147LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNVAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 147lA00
1LYEA 245LA 1L75A 2ANVA 1ZYTA 1L39A 1G0PA 1L50A 1L04A 1L26A 1L70A 1LGWA 1QUHA 205LA 1OVHA 1P7SA 1L05A 1L35A 1P3NA 236LA 1P2LA 1CU5A 3PBLA 5I14A 2F47A 4DAJA 1L12A 189LA 3CDOA 1K28A 1LYJA 1QTCA 1L01A 1L60A 186LA 1L22A 4EPFA 1L19A 4PK0A 4W51A 1L43A 1T8FA 1OV7A 123LA 216LA 3SB9A 1G0QA 192LA 103LA 1G0GA 1L03A 1LYDA 251LA 1L47A 4IAPA 1L40A 2RB2X 4I7PA 1CU6A 217LA 2LZMA 4EXMA 3G3WA 3SB6A 1G0KA 1L93A 2F32A 2OTYX 147LA 149LA 1CU0A 2B74A 3QAKA 2B6TA 1C6PA 1L34A 1L96A 4EKPA 3C83A 3RZEA 4K5YA 1L84A 2RB0X 1L57A 1L76A 3C7ZA 3GUPA 145LA 241LA 3C81A 3OE9A 3HUQA 142LA 1CX6A 1QSQA 4DJHA 1C6JA 1P2RA 3HH5A 4I7RA 3DN6A 175LA 235LA 3C7WA 3HUKA 4GRVA 1L95A 4YX7C 1CUPA 160LA 2B73A 1LI6A 4I7KA 165LA 4ARLA 131LA 246LA 234LA 187LA 3HT9A 4E97A 2OTZX 157LA 1L20A 201LA 1LWKA 2B70A 2B6XA 1QTDA 2CUUA 183LA 1C62A 1LPYA 2OU0X 170LA 4OO9A 1G06A 3HU9A 3C8QA 1CTWA 4ARPA 4PJZA 1QT3A 1C6TA 1L73A 1L69A 1CV4A 238LA 177LA 2NTHA 1SSWA 188LA 2Q9EA 210LA 1QUDA 4EKSA 159LA 1L29A 151LA 1C6LA 3DMVA 252LA 3SN6R 3D4SA 1L09A 2RAZX 3DN0A 107LA 1C6BA 1L18A 1P56A 1SSYA 1G0JA 6LZMA 4ARMA 239LA 174LA 1L65A 181LA 4W54A 3F9LA 3HTFA 3HT6A 1CU3A 1D3JA 1T8AA 1B6IA 3DMXA 3HDFA 1JTNA 3PDSA 176LA 1SWZA 169LA 4ARQB 1L46A 1LYGA 120LA 1L49A 3DN1A 1L02A 1PQJA 3GUJA 1L10A 233LA 3SB7A 2Z6BA 4I7JA 1L36A 4LDOA 4I7MA 1T6HA 129LA 1XEPA 2OE4X 3HUAA 1DYBA 1EPYA 143LA 1G1WA 3OE0A 1D3NA 1L90A 2LC9A 4W56A 1QT6A 1PQOA 1DYAA 2L78A 1L53A 3SB5A 1LYHA 212LA 1G0MA 2RAYX 1LW9A 1D2WA 3DN2A 1L97A 1QT5A 108LA 1L79A 1L32A 4EKQA 172LA 1SX7A 1L48A 1L23A 4YXAC 1LWGA 4EPIA 1CV3A 1L30A 1KW7A 1L15A 1L98A 1L58A 228LA 3HDEA 1L89A 4I7QA 1DYDA 1P36A 1OV5A 1LLHA 3NYAA 158LA 184LA 1WTHA 227LA 4W53A 3NY8A 1TLAA 1QSBA 2B7XA 1D2YA 3CDTA 1L99A 4YXCA 1QT7A 1L64A 213LA 150LA 190LA 114LA 1ZURA 1L86A 2QB0B 4GBRB 4I7SA 1L42A 3G3VA 1D9WA 1L55A 1P5CA 247LA 1C61A 257LA 164LA 4ARJA 2RBNA 1L81A 1L92A 1P37A 2B72A 3HT7A 1L56A 1D3FA 146LA 1L67A 1L24A 1L21A 1QTZA 1LGUA 