196LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 196lA00
3SN6R 1ZURA 4I7JA 4W54A 235LA 1L18A 1G06A 108LA 4EPIA 1L38A 2O79A 2L78A 189LA 3DN4A 1QT3A 1XJTA 2Z6BA 3DMZA 1C6BA 3OE9A 1L41A 1L88A 3F9LA 229LA 4PK0A 1CTWA 1C69A 2OU8A 1DYGA 118LA 252LA 178LA 1L66A 3HU9A 2Q9DA 4EKSA 1D3FA 3FADA 3SB7A 2LZMA 3V2YA 4ARQA 1L51A 3C7ZA 1LYJA 245LA 1L37A 4W55A 4DKLA 170LA 1L22A 2RBQA 1L17A 257LA 1K28A 233LA 1L54A 2RAYX 177LA 1LYHA 254LA 253LA 1L46A 1L61A 3V2WA 4I7TA 4GBRB 2RAZX 1L85A 1DYBA 1L56A 1L20A 4I7KA 1L94A 3OE8A 1C63A 248LA 127LA 205LA 7LZMA 4ARMA 1L92A 126LA 3G3VA 4ARPA 1D3MA 123LA 187LA 4EKQA 144LA 230LA 2HULA 1JQUA 1JTNA 1G07A 1QT4A 1OWYA 147LA 2Q9EA 4EJ4A 1G0QA 145LA 1L60A 3GUMA 256LA 1L27A 1LWKA 1P36A 255LA 1P56A 181LA 3SB5A 113LA 4I7PA 240LA 167LA 1L67A 1L71A 3L2XA 1QSBA 1KW5A 3HUKA 3SBBC 1C67A 1T8GA 4W53A 5LZMA 2RBRA 1L40A 1P2RA 129LA 1DYAA 3ODUA 1OVJA 1SX7A 1C68A 1L58A 3G3WA 2NTHA 2B6YA 1KS3A 107LA 3HUQA 2B6TA 249LA 1C65A 261LA 2OU0X 4I7NA 1LW9A 4EPFA 1L02A 1L80A 1T97A 4W52A 3RUNA 1QUHA 2RB0X 1P2LA 166LA 212LA 1CU3A 1L06A 1QUDA 2B7XA 1LYDA 1OV5A 1L09A 222LA 1C64A 258LA 1T8AA 104LA 246LA 1QT5A 3C82A 3HH5A 1QTCA 4I7QA 3NY9A 236LA 4LDEA 114LA 1CX6A 3HDEA 1G0KA 1C6MA 4LDOA 109LA 192LA 2F47A 1L08A 4ZPUA 1PQDA 213LA 1C6JA 2B6WA 4OO9A 140LA 3DMVA 3GULA 3HU8A 1L63A 3F8VA 4DJHA 3GUJA 103LA 1L96A 1CX7A 217LA 221LA 3HDFA 3C8SA 1C6EA 1L84A 215LA 2B74A 196LA 1L87A 3SBAA 234LA 160LA 1QTBA 4DAJA 182LA 251LA 2QARC 1L95A 2RH1A 225LA 5I14A 4EXMA 3NYAA 2F2QA 1QTZA 1SWYA 180LA 2RBPA 1ZWNA 209LA 155LA 163LA 1OVKA 2RB1X 138LA 250LA 1L64A 4EKRA 146LA 211LA 2RBSA 173LA 262LA 4LZMA 4YXAC 102LA 1L13A 1CV6A 3CDRA 260LA 241LA 1L57A 1P6YA 128LA 4GRVA 3SB9A 3DMXA 3C8RA 1L69A 130LA 142LA 243LA 1OV7A 210LA 2ANXA 1L62A 4ARLA 3CDVA 3DN2A 2RB2X 1P37A 125LA 172LA 2QB0B 2OU9A 1G1VA 159LA 1L47A 1L52A 1L28A 168LA 183LA 3QAKA 1CUQA 4I7OA 4PJZA 1LYFA 1SWZA 1OVHA 1L43A 3OE0A 120LA 1C6CA 1L44A 1OWZA 1SSWA 1LGUA 2LCBA 214LA 3HTBA 1L72A 1L07A 227LA 1PQIA 2B75A 151LA 1L86A 1QS9A 4YXCA 3C83A 1G0MA 