188LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 188lA00
167LA 1T97A 4E97A 4I7TA 3SBBC 113LA 176LA 4ARLA 191LA 1QUGA 1D9WA 1I6SA 255LA 1DYCA 1L28A 1L81A 206LA 127LA 4W57A 137LA 1L67A 3DN8A 1DYFA 237LA 1L30A 146LA 1NHBA 4YXCA 1QT5A 4GRVA 1ZWNA 169LA 2OU0X 4W52A 1C6IA 1EPYA 142LA 1C6QA 1DYGA 3SB5A 1P64A 2B6WA 209LA 1C6GA 3QAKA 177LA 1G07A 1SX7A 2HUMA 115LA 1L39A 3HT7A 4K5YA 2A4TA 261LA 1C6TA 1L59A 232LA 1L79A 222LA 2RBRA 3CDQA 3G3XA 1L02A 1L12A 1OVKA 3HH6A 1OWYA 226LA 1L71A 1P2RA 1LI6A 1T8FA 1C68A 1L60A 2RBSA 205LA 3DMXA 1PQIA 7LZMA 223LA 2OTZX 2O79A 1L34A 183LA 1KNIA 244LA 3C82A 4LDOA 123LA 1L84A 1LYJA 3SB9A 214LA 1L61A 1PQOA 227LA 2QB0B 1C6LA 1L46A 1OVHA 181LA 3VW7A 1C6MA 4I7OA 131LA 3SB8A 2OE7X 171LA 3HU9A 1L37A 1L88A 149LA 174LA 2LC9A 3HT8A 108LA 1C61A 3DNAA 1L05A 253LA 4AQNA 184LA 159LA 1L36A 3L2XA 122LA 1C6HA 1P36A 3GUMA 248LA 4I7LA 168LA 3C81A 1L63A 243LA 259LA 161LA 128LA 262LA 129LA 1L07A 1L50A 2NTGA 1QUDA 1L24A 250LA 1L0KA 4I7RA 178LA 258LA 3NY8A 2ANVA 3DN1A 1D3FA 2B70A 1G0QA 1D2YA 1L70A 1L04A 1JTMA 1LI2A 1QT4A 1CU6A 2RB2X 1L21A 3HUAA 1L49A 166LA 2OU8A 1CU3A 1CV3A 1L38A 238LA 1WTHA 3C83A 158LA 143LA 1G0MA 1G0KA 2OE4X 163LA 4EKRA 114LA 1G06A 1C67A 4W53A 215LA 199LA 4EPIA 228LA 1L19A 1TLAA 1L48A 1KS3A 1QTVA 165LA 3HH4A 3OE9A 1L32A 1L89A 1QT6A 1SX2A 4PK0A 3HTBA 111LA 3DMZA 3FI5A 1QSQA 1LLHA 1LYHA 1T6HA 1P7SA 1L11A 1ZURA 1LYDA 3C7WA 233LA 1L15A 1DYDA 1L26A 231LA 1C69A 1L40A 3HTFA 4W55A 1QS5A 1L80A 3DN0A 2RBNA 1L31A 4W59A 1D3MA 2OE9X 4ZPUA 239LA 3HT9A 1QTBA 4OO9A 1L06A 2F32A 210LA 3GUOA 3G3WA 1P6YA 1L53A 252LA 1P37A 3CDTA 1T8AA 187LA 245LA 173LA 1L44A 3HH3A 224LA 189LA 104LA 3GUNA 1QUHA 3CDRA 4EKSA 1SSWA 256LA 1L69A 2B6YA 125LA 1L68A 1QTZA 3C7YA 6LZMA 3SB7A 4EXMA 1L13A 260LA 2RAZX 2RBPA 4EJ4A 2L78A 2RBQA 1K28A 1L86A 3RUNA 1D3NA 4ARMA 1LGUA 151LA 1C65A 1XJUA 3SN6R 2IGCA 1CU5A 1C6AA 3HWLA 4I7NA 139LA 1KW5A 1L97A 4I7JA 4LDEA 220LA 3C80A 1L73A 1P46A 1QT3A 4YX7C 1L52A 4ARQB 1ZYTA 144LA 1OVJA 3OE6A 2LCBA 1L75A 2OTYX 3NYAA 4IAPA 102LA 1L76A 