163LA 240LA 1CX7A 1CV0A 1C6FA 148LE 3DMZA 168LA 1L63A 3C7YA 3DN3A 3GUKA 2O4WA 259LA 1G07A 1C6IA 1QUOA 7LZMA 254LA 140LA 220LA 3GULA 3GUNA 253LA 1CUQA 1L13A 1LGXA 237LA 1D3MA 1L54A 156LA 248LA 3OE6A 4ARQA 3RUNA 112LA 1CU2A 2IGCA 1QT8A 2OEAX 2OE7X 1L08A 125LA 1L94A 1T8GA 3LZMA 104LA 1OWZA 110LA 1C6NA 226LA 1L77A 1LI3A 260LA 1G0LA 191LA 1QUGA 152LA 1L72A 2LCBA 1QS9A 3V2WA 1L17A 3HH6A 1LI2A 4LZMA 1L83A 1DYEA 3OE8A 4EJ4A 1L66A 209LA 1NHBA 162LA 3HH4A 1LYFA 1JTMA 222LA 1P46A 255LA 223LA 2ANXA 3SB8A 1L28A 1PQIA 1L41A 1L31A 261LA 3FA0A 1CV6A 1L74A 1KW5A 1QTHA 1C6DA 3G3XA 197LA 2B75A 1C66A 1L62A 128LA 3FI5A 1OWYA 3DN4A 4ZPUA 138LA 1QTVA 2OU8A 115LA 1C6GA 198LA 1C69A 1L68A 3SBAA 4W57A 1L14A 3HTGA 1C6EA 1L44A 2OE9X 1C6MA 225LA 3V2YA 2OU9A 4S0WA 1XJTA 3HT8A 1DYCA 137LA 231LA 3VW7A 2RBQA 3C8RA 1CV5A 1C65A 2RBRA 214LA 1T97A 1PQMA 1P6YA 1L0JA 199LA 130LA 4ARMB 173LA 1KS3A 182LA 1L88A 1L52A 1CVKA 1L07A 3F8VA 4EKRA 1L91A 171LA 1OVJA 1JQUA 1OYUA 218LA 1KNIA 1QT4A 3DNAA 3K2RA 1SWYA 1XJUA 141LA 102LA 2HUMA 256LA 3NY9A 1L71A 1L00A 206LA 250LA 2HULA 3HH3A 3HTBA 3GUOA 127LA 2QARC 109LA 3EMLA 2RBOA 3CDRA 1QS5A 113LA 4W59A 242LA 1C60A 232LA 3GUIA 4W52A 178LA 1C6CA 215LA 1L37A 2Q9DA 1C6AA 1G1VA 1P64A 224LA 4I7OA 1KY0A 200LA 139LA 3DN8A 221LA 1L06A 1C6KA 1L59A 119LA 1LYIA 219LA 155LA 2B6WA 1OVKA 2F2QA 249LA 2A4TA 196LA 166LA 2O79A 3C8SA 1DYGA 1C63A 2RH1A 3HU8A 1SX2A 1L25A 1L38A 1KY1A 244LA 1C6HA 3JR6A 1L27A 3DKEX 3FADA 3ODUA 1L16A 1C6QA 195LA 1C67A 161LA 1L51A 2B6YA 4LDEA 1C68A 2O7AA 229LA 3CDVA 1DYFA 4AQNA 167LA 3HTDA 3CDQA 1L33A 180LA 243LA 3C80A 262LA 1L0KA 230LA 4LDLA 4W55A 118LA 2B6ZA 4W58A 1C64A 1L80A 3HWLA 1PQDA 1CV1A 3L64A 1L45A 1L82A 111LA 1I6SA 126LA 3GUMA 1PQKA 3C82A 258LA 122LA 1L11A 2RB1X 1ZWNA 2NTGA 2RBPA 4I7NA 144LA 4I7LA 2RBSA 2HUKA 1L87A 3SBBC 1L85A 185LA 1QTBA 211LA 4I7TA 4DKLA 5LZMA 3UONA 1L61A 3L2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HC0A 245LA 1LZNA 1G0PA 3A91A 1LGWA 1QUHA 205LA 1GHLA 236LA 3ZEKA 5LYTA 5I14A 4GCCA 4ETDA 189LA 1AT5A 1GBXA 1D0MA 1L22A 5KXXA 