184LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 184lA00
3L64A 1DYFA 1L91A 4LDOA 2F2QA 128LA 4EJ4A 1P37A 3GUMA 2B74A 4I7QA 2RB1X 1P7SA 1L98A 1LI3A 1L23A 2F32A 211LA 3C7ZA 188LA 1QTHA 125LA 178LA 1L58A 1L0KA 3UONA 259LA 220LA 4ARMB 3HWLA 246LA 148LE 3CDTA 2Z6BA 3HT8A 1L06A 1L81A 112LA 3F8VA 3L2XA 1L63A 1QUDA 2RBRA 4ARLA 1L84A 1QT3A 143LA 4I7OA 1KNIA 1L70A 218LA 1L20A 174LA 1C6NA 3DN6A 1G0JA 1CVKA 197LA 4S0WA 1L21A 3SB7A 109LA 1G0MA 4ARPA 1C6GA 1L45A 161LA 1P46A 1QT4A 1CV5A 144LA 1L00A 2OTZX 3C80A 2RBQA 4GRVA 3HU8A 150LA 168LA 4I7SA 3C83A 6LZMA 4EXMA 3CDQA 185LA 1LYIA 2OE9X 2RBNA 1OVKA 225LA 2ANVA 3FADA 111LA 1DYCA 1KW7A 1OYUA 4EKRA 3C7WA 1L26A 126LA 1L27A 3VW7A 2B6WA 1CV1A 141LA 253LA 247LA 1L94A 3OE8A 257LA 4W51A 223LA 1L48A 1C65A 1LYGA 1L92A 127LA 1L37A 1QUGA 1CX6A 165LA 1C62A 3EMLA 1L62A 1L39A 1L19A 3HTGA 142LA 1L87A 159LA 1L49A 3HT6A 3HUAA 1TLAA 147LA 1CX7A 219LA 1C6LA 1L85A 3HU9A 2Q9DA 1SWYA 3HT7A 4EPIA 1LYFA 1OV7A 2HUMA 244LA 1P2LA 104LA 255LA 3CDRA 1L24A 248LA 4I7RA 187LA 1JTMA 3RZEA 2L78A 1B6IA 2QB0B 1L31A 1L71A 1QSQA 1L22A 2RBOA 1L42A 2RH1A 3PDSA 210LA 3FI5A 1C6FA 3HUKA 1L54A 190LA 4ARJA 1L34A 1L74A 241LA 4ARQA 1L41A 1OVHA 3GUOA 3FA0A 1C6CA 3HTFA 1DYDA 1LGUA 235LA 222LA 1PQJA 1L59A 151LA 3HTBA 1ZYTA 2O79A 2HUKA 3SB5A 3QAKA 1C6BA 1T8AA 2RB2X 4DJHA 1LGXA 2NTHA 2OU8A 1JTNA 1ZURA 3NYAA 1CV6A 1L17A 1G0PA 1CUPA 1L01A 4EKQA 1L09A 3NY9A 1CV0A 164LA 231LA 1L69A 1OVJA 4LZMA 1LYJA 3C8SA 1L32A 149LA 1L61A 1KY1A 234LA 1C6QA 131LA 1G1WA 1L18A 3DN2A 3K2RA 3ODUA 3C81A 1C6AA 3F9LA 3HUQA 156LA 4I7MA 2O7AA 1L55A 1L65A 3JR6A 3SBBC 4W56A 3DNAA 1L33A 4EKSA 1D2WA 139LA 1L38A 1NHBA 1L53A 3HDEA 119LA 224LA 3HH3A 2HULA 1L90A 4W52A 1C68A 1QTBA 1L76A 1L60A 205LA 1KW5A 4I7LA 1L73A 3DMVA 4IAPA 177LA 217LA 2RB0X 163LA 169LA 1QTVA 242LA 1L03A 254LA 2OE4X 1C6MA 229LA 1L30A 249LA 4LDLA 129LA 1L12A 199LA 1EPYA 118LA 3HDFA 166LA 1L80A 1L46A 1OWZA 3D4SA 4DKLA 1CU0A 1XJUA 251LA 1C67A 1L88A 3V2WA 1L93A 2LC9A 1CU6A 3C82A 3C8QA 4ARQB 256LA 1L82A 2CUUA 1L75A 4DAJA 213LA 1L40A 3G3WA 4EPFA 1L14A 