181LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 181lA00
2RBRA 201LA 1D3NA 1L20A 1L34A 1P36A 1L77A 3L2XA 1G1VA 1L95A 1T6HA 214LA 2Q9EA 4DJHA 1C67A 3V2WA 1L0KA 1L96A 3C8SA 3HTDA 169LA 3NYAA 1L39A 1ZWNA 1L08A 1G0QA 2O4WA 3HT6A 1P64A 151LA 198LA 1L10A 1CV1A 174LA 3HWLA 2B72A 1C6HA 1DYDA 1L48A 164LA 233LA 1P3NA 6LZMA 1CU0A 2A4TA 217LA 1XJTA 1D2WA 1D3FA 1L80A 2L78A 137LA 1L83A 171LA 1L06A 1L89A 1L14A 147LA 3LZMA 167LA 1I6SA 1KY1A 1L43A 1C6AA 1QTZA 1KNIA 1L58A 3RUNA 3G3WA 1LLHA 4LDLA 160LA 1L63A 3HTGA 4I7OA 178LA 1C6QA 4IAPA 2O79A 1L05A 213LA 1C64A 1L85A 176LA 3DN6A 212LA 1QTVA 4GBRB 3V2YA 2B70A 131LA 1L91A 243LA 172LA 3HTBA 155LA 1D3JA 1G0PA 240LA 1L54A 224LA 2RB1X 1SX2A 3GUMA 1OWZA 183LA 225LA 1L11A 1G0JA 4ZPUA 3SB5A 1P56A 220LA 3D4SA 3F9LA 4EJ4A 1L65A 4I7QA 1L56A 247LA 1CV6A 4PJZA 2OE4X 191LA 2RBNA 2NTGA 1G0GA 2B6YA 2F2QA 1QSQA 4LDOA 1ZYTA 228LA 3SB6A 1C6GA 1NHBA 3VW7A 3C80A 4W55A 1L86A 1L41A 1QUOA 3FA0A 1L92A 1QTHA 1C6CA 119LA 1CV5A 1DYGA 1B6IA 3C82A 3SB7A 2F32A 2OU9A 4W59A 1L19A 1QUHA 1L40A 239LA 1L59A 205LA 1OV7A 4ARPA 1L67A 3SBAA 1C6EA 255LA 3HDFA 3NY8A 1SX7A 4DKLA 1KS3A 1PQDA 1L93A 223LA 3SB8A 4OO9A 2RBSA 1L42A 2IGCA 1L31A 3DMXA 218LA 1C68A 4ARLA 1G06A 244LA 215LA 1D3MA 1L51A 181LA 2OU0X 3C7WA 1LYJA 253LA 2LCBA 3HH6A 3HT9A 3PBLA 3OE0A 226LA 192LA 4W52A 1CU3A 1G0KA 3HT8A 2B75A 187LA 4W57A 3HU9A 4LDEA 1P7SA 1CU5A 2B6XA 2RAYX 184LA 200LA 3QAKA 1L32A 4I7PA 3C7YA 1ZURA 1LWKA 1L12A 1L46A 2RB2X 2RH1A 1L88A 1L84A 257LA 2CUUA 4E97A 143LA 1L28A 1QS5A 3HUQA 3DN0A 1PQJA 1C6FA 1L35A 1G0MA 1C6KA 1C6BA 248LA 2RBPA 236LA 3FADA 2QB0B 141LA 1L37A 1L29A 1G1WA 4YXAC 246LA 1L99A 3OE6A 1L68A 3C8RA 125LA 127LA 2OU8A 4EKQA 180LA 1T8GA 139LA 222LA 2B73A 4S0WA 3HH4A 1L64A 2OE7X 140LA 1P6YA 162LA 1QUDA 1C6IA 2RAZX 1PQMA 3GUOA 1C65A 7LZMA 1L62A 249LA 262LA 4W51A 110LA 1P46A 182LA 1L69A 1L61A 1LYFA 145LA 1L81A 2NTHA 2B6TA 150LA 242LA 4AQNA 4W54A 1C69A 1QS9A 3GUPA 1T97A 190LA 1LPYA 4GRVA 122LA 1KW7A 1OWYA 4ARQB 1C6TA 3GUKA 3CDOA 1DYFA 1L82A 1SSYA 4YX7C 1DYBA 152LA 216LA 1L00A 