198LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDELAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 198lA00
162LA 3DN3A 1QUGA 1G0MA 1L96A 1XJTA 2OTYX 4YX7C 188LA 1L14A 1L43A 173LA 1LYJA 1L22A 4OO9A 1LWKA 1L00A 1QT3A 1L46A 1QUDA 3CDOA 1P6YA 1L23A 2RBPA 2OU9A 1L59A 1L67A 3HU9A 1L52A 107LA 187LA 1D9WA 2RAYX 1L37A 189LA 1QT7A 1L16A 142LA 1C65A 261LA 4W55A 1L51A 1CV5A 230LA 1CTWA 247LA 3HU8A 1I6SA 2B6XA 2OE9X 2O4WA 3C82A 1ZURA 1C6IA 243LA 1L41A 2OTZX 254LA 3DMVA 1L70A 1L87A 4W56A 1T8AA 2ANVA 2B6TA 2Q9EA 2B75A 217LA 198LA 1D2YA 1L71A 166LA 4DKLA 109LA 1QSBA 4I7MA 1ZYTA 3F8VA 2Z6BA 1LGUA 2OE4X 3FA0A 3HTBA 4I7LA 1L95A 4EPFA 3L64A 4I7PA 3GUPA 1C60A 141LA 256LA 1L94A 2NTHA 3CDTA 2Q9DA 232LA 3HH5A 206LA 3G3VA 221LA 3HUQA 235LA 3NY8A 241LA 3NYAA 2LCBA 4I7KA 3HH6A 1CVKA 1L24A 2QB0B 192LA 1L65A 1C6HA 155LA 3C7ZA 1LYIA 1L68A 1L36A 1T97A 3FI5A 1KS3A 4E97A 1P56A 1DYAA 4ARQA 3SB7A 3PDSA 1L09A 220LA 1QT4A 150LA 1P7SA 1C62A 1OV7A 172LA 3VW7A 1LI2A 1PQMA 1QS5A 1L63A 209LA 3C8SA 1CUPA 3SBBC 1SSWA 3D4SA 2OU8A 1OVKA 212LA 3GUKA 2OEAX 1SX7A 1C6AA 4EJ4A 2B6YA 3HT6A 1C6NA 1C6QA 2RBSA 1L17A 3C83A 167LA 1LW9A 174LA 1L81A 226LA 1L12A 223LA 131LA 1L26A 262LA 3G3XA 2RAZX 110LA 1QTCA 1L77A 1DYCA 1L35A 2B6WA 1L50A 200LA 146LA 1L0KA 1L64A 1QT6A 1G0KA 3CDRA 184LA 2LC9A 1KW7A 171LA 1QS9A 210LA 3OE6A 4ARPA 1L54A 211LA 3JR6A 138LA 1L56A 196LA 1L32A 3GUOA 102LA 3C81A 4W59A 1QUOA 1C6TA 190LA 3EMLA 1LYGA 4EKQA 1LPYA 1PQIA 169LA 1L88A 156LA 182LA 1L57A 1L28A 1LLHA 218LA 1C6FA 1L33A 1CV4A 1G1VA 1L66A 3SN6R 1C6JA 3QAKA 191LA 4YXCA 1LI6A 4W53A 236LA 1L0JA 216LA 231LA 1L10A 237LA 181LA 1L80A 175LA 1L06A 5I14A 1LYEA 1D3MA 1L38A 227LA 3RZEA 1L03A 168LA 4ARMB 1SSYA 1L30A 2RBNA 113LA 1ZWNA 144LA 2NTGA 4ARMA 3HT7A 1CV1A 1C6KA 129LA 242LA 163LA 1CX6A 1C6MA 3OE9A 1QTHA 213LA 1NHBA 1L05A 1G06A 1L01A 1L58A 1L92A 4EPIA 