3OE6A 103LA 216LA 1SWZA 3DN4A 3SB6A 230LA 1SX7A 1P64A 3G3VA 155LA 1L99A 3V2YA 4W59A 2RAZX 4YXAC 1CV3A 3NY8A 2NTGA 1LYHA 3GUKA 1C6TA 1QT7A 2B73A 3HH6A 1DYAA 1QS5A 138LA 1L35A 4PK0A 2OE7X 3OE9A 1L89A 1LGWA 1LYDA 1T8FA 176LA 1C6EA 1QT6A 1L44A 1C60A 4PJZA 3SBAA 260LA 1C66A 1LW9A 1P6YA 4W55A 3DMXA 1LWKA 102LA 1L79A 1P56A 1OWYA 3RUNA 189LA 1QTZA 130LA 1PQDA 258LA 212LA 214LA 3DN0A 146LA 2B72A 1C6DA 3G3XA 1L13A 1L97A 1G0QA 1C64A 2F47A 152LA 184LA 1KY0A 1C61A 245LA 195LA 1L25A 3HH4A 1K28A 1QT8A 181LA 261LA 2OU0X 1D9WA 160LA 115LA 4ZPUA 236LA 1G0GA 3DN8A 1G1VA 1C6PA 1L95A 1LI2A 5I14A 3DKEX 1SX2A 1LLHA 4I7NA 1C6IA 3GULA 170LA 1QS9A 1C63A 1L50A 1L29A 3C8RA 2OEAX 1C69A 186LA 1XEPA 2B6XA 1QT5A 4YXCA 1L64A 1L96A 226LA 2B7XA 1P3NA 1XJTA 4W53A 1G0KA 1L72A 1T8GA 250LA 2B6YA 137LA 120LA 1PQKA 1G0LA 1LWGA 1PQMA 3PBLA 2LCBA 233LA 243LA 1L02A 1L36A 227LA 5LZMA 1PQIA 1PQOA 1L66A 1L67A 4W54A 1JQUA 1L08A 182LA 4AQNA 3SB9A 1CV4A 237LA 4YX7C 4I7KA 1T97A 3HT9A 1D2YA 3CDVA 1D3FA 191LA 3DMZA 1L15A 1T6HA 3GUPA 3GUNA 7LZMA 2ANXA 108LA 206LA 2B6ZA 1CU5A 2RBSA 1G07A 1L77A 4I7JA 4I7TA 3HH5A 1L51A 4EKPA 122LA 201LA 107LA 140LA 2RAYX 158LA 200LA 1D3JA 1QUOA 3GUJA 3LZMA 221LA 238LA 3GUIA 4ARMA 123LA 1L47A 2O4WA 183LA 1OV5A 1QUHA 1DYBA 1I6SA 1L16A 1L11A 2B6TA 1L43A 1ZWNA 239LA 1P5CA 1KS3A 172LA 1DYGA 1LI6A 162LA 1LYEA 3SN6R 1L52A 2A4TA 173LA 1CU3A 1G06A 1P2RA 252LA 1L56A 1L83A 1C6KA 1L28A 175LA 2RBPA 1L68A 1L07A 1L86A 180LA 196LA 3C7YA 2QARC 228LA 1CUQA 1L57A 1D3MA 1L10A 1CU2A 3DN3A 3HTDA 145LA 4OO9A 114LA 215LA 2Q9EA 4I7PA 1L05A 1SSYA 192LA 1QSBA 2IGCA 2LZMA 1D3NA 262LA 4LDEA 1DYEA 1QTDA 209LA 1SSWA 232LA 3DN1A 4E97A 1QTCA 3OE0A 2B70A 167LA 1CTWA 1P36A 4W57A 4GBRB 3CDOA 3SB8A 4K5YA 1LPYA 2OTYX 171LA 1L04A 198LA 2B75A 1C6HA 1C6JA 4W58A 157LA 2OU9A 113LA 1WTHA 1L0JA 110LA 240LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LYOA 1DYFA 1JKAA 1GFTA 3LN2A 1L91A 4LDOA 128LA 1P37A 2B74A 1P7SA 4NIJA 188LA 1IWZA 1LSPA 2MEDA 4UWVA 1ZVHL 3WYHA 4ZEEA 3AZ6A 259LA 5FHWA 4N0JA 3HT8A 2Z6BA 1GFRA 2ZIJA 112LA 1GDXA 2YBIA 