191LA

A helix initiation signal in t4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRACAGAITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDAAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A helix initiation signal in T4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 191lA00
1CV5A 1P6YA 3C8QA 1CX6A 3OE0A 2RB2X 216LA 3HH5A 1KY0A 1QSQA 3HTFA 1L68A 4ARPA 4I7TA 111LA 1L57A 1T8FA 2B73A 2B72A 1L07A 4I7NA 2RBNA 1C6AA 1P7SA 1LLHA 1LYEA 1DYFA 1CV0A 2OE7X 2B6XA 3DN0A 3PBLA 1L46A 1OWYA 1LYHA 206LA 1C6GA 2O7AA 1L88A 3DN1A 2RBOA 162LA 217LA 238LA 4W58A 1L16A 1L52A 258LA 209LA 3DN2A 1KS3A 3F8VA 1PQDA 1L72A 1L59A 3SBBC 1QT6A 182LA 1DYDA 3SB7A 164LA 1D3MA 1L37A 1JTNA 4EJ4A 1CU6A 237LA 1QUGA 1LPYA 147LA 3OE6A 3DN6A 146LA 4W54A 1LI3A 1G0PA 3DMVA 212LA 3DN4A 5LZMA 2B6WA 1D3NA 1CTWA 1L34A 221LA 1C66A 2RBQA 3CDOA 4EPIA 1SSWA 181LA 190LA 1L03A 1L49A 3FA0A 1QTDA 4YXCA 4K5YA 1L39A 1L62A 189LA 167LA 3QAKA 1C6BA 1D2YA 241LA 1L48A 2RAZX 3V2YA 1QUDA 4EKPA 144LA 4W51A 1LYGA 1L94A 1P3NA 4ZPUA 175LA 4DJHA 1D2WA 2HUMA 1LYFA 102LA 1NHBA 4LZMA 3GUPA 1L18A 1L70A 1L11A 1L00A 1C6HA 1L55A 1L45A 222LA 3D4SA 1L73A 3FI5A 1CV1A 4YXAC 1C62A 1L77A 1CX7A 131LA 1L29A 1DYGA 142LA 112LA 3HTGA 2A4TA 223LA 178LA 109LA 3EMLA 1L0JA 1C6TA 1L27A 1OWZA 4I7PA 200LA 1G0GA 115LA 166LA 1CU2A 1KNIA 110LA 2OU8A 3C8SA 4LDLA 2OTYX 3C7YA 4ARMB 174LA 1L92A 4I7MA 192LA 257LA 3DN8A 3NY9A 125LA 1L05A 1LYDA 218LA 3HT7A 215LA 261LA 1CV3A 160LA 1L35A 251LA 1PQIA 1LYIA 1C6PA 4AQNA 1L01A 252LA 2ANXA 4GRVA 2RAYX 1L06A 3GUKA 3SBAA 118LA 4IAPA 1QS9A 213LA 1CV6A 1C6MA 1XJUA 1B6IA 103LA 1G1WA 256LA 2OEAX 108LA 3GUJA 3GULA 226LA 1L93A 1C67A 1L83A 173LA 2RB1X 2CUUA 1QT4A 1L22A 176LA 4W57A 1L32A 1L97A 201LA 1L75A 2LZMA 151LA 1D3JA 3HU8A 1CU0A 4I7JA 2Z6BA 188LA 2HUKA 4W53A 1L31A 3G3XA 138LA 183LA 1OVKA 4ARQA 1L20A 1L64A 2O79A 1ZYTA 1L38A 1L43A 1L98A 3FADA 2IGCA 4LDOA 130LA 177LA 3C7ZA 1L17A 1P2RA 246LA 1C63A 171LA 1L40A 1TLAA 1L95A 3HDEA 150LA 1QTVA 3HUAA 4W52A 3HT9A 1C6JA 3G3WA 3OE9A 4EPFA 3UONA 4GBRB 1ZURA 163LA 157LA 2RBSA 1OVJA 1L0KA 220LA 3K2RA 1L10A 1L89A 2B7XA 113LA 1C6FA 1QTZA 1L13A 1QT8A 2RBRA 1LWGA 262LA 1G07A 1L33A 165LA 3JR6A 2OU0X 6LZMA 236LA 1OVHA 1C68A 197LA 1PQKA 1L23A 