173LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLEIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLEMLQQKRWDEAAVNLAESRWYNQTPNRAERVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 173lA00
4ARMB 4W58A 165LA 1P5CA 1T8GA 2OE9X 1QTBA 3SBAA 158LA 4YXAC 260LA 2B6XA 4W55A 1CU3A 1C6DA 244LA 1C6BA 214LA 1CU2A 144LA 3DN1A 3UONA 1L10A 1L38A 1LWGA 118LA 2RBPA 2IGCA 3L2XA 4W59A 126LA 4EJ4A 4EPIA 3GUNA 1L06A 2F2QA 2QB0B 195LA 1C6CA 248LA 3DN2A 1L61A 1L85A 3C7YA 1G0PA 3DKEX 3JR6A 1QUGA 4EKRA 1CUQA 1L11A 159LA 1KNIA 1QT7A 4ARMA 4E97A 3DMXA 1LGWA 150LA 4I7OA 175LA 184LA 196LA 1L80A 1ZWNA 1L56A 1L19A 1C6MA 239LA 1L26A 1G0KA 3C83A 120LA 167LA 3HDEA 1K28A 1L33A 122LA 1C6AA 1G1WA 1L43A 1L17A 3HWLA 3HH3A 3C7ZA 3HTFA 1C6QA 1L93A 221LA 1P2LA 4W57A 1CV1A 2RBOA 3DN4A 4ZPUA 1C6JA 2HULA 2ANXA 2B70A 229LA 4LDOA 1LLHA 1CV3A 1C6HA 2B74A 1L47A 4YX7C 1L32A 4EKQA 1CX6A 1KY0A 3SB7A 1QT4A 1L72A 255LA 1PQIA 4W53A 2OEAX 1D2WA 1G06A 176LA 3PBLA 1P6YA 4GRVA 220LA 4ARLA 1PQMA 1T6HA 3RUNA 3OE8A 1DYCA 3GUKA 1C6TA 3LZMA 149LA 1JTNA 1L22A 4I7QA 1L37A 1L89A 2Q9DA 3DN8A 1QSBA 1P37A 3DNAA 216LA 112LA 2RB1X 2O79A 1L36A 1CU0A 1L39A 258LA 1LYDA 1PQOA 3NY9A 4I7MA 197LA 187LA 4I7JA 3HT9A 2B7XA 1CU6A 3FADA 2HUMA 1LYGA 253LA 186LA 1TLAA 230LA 251LA 4W51A 3VW7A 1QTZA 2OTYX 192LA 3HU9A 1C6PA 3DMVA 115LA 1KW7A 232LA 2B75A 1L88A 1C63A 245LA 1C6EA 3SB6A 1LI3A 206LA 1DYAA 4I7SA 1L27A 2RB0X 111LA 4GBRB 1L69A 1QS9A 1D2YA 137LA 1L70A 171LA 1L73A 173LA 152LA 1L97A 138LA 190LA 1P46A 1C6GA 1CU5A 2B73A 3V2YA 3DMZA 3OE9A 3F9LA 2F47A 1DYDA 1NHBA 2QARC 2OE4X 4EKSA 1B6IA 236LA 1CV4A 4I7PA 1L68A 1QS5A 222LA 107LA 1G07A 3DN3A 4ARPA 1LPYA 1QUOA 188LA 1P36A 1L35A 1CUPA 2RB2X 1G1VA 1L45A 3V2WA 1L0JA 143LA 123LA 1L34A 1L00A 151LA 166LA 3C80A 178LA 1SWYA 215LA 4IAPA 3GUMA 2RBSA 3HTGA 1L79A 4LDEA 1OV7A 3EMLA 2B6ZA 1L04A 1L86A 180LA 2RBQA 242LA 2OTZX 1L49A 1OYUA 