2YBLA 1L19A 4KT3A 1LSYA 3RW8A 1L43A 4DD0A 3EO5A 123LA 4RW2A 3SB9A 4QGZA 3ATOA 3D9AC 1LYDA 251LA 1UIBA 1L47A 4IAPA 2BQMA 2RB2X 4I7PA 1CU6A 2LZMA 3G3WA 4OWAA 5APFA 1WVVA 5I5QA 2F32A 4XJGA 2DBTA 2B74A 4BAPA 3QAKA 1HFYA 1JWRA 4AXTA 1L34A 4EKPA 3C83A 1B7MA 1L57A 1L76A 2FBDA 2Z2EA 1VDSA 1D0KA 3OE9A 1EQ5A 1FKQA 1QSWA 6LYZA 2Y8PA 1HSWA 235LA 1GF8A 1FLYA 5HNLA 4YX7C 3AW7A 1LI6A 1D6PA 131LA 1LSBA 1CKHA 1EL1A 1HMKA 1C62A 5FDJA 5F9UA 1YILA 4OO9A 1G06A 3QY4A 4PJZA 1BWHA 1L69A 2C8PA 4NHIA 4OWHA 1SSWA 188LA 1G7IC 2Q9EA 1QDTA 4WLYA 252LA 1V7TA 4WM1A 1L09A 2D6BA 1JIYA 1L18A 1G0JA 1B7PA 239LA 3A67Y 1CU3A 1D3JA 2G4QA 3PDSA 2W1LA 1LJFA 1UIGA 1IC7Y 4NG1A 4TSCA 1LHHA 129LA 1XEPA 1XGQC 3AB6A 1LSMA 4NG8A 143LA 1T3PA 1B5ZA 1G1WA 1KIPC 4W56A 1QT6A 1CJ9A 3LYOA 212LA 5IDDA 1HENA 2AUBA 4FDYA 1CJ6A 2LYOA 1L32A 3TXHA 3ULRA 4EKQA 4XN6A 172LA 4CJ2A 5DL9A 5LYMA 5JENB 1WQPA 2EQLA 1LWGA 1KW7A 1B5YA 1L58A 3A6BY 4H94A 1L89A 1WQQA 1OV5A 5KXTA 4W53A 3P68A 1D2YA 190LA 4ML7A 1ZURA 4I7SA 1FLUA 3G3VA 1P5CA 1N4FA 4ARJA 4XJHA 1IR8A 1IO5A 3WW5A 1L92A 2B72A 5LAGA 1D3FA 3LZ2A 1L21A 2CWIA 3CT5A 163LA 1CX7A 1CV0A 1GB5A 1C6FA 2ZYPA 3DMZA 168LA 1L63A 3C7YA 3GUKA 2O4WA 1QUOA 7LZMA 2B5ZA 4QEQA 254LA 1BVKC 1CUQA 4W94A 1FLWA 1IORA 237LA 248LA 2F30A 1LKSA 2FYCA 2OE7X 5LINA 4D9ZA 3IJUA 4XJBA 4WM3A 4H9IA 2X0AA 1L77A 1LZSA 5I4XA 3V2WA 5B05A 1NQIA 4PGJB 1BGIA 1GB0A 4H9HA 1VATA 1B5VA 4EJ4A 209LA 1DQJC 4LYZA 5KXWA 4NGVA 4G4HA 1NBYC 3A95A 4PPOA 1L31A 4NEBA 4NWEA 1GXXA 1WQNA 3TMVA 2BQIA 4H9FA 4B1AA 197LA 135LA 5FSTA 4HTNA 1LYSA 4ZPUA 138LA 115LA 1LKRA 1C69A 3A3RX 1IWWA 1L14A 1C6EA 1LZCA 3TXFA 1IWVA 1JJ3A 1GBZA 4NGZA 1XJTA 1C46A 1IR9A 5DLAA 137LA 1LZYA 3C8RA 3G3BB 1C65A 4WM2A 5EBHA 2Q0MX 1LJNA 214LA 1HEQA 5ILCA 1L0JA 1REYA 4ARMB 5M1YA 1B7OA 5KKIA 5E4PA 1L07A 1YAMA 1L91A 1LJHA 2HEAA 4DDCA 1OVJA 1IR7A 1JQUA 218LA 3N9CA 3DNAA 4HV2A 2D4JA 141LA 1WQOA 3WXTA 2MEFA 2Z2FA 2HULA 3EMLA 3CDRA 2DQJY 1LMPA 3WUAA 4W59A 232LA 3A90A 4HV1A 178LA 1C6AA 1IY4A 4ETEA 4LYMA 1KY0A 139LA 5DN4A 1L59A 2F2NA 1CJ7A 155LA 2B6WA 3OK0A 2A4TA 166LA 3C8SA 2RH1A 4HJYA 