4IA 259LA 2BQKA 3HH5A 3DMXA 4H8YA 262LA 108LA 2MEDA 1LGWA 187LA 1B5UA 5KXMA 5APFA 129LA 2HEAA 1L87A 5LZMA 3TXDA 4W55A 1IWWA 1B5ZA 1IWUA 1JPOA 152LA 1CV6A 1XGTC 2DQJY 198LA 1ZWNA 5HNCA 1C6NA 1GFKA 4RW2A 1LJEA 1SQ2L 4XJFA 1WVUA 2HU3A 3A3RX 5K7OA 5I14A 1T8AA 1YL1X 1VDPA 2W1MA 1QUSA 1I56A 1G0LA 1JWRA 1OUJA 1YKZX 3EMLA 4CFPA 1L41A 1LZSA 3WXTA 1H87A 4I7KA 1HFXA 1CJ8A 5C6IA 194LA 1L51A 4EMNA 4XENA 1G0QA 3J4GA 4XYYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 171L A;  3HH4 A;  2BQC A;  2ANV A;  3WPJ A;  1ZYT A;  4N0J A;  2OE4 X;  1T6H A;  192L A;  4GN4 A;  1CU2 A;  201L A;  1XEP A;  4WG7 A;  3GXR A;  1UIB A;  2I25 L;  1PS5 A;  1TCY A;  2BQM A;  4J1B A;  4TTD A;  4H9F A;  4I7R A;  4NGI A;  3C7Z A;  2RBS A;  3RZE A;  2DQF C;  4E3U A;  1FKQ A;  175L A;  1IWY A;  4XJG A;  5LXW A;  170L A;  3TMV A;  2F32 A;  1B7Q A;  4BAP A;  4DQ7 A;  4B0D A;  4DD0 A;  4OWE A;  2A4T A;  4KPM A;  1B5X A;  1A2Y C;  4XJD A;  1L81 A;  1LMP A;  9LYZ A;  1NBZ C;  164L A;  3UON A;  1D6Q A;  2A7D A;  2HUM A;  3A3Q A;  2O79 A;  3HU9 A;  4NGJ A;  1L86 A;  2XBS A;  1V7S A;  251L A;  3DNA A;  3MGW A;  4ZIX A;  4ZFP A;  134L A;  4OO9 A;  1IO5 A;  2B6W A;  167L A;  1F10 A;  1EQ4 A;  4K5Y A;  245L A;  4XJI A;  1LHM A;  148L E;  1L94 A;  1F6R A;  4NGY A;  5KXS A;  3A6B Y;  1LI6 A;  2B6X A;  1CV4 A;  225L A;  2RBP A;  4ZPU A;  4YXC A;  1C69 A;  1NQI A;  3WUL A;  3WW6 A;  1SSW A;  1XGR C;  4G9S A;  1L10 A;  255L A;  1UIE A;  1LTM A;  1HEW A;  3RU5 A;  1D0K A;  242L A;  5B59 A;  1N4F A; 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