4YX7C 1L14A 1L53A 1SWZA 210LA 4EKSA 119LA 1G0QA 4I7KA 1DYEA 1LGUA 1QUOA 180LA 170LA 1L74A 245LA 3HTDA 1C6CA 2O4WA 3HH3A 3HUQA 1DYCA 1QT3A 1DYAA 1L25A 3V2WA 159LA 1L71A 1C6EA 1L58A 2B6TA 3HUKA 1L19A 1C6KA 1L44A 244LA 3C80A 1L91A 2LCBA 1L08A 1L80A 1L81A 1T8GA 4LDEA 1G1VA 2RBPA 187LA 1L76A 2HULA 2QB0B 143LA 2RH1A 140LA 229LA 2B70A 4E97A 3VW7A 1C6DA 3SB5A 1LGWA 148LE 3C82A 1P56A 2B6YA 3CDRA 228LA 155LA 1P2LA 4PK0A 1G06A 1LI6A 4EKQA 139LA 224LA 3HT6A 2NTHA 2F2QA 1L47A 2ANVA 2RB0X 1L21A 1CUPA 1PQJA 1QTHA 1P64A 1L96A 1C6NA 1L30A 3CDQA 1L79A 3DN3A 4I7LA 1LW9A 3GUOA 2LC9A 3HT8A 1OV5A 1D3FA 2NTGA 234LA 1CVKA 1LI2A 3F9LA 2OTZX 1QT7A 1K28A 1D9WA 1T97A 1CU3A 3HDFA 2Q9DA 1OV7A 253LA 2OU9A 3C8RA 3LZMA 3NYAA 7LZMA 1SSYA 4EXMA 249LA 3C81A 152LA 1C64A 3C7WA 1KY1A 2QARC 4W59A 1WTHA 3DMXA 3DKEX 3NY8A 1QTCA 127LA 3SN6R 230LA 205LA 1C61A 1KW7A 227LA 3RUNA 250LA 254LA 1QS5A 3HU9A 1L24A 232LA 1LGXA 248LA 4I7OA 1L67A 1L65A 1LWKA 214LA 3HTBA 1L54A 233LA 1CU5A 1QUHA 259LA 1C69A 1L56A 1T8AA 1L50A 3GUIA 219LA 231LA 1QT5A 1L41A 141LA 1G0MA 3DNAA 3SB9A 4DAJA 1L28A 3G3VA 1L51A 1L90A 4ARMA 114LA 161LA 1L69A 1C60A 5I14A 2Q9EA 239LA 3SB6A 169LA 4I7RA 195LA 260LA 1PQOA 129LA 122LA 1CUQA 120LA 1SX2A 1L02A 1L66A 3GUNA 1L87A 4ARLA 1C6LA 2B74A 1JTMA 107LA 1I6SA 172LA 1P46A 1XJTA 1L85A 225LA 4DKLA 104LA 1L99A 1XEPA 1CV4A 1JQUA 243LA 2F32A 4OO9A 1P5CA 4I7QA 1QSBA 1C6IA 4PJZA 235LA 3GUMA 3OE8A 145LA 2OE9X 4W56A 242LA 2B75A 185LA 191LA 184LA 1SX7A 1ZWNA 1L09A 137LA 3L2XA 3C83A 1L61A 3DMZA 4S0WA 4I7SA 1P37A 2L78A 4ARQB 3CDVA 4ARJA 1G0JA 3HWLA 1L60A 123LA 1L82A 1T6HA 1C6QA 2OE4X 1C65A 196LA 1L04A 240LA 1L63A 3PDSA 198LA 126LA 1P36A 4W55A 1G0KA 3CDTA 1G0LA 1L84A 1OYUA 1LYJA 158LA 3L64A 1EPYA 186LA 1L26A 211LA 3HH6A 156LA 247LA 2B6ZA 3RZEA 1QTBA 255LA 3SB8A 149LA 1KW5A 1L12A 1L36A 1L42A 1DYBA 2F47A 4EKRA 168LA 1SWYA 128LA 1PQMA 1L86A 1L15A 3ODUA 3HH4A 199LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TMWA 4GLAA 1UIHA 1IWYA 1F10A 2B5ZA 2HEAA 2RB2X 3B6LA 3HH5A 1KY0A 3P65A 4I7TA 1T8FA 2B72A 1C6AA 2W1YA 4B4EA 4XJFA 1LLHA 1UIBA 3DN0A 1LSFA 1IR9A 4LT1A 1A2YC 5LA8A 2BPUA 1RE2A 1BWJA 1GFAA 3TMXA 3WW5A 2HU3A 4WM6A 1L16A 1L52A 258LA 209LA 1W6ZA 3F8VA 5I4YA 1NKHA 193LA 1QT6A 1GDWA 