1WTHA 1OYUA 1G0GA 1L45A 2IGCA 1L34A 228LA 3HT7A 1LGWA 4I7LA 247LA 3G3XA 3UONA 141LA 1T6HA 3FI5A 1CV3A 244LA 4W58A 1CV4A 176LA 1QTDA 1LLHA 1L10A 1L82A 1QT6A 1G1WA 1CV0A 1SSYA 3FA0A 1L91A 3JR6A 2RBOA 191LA 1CU2A 2A4TA 2HUMA 1QUGA 223LA 1LYIA 2ANVA 1L83A 1CUPA 3SB6A 1L31A 3GUOA 2LC9A 1P3NA 1L01A 1L33A 1B6IA 1L97A 3C8QA 1CV5A 3D4SA 3DKEX 2B6ZA 1QUOA 1L14A 3DN0A 185LA 1DYCA 231LA 232LA 1LI2A 1D3NA 1L42A 1DYFA 1L59A 1G0LA 1QTHA 1L93A 3HTDA 3PDSA 195LA 1C6TA 1PQKA 1L32A 1ZYTA 3CDQA 1L16A 1CU6A 2HUKA 1L04A 1LI3A 3HH4A 1P46A 1L0JA 3LZMA 165LA 112LA 161LA 1C6FA 4IAPA 4W59A 122LA 3HH6A 4YX7C 1L68A 216LA 197LA 259LA 4S0WA 1I6SA 2OE7X 4EKPA 4W56A 1C6DA 2B6XA 1C6PA 3GUKA 1JTMA 1L74A 3DNAA 188LA 1L79A 4I7SA 6LZMA 1P5CA 3HTFA 1L50A 3CDTA 224LA 3C7WA 4AQNA 1C6QA 2B70A 149LA 1L89A 1C60A 3HT6A 1L53A 1L24A 4I7MA 1L03A 157LA 164LA 1C66A 3HUAA 119LA 1CVKA 3GUIA 1SX2A 1G0JA 1XEPA 4LDLA 1QS5A 3HT8A 162LA 1L0KA 1PQMA 174LA 175LA 1L29A 1L70A 239LA 1CV1A 2B72A 3GUPA 131LA 1LYGA 3DN3A 1L75A 1D9WA 111LA 156LA 3NY8A 2OE9X 4ARJA 1QT7A 1LWGA 1L25A 3OE6A 1EPYA 3HWLA 171LA 1C62A 2O7AA 3HH3A 184LA 237LA 3PBLA 1PQJA 206LA 2OE4X 4W51A 2NTGA 169LA 1L55A 3CDOA 1C61A 1L05A 1L11A 1L99A 4ARQB 1C6GA 1T8FA 1KY1A 2RBNA 1C6LA 1D2WA 201LA 4K5YA 139LA 1D3JA 3EMLA 152LA 2OTYX 2CUUA 3DN8A 1L26A 1QTVA 1LI6A 1NHBA 3GUNA 3C80A 115LA 1DYDA 1QSQA 1L23A 3SB8A 3HTGA 198LA 1CU5A 1L21A 1G0PA 1L35A 226LA 1L81A 137LA 1L73A 1L65A 4ARMB 199LA 4W57A 148LE 1L48A 1LPYA 3C7YA 3HT9A 1CU0A 1D2YA 1P64A 200LA 2B73A 190LA 4I7RA 158LA 3DN1A 1L12A 2OEAX 1C6IA 1L30A 4E97A 219LA 1L00A 1P7SA 220LA 1XJUA 1L15A 3L64A 218LA 110LA 1L98A 1DYEA 1KY0A 1L19A 186LA 3C81A 1L39A 2O4WA 1C6HA 1KW7A 3RZEA 1KNIA 1LGXA 3VW7A 150LA 1C6NA 1TLAA 3K2RA 1L76A 1L36A 1L77A 2OTZX 2F32A 1LYEA 143LA 1L90A 242LA 1QT8A 238LA 1L49A 1C6AA 1PQOA 1C6KA 3DN6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7JA 235LA 3CSRA 3D9AC 4H9CA 4EPIA 4WLDA 1V7SA 4NSJA 5KXOA 189LA 2Z6BA 5I4WA 1YAMA 4LYZA 3LYTA 1XSFA 4XJFA 4ETCA 4PK0A 1FLUA 1LHJA 3A92A 1IC7Y 1F10A 2OU8A 1DYGA 