The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
230
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structure length |
221
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Chain Sequence |
NAKRDRIFVRVYNVMKRINCFINKNIKKSSTDSNYQLAVFMLMETMFFKENETVGLLTLKNKHIEISPDEIVIKFVGKDKVSHEFVVHKSNRLYKPLLKLTDDSSPEEFLFNKLSERKVYECIKQFGIRIKDLRTYGVNYTFLYNFWTNVKSISPLPSPKKLIALTIKQTAEVVGHTPSISKRAYMATTILEMVKDKNFLDVVSKTTFDEFLSIVVDHVKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conservation of structure and mechanism between eukaryotic topoisomerase I and site-specific recombinases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TOPOISOMERASE I
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| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Vaccinia virus
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| total genus |
72
|
| structure length |
221
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| sequence length |
230
|
| ec nomenclature |
ec
5.99.1.2: Transferred entry: 5.6.2.2. |
| pdb deposition date | 1998-02-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Type 1-topoisomerase catalytic fragment, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Topoisomerase I; Chain A, domain 3 | Topoisomerase I; Chain A, domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1A31 A; 1K4T A; 2H7G X; 1RRJ A; 1SEU A; 1NH3 A; 1T8I A; 3IGC A; 1A35 A; 1LPQ A; 1EJ9 A; 1R49 A; 1K4S A; 2B9S A; 3M4A A; 1SC7 A; 1TL8 A; 2H7F X; 1A36 A; 2F4Q A; 1A41 A; 1RR8 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VCC A; 3WG7 C; 3JRM O; 3RIP A; 2NSG A; 1TWG A; 2UUI A; 2DB4 A; 4JCZ A; 3N0T A; 1OW7 A; 2P61 A; 3ZG1 A; 3C62 A; 3W8I A; 2NUT B; 1BR4 A; 1MMA A; 3ASN C; 3K1I A; 3LUT B; 2OJQ A; 2R7R A; 5L0J A; 2CYD A; 2AWY A; 2PBE A; 4IAO A; 1J8M F; 5DS5 A; 1J8Y F; 2A6E F; 4N6H A; 3PHF 2; 3H65 A; 4E0I A; 1ZYR F; 2DGJ A; 4BJ5 A; 4E7S A; 3O55 A; 4CSA A; 1GQA A; 3GWL A; 1G5Z A; 3I5P A; 4YT5 A; 3GWN A; 3KH2 A; 2HV6 A; 3AOU A; 3S28 A; 1WWP A; 3H2V A; 4I44 A; 3EPV A; 3AG1 C; 1H9G A; 1JR8 A; 2P6V A; 4JE9 A; 1QSP A; 3K1H A; 1H9T A; 3GEE A; 4DVY