5KY1A 1LJIA 1L37A 1CU6A 237LA 147LA 3OE6A 5LIOA 1CTWA 3LYTA 1GE1A 1N4FA 3WH1A 1GE0A 1C66A 3CDOA 4EPIA 4H1PA 190LA 1B5YA 3EBAB 1LMOA 1L62A 4NGLA 4DYGA 1CNSA 3TXIA 4EKPA 2W1MA 1GB8A 2FBBA 3HBEX 1HF4A 175LA 3EXDA 3WU7A 2HUMA 3WXUA 4Z41A 4LYCA 4YENA 1GFGA 1UIEA 1L45A 222LA 3D4SA 4RLNA 4DDAA 1LSGA 4YXAC 4PPOA 1C62A 1JITA 1ZVYB 1GBWA 4N8ZA 109LA 3N9EA 1L0JA 2LYZA 1C6TA 1G7IC 1L27A 1GE3A 1G0GA 115LA 3G3AB 4NG1A 2YSSC 1KNIA 3C8SA 4NGJA 4LDLA 4XN6A 4NEBA 1GE2A 1L92A 2MEAA 257LA 5I53A 1GF6A 1L35A 1CJ8A 2ANXA 2BQLA 5L3IA 4H9AA 1L06A 1OUFA 3GUKA 1IWXA 4IAPA 1QDTA 4NWHA 2AUBA 1C6MA 1LKRA 256LA 108LA 226LA 1LHIA 2RB1X 1QT4A 1AT6A 1D0LA 2Z37A 1TCYA 4H93A 1CKCA 1B5ZA 1UBZA 1IC7Y 2Z6BA 1AT5A 1YAMA 2HUKA 1H87A 1LHHA 4W53A 1L31A 138LA 4ARQA 4ZEEA 2O79A 4LT3A 1L43A 4LDOA 1BVKC 2ZNWY 1L17A 2CWIA 246LA 4DD3A 1L40A 1L95A 1ZV5L 3HDEA 1EL1A 3OE9A 1C6JA 1ZMYL 1FLWA 3CT5A 157LA 2LZTA 4DC4A 2RBSA 4E3UA 1JJ0A 1L0KA 5KKJA 1IY4A 3WYHA 1FBIX 1GE4A 1BVXA 4GCEA 2XQOA 3VWOA 1C6FA 3A92A 1C43A 2RBRA 165LA 1GFTA 1B0DA 2W1LA 1HEPA 236LA 1OVHA 134LA 5FDJA 1C68A 3P4ZA 1L23A 210LA 119LA 1LGUA 1QUOA 180LA 1YKZX 4P2EA 245LA 1QT3A 4J1BA 4H91A 3V2WA 4XADA 2B6TA 1C45A 3J6KA 4H9IA 1NDGC 3HUKA 1C6KA 1YAOA 1L44A 3C80A 4G4BA 1GXV2 2HULA 1L76A 3FI7A 140LA 4PJ2C 5E4PA 4E97A 2BQNA 4XJDA 3SB5A 2IHLA 148LE 4EMNA 5LVIA 3C82A 1LZRA 5A3EA 1VDSA 4II8A 1UICA 2BQGA 1JKBA 3CDRA 1UCOA 1FLYA 4PK0A 5APFA 1F6SA 1LI6A 224LA 2NTHA 4N9RA 1LZEA 4ETBA 2I26L 1PQJA 1CUPA 2XJWA 3B0IA 3WULA 3A3RX 5L9JA 2FYDA 1IC5Y 1L30A 4I7LA 1XGRC 1KXXA 4NFVA 3QNGA 4HTNA 3F9LA 1GFRA 1T97A 3HDFA 1OV7A 3C8RA 1IO5A 1LMCA 1KY1A 5KXWA 3D9AC 2A7FA 1LSZA 1BB4A 2YBNA 1REYA 254LA 4DD7A 232LA 4U3XB 1IOQA 1L65A 1T3PA 233LA 5I5QA 1L56A 1UACY 4LT0A 231LA 1L41A 141LA 1L28A 5D5FA 2LHMA 1L51A 4ARMA 1DI4A 1OUBA 5I14A 5IDDA 1HEWA 1JTPL 1PQOA 1LHJA 122LA 1CUQA 1WVVA 2ZWBA 1L02A 1L66A 1VAUA 4O34A 1B5WA 2D6BA 4ANRA 3AJNA 1P46A 3BKHA 5B06A 1CV4A 2MEGA 1OQMA 4ZFPA 1P5CA 3WUNA 1YAQA 1IP1A 4W56A 3WUMA 1GBZA 154LA 1SX7A 1YKYX 3DMZA 1FLUA 1HEMA 1L60A 1FKVA 4XJHA 4NGYA 1IOSA 4LFPA 4N1CC 1L04A 3AGHA 4XJBA 1YQVY 1YL1X 1OUHA 4H9HA 4KXIA 5ILFA 1OYUA 1EPYA 1GB3A 186LA 4KPMA 3RZEA 1LZYA 1QTBA 4H92A 149LA 1KW5A 1L36A 1RCMA 128LA 1PQMA 1HEOA 1JISA 3ODUA 