187LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 187lA00
1L58A 3DN8A 3GUKA 1P46A 145LA 4EPIA 3GUMA 2Q9EA 1L77A 2B6YA 1C6MA 205LA 1QUOA 1SSWA 3V2YA 1OV5A 1L85A 3D4SA 2B6XA 2OU0X 126LA 107LA 3CDVA 216LA 1KS3A 123LA 2RBPA 1L28A 155LA 1NHBA 192LA 1L83A 3DMVA 3GUPA 3C8SA 2A4TA 2B70A 2IGCA 3HU8A 260LA 200LA 1L03A 1L30A 1C6PA 221LA 170LA 252LA 1L45A 3HDFA 3SB5A 244LA 191LA 1L71A 1LYIA 1L56A 1QT6A 1CX6A 3K2RA 4DKLA 2RH1A 1P5CA 214LA 4ARMA 210LA 1C63A 7LZMA 211LA 4W51A 3HDEA 1LW9A 1L06A 256LA 1L33A 141LA 3C80A 3FA0A 1L24A 118LA 104LA 1L62A 4YXCA 1QS9A 1L17A 139LA 1QTBA 1QUHA 1OVJA 1L0JA 1P36A 2B72A 157LA 1QTZA 1SX7A 2LZMA 178LA 172LA 262LA 1L32A 130LA 250LA 2RBQA 4E97A 1L44A 147LA 1L38A 1L81A 1G1WA 1KW5A 1KW7A 3HTDA 2RBOA 1DYDA 2F47A 3G3WA 213LA 4LZMA 1G0MA 4OO9A 1CV3A 1P6YA 4LDOA 1QSQA 1D3JA 1QT4A 1L29A 1P3NA 253LA 1QTHA 2B73A 1OWZA 255LA 1D2WA 2OTYX 3C7WA 2QB0B 1QTDA 5I14A 3HH5A 1C6CA 1L88A 3DMXA 167LA 1L42A 3HU9A 1L67A 162LA 3C8RA 4EKPA 1L89A 4EKRA 225LA 4I7QA 1D3FA 1L37A 1T97A 3HTFA 2OE4X 2OU9A 4ARQB 1C6LA 222LA 2B6TA 2RAZX 2B6WA 4EPFA 1G0KA 110LA 3GUOA 2OE9X 1L04A 1L50A 2B75A 2O79A 2O7AA 3DN0A 159LA 4EKSA 3HUAA 243LA 1L0KA 4PJZA 180LA 4GBRB 190LA 119LA 1L08A 1C6JA 1D9WA 1L51A 2RAYX 1G06A 102LA 201LA 177LA 3G3XA 1L65A 1C69A 1C6BA 2ANVA 1DYBA 182LA 238LA 4ARLA 1L72A 128LA 4LDLA 1L55A 3HTBA 188LA 1LLHA 1SWYA 1L60A 1DYAA 1L25A 1L99A 4W54A 2Z6BA 1L98A 1QT3A 1L97A 2B7XA 1L26A 1WTHA 3RZEA 115LA 189LA 1L22A 1JQUA 195LA 1L00A 2RB2X 1CU6A 1L61A 1C65A 1C6AA 1QTVA 1OV7A 1P37A 161LA 171LA 1L95A 186LA 4ARJA 164LA 2ANXA 1QTCA 2CUUA 1PQMA 1L70A 212LA 4I7JA 1C64A 1OVKA 1CUPA 3DN4A 3FADA 2OTZX 2OE7X 3C7YA 3C83A 1T8AA 129LA 3F9LA 1CV1A 1L80A 4ARMB 112LA 1L12A 1L87A 3SBBC 1G0QA 234LA 181LA 3SN6R 1T8GA 1CV0A 1C6TA 1L13A 1L39A 196LA 1L91A 209LA 1CU0A 2QARC 184LA 3NY9A 1L16A 1G0PA 3FI5A 251LA 125LA 1LPYA 3HUKA 158LA 146LA 1L14A 1L10A 1L66A 1LGUA 1QT7A 3G3VA 1T6HA 1L57A 156LA 3C82A 1C6FA 1SX2A 3C7ZA 2O4WA 1L02A 2B74A 3OE9A 3SB9A 1PQJA 3HTGA 1L20A 4W53A 143LA 3NY8A 1L96A 4I7MA 