150LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEILRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 150lA00
213LA 163LA 205LA 262LA 175LA 259LA 1L35A 258LA 1LYHA 2LCBA 1L63A 226LA 1L84A 3DN1A 4I7LA 1L05A 1PQJA 1CU0A 1CVKA 4OO9A 3C81A 5LZMA 1L10A 1LGUA 2Q9DA 1L80A 1OV5A 4LDEA 2B70A 2OE7X 1C6CA 1L26A 3DNAA 1L70A 3OE6A 1CV5A 1C6MA 1L25A 1L94A 1SSYA 2OE9X 3SB6A 3SB9A 180LA 246LA 1P5CA 161LA 219LA 3DMVA 1L99A 1L76A 1L96A 122LA 141LA 1LI3A 4ZPUA 1L86A 260LA 4PK0A 177LA 1L95A 216LA 4AQNA 1L98A 1DYFA 1PQIA 206LA 228LA 3DN2A 1QT7A 1L20A 1L56A 3F9LA 1L88A 102LA 4I7MA 126LA 3V2YA 4GRVA 112LA 217LA 1G0LA 1QUGA 1C6QA 2QB0B 1L66A 3HTFA 2RBPA 3CDVA 4ARMB 1OYUA 1L36A 1T97A 1CX7A 114LA 2RBOA 1L44A 1L09A 1L83A 1L74A 1JQUA 1C6LA 3HUQA 4E97A 2F32A 1L87A 155LA 115LA 1WTHA 1L49A 3GUKA 4I7NA 4EXMA 3JR6A 1D9WA 1LYJA 152LA 223LA 2HULA 3HTBA 189LA 2RAZX 165LA 1C6TA 4GBRB 187LA 4W56A 3HH4A 1L61A 4I7OA 2RBSA 222LA 3C8SA 1C6JA 1G0GA 4I7JA 2B6TA 1T8FA 1G0MA 1L91A 1L92A 3HTGA 176LA 3CDTA 1D3JA 4EPFA 1L07A 110LA 3SBBC 120LA 3NY9A 1L72A 2O79A 1CV4A 2OU8A 3DN4A 211LA 3C7YA 4I7SA 2Q9EA 3UONA 248LA 2LZMA 236LA 1L77A 209LA 1L34A 212LA 3SB5A 1C6NA 1LYGA 1G0KA 231LA 243LA 3HH6A 157LA 3SB8A 1P6YA 2O4WA 108LA 1DYCA 215LA 2NTHA 3C83A 1QT3A 1CV3A 1P56A 2OE4X 137LA 2OTYX 119LA 3HTDA 1ZYTA 3HU8A 1CV6A 2L78A 1L14A 2B6WA 247LA 232LA 125LA 3FA0A 145LA 261LA 1C6HA 1L82A 1L79A 142LA 3RZEA 138LA 1QTHA 257LA 1P3NA 3C7ZA 1L62A 4EKRA 2B73A 1KNIA 1KY1A 162LA 1L00A 230LA 182LA 1SWYA 1DYEA 196LA 1L59A 144LA 4ARQA 4LDOA 3PDSA 1L48A 3C7WA 2B7XA 1G1WA 184LA 1L85A 1L68A 237LA 1EPYA 4ARMA 4K5YA 1B6IA 1OVKA 2IGCA 1L30A 1C64A 3L64A 1LYIA 1C6AA 1P46A 1C61A 2RB2X 1PQKA 1PQDA 1D3FA 1L06A 1LW9A 1KY0A 4YXAC 1LYEA 131LA 1C65A 1L0JA 210LA 3GUOA 1QUDA 170LA 1L45A 1L69A 1QT4A 147LA 1L04A 2F2QA 4ARQB 1L65A 4YXCA 123LA 173LA 156LA 3HT6A 1L11A 1QTDA 171LA 1CV1A 3C8QA 3SN6R 201LA 1L28A 4PJZA 199LA 7LZMA 174LA 1DYGA 4I7KA 1QS9A 1C6BA 1LYFA 1QSQA 3LZMA 1P36A 1L51A 1NHBA 3CDQA 252LA 2RAYX 2RH1A 1CUPA 1L50A 4S0WA 3HDFA 3FADA 