1FLYA 1QUDA 1QT3A 3B0KA 1NMMA 4NSIA 4NHIA 1G0JA 1REZA 4DDBA 1IVMA 161LA 1JKBA 1QT4A 144LA 3A90A 1TEWA 1OUBA 168LA 1V7SA 1DI3A 3CDQA 1IWVA 1OVKA 5FDJA 4NSJA 3FADA 111LA 4PGJB 1DYCA 1IOTA 3WW6A 1L26A 1OP9B 126LA 1CV1A 1GF4A 141LA 1C65A 1JTPL 1LYGA 3QE8A 1GBZA 1L37A 1H6MA 4NHPA 1QUGA 1C62A 1L62A 1L19A 3TXBA 4WG7A 1NF5A 5B1FA 1YAOA 219LA 1C6LA 3HU9A 4HV2A 4XJFA 3AW7A 3CDRA 4XYYA 3TXHA 1L24A 4HPEA 4M6DA 1IWUA 1GFJA 1L71A 1YIKA 1GDWA 1DZBX 4YOPA 1LMPA 2RBOA 2Z37A 4N9RA 3W6CA 210LA 1L54A 5LYTA 1OVHA 2BPUA 3A6CY 3A91A 1C6CA 3HTFA 1B7RA 1DYDA 3EMSA 1GE2A 1AKIA 1REXA 2DQFC 1ZYTA 3EBAB 1HENA 2ZQ3A 4DJHA 1LGXA 1LSEA 3NYAA 1GF3A 2HEBA 3W6EA 3ULRA 1L17A 1OUAA 1QTKA 5AMYA 1L01A 1B5VA 1L09A 3A3RX 1CV0A 4U3XB 3BKHA 4LZMA 4ETEA 1LYJA 3C8SA 1F6RA 4H92A 1C6QA 5E9RA 1IWTA 1C6AA 3IWRA 3HUQA 5LINA 2YBHA 1HEMA 2O7AA 208LA 1QTEA 3SBBC 1IOQA 1BWIA 4W56A 4R6CA 3DNAA 4EKSA 1L38A 2HECA 1IP3A 119LA 3HDEA 4AGAA 1D0MA 224LA 3HH3A 2HULA 4ETAA 1C68A 5FSTA 4I7LA 1L73A 1LZGA 2RB0X 5F16A 169LA 1C6MA 1H87A 2G4PA 4QY9A 5E4PA 1OWZA 4NSHA 6LYZA 2W1YA 1OUHA 3V2WA 1LZEA 2LC9A 3C8QA 1GFEA 2D4JA 3CT1A 4WL7A 4MSTA 2DQAA 1L82A 1T3PA 2BQCA 3AW6A 1L14A 4LT2A 5KXRA 5LVGA 5B59A 5KXXA 3SB6A 1LJ3A 1REYA 2RAZX 1GXXA 1CV3A 3NY8A 2H5ZA 1QT7A 2B73A 3HH6A 1D6PA 1FBIX 3ZEKA 1L35A 5LA8A 5C6IA 5F14A 2F4AA 1IP2A 1C60A 3WXUA 1LZ4A 4NEBA 1LW9A 1P56A 3RUNA 1IOCA 2HU3A 130LA 3DN0A 2B72A 1C6DA 4LYTA 2HEAA 5KXOA 1GFHA 1L97A 135LA 1C61A 3HH4A 4W94A 1N4FA 4TSBA 1HEQA 4HP0A 3AGHA 1D9WA 115LA 4ZPUA 236LA 1C6PA 2BQFA 1LLHA 5KXTA 5LVIA 2BQKA 4OWAA 2OEAX 1XEPA 4YXCA 1QT5A 3AGIA 4HJZA 1L64A 226LA 5J7CA 1DI4A 4TSCA 233LA 4IASA 1L36A 227LA 1PQOA 1GF7A 2FBDA 4XJDA 1L66A 2F30A 1L67A 4YM8A 2C8PA 2BLYA 182LA 1LZ8A 1BGIA 3SB9A 4AQNA 4C3WA 5FCPA 237LA 1GFAA 2ZYPA 4CFPA 1T97A 3HT9A 1B9OA 4HTQA 1GE3A 3DMZA 1L15A 1T6HA 4ZIXA 1DKKA 207LA 1YL1X 1OUIA 2ANXA 1JSFA 2RBSA 1G07A 107LA 140LA 2RAYX 2HEFA 1D3JA 4FDYA 4ET8A 221LA 238LA 5HQ1A 183LA 1QUHA 1L16A 1LCNA 2B6TA 1ZWNA 1HMKA 1AT5A 172LA 3WU9A 3WMKA 1YKYX 5APDA 1RJCB 4WOAA 1L56A 1L07A 5I4YA 4ETDA 1JWRA 1LZ6A 