192LA

A helix initiation signal in t4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLAAAKAALAAAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title A helix initiation signal in T4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 192lA00
1L03A 1L13A 1CUPA 163LA 1SX7A 1C69A 227LA 4W59A 198LA 1OVKA 1L31A 1L49A 213LA 1CX7A 2F32A 1P6YA 215LA 4K5YA 3DN3A 1KW5A 2O4WA 3HDFA 212LA 2B75A 1SWZA 1LGXA 161LA 2IGCA 1L18A 2LZMA 1L92A 223LA 1CU0A 2NTGA 3C8RA 3DMVA 171LA 3SN6R 195LA 1I6SA 1LLHA 1T6HA 237LA 165LA 3HU8A 1QTCA 1L20A 1L17A 176LA 3OE9A 1CV5A 1CU2A 238LA 1L71A 1P37A 2Z6BA 259LA 127LA 4EKPA 3L64A 1D3NA 233LA 113LA 1L76A 3DN6A 108LA 1QS5A 258LA 1PQJA 2B6WA 234LA 1L36A 253LA 1CU3A 1G0QA 148LE 216LA 4EPIA 3DMZA 1LI3A 1P56A 1B6IA 149LA 142LA 164LA 1C6AA 147LA 138LA 1ZYTA 1L94A 2QARC 2RBNA 1L19A 3CDVA 3EMLA 230LA 3DN0A 3GUMA 1C60A 256LA 1QT7A 4LDLA 4PK0A 104LA 189LA 141LA 3L2XA 4EKQA 2LC9A 4W53A 1LPYA 3C8SA 222LA 2RBSA 1LYHA 4W56A 4YXAC 3SB9A 1C6QA 1DYEA 1PQOA 1L67A 1L0JA 122LA 156LA 1JTMA 1L93A 151LA 1LYFA 3DN1A 3GULA 3HTGA 4EKSA 3V2WA 1G0JA 1LYJA 3HTFA 4S0WA 1G0LA 3HT9A 1D2WA 1QT5A 221LA 226LA 1L35A 183LA 167LA 1LWGA 1CU6A 1L85A 4I7SA 4E97A 1QT6A 4ARLA 217LA 1P36A 4EXMA 4DKLA 239LA 1L98A 1L23A 1C6TA 1L90A 3OE0A 4LDOA 4LZMA 2F47A 1L30A 2RBRA 2RBPA 1K28A 3HH4A 1QTZA 250LA 4W58A 257LA 1L28A 1L52A 2OU0X 1D3JA 261LA 150LA 130LA 1QTDA 190LA 3C82A 2OE7X 1SWYA 1L64A 3HT7A 1OV7A 1L32A 1L99A 3DKEX 248LA 225LA 107LA 1LI6A 1P2RA 1ZURA 129LA 3HUKA 1P2LA 2RAZX 3C7YA 1CV4A 3RZEA 3SBAA 1G0GA 4I7MA 1P5CA 3SBBC 1G1WA 1WTHA 1C6KA 3CDQA 3CDOA 1QS9A 1L51A 3FI5A 103LA 1L62A 4YX7C 1L82A 2RB0X 1D2YA 1KY1A 3SB6A 3OE6A 1G1VA 162LA 3FADA 3V2YA 3GUJA 1OV5A 1L44A 1QT3A 2B72A 2OTZX 1L10A 3GUIA 1L38A 1C63A 2OU9A 111LA 2HUMA 4I7PA 199LA 1QUOA 3GUPA 1CVKA 224LA 209LA 4EJ4A 1QTBA 3HWLA 158LA 3C83A 3NYAA 1LYGA 4I7OA 192LA 4YXCA 