1P6YA 3OE0A 5KJ9A 3TXEA 1E8LA 1NF5A 4RLMA 1WQMA 1LSCA 1JJ3A 1L07A 5KXNA 1YAPA 4I7NA 2RBNA 1LJJA 1AZFA 3ZVQB 2B6XA 5LINA 4J1AA 206LA 1C6GA 2O7AA 194LA 2RBOA 5K7OA 1LYSA 3DN2A 1D9UA 1EQ5A 5FEKA 1DPWA 2C8PA 3SB7A 182LA 164LA 5KXSA 4UWVA 4PRUA 1QUGA 2GV0A 4WLXA 1CKGA 146LA 1LI3A 1G0PA 4MSTA 4WL7A 2N5ZA 1LOZA 221LA 1QDRA 1SSWA 5HMJA 1L49A 1QTDA 4K5YA 4WG1A 167LA 3QAKA 4NGZA 1C6BA 1JHLA 2RAZX 4WM4A 1BGIA 144LA 4H90A 1RJCB 2FYCA 4ZPUA 4DJHA 4RDSA 1D2WA 1LYFA 4WM5A 1H6MA 1DKJA 4LZMA 5J7CA 1XEIA 1L70A 1L11A 2YVBA 3LZTA 4OWCA 1C6HA 3HBHA 4KL7A 1L55A 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1LI2A 3WUAA 2BQDA 2OTZX 2F4AA 3WXTA 1BWIA 3W6AA 2Q9DA 4B4JA 2OU9A 2I6ZA 1T6VL 3C81A 152LA 4NHTA 3M18B 4W59A 1GBSA 1LSAA 230LA 1C61A 1BB6A 250LA 1QS5A 4HV2A 1LGXA 1YANA 4NHIA 4D9ZA 1LZGA 4I7OA 3CT0A 3KAMA 4WMGA 1LWKA 2HTXA 2DQAA 1OUDA 1CU5A 1V7TA 3AZ5A 1NMMA 4DD1A 1C08C 3W3EA 1O23A 1T8AA 4H94A 4NY5A 2IFFY 1G0MA 3DNAA 4DAJA 1FN5A 5AMYA 3G3VA 4TX7A 1L90A 114LA 2Q9EA 5KXMA 1I56A 1NHEA 1LJ3A 1IVMA 1LAAA 4I7RA 1GB5A 260LA 2DQIY 2ZYCA 1OP9B 1HENA 1B9OA 135LA 3GUNA 1NWGA 1CJ6A 1I6SA 1HFZA 207LA 172LA 3RU5A 1CKFA 1NBYC 5DLAA 4DKLA 1GBXA 2Z2EA 2ZIJA 1L99A 1GDXA 3CB7A 243LA 3HFMY 4ZIXA 4GLVA 3TXHA 1REMA 2XBRA 1QSBA 3WVXA 4NSIA 4PJZA 153LA 3OE8A 4G4CA 2OE9X 3F6ZA 2G4QA 1XGTC 185LA 1ZWNA 4NG8A 4GN5C 1IWZA 3FE0A 4I7SA 2FBDA 4HTQA 1P37A 4QDNA 2L78A 4ARQB 3CDVA 1QSAA 2EPEA 4Z3MA 3AB6A 1LJGA 240LA 4I8SA 3PDSA 126LA 1WQNA 4BAPA 1G0KA 3CDTA 1LYJA 2XTHA 3AYQA 3L64A 1OUAA 4WLYA 1GFKA 211LA 3HH6A 2BQOA 2F47A 4QGZA 5A3ZA 1SWYA 1B7SA 3N9CA 1LSDA 1L15A 4LYOA 1LSNA 2MECA 3HH4A 1LSBA 4GN3A 1CV5A 3C8QA 1CX6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4ARQ B;  3CDV A;  4ARJ A;  1G0J A;  3HWL A;  1L60 A;  123L A;  1L82 A;  1T6H A;  1C6Q A;  2OE4 X;  1C65 A;  196L A;  1L04 A;  240L A;  1L63 A;  3PDS A;  198L A;  126L A;  1P36 A;  4W55 A;  1G0K A;  3CDT A;  1G0L A;  1L84 A;  1OYU A;  1LYJ A;  158L A;  3L64 A;  1EPY A;  186L A;  1L26 A;  211L A;  3HH6 A;  156L A;  247L A;  2B6Z A;  3RZE A;  1QTB A;  255L A;  3SB8 A;  149L A;  1KW5 A;  1L12 A;  1L36 A;  1L42 A;  1DYB A;  2F47 A;  4EKR A;  168L A;  1SWY A;  128L A;  1PQM A;  1L86 A;  1L15 A;  3ODU A;  3HH4 A;  