P; 1Z3I X; 3G4X A; 3ZDL A; 3QVZ A; 1MQV A; 2H7O A; 2BE5 F; 1K4T A; 4JC7 A; 3NYJ A; 3ZQY A; 3GM3 A; 2PP4 A; 3IEE A; 3I5Q A; 4LER A; 1QLE C; 1G8X A; 1TR2 A; 1LVK A; 2ETS A; 2XM0 A; 3BEH A; 3U8P A; 4YL1 A; 5KYY A; 5DLJ A; 3FVY A; 4MVM A; 3QMK A; 3JYY A; 2OG2 A; 3FAP B; 3NKD A; 1ZU5 A; 1ZW3 A; 1LS4 A; 4NY3 A; 4BPM A; 3JCU Q; 3S0X A; 3C8G B; 3I4U A; 1LS1 A; 4ULV A; 1TFO B; 1FMW A; 3L8I A; 5L3V A; 1NFN A; 3GM1 A; 4G78 A; 3O6X A; 4DRH B; 1VK5 A; 4J30 B; 1ZHZ A; 4IJJ A; 3ABL C; 4FWV A; 1A41 A; 3DE8 A; 4JKV A; 3TD7 A; 4AE4 A; 1D0X A; 2PNO A; 1NBB A; 2J9W A; 3ABK C; 3EZI A; 3JSE O; 4HEA J; 5HSW A; 3U3B A; 3OA1 A; 2XS8 A; 2R7X A; 4JUR I; 3C8Z A; 3RF3 A; 1ZW2 A; 2VAS A; 4MND A; 3KYJ A; 2YZS A; 1SMY F; 2E87 A; 3AG4 C; 3QW1 A; 2XLO A; 1CGO A; 3TOL A; 3V5Y A; 4Q4Z F; 1JPJ A; 2EPM X; 3RW0 A; 4XLP F; 3Q6M A; 5A6B A; 4EHP A; 2CNW D; 1R49 A; 4JEB A; 1K4S A; 4LDQ A; 3TK0 A; 2GAQ A; 4G0H A; 4K0D A; 5GPG B; 3F47 A; 3V5Z A; 3JSZ A; 4FX5 A; 2WZG A; 3JZ0 A; 3S29 A; 3RFY A; 2Q4F A; 3AQB A; 3RH3 A; 3T9O A; 2HZ8 A; 4JTD B; 5A69 A; 4E18 A; 1YZA A; 3DD7 A; 1OKK D; 3IQ6 A; 1E2X A; 3A11 A; 2L6F A; 2OU6 A; 4O6Y A; 3E9V A; 3R7C A; 4E7Z A; 2R7V A; 3UGP A; 4QI2 A; 1OW6 A; 4EKW A; 2QY9 A; 4AL0 A; 2PFD A; 1AEP A; 1CGN A; 2H8A A; 2MWQ A; 1D1C A; 3C18 A; 3HLZ A; 4J7T A; 1ZVZ A; 3GAN A; 4XWJ A; 3S9O A; 5AGF A; 1XWJ A; 1HMO A; 2XSE A; 3AGU A; 2HUJ A; 5L3Q A; 5IY5 C; 3MFN A; 3VRC A; 3QZC A; 4WJ0 A; 4U5H A; 2VCB A; 1A35 A; 5TJ5 E; 2XM4 A; 2XL8 A; 3W8H A; 3VF0 A; 3MYI A; 2XS1 A; 3L0I A; 5B1A C; 3M4B A; 1YYJ A; 2DYR C; 4HE8 D; 5KYW A; 1M6T A; 1BZ4 A; 1K04 A; 3DJU B; 4ZLC A; 1TFK B; 3IQ5 A; 4XEV A; 4CDY A; 2L6G A; 1JOG A; 2R25 A; 4A4A A; 4KC9 A; 1E86 A; 1EI7 A; 1WGW A; 2LSE A; 4JTA B; 1U0B B; 5F28 E; 4LAC B; 5COF A; 1K40 A; 3HKK A; 3S84 A; 1A31 A; 1O3U A; 2IOQ A; 3OWT A; 2YQY A; 1R5I D; 3EG9 B; 1LIH A; 1L3P A; 1M56 C; 4XLN F; 4DOZ A; 4NTF A; 1U89 A; 2R7O A; 4MVQ A; 2W45 A; 2OJE D; 2M4E A; 4HFK B; 4JTC B; 4QI0 A; 5T1D B; 5DS6 A; 4DRJ B; 5JVE A; 3PDM P; 4RDA A; 1T8I A; 2EIM C; 2J9V A; 3EHN A; 3HNK A; 2J46 A; 2OCC C; 5BQG A; 1EQ1 A; 3S90 A; 5HV9 A; 1LPQ A; 3NMJ A; 2EIN C; 