196LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 196lA00
220LA 3SB8A 1LW9A 1QTCA 1CX7A 1L57A 4I7JA 2OU9A 1L32A 1L95A 238LA 1C6GA 4ARLA 229LA 235LA 1C67A 3C7WA 144LA 1LYDA 4W52A 212LA 1L63A 3L64A 1QS5A 3C82A 4W54A 255LA 1LGWA 3HTGA 1XJUA 4I7QA 1L15A 242LA 3HDEA 3C80A 188LA 4OO9A 258LA 186LA 1G0PA 3FI5A 231LA 1L21A 126LA 3C83A 2L78A 1C6DA 4ARJA 3OE9A 3GUIA 3HDFA 1L56A 4LDOA 156LA 172LA 1SSYA 1L77A 1SX7A 1G0QA 3C8QA 177LA 243LA 140LA 1P46A 1L23A 246LA 4W59A 182LA 4YXAC 236LA 1LLHA 185LA 3HT7A 1L84A 3GUKA 1QS9A 3SB7A 1DYFA 1OWYA 2OTZX 3OE0A 3DNAA 3DN8A 3HH4A 171LA 1I6SA 150LA 3HUKA 241LA 3NY8A 1L0KA 1XJTA 1L64A 1L30A 1L54A 118LA 3NYAA 4YX7C 1C6AA 1TLAA 2RBQA 173LA 1C6BA 5LZMA 143LA 1L80A 2B6XA 230LA 1QT4A 1L83A 3HH6A 4DAJA 1QUGA 239LA 1C6NA 219LA 159LA 4I7LA 1QSQA 1L11A 1CX6A 2LC9A 224LA 1LGUA 4I7TA 165LA 1C6PA 4I7KA 4ZPUA 158LA 1L19A 1G0GA 1L59A 221LA 111LA 1L34A 1C66A 2RB2X 3DN2A 4W51A 180LA 1LYJA 1L58A 119LA 1T8FA 3LZMA 166LA 245LA 4K5YA 1ZWNA 1LI6A 1L01A 1KW7A 189LA 123LA 115LA 4LDLA 3C8SA 213LA 1G06A 1QTZA 2B74A 1L65A 250LA 131LA 1C6IA 3HU9A 176LA 2A4TA 3DMXA 3NY9A 108LA 2OE7X 216LA 1L44A 3GUJA 1QT5A 4GBRB 1QTDA 249LA 1QT3A 1CV4A 3DN3A 206LA 3DN6A 114LA 1D2YA 163LA 237LA 1T8GA 3DMZA 113LA 148LE 4I7OA 3GUPA 1CUQA 3G3WA 1JTNA 2RB1X 1L61A 142LA 222LA 1LPYA 244LA 2OU0X 1L39A 1P36A 2HULA 3HT8A 1G0MA 248LA 3CDRA 4EPFA 1L25A 2B6WA 1L27A 1L68A 3SBAA 257LA 130LA 1SWYA 104LA 1QT6A 1L04A 1L18A 247LA 254LA 137LA 3SBBC 2O79A 2QB0B 1P2LA 2F47A 2OE4X 139LA 1L90A 214LA 240LA 2RBNA 1L94A 1L91A 259LA 1L0JA 1LYFA 3HH5A 2B6ZA 197LA 138LA 3CDQA 1C63A 2Q9EA 3DN0A 1L88A 262LA 3HUAA 1L74A 1L40A 3SB6A 1LI2A 155LA 1L52A 261LA 3OE8A 4IAPA 1L85A 1L87A 1OV7A 1L29A 226LA 168LA 107LA 1LWKA 4W53A 1L05A 125LA 1L20A 1CV6A 217LA 1DYDA 1C6FA 3RUNA 3V2YA 1L79A 3SN6R 3D4SA 1L72A 1D2WA 103LA 2F2QA 1L35A 4ARMA 1SWZA 1D3JA 1L12A 3CDTA 1XEPA 3RZEA 1C6CA 2B6TA 1KY0A 1KY1A 1D3FA 3HU8A 3HUQA 109LA 3L2XA 1CV5A 157LA 1KNIA 3GULA 1LGXA 4PK0A 1L66A 3HT6A 233LA 2O4WA 1L41A 164LA 4GRVA 2ANXA 3DKEX 