199L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TMW A;  4GLA A;  1UIH A;  1IWY A;  1F10 A;  2B5Z A;  2HEA A;  2RB2 X;  3B6L A;  3HH5 A;  1KY0 A;  3P65 A;  4I7T A;  1T8F A;  2B72 A;  1C6A A;  2W1Y A;  4B4E A;  4XJF A;  1LLH A;  1UIB A;  3DN0 A;  1LSF A;  1IR9 A;  4LT1 A;  1A2Y C;  5LA8 A;  2BPU A;  1RE2 A;  1BWJ A;  1GFA A;  3TMX A;  3WW5 A;  2HU3 A;  4WM6 A;  1L16 A;  1L52 A;  258L A;  209L A;  1W6Z A;  3F8V A;  5I4Y A;  1NKH A;  193L A;  1QT6 A;  1GDW A;  5KY1 A;  1LJI A;  1L37 A;  1CU6 A;  237L A;  147L A;  3OE6 A;  5LIO A;  1CTW A;  3LYT A;  1GE1 A;  1N4F A;  3WH1 A;  1GE0 A;  1C66 A;  3CDO A;  4EPI A;  4H1P A;  190L A;  1B5Y A;  3EBA B;  1LMO A;  1L62 A;  4NGL A;  4DYG A;  1CNS A;  3TXI A;  4EKP A;  2W1M A;  1GB8 A;  2FBB A;  3HBE X;  1HF4 A;  175L A;  3EXD A;  3WU7 A;  2HUM A;  3WXU A;  4Z41 A;  4LYC A;  4YEN A;  1GFG A;  1UIE A;  1L45 A;  222L A;  3D4S A;  4RLN A;  4DDA A;  1LSG A;  4YXA C;  4PPO A;  1C62 A;  1JIT A;  1ZVY B;  1GBW A;  4N8Z A;  109L A;  3N9E A;  1L0J A;  2LYZ A;  1C6T A;  1G7I C;  1L27 A;  1GE3 A;  1G0G A;  115L A;  3G3A B;  4NG1 A;  2YSS C;  1KNI A;  3C8S A;  4NGJ A;  4LDL A;  4XN6 A;  4NEB A;  1GE2 A;  1L92 A;  2MEA A;  257L A;  5I53 A;  1GF6 A;  1L35 A;  1CJ8 A;  2ANX A;  2BQL A;  5L3I A;  4H9A A;  1L06 A;  1OUF A;  3GUK A;  1IWX A;  4IAP A;  1QDT A;  4NWH A;  2AUB A;  1C6M A;  1LKR A;  256L A;  108L A;  226L A;  1LHI A;  2RB1 X;  1QT4 A;  1AT6 A;  1D0L A;  2Z37 A;  1TCY A;  4H93 A;  1CKC A;  1B5Z A;  1UBZ A;  1IC7 Y;  2Z6B A;  1AT5 A;  1YAM A;  2HUK A;  1H87 A;  1LHH A;  4W53 A;  1L31 A;  138L A;  4ARQ A;  4ZEE A;  2O79 A;  4LT3 A;  1L43 A;  4LDO A;  1BVK C;  2ZNW Y;  1L17 A;  2CWI A;  246L A;  4DD3 A;  1L40 A;  1L95 A;  1ZV5 L;  3HDE A;  1EL1 A;  3OE9 A;  1C6J A;  1ZMY L;  1FLW A;  3CT5 A;  157L A;  2LZT A;  4DC4 A;  2RBS A;  4E3U A;  1JJ0 A;  1L0K A;  5KKJ A;  1IY4 A;  3WYH A;  1FBI X;  1GE4 A;  1BVX A;  4GCE A;  2XQO A;  3VWO A;  1C6F A;  3A92 A;  1C43 A;  2RBR A;  165L A;  1GFT A;  1B0D A;  2W1L A;  1HEP A;  236L A;  1OVH A;  134L A;  5FDJ A;  1C68 A;  3P4Z A;  1L23 A;  210L A;  119L A;  1LGU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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