4OO9A 3C7WA 197LA 131LA 2B6TA 2B6XA 168LA 1LI2A 1L47A 2OTYX 157LA 3HT8A 1L11A 262LA 3CDRA 115LA 252LA 2NTHA 201LA 2A4TA 1L65A 4IAPA 2HUKA 1T8FA 178LA 4W52A 3C81A 1CV3A 4I7JA 1OYUA 1L09A 1L48A 260LA 1LGUA 4W57A 1C65A 4GRVA 3VW7A 144LA 175LA 3GUKA 3G3WA 1JTNA 1L22A 1LYDA 4ARPA 214LA 229LA 3HH5A 1L40A 4PJZA 1L91A 1L81A 172LA 1L60A 1SSYA 1C6CA 128LA 1L66A 228LA 4ZPUA 211LA 1L06A 1L00A 249LA 3DN2A 3ODUA 1DYFA 3FA0A 4W51A 160LA 3NY8A 174LA 187LA 118LA 1G07A 1L61A 1LYIA 1PQKA 114LA 1L75A 200LA 255LA 3DMXA 139LA 210LA 1L33A 1L07A 1T8AA 232LA 4ARJA 109LA 1C66A 236LA 1C6MA 2ANXA 1P3NA 1L54A 4W54A 2B70A 1L63A 1XJUA 1C6LA 1L53A 3HDEA 1L25A 2RAYX 4DJHA 1QT4A 1DYBA 1L79A 180LA 2B74A 123LA 1L26A 1L50A 4I7LA 1C68A 1QUHA 3G3XA 1DYAA 1L14A 2RBOA 4ARQB 1L0KA 119LA 1OWYA 185LA 1XJTA 110LA 235LA 1QTHA 159LA 2RBQA 244LA 3HUQA 243LA 3UONA 4ARQA 1L69A 2OE4X 254LA 1L27A 1SSWA 1L84A 1LW9A 102LA 1L73A 1L43A 4W55A 1L74A 2B6ZA 3C80A 1L24A 1CTWA 2RH1A 1C6JA 1T97A 5LZMA 241LA 1P7SA 177LA 1L16A 1L29A 251LA 2B6YA 218LA 2CUUA 1L96A 1L08A 6LZMA 205LA 1CUQA 196LA 219LA 1KNIA 1PQMA 1C6FA 3PDSA 1EPYA 1L02A 1C6NA 186LA 1L34A 3HH3A 1CX6A 112LA 1KW7A 1L97A 1L12A 4GBRB 1C6HA 3SB5A 1KY0A 1SX2A 3HU9A 1CV6A 1L37A 184LA 3GUNA 1L01A 245LA 1L86A 2Q9EA 1L80A 2OU8A 3HT6A 1L72A 1QUDA 1C67A 3HTDA 3OE8A 1G0PA 4I7TA 1QSQA 1QUGA 1ZWNA 2B7XA 4AQNA 4ARMB 1DYCA 2L78A 1OVJA 125LA 137LA 169LA 170LA 1L59A 3PBLA 1P46A 1TLAA 206LA 1G0MA 1L68A 4EPFA 1C64A 1XEPA 166LA 5I14A 1CU5A 3JR6A 1PQIA 1C61A 191LA 152LA 1LWKA 1OVHA 2F2QA 1QSBA 3DN8A 3G3VA 3GUOA 2LCBA 3K2RA 140LA 4ARMA 126LA 4EKRA 143LA 1CV0A 7LZMA 3F8VA 1L45A 1C6IA 2O7AA 4I7QA 1L42A 1D3FA 1C6PA 146LA 1L77A 1L88A 4I7RA 3C7ZA 4I7NA 3RUNA 181LA 1G06A 3HTBA 1OWZA 1C6BA 2RB1X 1L46A 1L04A 173LA 4I7KA 1L57A 1G0KA 1L95A 3DN4A 3SB7A 1C6DA 1L39A 188LA 2B73A 246LA 1C6EA 1KS3A 1LGWA 1QTVA 155LA 247LA 3C8QA 2OEAX 1PQDA 1L05A 