147LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNVAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 147lA00
178LA 144LA 2O7AA 4GRVA 1D3JA 175LA 1L48A 2O79A 2RB2X 1QTVA 222LA 3QAKA 225LA 1C67A 3SN6R 1L43A 2OTYX 181LA 1K28A 1LYFA 3FADA 3C8SA 1L70A 1PQJA 242LA 1C6NA 4ARQB 252LA 4YXAC 1L28A 255LA 119LA 4LDOA 1QS9A 217LA 1I6SA 165LA 239LA 1L86A 3NY8A 4W52A 2F2QA 3DN3A 3HT6A 118LA 3ODUA 3OE0A 1SWZA 3GUPA 1L77A 4AQNA 1L34A 4EKRA 4W59A 4ARMB 249LA 3GUIA 1KW5A 1T8FA 1L30A 1L98A 2Q9EA 1LLHA 2QB0B 3HT8A 4EJ4A 3F9LA 1OWYA 1G0GA 1LYJA 1C60A 1PQDA 1L31A 1L99A 4YX7C 183LA 1ZYTA 5I14A 2CUUA 107LA 1L52A 4LDEA 1LWGA 173LA 1QUOA 1L90A 1L63A 170LA 3GULA 227LA 1CU0A 1C6JA 2RH1A 120LA 3DN1A 3VW7A 1PQKA 1L18A 256LA 257LA 1DYDA 131LA 2O4WA 2B6TA 1C6AA 4I7LA 145LA 4OO9A 4EPIA 6LZMA 4I7SA 1QTDA 126LA 1L57A 1SX2A 2OE7X 3V2YA 4S0WA 244LA 4W58A 1DYFA 3SB6A 4PK0A 3L2XA 1L46A 3NYAA 110LA 1CU6A 1KNIA 125LA 1JTNA 2Q9DA 142LA 1L08A 1JQUA 216LA 2NTGA 139LA 1C69A 2RBQA 2RBSA 1L17A 2LCBA 3DN2A 1C6TA 3HWLA 3PDSA 1G1WA 1L10A 1PQOA 1L65A 1P5CA 169LA 1LYIA 2RAZX 1DYCA 1L39A 4ARPA 1L51A 1L05A 223LA 1CU2A 3F8VA 1C6FA 3DKEX 172LA 1P36A 2Z6BA 1C63A 1L89A 3G3VA 1C65A 192LA 1QSBA 184LA 167LA 1L19A 176LA 1DYEA 2HUMA 3HTDA 180LA 3FI5A 108LA 1L93A 1C66A 1T8GA 233LA 2B6XA 236LA 1L24A 1EPYA 3GUJA 1QUDA 1QSQA 1CV6A 212LA 1QT4A 1L67A 1T97A 1L84A 1QTHA 1KY0A 3LZMA 150LA 3GUKA 168LA 2RAYX 229LA 198LA 160LA 211LA 1L60A 1L55A 1L75A 4ZPUA 3HTGA 4W57A 237LA 1XJUA 147LA 1L49A 1WTHA 4I7MA 1L23A 4I7RA 1G0KA 1P3NA 130LA 1CV5A 1L85A 1PQIA 1XEPA 1OVJA 4EKPA 4GBRB 1CV0A 1CV3A 4EPFA 3OE6A 4E97A 1L69A 2HULA 188LA 4IAPA 1L01A 1L0KA 149LA 1QT3A 2B6YA 213LA 1LGWA 2OU9A 3CDRA 1CV4A 1CTWA 201LA 219LA 1LWKA 232LA 2OEAX 1CX7A 1CVKA 4W56A 182LA 2LC9A 3DMZA 3DMXA 1D3MA 1L44A 4DKLA 1OYUA 3HU9A 253LA 158LA 2RB1X 1L87A 1L64A 1L14A 243LA 104LA 1LGXA 3C83A 4W54A 1C6PA 109LA 138LA 1G0LA 140LA 1L09A 3RZEA 4W53A 3C8RA 2B75A 226LA 1G0QA 1G07A 1T8AA 3HU8A 143LA 1L88A 3SB8A 2B7XA 3C82A 221LA 1SSWA 247LA 191LA 1L96A 4I7OA 2LZMA 1SWYA 199LA 1L95A 