6LZMA 197LA 1L84A 250LA 3DN8A 4LDLA 2B6ZA 3G3WA 3V2YA 1DYFA 1CU5A 2RBRA 119LA 1L08A 4ARLA 4K5YA 4W54A 1L74A 3HTFA 251LA 1C6GA 1L47A 1L60A 2HUMA 3SB9A 114LA 1OWYA 222LA 140LA 1KY0A 3DMZA 157LA 1L34A 2O7AA 2B70A 152LA 2RB2X 3C7YA 1L72A 1D3FA 1C64A 1L42A 143LA 185LA 1CU3A 1C67A 3HH3A 1QUHA 1SX2A 1L19A 1L49A 3SB5A 1D2WA 1TLAA 2CUUA 4YXAC 1P46A 229LA 253LA 118LA 1LYHA 1L83A 1DYDA 4EXMA 3C80A 1JTMA 246LA 4GBRB 4I7QA 3NY9A 2LZMA 215LA 240LA 4EKRA 2HULA 122LA 238LA 178LA 1G0LA 1LYFA 1P64A 249LA 3GUNA 4W52A 3SB6A 245LA 1CV6A 1OWZA 1C6BA 2L78A 1CV0A 3F9LA 3SBAA 1L90A 1C61A 1L98A 1QSQA 3OE8A 3RUNA 1QT8A 120LA 4PK0A 1L18A 2RBOA 4ARJA 1PQJA 3DMXA 4EKPA 2B73A 3OE0A 2F32A 1L97A 1XJUA 4I7TA 3DNAA 3HUKA 1C63A 1P37A 1D3JA 4I7OA 180LA 234LA 1L48A 4LZMA 260LA 1T8GA 1DYEA 3GULA 244LA 239LA 4GRVA 1L73A 4DAJA 2RB1X 3GUIA 4S0WA 1L91A 1C6EA 103LA 1L04A 3HH4A 1C66A 148LE 1P36A 1D3NA 151LA 4LDEA 3DN1A 252LA 1L45A 1L13A 147LA 1C69A 1LGWA 1L69A 2HUKA 1PQDA 3GUJA 1JQUA 233LA 1PQKA 1L07A 3DN2A 4I7NA 2F2QA 3HWLA 3HDEA 1T6HA 3V2WA 3HTDA 259LA 2B74A 1C6CA 137LA 228LA 1L53A 2ANXA 149LA 1T8FA 1L27A 3UONA 1L75A 1L44A 4I7SA 170LA 3GUMA 130LA 2QARC 3HT9A 4I7RA 125LA 127LA 3DKEX 1L79A 3DN4A 1P2RA 1G07A 139LA 158LA 1SWZA 1L20A 161LA 115LA 1PQOA 2A4TA 176LA 1C6PA 1LWGA 1L29A 1OV5A 2OE7X 4I7JA 3C8QA 1DYGA 1G0QA 1CU0A 1L55A 1K28A 128LA 1DYBA 3PBLA 3FADA 1XEPA 2IGCA 2F47A 1L31A 1L99A 4EKSA 1P2LA 1CUQA 3DN6A 1QTVA 1LI3A 4W57A 1P5CA 3C8RA 186LA 224LA 248LA 3SB8A 2B72A 2O79A 164LA 1B6IA 1L62A 1QTBA 3ODUA 1L02A 1L15A 4W58A 1JTNA 1L61A 1CU2A 4ARQB 3L2XA 165LA 195LA 4ZPUA 1L39A 1CU6A 205LA 1L11A 3CDQA 1L76A 214LA 3HTGA 1LGXA 2OU0X 1QTDA 1G1WA 3DN0A 1L89A 1P3NA 1WTHA 3CDVA 1L21A 4W51A 104LA 3C7WA 123LA 3HUAA 177LA 1OYUA 257LA 1C6DA 1L82A 199LA 1OVHA 1G0JA 2RH1A 1C6LA 1L86A 3HT8A 258LA 111LA 4PJZA 2RBQA 108LA 159LA 1G0GA 225LA 