1L36A 1OVHA 245LA 157LA 1L27A 1TLAA 256LA 1L15A 4ARMA 2QARC 2Q9DA 241LA 1CUQA 1T8AA 108LA 1QUGA 1XJUA 166LA 1L73A 3DMZA 1LGUA 3DMVA 2B6WA 1L49A 1C60A 1L0JA 2B7XA 1L75A 1C63A 1PQOA 211LA 219LA 209LA 146LA 3C8QA 4W53A 1LYDA 1OV5A 161LA 175LA 1LYGA 1LYEA 1PQIA 1C6NA 104LA 1WTHA 3HDEA 1C6LA 1LW9A 4ARJA 1KY0A 1JQUA 1L71A 168LA 4EKSA 1QTDA 103LA 1L33A 149LA 1DYEA 1L30A 1LGWA 3EMLA 1L02A 5LZMA 1L52A 1QT5A 3RZEA 1JTNA 1L26A 2RBOA 1L98A 1C6PA 1L72A 2HULA 3GUNA 1L09A 230LA 1DYAA 4DAJA 1L87A 210LA 3DN3A 4I7KA 3GULA 4I7RA 3HU8A 1P2RA 221LA 1L97A 1L25A 1OVJA 3DN2A 4ARMB 107LA 1C6DA 1L47A 3HUKA 4I7JA 158LA 3PDSA 112LA 1CUPA 159LA 1L17A 234LA 1P5CA 3GUIA 1CVKA 4ARQA 258LA 3ODUA 1L50A 2ANVA 1QT6A 3JR6A 129LA 1L55A 2OTZX 1LI2A 113LA 4I7MA 3C7ZA 3DN1A 1L21A 1T8FA 4EXMA 1L24A 3CDTA 254LA 102LA 3C81A 1SWZA 4EPFA 1OVKA 126LA 111LA 3C83A 4K5YA 170LA 3SBBC 1KW5A 2ANXA 130LA 188LA 206LA 1LYHA 1L18A 3G3VA 1L74A 1CX7A 1QSBA 114LA 261LA 4LZMA 1LYIA 1CU2A 2RB0X 3DN8A 1CV4A 1L22A 3GUJA 163LA 1C6JA 1L76A 3HTFA 1LI6A 1PQKA 2RBQA 1CV0A 4EKPA 1L03A 2Z6BA 3HH3A 186LA 120LA 2F47A 1L90A 3DN4A 1P2LA 4W58A 1QTBA 195LA 142LA 237LA 1L79A 1L60A 2LZMA 4I7TA 4YXCA 3OE8A 260LA 1C6MA 1CX6A 238LA 232LA 196LA 229LA 1G07A 197LA 3HUAA 173LA 4PK0A 3F8VA 3L64A 1QT7A 2OTYX 189LA 1CV3A 1CTWA 1QT8A 3G3XA 177LA 1L16A 1QT4A 3CDVA 3K2RA 1LWGA 144LA 2LC9A 235LA 3CDQA 1L57A 1CU6A 2HUMA 1K28A 252LA 1L01A 3NY9A 1L04A 3DKEX 1D2YA 2B74A 1OYUA 3DNAA 1DYCA 1G0LA 1SWYA 199LA 1L53A 1L13A 1QTCA 3CDRA 3UONA 1C62A 2O7AA 109LA 1C66A 118LA 2OE9X 5I14A 1JTMA 115LA 1QT3A 1D9WA 3SB9A 251LA 1L66A 1SSWA 1L23A 4W56A 1LGXA 1L44A 1LI3A 227LA 4EKRA 3SN6R 4EPIA 1L07A 165LA 1L38A 4I7SA 138LA 185LA 231LA 2B6ZA 3FI5A 3HH5A 1L70A 128LA 3HT7A 1EPYA 123LA 1L45A 4I7NA 156LA 259LA 2HUKA 148LE 1C61A 4I7LA 1P37A 1XEPA 3OE9A 2OEAX 1L94A 250LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N9CA 1L34A 1G1VA 5HNLA 2W1YA 1B0DA 1LCNA 4H9CA 4NG8A 3HTDA 1LSPA 4G4BA 1P64A 4LYTA 198LA 1GE0A 1JJ3A 1DYDA 1P2CC 233LA 2D4IA 3LYTA 1D2WA 1D3FA 1FLUA 1L83A 171LA 