3GUJA 3HH4A 152LA 215LA 4ZPUA 4LDEA 2Q9DA 1L31A 108LA 1L46A 1QS5A 2HUMA 197LA 1L84A 1G1VA 1C6NA 137LA 1ZWNA 1L21A 4IAPA 1SSYA 2RBNA 198LA 1OYUA 142LA 2NTHA 1LYJA 3HWLA 3CDRA 3V2WA 1C6DA 3CDOA 1QT5A 173LA 3F8VA 6LZMA 1P2LA 1G07A 1CV5A 1QSBA 1L59A 1PQIA 1QUDA 3ODUA 2HULA 1L69A 1C68A 3DKEX 3DN2A 1L34A 1PQDA 4I7SA 1P56A 1L54A 1CU2A 160LA 1L90A 258LA 1LI2A 3GULA 4PK0A 4EJ4A 242LA 1L27A 3GUNA 219LA 1C67A 4GRVA 217LA 228LA 4I7KA 1CUQA 1LWKA 4W52A 148LE 1L15A 3DN1A 3NYAA 3OE0A 1DYCA 1L47A 1L68A 1C6QA 1C60A 3CDTA 1L75A 1CV6A 1C6GA 3L2XA 1CU3A 1G0GA 1CVKA 1G0LA 226LA 1LYFA 1LGWA 1C62A 1LYEA 259LA 4EXMA 1L43A 1C61A 2B6ZA 248LA 257LA 1L82A 247LA 1CV4A 4S0WA 3C8QA 3HT8A 1L07A 1L64A 2F32A 3HUQA 235LA 1L63A 3SBAA 230LA 1L36A 1G0JA 3HH6A 120LA 2LC9A 4K5YA 3JR6A 114LA 1L09A 127LA 206LA 3RUNA 3SB7A 1JTNA 241LA 138LA 3GUIA 3PDSA 4EKQA 122LA 1L05A 218LA 1TLAA 185LA 1D3MA 151LA 1L76A 1L19A 1L41A 150LA 4YX7C 237LA 1OVHA 246LA 1C6HA 1XJUA 1L48A 1B6IA 199LA 131LA 163LA 169LA 187LA 229LA 254LA 1D3NA 1KY0A 1LI3A 1KY1A 3CDQA 3L64A 1LYDA 3DN6A 4DJHA 1L94A 1KNIA 245LA 2F2QA 1CTWA 1EPYA 1L01A 4I7LA 4W56A 2NTGA 111LA 3DMZA 3DNAA 3OE8A 5LZMA 4I7TA 1LI6A 174LA 1DYGA 223LA 1DYFA 3QAKA 236LA 4I7OA 1C6KA 1L79A 183LA 3DN3A 3PBLA 261LA 1JTMA 2RBSA 175LA 2L78A 103LA 4W55A 3SB6A 176LA 1C6EA 4W57A 1XEPA 220LA 1LWGA 232LA 1L18A 1T8FA 2LCBA 3EMLA 1C6IA 1L52A 1L93A 3HT9A 3UONA 227LA 1QT8A 1QUGA 4I7RA 1D2YA 149LA 4I7NA 3VW7A 166LA 1CU5A 249LA 2OU8A 144LA 1L92A 1L53A 1L23A 4DAJA 1XJTA 2RBRA 1L86A 168LA 1L40A 2RB0X 3SB8A 1SWZA 4ARQA 1P2RA 4AQNA 1PQOA 1ZURA 240LA 109LA 3C81A 1I6SA 3LZMA 2RB1X 3HH3A 1OWYA 231LA 1L35A 1P64A 4YXAC 1L73A 3HT6A 3OE6A 233LA 1LYHA 165LA 1L74A 4ARPA 4I7PA 1CX7A 1DYEA 1L49A 140LA 1C66A 4W59A 1ZYTA 1K28A 2OEAX 1L11A 239LA 1P7SA 1PQKA 3HT7A 224LA 113LA 4W58A 1LYGA 2HUKA 1LGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN8A 3LYMA 3GUKA 4GCFA 4EPIA 1JITA 1RCMA 1L77A 205LA 3V2YA 4NGIA 1LZ6A 3AW7A 3AGIA 4B49A 1G7IC 3WUMA 3A6BY 2MEGA 2HU1A 5HLLA 1JTTL 155LA 1NHBA 3GUPA 1UC0A 1H87A 