183LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 183lA00
180LA 1L66A 2OE4X 138LA 1K28A 3CDTA 223LA 2RBQA 1SX7A 248LA 2OU8A 1LI6A 3HTDA 1L91A 3GULA 110LA 131LA 3JR6A 1L18A 3DN3A 183LA 1CVKA 235LA 1T6HA 1D2WA 1L80A 1L81A 1C6JA 173LA 2F47A 1P46A 137LA 240LA 2B6YA 3DN8A 1L76A 3CDVA 4GRVA 3L64A 181LA 224LA 1L07A 1QT7A 1D9WA 1C67A 111LA 211LA 4PJZA 2RBOA 191LA 1L16A 3LZMA 3HUKA 205LA 1L21A 3DN2A 2RB2X 4LDOA 1L57A 1DYGA 1QTHA 3C82A 4YX7C 139LA 214LA 1JTMA 1T8AA 1G0PA 152LA 1C6TA 1L73A 1JTNA 1L20A 3DN0A 1LW9A 1C6AA 2RH1A 3PDSA 118LA 1CV1A 213LA 206LA 220LA 1C60A 1P36A 1G1WA 1L72A 1L70A 1PQIA 249LA 1C6FA 1P7SA 4AQNA 1L11A 209LA 1L19A 2Q9EA 1L40A 3F8VA 1L09A 1ZYTA 182LA 158LA 3DMZA 187LA 1LYIA 3K2RA 1L44A 3FADA 2RAYX 3EMLA 1DYAA 227LA 127LA 1L10A 119LA 2Z6BA 3HT7A 1ZWNA 3DN6A 1OVKA 231LA 3ODUA 2RAZX 1L59A 3G3VA 3UONA 1QTVA 1QS9A 156LA 3NYAA 145LA 3GUNA 2QARC 4I7KA 4EPIA 1L62A 1QT6A 1XJUA 1L74A 1OWZA 1QS5A 1G0GA 1L85A 1L87A 169LA 4W57A 3SN6R 3HTGA 1L28A 3HT8A 108LA 4ARLA 120LA 1L33A 3C7YA 1C6NA 1T8FA 5I14A 1DYCA 1OWYA 2B74A 216LA 2IGCA 1CUQA 1CU6A 4LZMA 1C62A 151LA 3G3WA 3HTFA 2RB1X 1C6HA 1LYDA 1L00A 2OE9X 3C7ZA 200LA 261LA 143LA 1L01A 1L58A 1LYEA 2L78A 196LA 1L22A 1L48A 1L61A 1LYGA 3RZEA 1L79A 1C6QA 4GBRB 192LA 3OE6A 1L30A 233LA 2B70A 4EJ4A 1SSWA 1L34A 2Q9DA 3C83A 3FA0A 1L15A 1L64A 4YXCA 1NHBA 1LPYA 1QSBA 4W53A 1CX6A 165LA 142LA 1L32A 1L29A 1G07A 1L71A 4W56A 1KW7A 3GUIA 163LA 1XEPA 1C64A 221LA 1D2YA 146LA 236LA 4S0WA 1C6GA 3DMVA 4ARPA 1QUOA 1C6BA 172LA 4W55A 1L03A 114LA 251LA 2RBPA 1L69A 148LE 1L96A 1LI2A 2CUUA 1G1VA 149LA 1CU0A 1L89A 1L02A 130LA 198LA 1LGUA 3HH4A 3C8RA 1L67A 4ARQA 190LA 1L05A 212LA 174LA 2F32A 242LA 1CU3A 1CV0A 3DN1A 4ARJA 3NY9A 1C6MA 1D3NA 1CU5A 2B72A 140LA 3GUOA 7LZMA 107LA 1PQDA 1L43A 2B6ZA 1L26A 1L95A 4I7JA 2B73A 2B6WA 4I7QA 3L2XA 128LA 144LA 2RB0X 176LA 1L41A 201LA 4DJHA 1L90A 102LA 1CX7A 1L88A 1I6SA 2OTYX 3D4SA 1CV4A 1L54A 3HU9A 3DMXA 4I7PA 1CV3A 1QT4A 122LA 1T8GA 2OTZX 167LA 1L12A 4E97A 215LA 2B6XA 3SB7A 1C61A 4W58A 1C6PA 3DKEX 126LA 