3LZMA 4DAJA 1DYDA 3F9LA 1L58A 2HULA 2RB2X 3NY9A 1JQUA 3CDTA 3QAKA 1L56A 1L21A 3HH6A 120LA 240LA 1C6GA 231LA 2QB0B 1L15A 1CV1A 2ANVA 1T8GA 3DNAA 4LDEA 1QT8A 1L55A 1L41A 1D3MA 1L89A 220LA 2OE9X 3D4SA 182LA 3HUAA 1DYGA 1L87A 1LYEA 1L83A 1C62A 2Q9DA 3SB8A 145LA 1D9WA 242LA 1P64A 1NHBA 2O79A 1L70A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQJA 163LA 4W59A 1UIDA 1C43A 5I5QA 1IWVA 1TBYA 2F32A 4FDYA 1XEJA 2B75A 1SWZA 3B0IA 1L18A 134LA 3AZ5A 1GFTA 1HELA 1T6HA 1L20A 5F16A 1YAOA 3W6DA 259LA 4H8XA 4NGWA 1YIKA 4BAPA 4ETAA 1NKHA 3N9CA 3L64A 4B4IA 1UBZA 3WL2A 4OW1A 1JTTL 1GXXA 3HBEX 3T36A 148LE 3DMZA 1LI3A 1F10A 1ZYTA 2ZQ4A 1EQ5A 4DQ7A 3AZ4A 3EMLA 7LYZA 1PS5A 3VWOA 1AKIA 1LHHA 4PK0A 3P65A 2BQAA 4W53A 1JITA 2RBSA 1LYHA 1RCMA 1GF4A 1HSXA 1LSYA 1LYFA 1JSEA 3HTGA 1HEPA 1HFZA 5LIOA 1WTMA 1G0LA 3A92A 1L35A 1RI8B 4Z46A 2ZYCA 4I7SA 4E97A 1QT6A 1WQPA 4DKLA 3J4GA 4J0LA 3CB7A 5B59A 1L30A 3W6FA 1K28A 3HH4A 2CDSA 1L28A 4H9IA 261LA 130LA 1JISA 3B72A 1SWYA 1L32A 2BQMA 248LA 1IY3A 107LA 1P2RA 1ZURA 3HUKA 1LSNA 3N9EA 4DDBA 5D5FA 3SBBC 5KXTA 5II3A 3LYZA 4KL7A 4KPMA 4X3BA 1L51A 3FI5A 1JWRA 1L62A 1CJ6A 2D91A 1L82A 4GN4A 5LA8A 1XSFA 1RFPA 5AMYA 1L44A 3GXKA 3GUIA 1GD6A 1JKDA 1LZYA 2BQDA 3P64A 4RDSA 3GUPA 1FKQA 5ILFA 5K7OA 1F0WA 3HWLA 2MEBA 4D9ZA 1TCYA 2PC2A 1OUFA 2EKSC 5HQ1A 1LYGA 5LA5A 1I20A 2BLYA 4YXCA 4OO9A 3C7WA 2B6XA 1SLYA 4PRQA 3A3QA 262LA 3LN2A 1LJIA 3FE0A 2Y8PA 1GF5A 1LHMA 4ETEA 1VDQA 3M3UA 3C81A 4OWEA 4CGEA 1L48A 1DQJC 3N9AA 4QDNA 175LA 3G3WA 1IWWA 4Z41A 1CKHA 1LMQA 1L22A 1IR9A 1VEDA 4ARPA 1CKFA 2DKVA 4IASA 1GFJA 3HH5A 1IWTA 5B07A 1QTEA 4PJZA 4WM1A 5KXWA 3TXEA 4DYGA 5KXRA 2A7FA 4ZPUA 5B06A 4LYTA 2D4JA 4H1PA 1VFBC 1B5XA 118LA 1CKCA 1L75A 232LA 4ARJA 109LA 1C6MA 2ANXA 4HPEA 2DQAA 1F6SA 1L63A 4WL7A 2I6ZA 3HDEA 5F14A 1JPOA 4DJHA 1XGRC 180LA 1LKRA 4XJHA 4WMGA 1L26A 4NIJA 1TEWA 1IR8A 4I7LA 3FI7A 1C68A 1WQQA 4H92A 3WU7A 2RBOA 