3GXKA 1D0KA 4TSCA 4I0CA 1C6PA 3CT1A 170LA 4DWXA 1WVUA 1FKVA 5DN5A 3HDFA 4WM1A 1L71A 1ZVHL 3K2RA 1T6VL 4XJGA 214LA 1UIHA 1LSFA 2H9KA 4W96A 3C80A 3A93A 1ALCA 4NIJA 3LYOA 4NGOA 5ILFA 1QTBA 5KXLA 1RJCB 4H1PA 1LYSA 178LA 4O34A 3WXTA 1L32A 1FLWA 1IWTA 1D6PA 2RBQA 1L44A 1BVXA 147LA 4LFXA 3LZ2A 1LZTA 1L38A 3G3AB 1GF6A 1RE2A 1YANA 4AXTA 1DYDA 2F47A 1LZCA 5LVHA 1P6YA 2FBDA 1QSQA 2F2NA 1BB4A 253LA 1JJ1A 2B73A 255LA 3B0OA 1B5XA 1C6CA 1L42A 6LYZA 1QIOA 1IR7A 1HSWA 1MLCE 4I7QA 1CKHA 2OE4X 1C6LA 2B6TA 2RAZX 4LGKA 1IWYA 1G0KA 1GHLA 2MECA 5DN4A 1QUTA 243LA 5LVGA 1EQ5A 1HEMA 190LA 119LA 2BQNA 3G3XA 1JWRA 1C6BA 2BQOA 2DQEY 1WVVA 4ARLA 4N9RA 1L72A 4NSHA 1GB2A 3HTBA 188LA 1SWYA 1L60A 1L25A 1HMKA 4W54A 1IOSA 1J1OY 1GDWA 4OWBA 3AZ7A 1OUCA 2LYMA 3AJNA 2DQGY 1C45A 1L61A 1YILA 1QTVA 1P37A 3W3EA 2HEFA 164LA 2Z18A 3W6AA 1FLUA 1QSAA 1OP9B 1C64A 1VATA 2PC2A 3FADA 2OE7X 3TXGA 3C83A 129LA 3F9LA 1IORA 1L87A 234LA 181LA 4BAPA 1L39A 196LA 4ZFPA 2ZYCA 4RW1A 1KIQC 2QARC 1KIRC 4NHPA 1G0PA 3EXDA 125LA 1NQIA 2I6ZA 3WPKA 1BWIA 4B4JA 1OUBA 156LA 3C82A 1C6FA 4NWHA 2HEBA 1PQJA 1LSEA 1TAYA 4B4EA 1L96A 1LSPA 5DL9A 1GEZA 5KKIA 4PRQA 137LA 1ZWNA 3A3QA 1L21A 2BLXA 1YAPA 4IAPA 1SSYA 2RBNA 198LA 1BB5A 4RLMA 1GE1A 1QTEA 1HMLA 1JIYA 2XBSA 4G4CA 3V2WA 3CDOA 173LA 3N9AA 6LZMA 1G07A 3WPJA 5JENB 5LA8A 1QUDA 1IC5Y 1LSMA 1LAAA 4G9SA 1L69A 5LA5A 1GB6A 3A90A 5F14A 3DN2A 1L34A 3ULRA 1CU2A 258LA 1B7LA 4I8SA 1LI2A 4NGKA 2XTHA 2YDGA 4ML7A 4EJ4A 242LA 4ETEA 219LA 2EPEA 1IP1A 1C67A 4GRVA 4Z46A 1J1XY 3OK0A 1HELA 1CUQA 1L15A 153LA 4CJ2A 1LHHA 4XJDA 1L47A 1XGTC 1GB9A 1B2KA 1TEWA 3TXEA 1NHEA 1LSZA 1OUEA 4HTKA 1VDTA 3L2XA 226LA 5KXMA 1F0WA 4W94A 2MEAA 2LYOA 4WLYA 257LA 5FSTA 1LZNA 3HT8A 2C8PA 1GF8A 2ZYPA 1LJHA 1L36A 2F30A 2D91A 4B0DA 2ZIJA 4K5YA 114LA 1LJ3A 4NWEA 127LA 3RUNA 2D4KA 1OUDA 3F6ZA 1WQQA 1BGIA 1TLAA 185LA 3WULA 1L76A 150LA 4YX7C 4H90A 2YBMA 2Z37A 3TXIA 1WQNA 169LA 1LZ4A 229LA 3AZ6A 5DM9A 1DXJA 4ET9A 1DKJA 1D3NA 1KY0A 3CDQA 5KXTA 5KXRA 3DN6A 1JTPL 1L94A 1IP2A 4DQJA 1CTWA 1EPYA 3RW8A 5LZMA 3TXFA 4GN4A 4LT1A 5IDDA 1OUGA 