1ZWNA 1DYAA 1QTZA 245LA 2RB1X 3DMZA 164LA 1L37A 1L32A 3HDEA 1L46A 4DJHA 1L39A 3K2RA 2B6XA 220LA 1L54A 1L42A 1L29A 1QUOA 3HH3A 2F47A 172LA 3SB7A 5I14A 4EKPA 1L19A 1QT8A 1C6EA 1QTBA 1C6FA 107LA 3DN8A 1L93A 1L02A 3QAKA 3OE9A 188LA 1SSWA 2HUKA 2ANXA 1L40A 1L71A 1KW5A 3SBAA 200LA 2OTZX 1L43A 214LA 198LA 241LA 1L24A 4I7TA 1CX6A 1C6KA 1P7SA 1L58A 2Z6BA 3OE8A 1LI2A 1CU3A 1CV0A 159LA 2B75A 3C80A 1CTWA 1L08A 1I6SA 1T6HA 3EMLA 1L60A 4DKLA 1G0QA 3DN0A 1LWKA 149LA 1L38A 1L23A 240LA 254LA 195LA 1QT6A 4W53A 1OVJA 3DKEX 104LA 244LA 1D2WA 103LA 1LYDA 3GUJA 4ARJA 2B72A 242LA 3D4SA 1KW7A 1QTCA 227LA 1OWYA 256LA 3HU9A 2RBRA 3HT9A 235LA 1L17A 118LA 1OV7A 1SWZA 1G0JA 1JTMA 238LA 1L18A 3F8VA 1C62A 166LA 111LA 3CDRA 1T8GA 3G3VA 1C69A 1G06A 1C66A 1OVHA 2LC9A 1CUQA 3C82A 3HT7A 168LA 1L55A 3CDOA 3PBLA 253LA 1L73A 1L41A 1L89A 191LA 4W51A 113LA 233LA 1L12A 1L27A 1LGXA 3DMXA 239LA 1G0PA 3C8RA 1C67A 4W55A 129LA 140LA 3V2WA 1CU6A 1L52A 160LA 3FI5A 4EKQA 1D2YA 3DN6A 3DN3A 1L64A 1L21A 4W52A 1QUHA 1L47A 127LA 4I7PA 1DYDA 1D3MA 4LDLA 4YX7C 2RB0X 224LA 3L2XA 4ARLA 3ODUA 255LA 178LA 1L03A 3GUIA 4I7QA 3HT8A 1C6DA 1L75A 4I7RA 3OE0A 1L53A 3G3XA 1C60A 1PQOA 1QSBA 2HUMA 4LZMA 128LA 229LA 167LA 1LI6A 1QT5A 130LA 1L13A 1L81A 1C63A 1C68A 146LA 1D3NA 151LA 1L01A 1DYBA 2CUUA 1L16A 181LA 2QARC 1ZURA 2NTGA 6LZMA 4DAJA 3G3WA 1L31A 3RUNA 1K28A 1LLHA 2RBQA 1XJUA 3VW7A 1SX7A 2A4TA 1LPYA 1G1VA 250LA 4EKSA 2OU9A 192LA 4IAPA 186LA 158LA 2RBNA 1PQMA 3HUKA 3HUAA 1CU5A 2B6YA 1L67A 2O7AA 225LA 4W59A 221LA 1P37A 234LA 2B74A 1C6IA 1SX2A 3GUNA 1L33A 1CU2A 1L22A 1L0KA 4W58A 3GUPA 169LA 197LA 1L15A 1L90A 3NY8A 183LA 1QS5A 1XEPA 1P64A 2OU0X 4EJ4A 1T8AA 1LWGA 251LA 143LA 1JTNA 150LA 1P2RA 1KS3A 1TLAA 3GUMA 1C6GA 139LA 3GULA 3HH5A 3HWLA 109LA 2B6ZA 1QTVA 1L97A 148LE 1C6PA 1P2LA 1G07A 218LA 2OEAX 190LA 185LA 1LGWA 2ANVA 1L57A 1OWZA 249LA 3NYAA 4W54A 4ARPA 4EPIA 4W57A 1XJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FDYA 3LZTA 1IP3A 175LA 258LA 1LYHA 1DPXA 1JSFA 2G4PA 4HV1A 1SQ2L 2DQAA 1L05A 153LA 4WLTA 4XJDA 1LHHA 2OE7X 