3C81A 1L75A 210LA 3ODUA 1L36A 3HH3A 4I7MA 1WTHA 1CV0A 1DYGA 1L03A 4DJHA 198LA 2B6YA 1OVJA 3SB5A 4LZMA 190LA 1ZYTA 209LA 4W57A 2RBPA 1L02A 1L89A 4EKPA 4EJ4A 3HTBA 1QUDA 145LA 1P2RA 5I14A 1L07A 1QUOA 1KW5A 1G1WA 1L26A 1QT8A 1OV5A 252LA 201LA 1G0LA 205LA 2IGCA 2QARC 3EMLA 232LA 1JQUA 1T8AA 256LA 2OU8A 1P3NA 2NTHA 4EKRA 200LA 2Z6BA 1L51A 1QTHA 1C60A 2RBSA 1KS3A 1C6MA 120LA 167LA 1C6TA 2RAZX 1L31A 127LA 2RAYX 2RH1A 1JTMA 3PDSA 1ZURA 151LA 3UONA 3QAKA 1L67A 1L53A 1CU3A 192LA 1CTWA 3DMVA 2F32A 1L10A 1C69A 1L37A 3SB9A 161LA 1K28A 1SX2A 1LYIA 1QUHA 1L14A 3DN4A 3G3VA 122LA 1C6JA 1L98A 1CV3A 1L71A 1L82A 1L81A 2LCBA 128LA 1QSBA 1L43A 1L00A 3HWLA 1L09A 1QT7A 227LA 1C6EA 1L24A 1L55A 4EXMA 2B7XA 1B6IA 3GUNA 1LI3A 162LA 1CU6A 1L93A 1DYEA 4ARMB 1CU0A 2B75A 1P5CA 1L70A 1L13A 6LZMA 2LZMA 170LA 2OTYX 3PBLA 1LWGA 228LA 1L38A 1PQIA 1L42A 1L28A 3CDOA 4AQNA 1L49A 1L62A 1T97A 218LA 4ARQA 1L47A 1L46A 3G3XA 4I7PA 1L33A 4EPIA 1CV1A 4EKQA 1PQKA 2B72A 1L45A 174LA 1L06A 223LA 191LA 1P37A 1SSWA 1LYGA 4I7NA 4W58A 3C8RA 1P7SA 110LA 1C6HA 2RBRA 225LA 4DKLA 2OEAX 7LZMA 184LA 1OVKA 1CU2A 146LA 1DYBA 234LA 1D3MA 1L73A 251LA 260LA 1L08A 1G0KA 3GUMA 181LA 178LA 3JR6A 1EPYA 1L22A 1NHBA 1PQDA 129LA 1G0JA 1DYCA 1PQJA 1PQOA 4YXCA 1L76A 4PJZA 1C64A 1L50A 4ARPA 4E97A 1L17A 183LA 2RBOA 3DN1A 1L86A 3VW7A 187LA 1C68A 1CU5A 4I7RA 2ANVA 4S0WA 1C6LA 3F9LA 1D9WA 4LDEA 1OWZA 3C7YA 1L92A 1QTBA 1OVHA 253LA 195LA 3V2WA 2B70A 2O7AA 1D3NA 2B73A 1LYEA 112LA 1CUPA 1CVKA 1L69A 1L16A 1L96A 1L48A 3F8VA 1T6HA 147LA 1L99A 1QTVA 169LA 2OE9X 1C6KA 2RB0X 1PQMA 141LA 4I7SA 175LA 199LA 160LA 3FA0A 3FADA 152LA 4W56A 1P6YA 1C61A 3OE6A 3HT9A 4W55A 1L60A 1P64A 2HUMA 2Q9DA 3GUOA 149LA 215LA 1C65A 1OYUA 2NTGA 3HTFA 1C6QA 196LA 3HTDA 1G1VA 4EKSA 3K2RA 2HUKA 1DYAA 3CDVA 1LYHA 1C62A 2CUUA 211LA 1L97A 1G07A 102LA 1P56A 3C7ZA 4ARQB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ILCA 1LW9A 1L57A 4I7JA 2OU9A 1GFTA 1L95A 4XYYA 1C6GA 1GE0A 1B5VA 1GB2A 235LA 4LZTA 4H9HA 4W52A 255LA 4G9SA 1LGWA 1AKIA 4HV1A 1YAQA 242LA 188LA 258LA 2BQIA 126LA 