149LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNLFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 149lA00
127LA 1ZWNA 2HULA 3GULA 5LZMA 1L11A 1L29A 4I7LA 3SBAA 125LA 1LI6A 1QSBA 3CDOA 1C67A 1QT3A 4IAPA 4ARJA 1P2RA 1L91A 1KY0A 4ARPA 2F47A 3HU8A 1L01A 1OWZA 1L46A 1C6LA 2B74A 1L32A 1XJTA 2RB1X 1L90A 3DMXA 253LA 1L55A 1L54A 1C6GA 3DN3A 182LA 144LA 3CDTA 1SX2A 3DMVA 1D3MA 3SB5A 1LGUA 3F8VA 158LA 1L0KA 1CUQA 2RBNA 4PJZA 4LZMA 3C7ZA 197LA 199LA 119LA 1C62A 1L33A 1L41A 1P36A 220LA 2HUKA 1L45A 233LA 1L80A 3C83A 3PDSA 1G0PA 1QT4A 240LA 1C6PA 4AQNA 128LA 3F9LA 1LWKA 1SWZA 1LGWA 1L51A 1QUGA 3JR6A 1G07A 2ANVA 1G0KA 3RUNA 4YXAC 5I14A 1P3NA 114LA 1KW5A 131LA 1L28A 1CV1A 1C69A 246LA 4LDLA 3L2XA 206LA 1L14A 1L72A 3HDFA 1T8FA 2OE9X 210LA 3C8QA 1CV0A 2NTHA 3GUOA 138LA 3DN0A 1L87A 1LWGA 1QT5A 2B70A 1PQDA 4EKSA 2CUUA 3HDEA 1L09A 2Q9DA 3OE0A 1C6BA 1T6HA 1PQMA 3RZEA 1C6TA 3DN1A 247LA 155LA 3GUMA 3FADA 258LA 3HWLA 3SBBC 3C7YA 262LA 1C66A 1DYAA 1XEPA 3HTDA 1L19A 1KW7A 3HT7A 1L05A 1L63A 170LA 3CDQA 1ZYTA 1L22A 3LZMA 241LA 2ANXA 2B6WA 1LYFA 1G06A 185LA 3QAKA 190LA 4EKQA 4EPFA 3HH5A 183LA 234LA 226LA 218LA 110LA 140LA 2RBOA 2F2QA 3HUAA 1L70A 1P56A 1CV5A 1G0GA 1LPYA 3DNAA 6LZMA 1KS3A 237LA 2RAZX 235LA 1L13A 176LA 2IGCA 3GUJA 3DMZA 163LA 4I7MA 217LA 1QTDA 1L49A 1P2LA 1CX6A 2OE7X 231LA 1CTWA 1OVKA 257LA 236LA 1JTNA 2OU9A 3DKEX 1QTCA 1JTMA 1OWYA 191LA 147LA 1QS5A 2Q9EA 1L39A 3NY8A 2O79A 1L75A 256LA 2QARC 1LI2A 4W51A 3C7WA 4W53A 3HUQA 1L94A 228LA 248LA 1C6IA 4I7TA 1G1WA 1XJUA 1SWYA 1QTHA 1L67A 1L69A 1CU0A 1QT8A 4GRVA 1LYHA 3HUKA 1L27A 3C82A 3K2RA 122LA 1L07A 130LA 1LW9A 148LE 3CDRA 4I7SA 104LA 150LA 156LA 4ARMB 1L12A 2B75A 4I7RA 1L47A 1DYBA 1L68A 1C6QA 113LA 198LA 1L03A 243LA 172LA 3CDVA 186LA 1CV4A 1L25A 1C60A 1LYJA 1G0LA 1I6SA 196LA 1L15A 4ARQB 4YXCA 205LA 1L59A 1ZURA 1KY1A 259LA 1LYGA 1L79A 4W55A 3ODUA 1L56A 2LCBA 214LA 1L52A 3SB9A 2O7AA 1K28A 3DN4A 3GUIA 1PQIA 4DKLA 2OU0X 3L64A 1L93A 1CU6A 1LYIA 1CU2A 195LA 1G1VA 3EMLA 1L81A 1CU3A 225LA 3GUKA 145LA 252LA 3V2WA 1L23A 1D3JA 2OTZX 2RH1A 