1G0MA 1L58A 4ARJA 1C6LA 254LA 177LA 1DYEA 145LA 218LA 2OU0X 199LA 1C6FA 3G3VA 3OE0A 1L67A 1SX7A 3FI5A 1LYEA 1I6SA 252LA 130LA 1LI6A 2NTHA 224LA 1ZYTA 1QUDA 3QAKA 1P7SA 1OVKA 246LA 1C69A 2ANVA 3SB9A 1PQJA 146LA 2B6YA 201LA 3HH6A 2L78A 3L64A 102LA 1LI2A 1LWKA 3HT6A 1L87A 1L20A 4DKLA 1L14A 142LA 3SN6R 2A4TA 1L18A 1KW5A 2RAZX 1L99A 131LA 1SX2A 1OWYA 163LA 1QSQA 157LA 4EPFA 1L57A 1L40A 1L31A 3DN0A 6LZMA 1ZURA 1L16A 4LDLA 1OWZA 1P64A 113LA 1QTDA 3DN6A 4W52A 1L07A 4EKPA 2F32A 2B6WA 1OV5A 1XEPA 1DYBA 1P2RA 1L03A 110LA 1G0QA 1CVKA 1L51A 3HTBA 231LA 3G3XA 3SB5A 4YXCA 172LA 1D3MA 1L02A 1QUHA 1L46A 240LA 3HUAA 1L74A 2Z6BA 1DYGA 209LA 1SSYA 3K2RA 4EXMA 227LA 119LA 262LA 1L95A 250LA 238LA 1L23A 3C81A 2B72A 1L21A 2Q9EA 1CTWA 3NY8A 1L01A 2OU9A 127LA 249LA 3F8VA 261LA 3GUJA 129LA 1C67A 4AQNA 256LA 1PQKA 1OVJA 1L30A 1L77A 109LA 1L76A 3C82A 233LA 243LA 164LA 2OE7X 181LA 1WTHA 1L50A 3NYAA 1QT6A 1L52A 4I7KA 1L92A 259LA 2O4WA 1C6NA 1L08A 1L81A 182LA 1L53A 223LA 1LGUA 1L60A 2O7AA 3CDRA 1QTVA 1CV5A 4PJZA 141LA 1L83A 1L09A 2OU8A 170LA 155LA 1L29A 1CV6A 2HUKA 1D3NA 1KY1A 1G0JA 185LA 1L71A 140LA 1L44A 1C62A 3GUPA 1L66A 7LZMA 1XJUA 1L0KA 3SB8A 3CDTA 212LA 169LA 156LA 1QTHA 1D3JA 4ARQB 1SWZA 213LA 3OE6A 1C64A 3HUKA 189LA 1L05A 2CUUA 3GULA 1T8AA 211LA 3HUQA 108LA 1L55A 1L82A 1QT3A 183LA 1T8FA 3RZEA 3GUOA 225LA 1T97A 3D4SA 198LA 1L41A 200LA 1QTCA 1L96A 1L84A 3HT7A 147LA 128LA 1C61A 1G0GA 1LYIA 235LA 5LZMA 148LE 1L54A 2B6TA 1L94A 2LZMA 3GUIA 3HTDA 2LC9A 104LA 162LA 1L75A 1KS3A 1LGXA 5I14A 237LA 3C8RA 1C60A 4ARQA 4LZMA 1G0LA 2RBRA 4W56A 4K5YA 1L65A 1XJTA 1DYFA 125LA 174LA 1CV0A 3HH4A 4I7RA 1EPYA 219LA 4S0WA 217LA 1LYJA 1L59A 1L28A 257LA 4DJHA 1C66A 4PK0A 3HT8A 1P56A 1P3NA 228LA 2RBNA 4I7TA 2RAYX 191LA 1JTMA 3C7WA 1CX7A 139LA 114LA 3CDOA 3CDQA 210LA 1L98A 2NTGA 3C8SA 1L25A 247LA 3HDFA 234LA 168LA 4I7LA 4W54A 103LA 1D3FA 3G3WA 1JQUA 