1PQMA 1G0LA 1LWGA 4ARQB 241LA 1C69A 4LDEA 1CUPA 109LA 1C6KA 1L52A 253LA 210LA 3C80A 2O79A 150LA 3G3XA 1QT5A 2B7XA 185LA 2HULA 3HUAA 234LA 164LA 1CU2A 1L36A 1D3MA 1L93A 1ZURA 1L82A 1L08A 4EKQA 147LA 1L75A 112LA 1L47A 3HH5A 262LA 5LZMA 3GUKA 243LA 4W52A 4ARMA 1QUHA 186LA 3C7WA 256LA 1DYBA 3VW7A 238LA 1D3FA 1L84A 3GUMA 3HDFA 4DKLA 3GUJA 1XJTA 247LA 1P37A 2NTHA 161LA 3SB9A 1QSQA 3HT6A 1KS3A 1KY0A 1PQJA 1L14A 2QB0B 1L13A 3NY8A 2ANXA 4W54A 259LA 1KNIA 1SSYA 3HH3A 178LA 1QTBA 1QT3A 1TLAA 225LA 1L83A 3SB6A 258LA 218LA 4W59A 1L53A 1L46A 1SWZA 1C68A 2LC9A 2OU9A 160LA 1T97A 252LA 3C8QA 3HTBA 1L37A 2B75A 3SB8A 3OE8A 246LA 1L04A 199LA 3OE0A 1KY1A 219LA 3OE9A 4OO9A 1LGWA 4EKSA 2HUKA 1LGXA 184LA 1P6YA 1LLHA 1C66A 239LA 4LDLA 250LA 222LA 4W51A 4ARMB 1WTHA 1L68A 104LA 1C6LA 229LA 2LCBA 4I7SA 1P3NA 3CDQA 1L35A 1L94A 1QUDA 6LZMA 1P56A 3CDRA 188LA 1L06A 1C6DA 3HU8A 3HDEA 1L38A 1L55A 244LA 103LA 2ANVA 159LA 4I7NA 1L23A 1LYJA 228LA 1JQUA 4I7RA 177LA 189LA 4I7LA 1P5CA 3SBAA 2O7AA 4YXAC 1DYFA 4EKPA 155LA 162LA 1CV6A 254LA 3SB5A 4EPFA 2RBSA 3V2WA 1L77A 3CDOA 4IAPA 4DAJA 260LA 1L24A 195LA 1C6IA 3C81A 3DNAA 1C6EA 3HT9A 1L97A 4PK0A 1G0QA 1L0KA 123LA 1OVJA 2F2QA 166LA 1OVHA 2O4WA 125LA 1L99A 2RBRA 226LA 175LA 1LI3A 1L27A 4EKRA 1LWKA 1L25A 1P2RA 3QAKA 2OEAX 217LA 3F9LA 1QTZA 1PQOA 1L42A 4ZPUA 1L31A 1SWYA 1LYFA 1QTCA 1G0KA 1OV5A 1EPYA 1OYUA 1C65A 2RBNA 113LA 2NTGA 168LA 1L65A 2B6TA 1C63A 232LA 4I7OA 1B6IA 2HUMA 1L92A 257LA 197LA 3FI5A 3HH6A 3RUNA 1G06A 230LA 3HWLA 1L0JA 1CV5A 4K5YA 1L86A 3C8SA 1DYDA 1QUGA 129LA 4I7MA 1L60A 3SBBC 3V2YA 4I7TA 1L49A 3GUPA 1C6CA 1D3JA 1G0MA 157LA 255LA 1P2LA 1L56A 1L45A 1P64A 1L51A 1G0JA 1OV7A 1QTDA 3PBLA 141LA 245LA 1PQKA 2LZMA 1DYEA 1L98A 1KW5A 2OE7X 1LYHA 3DN4A 1SX2A 115LA 1L17A 1L63A 237LA 3HUQA 4EXMA 2OU0X 170LA 171LA 1QT8A 1CTWA 2A4TA 1L50A 1L39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L66A 5LVIA 1LZ5A 1QDRA 223LA 2RBQA 193LA 2H9KA 4LFXA 3JR6A 1LTMA 1CVKA 1YAQA 1LZGA 5KXNA 2ZILA 1C6JA 4O34A 1L76A 3CDVA 4GRVA 1IC7Y 1IP4A 1D9WA 1NKHA 1REMA 2ZYCA 