2YSSC 2H5ZA 1L89A 1HMLA 3LZMA 4LT3A 1C6AA 1QTZA 1KNIA 1IP2A 1L63A 2O79A 1L05A 1RJCB 4ET9A 1HERA 1GB7A 5L3HA 2BQMA 2I6ZA 1LZNA 4G4CA 212LA 1IP3A 243LA 172LA 3HTBA 155LA 1G0PA 1LSEA 2RB1X 5A3EA 3AW7A 2DKVA 3GUMA 4OWAA 2FYDA 1GFKA 5I4XA 3F9LA 1UIFA 2HEEA 1F10A 247LA 3WH1A 1CV6A 4PJZA 1B9OA 1JITA 1CKFA 4LDOA 1LPIA 3SB6A 1LSGA 1V7SA 1OUIA 1LZ5A 3A93A 1QUOA 1F6RA 1QTHA 119LA 1CV5A 2CWIA 4NHQA 2C8OA 1EL1A 2F32A 4W59A 1QUHA 2N5ZA 4B0DA 1CKCA 4M4OA 5L9JA 1JKBA 1C6EA 1LZGA 2BQCA 3HDFA 1SX7A 5HNCA 4I0CA 4B49A 5LVHA 2HEFA 4OO9A 1GF0A 2IGCA 1IP7A 1C68A 4GLAA 5FEKA 5F14A 1GF9A 2OU0X 2LCBA 1J1OY 1NKHA 3RW8A 192LA 2ZQ3A 3HT8A 187LA 1V7TA 4NGYA 184LA 1OQMA 1YIKA 1AKIA 3W6EA 3FI7A 5E9RA 1GBZA 1ZURA 1IP1A 4WL7A 2RH1A 4N5RA 5FDJA 4H94A 143LA 4NHIA 2BQGA 3DN0A 4DQ5A 1LHLA 2EKSC 2LHMA 3FADA 1HENA 2QB0B 5C6JA 1L29A 1G1WA 5LYMA 1L99A 1J1PY 5ILCA 3TXJA 4PHIA 4DD2A 4NSGA 1L64A 3W6DA 2LYZA 2XJWA 1EQEA 4H90A 1Z55A 1IC5Y 4WMGA 2XTHA 262LA 4GN3A 3BKVA 1QDRA 5LVJA 1LKRA 182LA 1LZSA 1XFPL 2F4AA 1OP9B 4WL6A 2DQGY 4N1CC 4NSIA 1CKHA 1T3PA 150LA 242LA 4W54A 1QS9A 4DD0A 2BQDA 2BQAA 3CDOA 1DYFA 1BVKC 1L82A 4OOOA 1YAPA 1DYBA 3GXRA 2Z19A 3K3TA 5KXWA 2QARC 1AT6A 1GF7A 3P65A 3TXEA 1CUQA 5KKIA 4R0FA 1L49A 3A67Y 4GN4A 1L75A 5LVGA 3HFMY 4CHXA 1HEWA 1IP6A 209LA 1BB3A 175LA 3M18B 1LZTA 1WTHA 5HQ1A 1GHLA 5T3FA 4B4JA 168LA 4I8SA 1BQLY 1GB2A 149LA 1LGWA 1DI3A 1XEKA 1L26A 1YL0X 1GXXA 1L98A 3GUNA 1L87A 1G7HC 1KXXA 4DD9A 4ARMB 4G4HA 1C6DA 1L47A 1UCOA 4DQ7A 158LA 1LJJA 3CSRA 4NGVA 3LN2A 1XGPC 1WQPA 2MEBA 3PDSA 3IJUA 159LA 1L17A 1CVKA 258LA 3ODUA 2ZWBA 1QUTA 1LI2A 113LA 1VATA 4EXMA 1LKSA 4EMNA 1ALCA 3WYHA 1OVKA 1XEJA 126LA 111LA 1KXYA 3P66A 4YM8A 1IWYA 1LZ1A 130LA 1LZ8A 4IASA 4LZMA 1LYIA 1CV4A 2F2NA 3HTFA 3AJNA 1IWUA 1CV0A 3HH3A 5C6IA 1P2LA 2D4JA 2LZMA 4AGAA 2LZTA 260LA 1IVMA 1D6PA 1CX6A 3EBAB 229LA 1DKKA 4QEQA 197LA 173LA 207LA 1ZV5L 1OUFA 4Z46A 1NDMC 2BQJA 4U3XB 3FE0A 2MEAA 5B1GA 1BGIA 4NFVA 2A7FA 4A7DA 1DZBX 1L57A 1VEDA 2D6BA 1L04A 4H9BA 5C6LA 1OYUA 2XBRA 1HEOA 4P2EA 1DYCA 2ZIJA 4LFXA 3ULRA 3CT1A 4GCCA 3UONA 