195LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDELAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 195lA00
1JTNA 3JR6A 3LZMA 3HDEA 1C6KA 2Z6BA 1C6PA 212LA 175LA 2ANVA 1LI2A 1G0JA 1C6MA 1LLHA 2CUUA 1LGUA 240LA 232LA 226LA 2F47A 5LZMA 1L27A 3GUIA 3OE8A 1D3NA 2OU0X 1L98A 1L51A 262LA 2B7XA 2HULA 3HT6A 4GBRB 1QS9A 1OWYA 4W59A 141LA 149LA 1C67A 1G0PA 1C6TA 3DN3A 4I7NA 2B73A 1DYBA 4YXCA 2B72A 1KNIA 1DYFA 4LDLA 3DMXA 109LA 2HUKA 1QSBA 1L59A 1L84A 1LPYA 1QTDA 2O7AA 115LA 1L60A 4W52A 3HH5A 245LA 170LA 1L20A 3HH3A 1OV7A 1NHBA 1C6HA 1G0KA 2B70A 1CU2A 176LA 1C6GA 2O79A 1G06A 1L91A 1LYEA 1L11A 4W55A 4ARQA 1LYGA 1XEPA 138LA 2B6ZA 2RB1X 1L97A 1CUPA 1CTWA 4ARMB 4ARQB 1D9WA 1CV1A 1C66A 1QUHA 2B6XA 114LA 242LA 229LA 1L40A 1T8GA 1L68A 1LYIA 1C68A 1QUGA 158LA 3HUQA 1CU3A 1LI3A 2QARC 2RAYX 1L87A 1L06A 1L80A 156LA 248LA 3CDVA 104LA 1L36A 187LA 1C6LA 1L67A 1L42A 1L96A 128LA 2B74A 3G3WA 3HWLA 1LWKA 1L79A 243LA 4YXAC 1JTMA 1L86A 4ARPA 1C6BA 1KS3A 1P56A 3HTBA 1CU5A 2RBNA 3EMLA 1CV3A 2QB0B 1L04A 4E97A 2A4TA 2RB0X 129LA 3RUNA 2OU9A 103LA 2OE4X 111LA 209LA 1QS5A 1CX6A 3G3VA 3DMVA 2RAZX 222LA 150LA 131LA 1DYEA 1L70A 1SSYA 4AQNA 1QTCA 130LA 1KW7A 178LA 1L65A 3RZEA 1L29A 3F9LA 1C60A 1D3MA 4EJ4A 3HU8A 4PK0A 1QUOA 227LA 3C8SA 4EKPA 1P3NA 1P37A 1DYAA 1L24A 163LA 1C64A 155LA 1CU0A 171LA 3VW7A 3C7YA 1OVHA 260LA 1TLAA 161LA 253LA 1G07A 2OTZX 2B6WA 1L35A 3OE0A 4EXMA 6LZMA 1EPYA 3GUMA 3PBLA 4LDEA 3PDSA 1D3JA 1LW9A 200LA 1L52A 4YX7C 210LA 3NY8A 1OYUA 2RBQA 191LA 1LYFA 1ZURA 252LA 3DN0A 3HUAA 4EKSA 3DN4A 144LA 172LA 4DJHA 3OE6A 1L88A 162LA 3HH4A 4I7JA 1L31A 237LA 3L64A 137LA 139LA 1XJTA 3GULA 3UONA 1LYJA 4I7KA 1T8FA 3GUJA 1L64A 180LA 2RBPA 127LA 1K28A 1DYGA 4DAJA 123LA 110LA 126LA 3CDRA 1L73A 159LA 2OE9X 1SSWA 167LA 3SB7A 1L33A 1XJUA 169LA 197LA 1CUQA 246LA 3F8VA 2NTGA 3C8RA 1CV0A 1L18A 1L02A 1L61A 213LA 196LA 145LA 4ARLA 3GUNA 3GUPA 261LA 1L15A 3NYAA 1PQDA 1SX7A 157LA 256LA 221LA 3CDTA 3QAKA 1L25A 1OWZA 1T97A 224LA 2HUMA 2RBSA 173LA 1L32A 108LA 120LA 1T8AA 4ARJA 231LA 1C65A 1L28A 3K2RA 3SN6R 3HTGA 