1G0PA 1QT5A 145LA 1CV3A 112LA 5LZMA 126LA 1LYDA 1L93A 219LA 4IAPA 1L85A 1OVJA 2B7XA 4LDOA 1SWYA 3LZMA 1EPYA 160LA 4AQNA 1KY1A 7LZMA 1L40A 255LA 2RB0X 3K2RA 201LA 3HDFA 4DJHA 1CX7A 1QTZA 1KNIA 1L25A 1C68A 183LA 1KW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0MA 1XJTA 2OTYX 1L43A 1LYJA 2HEDA 2BQDA 1QT3A 5KXYA 1G7HC 2DQJY 1D6QA 1L23A 4WO9A 5LVHA 1L67A 107LA 1UA6Y 1L16A 142LA 1C65A 1OUEA 2OE9X 2D6BA 1ZURA 1C6IA 3J4GA 254LA 3DMVA 3A94A 4W56A 1CJ6A 1T8AA 2EKSC 1LJHA 2B6TA 1D2YA 1L71A 166LA 1LJNA 4ZIXA 2YBNA 1D0LA 1MELL 3LZ2A 1C08C 3A90A 1L95A 5HQ1A 4DQ7A 1GF0A 1GB2A 3IWRA 1BB7A 1VDQA 2W1XA 1YQVY 232LA 3G3VA 4RW2A 1L24A 192LA 2YBLA 3P65A 1LYIA 1T97A 1KS3A 1OUJA 4E97A 1DYAA 5FELA 1VFBC 4BAPA 1D0KA 1QUSA 4TWSA 1FLYA 150LA 2DQEY 1GF8A 1XGTC 1LMAA 1BB3A 212LA 4DD3A 2MEHA 2Q0MX 3HT6A 1QTEA 2YSSC 1G7MC 3W3EA 4GCEA 1C6QA 4LFPA 1QTKA 3C83A 1UIFA 1L12A 1IOCA 2ZIKA 131LA 262LA 110LA 1QTCA 4ETDA 3CT0A 1L35A 1YROA 1L50A 200LA 1L64A 1WTNA 3HBHA 2ZNXY 210LA 4OWEA 1SLYA 4M4OA 4OWHA 1L54A 1GE3A 102LA 3C81A 4NFVA 1IR9A 1XGQC 3EMLA 4KPMA 1LYGA 2HU1A 1HENA 1JSEA 1UACY 1L33A 3TXGA 3QAKA 4YXCA 1D0MA 3BKHA 181LA 4QGZA 1L06A 5I14A 1IWWA 1GFEA 1LZEA 1JJ0A 2RBNA 1IR8A 4ARMA 129LA 1CX6A 1C6MA 3OE9A 4RLNA 213LA 1EQ5A 1L05A 1YAOA 1L92A 5APDA 1GBZA 2B6ZA 4DDAA 1DYFA 2ZYCA 1GFGA 2G4NA 3A3RX 1L74A 1OUCA 251LA 2HU3A 1L60A 1INUA 4LT2A 3C7YA 4DD0A 1C64A 1UCOA 5HMVA 1BGIA 4PRQA 1C67A 2MEGA 1SX2A 4HP0A 3SB5A 1D2WA 1TLAA 1P46A 1TDYA 229LA 4B4IA 2N5ZA 1YKYX 3N9AA 1GF7A 1GXV2 118LA 1T3PA 3C80A 4EXMA 4XJHA 4GBRB 1TEWA 1LHLA 1MLCE 4EKRA 2GV0A 1LYFA 5LYMA 1BWJA 134LA 1GFUA 1LSMA 2F2NA 1C6BA 1HEPA 3SBAA 4II8A 1WQNA 3LYZA 1NBYC 4GN4A 1GFHA 3OE8A 4NSJA 1L18A 1IC4Y 2RSCA 5LVIA 1NF5A 1LHJA 1L97A 1LZRA 3DNAA 5F9UA 4NSHA 3WPJA 1GB6A 1B5XA 1LYOA 1HFXA 3CB7A 1W08A 1YILA 132LA 1ZVHL 1LMPA 4NG1A 3A91A 1XEKA 4XYYA 1DYEA 244LA 