1L04A 1L72A 4LDLA 1L56A 185LA 2B73A 1L11A 3V2WA 1DYBA 146LA 1L68A 228LA 1QUHA 3DN4A 3FA0A 163LA 3C8QA 157LA 1L36A 2HUKA 3D4SA 3G3XA 115LA 1L21A 1L54A 1L83A 1OVHA 2B70A 1D2WA 1L58A 206LA 3CDOA 3PBLA 4I7NA 4K5YA 2IGCA 1G0MA 1C6IA 3C7ZA 1QT7A 1ZWNA 161LA 218LA 4EKSA 1KS3A 1QTCA 3HTFA 1TLAA 1QTBA 113LA 3HUKA 235LA 1L03A 3SB9A 3OE8A 3C80A 1G06A 156LA 159LA 1C64A 1L59A 4I7QA 3CDQA 1DYAA 1L61A 1LYDA 1C62A 3HDFA 127LA 1L97A 1L41A 238LA 1L32A 1C6KA 1B6IA 1P7SA 4EXMA 1L94A 1SSYA 162LA 3GUMA 3HH3A 3C7WA 1G0JA 4ARJA 1L42A 248LA 3UONA 3RUNA 1C6EA 240LA 251LA 1KY1A 7LZMA 231LA 1LPYA 1C6BA 196LA 1CU3A 3CDVA 220LA 1L50A 137LA 123LA 1SX7A 3DNAA 2OU0X 164LA 1L47A 1L53A 1LGUA 2NTHA 1C6CA 1LYEA 1L92A 2RBPA 122LA 189LA 230LA 103LA 1L35A 1L45A 1L07A 3HUAA 2OU8A 4EKQA 1L33A 3DMVA 2F47A 1KW7A 1G0PA 2B6ZA 1P64A 200LA 1P6YA 3HT7A 2RBRA 1C6HA 186LA 214LA 1QUGA 1QS5A 1OV5A 1L40A 155LA 1C6LA 234LA 261LA 111LA 1L79A 1L74A 114LA 1L06A 1QT6A 1C68A 2B6WA 3DN0A 1PQMA 1P56A 148LE 262LA 3HUQA 2F32A 197LA 1L76A 5LZMA 1OWZA 2B74A 3HT9A 1D3NA 3L64A 1L20A 260LA 3HH6A 4W55A 129LA 3GUOA 3DN6A 4I7KA 141LA 2RB0X 1C6QA 3K2RA 1CU5A 254LA 1L12A 1LI6A 215LA 174LA 2ANVA 1L16A 1L29A 1OV7A 1C6DA 1L02A 1D9WA 1L91A 3DN8A 1LI3A 1QT8A 1L71A 1LYGA 166LA 259LA 2RBOA 1CUPA 1L15A 1LYHA 1L62A 258LA 195LA 2OE9X 1CX6A 4ARLA 3CDTA 1JTMA 3C81A 1P2LA 4DAJA 1P37A 3GUNA 2L78A 1L25A 4I7JA 250LA 2ANXA 171LA 1L66A 2RBNA 1L81A 3C7YA 1T6HA 1LW9A 3SBBC 1L37A 1D2YA 3SB7A 1LI2A 3SBAA 128LA 112LA 1L27A 1OVKA 1XJTA 4I7TA 1C6MA 152LA 3G3WA 4ARQA 1CV1A 151LA 3JR6A 3NY9A 1DYGA 1L80A 1CUQA 3HDEA 1L82A 1QT5A 1L00A 210LA 1L73A 1L13A 2OE4X 3HTBA 1ZURA 190LA 4LZMA 3HH5A 245LA 4DJHA 4YXCA 1L0JA 1C6GA 1L38A 209LA 246LA 1D3FA 1G1VA 1P46A 1QTZA 2B72A 4W51A 2A4TA 3SB5A 3HH4A 4PJZA 102LA 1L22A 205LA 2OTZX 1NHBA 4ARMA 224LA 177LA 187LA 3EMLA 241LA 2QARC 4I7PA 1P2RA 1C61A 1L26A 3OE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IY4A 1BWIA 1B7MA 4GRVA 3TXIA 2RB2X 4KT3A 4XJIA 1CJ6A 3QAKA 5KXKA 1C67A 1MELL 4J1BA 3CB7A 2OTYX 181LA 1K28A 1JTPL 3FADA 4E3UA 5A3EA 