1L10A 1LTMA 1LMQA 5HNLA 2MEGA 1QDTA 3DN3A 215LA 3LZTA 1QSBA 3FE0A 2MEHA 1XEIA 1QSWA 3IJUA 1DXJA 2ZNWY 3CSQA 1CJ9A 3W6DA 1CTWA 1P36A 1CJ6A 1GD6A 4GBRB 3CDOA 1CKDA 4K5YA 4RLMA 1FLQA 4X3BA 5C6LA 2DQHY 2B75A 2BQGA 1RFPA 2F2QA 1JUGA 4EJ4A 4I7QA 1LI3A 1L23A 1QQYA 178LA 4WLTA 1I1ZA 1L0KA 4KXIA 2YBMA 1FKVA 3HWLA 1LHMA 246LA 3CDTA 6LYTA 1L06A 1LKRA 3A8ZA 1L81A 1B5YA 3F8VA 4J1BA 1GHLA 1YKXX 1BB7A 2RBRA 4NWEA 3W6AA 1L84A 2DQIY 1KNIA 1L70A 174LA 5I4WA 1CVKA 2Z2EA 154LA 1L45A 3N9EA 1XGPC 2OTZX 1C46A 3HU8A 1B7MA 5DL9A 1LZCA 4H8YA 1F10A 132LA 4EXMA 1LSDA 4G4HA 1LYIA 4LT0A 2OE9X 2RBNA 2ANVA 3D3DA 1GEVA 2DBTA 5A3EA 4WM3A 1GBOA 3A93A 1TBYA 3W6FA 2B6WA 9LYZA 1HEPA 1L94A 4NHTA 4W51A 2XJWA 3A95A 2LZTA 1L92A 4A7DA 1CX6A 3EMLA 4G9SA 3ATOA 1TDYA 1UIFA 1L39A 1HFYA 3WUAA 3WUNA 7LYZA 159LA 5KJ9A 1SLYA 3HT6A 3HUAA 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1WTMA 1P2CC 5F9UA 3CB7A 4NFVA 1L79A 189LA 5B1GA 1WQOA 1PQDA 258LA 4R0FA 214LA 146LA 1B5ZA 5IDDA 2AUBA 1G0QA 184LA 1KY0A 195LA 3TXDA 1WTNA 3RW8A 1EQ5A 1VDQA 4DWXA 1G7IC 181LA 1LJHA 1I56A 4LYCA 1GF6A 2OU0X 4DD9A 1LZNA 1GF8A 3DKEX 4XADA 1C6IA 2ZILA 2ZYCA 170LA 1C63A 1ALCA 1B7QA 3C8RA 2Z12A 2B6XA 4KL7A 4II8A 3EXDA 1XJTA 2YDGA 2LZ2A 1T8GA 250LA 1D0KA 1CKGA 1L02A 1JIYA 3HFMY 1GXV2 4H9EA 2D4KA 3A6BY 1LMAA 5LVHA 1GEZA 1LZAA 1NBYC 4B0DA 1L08A 1HHLA 5IELA 2EPEA 1LJFA 4I7KA 1LZRA 4XJGA 2A7FA 1D2YA 4LFPA 1IP7A 3CDVA 2RSCA 1D3FA 2VB1A 1T6VL 1GF5A 1RE2A 2W1MA 3AZ4A 3GUNA 7LZMA 2DQJY 4HJVA 5I54A 1CU5A 4Z46A 1L77A 4I7JA 4I7TA 1IY3A 1L51A 5I5QA 3WU7A 200LA 1UACY 1HFXA 4YENA 1GE4A 5F9XA 5D5FA 3GUIA 1GE1A 123LA 1L47A 3A3QA 1LSAA 4ARMA 1TCYA 1QUSA 1OV5A 1IC7Y 4NGYA 1G7JC 3AJNA 1LJEA 2G4QA 1LYEA 1C08C 4LYZA 1G06A 1P2RA 252LA 5APEA 3LZ2A 2RBPA 2YBLA 5KXWA 1L68A 180LA 1B7OA 3A67Y 228LA 3IJVA 1CKCA 5I4XA 3A34A 4ETCA 1VEDA 5KKIA 1BB3A 1HSXA 2BQNA 3E3DA 4XJIA 1LPIA 4OO9A 2Q9EA 3RZ4A 1IR9A 2G4NA 192LA 1REMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LYO A;  1DYF A;  1JKA A;  1GFT A;  3LN2 A;  1L91 A;  4LDO A;  128L A;  1P37 A;  2B74 A;  1P7S A;  4NIJ A;  188L