3LN2A 1C6CA 1L26A 3FE0A 3OE6A 4BS7A 1QUSA 2W1XA 246LA 4PRQA 1IWTA 1P5CA 1WTNA 219LA 1L96A 3ULRA 3A90A 260LA 1LZYA 3W6CA 216LA 1I1ZA 1PQIA 1L20A 4RDSA 1LMPA 3V2YA 5HLLA 2QB0B 3CSZA 3WUAA 1JEFA 2Z38A 5K7OA 3WVXA 4NHTA 2H9KA 1OYUA 1YILA 3J6KA 1T97A 1CX7A 114LA 1UIBA 1G7MC 3A3QA 1L44A 1L09A 3N9CA 1L74A 1JQUA 3HUQA 4E97A 1IR8A 2DKVA 2F32A 4H90A 4KT3A 4H9BA 4DT3A 3W6AA 4Z41A 2B5ZA 3QY4A 1LYJA 4B4IA 2BQJA 1HFZA 1NHEA 165LA 2HEDA 187LA 3HH4A 1L61A 2A7FA 1YAMA 5KXLA 222LA 4B1AA 1FBIX 1GB2A 3HTGA 4YOPA 3CDTA 1PS5A 4RW1A 1QQYA 2OU8A 2Q9EA 3A93A 1YL1X 5LYTA 4TUNA 4I0CA 1C6NA 1G0KA 231LA 3RW8A 3SB8A 1VDPA 215LA 5D5CA 1UICA 1QT3A 1SLYA 137LA 1QDTA 4H93A 1CV6A 3WULA 5A3EA 3HFMY 1YQVY 2B6WA 3FA0A 145LA 1DXJA 4WMGA 138LA 1QTHA 4MSTA 162LA 1L00A 230LA 1DYEA 1B7LA 5DN5A 196LA 4ARQA 5KY1A 4LDOA 1BB6A 4RLMA 1GBYA 3FI7A 1VDSA 1L30A 4IJ4A 1P46A 1C6AA 1LJIA 2YBMA 1L06A 2I6ZA 1LW9A 1GFAA 1LYEA 1C65A 1G7IC 210LA 1QT4A 123LA 156LA 1LJ3A 1JJ1A 3MGWA 1WQOA 2C8PA 199LA 3WL2A 4I7KA 4N0JA 3AJNA 1LMCA 1GB7A 4WO6A 5C6IA 1L50A 1LZGA 1DYAA 1LZTA 3DMZA 164LA 4GCEA 4WM5A 1KXWA 3HDEA 4HTQA 1L39A 1GAZA 3K2RA 220LA 1WVUA 2ZYCA 3P66A 1L29A 172LA 1GFRA 2BQNA 4YM8A 4HSFA 3DN8A 4N9RA 5L3IA 4YEMA 4MCKA 3LYOA 1SSWA 1V7SA 2MEAA 198LA 241LA 1GFHA 4OWEA 1LJEA 3ZVQA 4WG1A 1LZ1A 4DYGA 1YIKA 3ATOA 1LZEA 1CTWA 1IOQA 3AB6A 1TBYA 3EMLA 5DN4A 3WVYA 4DKLA 149LA 1L38A 1L23A 254LA 1QT6A 4DD0A 5KXXA 4ARJA 2RSCA 3D4SA 2VB1A 4H94A 1WTMA 4QGZA 1RJCB 193LA 1LZ4A 3HU9A 1GB9A 2RBRA 2ZILA 4LYCA 4H91A 235LA 2DQCY 2CJLA 1GB0A 3D9AC 4XJIA 4QY9A 1SWZA 1JTMA 2DBTA 1L18A 1XFPL 3F8VA 4NFVA 1JTTL 1WQQA 2D4IA 1HC0A 2XBSA 1LOZA 5I4YA 1GFTA 1CJ8A 168LA 5B1FA 1L41A 1L89A 233LA 4WOAA 3ATNA 1IP7A 1G0PA 1Z55A 4XJBA 140LA 3A91A 3V2WA 1DI3A 1JITA 3A6CY 3DN6A 1L64A 5B07A 3N9AA 1L21A 5APEA 1L47A 1LJGA 2MEIA 1D3MA 4LDLA 5LINA 3L2XA 2ZWBA 4N8ZA 2HEBA 4ARLA 3ODUA 255LA 178LA 3GUIA 1T3PA 1B5ZA 4D9ZA 3HT8A 4I7RA 3A3RX 1L53A 5C6LA 1D0MA 1PQOA 4FJRA 5E4PA 167LA 4GCCA 2LYZA 1LKSA 1L81A 1C63A 3CSQA 151LA 2CUUA 1UIHA 2QARC 2YBIA 3CT1A 5I4XA 2NTGA 5KXOA 4B4EA 