123LA 255LA 1L74A 3C80A 177LA 1P7SA 1QSQA 3HH6A 1KNIA 4I7JA 1D2WA 3C8RA 1DYEA 3SB6A 212LA 1P6YA 211LA 1SSWA 109LA 4ZPUA 3DN6A 1L58A 4K5YA 1QTZA 1CUPA 1L40A 3HU9A 4W56A 188LA 4I7PA 3HTBA 1C64A 2O4WA 181LA 1L62A 1QT6A 1L21A 4I7NA 1LYDA 1C61A 4LDOA 1L66A 2A4TA 3D4SA 3UONA 1PQKA 4YX7C 129LA 1L02A 161LA 1L64A 1L34A 3HH3A 1L37A 1L83A 261LA 1CU5A 1C6FA 245LA 4EKRA 1CV3A 4ARQA 1L04A 1P64A 1L92A 3HTGA 1CV6A 2B6TA 2QB0B 3HT8A 3SB8A 4W57A 1L16A 3OE9A 169LA 1C6JA 238LA 1SSYA 1DYGA 4EPIA 139LA 4EJ4A 3NY9A 1DYFA 4DJHA 1C6CA 216LA 2LC9A 1LI3A 2RBPA 1QUOA 1P46A 1L57A 251LA 1L98A 112LA 1L31A 1L88A 1L76A 1JQUA 1L73A 1D3FA 1C68A 1DYDA 3GUNA 3NYAA 224LA 115LA 4EXMA 162LA 4PK0A 3SN6R 1T8GA 4E97A 1L65A 219LA 2OE4X 165LA 4W52A 1L99A 1WTHA 1L50A 126LA 2B7XA 3G3XA 149LA 3OE8A 1C63A 4S0WA 1OYUA 1LGXA 213LA 232LA 1L30A 1D9WA 189LA 1P37A 1C6AA 1OV7A 4GBRB 1L61A 230LA 221LA 222LA 1L35A 157LA 244LA 1L18A 2RAYX 3HT6A 3SB7A 3V2YA 3G3WA 1L26A 2B6XA 184LA 3DN8A 107LA 227LA 108LA 1OVJA 7LZMA 1L86A 2NTGA 242LA 178LA 151LA 1CVKA 2Z6BA 120LA 142LA 1D2YA 1L60A 201LA 4I7KA 1L89A 2RB2X 1L0JA 1C6EA 4EKPA 3OE6A 141LA 1QTVA 137LA 254LA 3HH4A 3G3VA 4ARLA 200LA 3HTFA 4OO9A 173LA 260LA 1NHBA 250LA 102LA 118LA 2RBSA 1QT7A 1B6IA 3C8SA 146LA 166LA 239LA 1QS9A 1T8AA 1L82A 3VW7A 159LA 2B6YA 1DYCA 103LA 1L24A 2F32A 1L08A 1L38A 1QUDA 1LYEA 3HT9A 1SX7A 215LA 1L43A 1L97A 2HUMA 2L78A 180LA 1C6NA 1D3NA 1OVHA 4ARMA 4I7OA 1C65A 4LDEA 3DN2A 168LA 2B72A 1OV5A 1L10A 1TLAA 3PBLA 3FA0A 152LA 229LA 2LZMA 2RBQA 1L48A 223LA 3GUPA 2B73A 2RB0X 2RBRA 1EPYA 187LA 4W59A 1QUHA 1L20A 1CX7A 1L77A 1L53A 1L71A 175LA 167LA 3FI5A 1C6HA 2OEAX 3C81A 1C6MA 1L42A 1L17A 4I7QA 1L44A 160LA 1P5CA 1L84A 111LA 1G0QA 1PQJA 1L36A 1T97A 1L85A 4DAJA 1LLHA 143LA 2OTYX 1G0JA 1L06A 1L95A 249LA 2OU8A 4W58A 1PQOA 2B6ZA 192LA 174LA 1L96A 4W54A 1C6DA 1G0MA 1C6KA 1L00A 171LA 164LA 1QTBA 209LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