3F8VA 1QTHA 162LA 1C64A 3DN3A 1L01A 1JTNA 2B7XA 3HDFA 186LA 1L58A 1KW7A 1OYUA 1OV5A 3SBAA 1L14A 1CU2A 3HT6A 1L83A 1C6NA 1L10A 4I7KA 1L08A 188LA 254LA 4LZMA 3D4SA 3DN4A 1PQMA 3HTDA 212LA 103LA 1C6FA 160LA 3JR6A 4S0WA 1LYEA 230LA 1L33A 130LA 1L18A 3DMVA 4ARPA 3V2YA 2B73A 240LA 1L85A 152LA 247LA 1LWKA 225LA 182LA 3LZMA 1L27A 2HULA 3G3VA 141LA 3FADA 4ARJA 1L82A 1L0JA 2ANXA 1C6EA 1LWGA 1L45A 1SWYA 201LA 1SSYA 1G0LA 4LDLA 2RH1A 5I14A 1G0JA 1L35A 246LA 1L51A 3HU8A 3EMLA 2Z6BA 1KY1A 3CDOA 1C6DA 1L91A 1PQKA 1QTCA 138LA 1CV0A 1CX7A 185LA 3FA0A 1L66A 1L41A 236LA 156LA 1LPYA 257LA 1C6CA 218LA 109LA 1SWZA 1L47A 1LGWA 1C62A 2RBOA 1QSBA 3UONA 150LA 2B6TA 3GUKA 3HDEA 219LA 3GULA 1L23A 3SB6A 3HUKA 172LA 1L54A 3GUIA 3HUQA 3CDVA 1LYGA 1CVKA 180LA 1XJTA 4W54A 4EPFA 1XEPA 2O4WA 148LE 147LA 1L94A 1LGXA 3GUJA 242LA 1OWZA 1L43A 1CU0A 3ODUA 4YXAC 3OE0A 2OEAX 4W58A 4I7MA 4DKLA 1C60A 235LA 1CV4A 145LA 1L55A 1CUQA 251LA 234LA 3C8RA 1CV6A 1CX6A 2Q9DA 1CUPA 1L90A 1LW9A 3PDSA 1OV7A 4ARMB 107LA 4EKQA 1L57A 3NY9A 1DYEA 4EKPA 1DYBA 1LYFA 1D2WA 190LA 1DYAA 126LA 3DKEX 3PBLA 197LA 1G0GA 195LA 1CV1A 1G0PA 229LA 4I7PA 2HUKA 1P3NA 211LA 1PQDA 1KY0A 2OU9A 1L09A 192LA 1L95A 221LA 213LA 4GBRB 2B75A 1L92A 112LA 217LA 241LA 3GUPA 110LA 1C6BA 1L03A 4DAJA 4W56A 1L29A 196LA 3F9LA 1QTDA 216LA 175LA 2LZMA 1CV5A 4I7SA 1LI3A 3C8SA 3C7ZA 1C6JA 1L62A 2F47A 2B6ZA 157LA 1L22A 3K2RA 5LZMA 2QARC 1L99A 2B6XA 3OE8A 1C6PA 1D3JA 4PJZA 4ARQA 118LA 1P5CA 1JQUA 1P56A 2RB1X 198LA 1G1WA 1LYIA 1L65A 200LA 164LA 1L17A 1L98A 3DN2A 3HH5A 2CUUA 1C66A 119LA 1L20A 1L56A 3C8QA 1L87A 3RZEA 2B74A 170LA 1QT8A 1G1VA 155LA 120LA 1L96A 249LA 1T8GA 2B72A 3DN6A 1QS9A 140LA 1L64A 1L25A 2NTHA 4W51A 2O7AA 1L77A 1B6IA 1L93A 4DJHA 1L72A 1PQJA 2RAYX 3V2WA 1CTWA 1QUOA 4I7QA 1L74A 3L64A 1QT7A 1C6KA 2F2QA 1L16A 3HTGA 1P2LA 1L00A 2RB0X 1C63A 1L42A 2Q9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1YA 3A91A 3SBBC 191LA 4LYTA 1I6SA 1LZTA 4QY9A 206LA 127LA 1C10A 3WUAA 2Z39A 1UIDA 1DYFA 237LA 146LA 2ZWBA 4GRVA 4NHQA 2Z18A 1LZEA 4W52A 