178LA 3SB7A 4IATA 3V2YA 2B5ZA 1EQ5A 1L22A 2RBQA 4H8XA 3D3DA 1B5VA 4A7DA 1HC0A 4ZIXA 1L54A 5DN5A 1DKKA 1LYHA 1CKHA 4I7TA 4GBRB 5LAGA 3E3DA 5KXYA 2RAZX 3CT1A 2Z2EA 4ARMA 126LA 1IWVA 2Z12A 4Z41A 1GB9A 1LJJA 3N9CA 5DM9A 3WULA 5II3A 1GF6A 3CSZA 4HPIA 3RZ4A 4J7VA 5LIOA 1UIDA 3QY4A 194LA 1HEMA 4EJ4A 145LA 1LMCA 1RI8B 255LA 1GB2A 1AT6A 1W08A 3TMUA 4YENA 3HUKA 3QNGA 1NKHA 134LA 4GCBA 2EIZC 1T8GA 1P2RA 129LA 1SX7A 3G3WA 1L58A 3HUQA 5LVGA 4HPEA 1JKAA 1LMNA 1DKJA 5KXPA 1L80A 1JHLA 3LYOA 2RB0X 1P2LA 1HEPA 1HNLA 1OUCA 4QEQA 5FHWA 1UICA 246LA 1G7IC 3C82A 4LYCA 4WM2A 4QDNA 5LA5A 1NBYC 3HDEA 1G0KA 5A3ZA 1C6MA 2MEGA 4NGJA 4PRQA 109LA 1JISA 3A6BY 4YOPA 1OUGA 2B6WA 1TAYA 4TX7A 1UIGA 3HU8A 1B7RA 2YBJA 4ET9A 1QDRA 4NHPA 1IP5A 1LJEA 4DAJA 251LA 5FCPA 2QARC 1L95A 2F2QA 4PRUA 3N9AA 1BB3A 2RBPA 2BQCA 3W6EA 250LA 1UCOA 1UIBA 1GBWA 1GPQC 2BLYA 2DQDY 2RBSA 173LA 4YXAC 1HHLA 4NGOA 4BS7A 4WM4A 4NEBA 207LA 4ET8A 243LA 1OV7A 4ZFPA 1L62A 4P2EA 4CFPA 1P37A 2QB0B 1BWJA 1LSPA 4HV1A 1L28A 183LA 4G49A 1WQQA 1GFEA 1DZBX 1F0WA 1SSWA 1LGUA 1TDYA 1VATA 1L07A 4XADA 1L86A 2HEDA 3TXJA 2YBIA 2YBHA 2LYZA 1QSAA 1L34A 1GE4A 4I7LA 3G3XA 1LJFA 141LA 6LYTA 4XENA 4KXIA 1CV3A 1LZSA 1D0MA 4LZTA 1G1WA 1LJKA 2FYDA 3OK0A 1H87A 2A4TA 223LA 3ZVQB 1LYYA 3CQLA 1GFUA 1B6IA 3C8QA 1B5UA 3P4ZA 3D4SA 3DKEX 2B6ZA 4QGZA 1GFJA 4N9RA 231LA 1LI2A 1DI4A 1L42A 1G0LA 1WQRA 5A3EA 5DN4A 1RJCB 3J6KA 1LZ6A 1GAYA 4L41A 1C6FA 4W59A 122LA 5I5QA 2G4QA 1JWRA 216LA 1QIOA 4HTKA 4NGWA 4DDBA 2B6XA 3WPJA 3GUKA 1L74A 4ETAA 1JIYA 4I7SA 188LA 4XN6A 1C43A 1IR7A 3HTFA 4HJZA 4Z46A 1L50A 1UC0A 1NQIA 4GLAA 1C6QA 3AZ7A 149LA 1LZYA 3AGIA 4I7MA 1LZEA 3HUAA 1QTEA 2BQFA 1GF9A 1XEPA 1IC5Y 2Z38A 1BHZA 1OUBA 2B72A 131LA 1D9WA 3NY8A 2OE9X 1LJ3A 4H9AA 237LA 3PBLA 1G7HC 1BB6A 3MGWA 4NGYA 1L05A 1KXXA 3WU8A 1L99A 4H9HA 1C6GA 201LA 1D3JA 3EMLA 152LA 2ZNWY 4CFOA 2CUUA 5IHGA 4NIJA 1INUA 4WMGA 3C80A 4HP0A 5APFA 1QSQA 1ALCA 2D6BA 3HTGA 3TXFA 1LYSA 1DXJA 4M6DA 5KKJA 3HBHA 1LHMA 199LA 148LE 1JKDA 1D2YA 3WVXA 1GE2A 5L3IA 158LA 1C6IA 1L30A 219LA 2C8PA 1DPXA 4G4BA 1YAOA 1NDGC 