127LA 1ZWNA 1LJ4A 4NSJA 5LZMA 1L11A 1L29A 125LA 4ETCA 4DYGA 3CDOA 1DZBX 2DKVA 4IAPA 1YILA 4XJHA 3HU8A 2HEBA 1NDMC 4KPMA 1L32A 1XJTA 3CB7A 2BQHA 3DMXA 253LA 1C6GA 1GBXA 5LA5A 1GE4A 3CDTA 1SX2A 2BQAA 1YAQA 3F8VA 4LYTA 4NGIA 2H9JA 4HSFA 1JSEA 119LA 1L41A 1L80A 3C83A 1GF5A 240LA 2LYOA 1P2CC 3F9LA 1LWKA 1LAAA 1GFHA 1UICA 2XQOA 1NWGA 1L51A 5LVJA 4YENA 1KIRC 135LA 1P3NA 3TXDA 131LA 1C69A 3T6UA 1IR8A 3A3RX 4BS7A 3ZVQB 1L14A 1JKAA 1N4FA 3C8QA 1XEKA 1FN5A 4NGJA 2NTHA 4G4HA 3W3EA 1L87A 3LZ2A 2ZNXY 4XJDA 2Q9DA 3GUMA 3FADA 3SP3A 3LYZA 1BB7A 1GBWA 2DQJY 1OUHA 1LYOA 1J1XY 1HNLA 1DYAA 2I26L 5LAFA 1FLUA 1QSWA 3E3DA 1L63A 1LJKA 1IVMA 170LA 3CDQA 2B6WA 190LA 3A90A 4TSCA 110LA 2BQEA 4ET9A 3IJUA 1P56A 1G0GA 4DDBA 3DNAA 8LYZA 2BPUA 1IEEA 1CKDA 1YQVY 4H9AA 4Z98A 4AGAA 2B5ZA 1JTNA 1WQPA 1G7MC 1KXYA 1IWUA 1B5VA 1JTMA 1OWYA 191LA 2HU1A 1QS5A 1L39A 1IOSA 3NY8A 2O79A 3B72A 1UIFA 1WQMA 1LI2A 3TMWA 5LVHA 2ZQ3A 4W51A 3C7WA 228LA 1C6IA 4I7TA 1SLYA 1XJUA 3CSQA 1L69A 1QT8A 1LYYA 1LYHA 3C82A 3A3QA 1GE1A 1A4VA 130LA 5AMYA 1LW9A 148LE 4I7SA 3GXKA 1HERA 1AT5A 104LA 150LA 156LA 4CHXA 4WO6A 1XGUC 5ILFA 4G9SA 3LZTA 4DD9A 1RE2A 4LYCA 4NSGA 3EO5A 2DBTA 1I20A 4WG7A 194LA 2A7FA 1L25A 1XEJA 3CT1A 4RLMA 2W1MA 1G0LA 196LA 3AJNA 4CFPA 1GE2A 2LZTA 1JEFA 1OUGA 3WUNA 2BQJA 4HJYA 2O7AA 4DKLA 1LYIA 195LA 5FELA 1L81A 2FYDA 1GFJA 255LA 1L74A 1P7SA 3HH6A 5FSTA 1HMKA 2BQIA 1NBZC 1IC7Y 211LA 1YROA 1HELA 1REXA 4ZPUA 1KXWA 1LHHA 1DQJC 1HEMA 4WM2A 4WLXA 4I7PA 5II3A 3HTBA 2YBNA 1B7QA 1C64A 1IP5A 2GV0A 5K7OA 1LYSA 1L21A 1GBYA 4I7NA 1GF3A 4R0FA 4LDOA 129LA 1L02A 1BWHA 1L64A 1GEVA 1LSEA 1VDQA 1C6FA 1XGPC 1GE3A 4EKRA 4ETEA 1BWJA 1L04A 3A96A 2A7DA 4W57A 5HLLA 3OE9A 3WUAA 1D0LA 1I56A 2CWIA 139LA 4EJ4A 3NY9A 1JTOL 2Z39A 4DJHA 1C6CA 2LC9A 5KJ9A 251LA 112LA 1L88A 2C8OA 1D3FA 1DYDA 1LCNA 4UWVA 3TXEA 3NYAA 2Z2EA 4EXMA 3A95A 2IHLA 4WLYA 1JJ0A 1LZBA 4W52A 1HEWA 1IWWA 1QDRA 1L50A 3G3XA 4WOAA 4MSTA 1QQYA 1RJCB 1HHLA 189LA 1T3PA 2YBJA 4H94A 2RAYX 1NKHA 184LA 107LA 4H90A 1DI5A 1LJ3A 1OVJA 4B4JA 1GF9A 1L86A 2MEFA 2NTGA 2N5ZA 1FKVA 1GFEA 2IFFY 1L60A 201LA 4I7KA 2RB2X 4H9BA 2HU3A 141LA 3OE6A 1LHKA 1F10A 200LA 1B7PA 3HTFA 4WM5A 5HNLA 3EXDA 5IELA 1NHBA 2RBSA 3A92A 1GFRA 2D4JA 2C8PA 207LA 