3RUNA 3CT0A 1IC4Y 1XJUA 1JKDA 1F10A 6LYZA 2OU9A 4IAPA 1LSFA 1QTKA 2O7AA 2ZYPA 221LA 3AGIA 4GN5C 2BQMA 4EMNA 4KXIA 1BHZA 1IR9A 154LA 1P64A 4HJVA 4NGKA 1LWGA 1IP6A 1FKVA 4H8ZA 2MEEA 1KS3A 3GUMA 3HH5A 1QTVA 1L97A 4NHSA 218LA 3A95A 5KXNA 3GXKA 185LA 5LVGA 1QTEA 1OWZA 4W54A 1XGRC 1VDQA 4WM1A 5KXTA 2BAAA 1VDTA 1PZYA 5DM9A 5A3ZA 3RZ4A 3W3EA 2D4JA 2FBBA 1CU0A 2YSSC 1CVKA 1L80A 1OV5A 2B70A 1QDRA 1GD6A 3DMVA 1L99A 5II3A 1L76A 3A94A 1VFBC 2DQJY 4ZPUA 3TXIA 177LA 1INUA 1HFYA 1L95A 1DYFA 3TMWA 2H5ZA 4H9HA 4NGJA 1L88A 2BQKA 2YBJA 2BQIA 4I7MA 1KIPC 126LA 4CFOA 4PHIA 3EO5A 4NWEA 1LMAA 2ZNWY 1L36A 1GFGA 4GCDA 1CNSA 1FDLY 1FLQA 4CFPA 3P64A 1JTPL 1I56A 1NBZC 1GE0A 1LHLA 4WLDA 1GF0A 1UIEA 4LT1A 4LFPA 4TWSA 115LA 1WTHA 2LYMA 2ZIKA 3P4ZA 4EXMA 1NF5A 5I5QA 4TSCA 4NGVA 3HTBA 1EQEA 2Z19A 2H9JA 1HEQA 4W56A 4YF2A 5IELA 2RBSA 1G0GA 4I7JA 2B6TA 2W1LA 1L91A 4WM3A 176LA 1D3JA 1BWHA 4W94A 2O79A 1CV4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FDY A;  3LZT A;  1IP3 A;  175L A;  258L A;  1LYH A;  1DPX A;  1JSF A;  2G4P A;  4HV1 A;  1SQ2 L;  2DQA A;  1L05 A;  153L A;  4WLT A;  4XJD A;  1LHH A;  2OE7 X;  3LN2 A;  1C6C A;  1L26 A;  3FE0 A;  3OE6 A;  4BS7 A;  1QUS A;  2W1X A;  246L A;  4PRQ A;  1IWT A;  1P5C A;  1WTN A;  219L A;  1L96 A;  3ULR A;  3A90 A;  260L A;  1LZY A;  3W6C A;  216L A;  1I1Z A;  1PQI A;  1L20 A;  4RDS A;  1LMP A;  3V2Y A;  5HLL A;  2QB0 B;  3CSZ A;  3WUA A;  1JEF A;  2Z38 A;  5K7O A;  3WVX A;  4NHT A;  2H9K A;  1OYU A;  1YIL A;  3J6K A;  1T97 A;  1CX7 A;  114L A;  1UIB A;  1G7M C;  3A3Q A;  1L44 A;  1L09 A;  3N9C A;  1L74 A;  1JQU A;  3HUQ A;  4E97 A;  1IR8 A;  2DKV A;  2F32 A;  4H90 A;  4KT3 A;  4H9B A;  4DT3 A;  3W6A A;  4Z41 A;  2B5Z A;  3QY4 A;  1LYJ A;  4B4I A;  2BQJ A;  1HFZ A;  1NHE A;  165L A;  2HED A;  187L A;  3HH4 A;  1L61 A;  2A7F A;  1YAM A;  5KXL A;  222L A;  4B1A A;  1FBI X;  1GB2 A;  3HTG A;  4YOP A;  3CDT A;  1PS5 A;  4RW1 A;  1QQY A;  2OU8 A;  2Q9E A;  3A93 A;  1YL1 X;  5LYT A;  4TUN A;  4I0C A; 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