242LA 2X0AA 5KKJA 2HECA 5LVKA 1L28A 1QS9A 1CKDA 1L86A 1B7RA 4W52A 1UIAA 3DN3A 1GBXA 4OWCA 3A8ZA 5B59A 3W6DA 1SWZA 3GUPA 4GCDA 2DQJY 1L77A 3WYHA 2FYCA 1GAZA 4ZFPA 3EXDA 1L98A 2Q9EA 2QB0B 1HF4A 1QSWA 2HTXA 1L99A 1ZYTA 1DKKA 2W1LA 2ZIKA 1QUOA 2IHLA 4M4OA 3OJPA 4WM6A 4PJ2C 4BS7A 120LA 1CKHA 1T6VL 256LA 1UCOA 5C6LA 1GB9A 1XGQC 1C6AA 4LT3A 4EPIA 4DD7A 3A6CY 4I7SA 1REMA 4NG8A 4NSHA 1NBZC 4N9RA 1LMTA 1WVUA 4PK0A 3L2XA 1JTNA 1IWXA 1LJGA 2DQFC 1JQUA 139LA 4ET8A 3IWRA 4ET9A 5F14A 5LVJA 1PQOA 4XJBA 3TMUA 4ARPA 1L51A 1L05A 2G4QA 3W6AA 2I26L 2LZ2A 1C43A 3DKEX 172LA 2DQEY 1L89A 5B1GA 1QSBA 192LA 4H91A 4OOTA 176LA 1H87A 1JTTL 1L93A 3WU7A 1KIPC 1EPYA 1HMKA 1HEMA 2BQAA 4LYOA 5LAFA 1L67A 1T97A 1QTHA 1OUGA 1YAQA 2I25L 1LHHA 1LJEA 3HTGA 1QTKA 1GBSA 1XJUA 1IIZA 1L49A 1UICA 3RW8A 4OWAA 4I7RA 1P3NA 1LJHA 3WPJA 130LA 5K7OA 1PQIA 1LCNA 1OVJA 4EOFA 4EPFA 3OE6A 1L69A 3WVYA 3AW6A 149LA 2YBLA 1HSWA 3CSQA 1LGWA 3AZ4A 1CTWA 1LWKA 1INUA 5KXTA 3RU5A 1GFUA 3DMZA 3WUAA 1UIEA 4NGOA 3DMXA 3HU9A 253LA 4I8SA 1L64A 5I53A 1PZYA 1QIOA 153LA 1G0LA 4N0JA 226LA 1G0QA 1QDRA 1IP2A 2BQEA 2Z12A 1VDTA 1REXA 1W6ZA 1LZ1A 3LYZA 1SSWA 1NDMC 4MSTA 3AGHA 1WQPA 1CKFA 1B5UA 1L72A 4LDLA 1FLWA 1LJIA 3SP3A 228LA 1REYA 1IWVA 3FA0A 2HUKA 3AYQA 3G3XA 1L21A 1OVHA 4WLDA 3WL2A 1LSPA 5F9XA 3PBLA 1NKHA 1JPOA 5LIOA 2IGCA 5LYZA 3LYMA 3VWOA 4N8ZA 1IR9A 1ZWNA 1LHJA 2ZYPA 4DDAA 113LA 1RI8B 3TMWA 1C64A 1HC0A 1B7NA 1DYAA 4DDCA 1LYDA 1VDPA 1B6IA 4RW2A 1SSYA 194LA 1XGPC 1VEDA 3GUMA 1BB4A 2HEAA 2MEAA 4ARJA 3RUNA 1ZVHL 251LA 1KY1A 7LZMA 4H90A 3A3RX 2MEDA 5KJ9A 2HUBA 1XSFA 2ZNXY 3LHMA 1N4FA 3CDVA 1JEFA 137LA 123LA 3P64A 1OP9B 3DNAA 2NTHA 1LYEA 1GDXA 1ZV5L 2RBPA 1LHMA 1XEKA 230LA 1JITA 3AZ5A 4EKQA 1L33A 4WLYA 1KW7A 4HTKA 1JWRA 2WARA 2B6ZA 1P2CC 200LA 3D9AC 4NG1A 1IP4A 1P6YA 1VDSA 4J1AA 4LT1A 1QUGA 1QS5A 1L40A 1NQIA 4X3BA 1LMPA 1LZDA 1L74A 1VDQA 1GBOA 207LA 1CNSA 133LA 1YAMA 1LSAA 1IP5A 4NWHA 1UA6Y 1B7OA 4N1CC 5FSTA 1A4VA 1L76A 5LZMA 1OWZA 3HT9A 4WM2A 4WM5A 2H9KA 1YL1X 5I5QA 129LA 4I7KA 141LA 3CT0A 4Z46A 2YSSC 3K2RA 1YILA 2ZNWY 4G4BA 1WQQA 4XJFA 1LI6A 5LVIA 