A;  1IWZ A;  1LSP A;  2MED A;  4UWV A;  1ZVH L;  3WYH A;  4ZEE A;  3AZ6 A;  259L A;  5FHW A;  4N0J A;  3HT8 A;  2Z6B A;  1GFR A;  2ZIJ A;  112L A;  1GDX A;  2YBI A;  1FLY A;  1QUD A;  1QT3 A;  3B0K A;  1NMM A;  4NSI A;  4NHI A;  1G0J A;  1REZ A;  4DDB A;  1IVM A;  161L A;  1JKB A;  1QT4 A;  144L A;  3A90 A;  1TEW A;  1OUB A;  168L A;  1V7S A;  1DI3 A;  3CDQ A;  1IWV A;  1OVK A;  5FDJ A;  4NSJ A;  3FAD A;  111L A;  4PGJ B;  1DYC A;  1IOT A;  3WW6 A;  1L26 A;  1OP9 B;  126L A;  1CV1 A;  1GF4 A;  141L A;  1C65 A;  1JTP L;  1LYG A;  3QE8 A;  1GBZ A;  1L37 A;  1H6M A;  4NHP A;  1QUG A;  1C62 A;  1L62 A;  1L19 A;  3TXB A;  4WG7 A;  1NF5 A;  5B1F A;  1YAO A;  219L A;  1C6L A;  3HU9 A;  4HV2 A;  4XJF A;  3AW7 A;  3CDR A;  4XYY A;  3TXH A;  1L24 A;  4HPE A;  4M6D A;  1IWU A;  1GFJ A;  1L71 A;  1YIK A;  1GDW A;  1DZB X;  4YOP A;  1LMP A;  2RBO A;  2Z37 A;  4N9R A;  3W6C A;  210L A;  1L54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3LYO A;  1DYF A;  1JKA A;  1GFT A;  3LN2 A;  1L91 A;  4LDO A;  128L A;  1P37 A;  2B74 A;  1P7S A;  4NIJ A;  188L A;  1IWZ A;  1LSP A;  2MED A;  4UWV A;  1ZVH L;  3WYH A;  4ZEE A;  3AZ6 A;  259L A;  5FHW A;  4N0J A;  3HT8 A;  2Z6B A;  1GFR A;  2ZIJ A;  112L A;  1GDX A;  2YBI A;  1FLY A;  1QUD A;  1QT3 A;  3B0K A;  1NMM A;  4NSI A;  4NHI A;  1G0J A;  1REZ A;  4DDB A;  1IVM A;  161L A;  1JKB A;  1QT4 A;  144L A;  3A90 A;  1TEW A;  1OUB A;  168L A;  1V7S A;  1DI3 A;  3CDQ A;  1IWV A;  1OVK A;  5FDJ A;  4NSJ A;  3FAD A;  111L A;  4PGJ B;  1DYC A;  1IOT A;  3WW6 A;  1L26 A;  1OP9 B;  126L A;  1CV1 A;  1GF4 A;  141L A;  1C65 A;  1JTP L;  1LYG A;  3QE8 A;  1GBZ A;  1L37 A;  1H6M A;  4NHP A;  1QUG A;  1C62 A;  1L62 A;  1L19 A;  3TXB A;  4WG7 A;  1NF5 A;  5B1F A;  1YAO A;  219L A;  1C6L A;  3HU9 A;  4HV2 A;  4XJF A;  3AW7 A;  3CDR A;  4XYY A;  3TXH A;  1L24 A;  4HPE A;  4M6D A;  1IWU A;  1GFJ A;  1L71 A;  1YIK A;  1GDW A;  1DZB X;  4YOP A;  1LMP A;  2RBO A;  2Z37 A;  4N9R A;  3W6C A;  210L A;  1L54 A; 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