3WU8A 2RBOA 1L16A 3TXGA 3HUKA 1KIPC 5F14A 5L9JA 2HU3A 1QTHA 139LA 5KKIA 2Q0MX 1L20A 1XGPC 3DN0A 1C6AA 1YKXX 2RH1A 3KAMA 1CV1A 213LA 206LA 1C60A 1P36A 1UCOA 3AGIA 5T3FA 2FYDA 1L19A 1L40A 3WULA 1L09A 5E4PA 1DI4A 187LA 3K2RA 3EXDA 1EQ4A 2RAYX 3EMLA 5B59A 3WUAA 1B7SA 4NSJA 1LJNA 3WPKA 156LA 4Z46A 1IWYA 4YOPA 4XJDA 1LMPA 3HBDA 5AMYA 1WQQA 1CKDA 3HTGA 5KXMA 2CJLA 2ZQ3A 1L33A 3C7YA 3A67Y 1C6NA 1G7JC 1CU6A 194LA 1C6HA 3C7ZA 261LA 4B49A 2N5ZA 1JISA 3TXDA 2L78A 196LA 1QUSA 1LYGA 1L61A 3RZEA 3AB6A 1DQJC 1OUIA 1B5ZA 1IY4A 4EJ4A 3A6BY 1B5YA 4GCFA 1EQ5A 1L15A 1GF6A 1B0DA 1CX6A 1YAMA 1L29A 1KW7A 3GUIA 163LA 1FKVA 1W08A 1XEPA 1P2CC 2YBNA 1D0LA 1GEVA 2BQFA 3DMVA 3P64A 1HERA 5LVGA 3AYQA 1F0WA 1C6BA 5FEKA 2LYZA 4DQ5A 3CT1A 251LA 2RBPA 1AT5A 4RDSA 1LYZA 4YENA 1IOQA 4OWEA 4ETBA 1CU0A 3HH4A 2BQDA 3CT0A 2XQOA 1CU3A 1C43A 4OWBA 3NY9A 1YAPA 4W94A 4ET9A 140LA 1NF5A 5F9UA 1ZV5L 4BS7A 107LA 1PQDA 4XJBA 4ETDA 5LYTA 4G49A 4H8YA 1D6PA 144LA 3HBEX 201LA 1L88A 1I6SA 3E3DA 4GLVA 1GE1A 1LZ1A 2MEDA 4QGZA 167LA 215LA 1BWIA 1C61A 3DKEX 126LA 1YL1X 4QEQA 4ARQB 1OUFA 4XJGA 4GCDA 1C69A 2BLXA 4LDEA 3WW5A 1GB0A 1DPWA 109LA 1GDWA 5C6IA 1JTPL 4OOOA 2B7XA 2DBTA 2HULA 3LYOA 1CJ8A 5EBHA 1D3MA 1ZURA 1L82A 4CJ2A 4G4CA 1L08A 5B05A 1TBYA 1L47A 1LJ3A 3B72A 243LA 1KXYA 4W52A 3A93A 3ULRA 1L84A 4XYYA 2W1MA 1IP1A 1XJTA 1YIKA 1P37A 3G3BB 2NTHA 4H8ZA 2YVBA 1QSQA 3HT6A 4BADA 1KXXA 1IP5A 1HFZA 1B9OA 1D6QA 1YKYX 3WH1A 1RE2A 3NY8A 1LYOA 2MEAA 2DQCY 1L83A 1LZ9A 1SWZA 1LMQA 2BPUA 160LA 1LKRA 5HMVA 1IC5Y 2D6BA 3OE0A 1KY1A 4OO9A 5KXYA 4ZFPA 2HUKA 1LGXA 1XSFA 4XADA 1LZ8A 5ILFA 1P6YA 1C46A 2F30A 1AKIA 104LA 3FE0A 5LVJA 5APFA 1UBZA 1GBYA 3CDQA 2ZQ4A 2BLYA 1IY3A 6LZMA 1P56A 1IX0A 1HC0A 4XJHA 2D91A 1L06A 1C6DA 3HU8A 4OOTA 3WU9A 4BAFA 1BGIA 2ANVA 4I7NA 4OWAA 5F9XA 2Z38A 1GEZA 4NHPA 3QE8A 2HEEA 5HNLA 1DYFA 1QTEA 5B1FA 2I25L 260LA 1IORA 1GBXA 4WMGA 4B4JA 1C6EA 2HU1A 1L0KA 2F2QA 166LA 1OVHA 1OUJA 4TWSA 4H1PA 1LHLA 2RBRA 5D5CA 175LA 1IR7A 1HEOA 1L25A 1P2RA 1WTNA 3LYTA 1QTZA 1PQOA 3ATNA 1OV5A 4WM4A 1OYUA 1UIHA 1C65A 4CFPA 1LHMA 1UIFA 