3B0OA 4ARJA 4LFXA 2BQKA 3HDFA 1GB0A 3B0KA 1L56A 156LA 1DPXA 140LA 4NSHA 153LA 3WYHA 1XGRC 2XTHA 3GUKA 1QS9A 1OWYA 1BB6A 3OE0A 3HH4A 1J1PY 1LAAA 241LA 1FKQA 4J0LA 1GF6A 3M18B 1UC0A 1TLAA 4NGIA 1C6BA 1A2YC 1L80A 1LMTA 2B6XA 1LHIA 1OQMA 1IWWA 2W1XA 3A6BY 4I7LA 1QSQA 4ETDA 5FELA 224LA 1G7IC 4I7TA 165LA 3WU8A 1VDPA 1UIBA 2CJLA 4H8XA 221LA 4GCDA 111LA 1GB6A 3ATNA 1LSCA 1JTPL 5HMJA 1LYJA 1IVMA 3A67Y 4NHPA 193LA 1T8FA 3AGIA 1HFZA 1QDRA 1ZWNA 2XBSA 4OOOA 115LA 1ZV5L 1BB3A 4WM1A 213LA 2B74A 3A8ZA 1UA6Y 5KXKA 3G3AB 4LYBA 4TTDA 3DMXA 108LA 6LYZA 3B0IA 2LHMA 8LYZA 1LYYA 1IWUA 3GUJA 5APFA 3HBDA 1QT5A 4GBRB 3AZ6A 2FYDA 1QTDA 249LA 3DN3A 2BQDA 3DN6A 1C10A 114LA 4CFOA 163LA 1JKAA 1DZBX 1B7QA 1CUQA 3MGWA 2IHLA 1L39A 3HT8A 5I54A 4XJHA 4M4OA 2YBHA 1LJKA 2D91A 1GHLA 4BADA 1LZ9A 1SWYA 1IIZA 4GN4A 1QT6A 1HELA 1L04A 1L18A 3A6CY 1IP6A 2O79A 1GF5A 2QB0B 4H9EA 5LVKA 1WQNA 2ZQ4A 4XJIA 3TXJA 1HENA 3A3QA 3CDQA 1IC5Y 3DN0A 3HUAA 1LJEA 261LA 3OE8A 4IAPA 5FHWA 5J7CA 1E8LA 1LMPA 1HEWA 168LA 1CV6A 217LA 4BS7A 3T36A 3WU9A 4GCCA 1D2WA 1SWZA 3RZEA 1IR9A 1FBIX 1L66A 1B5UA 1OUIA 1L41A 2F4GA 164LA 3AYQA 3DKEX 2D4IA 1LJJA 4NGOA 1CV0A 198LA 2B6YA 2DQAA 1DI4A 1IY4A 3SB5A 1UIDA 5II3A 1ZYTA 2Z18A 209LA 1YQVY 4I8SA 4XADA 1HEOA 4NGKA 4RLNA 1JITA 1KW5A 4W94A 1OV5A 1TBYA 3M3UA 1G0LA 1LYSA 205LA 4H9AA 4B0DA 5C6JA 1JUGA 4N1EI 4LT3A 256LA 5I4WA 2Z6BA 4KT3A 1QTHA 2RBSA 1B5XA 1GEVA 2DQFC 5FEKA 4DT3A 127LA 2HEBA 1IWXA 1L67A 1NHEA 1LJNA 3A96A 1L53A 192LA 1CTWA 3D9AC 3A34A 1L37A 1K28A 3HBHA 1L98A 1UIEA 2LCBA 1WQMA 4LFPA 1L43A 1QDTA 5LVJA 208LA 1LZNA 227LA 1L55A 2CWIA 2B7XA 3RNXA 4NHSA 1LI3A 2YSSC 4LT0A 4NIJA 1GFRA 1CU0A 2WARA 2LZMA 170LA 1IP7A 2ZNXY 1LWGA 5DM9A 1ZVHL 1LZAA 1DKJA 1PQIA 4GLAA 1L28A 2BQNA 1L49A 1L62A 4ZFPA 3AGGG 3N9CA 5KXOA 4H1PA 3WULA 4I7PA 3ZVQB 5K7OA 4OWCA 4NSGA 1D0LA 2B72A 1AT6A 2MEBA 5B07A 5KXSA 4ETEA 2RBRA 4GCEA 146LA 1D3MA 1YL0X 1F6RA 3WPJA 5DN4A 2LYMA 1G7JC 1LKRA 1QSAA 3BKHA 1UIGA 1G0KA 1GXV2 178LA 3KAMA 5F81A 2RSCA 1L22A 1PQDA 3HFMY 1PQOA 1L76A 1P2CC 1LSBA 4ARPA 1IOSA 1L17A 3DN1A 1LHJA 1C68A 