1L00A 4GCCA 220LA 4ANRA 1LMOA 4NHIA 3F6ZA 2O4WA 3TXGA 1BWIA 1GXV2 1LGXA 1TLAA 1C6NA 3EMSA 1J1XY 2F32A 5KXZA 1L49A 1LKSA 1LSEA 1C6KA 5M1YA 2DQAA 5I4YA 1IR9A 1LSNA 3A67Y 3SN6R 2H9JA 5B1GA 5B05A 1L38A 3LYMA 2MEIA 2W1LA 5KXLA 2MECA 1BVKC 3DMZA 1BB7A 3P64A 2DQIY 118LA 1L66A 3HU9A 2Q9DA 1LZCA 4NGLA 3FADA 1N4FA 4ARQA 1LPIA 1L51A 3C7ZA 4LYTA 3B6LA 1J1PY 1LOZA 257LA 3P68A 1K28A 233LA 2D4KA 5LVHA 177LA 2XTHA 1VAUA 4KPMA 1IO5A 1FDLY 1VDPA 253LA 1REYA 1Z55A 5LVIA 1HEOA 3WYHA 1G7LC 1MELL 1OUHA 2BQOA 1KIQC 3G3VA 1UA6Y 4XJDA 4EKQA 3TMVA 2HULA 5KXSA 1QT4A 4R0FA 2Q9EA 3GUMA 1L27A 1LWKA 1P36A 113LA 4I7PA 1CKFA 2A7FA 3L2XA 1LTMA 1KW5A 3SBBC 3A94A 1REMA 1C67A 3ULRA 4W53A 1IY3A 4WM3A 1DYAA 3ODUA 107LA 4GN5C 4BAPA 2B6TA 249LA 1VDTA 2OU0X 4I7NA 4RLMA 3AZ6A 2GV0A 2LZTA 1YIKA 1FLWA 1CU3A 1LJGA 4W94A 1QUDA 1WVUA 258LA 4G9SA 3WMKA 1D6PA 4NSGA 114LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7J A;  235L A;  3CSR A;  3D9A C;  4H9C A;  4EPI A;  4WLD A;  1V7S A;  4NSJ A;  5KXO A;  189L A;  2Z6B A;  5I4W A;  1YAM A;  4LYZ A;  3LYT A;  1XSF A;  4XJF A;  4ETC A;  4PK0 A;  1FLU A;  1LHJ A;  3A92 A;  1IC7 Y;  1F10 A;  2OU8 A;  1DYG A;  178L A;  3SB7 A;  4IAT A;  3V2Y A;  2B5Z A;  1EQ5 A;  1L22 A;  2RBQ A;  4H8X A;  3D3D A;  1B5V A;  4A7D A;  1HC0 A;  4ZIX A;  1L54 A;  5DN5 A;  1DKK A;  1LYH A;  1CKH A;  4I7T A;  4GBR B;  5LAG A;  3E3D A;  5KXY A;  2RAZ X;  3CT1 A;  2Z2E A;  4ARM A;  126L A;  1IWV A;  2Z12 A;  4Z41 A;  1GB9 A;  1LJJ A;  3N9C A;  5DM9 A;  3WUL A;  5II3 A;  1GF6 A;  3CSZ A;  4HPI A;  3RZ4 A;  4J7V A;  5LIO A;  1UID A;  3QY4 A;  194L A;  1HEM A;  4EJ4 A;  145L A;  1LMC A;  1RI8 B;  255L A;  1GB2 A;  1AT6 A;  1W08 A;  3TMU A;  4YEN A;  3HUK A;  3QNG A;  1NKH A;  134L A;  4GCB A;  2EIZ C;  1T8G A;  1P2R A;  129L A;  1SX7 A;  3G3W A;  1L58 A;  3HUQ A;  5LVG A;  4HPE A;  1JKA A;  1LMN A;  1DKJ A;  5KXP A;  1L80 A;  1JHL A;  3LYO A;  2RB0 X;  1P2L A;  1HEP A;  1HNL A;  1OUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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