3RU5A 251LA 2BLYA 4NG1A 1IOSA 1GFHA 1LZRA 2HEBA 1HSXA 1LI3A 4EKRA 3WU8A 2Q0MX 1L07A 4I7SA 185LA 3HH5A 1L70A 1EPYA 4W96A 1MELL 2G4PA 4NIJA 4I7NA 1DKJA 1UIDA 4YENA 1C61A 4H8XA 5LYTA 1XEPA 3B6LA 1QSAA 1DXJA 3WPKA 201LA 1D3NA 1L20A 4IATA 4DDAA 1P36A 3L2XA 1JWRA 1WQOA 1L0KA 4PGJB 1IO5A 3LYOA 5A3ZA 3N9AA 1HEQA 169LA 2DQFC 1ZWNA 3NYAA 1L08A 4OWBA 1G0QA 2O4WA 1NF5A 1JTOL 1L10A 1CV1A 1LZ6A 4DT3A 4HV2A 1L48A 6LZMA 2HU1A 4WM2A 1LMOA 1XJTA 3F6ZA 3TXHA 1B5XA 147LA 1YAOA 2XQOA 3QNGA 3RUNA 3G3WA 1FKVA 1GEVA 1YANA 2ZIKA 5I54A 160LA 1UA6Y 154LA 1JTPL 4IAPA 5F9UA 3ZVQA 1BWJA 2CGIA 5KXOA 1NQIA 4BS7A 1QUSA 5F9XA 1CJ9A 5KXXA 3P68A 1FLQA 224LA 1GPQC 1B7PA 2IHLA 134LA 1G0JA 1P56A 1YKYX 220LA 4NEBA 1IORA 191LA 1GE1A 2LYMA 2NTGA 2F2QA 5KXTA 1IOTA 4H91A 4GCFA 4KL7A 3LHMA 3VW7A 1IR7A 3C80A 1L86A 1TCYA 3FA0A 1GEZA 1DYGA 1LHHA 3C82A 3SB7A 1L19A 1LJKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3N9C A;  1L34 A;  1G1V A;  5HNL A;  2W1Y A;  1B0D A;  1LCN A;  4H9C A;  4NG8 A;  3HTD A;  1LSP A;  4G4B A;  1P64 A;  4LYT A;  198L A;  1GE0 A;  1JJ3 A;  1DYD A;  1P2C C;  233L A;  2D4I A;  3LYT A;  1D2W A;  1D3F A;  1FLU A;  1L83 A;  171L A;  2YSS C;  2H5Z A;  1L89 A;  1HML A;  3LZM A;  4LT3 A;  1C6A A;  1QTZ A;  1KNI A;  1IP2 A;  1L63 A;  2O79 A;  1L05 A;  1RJC B;  4ET9 A;  1HER A;  1GB7 A;  5L3H A;  2BQM A;  2I6Z A;  1LZN A;  4G4C A;  212L A;  1IP3 A;  243L A;  172L A;  3HTB A;  155L A;  1G0P A;  1LSE A;  2RB1 X;  5A3E A;  3AW7 A;  2DKV A;  3GUM A;  4OWA A;  2FYD A;  1GFK A;  5I4X A;  3F9L A;  1UIF A;  2HEE A;  1F10 A;  247L A;  3WH1 A;  1CV6 A;  4PJZ A;  1B9O A;  1JIT A;  1CKF A;  4LDO A;  1LPI A;  3SB6 A;  1LSG A;  1V7S A;  1OUI A;  1LZ5 A;  3A93 A;  1QUO A;  1F6R A;  1QTH A;  119L A;  1CV5 A;  2CWI A;  4NHQ A;  2C8O A;  1EL1 A;  2F32 A;  4W59 A;  1QUH A;  2N5Z A;  4B0D A;  1CKC A;  4M4O A;  5L9J A;  1JKB A;  1C6E A;  1LZG A;  2BQC A;  3HDF A;  1SX7 A;  5HNC A;  4I0C A;  4B49 A;  5LVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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