3AG2 C; 5D92 A; 2EIL C; 4CS9 A; 1RJ9 B; 3AGT A; 3JRT A; 4H4K C; 3SXZ A; 3ECS A; 3FDQ A; 1A7V A; 4DRI B; 2YLI A; 2L9J A; 1C03 A; 1H7I A; 2C04 A; 2P0N A; 2UUH A; 3K1I C; 4KNW A; 3SXK A; 3WHN A; 4K1O A; 1MND A; 3EGD A; 1Z63 A; 5JSL A; 5DS4 A; 1LE2 A; 2EPL X; 3FOO A; 1ORS C; 3NMK A; 3BRJ A; 4IGG A; 4MVO A; 1LI7 A; 3CZ6 A; 2EPK X; 2HSB A; 3DXJ F; 3HJC A; 2G3V A; 2NUP A; 3U5S A; 5FZT A; 1KTM A; 1M2O A; 2WZL A; 4PAC A; 3U9M A; 2Y3B A; 3JYH A; 4L6R A; 3L8J A; 3ZTZ A; 4CIH A; 2H7G X; 1DOW A; 1VB5 A; 1Y4C A; 2QE9 A; 2WZF A; 1Z23 A; 3M79 A; 4H54 A; 2XLM A; 4JZA A; 1T01 A; 2RSE B; 2YL3 A; 4CS8 A; 4KNV A; 1AUE A; 1ORY A; 4LDR A; 2H7B A; 4YWQ A; 5B3I A; 4OIO F; 1ZU4 A; 4XEK A; 2KJG A; 1ZHT A; 2R7W A; 4NCQ A; 4B6I A; 2BC5 A; 2IM8 A; 1WN0 A; 4WGY A; 2XXA B; 3M15 A; 5E33 A; 1TWH A; 1AVO B; 1O87 A; 4LLC A; 3UGO A; 5KYX A; 5L0D A; 5DQZ A; 4U5D E; 3MLG A; 1V4A A; 3Q7G A; 1SR2 A; 2HSQ A; 1A7D A; 2IBF A; 2Y3D A; 3DM9 B; 1M57 C; 2ZXO A; 3AG3 C; 3EZH A; 4CX9 A; 1BR1 A; 2C03 A; 2YEV A; 3X2Q C; 4A2N B; 4C7O B; 5L0F A; 3TUL A; 1PV3 A; 4FES A; 5A6B D; 3ASO C; 3V7O A; 2PX0 A; 4MS2 A; 1HE9 A; 1Q0G A; 2DI3 A; 4BEJ A; 3VAY A; 4OD4 A; 2D5R B; 3V5X A; 4EUK B; 2J8W A; 5L0H A; 1SZI A; 2L7A A; 4IRU A; 1RKE A; 1Q0F A; 4LLE A; 3POV A; 2A0U A; 4CJO A; 1ZZP A; 2IXN A; 1Q0M A; 2L6H A; 2EIK C; 1OXB A; 2LK4 A; 2GFH A; 4PFO A; 1E85 A; 4G7O F; 4CS7 A; 4BJ6 A; 4DBR A; 3H2U A; 1ZHY A; 3ZIB A; 5KYN A; 2KNH A; 1JPN A; 4OIQ F; 3JTL O; 1D1A A; 1Q0D A; 4OIN F; 3NKE A; 2VH3 A; 4JJG A; 2XLD A; 1BR2 A; 3FOP A; 1RKC A; 1A7E A; 3MX3 A; 1YAR O; 4CIP A; 4OIP F; 2ZD9 A; 2BL2 A; 1T6I A; 4MW3 A; 5KYW B; 4CJG A; 1S7Z A; 3MYF A; 2OKU A; 1G4W R; 3SNH A; 3DMD A; 2KW3 C; 4P9F A; 2HMQ A; 3EFO A; 5F5F A; 3LNR A; 1YA9 A; 3GOR A; 3TQO A; 5A6K A; 2AWC A; 4W8K A; 2XL4 A; 2Y3H A; 2H7V C; 1OCR C; 1HW2 A; 2YRF A; 1SYQ A; 4AX2 A; 2ZXR A; 1ORJ A; 3LS1 A; 4X0R A; 3DI5 A; 1V54 C; 1FAP B; 4EBJ A; 2NG1 A; 1U6H A; 4BJ1 A; 5L0I A; 4YT8 A; 3B71 A; 1I4Y A; 2Y39 A; 3EGX B; 3ZQV A; 1NLX A; 2WB7 A; 5COG A; 5AC5 A; 3QVY A; 1TL8 A; 1W2W A; 5KYU A; 4NTA A; 3EQL F; 3SXY A; 2V3C C; 1MMG A; 4U5E E; 2R7S A; 2Z15 A; 1D0Z A; 