1IP6A 3K3TA 2NTGA 4AGAA 2B6TA 4ML7A 4I7OA 1BHZA 1LSDA 257LA 197LA 3FI5A 3HH6A 4HV1A 1VDPA 1LJKA 4ZIXA 5C6JA 1GBSA 4NGVA 2BQJA 1RI8B 3P65A 4UWUA 3C8SA 129LA 1YKZX 3A96A 1F6SA 4DC4A 5KXOA 1NBZC 1GFGA 2F4GA 2BQKA 1L56A 1L51A 4H9CA 1GFAA 3AZ4A 1B5WA 1FN5A 3AZ7A 4MCKA 2DQJY 1KIRC 2LZ2A 4LT1A 1SX2A 5IHGA 1LJFA 2A4TA 2RB1X 1L39A 180LA 3WXUA 138LA 1VDQA 1B7MA 1K28A 1SX7A 3HTDA 1LI6A 1BB5A 1L91A 3GULA 110LA 1G7HC 5KXZA 131LA 2BQIA 1J1PY 1L18A 1JWRA 235LA 1T6HA 4PPOA 4H90A 4WG1A 1NQIA 2B6YA 3DN8A 5A3EA 5J7CA 3L64A 1QT7A 1GBZA 4XJIA 4PJZA 1SQ2L 3LZMA 2ZIKA 205LA 4WM6A 1G7IC 2RB2X 1LHKA 3WUNA 4H8XA 4YEMA 214LA 1JTMA 152LA 5E9RA 1IP7A 4FDYA 5FELA 2EQLA 4NGIA 4HPIA 118LA 4DD2A 1G1WA 4WM3A 1PQIA 1B7RA 249LA 3WPLA 1XGUC 3LYZA 1P7SA 4ET8A 1BB7A 1GB3A 4UWVA 158LA 1GF7A 1LYIA 1L44A 5II3A 1IR8A 1DYAA 4DT3A 227LA 4H94A 5KXXA 127LA 1L10A 4W96A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L66 A;  5LVI A;  1LZ5 A;  1QDR A;  223L A;  2RBQ A;  193L A;  2H9K A;  4LFX A;  3JR6 A;  1LTM A;  1CVK A;  1YAQ A;  1LZG A;  5KXN A;  2ZIL A;  1C6J A;  4O34 A;  1L76 A;  3CDV A;  4GRV A;  1IC7 Y;  1IP4 A;  1D9W A;  1NKH A;  1REM A;  2ZYC A;  3WU8 A;  2RBO A;  1L16 A;  3TXG A;  3HUK A;  1KIP C;  5F14 A;  5L9J A;  2HU3 A;  1QTH A;  139L A;  5KKI A;  2Q0M X;  1L20 A;  1XGP C;  3DN0 A;  1C6A A;  1YKX X;  2RH1 A;  3KAM A;  1CV1 A;  213L A;  206L A;  1C60 A;  1P36 A;  1UCO A;  3AGI A;  5T3F A;  2FYD A;  1L19 A;  1L40 A;  3WUL A;  1L09 A;  5E4P A;  1DI4 A;  187L A;  3K2R A;  3EXD A;  1EQ4 A;  2RAY X;  3EML A;  5B59 A;  3WUA A;  1B7S A;  4NSJ A;  1LJN A;  3WPK A;  156L A;  4Z46 A;  1IWY A;  4YOP A;  4XJD A;  1LMP A;  3HBD A;  5AMY A;  1WQQ A;  1CKD A;  3HTG A;  5KXM A;  2CJL A;  2ZQ3 A;  1L33 A;  3C7Y A;  3A67 Y;  1C6N A;  1G7J C;  1CU6 A;  194L A;  1C6H A;  3C7Z A;  261L A;  4B49 A;  2N5Z A;  1JIS A;  3TXD A;  2L78 A;  196L A;  1QUS A;  1LYG A;  1L61 A;  3RZE A;  3AB6 A;  1DQJ C;  1OUI A;  1B5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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