1C68A 2LCBA 3PDSA 3HH5A 3C8QA 3CDVA 2RH1A 3SBBC 1L42A 1L64A 1QT5A 241LA 3FA0A 4OO9A 1SSWA 1PQDA 1QT8A 4I7NA 1L24A 1D9WA 1L62A 1OVHA 3ODUA 3HU8A 1C65A 1L13A 1L91A 1LYHA 161LA 1LYFA 1C6KA 160LA 1L90A 1LW9A 1L63A 1L15A 205LA 4DAJA 1L48A 1L12A 1C6IA 226LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP4A 4NGVA 3SBAA 4YXAC 1YQVY 2Z19A 4DQ5A 1CU3A 244LA 4BAPA 2BQJA 5KXSA 2H9JA 1L10A 1L38A 1LWGA 3HBDA 1IY3A 4EJ4A 4EPIA 1YL1X 2F2QA 1AZFA 1C6CA 5T3FA 4DD3A 3DKEX 3JR6A 4DDAA 4EKRA 1CUQA 4TSBA 2C8PA 1FKQA 4NIJA 3TXEA 1QT7A 4NSJA 3B0KA 150LA 184LA 4IJ4A 1LJ3A 1G7LC 4TUNA 1ZWNA 2LHMA 3LYOA 2MEGA 4HV1A 167LA 2F30A 1G1WA 1LZ4A 1REXA 1L17A 3HH3A 4G4CA 4HJYA 1C7PA 3T6UA 2AUBA 3DN4A 2HULA 229LA 1GF3A 4WO6A 2B74A 1MELL 2YDGA 1QT4A 255LA 4GN4A 1PQIA 5KXTA 4ET9A 3PBLA 220LA 4ARLA 1D0KA 1GFTA 1C6TA 2MEAA 1L22A 3B0OA 2CJLA 1G7HC 1L89A 3DN8A 4HP0A 1LJ4A 1GFUA 193LA 2RB1X 1CU0A 4WG7A 1HEQA 187LA 3QNGA 3HT9A 5LXWA 2LYMA 253LA 4PHIA 251LA 5HMVA 1E8LA 1LYOA 5LVIA 4XN6A 4MR1A 1LZ1A 1GAYA 1LI3A 1DYAA 1LHMA 4I7SA 1L27A 3CSZA 3CB7A 4RDSA 1IORA 3K3TA 1QS9A 1LYYA 1L70A 152LA 1I1ZA 138LA 1CU5A 3CSQA 3OE9A 3F9LA 3A6CY 1LZYA 207LA 1NHBA 1HFZA 4YM8A 2BQEA 4EKSA 2WARA 1B6IA 1CV4A 1H87A 2DQAA 107LA 4ARPA 4N1EI 4XJFA 4KT3A 4LYCA 4NGWA 2RB2X 4Z46A 3ZVQA 1L34A 151LA 2EKSC 2BAAA 1SWYA 1ZVYB 2BPUA 2RBSA 3WUAA 1NHEA 1L04A 3B72A 1L86A 1OUJA 180LA 4B1AA 2RBQA 1L49A 1OYUA 1GBZA 1G0MA 5IELA 4ARJA 3F6ZA 3WH1A 1C6LA 254LA 5KXRA 4OWHA 1UIFA 199LA 3OE0A 1VDQA 4QGZA 1GEVA 5KXKA 1VDSA 1QUDA 4B4EA 1P7SA 1DKKA 3A92A 3CT5A 5KJ9A 1T6VL 1LI2A 1BB4A 1LWKA 1L87A 1UCOA 5DLAA 4DKLA 1VEDA 1WQMA 1L18A 1KW5A 1SX2A 4NGLA 1QSQA 4OWEA 1LSNA 1XGPC 1L31A 3DN0A 4XJGA 1ZURA 1L16A 1IWWA 4RLMA 1P64A 113LA 1QTDA 1GF6A 1FLQA 3FI7A 1GEZA 3HTBA 2Q0MX 3TMWA 172LA 1QUHA 3WPJA 240LA 1SSYA 4ETDA 4WM1A 4EXMA 1L23A 4NG1A 1PZYA 1YIKA 1YKZX 2C8OA 3C81A 1G7IC 3WU8A 1HFYA 2Q9EA 2OU9A 