1XGRC 1BQLY 1C6DA 4LFXA 3DN8A 2HU1A 259LA 5DLAA 2RBOA 195LA 1LSCA 1CX6A 4ARLA 3CDTA 4ETEA 3B0OA 1P2LA 1LSZA 1AT6A 1P37A 4GCEA 1VFBC 4GCFA 1L66A 2RBNA 3C7YA 3SBBC 1LW9A 2BQKA 5C6IA 1UIBA 3G3BB 1GE0A 3SB7A 2F4GA 2BQOA 1LI2A 2LYMA 1XJTA 1TCYA 5B1FA 1C45A 1SQ2L 3B0KA 4ARQA 4B4IA 1JKCA 1L80A 3A93A 4LYCA 1CUQA 4WL7A 4HPIA 1L13A 2OE4X 4LZMA 245LA 4ETDA 1IC7Y 1LZGA 4B4JA 1C6GA 1F0WA 2BAAA 1L38A 1D3FA 2YBHA 102LA 1NHBA 1KXWA 177LA 3EMLA 241LA 4I7PA 2BQHA 1DI3A 4H9EA 1C61A 178LA 4YOPA 2O79A 5F81A 1B7SA 1LSMA 225LA 3SN6R 4GLVA 2EQLA 4WM4A 3WU8A 5II3A 3C8SA 3E3DA 4LYBA 1C6NA 4ARQB 1YL0X 1BHZA 1LZTA 2B5ZA 4LT0A 239LA 3W6EA 3NY8A 2F2QA 3B72A 1GPQC 4B49A 4AQNA 2HEEA 4DQJA 4TWSA 4PRUA 3WU9A 5KXSA 3B0IA 249LA 4NGJA 4NHPA 1LOZA 4NSIA 5LA8A 1L30A 2BLXA 3F9LA 1LSFA 1JIYA 1C60A 4D9ZA 4YX7C 1L52A 1CU0A 3VW7A 1B0DA 2BQIA 257LA 1GAYA 3AGIA 4I7LA 145LA 1QTDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IY4 A;  1BWI A;  1B7M A;  4GRV A;  3TXI A;  2RB2 X;  4KT3 A;  4XJI A;  1CJ6 A;  3QAK A;  5KXK A;  1C67 A;  1MEL L;  4J1B A;  3CB7 A;  2OTY X;  181L A;  1K28 A;  1JTP L;  3FAD A;  4E3U A;  5A3E A;  242L A;  2X0A A;  5KKJ A;  2HEC A;  5LVK A;  1L28 A;  1QS9 A;  1CKD A;  1L86 A;  1B7R A;  4W52 A;  1UIA A;  3DN3 A;  1GBX A;  4OWC A;  3A8Z A;  5B59 A;  3W6D A;  1SWZ A;  3GUP A;  4GCD A;  2DQJ Y;  1L77 A;  3WYH A;  2FYC A;  1GAZ A;  4ZFP A;  3EXD A;  1L98 A;  2Q9E A;  2QB0 B;  1HF4 A;  1QSW A;  2HTX A;  1L99 A;  1ZYT A;  1DKK A;  2W1L A;  2ZIK A;  1QUO A;  2IHL A;  4M4O A;  3OJP A;  4WM6 A;  4PJ2 C;  4BS7 A;  120L A;  1CKH A;  1T6V L;  256L A;  1UCO A;  5C6L A;  1GB9 A;  1XGQ C;  1C6A A;  4LT3 A;  4EPI A;  4DD7 A;  3A6C Y;  4I7S A;  1REM A;  4NG8 A;  4NSH A;  1NBZ C;  4N9R A;  1LMT A;  1WVU A;  4PK0 A;  3L2X A;  1JTN A;  1IWX A;  1LJG A;  2DQF C;  1JQU A;  139L A;  4ET8 A;  3IWR A;  4ET9 A;  5F14 A;  5LVJ A;  1PQO A;  4XJB A;  3TMU A;  4ARP A;  1L51 A;  1L05 A;  2G4Q A;  3W6A A;  2I26 L;  2LZ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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