1QSAA 1OUJA 1INUA 4OWCA 2D6BA 1PS5A 4ARMA 4NG1A 2I25L 1D6PA 1AZFA 2LZMA 4FDYA 2B73A 4N1EI 1HENA 4RW2A 2YBLA 2MEBA 1L71A 175LA 1B7RA 1C6HA 3C81A 1IR9A 1L17A 1LMOA 1TEWA 2LYZA 160LA 1G0QA 4DAJA 1PQOA 1LZSA 1AKIA 1IOCA 192LA 1B9OA 5L3HA 1L96A 3EBAB 3ATNA 1IC4Y 1C6DA 4H1PA 3BKHA 1EQEA 4DQ7A 1L00A 1QTBA 1UIAA 154LA 3FE0A 5EBHA 3GULA 1EQ4A 3SBAA 1LI6A 1XEIA 4Z41A 1BVKC 4R6CA 4H9FA 1QT3A 1GB0A 1DPXA 4M4OA 2RB1X 4WM6A 1L90A 1LZ9A 1WVVA 3DN3A 182LA 1KIQC 4RDSA 1IWZA 1L0KA 4ZEEA 2RBNA 4PJZA 1QIOA 4OOTA 1XGQC 5F81A 1LMNA 3B0OA 2DQIY 1IP1A 197LA 1YKZX 1BWIA 199LA 1LJEA 2HUKA 1GHLA 1XGRC 3PDSA 1ZV5L 1QT4A 4H8XA 128LA 1SWZA 4KT3A 1JJ3A 5KXRA 4H9IA 3RUNA 3IJVA 1DXJA 1ZVHL 4YXAC 4C3WA 114LA 5KXMA 5A3EA 4NGVA 4WL6A 4NHIA 5LAGA 1IOTA 1DI4A 1T8FA 2OE9X 1CV0A 3GUOA 2YBHA 4LFPA 5KY1A 1QT5A 2B70A 5LA8A 4EKSA 3HDEA 3OE0A 1QUSA 4DD3A 4BAPA 1YIKA 1C6TA 247LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 127L A;  1ZWN A;  1LJ4 A;  4NSJ A;  5LZM A;  1L11 A;  1L29 A;  125L A;  4ETC A;  4DYG A;  3CDO A;  1DZB X;  2DKV A;  4IAP A;  1YIL A;  4XJH A;  3HU8 A;  2HEB A;  1NDM C;  4KPM A;  1L32 A;  1XJT A;  3CB7 A;  2BQH A;  3DMX A;  253L A;  1C6G A;  1GBX A;  5LA5 A;  1GE4 A;  3CDT A;  1SX2 A;  2BQA A;  1YAQ A;  3F8V A;  4LYT A;  4NGI A;  2H9J A;  4HSF A;  1JSE A;  119L A;  1L41 A;  1L80 A;  3C83 A;  1GF5 A;  240L A;  2LYO A;  1P2C C;  3F9L A;  1LWK A;  1LAA A;  1GFH A;  1UIC A;  2XQO A;  1NWG A;  1L51 A;  5LVJ A;  4YEN A;  1KIR C;  135L A;  1P3N A;  3TXD A;  131L A;  1C69 A;  3T6U A;  1IR8 A;  3A3R X;  4BS7 A;  3ZVQ B;  1L14 A;  1JKA A;  1N4F A;  3C8Q A;  1XEK A;  1FN5 A;  4NGJ A;  2NTH A;  4G4H A;  3W3E A;  1L87 A;  3LZ2 A;  2ZNX Y;  4XJD A;  2Q9D A;  3GUM A;  3FAD A;  3SP3 A;  3LYZ A;  1BB7 A;  1GBW A;  2DQJ Y;  1OUH A;  1LYO A;  1J1X Y;  1HNL A;  1DYA A;  2I26 L;  5LAF A;  1FLU A;  1QSW A;  3E3D A;  1L63 A;  1LJK A;  1IVM A;  170L A;  3CDQ A;  2B6W A;  190L A;  3A90 A;  4TSC A;  110L A;  2BQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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