127LA 3F8VA 261LA 3GUJA 129LA 1C67A 1LJGA 4AQNA 1KIRC 1OVJA 2BQKA 1YAOA 164LA 1YANA 1GBSA 3W6AA 1L52A 5APEA 4I7KA 1BB6A 1IWXA 4DD2A 1N4FA 1L08A 1L53A 5EBHA 223LA 1LGUA 2O7AA 1DI3A 3GXKA 5APFA 4GCDA 1QTVA 1JWRA 1CV6A 5KXZA 1EQ4A 2A7FA 1L71A 4U3XB 1L44A 1C62A 3GUPA 5F9XA 5F14A 4NHQA 1LZRA 4H9FA 3SB8A 1L0KA 4MSTA 1G7MC 169LA 156LA 2FBBA 1D3JA 4ARQB 1SWZA 2BQBA 1C64A 2CUUA 1T8AA 1B7PA 1AM7A 1L55A 1GBOA 183LA 3W6BA 1B7QA 1FKVA 3GUOA 225LA 4NG8A 2ZYPA 4YEMA 1LZ9A 1L84A 128LA 1GPQC 1B5UA 3W6DA 3W3EA 1OUCA 1L54A 2B6TA 1L94A 2DQDY 2LZMA 4A7DA 5DM9A 1HEMA 1L75A 4GN5C 1LGXA 1UIAA 1G0LA 4R6CA 5L3IA 4K5YA 1JIYA 4NWEA 1XJTA 1DYFA 174LA 1XEJA 4LYMA 1GXXA 4ZFPA 2ZNXY 4BADA 1LYJA 1L28A 1C66A 2X0AA 4UWUA 1GE1A 4WLTA 1DXJA 1EQ5A 1LJNA 191LA 1JTMA 5FEKA 139LA 1HNLA 3A95A 3CDOA 2ZNWY 1ZMYL 1RCMA 1RFPA 210LA 2NTGA 4G49A 1UACY 234LA 3TXBA 3CT0A 2IFFY 3HH5A 1IWUA 2D4IA 3B6LA 1C08C 4ZEEA 1GB3A 4WOAA 1GE4A 1OVHA 3ODUA 1C65A 1LW9A 3LZTA 4B4IA 205LA 2D4KA 3OK0A 4RW2A 4ARMB 4W58A 4CJ2A 1P5CA 4DC4A 4LYOA 4FDYA 144LA 2YSSC 3DN1A 2ZILA 3UONA 5KXLA 3EO5A 3WMKA 2RBPA 2IGCA 1ZVHL 4O34A 126LA 2ZQ4A 1LSGA 3DN2A 1L61A 4WM3A 3C7YA 1IP7A 2FBDA 1JSFA 1L11A 1GFEA 1NQIA 2LYOA 1KNIA 1IY4A 3DMXA 4RLNA 5HMJA 1LJFA 4GLAA 1L19A 239LA 1G0KA 3N9AA 1B5WA 1LMNA 4WLDA 2I25L 5C6LA 4H8YA 4BS7A 5I4YA 1W6ZA 1CKCA 3C7ZA 1C6QA 1LMTA 4OOTA 1JKAA 1OUFA 1P2LA 221LA 2D91A 4W57A 1B5ZA 3LHMA 3TXFA 2ANXA 4FJRA 4LDOA 1CV3A 4ETAA 5LVKA 1B7LA 3RNXA 4ANRA 4EKQA 3BKVA 1JKCA 1REMA 2Z18A 1D2WA 176LA 4GRVA 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227LA 119LA 3TMUA 5B59A 4WL7A 238LA 1LKRA 1LZ5A 5B06A 3FE0A 1L21A 4E3UA 249LA 1OUBA 1IP2A 1QDTA 1PQKA 2H9KA 4LYZA 2W1MA 3ULRA 1L77A 2BQLA 4J1BA 5C6IA 4LT1A 4GCCA 233LA 243LA 2OE7X 2CGIA 2CWIA 4XJDA 1BHZA 181LA 2H5ZA 4XADA 1L50A 3LYZA 5LYZA 1LPIA 1HHLA 259LA 134LA 1C6NA 1I56A 3BKHA 2BQAA 2ZYCA 3CDRA 1DI4A 1IWZA 141LA 1L09A 