3K3TA 142LA 4LFXA 1YL0X 1C6GA 4XJHA 177LA 5APFA 2HUMA 1YAOA 1QUSA 1L79A 4WOAA 1B5YA 3HH6A 3G3AB 1P2RA 1UIBA 1C68A 5IHGA 205LA 2FYDA 1IC4Y 3LYOA 2YBLA 4LT0A 1L34A 4YF2A 1LYJA 3A3QA 5DL9A 1C6LA 4N1EI 4H9CA 4WLDA 1GXV2 1DPWA 1E8LA 3HU9A 3WW6A 174LA 1GDWA 3HT8A 1C61A 3E3DA 3DNAA 1BVXA 253LA 1NMMA 1RJCB 1AT6A 154LA 1NKHA 5KXRA 5KKJA 1I20A 3TXJA 1QSAA 4XJGA 153LA 1B7QA 1BB5A 4ET8A 2H9KA 1L07A 4WM2A 2NTGA 1L24A 1GFJA 4I7RA 3NY8A 1LJKA 1G0QA 1D2YA 2BQKA 2DQCY 1WVUA 1LI2A 1LSEA 1G7HC 1D0MA 4TTDA 4I0CA 2ZIKA 2BLYA 1LMAA 1G06A 5LAFA 5KXXA 3HBEX 2XJWA 4Z3MA 4FJRA 4HTKA 1TLAA 1D0LA 1D0KA 2IFFY 1L32A 1L89A 1B2KA 4PK0A 1GEZA 1QSQA 1LLHA 1LYHA 1ZURA 4MSTA 2DQDY 4OWAA 5AMYA 5HNCA 1LSNA 3C7WA 5F81A 1L40A 3HTFA 1DKKA 1QDTA 1PZYA 5KXOA 2HEFA 2RBNA 1TDYA 2OE9X 3HT9A 4X3BA 4KXIA 3AZ6A 3GUOA 1GBWA 2YVBA 4NGLA 4DD0A 2ZNWY 189LA 1QUHA 4EKSA 1GF7A 1L69A 3C7YA 2B5ZA 4NGIA 1BB7A 260LA 4GN4A 1L86A 4MR1A 1LGUA 2HTXA 2IGCA 1IP1A 2XTHA 3AB6A 1C6AA 1BB6A 1L97A 4I7JA 1F6RA 3RW8A 1XGTC 3A3RX 1L73A 4H93A 1VEDA 4RW1A 4WM1A 1L52A 1IO5A 1ZYTA 3CSZA 2LCBA 1L75A 3WW5A 4NG1A 162LA 3DN3A 1DI5A 3ZVQB 186LA 1D9UA 2D91A 1OV5A 1L14A 1C6NA 4QEQA 4I7KA 2Q0MX 254LA 212LA 1LSMA 1LJIA 2DQGY 1QUTA 230LA 1IR8A 1GFKA 130LA 4RLMA 1H6MA 1L18A 3DMVA 4NIJA 4PGJB 4H9EA 1L85A 2EQLA 247LA 1IVMA 141LA 3FADA 2Z12A 1IWWA 1L0JA 4M4OA 1LWGA 1DKJA 201LA 1G0LA 5I14A 4KT3A 1NF5A 4HTNA 138LA 3B0KA 3LYTA 156LA 1LKRA 2BAAA 257LA 2BQAA 1YL1X 1B7OA 2EKSC 1OUFA 1L47A 1UICA 1W08A 1REMA 3D9AC 4XYYA 4DDCA 5KXZA 1LSBA 219LA 1KXWA 3B6LA 3CDVA 1RCMA 1CVKA 1GFAA 132LA 1NQIA 147LA 4B4EA 1LGXA 3GUJA 2BQOA 1HEQA 242LA 5KJ9A 3ODUA 1IOQA 1F0WA 3OE0A 2OEAX 1OUEA 1C60A 1CV4A 4OOOA 1GE1A 1CUQA 4CFOA 4G4HA 4N9RA 4YEMA 1JSFA 4NG8A 3WU7A 1JJ0A 1GDXA 4GCCA 1GFTA 3KAMA 4B1AA 4B4IA 1SQ2L 1LHIA 1IOTA 1D6PA 4XJIA 2YDGA 4EKPA 1DYBA 4ETBA 1LYFA 3WXTA 1DYAA 3DKEX 197LA 1B7RA 5B07A 195LA 1FLQA 1LZ1A 2FBDA 2VB1A 4I7PA 3LZ2A 4OW1A 5LYMA 1LZ9A 211LA 2G4QA 2OU9A 192LA 5APDA 213LA 4YM8A 4H94A 4PHIA 2B75A 1D6QA 1V7SA 112LA 1HC0A 1C6BA 1L03A 4DAJA 4W56A 