1YVI A; 3C63 A; 2Y69 C; 3TJ6 A; 4U9D A; 1M2V B; 2NUT A; 2EIJ C; 1QQ3 A; 2XLV A; 2LFF A; 5D91 A; 1N1C A; 2Y3G A; 2W4M A; 3Q6N A; 4Q5S F; 3IHU A; 1I4Z A; 3ITF A; 4JCH A; 1V55 C; 4U5F E; 4G7Z F; 2PF4 E; 4XPW A; 4W8P A; 1PD1 A; 2CDQ A; 4MVR A; 2XL6 A; 2GA0 A; 1FTS A; 4JEA A; 4J32 B; 2R03 A; 3UMH A; 2LD6 A; 3B9Q A; 4PJN A; 1NFO A; 2IXP A; 5JT4 A; 1NZE A; 4G7H F; 1JAF A; 3K66 A; 4YJW A; 2H7F X; 3ZTM A; 1LI5 A; 3SZR A; 1APC A; 4R32 A; 3LEV A; 1TQG A; 4IB4 A; 1Y6D A; 1K05 A; 4U5B E; 3QW0 A; 3ZC4 A; 1Q0K A; 3L1M A; 2OEV A; 4GQH A; 4OD5 A; 1HE1 A; 2Q00 A; 2O9X A; 2A68 F; 2A69 F; 4PJM A; 4XPY A; 2P7V A; 4DJ9 A; 3T6G B; 5KYX B; 3TJ5 A; 1I5N A; 1KNY A; 3GOD A; 1LM3 B; 2KK1 A; 2KSF A; 4ULW A; 3RVY A; 3ABM C; 3U8V A; 2YLG A; 3C8G A; 3DAF A; 4E0H A; 2OOC A; 3UR3 C; 1OCZ C; 4C3E A; 4YL0 A; 1HY5 A; 2YVK A; 3IGC A; 2J0X A; 2Q9A A; 1YDI A; 1D0Y A; 2G3K A; 2HJ3 A; 2W4B A; 4OIR F; 1FFH A; 1Z6A A; 4ONS A; 2W9Y A; 3DKA A; 3U2L A; 2YL0 A; 2I8B A; 1RMV A; 1VLT A; 3OEO A; 1A36 A; 4WAB A; 5KYY B; 2OEX A; 2ZPA A; 5BUO A; 1QVX A; 2DYS C; 1WAS A; 1OR2 A; 2KGO A; 1VOM A; 2XRH A; 1Z5Z A; 3NYL A; 2R7U A; 3FXH A; 4AL1 A; 1YZC A; 1QPU A; 4YK5 A; 3U0C A; 2TMV P; 4N06 A; 2R05 A; 3NG1 A; 4EBB A; 2HV7 A; 4BJ5 C; 4CDA A; 4CSA C; 1TWC A; 5BQI A; 4KI2 A; 1OKK A; 2IXM A; 2M64 A; 3LES A; 4JRZ A; 3B0U X; 2WL8 A; 1RCP A; 2YL1 A; 1B68 A; 1SF8 A; 2AVK A; 3B29 A; 4JIO A; 4O7G A; 2YHS A; 4AE4 B; 2VC9 A; 1WAT A; 3E70 C; 3O10 A; 3UMI A; 2X51 A; 4CBE A; 4NQF A; 1ZHW A; 1KU2 A; 2FGY A; 4P9T A; 3RVZ A; 3US6 A; 4EIY A; 1VLS A; 3DJN B; 2HS5 A; 1G4U S; 2F22 A; 3GEI A; 1OQC A; 4MTF A; 2X0C A; 1H6G A; 4EBK A; 2HKV A; 4DXW A; 1MMD A; 1ST6 A; 3AQC A; 1Z7Q c; 5L0G A; 3J06 A; 1OCO C; 3RKO F; 3SXM A; 1E83 A; 4MTG A; 1VYK A; 2LIG A; 4D4X A; 4EWC A; 2Q3T A; 1VMA A; 1IW7 F; 2VB6 A; 4GYT A; 5T3T A; 4BJ6 C; 1VYI A; 5JUA A; 3G50 A; 3U3F A; 2Q7R A; 3N24 A; 2J7P A; 3NYM A; 4IAQ A; 4O79 A; 2A0B A; 2ASR A; 3N2Z B; 1OR3 A; 1D1B A; 1XZP A; 2EPN A; 2WVO A; 1V74 B; 1SEU A; 2AU5 A; 3CAX A; 1OXK A; 3LLK A; 4ER9 A; 3SP1 A; 4UDV A; 1UG7 A; 3DM5 A; 1CPR A; 3LS0 A; 4XQ1 A; 2LQG A; 2R9R B; 2A6H F; 2JPU A; 2A1D D; 