4LT3A 1L0KA 3CT0A 1IP7A 1NBYC 1FLYA 1HHLA 1XJTA 110LA 235LA 1MLCE 244LA 4LYCA 4XADA 3HBDA 4GCBA 4ARQA 254LA 4H9EA 4NWHA 1XEKA 2DBTA 4XJIA 3WUAA 4DD3A 4W55A 3C80A 1GBYA 4WM5A 1IC7Y 4B1AA 1GE3A 4DQJA 177LA 2DQCY 2B6YA 1REMA 1L08A 6LZMA 3A90A 1GF7A 3TXBA 1GF6A 1BB3A 2CJLA 4B4JA 4HSFA 1PQMA 1C6FA 1GXV2 4DD0A 3WH1A 1EPYA 5LXWA 4UWVA 4ZEEA 1KW7A 5I4WA 3A96A 3SB5A 1CV6A 4MSTA 1VDTA 4KT3A 3GUNA 1GFAA 2Q9EA 1XEIA 4XJBA 2OU8A 3HT6A 2FBDA 2H9JA 1QUDA 1YAMA 3HTDA 1G0PA 5T3FA 1QSQA 1BWJA 1QUGA 2B7XA 4AQNA 1OVJA 4NHPA 5EBHA 1IIZA 137LA 1HEWA 2XBRA 1P46A 1D0KA 5L3IA 1G0MA 2AUBA 2XJWA 1C64A 1B7MA 5B1GA 5I14A 1TDYA 1BB7A 1LJEA 4KXIA 1LZEA 1EQ4A 3K2RA 4ARMA 3LHMA 1JJ3A 5I54A 1CV0A 2O7AA 1D3FA 2ZIKA 1L77A 4CJ2A 4I7RA 3C7ZA 1UACY 4I7NA 3WXTA 4H9AA 2BQKA 2BQOA 5KXZA 1QSWA 2RB1X 1HERA 2HU1A 133LA 1FN5A 1LZDA 1OUEA 5B1FA 5E4PA 1IVMA 4DD7A 1C6EA 3G3AB 1UC0A 1ZVHL 1GPQC 1JTOL 1JQUA 2XTHA 3ATNA 3QAKA 5LYZA 1L21A 1G7HC 1LMAA 5KXLA 2QB0B 1T3PA 1T8GA 1T6VL 1HEOA 1VATA 3AB6A 1JHLA 3TXIA 3HUAA 1DXJA 1D9UA 1V7TA 1GBZA 5DN4A 1LYEA 1IWUA 1L83A 3WPKA 5F81A 5DM9A 145LA 3WUMA 242LA 4OOOA 1FBIX 2ZNWY 1LZ9A 3IJUA 1GWDA 1OVKA 3TMVA 1XGPC 1P6YA 4K5YA 4WOAA 2O4WA 3HDFA 4XENA 1IWXA 1GB9A 4PHIA 1YILA 2IGCA 5DN5A 2LZMA 3TMXA 1L92A 2EQLA 5LYMA 1F6RA 2NTGA 1C10A 3C8RA 195LA 1B5VA 176LA 4OWAA 3OE9A 1CV5A 2Z6BA 3A34A 4MR1A 3A6CY 5FSTA 4DQ5A 1L76A 1C46A 108LA 1QS5A 1IR7A 1L36A 1G0QA 1W08A 216LA 3TXDA 2HU3A 1P56A 149LA 142LA 3AJNA 3AZ6A 138LA 1CKGA 1OUIA 3CDVA 5LVHA 5APCA 1C60A 256LA 5APDA 4BS7A 1QT7A 4ET8A 1BHZA 189LA 3L2XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BQJ A;  163L A;  4W59 A;  1UID A;  1C43 A;  5I5Q A;  1IWV A;  1TBY A;  2F32 A;  4FDY A;  1XEJ A;  2B75 A;  1SWZ A;  3B0I A;  1L18 A;  134L A;  3AZ5 A;  1GFT A;  1HEL A;  1T6H A;  1L20 A;  5F16 A;  1YAO A;  3W6D A;  259L A;  4H8X A;  4NGW A;  1YIK A;  4BAP A;  4ETA A;  1NKH A;  3N9C