4LGKA 2FYDA 1AKIA 3TXIA 4P2EA 1NBYC 4B0DA 5LA5A 185LA 2YBIA 1B5YA 2YBHA 5LAGA 1XJUA 1DQJC 4PRQA 212LA 5HQ1A 4PGJB 4ZIXA 4NGJA 108LA 1BB5A 1L82A 1QT3A 4N8ZA 153LA 1T8FA 3KAMA 3RZEA 1DI5A 1L41A 5K7OA 1NMMA 147LA 1G0GA 4WG1A 3ATOA 5LZMA 4DD0A 2LC9A 104LA 162LA 1KS3A 3C8RA 1C60A 4ARQA 4LZMA 2ZIKA 4ML7A 5KXMA 1LSAA 2F4AA 3E3DA 1B9OA 1EPYA 1LZAA 4CFOA 5I54A 2W1XA 4S0WA 217LA 1L59A 4NFVA 6LYZA 1AT5A 1IP6A 4PK0A 2LZ2A 1OUIA 5B07A 1IOTA 2RAYX 4OWCA 3SP3A 3C7WA 1VDTA 1UIDA 1XEIA 3WUNA 4W96A 3C8SA 4N1CC 1W08A 2Y8PA 3G3WA 1JQUA 1C68A 3PDSA 1J1OY 1LZDA 1YAQA 4H94A 2RH1A 1D6QA 1L42A 1KIQC 1NDGC 5M1YA 1QT8A 4KL7A 3HU8A 1L13A 1LYHA 161LA 1GF9A 1LYFA 160LA 1L63A 1YL0X 1L15A 3TMXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP4 A;  4NGV A;  3SBA A;  4YXA C;  1YQV Y;  2Z19 A;  4DQ5 A;  1CU3 A;  244L A;  4BAP A;  2BQJ A;  5KXS A;  2H9J A;  1L10 A;  1L38 A;  1LWG A;  3HBD A;  1IY3 A;  4EJ4 A;  4EPI A;  1YL1 X;  2F2Q A;  1AZF A;  1C6C A;  5T3F A;  4DD3 A;  3DKE X;  3JR6 A;  4DDA A;  4EKR A;  1CUQ A;  4TSB A;  2C8P A;  1FKQ A;  4NIJ A;  3TXE A;  1QT7 A;  4NSJ A;  3B0K A;  150L A;  184L A;  4IJ4 A;  1LJ3 A;  1G7L C;  4TUN A;  1ZWN A;  2LHM A;  3LYO A;  2MEG A;  4HV1 A;  167L A;  2F30 A;  1G1W A;  1LZ4 A;  1REX A;  1L17 A;  3HH3 A;  4G4C A;  4HJY A;  1C7P A;  3T6U A;  2AUB A;  3DN4 A;  2HUL A;  229L A;  1GF3 A;  4WO6 A;  2B74 A;  1MEL L;  2YDG A;  1QT4 A;  255L A;  4GN4 A;  1PQI A;  5KXT A;  4ET9 A;  3PBL A;  220L A;  4ARL A;  1D0K A;  1GFT A;  1C6T A;  2MEA A;  1L22 A;  3B0O A;  2CJL A;  1G7H C;  1L89 A;  3DN8 A;  4HP0 A;  1LJ4 A;  1GFU A;  193L A;  2RB1 X;  1CU0 A;  4WG7 A;  1HEQ A;  187L A;  3QNG A;  3HT9 A;  5LXW A;  2LYM A;  253L A;  4PHI A;  251L A;  5HMV A;  1E8L A;  1LYO A;  5LVI A;  4XN6 A;  4MR1 A;  1LZ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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