2H9JA 1SX2A 1L25A 4GN4A 3WH1A 1INUA 1C6HA 1HF4A 4WL7A 4B4JA 1C67A 5HMJA 161LA 1L51A 1P2CC 2XTHA 1GFGA 3CQLA 2YDGA 3CDQA 180LA 4NGJA 5LVHA 3GXRA 4H93A 230LA 4LDLA 4MR1A 4W55A 1RCMA 118LA 2B6ZA 4W58A 1PQDA 1HEPA 1REZA 1L45A 1L82A 1C10A 1I6SA 3C82A 4Z41A 2RB1X 4UWUA 1LZ8A 1W08A 1YANA 1HHLA 2RBPA 2RBSA 4WO9A 3A93A 4ETAA 2Z19A 4I7TA 1OUIA 1LYEA 1ZYTA 1WVUA 1L26A 1OUAA 1L70A 1OVHA 1AKIA 1P7SA 1L05A 1P3NA 5KXYA 2BQKA 3PBLA 2F47A 4DAJA 1L12A 1O23A 1K28A 5II3A 1LMTA 1LMQA 1REMA 1L01A 1OUCA 1UICA 3WPLA 4PK0A 5B1GA 2MEGA 6LYTA 192LA 1UIAA 1L03A 3CSZA 1CJ8A 3WYHA 4N1CC 1YL0X 1BWIA 3A94A 217LA 5KXMA 4Z46A 4YF2A 1ZVYB 1L93A 4OOOA 2MEHA 2OTYX 3WULA 147LA 1C6PA 1GE1A 1UIDA 4K5YA 2XQOA 1L84A 3WL2A 4LYOA 1OUBA 1B5UA 1LZ6A 2W1MA 4TUNA 5I4YA 145LA 1YKZX 1LOZA 142LA 2YBNA 1JHLA 1GEVA 3IWRA 3LYTA 1P2RA 3DN6A 3C7WA 1PZYA 5F16A 1QSAA 2BLXA 1UC0A 160LA 4WMGA 165LA 2LZTA 234LA 3KAMA 1L20A 201LA 2B6XA 1QTDA 2HECA 183LA 2FBBA 1LPYA 1CTWA 1GAZA 4IJ4A 4IASA 2ZILA 4DWXA 4QY9A 210LA 4NY5A 151LA 3DMVA 5C6JA 1C7PA 3A8ZA 1IWYA 4UWVA 107LA 1P56A 1GE3A 1L65A 3AGHA 3TMUA 1DKKA 2HEDA 1LMAA 3DMXA 1B6IA 3HDFA 4EOFA 4Z3MA 1LJ4A 1XEJA 176LA 1LYGA 1JTOL 4NSIA 5F81A 1L49A 3DN1A 1L02A 1PQJA 1L10A 233LA 3A34A 4LDOA 2FYDA 4ET9A 4UWNA 3AJNA 3HFMY 3BKVA 1BQLY 4J7VA 1DYBA 4HSFA 1UCOA 3OE0A 3EXDA 3TXGA 2EPEA 1IC4Y 1LJEA 4QDNA 4M4OA 1L53A 3SB5A 3BKHA 4C5FA 1L97A 1QT5A 1GB6A 1JEFA 1V7SA 4YM8A 4LT2A 2MEIA 1L48A 4YXAC 1ZV5L 3WU7A 4CGEA 1L30A 4TSBA 1QTKA 4WO6A 4B4EA 2DQIY 4NHTA 4I7QA 1DYDA 1LZ4A 2YVBA 1LLHA 158LA 2ZWBA 4MSTA 227LA 3QNGA 4DDBA 1OUGA 2HUBA 1L99A 4YXCA 213LA 1RE2A 2QB0B 1L42A 1XGUC 1C61A 208LA 4J1AA 4TTDA 1LSNA 2RBNA 1P37A 4EMNA 2BLYA 1QTZA 2HU3A 1CNSA 3TMWA 4G4BA 4NSGA 1NWGA 133LA 259LA 1C6IA 1GBWA 3GULA 3GUNA 4R0FA 1BB7A 1LGXA 3CSRA 1L54A 156LA 2HEBA 1LCNA 3RUNA 112LA 5KXOA 3TXJA 5A3ZA 1L08A 4GN5C 125LA 1L94A 1GBOA 4BS7A 3FI7A 110LA 226LA 1DXJA 1LI3A 260LA 191LA 1QUGA 2BQHA 2LCBA 4LT3A 1L17A 1WQRA 4H8ZA 2D4IA 1RJCB 1JKCA 4MCKA 5LVGA 4NGYA 222LA 1PQIA 1VDQA 1L41A 3B0KA 3FA0A 4N5RA 1IP5A 1CV6A 1L74A 1JPOA 3DN4A 