A;  3L64 A;  4B4I A;  1UBZ A;  3WL2 A;  4OW1 A;  1JTT L;  1GXX A;  3HBE X;  3T36 A;  148L E;  3DMZ A;  1LI3 A;  1F10 A;  1ZYT A;  2ZQ4 A;  1EQ5 A;  4DQ7 A;  3AZ4 A;  3EML A;  7LYZ A;  1PS5 A;  3VWO A;  1AKI A;  1LHH A;  4PK0 A;  3P65 A;  2BQA A;  4W53 A;  1JIT A;  2RBS A;  1LYH A;  1RCM A;  1GF4 A;  1HSX A;  1LSY A;  1LYF A;  1JSE A;  3HTG A;  1HEP A;  1HFZ A;  5LIO A;  1WTM A;  1G0L A;  3A92 A;  1L35 A;  1RI8 B;  4Z46 A;  2ZYC A;  4I7S A;  4E97 A;  1QT6 A;  1WQP A;  4DKL A;  3J4G A;  4J0L A;  3CB7 A;  5B59 A;  1L30 A;  3W6F A;  1K28 A;  3HH4 A;  2CDS A;  1L28 A;  4H9I A;  261L A;  130L A;  1JIS A;  3B72 A;  1SWY A;  1L32 A;  2BQM A;  248L A;  1IY3 A;  107L A;  1P2R A;  1ZUR A;  3HUK A;  1LSN A;  3N9E A;  4DDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2BQJ A;  163L A;  4W59 A;  1UID A;  1C43 A;  5I5Q A;  1IWV A;  1TBY A;  2F32 A;  4FDY A;  1XEJ A;  2B75 A;  1SWZ A;  3B0I A;  1L18 A;  134L A;  3AZ5 A;  1GFT A;  1HEL A;  1T6H A;  1L20 A;  5F16 A;  1YAO A;  3W6D A;  259L A;  4H8X A;  4NGW A;  1YIK A;  4BAP A;  4ETA A;  1NKH A;  3N9C A;  3L64 A;  4B4I A;  1UBZ A;  3WL2 A;  4OW1 A;  1JTT L;  1GXX A;  3HBE X;  3T36 A;  148L E;  3DMZ A;  1LI3 A;  1F10 A;  1ZYT A;  2ZQ4 A;  1EQ5 A;  4DQ7 A;  3AZ4 A;  3EML A;  7LYZ A;  1PS5 A;  3VWO A;  1AKI A;  1LHH A;  4PK0 A;  3P65 A;  2BQA A;  4W53 A;  1JIT A;  2RBS A;  1LYH A;  1RCM A;  1GF4 A;  1HSX A;  1LSY A;  1LYF A;  1JSE A;  3HTG A;  1HEP A;  1HFZ A;  5LIO A;  1WTM A;  1G0L A;  3A92 A;  1L35 A;  1RI8 B;  4Z46 A;  2ZYC A;  4I7S A;  4E97 A;  1QT6 A;  1WQP A;  4DKL A;  3J4G A;  4J0L A;  3CB7 A;  5B59 A;  1L30 A;  3W6F A;  1K28 A;  3HH4 A;  2CDS A;  1L28 A;  4H9I A;  261L A;  130L A;  1JIS A;  3B72 A;  1SWY A;  1L32 A;  2BQM A;  248L A;  1IY3 A;  107L A;  1P2R A;  1ZUR A;  3HUK A;  1LSN A;  3N9E A;  4DDB A; 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