1KY0A 1L46A 1PQOA 3L2XA 1G0LA 3ODUA 3C81A 4DKLA 1OVKA 4W56A 1CV5A 3DMZA 4I7RA 3DN6A 119LA 219LA 2Q9EA 4OO9A 1C63A 7LZMA 4W54A 1JQUA 238LA 241LA 3HTFA 192LA 4I7LA 199LA 1QT3A 2F2QA 1L21A 164LA 1L53A 146LA 185LA 1L09A 3DN8A 3NY9A 1SWYA 4I7QA 1L85A 1L83A 4EPFA 1L49A 2NTHA 3V2YA 1L13A 2ANXA 3C7ZA 230LA 211LA 1L19A 1L48A 1LWGA 1L90A 235LA 2O4WA 143LA 1D3FA 1P2RA 3HH6A 1L74A 1L66A 1G0MA 1G0GA 1OV5A 1L77A 1QT6A 3DN2A 1L44A 233LA 1LGWA 3HT9A 1LYHA 3CDOA 1L45A 1P46A 1L50A 1DYCA 1L0KA 186LA 1QTHA 3SB9A 1QTVA 1C61A 234LA 3FADA 3CDQA 3GUOA 1P2LA 3GUKA 259LA 152LA 1CV6A 1SX2A 125LA 1L16A 1QT5A 249LA 1L93A 4LDOA 4LZMA 1C6IA 2B75A 247LA 1PQMA 1L56A 1CX7A 244LA 1L75A 3C8QA 182LA 1L69A 1LYDA 1P64A 1L05A 1L54A 188LA 3HDFA 2OU8A 148LE 151LA 168LA 251LA 3G3XA 3SBBC 1G1VA 1L38A 1PQIA 206LA 2RBRA 1L82A 3V2WA 1ZWNA 1L07A 2IGCA 4EKQA 4K5YA 1P7SA 2RH1A 112LA 2L78A 255LA 177LA 1L99A 1L72A 1B6IA 1L39A 4ZPUA 1L12A 4W53A 1P5CA 1L57A 3D4SA 1D2YA 3HU9A 1PQKA 223LA 1L95A 205LA 4GRVA 1L01A 189LA 1ZYTA 1L34A 1P6YA 1C6AA 1L0JA 3DKEX 1C6NA 228LA 1C6QA 102LA 1PQJA 1KW5A 3HT8A 2LCBA 118LA 257LA 2OTYX 4PJZA 1CU6A 1QT8A 239LA 215LA 4IAPA 3SBAA 1G1WA 1L30A 1SWZA 201LA 3C83A 250LA 4I7OA 1C6DA 214LA 1L62A 142LA 4ARMA 1L37A 1KY1A 1QTBA 2RB2X 254LA 1C6CA 1L63A 122LA 220LA 236LA 113LA 1L26A 2B6TA 2Q9DA 4I7PA 1L10A 1G0QA 1CVKA 1L41A 1L23A 1QTZA 3SB5A 165LA 2OE7X 160LA 4W58A 1CV4A 1LGXA 1T6HA 1DYDA 3SB8A 1L81A 1P36A 3FI5A 1L47A 3DNAA 258LA 1I6SA 1L00A 4I7MA 4EPIA 190LA 4I7SA 2LZMA 218LA 1L89A 1L92A 3FA0A 1C62A 216LA 198LA 3DN1A 1D2WA 3C82A 195LA 1WTHA 3OE9A 1L71A 1QT7A 1L76A 4S0WA 1C6JA 4I7TA 3C7WA 3HUKA 1L03A 4W57A 1C6FA 184LA 1L55A 1LI6A 3HT7A 225LA 217LA 3C80A 1OVJA 183LA 1L08A 1C69A 1QT4A 2OEAX 2LC9A 140LA 2B6YA 3SB6A 107LA 1L22A 3HTDA 166LA 1QSQA 2F32A 174LA 4EKRA 1L58A 5I14A 1L94A 181LA 1L17A 1L14A 1L43A 147LA 2RBOA 1C6EA 4W51A 1QUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YDGA 3JR6A 3LZMA 1QDRA 1P2CC 1UIFA 1LMNA 1C6KA 2Z6BA 4OW1A 2Y8PA 175LA 5KXPA 5F81A 1HEQA 1GFHA 3TXHA 1LLHA 1LJKA 3W6EA 1DI3A 2W1XA 