1GFGA 1OP9B 4LDEA 4DDCA 1B7SA 4H8ZA 3C7YA 1L92A 4MCKA 4IATA 1BWIA 1D3NA 112LA 1BB7A 1KIPC 1T6VL 1IP1A 1C6KA 3LYZA 1LJFA 2B5ZA 4I7SA 160LA 3FA0A 5FSTA 1P6YA 5APCA 1UIHA 2H5ZA 2Q9DA 1IP5A 1C46A 215LA 2MECA 3WPLA 4H9CA 1ALCA 1LSZA 1FLWA 3LYMA 1V7TA 2MEFA 2HUBA 1G1VA 1DYAA 3CDVA 1C62A 1EQEA 102LA 4WG1A 1P56A 3TXIA 220LA 3AGHA 1CX7A 1LZSA 1LSMA 3J6KA 1L32A 3TXGA 3WPKA 1OUEA 1IWVA 1JTOL 1CNSA 1VEDA 3C7WA 144LA 3FI7A 4OWAA 1L63A 1XGUC 5KKJA 2Y8PA 5DL9A 3C80A 3N9EA 3FI5A 231LA 2Z2FA 5B59A 1YANA 2L78A 4WM2A 4PRUA 4WG7A 4LDOA 1N4FA 3CSQA 1LYOA 1ZVYB 4KXIA 1L77A 1GF7A 3C8QA 1GFJA 1P46A 2ZWBA 1L23A 1F0WA 246LA 1B9OA 185LA 3TMWA 3QY4A 1QTKA 4NHIA 4WL6A 3HUKA 4NSJA 4NFVA 2CGIA 1L0KA 1JSEA 1L64A 1CKGA 3NYAA 1VDTA 1REYA 5LZMA 2DQIY 1UCOA 1HFXA 4NHTA 5HNLA 1QUSA 1QUGA 4X3BA 219LA 1BGIA 159LA 1L11A 1PS5A 4ZPUA 3TXHA 5HLLA 4KL7A 158LA 1L19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5ILC A;  1LW9 A;  1L57 A;  4I7J A;  2OU9 A;  1GFT A;  1L95 A;  4XYY A;  1C6G A;  1GE0 A;  1B5V A;  1GB2 A;  235L A;  4LZT A;  4H9H A;  4W52 A;  255L A;  4G9S A;  1LGW A;  1AKI A;  4HV1 A;  1YAQ A;  242L A;  188L A;  258L A;  2BQI A;  126L A;  3B0O A;  4ARJ A;  4LFX A;  2BQK A;  3HDF A;  1GB0 A;  3B0K A;  1L56 A;  156L A;  1DPX A;  140L A;  4NSH A;  153L A;  3WYH A;  1XGR C;  2XTH A;  3GUK A;  1QS9 A;  1OWY A;  1BB6 A;  3OE0 A;  3HH4 A;  1J1P Y;  1LAA A;  241L A;  1FKQ A;  4J0L A;  1GF6 A;  3M18 B;  1UC0 A;  1TLA A;  4NGI A;  1C6B A;  1A2Y C;  1L80 A;  1LMT A;  2B6X A;  1LHI A;  1OQM A;  1IWW A;  2W1X A;  3A6B Y;  4I7L A;  1QSQ A;  4ETD A;  5FEL A;  224L A;  1G7I C;  4I7T A;  165L A;  3WU8 A;  1VDP A;  1UIB A;  2CJL A;  4H8X A;  221L A;  4GCD A;  111L A;  1GB6 A;  3ATN A;  1LSC A;  1JTP L;  5HMJ A;  1LYJ A;  1IVM A;  3A67 Y;  4NHP A;  193L A;  1T8F A;  3AGI A;  1HFZ A;  1QDR A;  1ZWN A;  2XBS A;  4OOO A;  115L A;  1ZV5 L;  1BB3 A;  4WM1 A;  213L A;  2B74 A;  3A8Z A;  1UA6 Y;  5KXK A;  3G3A B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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