1QTVA 1TEWA 1VFBC 5DN5A 1GAYA 1C6GA 1RI8B 1L68A 4OOTA 3SBAA 4CHXA 1LSCA 1IP1A 3B72A 4H92A 1GFUA 1LZAA 4PRQA 3WVXA 4S0WA 5KKJA 4I8SA 1OUDA 1DYCA 3VW7A 231LA 2MEAA 5DM9A 2RBQA 1QDRA 4H9CA 3WU9A 3J6KA 199LA 2LZ2A 130LA 5D5FA 1KS3A 1WTNA 3WPJA 3WUMA 1L52A 1DI5A 4EKRA 2ZNWY 1LSPA 1IC5Y 207LA 1FDLY 1CKFA 1KNIA 3AYQA 3K2RA 2CGIA 1SWYA 1XJUA 4H9EA 1LJGA 2HEEA 2HUMA 256LA 1LZ1A 2H9KA 3VWOA 1L71A 1QTEA 1LZTA 4NGIA 250LA 3HH3A 127LA 1GE0A 1QS5A 242LA 1C60A 3GUIA 2DQDY 2Q9DA 4I7OA 4WOAA 5B07A 3AZ4A 219LA 1LYIA 2MEEA 4J0LA 1AZFA 1BWJA 1OVKA 2F2QA 4DD9A 2A7DA 2BQEA 1YROA 3HU8A 1JKDA 132LA 5L3IA 1L27A 3DKEX 1LYZA 1L16A 1GFEA 1QQYA 195LA 4NFVA 4LDEA 2ZYCA 153LA 2HEFA 1TBYA 229LA 1BB4A 5B59A 1H87A 1L33A 1ALCA 3C80A 1B0DA 2EIZC 1HFXA 1JISA 1IWZA 3CT0A 2D4KA 1WQMA 111LA 4G49A 4OWCA 3P65A 1GB9A 3GUMA 3SP3A 122LA 3CT1A 1ZWNA 4WM6A 1UACY 1LMNA 2HUKA 4TWSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HC0 A;  245L A;  1LZN A;  1G0P A;  3A91 A;  1LGW A;  1QUH A;  205L A;  1GHL A;  236L A;  3ZEK A;  5LYT A;  5I14 A;  4GCC A;  4ETD A;  189L A;  1AT5 A;  1GBX A;  1D0M A;  1L22 A;  5KXX A;  2YBL A;  1L19 A;  4KT3 A;  1LSY A;  3RW8 A;  1L43 A;  4DD0 A;  3EO5 A;  123L A;  4RW2 A;  3SB9 A;  4QGZ A;  3ATO A;  3D9A C;  1LYD A;  251L A;  1UIB A;  1L47 A;  4IAP A;  2BQM A;  2RB2 X;  4I7P A;  1CU6 A;  2LZM A;  3G3W A;  4OWA A;  5APF A;  1WVV A;  5I5Q A;  2F32 A;  4XJG A;  2DBT A;  2B74 A;  4BAP A;  3QAK A;  1HFY A;  1JWR A;  4AXT A;  1L34 A;  4EKP A;  3C83 A;  1B7M A;  1L57 A;  1L76 A;  2FBD A;  2Z2E A;  1VDS A;  1D0K A;  3OE9 A;  1EQ5 A;  1FKQ A;  1QSW A;  6LYZ A;  2Y8P A;  1HSW A;  235L A;  1GF8 A;  1FLY A;  5HNL A;  4YX7 C;  3AW7 A;  1LI6 A;  1D6P A;  131L A;  1LSB A;  1CKH A;  1EL1 A;  1HMK A;  1C62 A;  5FDJ A;  5F9U A;  1YIL A;  4OO9 A;  1G06 A;  3QY4 A;  4PJZ A;  1BWH A;  1L69 A;  2C8P A;  4NHI A;  4OWH A;  1SSW A;  188L A;  1G7I C;  2Q9E A;  1QDT A;  4WLY A;  252L A;  1V7T A;  4WM1 A;  1L09 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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