1L29A 1FDLY 1QTDA 1LPIA 2W1YA 4I7SA 4ZEEA 4P2EA 1GE3A 208LA 2F47A 2B6ZA 3K2RA 5LZMA 5LVHA 1YAQA 118LA 3AGIA 4LYZA 5HLLA 4DQJA 5FSTA 1L65A 3TXBA 1L17A 1WVVA 1L98A 3DN2A 4BS7A 2CUUA 1IC7Y 1L56A 3C8QA 1L87A 2EIZC 3RZEA 2B74A 4NGKA 3WXUA 3CT0A 170LA 2HUBA 1AM7A 4NGYA 1GAYA 1G7LC 1WQOA 2IHLA 5C6IA 2B72A 1TAYA 4NGVA 9LYZA 5J7CA 1LSDA 4AGAA 1JJ1A 4H9HA 1J1XY 1PQJA 5F9UA 4HJZA 1CTWA 1VDPA 3A34A 5FEKA 1IP2A 1B5UA 1P2LA 1L00A 1P2CC 3W6BA 1C63A 3W6DA 1LSPA 3RNXA 1T97A 1HELA 4E97A 2RSCA 113LA 2HEDA 176LA 1B7MA 2W1LA 3P68A 2I25L 1LHJA 1NDMC 4GLAA 255LA 3WU8A 1LYZA 1W6ZA 1DYCA 1LSCA 1C46A 2ZYCA 1KIPC 1XEIA 4LFPA 1B7LA 4KPMA 1C6QA 1LJ4A 2B6WA 209LA 1SX7A 1L39A 2DBTA 4K5YA 2A4TA 4DYGA 1OUIA 4B4JA 261LA 1B7SA 5APCA 1GD6A 2RBRA 3G3XA 1UC0A 4NGOA 2BQNA 1L12A 1OWYA 2BLXA 1GWDA 1LI6A 1T8FA 1B5XA 3TXFA 2GV0A 1GBSA 1L60A 1CKFA 2OTZX 183LA 3C82A 244LA 1BB4A 4HTQA 133LA 1JHLA 1WQRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5M1Y A;  3A91 A;  3SBB C;  191L A;  4LYT A;  1I6S A;  1LZT A;  4QY9 A;  206L A;  127L A;  1C10 A;  3WUA A;  2Z39 A;  1UID A;  1DYF A;  237L A;  146L A;  2ZWB A;  4GRV A;  4NHQ A;  2Z18 A;  1LZE A;  4W52 A;  3K3T A;  142L A;  4LFX A;  1YL0 X;  1C6G A;  4XJH A;  177L A;  5APF A;  2HUM A;  1YAO A;  1QUS A;  1L79 A;  4WOA A;  1B5Y A;  3HH6 A;  3G3A B;  1P2R A;  1UIB A;  1C68 A;  5IHG A;  205L A;  2FYD A;  1IC4 Y;  3LYO A;  2YBL A;  4LT0 A;  1L34 A;  4YF2 A;  1LYJ A;  3A3Q A;  5DL9 A;  1C6L A;  4N1E I;  4H9C A;  4WLD A;  1GXV 2;  1DPW A;  1E8L A;  3HU9 A;  3WW6 A;  174L A;  1GDW A;  3HT8 A;  1C61 A;  3E3D A;  3DNA A;  1BVX A;  253L A;  1NMM A;  1RJC B;  1AT6 A;  154L A;  1NKH A;  5KXR A;  5KKJ A;  1I20 A;  3TXJ A;  1QSA A;  4XJG A;  153L A;  1B7Q A;  1BB5 A;  4ET8 A;  2H9K A;  1L07 A;  4WM2 A;  2NTG A;  1L24 A;  1GFJ A;  4I7R A;  3NY8 A;  1LJK A;  1G0Q A;  1D2Y A;  2BQK A;  2DQC Y;  1WVU A;  1LI2 A;  1LSE A;  1G7H C;  1D0M A;  4TTD A;  4I0C A;  2ZIK A;  2BLY A;  1LMA A;  1G06 A;  5LAF A;  5KXX A; 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