5IELA 1GXV2 174LA 4NGZA 3W6DA 5DLAA 3B6LA 3DN3A 1XSFA 261LA 1IWZA 1UIBA 4UWUA 1LSNA 1BWJA 3LN2A 1LJNA 1IWWA 1GE2A 4W57A 1XEPA 4H8YA 4HJYA 4HV2A 4DDBA 1HHLA 1UIGA 1ZVYB 3HT9A 4XYYA 5KXYA 2G4NA 3WVXA 1FKQA 149LA 2BQGA 4OWAA 166LA 1CU5A 249LA 4GN3A 144LA 5B1FA 1L92A 1LHIA 4X3BA 1L86A 1P2RA 4AQNA 109LA 1I6SA 1CKFA 3P66A 1OWYA 3LYTA 4YXAC 1CX7A 1DYEA 4WL6A 1L49A 1C66A 4W59A 1L11A 1HFYA 1GE3A 4J1BA 1BB6A 1XGUC 1LJIA 2GV0A 1PQKA 1LSGA 4W58A 4ZEEA 2CWIA 1LKSA 1CJ6A 2BQEA 2BAAA 145LA 4HV1A 2B6YA 1QUOA 107LA 2LYZA 216LA 123LA 4GLAA 5KXWA 1LSYA 2MEBA 3DMVA 1L83A 3K3TA 1FLQA 1UICA 1LSBA 260LA 1L03A 2YBNA 252LA 4NGVA 4DD2A 1C46A 3SB5A 2X0AA 1H6MA 5FCPA 1QT6A 1CX6A 2FBBA 1UACY 3P64A 3HDEA 1LZSA 1KIPC 141LA 4IASA 5IHGA 1L24A 2BQAA 1GXXA 1L62A 4YXCA 2CJLA 1GB8A 4DQ7A 3RNXA 1WQMA 4QY9A 1HENA 1UIAA 1LJJA 1UUZC 1QUHA 1OVJA 2B72A 1SX7A 2ZILA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN8 A;  3LYM A;  3GUK A;  4GCF A;  4EPI A;  1JIT A;  1RCM A;  1L77 A;  205L A;  3V2Y A;  4NGI A;  1LZ6 A;  3AW7 A;  3AGI A;  4B49 A;  1G7I C;  3WUM A;  3A6B Y;  2MEG A;  2HU1 A;  5HLL A;  1JTT L;  155L A;  1NHB A;  3GUP A;  1UC0 A;  1H87 A;  3GXK A;  1D0K A;  4TSC A;  4I0C A;  1C6P A;  3CT1 A;  170L A;  4DWX A;  1WVU A;  1FKV A;  5DN5 A;  3HDF A;  4WM1 A;  1L71 A;  1ZVH L;  3K2R A;  1T6V L;  4XJG A;  214L A;  1UIH A;  1LSF A;  2H9K A;  4W96 A;  3C80 A;  3A93 A;  1ALC A;  4NIJ A;  3LYO A;  4NGO A;  5ILF A;  1QTB A;  5KXL A;  1RJC B;  4H1P A;  1LYS A;  178L A;  4O34 A;  3WXT A;  1L32 A;  1FLW A;  1IWT A;  1D6P A;  2RBQ A;  1L44 A;  1BVX A;  147L A;  4LFX A;  3LZ2 A;  1LZT A;  1L38 A;  3G3A B;  1GF6 A;  1RE2 A;  1YAN A;  4AXT A;  1DYD A;  2F47 A;  1LZC A;  5LVH A;  1P6Y A;  2FBD A;  1QSQ A;  2F2N A;  1BB4 A;  253L A;  1JJ1 A;  2B73 A;  255L A;  3B0O A;  1B5X A;  1C6C A;  1L42 A;  6LYZ A;  1QIO A;  1IR7 A;  1HSW A;  1MLC E;  4I7Q A;  1CKH A;  2OE4 X;  1C6L A;  2B6T A;  2RAZ X;  4LGK A;  1IWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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