239LA 3TMWA 1L73A 1XEIA 3GUIA 1C6EA 3TXJA 4DYGA 5J7CA 4GN5C 5I54A 3CQLA 4G9SA 1IWVA 1LSEA 4LDEA 3DN1A 2BQHA 1HFYA 2Z2EA 1JEFA 1C69A 1LGWA 2BQKA 3HFMY 1FBIX 2LZTA 233LA 4DDBA 1VDPA 4HJVA 3DN2A 3WPLA 1QUTA 3LYMA 133LA 2B74A 1NKHA 1C6CA 3ZVQB 3UONA 4I7SA 3GUMA 2QARC 4DD7A 125LA 135LA 1B5WA 1G07A 1B7NA 2CGIA 1LZ9A 176LA 2DKVA 1IWYA 1LWGA 1L29A 4I7JA 5C6JA 1AT6A 1DXJA 3ATNA 4WOAA 1I20A 4OWBA 5M1YA 1JTTL 2F47A 1L31A 1L99A 4EKSA 5I4XA 3DN6A 2H5ZA 4WM6A 4W57A 3N9EA 1IP7A 3SB8A 164LA 1L62A 3CT1A 3A92A 1KIQC 1L61A 1IOTA 3WUAA 3WUNA 1P2CC 1L11A 1L76A 2BQGA 3P68A 1YAQA 5B07A 5B1GA 2OU0X 1B7OA 5A3EA 2Y8PA 1GF3A 1WTHA 4W51A 3C7WA 123LA 1XGPC 2BQMA 1OYUA 5HMJA 199LA 1C6LA 111LA 2RBQA 108LA 4R0FA 225LA 1G0PA 3BKVA 112LA 193LA 4B1AA 1L93A 1L85A 1KIPC 3LZMA 4H9HA 3WU7A 1NDMC 255LA 5F81A 3W6FA 2Z39A 3WPKA 4RDSA 1L25A 3B0IA 1C68A 162LA 4ETAA 3LN2A 1FKVA 173LA 1L22A 1IP2A 4XJBA 3P4ZA 1L59A 2RAYX 1F6SA 2DQDY 1LHHA 1LJJA 230LA 1LJIA 247LA 1OUAA 2MEDA 2B6XA 3C82A 4WM3A 4GCCA 3RZ4A 1F10A 1HELA 4NGVA 4RLMA 1L87A 2MEEA 5EBHA 5KKIA 4NSGA 5APFA 1AT5A 4HTKA 1B7LA 198LA 4OWAA 109LA 4HJYA 2ZYPA 1LMTA 4I7MA 5KXPA 2OE4X 3FA0A 4EMNA 3AZ7A 1TBYA 2DQGY 1LMNA 2MEAA 3GUPA 1V7TA 1C60A 1TAYA 256LA 4NHSA 1EQEA 2NTHA 3CDTA 5FCPA 2CWIA 3HH5A 1DPWA 3HUQA 235LA 3NY8A 1H87A 3FI7A 3HH6A 5LA8A 5F16A 1C6HA 7LYZA 4NGLA 2YBMA 4LYZA 1LMOA 2HEEA 4Z46A 1LZBA 1IWZA 2XJWA 1L09A 220LA 1LHIA 5KXWA 3VW7A 1LI2A 1PQMA 3C8SA 1CUPA 4AGAA 2X0AA 1HERA 3D4SA 1OVKA 3K3TA 1SX7A 1C6AA 2LYMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G0M A;  1XJT A;  2OTY X;  1L43 A;  1LYJ A;  2HED A;  2BQD A;  1QT3 A;  5KXY A;  1G7H C;  2DQJ Y;  1D6Q A;  1L23 A;  4WO9 A;  5LVH A;  1L67 A;  107L A;  1UA6 Y;  1L16 A;  142L A;  1C65 A;  1OUE A;  2OE9 X;  2D6B A;  1ZUR A;  1C6I A;  3J4G A;  254L A;  3DMV A;  3A94 A;  4W56 A;  1CJ6 A;  1T8A A;  2EKS C;  1LJH