1F6SA 3A90A 1I1ZA 1G7HC 4GBRB 1OWYA 141LA 149LA 5IELA 1GB8A 4WM1A 2B72A 4LDLA 1L84A 2O7AA 1W6ZA 115LA 1LJHA 1SLYA 4W52A 3HH5A 1TDYA 3TXDA 4HJVA 1G0KA 2B70A 1CU2A 4W96A 1GFJA 1GB0A 3QNGA 4J0LA 1L11A 4W55A 4ET8A 3HBEX 138LA 2IFFY 4XJBA 1L97A 1CUPA 1CTWA 1D9WA 4HJZA 4HTKA 1QUHA 2B6XA 114LA 3F6ZA 1BHZA 4DQ5A 1L68A 158LA 3HUQA 2C8OA 1LI3A 1L06A 4GCBA 1L80A 156LA 1LSEA 187LA 1L67A 4DC4A 1L42A 2B74A 1LWKA 1JJ3A 1L79A 1JTMA 4ARPA 1KS3A 1LJGA 3HTBA 2HTXA 1CU5A 3LHMA 2X0AA 1RCMA 1LSYA 5LAGA 4E97A 2RB0X 1B5WA 3RUNA 2OU9A 103LA 2Q0MX 1CX6A 4Z46A 4H9AA 4O34A 222LA 3W6CA 1IP1A 150LA 4Z3MA 3HBHA 1LMQA 3CSQA 1UIBA 1JHLA 1C60A 2MEBA 1QUOA 1LSZA 4LFXA 4Z41A 1GF4A 1P37A 1DYAA 163LA 1C64A 4WO9A 1CU0A 1LHIA 4J1BA 4M6DA 3B0OA 1OVHA 4RW2A 4TX7A 1LJNA 1GB9A 5C6IA 1G07A 4WM3A 3ZEKA 1JITA 200LA 1GBWA 4N1CC 1LMTA 3NY8A 191LA 3MGWA 5E4PA 3DN0A 4EKSA 144LA 4DJHA 4XENA 237LA 1GFUA 3L64A 4LYTA 3B0IA 3GULA 2EIZC 2BQIA 4NSGA 5LAFA 4NHTA 4G9SA 1HEMA 1K28A 4RW1A 1LHKA 2A7FA 1OUCA 1XSFA 159LA 208LA 4HTNA 2MEAA 6LYZA 1XGQC 3WUNA 1RI8B 4GCDA 145LA 1L15A 4R6CA 4NGOA 2LYOA 1GE0A 4ETDA 5K7OA 1YAQA 5F9UA 3QAKA 224LA 1OWZA 2RBSA 173LA 120LA 1T8AA 231LA 1LKSA 2HU1A 4ZFPA 3HTGA 1L46A 2MEIA 4XJGA 3TXGA 3ATNA 1YANA 4ZIXA 1LHJA 1JIYA 3P64A 4AXTA 4OO9A 1JKBA 2MEFA 5I4WA 5L3IA 1LSPA 5HQ1A 4BAPA 1WTMA 2F2QA 4XJFA 3A67Y 7LYZA 1BVKC 4YEOA 4YF2A 3DN8A 2G4QA 1DQJC 1L85A 1NMMA 1HEWA 2MEGA 2PC2A 1LYZA 230LA 4DWXA 4XJHA 4J7VA 2VB1A 4ETEA 3AZ7A 1YKXX 2Z2FA 5B07A 3WVYA 235LA 143LA 1D3FA 1L74A 4NHPA 1UACY 1IWUA 4C3WA 1LGWA 3HT9A 3G3AB 134LA 1QTVA 4GN5C 1FLWA 1XEJA 3CDQA 1BB4A 2LZ2A 4NY5A 1GF9A 5LXWA 3RU5A 2B75A 2EQLA 3RZ4A 3CB7A 1L05A 4GN4A 4Z98A 3HDFA 2DQCY 4J1AA 5F9XA 148LE 1LMCA 1UC0A 4B1AA 2RBRA 1IR9A 1ZWNA 5LYZA 2IGCA 4M4OA 4H93A 4H94A 1QSAA 3CSZA 1L99A 1KXYA 4ZPUA 1NDMC 5B1FA 1BWJA 1GWDA 4KPMA 1IWZA 205LA 1L01A 189LA 3OK0A 228LA 1C6QA 1PQJA 1I20A 4PJZA 2BQOA 3TXKA 1LJ4A 4PRUA 5LVGA 1IWXA 4I7OA 250LA 3E3DA 1IP7A 1L62A 4ARMA 1YAMA 254LA 2BLXA 4LT1A 1C6CA 122LA 1L26A 4A7DA 1NKHA 4H8XA 1J1PY 1G0QA 1CVKA 4KT3A 1OUEA 1GFAA 1CV4A 1L81A 