3O39 A; 4YL3 A; 5DQT A; 5A6A A; 3RYL A; 3RQF A; 3HNJ A; 2NSF A; 3EG9 A; 3IPM O; 1NH3 A; 4PR9 A; 4NC3 A; 5CI8 A; 1FMV A; 5JRA A; 1NU7 D; 2G62 A; 3ATP A; 3GEH A; 1HW1 A; 3M4C A; 3Q7L A; 1OW8 A; 3QTH A; 5AC4 A; 1YJG A; 5JP7 A; 4MTO A; 2P1A A; 3EH1 A; 5A6J A; 5K0I A; 1T9K A; 2WVN A; 2R02 A; 2D4U A; 4MVS A; 4O6M A; 1RJ9 A; 2QUP A; 2FFH A; 2CW0 F; 2R7Q A; 2XLW A; 4HFF B; 4O6N A; 1EKY A; 256B A; 3CQZ A; 5CI9 A; 1E84 A; 2OQM A; 3R2P A; 4QDL A; 4IWB A; 3IQT A; 2XLE A; 2NPU A; 1JRA A; 1NG1 A; 3SEO A; 3LEO A; 2JD3 A; 5B3S C; 4P6I C; 5T3W A; 3PMR A; 2MHR A; 3FHD A; 2B0J A; 3HNI A; 4DVZ A; 1F1M A; 2JX0 A; 4XEF A; 2J9B A; 4ZLD A; 3U2M A; 1YA7 O; 2KC3 A; 4LDK A; 2LFD A; 4MVU A; 2PX3 A; 5BQH A; 3VM6 A; 1S05 A; 1WOL A; 2KYH A; 2QNL A; 1OCC C; 2WVQ A; 4PK4 A; 3A9C A; 3C8G D; 1MNE A; 3KMI A; 4U5C E; 4Z9H A; 3EHM A; 5FCL A; 1FNT c; 1TKN A; 4Q7C A; 4U5G A; 2QLA A; 1ZHX A; 2YKZ A; 3ZSU A; 4BJT A; 3LAY A; 4F4B A; 3CSK A; 1VTM P; 3EGD B; 3HNL A; 3LJB A; 1XZQ A; 4U9E A; 4BG0 A; 3UMK A; 3W2V A; 3PCV A; 3HTK C; 2HMZ A; 3LNM B; 3VYW A; 2XXA A; 1YLM A; 2CGE A; 4XPX A; 2NUP B; 1EJ9 A; 3M1C B; 1O5H A; 2HJM A; 2LCH A; 3KL4 A; 4YT2 A; 5EK0 A; 3WOD F; 3F46 A; 3X1O A; 4BEM J; 2AP3 A; 4M63 A; 3T6J A; 3ZVR A; 2L81 A; 5COM A; 2ZXW C; 3K33 A; 3SYN A; 4C7O A; 4Z9J A; 2F4Q A; 4I1M A; 3ZWI A; 1NSG B; 4PFP A; 1T6Q A; 3U9J A; 5L0C A; 1LPE A; 2KQ9 A; 2VCA A; 3EH2 A; 4FAP B; 4YN0 B; 4CS9 C; 3DZA A; 5DVW A; 4IAR A; 1RR8 C; 3GM2 A; 2ZXP A; 1BBH A; 1UFB A; 4PJJ A; 5E3C A; 1TWA A; 5JLI A; 1T5O A; 1RRJ A; 2IXO A; 4N4W A; 1C17 M; 4RD9 A; 3TOM A; 2YWA A; 4KBL A; 1GGQ A; 1HMD A; 3W2W A; 2I15 A; 1IZM A; 3DE9 A; 4N6C A; 5E3A A; 4E17 A; 1GM5 A; 4AK9 A; 1T6U A; 4NTB A; 2MYS A; 1YAU O; 5CIV A; 2R7T A; 2B9S A; 4Z9I A; 2CCY A; 3FMS A; 3LLI A; 3NMI A; 1SC7 A; 1MMN A; 1RKE B; 1R4T A; 1CPQ A; 2GWW A; 1L7C A; 3KKB A; 4RBN A; 2HFI A; 3K6B A; 2J7P D; 4I3M A; 4PJL A; 5B1B C; 3UNG C; 4C3B A; 4CS8 C; 2CNW A; 3NDB B; 1FFT C; 3B0P A; 2B0H A; 4DBQ A; 5JS5 A; 4D4N A; 1RXQ A; 4ANJ A; 5EGY A; 1WTY A; 5EHH A; 3RQE A; 2FAP B; 5F5H A; 4JW1 A; 1QKR A; 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