A;  2B6T A;  1D2Y A;  1L71 A;  166L A;  1LJN A;  4ZIX A;  2YBN A;  1D0L A;  1MEL L;  3LZ2 A;  1C08 C;  3A90 A;  1L95 A;  5HQ1 A;  4DQ7 A;  1GF0 A;  1GB2 A;  3IWR A;  1BB7 A;  1VDQ A;  2W1X A;  1YQV Y;  232L A;  3G3V A;  4RW2 A;  1L24 A;  192L A;  2YBL A;  3P65 A;  1LYI A;  1T97 A;  1KS3 A;  1OUJ A;  4E97 A;  1DYA A;  5FEL A;  1VFB C;  4BAP A;  1D0K A;  1QUS A;  4TWS A;  1FLY A;  150L A;  2DQE Y;  1GF8 A;  1XGT C;  1LMA A;  1BB3 A;  212L A;  4DD3 A;  2MEH A;  2Q0M X;  3HT6 A;  1QTE A;  2YSS C;  1G7M C;  3W3E A;  4GCE A;  1C6Q A;  4LFP A;  1QTK A;  3C83 A;  1UIF A;  1L12 A;  1IOC A;  2ZIK A;  131L A;  262L A;  110L A;  1QTC A;  4ETD A;  3CT0 A;  1L35 A;  1YRO A;  1L50 A;  200L A;  1L64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1G0M A;  1XJT A;  2OTY X;  1L43 A;  1LYJ A;  2HED A;  2BQD A;  1QT3 A;  5KXY A;  1G7H C;  2DQJ Y;  1D6Q A;  1L23 A;  4WO9 A;  5LVH A;  1L67 A;  107L A;  1UA6 Y;  1L16 A;  142L A;  1C65 A;  1OUE A;  2OE9 X;  2D6B A;  1ZUR A;  1C6I A;  3J4G A;  254L A;  3DMV A;  3A94 A;  4W56 A;  1CJ6 A;  1T8A A;  2EKS C;  1LJH A;  2B6T A;  1D2Y A;  1L71 A;  166L A;  1LJN A;  4ZIX A;  2YBN A;  1D0L A;  1MEL L;  3LZ2 A;  1C08 C;  3A90 A;  1L95 A;  5HQ1 A;  4DQ7 A;  1GF0 A;  1GB2 A;  3IWR A;  1BB7 A;  1VDQ A;  2W1X A;  1YQV Y;  232L A;  3G3V A;  4RW2 A;  1L24 A;  192L A;  2YBL A;  3P65 A;  1LYI A;  1T97 A;  1KS3 A;  1OUJ A;  4E97 A;  1DYA A;  5FEL A;  1VFB C;  4BAP A;  1D0K A;  1QUS A;  4TWS A;  1FLY A;  150L A;  2DQE Y;  1GF8 A;  1XGT C;  1LMA A;  1BB3 A;  212L A;  4DD3 A;  2MEH A;  2Q0M X;  3HT6 A;  1QTE A;  2YSS C;  1G7M C;  3W3E A;  4GCE A;  1C6Q A;  4LFP A;  1QTK A;  3C83 A;  1UIF A;  1L12 A;  1IOC A;  2ZIK A;  131L A;  262L A;  110L A;  1QTC A;  4ETD A;  3CT0 A;  1L35 A;  1YRO A;  1L50 A;  200L A;  1L64 A; 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