3DNAA 258LA 1I6SA 4I7MA 4FDYA 1ZVHL 2CDSA 1YKYX 1TBYA 4OOOA 2FYDA 195LA 1WTHA 1OUJA 1QT7A 3HUKA 184LA 4BAFA 4WLDA 3C80A 1QSWA 1OVJA 2D4IA 4DDAA 5A3EA 1L08A 1QT4A 140LA 2ZILA 3P4ZA 2F4AA 1QSQA 1ZVYB 2HEAA 1LZ8A 3WUAA 1L58A 1TCYA 1L94A 1L14A 3UONA 2A7DA 1UIAA 4HV1A 5FSTA 3HDEA 4MR1A 1EQEA 212LA 1GF5A 1YROA 2ANVA 3D3DA 4H9IA 1LGUA 4TUNA 226LA 1DKKA 1L27A 1BWHA 2F30A 1VDTA 3OE8A 2HULA 2YBJA 1GB6A 4W59A 2XBSA 4WO6A 1C67A 1G0PA 3WU8A 1GE4A 1GAZA 2DQFC 3A94A 1LZYA 3DMXA 135LA 2HUKA 4NHIA 1QSBA 1UIDA 4NHSA 2HEFA 4PJ2C 4WLXA 245LA 2ZYPA 4NHQA 1HSWA 1L20A 1OV7A 3N9EA 4H9BA 1NHBA 1IP4A 2ZQ4A 5HNCA 4NFVA 1LZGA 4NG1A 4RDSA 1D9UA 3AW6A 3K3TA 1IORA 1LYGA 1OUFA 4D9ZA 1RJCB 1XEPA 2RB1X 1OUDA 3WL2A 3A91A 4ETAA 3HBDA 3CT1A 1QUGA 1SQ2L 1LZRA 1DPWA 1B5XA 1C6LA 1C43A 1KIRC 1LKRA 1L96A 1A2YC 4LYZA 1IY4A 1F6RA 4EOFA 3RT5X 1XEKA 4GCCA 3A3RX 4CFOA 5LVKA 1AT5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YDG A;  3JR6 A;  3LZM A;  1QDR A;  1P2C C;  1UIF A;  1LMN A;  1C6K A;  2Z6B A;  4OW1 A;  2Y8P A;  175L A;  5KXP A;  5F81 A;  1HEQ A;  1GFH A;  3TXH A;  1LLH A;  1LJK A;  3W6E A;  1DI3 A;  2W1X A;  1F6S A;  3A90 A;  1I1Z A;  1G7H C;  4GBR B;  1OWY A;  141L A;  149L A;  5IEL A;  1GB8 A;  4WM1 A;  2B72 A;  4LDL A;  1L84 A;  2O7A A;  1W6Z A;  115L A;  1LJH A;  1SLY A;  4W52 A;  3HH5 A;  1TDY A;  3TXD A;  4HJV A;  1G0K A;  2B70 A;  1CU2 A;  4W96 A;  1GFJ A;  1GB0 A;  3QNG A;  4J0L A;  1L11 A;  4W55 A;  4ET8 A;  3HBE X;  138L A;  2IFF Y;  4XJB A;  1L97 A;  1CUP A;  1CTW A;  1D9W A;  4HJZ A;  4HTK A;  1QUH A;  2B6X A;  114L A;  3F6Z A;  1BHZ A;  4DQ5 A;  1L68 A;  158L A;  3HUQ A;  2C8O A;  1LI3 A;  1L06 A;  4GCB A;  1L80 A;  156L A;  1LSE A;  187L A;  1L67 A;  4DC4 A;  1L42 A;  2B74 A;  1LWK A;  1JJ3 A;  1L79 A;  1JTM A;  4ARP A;  1KS3 A;  1LJG A;  3HTB A;  2HTX A;  1CU5 A;  3LHM A;  2X0A A;  1RCM A;  1LSY A;  5LAG A;  4E97 A;  2RB0 X;  1B5W A;  3RUN A;  2OU9 A;  103L A;  2Q0M X;  1CX6 A;  4Z46 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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